Q97YS0 - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q97YS0 - Transposase ISC1359

UniProt:	Q97YS0	Sequences: MKHENTTKPAKFNRDFARSALKIIYSILTKILFLEELLSALLKASGSYLSRLGKDGRRALRKLNAVQVEDVRDALRKMGRMTLRGVRDKRVAVDFHAIPQYHANKSFLSRIKPTKGTSWGLVQAAIFLLGRTRSFLDVIPVTVKNVAEGFKAVMEVIVKELEEDKLRLVMVFADREFAVNEVIRYLLELGLDFVISAKAQMYKKYKGMLQDVDVSFGGVRYTGFLCVRHGTGAYLIILRKEDGKIIAFLVRREIDLHDAIVLAEMYRERWGIENAFRSLEEFRIRTRTCDVRKELVLVLLSYLLLNVWFLIRSWRKVKLWEFSVSLSNLLDREVRVEQGRVFREVKTSFP	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	350 (302)
Sequences:	167 (123)
Seq/√Len:	7.1

HALSA - Q9HHP9 O51989 O51959
SULSO - Q97YS0 Q7LXX4 Q97YD0 Q97TV3 Q97XT0 Q97Y40 Q97Y64 Q97WW6 Q97UW1 Q97XW2 Q97UV3

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
125_A	276_F	5.258	0.99
168_L	194_V	4.129	0.97
327_S	331_D	3.930	0.96
173_A	275_A	3.682	0.94
93_V	154_M	3.608	0.93
250_V	288_T	3.237	0.88
60_L	293_K	3.072	0.85
161_L	171_V	2.901	0.82
296_V	300_L	2.828	0.80
250_V	270_W	2.808	0.79
63_L	117_T	2.604	0.74
126_I	161_L	2.593	0.73
135_F	276_F	2.531	0.71
174_D	269_R	2.492	0.70
125_A	299_L	2.432	0.68
54_K	102_H	2.308	0.64
327_S	330_L	2.280	0.63
234_Y	237_I	2.260	0.62
94_D	273_E	2.251	0.62
96_H	280_E	2.229	0.61
324_V	334_V	2.227	0.61
274_N	277_R	2.221	0.61
175_R	196_S	2.210	0.60
312_R	316_K	2.171	0.59
24_I	41_L	2.152	0.58
250_V	305_L	2.013	0.53
206_K	209_L	1.997	0.52
324_V	328_N	1.968	0.51
329_L	334_V	1.945	0.50
178_A	274_N	1.943	0.50
186_L	191_L	1.919	0.49
294_E	308_W	1.831	0.46
251_R	300_L	1.818	0.45
324_V	327_S	1.788	0.44
57_R	195_I	1.785	0.44
178_A	197_A	1.778	0.44
121_L	276_F	1.761	0.43
24_I	27_I	1.757	0.43
95_F	168_L	1.756	0.43
94_D	174_D	1.752	0.43
174_D	273_E	1.752	0.43
135_F	302_Y	1.744	0.43
120_G	270_W	1.731	0.42
26_S	35_E	1.721	0.42
266_Y	272_I	1.683	0.40
126_I	137_D	1.674	0.40
94_D	269_R	1.670	0.40
269_R	273_E	1.670	0.40
238_L	276_F	1.639	0.39
282_F	305_L	1.588	0.37
124_A	157_I	1.556	0.36
92_A	248_F	1.552	0.36
326_L	329_L	1.536	0.35
276_F	286_T	1.535	0.35
48_Y	93_V	1.525	0.35
33_F	37_L	1.523	0.35
97_A	122_V	1.519	0.34
203_K	304_L	1.518	0.34
63_L	240_K	1.518	0.34
59_A	178_A	1.515	0.34
111_I	114_T	1.501	0.34
107_F	110_R	1.495	0.34
27_I	31_I	1.492	0.34
177_F	277_R	1.474	0.33
63_L	113_P	1.413	0.31
237_I	292_R	1.410	0.31
92_A	182_V	1.404	0.31
75_L	306_N	1.402	0.30
