Q97ZD2 - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q97ZD2 - Alpha amylase

UniProt:	Q97ZD2	Sequences: MKRVIVGFEVHQPFRIRRDFFWNPRFRQKLEDRFFDTERNKEIFERIKKNCYIPATNIILSSIERAEEEGNNVKYFFSISGTFLEQAERWGREVIELFQQLAYTHKVEFLAQTYYHSVTSLWEDKSEWKEQVKMHKDTIKSYFGQYPTTFENTELITKKDIVEEVEKMGFKMMLSEGTNRNLNGRSPNYVYKLKGHEIRMLFRNYTLSDDIAFRFSNPNWDQYPLTASKYADWISRSEGNVGLIFVDYETFGEHHREQTGILEFLKWLPIELNSKGVEMMMPKEVYNDVYDEIEIAHTTSWADIEKDEKSWLGNIMQWAYDDAVRRAEMPSRELGNEYLRVWRYFTTSDNYYYLYLGHGSPAEVHSYFNAFGSPIDAFINEFYAISTFIHEEISKLNIKNEPYIFILGDKRASIAWNEKEFMEIVMRDERFKTHLKNLRLWLGNEKD	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	447 (386)
Sequences:	322 (198)
Seq/√Len:	10.1

SULSO - Q97ZD2

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
102_A	109_F	8.167	1.00
159_K	294_E	5.006	1.00
56_T	97_L	4.121	0.99
83_F	87_A	4.112	0.99
149_T	172_M	4.035	0.99
56_T	98_F	3.930	0.99
55_A	265_L	3.917	0.99
56_T	248_Y	3.912	0.99
61_S	266_K	3.898	0.99
188_N	204_N	3.850	0.98
158_K	298_T	3.557	0.97
44_F	87_A	3.419	0.97
149_T	283_K	3.276	0.96
140_K	146_Y	3.191	0.95
172_M	286_Y	3.180	0.95
98_F	248_Y	3.174	0.95
312_L	321_D	3.045	0.93
73_V	279_M	3.044	0.93
165_V	198_I	3.010	0.93
175_S	299_T	2.990	0.93
112_Q	151_E	2.793	0.90
50_N	256_R	2.717	0.89
88_E	138_T	2.702	0.88
200_M	293_I	2.633	0.87
17_R	31_E	2.489	0.84
59_I	77_F	2.438	0.82
85_E	114_Y	2.413	0.82
272_L	277_V	2.401	0.81
162_V	193_L	2.360	0.80
250_T	253_E	2.312	0.79
96_E	99_Q	2.051	0.69
76_F	282_P	2.041	0.69
84_L	142_Y	2.038	0.69
365_H	368_F	2.000	0.67
253_E	302_A	1.998	0.67
34_F	387_T	1.997	0.67
74_K	284_E	1.969	0.66
302_A	365_H	1.907	0.64
7_G	245_F	1.873	0.62
250_T	302_A	1.868	0.62
55_A	59_I	1.830	0.60
253_E	365_H	1.820	0.60
64_E	100_Q	1.791	0.58
220_W	233_W	1.754	0.57
120_S	161_I	1.751	0.57
124_D	328_E	1.749	0.57
320_Y	382_F	1.695	0.54
364_V	368_F	1.694	0.54
234_I	272_L	1.694	0.54
134_M	343_R	1.692	0.54
149_T	286_Y	1.675	0.53
15_R	249_E	1.673	0.53
150_F	165_V	1.627	0.51
213_F	352_Y	1.616	0.50
151_E	246_V	1.615	0.50
254_H	367_Y	1.610	0.50
254_H	302_A	1.606	0.50
114_Y	143_F	1.586	0.49
53_I	97_L	1.574	0.49
226_T	229_K	1.563	0.48
234_I	277_V	1.562	0.48
341_V	391_E	1.545	0.47
91_G	94_V	1.542	0.47
218_P	223_Y	1.531	0.47
282_P	285_V	1.526	0.46
93_E	337_E	1.520	0.46
154_E	254_H	1.518	0.46
12_Q	15_R	1.518	0.46
85_E	138_T	1.513	0.46
165_V	173_M	1.509	0.46
246_V	255_H	1.503	0.45
19_D	34_F	1.496	0.45
220_W	225_L	1.494	0.45
