PURP - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

PURP - 5-formaminoimidazole-4-carboxamide-1-(beta)-D-ribofuranosyl 5'-monophosphate synthetase

UniProt:	Q980P7	Sequences: MIIATIGSHSALQILHGAKKEGFQTMVITDNKRENFYKNFSFIDNIYAYASLDEAVSIINGIKDYGILIPHGSLVEYLGKERVDKIETKIFGNKKIFEWEADQKKKMELLRKSNIKIPEIFERPEDVDRLVIVKLNGAKGGKGYFLARNKSEVKEGIQKLIESKMIRDENEVIIQEYVVGVPMYFQFFYSDIINRTEIFGIDIRYETNIDGLRRLPFEYMKELKINPTFVVVGNIPAVARESLLPVALEYANNFVRTTKELVPPGMIGPFCLESIITDNSDIVVFEFSGRIVAGTNLYVNGSPYSWLYWDEPMSIGRRIAREIRVANEKDKLSLVVS	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	337 (332)
Sequences:	199 (130)
Seq/√Len:	7.1

SULSO - PURP Q980P6

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
331_K	334_L	7.781	1.00
187_F	251_A	4.765	0.99
131_V	147_A	3.918	0.96
137_G	140_G	3.879	0.95
21_E	317_R	3.723	0.94
7_G	27_V	3.398	0.91
311_E	321_R	3.294	0.89
175_Q	293_A	3.200	0.88
313_M	321_R	3.177	0.87
121_F	129_R	3.083	0.86
277_T	281_D	2.683	0.76
113_S	257_T	2.640	0.75
273_E	293_A	2.605	0.74
127_V	153_V	2.539	0.72
4_A	66_G	2.473	0.70
84_D	98_E	2.436	0.69
175_Q	273_E	2.424	0.68
68_L	86_I	2.395	0.67
142_K	272_L	2.370	0.66
151_S	155_E	2.360	0.66
206_E	231_V	2.331	0.65
196_T	251_A	2.245	0.62
119_E	176_E	2.225	0.61
2_I	26_M	2.209	0.61
217_F	220_M	2.103	0.57
24_Q	119_E	1.970	0.52
184_Y	293_A	1.966	0.51
239_A	282_I	1.905	0.49
141_G	234_N	1.902	0.49
295_T	301_G	1.876	0.48
140_G	228_T	1.876	0.48
24_Q	45_N	1.820	0.46
175_Q	184_Y	1.819	0.46
67_I	91_F	1.811	0.45
103_Q	289_G	1.807	0.45
273_E	292_V	1.804	0.45
175_Q	292_V	1.780	0.44
112_K	260_E	1.756	0.43
184_Y	273_E	1.744	0.43
288_S	292_V	1.743	0.43
3_I	259_K	1.711	0.42
106_K	287_F	1.709	0.42
72_G	141_G	1.705	0.41
72_G	234_N	1.705	0.41
329_K	334_L	1.684	0.41
115_I	282_I	1.679	0.40
39_N	252_N	1.655	0.40
72_G	184_Y	1.651	0.39
13_Q	292_V	1.648	0.39
102_D	184_Y	1.637	0.39
234_N	286_E	1.633	0.39
141_G	286_E	1.633	0.39
256_R	259_K	1.629	0.39
173_I	177_Y	1.626	0.38
201_I	207_T	1.621	0.38
276_I	280_S	1.608	0.38
184_Y	292_V	1.567	0.36
130_L	187_F	1.538	0.35
13_Q	184_Y	1.536	0.35
47_Y	50_A	1.520	0.35
236_P	302_S	1.504	0.34
206_E	271_C	1.502	0.34
214_R	314_S	1.473	0.33
137_G	228_T	1.472	0.33
202_D	210_D	1.469	0.33
3_I	323_I	1.460	0.33
301_G	314_S	1.449	0.32
260_E	335_V	1.448	0.32
116_K	277_T	1.439	0.32
72_G	286_E	1.432	0.32
141_G	184_Y	1.424	0.31
184_Y	234_N	1.424	0.31
143_G	294_G	1.414	0.31
325_V	328_E	1.412	0.31
137_G	234_N	1.411	0.31
137_G	141_G	1.411	0.31
143_G	296_N	1.406	0.31
125_E	169_E	1.400	0.31
140_G	234_N	1.398	0.31
