METK - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

METK - S-adenosylmethionine synthase

UniProt:	Q980S9	Sequences: MRNINVQLNPLSDIEKLQVELVERKGLGHPDYIADAVAEEASRKLSLYYLKKYGVILHHNLDKTLVVGGQATPRFKGGDIIQPIYIIVAGRATTEVKTESGIDQIPVGTIIIESVKEWIRNNFRYLDAERHVIVDYKIGKGSSDLVGIFEASKRVPLSNDTSFGVGFAPLTKLEKLVYETERHLNSKQFKAKLPEVGEDIKVMGLRRGNEVDLTIAMATISELIEDVNHYINVKEQVRNQILDLASKIAPGYNVRVYVNTGDKIDKNILYLTVTGTSAEHGDDGMTGRGNRGVGLITPMRPMSLEATAGKNPVNHVGKLYNVLANLIANKIAQEVKDVKFSQVQVLGQIGRPIDDPLIANVDVITYDGKLTDETKNEISGIVDEMLSSFNKLTELILEGKATLF	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	404 (392)
Sequences:	268 (203)
Seq/√Len:	10.2

HALSA - METK
SULSO - METK

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
34_A	66_V	6.101	1.00
292_G	307_T	5.761	1.00
361_V	382_V	4.412	0.99
105_I	110_I	4.198	0.99
205_L	346_L	4.010	0.99
297_T	302_M	3.917	0.99
48_Y	105_I	3.431	0.97
41_A	61_L	3.344	0.96
330_K	385_M	3.169	0.95
200_I	343_V	3.070	0.94
395_L	400_K	2.982	0.93
210_E	253_N	2.961	0.93
36_A	118_W	2.849	0.91
363_V	378_I	2.832	0.91
327_I	381_I	2.714	0.89
331_I	341_S	2.704	0.89
63_K	285_M	2.648	0.88
48_Y	52_K	2.608	0.87
210_E	255_R	2.556	0.86
48_Y	110_I	2.468	0.84
37_V	115_V	2.383	0.81
125_Y	223_L	2.338	0.80
319_L	392_L	2.332	0.80
149_F	314_N	2.328	0.80
38_A	286_T	2.322	0.79
33_I	123_F	2.250	0.77
225_E	229_H	2.228	0.77
209_N	252_Y	2.227	0.76
326_L	395_L	2.206	0.76
298_P	302_M	2.190	0.75
90_G	281_G	2.189	0.75
85_Y	135_D	2.183	0.75
195_E	229_H	2.138	0.73
4_I	180_T	2.117	0.73
232_N	236_Q	2.038	0.70
226_D	229_H	2.032	0.69
339_K	366_Y	2.029	0.69
80_I	103_D	1.974	0.67
26_G	181_E	1.970	0.67
345_V	359_A	1.950	0.66
158_S	347_G	1.938	0.66
226_D	380_G	1.929	0.65
167_F	325_N	1.882	0.63
185_N	190_K	1.879	0.63
34_A	285_M	1.871	0.63
175_K	179_E	1.868	0.63
177_V	204_G	1.830	0.61
172_K	249_A	1.806	0.60
61_L	87_I	1.798	0.59
195_E	224_I	1.766	0.58
359_A	382_V	1.756	0.58
84_I	156_P	1.756	0.58
74_R	221_S	1.749	0.57
148_I	261_G	1.733	0.57
392_L	401_A	1.716	0.56
88_V	136_Y	1.711	0.56
16_K	339_K	1.701	0.55
45_L	49_Y	1.696	0.55
151_A	198_E	1.690	0.55
70_Q	82_Q	1.666	0.53
46_S	217_M	1.661	0.53
52_K	103_D	1.656	0.53
249_A	252_Y	1.655	0.53
93_T	343_V	1.632	0.52
260_T	303_S	1.627	0.52
125_Y	198_E	1.624	0.51
359_A	383_D	1.623	0.51
229_H	233_V	1.617	0.51
26_G	270_Y	1.616	0.51
56_I	313_V	1.614	0.51
67_V	85_Y	1.591	0.50
90_G	283_D	1.569	0.49
195_E	233_V	1.564	0.49
32_Y	36_A	1.550	0.48
162_S	279_E	1.545	0.48
