PRIL - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

PRIL - DNA primase large subunit PriL

UniProt:	Q9UWW1	Sequences: MALDVKKYPFIKSLDDELKKYGGGITLTDLLLNSTTLIDQAKDRIQKTKSGDELPHYVSYNEPVLVFYTTLLSLAILNDVKLIRRYAYAEAKQFRSLLHTENEENLLEISKLLDLKINRCDPIKFYLEKKRRIIQKEFCVHFIDYLKYTKDLKEDWKLSGQILHKGYVYLDKNQLIGLIAESIKSKIVEMIRPLNLKEIPEKLKSLIERRGIIPPCIENILAKEKLNEEEIRTLITFYIDIGKGLSGIVSIMKKYNVSNVEDLYRKYRGDKGTRYIVYSCAKMKQLGLCVSSCNVKNPLQLYFLSNE	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	307 (287)
Sequences:	165 (134)
Seq/√Len:	7.9

HALSA - PRIL
SULSO - PRIL

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
233_T	283_M	3.653	0.95
44_R	90_E	3.594	0.95
246_S	261_E	3.358	0.92
239_I	268_R	3.135	0.89
228_E	262_D	2.936	0.86
230_E	288_L	2.921	0.86
228_E	231_I	2.736	0.82
228_E	263_L	2.567	0.77
228_E	252_M	2.565	0.77
262_D	266_K	2.554	0.77
228_E	255_Y	2.542	0.76
228_E	266_K	2.495	0.75
263_L	266_K	2.433	0.73
231_I	260_V	2.432	0.73
213_I	237_F	2.375	0.71
255_Y	266_K	2.357	0.70
225_K	231_I	2.303	0.69
255_Y	267_Y	2.269	0.67
228_E	269_G	2.203	0.65
161_Q	174_Q	2.189	0.64
266_K	269_G	2.159	0.63
280_C	289_C	2.126	0.62
218_E	227_N	2.122	0.62
257_V	261_E	2.116	0.62
231_I	263_L	2.105	0.61
92_K	180_A	2.097	0.61
231_I	252_M	2.064	0.60
252_M	262_D	2.043	0.59
228_E	260_V	2.009	0.57
255_Y	269_G	1.999	0.57
40_Q	63_P	1.946	0.55
180_A	238_Y	1.945	0.55
235_I	252_M	1.922	0.54
225_K	228_E	1.891	0.53
231_I	262_D	1.862	0.52
37_L	41_A	1.839	0.51
255_Y	262_D	1.835	0.50
231_I	266_K	1.814	0.50
68_Y	191_I	1.808	0.49
252_M	255_Y	1.745	0.47
225_K	263_L	1.725	0.46
206_L	211_G	1.722	0.46
252_M	263_L	1.714	0.46
92_K	177_G	1.694	0.45
225_K	252_M	1.685	0.44
174_Q	278_Y	1.681	0.44
6_K	156_W	1.649	0.43
88_Y	177_G	1.645	0.43
231_I	269_G	1.644	0.43
232_R	238_Y	1.640	0.43
231_I	255_Y	1.639	0.42
14_L	234_L	1.611	0.41
116_K	208_E	1.591	0.41
239_I	248_I	1.585	0.40
262_D	269_G	1.582	0.40
289_C	293_C	1.573	0.40
24_G	138_F	1.568	0.40
255_Y	263_L	1.568	0.40
252_M	266_K	1.562	0.39
280_C	293_C	1.561	0.39
196_L	199_I	1.545	0.39
260_V	266_K	1.534	0.38
196_L	203_L	1.530	0.38
225_K	262_D	1.519	0.38
278_Y	282_K	1.501	0.37
278_Y	301_L	1.494	0.37
217_I	283_M	1.490	0.37
248_I	268_R	1.490	0.37
27_L	41_A	1.482	0.36
263_L	269_G	1.475	0.36
8_Y	101_E	1.469	0.36
241_I	273_T	1.451	0.35
228_E	275_Y	1.450	0.35
252_M	264_Y	1.444	0.35
245_L	268_R	1.439	0.35
145_Y	161_Q	1.429	0.34
256_N	259_N	1.412	0.34
95_R	180_A	1.402	0.33
267_Y	283_M	1.393	0.33
70_T	90_E	1.371	0.32
27_L	287_G	1.363	0.32
260_V	263_L	1.330	0.31
217_I	234_L	1.326	0.31
280_C	298_P	1.324	0.31
90_E	178_L	1.321	0.31
40_Q	74_L	1.314	0.30
262_D	275_Y	1.310	0.30
258_S	297_N	1.295	0.30
236_T	256_N	1.294	0.30
289_C	298_P	1.290	0.29
281_A	284_K	1.284	0.29
