CSA2A - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

CSA2A - CRISPR-associated protein Cas7/Csa2 1

UniProt:	Q97YC7	Sequences: MQLEVNNMWISFSVRYLVNVEDLNNVESAGNYVRHRRAPLVFKDKDSYTVTYVPAVSGEMIAHGYQMNLVELALQRNLPVDSLAKQGILIKRGSDDKVHEGTKCTDEKGSDYELCVINEDIVEDVAGFMNPNKLVKRTSNVAFSYMVPAIDAVKASTISSQFHVRYANKELMDKYKNENIQSLYNIETASASYVLTGYLNVNSVGKTQNYPVKEVDKKKDREKAALDALMLTLTQFLFGAKLTRFKPIVEIEALFVSASEKPFNLPPVTGDIKKYIDLVNSTTDSFAKILNIKRPVVKYYLKEEKGNVNTPIDAFTVM	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	318 (280)
Sequences:	100 (85)
Seq/√Len:	5.1

SULSO - CSA2A Q97WW3 CSA2B

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
81_D	84_A	7.269	1.00
186_I	241_K	3.069	0.73
81_D	120_D	3.014	0.72
65_Y	126_A	2.854	0.67
25_N	60_M	2.676	0.62
81_D	123_E	2.675	0.62
205_G	240_A	2.624	0.60
92_R	123_E	2.605	0.60
25_N	120_D	2.536	0.58
82_S	85_K	2.406	0.53
280_N	284_D	2.381	0.53
69_L	121_I	2.371	0.52
84_A	120_D	2.366	0.52
40_L	85_K	2.318	0.50
23_L	247_P	2.275	0.49
21_E	91_K	2.271	0.49
84_A	123_E	2.207	0.47
74_L	85_K	2.162	0.45
277_D	281_S	2.081	0.43
129_M	195_L	2.053	0.42
54_P	244_R	2.024	0.41
193_Y	218_K	2.009	0.40
21_E	191_A	2.007	0.40
116_V	132_N	1.990	0.40
24_N	240_A	1.926	0.38
69_L	78_L	1.924	0.38
91_K	253_A	1.890	0.37
187_E	244_R	1.877	0.36
28_S	146_M	1.844	0.35
66_Q	91_K	1.813	0.34
10_I	275_Y	1.748	0.33
143_F	160_S	1.717	0.32
63_H	247_P	1.681	0.31
206_K	251_I	1.669	0.30
54_P	148_P	1.660	0.30
69_L	122_V	1.641	0.30
13_S	151_D	1.616	0.29
61_I	146_M	1.596	0.28
235_Q	262_P	1.589	0.28
62_A	65_Y	1.582	0.28
148_P	244_R	1.574	0.28
189_A	226_L	1.569	0.28
117_I	212_V	1.559	0.27
80_V	191_A	1.558	0.27
25_N	207_T	1.557	0.27
25_N	145_Y	1.524	0.26
72_L	224_A	1.521	0.26
27_E	62_A	1.507	0.26
141_V	197_G	1.494	0.26
117_I	207_T	1.481	0.25
59_E	126_A	1.473	0.25
27_E	91_K	1.469	0.25
27_E	34_R	1.462	0.25
13_S	43_K	1.448	0.25
217_K	220_D	1.447	0.25
135_V	258_A	1.440	0.24
35_H	191_A	1.433	0.24
84_A	141_V	1.430	0.24
22_D	241_K	1.425	0.24
145_Y	187_E	1.425	0.24
22_D	25_N	1.424	0.24
70_V	136_K	1.413	0.24
120_D	240_A	1.411	0.24
73_A	79_P	1.411	0.24
32_Y	248_I	1.409	0.24
15_R	244_R	1.397	0.23
91_K	184_Y	1.364	0.23
38_A	120_D	1.354	0.22
187_E	241_K	1.353	0.22
55_A	255_F	1.312	0.21
56_V	77_N	1.311	0.21
131_P	286_F	1.306	0.21
128_F	241_K	1.304	0.21
220_D	223_K	1.301	0.21
21_E	145_Y	1.301	0.21
266_P	279_V	1.292	0.21
91_K	196_T	1.289	0.21
133_K	219_K	1.287	0.21
26_V	191_A	1.287	0.21
40_L	217_K	1.284	0.21
69_L	191_A	1.264	0.20
128_F	165_R	1.258	0.20
21_E	27_E	1.255	0.20
242_L	246_K	1.248	0.20
218_K	222_E	1.248	0.20
54_P	113_E	1.246	0.20
113_E	148_P	1.246	0.20
27_E	186_I	1.237	0.20
23_L	63_H	1.233	0.20
