Y942 - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Y942 - Putative HTH-type transcriptional regulatory protein SSO0942

UniProt:	Q97ZH1	Sequences: MSKKIIDEVIDILEDKKYTYTMIEYPEHNRKSVDIVLNSKEPTLIRVSEDKITKEEISDLKKIAVSTLTASLVVTNEEEEDIVSVKADNVFAISPEGFKKVINGEKIFLYRTRGGIFIKIRNYILKHKREEMGYSIGDVAKFLGVSRKAIYDYEKGDSDVSLEVAEKLIDLFGDDIIGDVIWDSIKSKKEILEEGVAEFSPENFKAKLIYKLKESGLNALSLKLTAADLIVKDSDNNRYLVTIENKDYNKSMKKFYEAKKLASYTKSELVIIIRTSKMLKECEDLGYKTYEENDIHSLIDEIKGSNGRQG	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	310 (285)
Sequences:	151 (119)
Seq/√Len:	7.1

HALSA - Y2112
SULSO - Y942

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
48_S	52_I	4.354	0.98
18_Y	48_S	3.850	0.95
33_V	227_A	3.364	0.90
6_I	163_E	3.034	0.84
64_A	254_K	2.844	0.80
106_K	173_G	2.515	0.71
98_F	265_T	2.440	0.68
73_V	121_R	2.409	0.67
33_V	50_D	2.407	0.67
33_V	75_T	2.364	0.66
91_F	160_V	2.329	0.65
137_G	147_R	2.298	0.64
71_S	165_A	2.197	0.60
91_F	172_F	2.185	0.59
293_N	296_H	2.182	0.59
103_N	109_L	2.145	0.58
176_I	291_E	2.136	0.58
33_V	87_A	2.134	0.58
139_V	150_I	2.098	0.56
82_I	100_K	2.085	0.56
35_I	208_L	2.043	0.54
72_L	109_L	2.025	0.53
231_V	289_T	2.008	0.53
26_P	151_Y	1.996	0.52
56_E	258_A	1.986	0.52
45_I	219_A	1.981	0.52
113_R	148_K	1.973	0.51
183_D	187_S	1.949	0.50
74_V	98_F	1.895	0.48
94_S	296_H	1.884	0.48
72_L	163_E	1.857	0.47
32_S	56_E	1.843	0.46
133_G	272_I	1.822	0.46
74_V	104_G	1.812	0.45
176_I	224_L	1.789	0.44
50_D	227_A	1.785	0.44
71_S	130_E	1.776	0.44
121_R	178_G	1.763	0.43
131_E	191_I	1.740	0.42
261_L	280_K	1.710	0.41
74_V	127_H	1.708	0.41
74_V	234_S	1.703	0.41
225_T	240_L	1.694	0.41
74_V	217_L	1.683	0.40
143_L	172_F	1.662	0.40
59_D	294_D	1.658	0.39
137_G	148_K	1.640	0.39
75_T	111_R	1.640	0.39
121_R	270_V	1.639	0.39
120_I	176_I	1.626	0.38
33_V	169_I	1.606	0.38
290_Y	294_D	1.602	0.37
44_L	222_L	1.592	0.37
50_D	75_T	1.591	0.37
82_I	225_T	1.586	0.37
21_T	115_G	1.560	0.36
75_T	227_A	1.533	0.35
166_E	212_L	1.532	0.35
38_N	160_V	1.525	0.35
132_M	172_F	1.504	0.34
64_A	253_K	1.500	0.34
80_E	115_G	1.498	0.34
71_S	217_L	1.490	0.33
95_P	171_L	1.480	0.33
150_I	172_F	1.465	0.33
52_I	121_R	1.439	0.32
43_T	146_S	1.428	0.31
113_R	151_Y	1.399	0.30
84_S	127_H	1.389	0.30
87_A	227_A	1.375	0.30
92_A	152_D	1.371	0.29
69_T	169_I	1.367	0.29
122_N	171_L	1.358	0.29
169_I	227_A	1.357	0.29
87_A	169_I	1.337	0.28
44_L	175_D	1.333	0.28
30_R	113_R	1.325	0.28
84_S	107_I	1.320	0.28
41_E	274_R	1.309	0.28
214_E	224_L	1.306	0.27
104_G	110_Y	1.306	0.27
133_G	280_K	1.298	0.27
32_S	287_Y	1.294	0.27
80_E	114_G	1.293	0.27
71_S	118_I	1.286	0.27
162_L	233_D	1.279	0.27
15_D	72_L	1.278	0.27
48_S	73_V	1.277	0.27
156_G	168_L	1.274	0.26
107_I	111_R	1.268	0.26