301_G	312_P	1.394	0.30
143_G	295_T	1.380	0.30
248_L	276_I	1.374	0.30
144_Y	286_E	1.374	0.30
106_K	288_S	1.374	0.30
185_F	247_A	1.369	0.30
4_A	251_A	1.367	0.30
208_N	230_V	1.366	0.30
294_G	301_G	1.364	0.29
43_I	319_I	1.363	0.29
102_D	273_E	1.359	0.29
109_L	200_G	1.346	0.29
230_V	277_T	1.339	0.29
74_L	86_I	1.339	0.29
91_F	319_I	1.320	0.28
88_T	146_L	1.315	0.28
67_I	323_I	1.301	0.27
177_Y	313_M	1.283	0.27
200_G	254_F	1.279	0.27
296_N	301_G	1.252	0.26
88_T	149_N	1.245	0.26
195_R	308_Y	1.236	0.25
238_V	286_E	1.230	0.25
106_K	292_V	1.225	0.25
7_G	130_L	1.214	0.25
323_I	333_S	1.212	0.25
102_D	293_A	1.207	0.25
324_R	328_E	1.186	0.24
64_D	69_I	1.181	0.24
102_D	292_V	1.172	0.24
144_Y	205_Y	1.171	0.24
50_A	151_S	1.171	0.24
72_G	137_G	1.161	0.23
59_I	90_I	1.160	0.23
69_I	129_R	1.157	0.23
181_V	230_V	1.150	0.23
193_I	309_W	1.149	0.23
198_I	210_D	1.145	0.23
72_G	140_G	1.144	0.23
155_E	247_A	1.144	0.23
128_D	334_L	1.143	0.23
78_L	333_S	1.139	0.23
184_Y	286_E	1.138	0.23
234_N	238_V	1.138	0.23
141_G	238_V	1.138	0.23
68_L	211_G	1.135	0.23
24_Q	123_R	1.129	0.22
76_E	220_M	1.126	0.22
71_H	288_S	1.115	0.22
50_A	54_E	1.107	0.22
33_R	109_L	1.097	0.22
202_D	294_G	1.092	0.21
72_G	144_Y	1.088	0.21
30_D	51_S	1.086	0.21
137_G	286_E	1.071	0.21
93_N	277_T	1.058	0.21
250_Y	282_I	1.058	0.21
140_G	286_E	1.054	0.21
141_G	186_Q	1.053	0.20
186_Q	234_N	1.053	0.20
106_K	295_T	1.049	0.20
71_H	238_V	1.046	0.20
14_I	325_V	1.043	0.20
138_A	227_P	1.042	0.20
269_P	272_L	1.041	0.20
98_E	192_I	1.037	0.20
86_I	211_G	1.037	0.20
184_Y	287_F	1.034	0.20
107_M	287_F	1.033	0.20
115_I	157_I	1.029	0.20
144_Y	234_N	1.016	0.20
141_G	144_Y	1.016	0.20
123_R	126_D	1.016	0.20
240_R	294_G	1.014	0.20
189_Y	314_S	1.009	0.19
130_L	216_P	1.007	0.19
54_E	127_V	1.006	0.19
288_S	303_P	1.003	0.19
206_E	286_E	1.003	0.19
101_A	144_Y	0.995	0.19
190_S	214_R	0.993	0.19
102_D	286_E	0.992	0.19
166_I	216_P	0.990	0.19
69_I	218_E	0.983	0.19
102_D	234_N	0.982	0.19
102_D	141_G	0.982	0.19
107_M	289_G	0.980	0.19
85_K	158_Q	0.980	0.19
102_D	175_Q	0.980	0.19
101_A	106_K	0.978	0.19
65_Y	327_N	0.977	0.19
202_D	296_N	0.976	0.19
47_Y	330_D	0.970	0.18
23_F	327_N	0.962	0.18
116_K	281_D	0.961	0.18
74_L	97_F	0.956	0.18
137_G	206_E	0.956	0.18
72_G	107_M	0.954	0.18
8_S	73_S	0.954	0.18
273_E	286_E	0.952	0.18
109_L	211_G	0.950	0.18
15_L	42_F	0.948	0.18
35_N	39_N	0.945	0.18
90_I	152_E	0.944	0.18
292_V	295_T	0.941	0.18
121_F	132_I	0.940	0.18
225_I	333_S	0.940	0.18
152_E	203_I	0.939	0.18
3_I	270_F	0.937	0.18