95_F	141_V	1.391	0.30
92_A	254_I	1.387	0.30
168_L	232_G	1.385	0.30
168_L	279_L	1.369	0.29
27_I	41_L	1.365	0.29
168_L	276_F	1.357	0.29
87_R	296_V	1.348	0.29
86_V	310_L	1.348	0.29
100_Q	306_N	1.347	0.29
63_L	137_D	1.340	0.29
113_P	240_K	1.333	0.28
309_F	312_R	1.331	0.28
52_L	106_S	1.318	0.28
168_L	217_G	1.310	0.28
288_T	298_V	1.306	0.27
102_H	123_Q	1.296	0.27
93_V	182_V	1.294	0.27
142_T	307_V	1.292	0.27
324_V	330_L	1.281	0.27
166_L	171_V	1.256	0.26
94_D	266_Y	1.256	0.26
266_Y	273_E	1.256	0.26
91_V	116_G	1.254	0.26
319_L	329_L	1.246	0.26
94_D	272_I	1.244	0.26
251_R	282_F	1.242	0.26
31_I	37_L	1.240	0.25
319_L	323_S	1.239	0.25
319_L	327_S	1.238	0.25
270_W	288_T	1.231	0.25
80_R	207_G	1.230	0.25
171_V	250_V	1.224	0.25
284_I	297_L	1.220	0.25
296_V	304_L	1.215	0.25
323_S	332_R	1.215	0.25
304_L	308_W	1.212	0.25
157_I	276_F	1.199	0.24
79_G	282_F	1.196	0.24
106_S	304_L	1.191	0.24
203_K	303_L	1.172	0.24
288_T	305_L	1.171	0.24
177_F	306_N	1.164	0.23
326_L	330_L	1.159	0.23
298_V	305_L	1.157	0.23
23_I	27_I	1.146	0.23
267_R	306_N	1.146	0.23
168_L	204_K	1.145	0.23
96_H	288_T	1.142	0.23
323_S	334_V	1.135	0.23
27_I	33_F	1.135	0.23
100_Q	289_C	1.131	0.22
194_V	267_R	1.130	0.22
141_V	172_F	1.127	0.22
167_R	253_E	1.123	0.22
274_N	278_S	1.108	0.22
321_E	324_V	1.101	0.22
104_N	128_L	1.093	0.21
72_R	158_V	1.087	0.21
175_R	257_H	1.087	0.21
63_L	175_R	1.086	0.21
83_L	166_L	1.077	0.21
279_L	298_V	1.072	0.21
209_L	290_D	1.071	0.21
35_E	40_A	1.069	0.21
155_E	288_T	1.063	0.21
154_M	161_L	1.062	0.21
283_R	295_L	1.061	0.21
168_L	188_E	1.053	0.20
34_L	37_L	1.052	0.20
223_G	299_L	1.049	0.20
28_L	32_L	1.044	0.20
32_L	41_L	1.041	0.20
72_R	134_S	1.039	0.20
130_G	176_E	1.038	0.20
86_V	236_I	1.036	0.20
100_Q	266_Y	1.035	0.20
56_G	282_F	1.032	0.20
24_I	60_L	1.032	0.20
250_V	300_L	1.028	0.20
154_M	251_R	1.028	0.20
328_N	331_D	1.028	0.20
69_E	82_T	1.027	0.20
204_K	207_G	1.025	0.20
56_G	59_A	1.022	0.20
285_R	330_L	1.022	0.20
96_H	133_R	1.015	0.19
24_I	30_K	1.012	0.19
288_T	294_E	1.007	0.19
274_N	307_V	1.006	0.19
168_L	235_L	1.003	0.19
126_I	306_N	0.995	0.19
321_E	334_V	0.989	0.19
67_Q	218_G	0.988	0.19
226_C	235_L	0.988	0.19
177_F	273_E	0.985	0.19
94_D	177_F	0.985	0.19
133_R	169_V	0.981	0.19
326_L	331_D	0.980	0.19
24_I	38_L	0.979	0.19
129_L	248_F	0.979	0.19
27_I	34_L	0.977	0.19
276_F	287_R	0.970	0.18