75_T	115_G	1.266	0.26
197_A	208_L	1.257	0.26
120_I	141_K	1.256	0.26
107_I	226_A	1.255	0.26
140_A	165_A	1.255	0.26
160_V	281_E	1.245	0.26
65_V	246_K	1.245	0.26
63_I	231_V	1.240	0.25
94_S	205_K	1.239	0.25
108_F	257_E	1.236	0.25
90_V	206_A	1.233	0.25
56_E	148_K	1.228	0.25
48_S	75_T	1.226	0.25
103_N	255_F	1.215	0.25
125_L	164_V	1.196	0.24
84_S	97_G	1.194	0.24
72_L	95_P	1.176	0.24
39_S	51_K	1.175	0.24
75_T	216_G	1.167	0.23
35_I	198_E	1.166	0.23
85_V	97_G	1.158	0.23
18_Y	33_V	1.158	0.23
72_L	161_S	1.154	0.23
254_K	271_I	1.149	0.23
52_I	224_L	1.147	0.23
79_E	85_V	1.125	0.22
90_V	170_D	1.120	0.22
59_D	91_F	1.120	0.22
246_K	249_N	1.119	0.22
38_N	91_F	1.117	0.22
185_I	264_Y	1.112	0.22
169_I	229_L	1.097	0.22
286_G	289_T	1.095	0.21
261_L	293_N	1.089	0.21
134_Y	254_K	1.088	0.21
114_G	117_F	1.085	0.21
48_S	121_R	1.080	0.21
129_R	135_S	1.075	0.21
53_T	269_L	1.074	0.21
90_V	230_I	1.073	0.21
52_I	73_V	1.072	0.21
50_D	121_R	1.071	0.21
87_A	146_S	1.069	0.21
146_S	227_A	1.057	0.20
100_K	144_G	1.057	0.20
130_E	165_A	1.053	0.20
30_R	151_Y	1.044	0.20
176_I	273_I	1.043	0.20
140_A	219_A	1.034	0.20
44_L	221_S	1.031	0.20
50_D	87_A	1.029	0.20
64_A	90_V	1.029	0.20
33_V	37_L	1.026	0.20
16_K	30_R	1.023	0.20
176_I	292_E	1.022	0.20
94_S	119_K	1.020	0.20
44_L	228_D	1.018	0.20
92_A	267_S	1.017	0.19
252_M	293_N	1.015	0.19
141_K	263_S	1.014	0.19
18_Y	39_S	1.011	0.19
70_A	271_I	1.009	0.19
88_D	98_F	1.007	0.19
17_K	174_D	1.007	0.19
51_K	152_D	1.001	0.19
168_L	176_I	0.991	0.19
148_K	243_I	0.989	0.19
33_V	111_R	0.987	0.19
221_S	288_K	0.987	0.19
234_S	300_D	0.987	0.19
64_A	186_K	0.986	0.19
97_G	118_I	0.980	0.19
75_T	87_A	0.979	0.19
27_E	69_T	0.977	0.19
201_P	294_D	0.971	0.18
80_E	109_L	0.970	0.18
58_S	273_I	0.964	0.18
104_G	164_V	0.964	0.18
89_N	264_Y	0.960	0.18
282_C	286_G	0.956	0.18
231_V	282_C	0.954	0.18
50_D	91_F	0.950	0.18
20_Y	107_I	0.949	0.18
36_V	258_A	0.946	0.18
102_I	163_E	0.945	0.18
84_S	166_E	0.945	0.18
69_T	77_E	0.940	0.18
214_E	272_I	0.938	0.18
50_D	288_K	0.935	0.18
54_K	170_D	0.928	0.17
143_L	260_K	0.923	0.17
126_K	184_S	0.922	0.17
50_D	222_L	0.917	0.17
85_V	107_I	0.916	0.17
96_E	268_E	0.915	0.17
81_D	109_L	0.914	0.17
157_D	230_I	0.913	0.17
171_L	235_D	0.911	0.17
231_V	242_T	0.908	0.17
175_D	179_D	0.906	0.17
128_K	132_M	0.906	0.17
65_V	127_H	0.904	0.17
89_N	117_F	0.903	0.17
101_V	106_K	0.903	0.17
136_I	250_K	0.902	0.17
37_L	227_A	0.901	0.17
290_Y	298_L	0.896	0.17
45_I	218_N	0.893	0.17
99_K	261_L	0.891	0.17
33_V	242_T	0.886	0.17
77_E	262_A	0.886	0.17
76_N	262_A	0.885	0.16
103_N	219_A	0.882	0.16
143_L	150_I	0.881	0.16
120_I	125_L	0.878	0.16
273_I	291_E	0.872	0.16
149_A	221_S	0.871	0.16
44_L	163_E	0.867	0.16
93_I	109_L	0.866	0.16
18_Y	52_I	0.859	0.16