6_V	326_L	1.538	0.48
32_Y	118_W	1.524	0.47
299_M	324_A	1.504	0.46
378_I	382_V	1.501	0.46
181_E	185_N	1.485	0.45
227_V	269_L	1.475	0.45
231_I	234_K	1.470	0.44
13_D	16_K	1.469	0.44
295_L	302_M	1.467	0.44
368_G	396_I	1.446	0.43
38_A	90_G	1.444	0.43
348_Q	351_R	1.443	0.43
124_R	198_E	1.437	0.43
295_L	298_P	1.426	0.42
180_T	244_L	1.424	0.42
65_L	87_I	1.423	0.42
351_R	355_D	1.406	0.41
91_R	142_S	1.389	0.41
82_Q	387_S	1.376	0.40
73_P	273_V	1.363	0.40
118_W	131_H	1.362	0.39
55_V	80_I	1.359	0.39
60_N	91_R	1.355	0.39
203_M	277_S	1.350	0.39
116_K	378_I	1.348	0.39
158_S	389_F	1.347	0.39
73_P	218_A	1.347	0.39
323_L	354_D	1.339	0.38
118_W	285_M	1.338	0.38
37_V	41_A	1.334	0.38
14_I	171_T	1.325	0.38
47_L	242_L	1.320	0.38
327_I	331_I	1.318	0.38
13_D	76_K	1.312	0.37
196_V	217_M	1.291	0.36
164_G	304_L	1.289	0.36
148_I	346_L	1.286	0.36
26_G	202_V	1.273	0.36
219_T	224_I	1.270	0.36
316_V	397_L	1.266	0.35
165_V	299_M	1.259	0.35
118_W	304_L	1.250	0.35
257_Y	260_T	1.239	0.34
170_L	313_V	1.237	0.34
137_K	224_I	1.233	0.34
283_D	297_T	1.232	0.34
42_S	59_H	1.225	0.34
48_Y	68_G	1.217	0.33
38_A	87_I	1.216	0.33
332_A	341_S	1.215	0.33
37_V	88_V	1.214	0.33
63_K	308_A	1.208	0.33
68_G	319_L	1.193	0.32
332_A	338_V	1.191	0.32
167_F	170_L	1.177	0.32
274_T	283_D	1.174	0.32
21_L	357_L	1.168	0.31
376_N	379_S	1.166	0.31
164_G	279_E	1.161	0.31
53_Y	103_D	1.147	0.30
338_V	378_I	1.146	0.30
61_L	65_L	1.146	0.30
231_I	264_I	1.146	0.30
12_S	364_I	1.144	0.30
41_A	111_I	1.142	0.30
237_V	304_L	1.135	0.30
157_L	382_V	1.133	0.30
61_L	285_M	1.129	0.30
283_D	298_P	1.125	0.30
314_N	319_L	1.124	0.30
326_L	329_N	1.122	0.29
9_N	362_D	1.120	0.29
242_L	246_S	1.112	0.29
330_K	334_E	1.111	0.29
90_G	297_T	1.109	0.29
157_L	324_A	1.102	0.29
18_Q	208_G	1.096	0.28
164_G	297_T	1.089	0.28
285_M	344_Q	1.084	0.28
49_Y	145_L	1.080	0.28
51_K	367_D	1.071	0.28
330_K	384_E	1.066	0.27
135_D	139_G	1.065	0.27
14_I	17_L	1.063	0.27
164_G	298_P	1.058	0.27
33_I	122_N	1.057	0.27
49_Y	349_I	1.053	0.27
21_L	207_R	1.050	0.27
105_I	361_V	1.047	0.27
172_K	252_Y	1.047	0.27
167_F	316_V	1.046	0.27
301_P	342_Q	1.043	0.27
179_E	248_I	1.042	0.27
170_L	402_T	1.040	0.26
167_F	186_S	1.040	0.26
168_A	328_A	1.032	0.26
33_I	392_L	1.031	0.26
319_L	401_A	1.030	0.26
127_D	363_V	1.026	0.26
96_V	185_N	1.019	0.26
261_G	283_D	1.018	0.26
58_H	69_G	1.015	0.26
49_Y	277_S	1.013	0.25
34_A	167_F	1.011	0.25
238_R	242_L	1.008	0.25
60_N	145_L	1.007	0.25
108_G	240_Q	1.006	0.25