24_I	32_L	0.967	0.18
181_E	225_L	0.964	0.18
307_V	334_V	0.961	0.18
250_V	280_E	0.956	0.18
323_S	333_E	0.950	0.18
230_G	303_L	0.950	0.18
176_E	212_V	0.949	0.18
140_P	248_F	0.948	0.18
68_V	81_M	0.944	0.18
136_L	209_L	0.944	0.18
176_E	198_K	0.943	0.18
94_D	294_E	0.941	0.18
273_E	294_E	0.941	0.18
166_L	237_I	0.940	0.18
24_I	179_V	0.935	0.18
81_M	134_S	0.932	0.18
28_L	33_F	0.926	0.17
116_G	295_L	0.922	0.17
68_V	293_K	0.920	0.17
93_V	276_F	0.920	0.17
328_N	334_V	0.916	0.17
133_R	277_R	0.914	0.17
177_F	272_I	0.909	0.17
56_G	290_D	0.909	0.17
323_S	328_N	0.907	0.17
77_K	182_V	0.904	0.17
157_I	251_R	0.904	0.17
251_R	288_T	0.902	0.17
132_T	304_L	0.900	0.17
267_R	271_G	0.899	0.17
61_R	290_D	0.899	0.17
130_G	299_L	0.896	0.17
157_I	279_L	0.888	0.17
305_L	312_R	0.888	0.17
280_E	288_T	0.867	0.16
35_E	299_L	0.861	0.16
73_D	106_S	0.861	0.16
60_L	236_I	0.860	0.16
117_T	299_L	0.860	0.16
99_P	304_L	0.858	0.16
157_I	305_L	0.854	0.16
60_L	275_A	0.845	0.16
251_R	298_V	0.841	0.16
171_V	280_E	0.841	0.16
154_M	157_I	0.831	0.15
154_M	193_F	0.828	0.15
66_V	246_I	0.828	0.15
173_A	178_A	0.822	0.15
76_R	257_H	0.822	0.15
169_V	270_W	0.821	0.15
72_R	296_V	0.819	0.15
97_A	120_G	0.814	0.15
61_R	107_F	0.813	0.15
167_R	226_C	0.808	0.15
119_W	194_V	0.806	0.15
69_E	167_R	0.804	0.15
167_R	223_G	0.804	0.15
236_I	240_K	0.803	0.15
302_Y	305_L	0.802	0.15
267_R	318_K	0.792	0.15
91_V	161_L	0.789	0.15
280_E	305_L	0.788	0.15
195_I	207_G	0.788	0.15
320_W	326_L	0.787	0.15
293_K	307_V	0.787	0.15
320_W	323_S	0.780	0.14
27_I	30_K	0.779	0.14
320_W	324_V	0.778	0.14
137_D	158_V	0.776	0.14
31_I	41_L	0.775	0.14
124_A	193_F	0.774	0.14
271_G	301_S	0.773	0.14
139_I	277_R	0.772	0.14
108_L	154_M	0.767	0.14
135_F	163_E	0.767	0.14
125_A	298_V	0.765	0.14
83_L	186_L	0.765	0.14
214_V	224_F	0.763	0.14
93_V	286_T	0.763	0.14
321_E	328_N	0.761	0.14
274_N	292_R	0.759	0.14
150_F	226_C	0.759	0.14
184_R	189_L	0.757	0.14
158_V	183_I	0.747	0.14
248_F	288_T	0.747	0.14
183_I	274_N	0.745	0.14
110_R	250_V	0.745	0.14
101_Y	176_E	0.744	0.14
183_I	193_F	0.744	0.14
30_K	33_F	0.743	0.14
81_M	241_E	0.743	0.14
158_V	174_D	0.742	0.14
111_I	259_A	0.734	0.14
198_K	214_V	0.734	0.14
194_V	266_Y	0.733	0.14
274_N	310_L	0.728	0.13
186_L	333_E	0.728	0.13
134_S	198_K	0.727	0.13
214_V	220_R	0.727	0.13
69_E	91_V	0.721	0.13
68_V	220_R	0.720	0.13