34_D	153_Y	0.859	0.16
75_T	85_V	0.857	0.16
102_I	254_K	0.857	0.16
99_K	254_K	0.856	0.16
33_V	226_A	0.852	0.16
26_P	30_R	0.846	0.16
116_I	287_Y	0.843	0.16
226_A	282_C	0.841	0.16
180_V	183_D	0.840	0.16
180_V	239_Y	0.837	0.16
121_R	170_D	0.835	0.15
162_L	217_L	0.835	0.15
111_R	227_A	0.832	0.15
47_V	213_K	0.829	0.15
40_K	103_N	0.822	0.15
18_Y	87_A	0.822	0.15
67_T	262_A	0.821	0.15
53_T	60_L	0.817	0.15
47_V	261_L	0.817	0.15
286_G	293_N	0.813	0.15
32_S	260_K	0.810	0.15
21_T	53_T	0.809	0.15
82_I	162_L	0.807	0.15
124_I	149_A	0.792	0.15
151_Y	167_K	0.787	0.15
137_G	144_G	0.787	0.15
54_K	253_K	0.784	0.14
42_P	98_F	0.784	0.14
151_Y	260_K	0.778	0.14
3_K	272_I	0.778	0.14
31_K	288_K	0.769	0.14
135_S	153_Y	0.768	0.14
176_I	215_S	0.766	0.14
47_V	230_I	0.764	0.14
42_P	128_K	0.764	0.14
20_Y	268_E	0.760	0.14
33_V	107_I	0.760	0.14
77_E	104_G	0.752	0.14
95_P	172_F	0.747	0.14
88_D	160_V	0.746	0.14
36_V	247_D	0.745	0.14
46_R	85_V	0.745	0.14
60_L	167_K	0.743	0.14
107_I	241_V	0.743	0.14
88_D	122_N	0.740	0.14
109_L	274_R	0.740	0.14
215_S	274_R	0.738	0.14
66_S	119_K	0.737	0.14
80_E	228_D	0.736	0.14
125_L	149_A	0.736	0.14
9_V	225_T	0.735	0.14
47_V	147_R	0.732	0.13
24_E	280_K	0.728	0.13
129_R	153_Y	0.724	0.13
36_V	53_T	0.722	0.13
103_N	140_A	0.722	0.13
40_K	200_S	0.720	0.13
93_I	123_Y	0.719	0.13
117_F	136_I	0.719	0.13
39_S	48_S	0.717	0.13
26_P	260_K	0.717	0.13
65_V	131_E	0.716	0.13
101_V	287_Y	0.714	0.13
43_T	274_R	0.713	0.13
92_A	99_K	0.713	0.13
147_R	216_G	0.712	0.13
104_G	131_E	0.712	0.13
35_I	188_K	0.712	0.13
60_L	91_F	0.707	0.13
74_V	146_S	0.705	0.13
48_S	91_F	0.703	0.13
17_K	79_E	0.701	0.13
92_A	180_V	0.700	0.13
75_T	169_I	0.699	0.13
87_A	226_A	0.699	0.13
124_I	289_T	0.697	0.13
17_K	134_Y	0.697	0.13
96_E	224_L	0.696	0.13
92_A	173_G	0.695	0.13
98_F	101_V	0.695	0.13
167_K	250_K	0.695	0.13
97_G	111_R	0.693	0.13
121_R	152_D	0.691	0.13
6_I	252_M	0.691	0.13
36_V	103_N	0.689	0.13
170_D	286_G	0.687	0.13
163_E	290_Y	0.683	0.13
102_I	269_L	0.681	0.13
67_T	271_I	0.681	0.13
136_I	179_D	0.679	0.13
33_V	115_G	0.678	0.13
112_T	159_D	0.678	0.13
106_K	175_D	0.673	0.12
172_F	256_Y	0.672	0.12
72_L	131_E	0.672	0.12
111_R	115_G	0.671	0.12
37_L	226_A	0.670	0.12
51_K	90_V	0.668	0.12
73_V	184_S	0.664	0.12
72_L	184_S	0.654	0.12
102_I	225_T	0.654	0.12
75_T	97_G	0.652	0.12
47_V	180_V	0.651	0.12
67_T	97_G	0.650	0.12
203_N	250_K	0.647	0.12
177_I	231_V	0.646	0.12
80_E	117_F	0.646	0.12
152_D	226_A	0.645	0.12
48_S	115_G	0.643	0.12
25_Y	53_T	0.642	0.12
124_I	281_E	0.641	0.12
123_Y	224_L	0.641	0.12
277_K	300_D	0.641	0.12
146_S	252_M	0.638	0.12
12_I	45_I	0.637	0.12
118_I	163_E	0.635	0.12
45_I	299_I	0.634	0.12
166_E	232_K	0.634	0.12
54_K	90_V	0.632	0.12
86_K	113_R	0.632	0.12