45_L	349_I	1.004	0.25
145_L	349_I	0.999	0.25
147_G	151_A	0.997	0.25
226_D	245_A	0.993	0.25
180_T	190_K	0.992	0.25
118_W	397_L	0.992	0.25
73_P	316_V	0.992	0.25
66_V	285_M	0.987	0.25
322_V	392_L	0.980	0.24
33_I	278_A	0.979	0.24
63_K	89_A	0.979	0.24
45_L	145_L	0.978	0.24
81_I	384_E	0.978	0.24
322_V	401_A	0.978	0.24
67_V	348_Q	0.977	0.24
90_G	298_P	0.976	0.24
127_D	243_D	0.974	0.24
391_K	394_E	0.973	0.24
181_E	190_K	0.973	0.24
41_A	87_I	0.973	0.24
60_N	349_I	0.973	0.24
11_L	170_L	0.971	0.24
375_K	379_S	0.966	0.24
323_L	328_A	0.963	0.24
219_T	233_V	0.962	0.24
49_Y	279_E	0.961	0.24
61_L	346_L	0.954	0.23
335_V	363_V	0.948	0.23
61_L	344_Q	0.946	0.23
33_I	276_T	0.943	0.23
63_K	118_W	0.942	0.23
68_G	89_A	0.938	0.23
188_Q	337_D	0.938	0.23
189_F	196_V	0.936	0.23
200_I	270_Y	0.935	0.23
63_K	68_G	0.935	0.23
142_S	149_F	0.931	0.23
56_I	389_F	0.928	0.23
7_Q	105_I	0.926	0.23
111_I	286_T	0.923	0.22
65_L	308_A	0.922	0.22
91_R	162_S	0.920	0.22
190_K	198_E	0.917	0.22
285_M	314_N	0.917	0.22
27_L	387_S	0.915	0.22
291_R	297_T	0.912	0.22
67_V	144_D	0.912	0.22
164_G	295_L	0.911	0.22
345_V	366_Y	0.910	0.22
86_I	155_V	0.907	0.22
88_V	111_I	0.907	0.22
164_G	283_D	0.905	0.22
220_I	366_Y	0.901	0.22
258_V	292_G	0.901	0.22
4_I	133_I	0.901	0.22
304_L	390_N	0.901	0.22
167_F	297_T	0.900	0.22
64_T	285_M	0.900	0.22
55_V	215_I	0.900	0.22
241_I	258_V	0.899	0.22
348_Q	353_I	0.898	0.22
282_D	320_Y	0.897	0.22
198_E	276_T	0.894	0.22
186_S	190_K	0.892	0.21
68_G	90_G	0.881	0.21
66_V	402_T	0.880	0.21
90_G	274_T	0.880	0.21
113_E	130_R	0.878	0.21
90_G	163_F	0.865	0.21
87_I	308_A	0.865	0.21
61_L	111_I	0.864	0.21
66_V	165_V	0.861	0.20
64_T	139_G	0.861	0.20
7_Q	360_N	0.855	0.20
131_H	276_T	0.849	0.20
52_K	105_I	0.849	0.20
68_G	280_H	0.846	0.20
41_A	114_S	0.839	0.20
148_I	223_L	0.837	0.20
46_S	343_V	0.837	0.20
200_I	400_K	0.836	0.20
243_D	338_V	0.835	0.20
217_M	258_V	0.835	0.20
173_L	216_A	0.830	0.20
291_R	302_M	0.829	0.20
57_L	91_R	0.829	0.20
110_I	134_V	0.827	0.19
163_F	298_P	0.825	0.19
56_I	256_V	0.824	0.19
323_L	389_F	0.824	0.19
372_D	400_K	0.824	0.19
21_L	185_N	0.822	0.19
216_A	349_I	0.821	0.19
225_E	247_K	0.821	0.19
60_N	316_V	0.819	0.19
94_T	108_G	0.817	0.19
22_V	181_E	0.817	0.19
237_V	241_I	0.816	0.19
92_A	277_S	0.816	0.19
48_Y	70_Q	0.811	0.19
45_L	277_S	0.811	0.19
172_K	209_N	0.811	0.19
147_G	269_L	0.809	0.19
215_I	388_S	0.808	0.19
292_G	397_L	0.803	0.19
116_K	129_E	0.802	0.19
45_L	218_A	0.802	0.19