154_E	368_F	1.474	0.44
51_C	98_F	1.468	0.44
231_A	272_L	1.467	0.44
249_E	253_E	1.463	0.43
303_D	306_K	1.455	0.43
184_G	189_Y	1.453	0.43
154_E	349_D	1.449	0.43
10_V	98_F	1.444	0.43
109_F	145_Q	1.433	0.42
96_E	216_S	1.399	0.41
74_K	286_Y	1.397	0.41
349_D	353_Y	1.397	0.41
47_I	256_R	1.392	0.40
302_A	364_V	1.387	0.40
166_E	195_G	1.387	0.40
154_E	249_E	1.384	0.40
254_H	352_Y	1.381	0.40
241_V	285_V	1.359	0.39
148_T	171_K	1.339	0.38
203_R	244_I	1.336	0.38
249_E	352_Y	1.331	0.38
118_V	157_T	1.325	0.37
154_E	213_F	1.317	0.37
97_L	248_Y	1.312	0.37
249_E	368_F	1.303	0.36
84_L	138_T	1.297	0.36
310_S	357_G	1.296	0.36
251_F	265_L	1.295	0.36
213_F	254_H	1.268	0.35
254_H	364_V	1.266	0.35
156_I	300_S	1.263	0.35
35_F	90_W	1.260	0.35
340_R	344_Y	1.260	0.35
230_Y	234_I	1.257	0.35
307_D	357_G	1.257	0.35
74_K	171_K	1.253	0.34
15_R	353_Y	1.252	0.34
80_S	90_W	1.241	0.34
303_D	307_D	1.234	0.34
101_L	104_T	1.233	0.34
210_D	220_W	1.232	0.33
44_F	83_F	1.229	0.33
121_L	156_I	1.225	0.33
247_D	251_F	1.225	0.33
232_D	275_K	1.210	0.33
74_K	148_T	1.205	0.32
15_R	349_D	1.197	0.32
249_E	349_D	1.185	0.32
223_Y	234_I	1.181	0.31
58_I	262_L	1.177	0.31
235_S	276_G	1.176	0.31
129_K	167_K	1.175	0.31
96_E	161_I	1.173	0.31
247_D	254_H	1.172	0.31
46_R	203_R	1.172	0.31
253_E	367_Y	1.166	0.31
159_K	179_N	1.162	0.31
10_V	51_C	1.150	0.30
213_F	302_A	1.145	0.30
63_I	106_K	1.145	0.30
10_V	56_T	1.143	0.30
293_I	369_N	1.142	0.30
40_N	54_P	1.137	0.30
302_A	310_S	1.134	0.30
17_R	291_D	1.130	0.29
49_K	93_E	1.127	0.29
265_L	271_E	1.120	0.29
213_F	253_E	1.117	0.29
51_C	168_M	1.117	0.29
81_G	187_P	1.104	0.28
15_R	368_F	1.100	0.28
42_E	231_A	1.096	0.28
355_Y	359_G	1.095	0.28
111_A	136_K	1.091	0.28
12_Q	40_N	1.089	0.28
206_T	230_Y	1.088	0.28
168_M	300_S	1.083	0.28
43_I	368_F	1.083	0.28
19_D	32_D	1.079	0.28
147_P	312_L	1.076	0.27
148_T	283_K	1.075	0.27
15_R	154_E	1.075	0.27
63_I	107_V	1.074	0.27
302_A	368_F	1.074	0.27
217_N	232_D	1.067	0.27
55_A	251_F	1.066	0.27
18_R	230_Y	1.058	0.27
112_Q	246_V	1.055	0.27
113_T	352_Y	1.051	0.27
88_E	142_Y	1.050	0.26
250_T	367_Y	1.050	0.26
35_F	363_E	1.048	0.26
99_Q	132_V	1.040	0.26
7_G	155_L	1.037	0.26
1_M	234_I	1.035	0.26
250_T	365_H	1.030	0.26
78_S	113_T	1.029	0.26
7_G	112_Q	1.024	0.26
13_P	117_S	1.019	0.25
364_V	367_Y	1.019	0.25
153_T	260_G	1.018	0.25
247_D	352_Y	1.018	0.25
378_F	383_Y	1.010	0.25
77_F	259_T	0.996	0.25
88_E	95_I	0.994	0.25
209_D	253_E	0.993	0.24