10_I	201_V	1.229	0.20
28_S	164_V	1.228	0.20
222_E	255_F	1.227	0.20
131_P	200_N	1.223	0.20
294_R	300_Y	1.217	0.19
27_E	60_M	1.215	0.19
59_E	245_F	1.210	0.19
36_R	57_S	1.192	0.19
50_V	248_I	1.188	0.19
91_K	264_N	1.188	0.19
137_R	247_P	1.187	0.19
27_E	66_Q	1.187	0.19
44_D	280_N	1.179	0.19
223_K	227_D	1.175	0.19
164_V	182_S	1.173	0.19
38_A	81_D	1.172	0.19
39_P	91_K	1.170	0.18
26_V	145_Y	1.169	0.18
18_V	270_G	1.162	0.18
56_V	146_M	1.150	0.18
111_D	257_S	1.148	0.18
39_P	145_Y	1.138	0.18
13_S	270_G	1.133	0.18
91_K	145_Y	1.132	0.18
212_V	226_L	1.132	0.18
126_A	141_V	1.130	0.18
91_K	126_A	1.118	0.17
14_V	252_E	1.118	0.17
21_E	60_M	1.117	0.17
24_N	56_V	1.114	0.17
181_Q	185_N	1.114	0.17
35_H	54_P	1.105	0.17
225_A	228_A	1.097	0.17
145_Y	186_I	1.095	0.17
161_Q	165_R	1.091	0.17
163_H	193_Y	1.090	0.17
21_E	62_A	1.087	0.17
161_Q	166_Y	1.074	0.17
131_P	256_V	1.072	0.17
69_L	133_K	1.069	0.17
188_T	245_F	1.068	0.17
25_N	240_A	1.067	0.17
89_L	145_Y	1.064	0.16
136_K	200_N	1.059	0.16
117_I	259_S	1.055	0.16
240_A	265_L	1.053	0.16
56_V	144_S	1.049	0.16
162_F	190_S	1.036	0.16
87_G	229_L	1.030	0.16
34_R	270_G	1.028	0.16
30_G	124_D	1.027	0.16
30_G	127_G	1.027	0.16
30_G	221_R	1.027	0.16
58_G	221_R	1.027	0.16
58_G	124_D	1.027	0.16
30_G	58_G	1.027	0.16
127_G	221_R	1.027	0.16
58_G	127_G	1.027	0.16
124_D	127_G	1.027	0.16
124_D	221_R	1.027	0.16
25_N	160_S	1.027	0.16
9_W	20_V	1.024	0.16
116_V	130_N	1.020	0.16
76_R	79_P	1.017	0.16
62_A	194_V	1.014	0.16
10_I	73_A	1.007	0.15
214_E	226_L	1.004	0.15
21_E	264_N	0.992	0.15
89_L	164_V	0.989	0.15
293_K	296_V	0.985	0.15
69_L	275_Y	0.985	0.15
70_V	87_G	0.981	0.15
138_T	186_I	0.980	0.15
296_V	299_Y	0.977	0.15
32_Y	187_E	0.977	0.15
35_H	148_P	0.976	0.15
145_Y	244_R	0.974	0.15
137_R	163_H	0.967	0.15
62_A	80_V	0.967	0.15
200_N	257_S	0.964	0.15
24_N	57_S	0.956	0.15
42_F	248_I	0.955	0.15
74_L	283_T	0.955	0.15
199_L	225_A	0.948	0.14
263_F	267_P	0.947	0.14
187_E	248_I	0.944	0.14
65_Y	225_A	0.943	0.14
37_R	153_V	0.942	0.14
35_H	60_M	0.936	0.14
85_K	125_V	0.934	0.14
109_G	219_K	0.934	0.14
107_E	274_K	0.933	0.14
148_P	187_E	0.933	0.14
21_E	196_T	0.923	0.14
205_G	226_L	0.921	0.14
65_Y	228_A	0.920	0.14
202_N	216_D	0.918	0.14
63_H	226_L	0.913	0.14
41_V	95_D	0.912	0.14
107_E	216_D	0.909	0.14
62_A	145_Y	0.909	0.14
214_E	273_K	0.908	0.14
96_D	106_D	0.900	0.14
259_S	266_P	0.899	0.14
35_H	187_E	0.897	0.14
24_N	120_D	0.895	0.14
62_A	91_K	0.894	0.14
57_S	73_A	0.893	0.14
12_F	274_K	0.892	0.14
60_M	282_T	0.890	0.14
55_A	181_Q	0.889	0.14
138_T	181_Q	0.889	0.14
226_L	252_E	0.888	0.14
53_V	63_H	0.887	0.14
218_K	248_I	0.873	0.13
35_H	59_E	0.872	0.13
73_A	122_V	0.871	0.13