225_K	255_Y	1.276	0.29
266_K	275_Y	1.268	0.29
196_L	206_L	1.261	0.29
240_D	277_V	1.256	0.28
228_E	257_V	1.254	0.28
221_L	230_E	1.253	0.28
68_Y	86_Y	1.240	0.28
233_T	282_K	1.233	0.28
255_Y	260_V	1.224	0.27
216_C	289_C	1.219	0.27
228_E	267_Y	1.218	0.27
243_K	300_Q	1.218	0.27
46_Q	82_L	1.213	0.27
179_I	189_E	1.211	0.27
220_I	226_L	1.211	0.27
30_L	217_I	1.206	0.27
260_V	269_G	1.205	0.27
63_P	66_V	1.203	0.27
249_V	255_Y	1.195	0.26
225_K	266_K	1.188	0.26
261_E	265_R	1.180	0.26
206_L	209_R	1.179	0.26
297_N	302_Y	1.178	0.26
216_C	280_C	1.175	0.26
88_Y	219_N	1.173	0.26
227_N	230_E	1.172	0.26
231_I	275_Y	1.167	0.25
237_F	272_G	1.167	0.25
44_R	178_L	1.164	0.25
115_L	217_I	1.152	0.25
39_D	203_L	1.151	0.25
41_A	69_T	1.144	0.25
239_I	245_L	1.135	0.25
213_I	302_Y	1.133	0.24
241_I	302_Y	1.131	0.24
236_T	297_N	1.125	0.24
48_T	70_T	1.123	0.24
140_V	217_I	1.114	0.24
201_E	236_T	1.113	0.24
196_L	210_R	1.109	0.24
18_L	213_I	1.108	0.24
45_I	290_V	1.104	0.24
168_V	242_G	1.100	0.23
249_V	260_V	1.096	0.23
226_L	238_Y	1.094	0.23
294_N	305_S	1.085	0.23
17_E	187_I	1.084	0.23
45_I	73_S	1.070	0.23
67_F	191_I	1.068	0.23
257_V	263_L	1.068	0.23
90_E	146_L	1.065	0.22
75_A	233_T	1.063	0.22
225_K	269_G	1.059	0.22
252_M	269_G	1.057	0.22
93_Q	178_L	1.046	0.22
68_Y	278_Y	1.040	0.22
80_V	170_L	1.033	0.22
224_E	236_T	1.032	0.22
235_I	267_Y	1.031	0.22
236_T	277_V	1.014	0.21
252_M	260_V	1.006	0.21
235_I	259_N	1.003	0.21
249_V	261_E	0.998	0.21
30_L	57_Y	0.995	0.21
217_I	274_R	0.993	0.20
296_K	300_Q	0.990	0.20
207_I	211_G	0.981	0.20
246_S	257_V	0.980	0.20
235_I	249_V	0.975	0.20
25_I	30_L	0.974	0.20
225_K	260_V	0.972	0.20
168_V	179_I	0.963	0.20
203_L	211_G	0.954	0.19
71_L	191_I	0.945	0.19
248_I	296_K	0.941	0.19
20_K	203_L	0.938	0.19
66_V	70_T	0.934	0.19
29_D	115_L	0.932	0.19
48_T	174_Q	0.929	0.19
231_I	257_V	0.928	0.19
237_F	302_Y	0.923	0.19
67_F	74_L	0.912	0.18
67_F	301_L	0.904	0.18
85_R	183_I	0.902	0.18
8_Y	13_S	0.901	0.18
84_R	261_E	0.901	0.18
48_T	97_L	0.895	0.18
38_I	224_E	0.892	0.18
182_S	187_I	0.890	0.18
260_V	271_K	0.889	0.18
215_P	280_C	0.888	0.18
165_K	199_I	0.888	0.18
45_I	74_L	0.884	0.18
16_D	247_G	0.875	0.18
221_L	231_I	0.870	0.17
68_Y	186_K	0.867	0.17
223_K	267_Y	0.862	0.17
75_A	192_R	0.862	0.17
87_A	187_I	0.854	0.17
245_L	265_R	0.850	0.17
237_F	243_K	0.849	0.17
94_F	150_K	0.847	0.17
216_C	293_C	0.844	0.17
77_L	295_V	0.841	0.17
201_E	206_L	0.837	0.17
269_G	275_Y	0.836	0.17
152_L	172_K	0.835	0.17
199_I	203_L	0.834	0.17
63_P	94_F	0.825	0.16
215_P	298_P	0.822	0.16
195_N	200_P	0.822	0.16
142_F	163_L	0.821	0.16
293_C	298_P	0.816	0.16
149_T	261_E	0.811	0.16
144_D	157_K	0.808	0.16
37_L	208_E	0.805	0.16
191_I	277_V	0.797	0.16
263_L	267_Y	0.796	0.16
81_K	303_F	0.795	0.16