247_D	253_E	0.993	0.24
249_E	254_H	0.992	0.24
130_E	343_R	0.992	0.24
58_I	265_L	0.990	0.24
104_T	107_V	0.990	0.24
162_V	195_G	0.989	0.24
205_Y	309_K	0.988	0.24
310_S	365_H	0.987	0.24
53_I	93_E	0.982	0.24
132_V	293_I	0.981	0.24
253_E	368_F	0.978	0.24
41_K	70_G	0.965	0.24
122_W	321_D	0.953	0.23
303_D	310_S	0.951	0.23
203_R	212_A	0.951	0.23
43_I	153_T	0.949	0.23
170_F	287_N	0.949	0.23
125_K	160_D	0.943	0.23
319_A	378_F	0.943	0.23
253_E	352_Y	0.941	0.23
249_E	302_A	0.940	0.23
140_K	144_G	0.937	0.23
15_R	260_G	0.936	0.23
84_L	139_I	0.933	0.22
253_E	364_V	0.932	0.22
46_R	253_E	0.930	0.22
391_E	394_S	0.928	0.22
357_G	365_H	0.927	0.22
181_N	298_T	0.927	0.22
335_G	339_L	0.926	0.22
12_Q	368_F	0.925	0.22
46_R	352_Y	0.921	0.22
302_A	352_Y	0.918	0.22
12_Q	364_V	0.915	0.22
350_N	370_A	0.914	0.22
84_L	99_Q	0.910	0.22
82_T	347_T	0.909	0.22
7_G	151_E	0.909	0.22
151_E	348_S	0.903	0.22
77_F	98_F	0.898	0.21
155_L	216_S	0.898	0.21
254_H	368_F	0.898	0.21
220_W	224_P	0.897	0.21
298_T	316_M	0.893	0.21
313_G	377_A	0.891	0.21
260_G	353_Y	0.887	0.21
213_F	249_E	0.886	0.21
213_F	247_D	0.886	0.21
250_T	254_H	0.886	0.21
3_R	289_V	0.885	0.21
250_T	349_D	0.881	0.21
278_E	288_D	0.880	0.21
19_D	22_W	0.880	0.21
57_N	100_Q	0.875	0.21
20_F	323_A	0.874	0.21
7_G	246_V	0.874	0.21
193_L	294_E	0.872	0.21
44_F	286_Y	0.868	0.20
19_D	387_T	0.863	0.20
42_E	162_V	0.863	0.20
25_R	32_D	0.860	0.20
159_K	298_T	0.860	0.20
39_R	332_R	0.859	0.20
137_D	146_Y	0.855	0.20
348_S	364_V	0.852	0.20
12_Q	349_D	0.852	0.20
206_T	222_Q	0.851	0.20
46_R	254_H	0.847	0.20
113_T	150_F	0.844	0.20
43_I	249_E	0.843	0.20
161_I	321_D	0.837	0.20
154_E	310_S	0.836	0.20
88_E	376_D	0.833	0.19
102_A	145_Q	0.832	0.19
258_Q	293_I	0.830	0.19
209_D	255_H	0.830	0.19
337_E	340_R	0.827	0.19
253_E	310_S	0.826	0.19
247_D	250_T	0.826	0.19
84_L	269_P	0.822	0.19
233_W	367_Y	0.820	0.19
324_V	346_T	0.820	0.19
228_S	378_F	0.818	0.19
58_I	363_E	0.818	0.19
129_K	164_E	0.816	0.19
79_I	83_F	0.815	0.19
10_V	254_H	0.813	0.19
305_E	357_G	0.812	0.19
154_E	302_A	0.811	0.19
383_Y	387_T	0.808	0.19
111_A	270_I	0.803	0.19
95_I	144_G	0.801	0.19
375_I	380_N	0.801	0.19
49_K	385_I	0.799	0.18
153_T	251_F	0.797	0.18
15_R	213_F	0.797	0.18
61_S	276_G	0.796	0.18
14_F	82_T	0.796	0.18
225_L	263_E	0.796	0.18
15_R	352_Y	0.794	0.18
280_M	285_V	0.794	0.18
295_I	299_T	0.793	0.18
256_R	347_T	0.792	0.18
43_I	47_I	0.787	0.18
309_K	357_G	0.787	0.18