108_K	183_L	0.866	0.13
16_Y	170_E	0.866	0.13
36_R	145_Y	0.860	0.13
27_E	65_Y	0.857	0.13
126_A	242_L	0.857	0.13
167_A	201_V	0.854	0.13
145_Y	181_Q	0.852	0.13
77_N	111_D	0.851	0.13
27_E	145_Y	0.849	0.13
62_A	126_A	0.848	0.13
76_R	227_D	0.845	0.13
16_Y	263_F	0.843	0.13
19_N	63_H	0.838	0.13
164_V	267_P	0.837	0.13
64_G	279_V	0.835	0.13
56_V	108_K	0.834	0.13
11_S	36_R	0.829	0.13
57_S	240_A	0.828	0.13
52_Y	64_G	0.828	0.13
31_N	193_Y	0.825	0.13
117_I	200_N	0.823	0.13
33_V	184_Y	0.819	0.13
35_H	244_R	0.819	0.13
59_E	66_Q	0.818	0.13
113_E	254_L	0.815	0.12
136_K	241_K	0.813	0.12
65_Y	89_L	0.808	0.12
90_I	136_K	0.804	0.12
38_A	55_A	0.801	0.12
36_R	73_A	0.800	0.12
65_Y	242_L	0.800	0.12
84_A	208_Q	0.798	0.12
11_S	72_L	0.797	0.12
80_V	146_M	0.795	0.12
295_P	300_Y	0.791	0.12
54_P	187_E	0.790	0.12
81_D	92_R	0.790	0.12
49_T	258_A	0.789	0.12
62_A	247_P	0.789	0.12
33_V	199_L	0.789	0.12
243_T	279_V	0.787	0.12
65_Y	232_T	0.787	0.12
167_A	202_N	0.785	0.12
61_I	77_N	0.784	0.12
62_A	186_I	0.779	0.12
22_D	125_V	0.777	0.12
91_K	122_V	0.777	0.12
29_A	34_R	0.767	0.12
80_V	177_N	0.765	0.12
45_K	129_M	0.756	0.12
26_V	60_M	0.753	0.12
56_V	111_D	0.749	0.12
194_V	272_I	0.748	0.12
135_V	206_K	0.742	0.11
72_L	77_N	0.742	0.11
21_E	26_V	0.738	0.11
75_Q	299_Y	0.738	0.11
120_D	123_E	0.737	0.11
186_I	242_L	0.730	0.11
22_D	186_I	0.729	0.11
30_G	137_R	0.727	0.11
58_G	137_R	0.727	0.11
137_R	221_R	0.727	0.11
127_G	137_R	0.727	0.11
124_D	137_R	0.727	0.11
37_R	233_L	0.724	0.11
188_T	242_L	0.724	0.11
205_G	259_S	0.723	0.11
217_K	283_T	0.721	0.11
120_D	207_T	0.720	0.11
203_S	206_K	0.720	0.11
39_P	52_Y	0.719	0.11
34_R	56_V	0.718	0.11
38_A	84_A	0.712	0.11
204_V	270_G	0.712	0.11
141_V	231_L	0.711	0.11
139_S	247_P	0.709	0.11
135_V	190_S	0.708	0.11
138_T	145_Y	0.705	0.11
100_E	104_C	0.703	0.11
22_D	60_M	0.701	0.11
16_Y	68_N	0.700	0.11
38_A	234_T	0.699	0.11
145_Y	241_K	0.698	0.11
95_D	163_H	0.697	0.11
100_E	106_D	0.697	0.11
24_N	36_R	0.693	0.11
42_F	50_V	0.690	0.11
164_V	195_L	0.688	0.11
19_N	113_E	0.687	0.11
203_S	254_L	0.684	0.11
147_V	246_K	0.681	0.11
92_R	228_A	0.679	0.11
208_Q	219_K	0.678	0.11
65_Y	145_Y	0.678	0.11
100_E	103_K	0.676	0.11
138_T	187_E	0.673	0.11
10_I	51_T	0.671	0.11
21_E	65_Y	0.671	0.11
100_E	293_K	0.670	0.11
96_D	214_E	0.670	0.11
61_I	284_D	0.669	0.11
109_G	300_Y	0.669	0.11
25_N	55_A	0.668	0.11
87_G	150_I	0.667	0.10
228_A	287_A	0.666	0.10
93_G	166_Y	0.662	0.10
147_V	190_S	0.659	0.10
117_I	189_A	0.656	0.10
184_Y	188_T	0.654	0.10
144_S	272_I	0.654	0.10
10_I	117_I	0.654	0.10
14_V	195_L	0.651	0.10
122_V	229_L	0.651	0.10
169_K	218_K	0.650	0.10
103_K	110_S	0.650	0.10
99_H	253_A	0.643	0.10
14_V	254_L	0.642	0.10