215_P	293_C	0.794	0.16
166_G	216_C	0.792	0.16
49_K	219_N	0.792	0.16
71_L	75_A	0.791	0.16
99_H	217_I	0.789	0.16
89_A	186_K	0.787	0.16
295_V	301_L	0.785	0.16
34_S	197_K	0.778	0.15
26_T	272_G	0.776	0.15
166_G	214_P	0.776	0.15
145_Y	178_L	0.774	0.15
240_D	270_D	0.772	0.15
260_V	270_D	0.771	0.15
217_I	229_E	0.771	0.15
29_D	106_L	0.771	0.15
142_F	227_N	0.770	0.15
232_R	278_Y	0.768	0.15
156_W	233_T	0.768	0.15
8_Y	158_L	0.767	0.15
253_K	257_V	0.765	0.15
91_A	174_Q	0.758	0.15
180_A	270_D	0.758	0.15
257_V	271_K	0.758	0.15
245_L	274_R	0.755	0.15
93_Q	108_E	0.754	0.15
75_A	184_K	0.754	0.15
88_Y	252_M	0.750	0.15
71_L	192_R	0.750	0.15
67_F	71_L	0.747	0.15
30_L	36_T	0.746	0.15
203_L	207_I	0.744	0.15
78_N	208_E	0.743	0.15
196_L	200_P	0.743	0.15
48_T	89_A	0.740	0.15
156_W	161_Q	0.738	0.15
40_Q	91_A	0.737	0.15
269_G	285_Q	0.736	0.14
102_N	202_K	0.735	0.14
177_G	268_R	0.734	0.14
81_K	150_K	0.733	0.14
64_V	68_Y	0.733	0.14
260_V	278_Y	0.733	0.14
33_N	115_L	0.730	0.14
59_S	140_V	0.728	0.14
44_R	70_T	0.727	0.14
163_L	297_N	0.721	0.14
53_E	144_D	0.721	0.14
215_P	289_C	0.720	0.14
260_V	275_Y	0.719	0.14
24_G	92_K	0.718	0.14
142_F	157_K	0.714	0.14
41_A	146_L	0.714	0.14
195_N	199_I	0.712	0.14
38_I	52_D	0.711	0.14
243_K	277_V	0.710	0.14
86_Y	163_L	0.708	0.14
205_S	221_L	0.708	0.14
213_I	297_N	0.705	0.14
219_N	290_V	0.703	0.14
242_G	299_L	0.701	0.14
257_V	262_D	0.701	0.14
236_T	252_M	0.697	0.14
13_S	24_G	0.696	0.14
73_S	167_Y	0.689	0.14
45_I	174_Q	0.689	0.14
161_Q	278_Y	0.688	0.14
164_H	208_E	0.688	0.14
284_K	292_S	0.687	0.14
283_M	293_C	0.686	0.14
140_V	218_E	0.685	0.13
101_E	206_L	0.685	0.13
138_F	271_K	0.684	0.13
18_L	281_A	0.683	0.13
93_Q	97_L	0.681	0.13
196_L	211_G	0.680	0.13
258_S	286_L	0.675	0.13
170_L	201_E	0.674	0.13
106_L	110_S	0.674	0.13
73_S	220_I	0.674	0.13
88_Y	157_K	0.671	0.13
257_V	266_K	0.671	0.13
48_T	90_E	0.670	0.13
98_L	248_I	0.664	0.13
26_T	98_L	0.664	0.13
228_E	235_I	0.663	0.13
234_L	250_S	0.662	0.13
14_L	286_L	0.661	0.13
5_V	173_N	0.660	0.13
7_K	101_E	0.660	0.13
67_F	300_Q	0.659	0.13
253_K	261_E	0.658	0.13
45_I	282_K	0.657	0.13
174_Q	184_K	0.656	0.13
82_L	277_V	0.653	0.13
256_N	272_G	0.651	0.13
159_S	163_L	0.651	0.13
65_L	210_R	0.649	0.13
31_L	104_E	0.644	0.13
29_D	33_N	0.639	0.13
113_L	288_L	0.639	0.13
248_I	260_V	0.638	0.13
158_L	236_T	0.635	0.13
18_L	45_I	0.634	0.13
98_L	229_E	0.632	0.13
166_G	298_P	0.632	0.13
45_I	78_N	0.630	0.12
262_D	267_Y	0.629	0.12
287_G	302_Y	0.625	0.12
265_R	272_G	0.623	0.12
152_L	181_E	0.619	0.12
228_E	271_K	0.618	0.12
290_V	293_C	0.618	0.12
288_L	293_C	0.615	0.12
12_K	185_S	0.613	0.12
66_V	90_E	0.612	0.12
30_L	41_A	0.610	0.12
70_T	156_W	0.609	0.12
145_Y	156_W	0.607	0.12
39_D	54_L	0.606	0.12
99_H	173_N	0.605	0.12
