CSA2B - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

CSA2B - CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2

UniProt:	Q97Y91	Sequences: MISGSVRFLVNLESLNGVESIGNLTKHRTAPVVLKTSTGYLVRYVPVISGEALAHAYQASLVDIAKKEGLPVGSLSSQYEFIKFSTDEALKIEGIKEPKDYNDARRFEVEVMLKDVIADVGGFMYAGGAPVRRTSRIKLGYMIPALRGDEIPAQLEAQFHVRFSNKPVSGSQAIFNVEVSSALYTFSFELDEDLIAVPSTFGEKVKGEEELERQKAKRVKSAIKALYSLLSGNFGGKRSRFLPSMKLMSLVVTKTDFPFMPEPAHDDDYIKTTIMRLGKAKGVLNGNLAKAYVINNEGIEVGEGVTVLSTVEDLVVKLEEE	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	321 (277)
Sequences:	100 (85)
Seq/√Len:	5.1

SULSO - CSA2B Q97WW3 CSA2A

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
73_G	76_S	7.585	1.00
177_V	237_K	3.204	0.77
73_G	115_D	3.108	0.74
57_Y	121_G	2.866	0.68
73_G	118_A	2.812	0.66
84_F	118_A	2.787	0.66
196_A	236_G	2.782	0.65
58_Q	83_K	2.772	0.65
17_G	115_D	2.637	0.61
17_G	52_A	2.618	0.60
32_V	77_S	2.593	0.60
74_S	77_S	2.552	0.58
61_L	116_V	2.451	0.55
83_K	249_S	2.407	0.54
76_S	115_D	2.366	0.52
66_K	77_S	2.346	0.52
15_L	243_P	2.302	0.50
271_K	275_M	2.275	0.49
76_S	118_A	2.254	0.49
124_M	186_F	2.186	0.46
13_E	83_K	2.120	0.44
274_I	278_G	2.085	0.43
83_K	121_G	2.020	0.41
13_E	182_A	2.012	0.41
46_P	240_R	2.005	0.41
211_L	264_A	1.972	0.39
61_L	70_L	1.943	0.39
16_N	236_G	1.943	0.39
184_Y	215_K	1.928	0.38
20_S	142_M	1.873	0.36
178_E	240_R	1.852	0.36
2_I	269_Y	1.833	0.35
22_G	133_R	1.770	0.33
180_S	223_I	1.716	0.32
61_L	117_I	1.699	0.31
55_H	243_P	1.692	0.31
51_E	83_K	1.668	0.30
131_V	254_K	1.610	0.29
53_L	142_M	1.605	0.29
46_P	144_P	1.600	0.29
69_G	106_R	1.580	0.28
54_A	57_Y	1.569	0.28
139_L	157_A	1.557	0.27
5_S	147_R	1.549	0.27
137_I	188_F	1.516	0.26
79_Y	260_M	1.514	0.26
277_L	291_A	1.509	0.26
28_R	263_P	1.501	0.26
27_H	182_A	1.501	0.26
47_V	251_V	1.499	0.26
144_P	240_R	1.498	0.26
5_S	35_K	1.489	0.26
160_H	258_P	1.488	0.26
65_A	71_P	1.487	0.26
19_E	26_K	1.485	0.26
51_E	121_G	1.478	0.25
112_M	198_P	1.475	0.25
17_G	198_P	1.473	0.25
141_Y	263_P	1.469	0.25
14_S	237_K	1.468	0.25
115_D	236_G	1.468	0.25
68_E	224_K	1.430	0.24
19_E	54_A	1.429	0.24
219_V	251_V	1.426	0.24
14_S	17_G	1.423	0.24
7_R	240_R	1.419	0.24
72_V	182_A	1.413	0.24
76_S	137_I	1.398	0.23
92_I	291_A	1.395	0.23
17_G	141_Y	1.376	0.23
178_E	237_K	1.372	0.23
238_R	242_L	1.358	0.23
64_I	221_S	1.353	0.22