210_D	233_W	0.785	0.18
12_Q	302_A	0.785	0.18
14_F	89_R	0.784	0.18
196_H	239_G	0.784	0.18
12_Q	43_I	0.783	0.18
93_E	292_E	0.782	0.18
324_V	385_I	0.781	0.18
129_K	132_V	0.780	0.18
226_T	299_T	0.778	0.18
43_I	154_E	0.778	0.18
154_E	353_Y	0.776	0.18
6_V	378_F	0.774	0.18
17_R	23_N	0.773	0.18
213_F	365_H	0.773	0.18
127_E	343_R	0.773	0.18
304_I	324_V	0.772	0.18
115_Y	343_R	0.770	0.18
117_S	260_G	0.770	0.18
112_Q	150_F	0.768	0.18
62_S	262_L	0.768	0.18
359_G	392_E	0.766	0.18
213_F	250_T	0.763	0.18
286_Y	337_E	0.761	0.17
302_A	367_Y	0.758	0.17
23_N	84_L	0.758	0.17
120_S	388_F	0.757	0.17
86_Q	302_A	0.756	0.17
149_T	276_G	0.755	0.17
6_V	363_E	0.752	0.17
117_S	248_Y	0.750	0.17
385_I	391_E	0.748	0.17
153_T	253_E	0.748	0.17
19_D	24_P	0.746	0.17
217_N	378_F	0.745	0.17
302_A	349_D	0.743	0.17
247_D	302_A	0.743	0.17
60_L	150_F	0.741	0.17
249_E	353_Y	0.741	0.17
19_D	346_T	0.740	0.17
20_F	378_F	0.740	0.17
226_T	353_Y	0.739	0.17
194_K	197_E	0.737	0.17
210_D	214_R	0.737	0.17
51_C	54_P	0.736	0.17
228_S	238_E	0.734	0.17
167_K	240_N	0.733	0.17
196_H	341_V	0.733	0.17
54_P	252_G	0.731	0.17
177_G	233_W	0.731	0.17
88_E	285_V	0.730	0.17
15_R	253_E	0.730	0.17
111_A	170_F	0.730	0.17
100_Q	136_K	0.727	0.17
254_H	365_H	0.721	0.16
158_K	161_I	0.721	0.16
144_G	279_M	0.718	0.16
70_G	173_M	0.713	0.16
137_D	385_I	0.712	0.16
77_F	248_Y	0.712	0.16
157_T	371_F	0.712	0.16
55_A	282_P	0.710	0.16
17_R	192_K	0.709	0.16
253_E	349_D	0.707	0.16
13_P	204_N	0.706	0.16
160_D	335_G	0.705	0.16
12_Q	249_E	0.705	0.16
4_V	384_A	0.704	0.16
35_F	106_K	0.703	0.16
251_F	369_N	0.701	0.16
178_T	282_P	0.701	0.16
139_I	145_Q	0.700	0.16
15_R	43_I	0.699	0.16
344_Y	378_F	0.699	0.16
114_Y	187_P	0.698	0.16
79_I	84_L	0.696	0.16
75_Y	324_V	0.695	0.16
307_D	310_S	0.695	0.16
15_R	86_Q	0.694	0.16
81_G	114_Y	0.694	0.16
22_W	104_T	0.694	0.16
133_K	211_I	0.692	0.16
4_V	167_K	0.691	0.16
17_R	277_V	0.688	0.16
239_G	341_V	0.687	0.16
65_R	80_S	0.687	0.16
127_E	353_Y	0.683	0.15
303_D	365_H	0.679	0.15
209_D	301_W	0.679	0.15
105_H	306_K	0.677	0.15
246_V	354_L	0.677	0.15
13_P	349_D	0.677	0.15
89_R	228_S	0.677	0.15
15_R	365_H	0.676	0.15
46_R	302_A	0.675	0.15
125_K	331_S	0.675	0.15
129_K	165_V	0.673	0.15
9_E	379_I	0.672	0.15
66_A	76_F	0.671	0.15
116_H	348_S	0.670	0.15
214_R	220_W	0.670	0.15
65_R	270_I	0.669	0.15
225_L	233_W	0.669	0.15
229_K	233_W	0.667	0.15
188_N	260_G	0.667	0.15
380_N	386_S	0.667	0.15
15_R	311_W	0.666	0.15