7_Q	110_I	0.801	0.19
202_V	232_N	0.800	0.19
119_I	128_A	0.799	0.19
263_K	266_K	0.795	0.19
163_F	283_D	0.795	0.19
264_I	397_L	0.794	0.19
36_A	119_I	0.792	0.18
229_H	395_L	0.790	0.18
327_I	382_V	0.786	0.18
90_G	261_G	0.781	0.18
185_N	200_I	0.781	0.18
68_G	299_M	0.781	0.18
34_A	140_K	0.781	0.18
80_I	132_V	0.780	0.18
65_L	285_M	0.777	0.18
60_N	162_S	0.776	0.18
354_D	383_D	0.770	0.18
125_Y	222_E	0.770	0.18
282_D	291_R	0.769	0.18
74_R	224_I	0.769	0.18
286_T	306_A	0.769	0.18
65_L	89_A	0.768	0.18
147_G	261_G	0.766	0.18
45_L	216_A	0.765	0.18
279_E	321_N	0.764	0.18
204_G	298_P	0.761	0.18
335_V	378_I	0.760	0.18
119_I	387_S	0.760	0.18
68_G	173_L	0.757	0.18
281_G	297_T	0.757	0.18
368_G	399_G	0.755	0.17
103_D	258_V	0.752	0.17
212_D	255_R	0.747	0.17
34_A	64_T	0.747	0.17
230_Y	282_D	0.747	0.17
266_K	400_K	0.746	0.17
79_D	112_I	0.745	0.17
212_D	357_L	0.742	0.17
148_I	241_I	0.738	0.17
158_S	163_F	0.738	0.17
327_I	387_S	0.735	0.17
291_R	295_L	0.733	0.17
235_E	333_Q	0.732	0.17
36_A	280_H	0.731	0.17
291_R	303_S	0.730	0.17
65_L	68_G	0.730	0.17
315_H	318_K	0.730	0.17
90_G	392_L	0.728	0.17
158_S	170_L	0.727	0.17
328_A	345_V	0.727	0.17
77_G	349_I	0.722	0.17
65_L	118_W	0.722	0.17
319_L	337_D	0.721	0.17
162_S	277_S	0.718	0.17
149_F	319_L	0.718	0.17
172_K	211_V	0.718	0.17
179_E	239_N	0.718	0.17
38_A	281_G	0.716	0.16
189_F	240_Q	0.716	0.16
37_V	226_D	0.714	0.16
85_Y	133_I	0.714	0.16
224_I	231_I	0.712	0.16
325_N	345_V	0.711	0.16
262_D	282_D	0.711	0.16
63_K	344_Q	0.711	0.16
67_V	135_D	0.711	0.16
61_L	173_L	0.707	0.16
351_R	364_I	0.706	0.16
12_S	389_F	0.706	0.16
85_Y	139_G	0.705	0.16
343_V	361_V	0.704	0.16
368_G	372_D	0.704	0.16
46_S	397_L	0.703	0.16
104_Q	225_E	0.699	0.16
59_H	190_K	0.699	0.16
47_L	246_S	0.694	0.16
380_G	384_E	0.694	0.16
383_D	387_S	0.693	0.16
90_G	302_M	0.692	0.16
335_V	390_N	0.690	0.16
162_S	203_M	0.690	0.16
203_M	349_I	0.690	0.16
283_D	302_M	0.689	0.16
311_N	317_G	0.688	0.16
193_L	236_Q	0.687	0.16
285_M	308_A	0.683	0.16
301_P	362_D	0.683	0.16
96_V	143_S	0.682	0.16
209_N	322_V	0.680	0.16
205_L	213_L	0.678	0.16
253_N	329_N	0.678	0.16
16_K	71_A	0.678	0.16
32_Y	285_M	0.677	0.15
333_Q	345_V	0.676	0.15
192_K	256_V	0.676	0.15
170_L	175_K	0.675	0.15
68_G	361_V	0.674	0.15
200_I	235_E	0.674	0.15
48_Y	106_P	0.672	0.15
162_S	349_I	0.672	0.15
218_A	283_D	0.671	0.15
277_S	349_I	0.670	0.15
329_N	333_Q	0.670	0.15
144_D	261_G	0.669	0.15
67_V	132_V	0.668	0.15
339_K	373_E	0.666	0.15