59_E	161_Q	0.641	0.10
276_I	288_K	0.639	0.10
21_E	35_H	0.637	0.10
113_E	244_R	0.636	0.10
59_E	91_K	0.636	0.10
215_V	273_K	0.635	0.10
62_A	264_N	0.631	0.10
22_D	185_N	0.629	0.10
132_N	274_K	0.626	0.10
84_A	109_G	0.624	0.10
176_K	183_L	0.624	0.10
194_V	264_N	0.621	0.10
241_K	244_R	0.618	0.10
192_S	219_K	0.614	0.10
89_L	243_T	0.612	0.10
190_S	232_T	0.609	0.10
167_A	184_Y	0.608	0.10
80_V	233_L	0.608	0.10
61_I	202_N	0.605	0.10
159_S	183_L	0.604	0.10
211_P	214_E	0.599	0.10
274_K	288_K	0.597	0.10
13_S	168_N	0.596	0.10
110_S	118_N	0.593	0.10
96_D	229_L	0.591	0.10
140_N	217_K	0.587	0.10
197_G	229_L	0.582	0.09
78_L	193_Y	0.582	0.09
91_K	186_I	0.581	0.09
103_K	132_N	0.581	0.09
129_M	254_L	0.581	0.09
135_V	154_K	0.579	0.09
104_C	114_L	0.578	0.09
295_P	298_K	0.578	0.09
253_A	275_Y	0.578	0.09
59_E	145_Y	0.577	0.09
200_N	233_L	0.576	0.09
35_H	145_Y	0.576	0.09
78_L	224_A	0.574	0.09
90_I	178_E	0.573	0.09
129_M	232_T	0.572	0.09
240_A	248_I	0.571	0.09
43_K	179_N	0.568	0.09
136_K	168_N	0.566	0.09
15_R	241_K	0.565	0.09
36_R	181_Q	0.562	0.09
109_G	296_V	0.560	0.09
24_N	205_G	0.559	0.09
10_I	289_I	0.559	0.09
104_C	109_G	0.557	0.09
183_L	281_S	0.550	0.09
65_Y	191_A	0.548	0.09
24_N	55_A	0.543	0.09
11_S	224_A	0.542	0.09
77_N	281_S	0.541	0.09
52_Y	241_K	0.541	0.09
254_L	296_V	0.539	0.09
259_S	283_T	0.537	0.09
23_L	137_R	0.536	0.09
101_G	298_K	0.534	0.09
52_Y	166_Y	0.532	0.09
145_Y	161_Q	0.532	0.09
117_I	225_A	0.532	0.09
14_V	61_I	0.531	0.09
210_Y	216_D	0.531	0.09
54_P	87_G	0.530	0.09
31_N	228_A	0.530	0.09
120_D	162_F	0.525	0.09
242_L	265_L	0.523	0.09
91_K	181_Q	0.523	0.09
296_V	300_Y	0.522	0.09
72_L	231_L	0.521	0.09
52_Y	279_V	0.519	0.09
66_Q	126_A	0.518	0.09
101_G	110_S	0.515	0.09
35_H	69_L	0.515	0.09
207_T	237_L	0.515	0.09
77_N	110_S	0.512	0.09
25_N	185_N	0.511	0.09
21_E	69_L	0.511	0.09
41_V	190_S	0.510	0.09
27_E	80_V	0.508	0.09
71_E	212_V	0.508	0.09
40_L	262_P	0.506	0.09
15_R	56_V	0.505	0.09
35_H	241_K	0.505	0.09
66_Q	130_N	0.505	0.09
36_R	122_V	0.503	0.09
65_Y	91_K	0.502	0.09
144_S	159_S	0.501	0.09
31_N	58_G	0.501	0.09
31_N	124_D	0.501	0.09
31_N	127_G	0.501	0.09
31_N	221_R	0.501	0.09
49_T	254_L	0.500	0.09
9_W	265_L	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3ps0A	1	0.8836	100	0.403	Contact Map
4u7uE	3	0.8333	39.4	0.97	Contact Map
4txdA	1	0.8616	15.5	0.975	Contact Map
1tifA	1	0.2327	8.4	0.978	Contact Map
2ve7C	1	0.2201	7.9	0.978	Contact Map
3wwvA	2	0.1667	6.9	0.979	Contact Map
1xmbA	1	0.1384	6.7	0.979	Contact Map
1lxjA	4	0.2013	6.4	0.979	Contact Map
2iboA	4	0.1887	5.4	0.98	Contact Map
4bt9A	2	0.2264	5.3	0.98	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0091 seconds.