171_E	253_N	0.936	0.18
79_G	115_I	0.934	0.18
115_I	277_T	0.933	0.18
4_A	62_I	0.932	0.18
41_S	196_T	0.930	0.18
6_I	28_I	0.929	0.18
109_L	254_F	0.928	0.18
62_I	113_S	0.925	0.17
232_V	280_S	0.924	0.17
85_K	335_V	0.924	0.17
76_E	215_L	0.924	0.17
187_F	247_A	0.915	0.17
143_G	206_E	0.914	0.17
254_F	287_F	0.913	0.17
103_Q	107_M	0.912	0.17
240_R	296_N	0.910	0.17
81_E	142_K	0.909	0.17
81_E	147_A	0.908	0.17
286_E	292_V	0.907	0.17
190_S	197_E	0.902	0.17
107_M	286_E	0.899	0.17
125_E	128_D	0.895	0.17
13_Q	273_E	0.891	0.17
124_P	127_V	0.888	0.17
68_L	252_N	0.888	0.17
33_R	264_P	0.887	0.17
43_I	135_L	0.887	0.17
72_G	238_V	0.883	0.17
249_E	253_N	0.881	0.16
98_E	164_K	0.880	0.16
56_V	282_I	0.877	0.16
69_I	124_P	0.875	0.16
228_T	288_S	0.873	0.16
218_E	222_E	0.872	0.16
106_K	301_G	0.871	0.16
234_N	292_V	0.868	0.16
141_G	292_V	0.868	0.16
101_A	286_E	0.867	0.16
75_V	186_Q	0.866	0.16
11_A	146_L	0.865	0.16
264_P	267_I	0.864	0.16
29_T	34_E	0.861	0.16
75_V	243_L	0.855	0.16
88_T	151_S	0.847	0.16
185_F	274_S	0.845	0.16
16_H	144_Y	0.839	0.16
202_D	214_R	0.839	0.16
106_K	298_Y	0.836	0.16
101_A	234_N	0.835	0.16
101_A	141_G	0.835	0.16
137_G	143_G	0.834	0.16
206_E	230_V	0.834	0.16
54_E	57_S	0.834	0.16
150_K	154_K	0.833	0.15
28_I	131_V	0.833	0.15
71_H	165_M	0.832	0.15
107_M	234_N	0.829	0.15
107_M	141_G	0.829	0.15
54_E	95_K	0.828	0.15
130_L	146_L	0.828	0.15
74_L	166_I	0.826	0.15
72_G	245_P	0.826	0.15
20_K	115_I	0.825	0.15
210_D	214_R	0.824	0.15
186_Q	254_F	0.823	0.15
20_K	94_K	0.819	0.15
60_N	319_I	0.819	0.15
99_W	261_L	0.818	0.15
185_F	207_T	0.816	0.15
76_E	231_V	0.811	0.15
177_Y	206_E	0.810	0.15
13_Q	141_G	0.808	0.15
13_Q	234_N	0.808	0.15
13_Q	186_Q	0.807	0.15
88_T	164_K	0.804	0.15
201_I	276_I	0.803	0.15
182_P	205_Y	0.795	0.15
27_V	113_S	0.790	0.15
144_Y	238_V	0.788	0.15
29_T	127_V	0.788	0.15
137_G	184_Y	0.786	0.15
177_Y	227_P	0.785	0.15
15_L	144_Y	0.781	0.14
250_Y	309_W	0.781	0.14
272_L	284_V	0.781	0.14
192_I	258_T	0.780	0.14
40_F	302_S	0.780	0.14
324_R	331_K	0.779	0.14
14_I	311_E	0.777	0.14
77_Y	94_K	0.777	0.14
72_G	186_Q	0.776	0.14
11_A	245_P	0.776	0.14
129_R	176_E	0.775	0.14
50_A	120_I	0.773	0.14
143_G	301_G	0.768	0.14
57_S	247_A	0.768	0.14
150_K	249_E	0.768	0.14
87_E	114_N	0.768	0.14
37_Y	322_E	0.768	0.14
244_L	304_Y	0.765	0.14
232_V	279_N	0.762	0.14
140_G	184_Y	0.762	0.14
140_G	143_G	0.761	0.14
247_A	282_I	0.760	0.14
40_F	236_P	0.759	0.14
198_I	207_T	0.757	0.14
140_G	206_E	0.754	0.14
72_G	102_D	0.751	0.14
251_A	336_V	0.750	0.14
231_V	292_V	0.747	0.14