130_E	277_V	0.665	0.15
120_S	141_S	0.663	0.15
83_F	299_T	0.660	0.15
205_Y	247_D	0.660	0.15
212_A	244_I	0.659	0.15
39_R	43_I	0.659	0.15
13_P	260_G	0.657	0.15
247_D	349_D	0.656	0.15
153_T	368_F	0.656	0.15
151_E	255_H	0.654	0.15
227_A	267_W	0.653	0.15
45_E	84_L	0.652	0.15
182_L	185_R	0.651	0.15
77_F	276_G	0.651	0.15
79_I	110_L	0.651	0.15
222_Q	229_K	0.648	0.15
118_V	262_L	0.646	0.15
43_I	353_Y	0.645	0.15
84_L	287_N	0.643	0.15
249_E	365_H	0.641	0.14
234_I	278_E	0.641	0.14
190_V	331_S	0.639	0.14
58_I	271_E	0.639	0.14
229_K	352_Y	0.634	0.14
301_W	311_W	0.633	0.14
253_E	353_Y	0.632	0.14
180_R	380_N	0.630	0.14
46_R	339_L	0.630	0.14
13_P	127_E	0.629	0.14
376_D	379_I	0.628	0.14
43_I	365_H	0.628	0.14
63_I	149_T	0.627	0.14
307_D	311_W	0.627	0.14
353_Y	368_F	0.625	0.14
150_F	155_L	0.624	0.14
355_Y	374_P	0.624	0.14
247_D	367_Y	0.622	0.14
135_H	187_P	0.616	0.14
260_G	349_D	0.615	0.14
46_R	113_T	0.614	0.14
165_V	170_F	0.614	0.14
138_T	278_E	0.613	0.14
181_N	241_V	0.612	0.14
89_R	335_G	0.609	0.14
159_K	162_V	0.609	0.14
10_V	60_L	0.609	0.14
352_Y	365_H	0.607	0.14
250_T	353_Y	0.606	0.14
133_K	137_D	0.606	0.14
159_K	315_I	0.605	0.14
21_F	25_R	0.603	0.14
92_R	244_I	0.601	0.14
265_L	340_R	0.600	0.14
45_E	49_K	0.600	0.14
171_K	287_N	0.600	0.14
98_F	379_I	0.599	0.14
32_D	179_N	0.597	0.14
183_N	299_T	0.597	0.14
235_S	277_V	0.597	0.14
113_T	248_Y	0.593	0.13
6_V	109_F	0.593	0.13
20_F	31_E	0.592	0.13
117_S	131_Q	0.591	0.13
4_V	278_E	0.591	0.13
112_Q	355_Y	0.591	0.13
113_T	349_D	0.591	0.13
77_F	84_L	0.591	0.13
210_D	225_L	0.589	0.13
230_Y	238_E	0.588	0.13
291_D	318_W	0.588	0.13
4_V	338_Y	0.587	0.13
358_H	369_N	0.585	0.13
320_Y	381_E	0.585	0.13
78_S	301_W	0.585	0.13
154_E	365_H	0.585	0.13
197_E	291_D	0.584	0.13
89_R	218_P	0.584	0.13
179_N	185_R	0.582	0.13
22_W	25_R	0.581	0.13
352_Y	368_F	0.581	0.13
181_N	316_M	0.581	0.13
116_H	154_E	0.580	0.13
127_E	260_G	0.580	0.13
50_N	245_F	0.579	0.13
10_V	77_F	0.578	0.13
159_K	193_L	0.577	0.13
282_P	295_I	0.576	0.13
61_S	65_R	0.574	0.13
155_L	202_F	0.574	0.13
91_G	341_V	0.573	0.13
303_D	347_T	0.572	0.13
6_V	141_S	0.571	0.13
119_T	131_Q	0.570	0.13
189_Y	287_N	0.570	0.13
303_D	357_G	0.569	0.13
269_P	294_E	0.565	0.13
200_M	217_N	0.565	0.13
122_W	322_D	0.564	0.13
46_R	212_A	0.563	0.13
205_Y	303_D	0.560	0.13
113_T	204_N	0.559	0.13
222_Q	255_H	0.559	0.13
72_N	106_K	0.558	0.13
140_K	259_T	0.556	0.13
120_S	296_A	0.556	0.13