237_N	261_L	0.629	0.12
168_L	238_R	0.625	0.12
179_D	224_L	0.621	0.12
31_K	143_L	0.618	0.12
13_L	131_E	0.617	0.12
111_R	139_V	0.617	0.12
26_P	32_S	0.616	0.12
272_I	283_E	0.616	0.12
82_I	183_D	0.616	0.12
55_E	94_S	0.613	0.11
128_K	254_K	0.613	0.11
235_D	297_S	0.612	0.11
5_I	116_I	0.611	0.11
95_P	163_E	0.611	0.11
115_G	169_I	0.611	0.11
108_F	260_K	0.610	0.11
171_L	202_E	0.609	0.11
17_K	98_F	0.609	0.11
55_E	239_Y	0.608	0.11
18_Y	185_I	0.606	0.11
109_L	198_E	0.605	0.11
133_G	155_K	0.605	0.11
60_L	154_E	0.604	0.11
79_E	254_K	0.604	0.11
97_G	136_I	0.603	0.11
73_V	271_I	0.603	0.11
78_E	104_G	0.602	0.11
44_L	295_I	0.599	0.11
116_I	125_L	0.598	0.11
259_K	289_T	0.598	0.11
106_K	258_A	0.595	0.11
40_K	93_I	0.591	0.11
54_K	92_A	0.587	0.11
183_D	208_L	0.584	0.11
172_F	280_K	0.583	0.11
102_I	128_K	0.581	0.11
127_H	131_E	0.578	0.11
46_R	153_Y	0.578	0.11
24_E	92_A	0.575	0.11
74_V	122_N	0.574	0.11
88_D	152_D	0.574	0.11
49_E	172_F	0.574	0.11
79_E	156_G	0.573	0.11
36_V	291_E	0.572	0.11
74_V	250_K	0.570	0.11
223_K	297_S	0.569	0.11
249_N	263_S	0.568	0.11
107_I	115_G	0.568	0.11
169_I	226_A	0.567	0.11
261_L	274_R	0.567	0.11
198_E	203_N	0.562	0.11
113_R	155_K	0.555	0.11
163_E	212_L	0.552	0.11
40_K	95_P	0.551	0.11
44_L	202_E	0.551	0.11
20_Y	100_K	0.550	0.11
82_I	133_G	0.548	0.11
121_R	217_L	0.547	0.10
31_K	35_I	0.547	0.10
9_V	168_L	0.545	0.10
50_D	169_I	0.545	0.10
36_V	63_I	0.544	0.10
24_E	119_K	0.544	0.10
18_Y	38_N	0.542	0.10
240_L	254_K	0.540	0.10
64_A	272_I	0.537	0.10
13_L	270_V	0.536	0.10
51_K	160_V	0.535	0.10
156_G	286_G	0.534	0.10
138_D	165_A	0.533	0.10
70_A	171_L	0.533	0.10
91_F	168_L	0.532	0.10
201_P	283_E	0.531	0.10
11_D	262_A	0.530	0.10
115_G	216_G	0.528	0.10
201_P	222_L	0.527	0.10
105_E	179_D	0.527	0.10
13_L	48_S	0.525	0.10
215_S	239_Y	0.522	0.10
94_S	293_N	0.519	0.10
94_S	162_L	0.519	0.10
111_R	169_I	0.518	0.10
113_R	152_D	0.517	0.10
247_D	260_K	0.516	0.10
148_K	151_Y	0.514	0.10
12_I	150_I	0.513	0.10
32_S	137_G	0.512	0.10
72_L	251_S	0.511	0.10
170_D	173_G	0.509	0.10
45_I	122_N	0.508	0.10
133_G	200_S	0.507	0.10
168_L	268_E	0.507	0.10
203_N	280_K	0.506	0.10
37_L	152_D	0.504	0.10
44_L	60_L	0.504	0.10
40_K	43_T	0.503	0.10
163_E	176_I	0.502	0.10
38_N	48_S	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2a6cA	2	0.2419	98.7	0.892	Contact Map
2ppxA	4	0.2	98.6	0.896	Contact Map
3f52A	2	0.2581	98.6	0.898	Contact Map
2p5tA	2	0.2806	98.5	0.9	Contact Map
4jcyA	2	0.2839	98.5	0.9	Contact Map
2auwA	2	0.4903	98.5	0.901	Contact Map
3fmyA	2	0.1935	98.5	0.901	Contact Map
3cecA	1	0.2806	98.4	0.902	Contact Map
4o8bA	2	0.3097	98.4	0.902	Contact Map
3tysA	2	0.2419	98.4	0.902	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0093 seconds.