165_M	246_V	0.746	0.14
43_I	130_L	0.742	0.14
85_K	257_T	0.741	0.14
111_R	117_I	0.734	0.14
147_A	178_V	0.734	0.14
186_Q	286_E	0.732	0.14
288_S	302_S	0.731	0.14
59_I	335_V	0.731	0.14
59_I	88_T	0.730	0.14
210_D	294_G	0.725	0.13
231_V	293_A	0.724	0.13
86_I	90_I	0.723	0.13
29_T	60_N	0.722	0.13
140_G	278_D	0.721	0.13
260_E	324_R	0.717	0.13
106_K	183_M	0.715	0.13
206_E	295_T	0.712	0.13
103_Q	109_L	0.710	0.13
143_G	321_R	0.709	0.13
130_L	257_T	0.707	0.13
51_S	125_E	0.707	0.13
64_D	121_F	0.706	0.13
63_K	94_K	0.706	0.13
69_I	222_E	0.705	0.13
286_E	293_A	0.704	0.13
137_G	231_V	0.703	0.13
140_G	292_V	0.701	0.13
176_E	302_S	0.698	0.13
49_Y	53_D	0.695	0.13
7_G	324_R	0.695	0.13
16_H	20_K	0.689	0.13
28_I	78_L	0.686	0.13
178_V	191_D	0.684	0.13
137_G	292_V	0.683	0.13
144_Y	184_Y	0.682	0.13
13_Q	102_D	0.680	0.13
61_G	64_D	0.674	0.13
13_Q	314_S	0.672	0.13
5_T	15_L	0.671	0.12
19_K	132_I	0.670	0.12
26_M	196_T	0.670	0.12
71_H	234_N	0.670	0.12
71_H	141_G	0.670	0.12
125_E	150_K	0.666	0.12
263_P	333_S	0.666	0.12
203_I	302_S	0.665	0.12
6_I	329_K	0.665	0.12
156_G	256_R	0.664	0.12
140_G	186_Q	0.663	0.12
184_Y	231_V	0.662	0.12
294_G	302_S	0.660	0.12
143_G	292_V	0.660	0.12
79_G	240_R	0.659	0.12
210_D	296_N	0.654	0.12
115_I	284_V	0.654	0.12
88_T	263_P	0.653	0.12
69_I	221_K	0.653	0.12
98_E	257_T	0.651	0.12
143_G	314_S	0.651	0.12
81_E	85_K	0.650	0.12
190_S	322_E	0.645	0.12
81_E	151_S	0.644	0.12
67_I	93_N	0.644	0.12
36_F	273_E	0.642	0.12
271_C	294_G	0.641	0.12
105_K	186_Q	0.639	0.12
185_F	282_I	0.638	0.12
115_I	254_F	0.636	0.12
76_E	298_Y	0.632	0.12
61_G	199_F	0.629	0.12
13_Q	182_P	0.629	0.12
90_I	319_I	0.628	0.12
107_M	184_Y	0.628	0.12
192_I	323_I	0.623	0.12
6_I	212_L	0.622	0.12
159_K	170_N	0.622	0.12
171_E	324_R	0.621	0.12
29_T	110_L	0.620	0.12
62_I	65_Y	0.618	0.12
72_G	292_V	0.618	0.12
118_P	134_K	0.615	0.12
228_T	275_I	0.613	0.12
200_G	287_F	0.611	0.12
103_Q	271_C	0.611	0.12
109_L	287_F	0.611	0.12
205_Y	238_V	0.610	0.11
231_V	271_C	0.607	0.11
71_H	292_V	0.607	0.11
243_L	269_P	0.606	0.11
215_L	332_L	0.605	0.11
239_A	277_T	0.603	0.11
72_G	101_A	0.603	0.11
80_K	206_E	0.603	0.11
170_N	249_E	0.602	0.11
260_E	327_N	0.601	0.11
125_E	311_E	0.600	0.11
292_V	296_N	0.600	0.11
82_R	85_K	0.600	0.11
67_I	127_V	0.598	0.11
124_P	333_S	0.594	0.11
105_K	245_P	0.593	0.11
71_H	106_K	0.590	0.11
89_K	94_K	0.590	0.11
119_E	129_R	0.590	0.11
5_T	190_S	0.590	0.11
281_D	328_E	0.588	0.11
2_I	24_Q	0.587	0.11
182_P	310_D	0.587	0.11
238_V	285_F	0.585	0.11
133_V	281_D	0.585	0.11
89_K	211_G	0.585	0.11