183_I	187_L	0.715	0.13
24_I	172_F	0.715	0.13
35_E	42_L	0.714	0.13
60_L	153_V	0.713	0.13
92_A	129_L	0.711	0.13
165_K	296_V	0.710	0.13
141_V	182_V	0.710	0.13
54_K	276_F	0.710	0.13
74_A	116_G	0.709	0.13
193_F	290_D	0.708	0.13
149_G	195_I	0.707	0.13
73_D	83_L	0.706	0.13
59_A	314_W	0.705	0.13
287_R	311_I	0.704	0.13
102_H	289_C	0.701	0.13
124_A	314_W	0.701	0.13
250_V	274_N	0.701	0.13
251_R	270_W	0.700	0.13
182_V	276_F	0.700	0.13
54_K	125_A	0.698	0.13
32_L	37_L	0.697	0.13
293_K	297_L	0.697	0.13
76_R	91_V	0.696	0.13
29_T	173_A	0.694	0.13
149_G	152_A	0.693	0.13
102_H	294_E	0.686	0.13
81_M	204_K	0.686	0.13
159_K	171_V	0.683	0.13
62_K	73_D	0.682	0.13
176_E	307_V	0.678	0.13
174_D	272_I	0.677	0.13
270_W	282_F	0.677	0.13
93_V	191_L	0.675	0.13
59_A	72_R	0.673	0.12
80_R	108_L	0.673	0.12
58_R	264_E	0.672	0.12
26_S	40_A	0.671	0.12
124_A	182_V	0.670	0.12
324_V	333_E	0.667	0.12
298_V	302_Y	0.666	0.12
31_I	38_L	0.666	0.12
151_K	186_L	0.666	0.12
133_R	197_A	0.663	0.12
75_L	79_G	0.661	0.12
50_S	280_E	0.660	0.12
79_G	277_R	0.658	0.12
73_D	190_G	0.657	0.12
331_D	334_V	0.654	0.12
311_I	314_W	0.654	0.12
89_K	302_Y	0.654	0.12
182_V	219_V	0.653	0.12
41_L	122_V	0.652	0.12
121_L	203_K	0.649	0.12
189_L	232_G	0.647	0.12
128_L	208_M	0.645	0.12
73_D	264_E	0.645	0.12
126_I	230_G	0.645	0.12
28_L	277_R	0.644	0.12
272_I	276_F	0.643	0.12
194_V	209_L	0.642	0.12
24_I	31_I	0.639	0.12
64_N	236_I	0.638	0.12
320_W	331_D	0.636	0.12
263_A	274_N	0.635	0.12
112_K	285_R	0.635	0.12
193_F	267_R	0.634	0.12
325_S	328_N	0.632	0.12
96_H	263_A	0.630	0.12
91_V	259_A	0.630	0.12
97_A	256_L	0.629	0.12
105_K	255_D	0.628	0.12
141_V	154_M	0.625	0.12
64_N	110_R	0.624	0.12
253_E	275_A	0.621	0.12
174_D	266_Y	0.620	0.12
268_E	292_R	0.620	0.12
109_S	113_P	0.618	0.12
76_R	137_D	0.618	0.12
257_H	309_F	0.617	0.12
284_I	298_V	0.616	0.12
141_V	215_S	0.615	0.12
261_V	313_S	0.615	0.12
54_K	266_Y	0.615	0.12
161_L	193_F	0.614	0.12
126_I	150_F	0.614	0.12
125_A	245_I	0.613	0.11
128_L	296_V	0.613	0.11
218_G	290_D	0.612	0.11
28_L	35_E	0.611	0.11
51_R	325_S	0.610	0.11
155_E	189_L	0.609	0.11
60_L	243_G	0.606	0.11
116_G	268_E	0.606	0.11
65_A	306_N	0.605	0.11
146_V	195_I	0.603	0.11
75_L	183_I	0.603	0.11
197_A	262_L	0.602	0.11
318_K	321_E	0.601	0.11
139_I	271_G	0.599	0.11
321_E	326_L	0.598	0.11
61_R	267_R	0.597	0.11