37_V	361_V	0.664	0.15
61_L	68_G	0.664	0.15
46_S	204_G	0.661	0.15
6_V	245_A	0.660	0.15
73_P	283_D	0.660	0.15
108_G	249_A	0.659	0.15
145_L	162_S	0.659	0.15
110_I	270_Y	0.658	0.15
36_A	131_H	0.655	0.15
220_I	274_T	0.655	0.15
70_Q	81_I	0.655	0.15
347_G	350_G	0.654	0.15
29_H	35_D	0.651	0.15
30_P	35_D	0.651	0.15
25_K	29_H	0.651	0.15
23_E	30_P	0.651	0.15
23_E	31_D	0.651	0.15
23_E	29_H	0.651	0.15
25_K	30_P	0.651	0.15
23_E	35_D	0.651	0.15
31_D	35_D	0.651	0.15
25_K	35_D	0.651	0.15
25_K	31_D	0.651	0.15
9_N	380_G	0.651	0.15
235_E	384_E	0.649	0.15
49_Y	216_A	0.648	0.15
17_L	146_V	0.647	0.15
242_L	363_V	0.646	0.15
45_L	73_P	0.645	0.15
192_K	384_E	0.644	0.15
164_G	218_A	0.643	0.15
164_G	277_S	0.643	0.15
88_V	345_V	0.643	0.15
105_I	192_K	0.642	0.15
281_G	302_M	0.641	0.15
274_T	297_T	0.640	0.15
272_T	283_D	0.637	0.15
84_I	261_G	0.635	0.14
142_S	145_L	0.635	0.14
242_L	379_S	0.635	0.14
14_I	82_Q	0.633	0.14
343_V	393_T	0.633	0.14
11_L	212_D	0.633	0.14
179_E	182_R	0.629	0.14
162_S	347_G	0.629	0.14
57_L	142_S	0.629	0.14
378_I	393_T	0.629	0.14
189_F	193_L	0.626	0.14
57_L	279_E	0.625	0.14
147_G	286_T	0.625	0.14
176_L	299_M	0.625	0.14
293_V	347_G	0.624	0.14
69_G	272_T	0.623	0.14
64_T	89_A	0.623	0.14
196_V	328_A	0.622	0.14
45_L	279_E	0.622	0.14
73_P	164_G	0.621	0.14
157_L	186_S	0.620	0.14
88_V	196_V	0.619	0.14
90_G	135_D	0.619	0.14
70_Q	273_V	0.619	0.14
164_G	291_R	0.618	0.14
63_K	66_V	0.617	0.14
104_Q	247_K	0.616	0.14
104_Q	355_D	0.616	0.14
73_P	281_G	0.616	0.14
39_E	281_G	0.616	0.14
148_I	303_S	0.613	0.14
295_L	352_P	0.612	0.14
183_H	240_Q	0.611	0.14
226_D	255_R	0.611	0.14
145_L	283_D	0.610	0.14
239_N	243_D	0.610	0.14
14_I	120_R	0.609	0.14
85_Y	137_K	0.609	0.14
354_D	359_A	0.607	0.14
10_P	237_V	0.607	0.14
192_K	228_N	0.607	0.14
12_S	53_Y	0.602	0.14
49_Y	162_S	0.602	0.14
162_S	321_N	0.601	0.14
52_K	170_L	0.600	0.14
342_Q	362_D	0.600	0.14
34_A	192_K	0.598	0.14
63_K	131_H	0.598	0.14
209_N	249_A	0.597	0.14
260_T	347_G	0.597	0.14
376_N	394_E	0.597	0.14
261_G	314_N	0.596	0.14
118_W	148_I	0.595	0.14
68_G	281_G	0.595	0.14
84_I	126_L	0.593	0.14
134_V	383_D	0.591	0.14
33_I	190_K	0.590	0.13
84_I	396_I	0.589	0.13
163_F	281_G	0.587	0.13
26_G	177_V	0.587	0.13
163_F	266_K	0.584	0.13
203_M	300_R	0.584	0.13
237_V	263_K	0.584	0.13
41_A	334_E	0.583	0.13
37_V	86_I	0.581	0.13
37_V	143_S	0.580	0.13
192_K	208_G	0.579	0.13
190_K	331_I	0.578	0.13
316_V	325_N	0.578	0.13
371_T	391_K	0.577	0.13