136_N	166_I	0.585	0.11
129_R	223_L	0.583	0.11
190_S	202_D	0.582	0.11
62_I	335_V	0.581	0.11
198_I	202_D	0.579	0.11
54_E	172_V	0.577	0.11
9_H	12_L	0.577	0.11
137_G	186_Q	0.576	0.11
192_I	331_K	0.574	0.11
88_T	321_R	0.574	0.11
106_K	135_L	0.571	0.11
54_E	247_A	0.571	0.11
78_L	119_E	0.569	0.11
52_L	109_L	0.568	0.11
4_A	26_M	0.567	0.11
175_Q	286_E	0.567	0.11
229_F	274_S	0.567	0.11
178_V	192_I	0.566	0.11
240_R	301_G	0.566	0.11
111_R	303_P	0.566	0.11
104_K	198_I	0.564	0.11
60_N	170_N	0.563	0.11
72_G	231_V	0.562	0.11
51_S	61_G	0.561	0.11
32_K	149_N	0.561	0.11
155_E	178_V	0.561	0.11
7_G	11_A	0.560	0.11
72_G	105_K	0.560	0.11
83_V	259_K	0.559	0.11
125_E	256_R	0.557	0.11
70_P	240_R	0.557	0.11
72_G	293_A	0.555	0.11
256_R	260_E	0.554	0.11
121_F	207_T	0.554	0.11
21_E	214_R	0.554	0.11
97_F	183_M	0.554	0.11
13_Q	293_A	0.553	0.11
76_E	238_V	0.553	0.11
230_V	281_D	0.552	0.11
240_R	302_S	0.551	0.11
177_Y	298_Y	0.551	0.11
31_N	34_E	0.548	0.11
158_Q	192_I	0.548	0.11
225_I	253_N	0.547	0.11
121_F	335_V	0.547	0.11
228_T	278_D	0.547	0.11
202_D	314_S	0.545	0.11
205_Y	211_G	0.544	0.10
10_S	77_Y	0.542	0.10
107_M	254_F	0.539	0.10
13_Q	72_G	0.538	0.10
208_N	277_T	0.538	0.10
277_T	280_S	0.538	0.10
8_S	70_P	0.537	0.10
202_D	291_I	0.536	0.10
109_L	273_E	0.536	0.10
81_E	267_I	0.535	0.10
263_P	331_K	0.534	0.10
111_R	170_N	0.533	0.10
143_G	231_V	0.532	0.10
236_P	294_G	0.532	0.10
217_F	221_K	0.531	0.10
14_I	319_I	0.530	0.10
234_N	273_E	0.530	0.10
141_G	273_E	0.530	0.10
178_V	334_L	0.529	0.10
110_L	272_L	0.528	0.10
327_N	331_K	0.526	0.10
179_V	284_V	0.525	0.10
159_K	330_D	0.523	0.10
175_Q	231_V	0.522	0.10
186_Q	287_F	0.522	0.10
195_R	305_S	0.521	0.10
19_K	336_V	0.520	0.10
149_N	200_G	0.516	0.10
158_Q	247_A	0.516	0.10
80_K	231_V	0.515	0.10
19_K	44_D	0.514	0.10
177_Y	212_L	0.512	0.10
251_A	254_F	0.510	0.10
105_K	140_G	0.510	0.10
133_V	320_A	0.509	0.10
259_K	336_V	0.508	0.10
15_L	79_G	0.506	0.10
184_Y	238_V	0.505	0.10
93_N	261_L	0.503	0.10
64_D	151_S	0.501	0.10
191_D	194_N	0.501	0.10
136_N	212_L	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2r7kA	5	0.9911	100	0.669	Contact Map
2r85A	3	0.9733	100	0.688	Contact Map
2pbzA	3	0.8635	100	0.692	Contact Map
3ln6A	2	0.8813	99.9	0.851	Contact Map
2i87A	2	0.8843	99.9	0.854	Contact Map
3e5nA	2	0.8605	99.9	0.854	Contact Map
1ehiA	2	0.911	99.9	0.856	Contact Map
3k3pA	2	0.8279	99.9	0.857	Contact Map
3i12A	2	0.9021	99.9	0.861	Contact Map
3tqtA	2	0.8694	99.9	0.861	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0105 seconds.