161_V	263_P	1.334	0.22
197_V	247_L	1.331	0.22
42_V	244_S	1.331	0.22
215_K	219_V	1.326	0.22
211_L	216_A	1.325	0.22
62_V	132_R	1.323	0.22
206_K	250_L	1.321	0.22
30_A	115_D	1.317	0.22
51_E	241_F	1.314	0.22
83_K	187_S	1.314	0.22
19_E	83_K	1.312	0.22
30_A	73_G	1.311	0.22
24_L	244_S	1.308	0.21
123_F	162_R	1.299	0.21
141_Y	178_E	1.291	0.21
48_I	142_M	1.271	0.21
20_S	161_V	1.257	0.20
214_Q	217_K	1.255	0.20
123_F	237_K	1.252	0.20
61_L	182_A	1.242	0.20
15_L	55_H	1.240	0.20
13_E	141_Y	1.237	0.20
121_G	137_I	1.231	0.20
72_V	168_V	1.222	0.20
274_I	292_Y	1.218	0.20
18_V	182_A	1.217	0.19
13_E	19_E	1.211	0.19
19_E	58_Q	1.211	0.19
6_V	248_M	1.208	0.19
64_I	69_G	1.194	0.19
36_T	274_I	1.190	0.19
16_N	48_I	1.188	0.19
28_R	49_S	1.177	0.19
17_G	236_G	1.162	0.18
46_P	108_E	1.161	0.18
108_E	144_P	1.161	0.18
158_Q	162_R	1.150	0.18
159_F	181_S	1.138	0.18
161_V	173_A	1.136	0.18
217_K	220_K	1.136	0.18
19_E	177_V	1.124	0.18
69_G	214_Q	1.114	0.17
222_A	225_A	1.098	0.17
172_Q	176_N	1.096	0.17
27_H	46_P	1.093	0.17
133_R	243_P	1.092	0.17
22_G	243_P	1.092	0.17
93_E	113_L	1.085	0.17
19_E	52_A	1.083	0.17
29_T	149_D	1.079	0.17
31_P	141_Y	1.065	0.17
126_A	191_D	1.065	0.17
157_A	295_N	1.063	0.17
77_S	120_V	1.056	0.16
220_K	224_K	1.054	0.16
84_F	225_A	1.053	0.16
179_V	241_F	1.053	0.16
54_A	83_K	1.051	0.16
191_D	253_T	1.051	0.16
69_G	288_L	1.047	0.16
141_Y	177_V	1.037	0.16
5_S	264_A	1.027	0.16
79_Y	226_L	1.023	0.16
158_Q	163_F	1.022	0.16
111_V	125_Y	1.020	0.16
13_E	54_A	1.013	0.16
18_V	141_Y	1.012	0.16
48_I	69_G	1.009	0.16
146_L	259_F	1.004	0.15
196_A	223_I	0.983	0.15
13_E	52_A	0.977	0.15
102_N	113_L	0.977	0.15
83_K	141_Y	0.972	0.15
27_H	51_E	0.970	0.15
147_R	291_A	0.969	0.15
215_K	244_S	0.968	0.15
132_R	191_D	0.966	0.15
134_T	177_V	0.955	0.15
2_I	192_E	0.954	0.15
160_H	184_Y	0.952	0.15
48_I	140_G	0.950	0.15
254_K	281_K	0.946	0.15
16_N	49_S	0.944	0.14
27_H	144_P	0.943	0.14
47_V	172_Q	0.939	0.14
223_I	248_M	0.938	0.14
57_Y	222_A	0.934	0.14
126_A	280_A	0.927	0.14
259_F	276_R	0.926	0.14
49_S	65_A	0.922	0.14
92_I	102_N	0.921	0.14
54_A	185_T	0.916	0.14
17_G	157_A	0.915	0.14
93_E	112_M	0.912	0.14
68_E	71_P	0.906	0.14
34_L	244_S	0.906	0.14
24_L	178_E	0.902	0.14
134_T	172_Q	0.898	0.14
55_H	223_I	0.894	0.14
62_V	79_Y	0.892	0.14
57_Y	229_L	0.892	0.14
73_G	84_F	0.891	0.14