90_G	144_D	0.576	0.13
358_I	383_D	0.576	0.13
32_Y	138_I	0.576	0.13
121_N	267_N	0.575	0.13
8_L	251_G	0.573	0.13
73_P	221_S	0.572	0.13
6_V	209_N	0.572	0.13
145_L	214_T	0.571	0.13
156_P	390_N	0.569	0.13
202_V	236_Q	0.569	0.13
88_V	332_A	0.568	0.13
125_Y	128_A	0.567	0.13
354_D	387_S	0.567	0.13
71_A	273_V	0.565	0.13
125_Y	151_A	0.564	0.13
128_A	332_A	0.564	0.13
6_V	158_S	0.563	0.13
334_E	398_E	0.562	0.13
369_K	372_D	0.562	0.13
230_Y	262_D	0.562	0.13
213_L	229_H	0.557	0.13
5_N	400_K	0.556	0.13
168_A	334_E	0.556	0.13
283_D	295_L	0.552	0.13
45_L	60_N	0.551	0.13
229_H	245_A	0.551	0.13
96_V	248_I	0.551	0.13
91_R	314_N	0.549	0.13
280_H	314_N	0.549	0.13
6_V	182_R	0.548	0.13
7_Q	71_A	0.547	0.13
91_R	118_W	0.546	0.13
232_N	266_K	0.546	0.13
21_L	135_D	0.546	0.13
186_S	213_L	0.544	0.13
335_V	377_E	0.542	0.12
339_K	342_Q	0.541	0.12
218_A	272_T	0.541	0.12
95_E	225_E	0.540	0.12
196_V	224_I	0.540	0.12
236_Q	239_N	0.538	0.12
117_E	267_N	0.538	0.12
145_L	166_G	0.535	0.12
16_K	340_F	0.535	0.12
307_T	313_V	0.534	0.12
166_G	216_A	0.534	0.12
45_L	162_S	0.534	0.12
8_L	129_E	0.533	0.12
46_S	189_F	0.533	0.12
32_Y	63_K	0.532	0.12
175_K	255_R	0.532	0.12
92_A	158_S	0.530	0.12
221_S	337_D	0.530	0.12
34_A	228_N	0.528	0.12
106_P	111_I	0.528	0.12
189_F	326_L	0.527	0.12
57_L	162_S	0.527	0.12
390_N	396_I	0.526	0.12
33_I	319_L	0.526	0.12
120_R	247_K	0.523	0.12
230_Y	320_Y	0.523	0.12
56_I	152_S	0.521	0.12
38_A	64_T	0.521	0.12
163_F	297_T	0.520	0.12
10_P	363_V	0.518	0.12
15_E	367_D	0.518	0.12
5_N	255_R	0.517	0.12
236_Q	246_S	0.516	0.12
395_L	401_A	0.516	0.12
14_I	385_M	0.513	0.12
327_I	378_I	0.511	0.12
222_E	264_I	0.510	0.12
41_A	93_T	0.509	0.12
80_I	127_D	0.506	0.12
235_E	382_V	0.506	0.12
216_A	277_S	0.506	0.12
104_Q	130_R	0.505	0.12
252_Y	322_V	0.504	0.12
184_L	200_I	0.503	0.12
53_Y	68_G	0.502	0.12
49_Y	60_N	0.502	0.12
53_Y	105_I	0.502	0.12
303_S	353_I	0.502	0.12
92_A	111_I	0.502	0.12
139_G	285_M	0.501	0.12
303_S	321_N	0.500	0.12

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4l4qA	3	0.9876	100	0.003	Contact Map
4l7iA	3	0.995	100	0.3	Contact Map
4odjA	2	0.8168	100	0.668	Contact Map
4le5A	2	0.8243	100	0.669	Contact Map
2p02A	2	0.8243	100	0.68	Contact Map
1p7lA	4	0.8267	100	0.681	Contact Map
3imlA	2	0.7797	100	0.683	Contact Map
3s82A	4	0.8069	100	0.687	Contact Map
3so4A	4	0.8069	100	0.693	Contact Map
4idhA	1	0.1337	38.6	0.98	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0114 seconds.