182_L	186_S	0.556	0.13
21_F	319_A	0.556	0.13
272_L	276_G	0.554	0.13
373_S	377_A	0.554	0.13
5_I	384_A	0.554	0.13
272_L	395_K	0.553	0.13
267_W	332_R	0.553	0.13
84_L	202_F	0.553	0.13
21_F	24_P	0.553	0.13
83_F	216_S	0.550	0.13
130_E	332_R	0.550	0.13
120_S	159_K	0.549	0.13
23_N	263_E	0.547	0.12
154_E	364_V	0.547	0.12
303_D	348_S	0.545	0.12
87_A	384_A	0.545	0.12
221_D	375_I	0.544	0.12
356_L	377_A	0.544	0.12
47_I	247_D	0.542	0.12
293_I	326_R	0.542	0.12
303_D	311_W	0.542	0.12
154_E	247_D	0.541	0.12
47_I	253_E	0.540	0.12
35_F	117_S	0.540	0.12
318_W	346_T	0.540	0.12
55_A	88_E	0.539	0.12
82_T	263_E	0.539	0.12
98_F	102_A	0.538	0.12
105_H	259_T	0.537	0.12
332_R	339_L	0.537	0.12
141_S	324_V	0.536	0.12
272_L	285_V	0.536	0.12
154_E	250_T	0.536	0.12
45_E	196_H	0.535	0.12
13_P	154_E	0.534	0.12
178_T	300_S	0.534	0.12
97_L	101_L	0.533	0.12
334_L	339_L	0.532	0.12
55_A	99_Q	0.532	0.12
230_Y	336_N	0.532	0.12
136_K	259_T	0.531	0.12
16_I	259_T	0.530	0.12
249_E	260_G	0.529	0.12
213_F	349_D	0.527	0.12
66_A	275_K	0.527	0.12
84_L	164_E	0.527	0.12
250_T	368_F	0.526	0.12
198_I	258_Q	0.526	0.12
213_F	251_F	0.525	0.12
356_L	371_F	0.525	0.12
265_L	294_E	0.524	0.12
254_H	310_S	0.523	0.12
19_D	383_Y	0.523	0.12
145_Q	270_I	0.522	0.12
74_K	280_M	0.521	0.12
145_Q	324_V	0.521	0.12
80_S	161_I	0.521	0.12
117_S	127_E	0.520	0.12
193_L	321_D	0.518	0.12
100_Q	103_Y	0.517	0.12
244_I	318_W	0.516	0.12
99_Q	218_P	0.514	0.12
6_V	203_R	0.514	0.12
94_V	208_S	0.513	0.12
36_D	107_V	0.512	0.12
59_I	75_Y	0.512	0.12
63_I	109_F	0.511	0.12
162_V	342_W	0.509	0.12
316_M	370_A	0.508	0.12
13_P	353_Y	0.508	0.12
230_Y	346_T	0.508	0.12
113_T	247_D	0.507	0.12
2_K	256_R	0.507	0.12
255_H	325_R	0.507	0.12
151_E	155_L	0.506	0.12
121_L	304_I	0.505	0.12
36_D	104_T	0.505	0.12
147_P	170_F	0.504	0.12
99_Q	103_Y	0.503	0.12
51_C	77_F	0.502	0.12
84_L	137_D	0.502	0.12
44_F	325_R	0.502	0.12
175_S	219_N	0.502	0.12
153_T	310_S	0.500	0.12

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3n98A	1	0.8635	100	0.637	Contact Map
2b5dX	3	0.83	100	0.645	Contact Map
3p0bA	1	0.8389	100	0.646	Contact Map
1k1xA	2	0.8546	100	0.723	Contact Map
4cmrA	3	0.9262	100	0.77	Contact Map
4ly4A	3	0.5772	99.8	0.896	Contact Map
1o7dA	1	0.5481	99.7	0.904	Contact Map
3rxzA	3	0.5884	99.7	0.907	Contact Map
2vyoA	1	0.443	99.6	0.912	Contact Map
4m1bA	1	0.4385	99.6	0.916	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0114 seconds.