191_I	237_F	0.605	0.12
201_E	205_S	0.604	0.12
64_V	89_A	0.604	0.12
48_T	69_T	0.604	0.12
44_R	156_W	0.604	0.12
70_T	73_S	0.603	0.12
203_L	209_R	0.600	0.12
77_L	230_E	0.599	0.12
232_R	263_L	0.599	0.12
223_K	230_E	0.597	0.12
20_K	140_V	0.597	0.12
232_R	262_D	0.594	0.12
45_I	235_I	0.594	0.12
252_M	257_V	0.594	0.12
5_V	13_S	0.590	0.12
28_T	241_I	0.589	0.12
235_I	281_A	0.583	0.12
28_T	45_I	0.583	0.12
181_E	228_E	0.583	0.12
235_I	264_Y	0.580	0.12
220_I	230_E	0.579	0.12
91_A	145_Y	0.579	0.12
95_R	271_K	0.578	0.12
11_I	180_A	0.576	0.12
51_G	173_N	0.573	0.11
40_Q	65_L	0.572	0.11
206_L	210_R	0.571	0.11
166_G	215_P	0.570	0.11
111_K	241_I	0.569	0.11
14_L	66_V	0.568	0.11
45_I	209_R	0.568	0.11
82_L	269_G	0.568	0.11
44_R	66_V	0.565	0.11
214_P	275_Y	0.565	0.11
18_L	67_F	0.562	0.11
185_S	197_K	0.562	0.11
91_A	177_G	0.562	0.11
193_P	196_L	0.561	0.11
84_R	260_V	0.559	0.11
142_F	258_S	0.559	0.11
46_Q	206_L	0.559	0.11
186_K	192_R	0.557	0.11
77_L	197_K	0.557	0.11
155_D	246_S	0.557	0.11
86_Y	91_A	0.555	0.11
148_Y	183_I	0.550	0.11
29_D	217_I	0.548	0.11
145_Y	183_I	0.548	0.11
18_L	206_L	0.548	0.11
18_L	68_Y	0.548	0.11
274_R	301_L	0.547	0.11
172_K	176_I	0.543	0.11
294_N	297_N	0.543	0.11
94_F	237_F	0.541	0.11
135_Q	143_I	0.541	0.11
172_K	205_S	0.540	0.11
19_K	171_D	0.540	0.11
30_L	60_Y	0.540	0.11
44_R	91_A	0.540	0.11
101_E	114_D	0.539	0.11
165_K	200_P	0.539	0.11
51_G	149_T	0.536	0.11
57_Y	238_Y	0.536	0.11
44_R	192_R	0.536	0.11
91_A	183_I	0.534	0.11
67_F	182_S	0.534	0.11
65_L	74_L	0.530	0.11
66_V	91_A	0.530	0.11
141_H	187_I	0.529	0.11
180_A	188_V	0.529	0.11
43_D	85_R	0.528	0.11
228_E	261_E	0.525	0.11
91_A	156_W	0.524	0.11
213_I	238_Y	0.524	0.11
89_A	94_F	0.523	0.11
284_K	296_K	0.523	0.11
66_V	156_W	0.521	0.11
78_N	83_I	0.520	0.11
237_F	297_N	0.520	0.11
99_H	230_E	0.517	0.11
181_E	293_C	0.517	0.11
166_G	289_C	0.516	0.11
295_V	299_L	0.516	0.11
225_K	230_E	0.515	0.11
6_K	74_L	0.514	0.11
83_I	290_V	0.513	0.11
36_T	283_M	0.513	0.11
19_K	59_S	0.513	0.11
68_Y	142_F	0.512	0.11
59_S	173_N	0.510	0.10
35_T	114_D	0.509	0.10
263_L	275_Y	0.509	0.10
31_L	101_E	0.509	0.10
66_V	73_S	0.507	0.10
230_E	278_Y	0.505	0.10
248_I	274_R	0.504	0.10
19_K	58_V	0.503	0.10
91_A	160_G	0.502	0.10
86_Y	90_E	0.502	0.10
75_A	191_I	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1zt2B	2	0.6645	100	0.578	Contact Map
4rr2B	1	0.9283	100	0.646	Contact Map
3lgbA	1	0.3616	99.9	0.761	Contact Map
3l9qA	3	0.342	99.9	0.777	Contact Map
2dlaA	2	0.6743	96.9	0.933	Contact Map
4bpxB	1	0.6026	93.2	0.947	Contact Map
1aihA	2	0.5407	23.5	0.971	Contact Map
4gtnA	2	0.2997	20.2	0.972	Contact Map
2dsjA	2	0.2932	19.5	0.972	Contact Map
4eadA	2	0.342	13.8	0.974	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0092 seconds.