50_S	153_V	0.596	0.11
223_G	260_I	0.596	0.11
244_K	276_F	0.595	0.11
61_R	292_R	0.594	0.11
325_S	330_L	0.592	0.11
27_I	272_I	0.591	0.11
202_Y	209_L	0.589	0.11
323_S	327_S	0.587	0.11
193_F	312_R	0.587	0.11
170_M	182_V	0.587	0.11
310_L	314_W	0.586	0.11
329_L	332_R	0.584	0.11
96_H	140_P	0.583	0.11
170_M	281_E	0.581	0.11
139_I	156_V	0.580	0.11
35_E	190_G	0.579	0.11
85_G	207_G	0.577	0.11
58_R	130_G	0.576	0.11
92_A	331_D	0.576	0.11
117_T	306_N	0.576	0.11
39_S	60_L	0.574	0.11
269_R	272_I	0.574	0.11
139_I	267_R	0.570	0.11
172_F	284_I	0.569	0.11
323_S	326_L	0.569	0.11
183_I	249_L	0.568	0.11
29_T	37_L	0.564	0.11
54_K	93_V	0.564	0.11
117_T	285_R	0.564	0.11
148_E	252_R	0.563	0.11
113_P	116_G	0.561	0.11
237_I	309_F	0.555	0.11
175_R	286_T	0.555	0.11
64_N	92_A	0.553	0.11
287_R	299_L	0.553	0.11
100_Q	196_S	0.552	0.11
123_Q	259_A	0.552	0.11
251_R	280_E	0.550	0.11
317_V	321_E	0.549	0.11
87_R	105_K	0.548	0.11
79_G	204_K	0.546	0.10
214_V	219_V	0.543	0.10
93_V	297_L	0.536	0.10
137_D	286_T	0.534	0.10
65_A	205_Y	0.534	0.10
182_V	272_I	0.531	0.10
40_A	60_L	0.531	0.10
128_L	308_W	0.530	0.10
125_A	238_L	0.528	0.10
329_L	333_E	0.528	0.10
235_L	247_A	0.528	0.10
234_Y	239_R	0.527	0.10
324_V	329_L	0.526	0.10
33_F	36_E	0.522	0.10
152_A	190_G	0.521	0.10
32_L	59_A	0.521	0.10
127_F	276_F	0.521	0.10
266_Y	269_R	0.519	0.10
55_D	197_A	0.518	0.10
78_M	185_Y	0.518	0.10
78_M	130_G	0.515	0.10
99_P	196_S	0.514	0.10
91_V	129_L	0.513	0.10
123_Q	178_A	0.512	0.10
246_I	267_R	0.511	0.10
124_A	298_V	0.511	0.10
285_R	306_N	0.510	0.10
243_G	321_E	0.509	0.10
127_F	158_V	0.507	0.10
233_A	237_I	0.507	0.10
80_R	164_D	0.506	0.10
269_R	286_T	0.505	0.10
56_G	266_Y	0.505	0.10
193_F	251_R	0.504	0.10
82_T	282_F	0.503	0.10
147_A	229_H	0.502	0.10
48_Y	53_G	0.502	0.10
196_S	276_F	0.502	0.10
40_A	259_A	0.501	0.10
84_R	132_T	0.501	0.10
72_R	173_A	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1musA	2	0.9171	99.4	0.857	Contact Map
4mq3A	1	0.36	27.7	0.969	Contact Map
1b78A	2	0.4343	23.2	0.97	Contact Map
4wpeA	2	0.3171	20.5	0.971	Contact Map
3kksA	2	0.4171	18.3	0.972	Contact Map
2i4rA	6	0.2057	8	0.976	Contact Map
4cvnE	1	0.3029	7.1	0.977	Contact Map
3wx4A	2	0.2514	6.9	0.977	Contact Map
3k6qA	2	0.3886	6.9	0.977	Contact Map
2ia0A	2	0.4286	6.7	0.977	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0101 seconds.