48_I	96_K	0.889	0.14
132_R	237_K	0.887	0.14
144_P	178_E	0.886	0.14
27_H	52_A	0.885	0.14
50_G	122_G	0.884	0.14
119_D	218_R	0.884	0.14
50_G	218_R	0.884	0.14
159_F	208_E	0.884	0.14
122_G	218_R	0.884	0.14
119_D	122_G	0.884	0.14
50_G	119_D	0.884	0.14
112_M	255_T	0.883	0.14
28_R	141_Y	0.878	0.13
27_H	178_E	0.878	0.13
136_R	214_Q	0.872	0.13
13_E	187_S	0.871	0.13
81_F	141_Y	0.871	0.13
54_A	141_Y	0.871	0.13
146_L	260_M	0.865	0.13
54_A	72_V	0.862	0.13
61_L	269_Y	0.862	0.13
66_K	277_L	0.861	0.13
10_V	264_A	0.860	0.13
54_A	121_G	0.860	0.13
291_A	296_N	0.857	0.13
133_R	160_H	0.855	0.13
22_G	160_H	0.855	0.13
3_S	28_R	0.854	0.13
57_Y	225_A	0.846	0.13
102_N	277_L	0.845	0.13
33_V	87_D	0.844	0.13
6_V	186_F	0.840	0.13
28_R	65_A	0.838	0.13
25_T	175_F	0.836	0.13
16_N	115_D	0.836	0.13
69_G	213_R	0.834	0.13
65_A	117_I	0.831	0.13
51_E	58_Q	0.830	0.13
25_T	190_L	0.829	0.13
141_Y	172_Q	0.827	0.13
41_L	254_K	0.826	0.13
19_E	141_Y	0.826	0.13
49_S	236_G	0.825	0.13
141_Y	240_R	0.825	0.13
54_A	243_P	0.823	0.13
81_F	239_S	0.822	0.13
3_S	261_P	0.822	0.13
92_I	271_K	0.820	0.13
52_A	276_R	0.814	0.12
124_M	127_G	0.812	0.12
193_D	213_R	0.810	0.12
91_K	295_N	0.809	0.12
30_A	47_V	0.807	0.12
19_E	57_Y	0.803	0.12
81_F	161_V	0.800	0.12
56_A	273_T	0.799	0.12
44_Y	56_A	0.793	0.12
115_D	263_P	0.792	0.12
190_L	222_A	0.792	0.12
4_G	268_D	0.790	0.12
11_N	55_H	0.787	0.12
76_S	199_S	0.782	0.12
14_S	177_V	0.782	0.12
178_E	244_S	0.782	0.12
239_S	273_T	0.780	0.12
121_G	238_R	0.777	0.12
10_V	211_L	0.776	0.12
8_F	60_S	0.775	0.12
181_S	229_L	0.767	0.12
32_V	214_Q	0.760	0.12
34_L	42_V	0.760	0.12
29_T	230_L	0.759	0.12
156_E	174_I	0.759	0.12
30_A	76_S	0.757	0.12
27_H	240_R	0.756	0.12
264_A	292_Y	0.742	0.11
131_V	211_L	0.739	0.11
113_L	211_L	0.737	0.11
21_I	26_K	0.732	0.11
74_S	207_G	0.732	0.11
46_P	178_E	0.731	0.11
143_I	292_Y	0.729	0.11
140_G	266_D	0.729	0.11
173_A	263_P	0.728	0.11
85_S	180_S	0.728	0.11
72_V	142_M	0.728	0.11
131_V	181_S	0.726	0.11
3_S	64_I	0.723	0.11
57_Y	238_R	0.719	0.11
26_K	48_I	0.718	0.11
137_I	228_S	0.718	0.11
112_M	180_S	0.716	0.11
120_V	221_S	0.715	0.11
112_M	191_D	0.703	0.11
131_V	197_V	0.699	0.11
7_R	48_I	0.697	0.11
179_V	238_R	0.696	0.11
93_E	127_G	0.694	0.11
135_S	243_P	0.693	0.11
90_L	210_E	0.691	0.11
134_T	178_E	0.691	0.11
14_S	120_V	0.689	0.11
51_E	158_Q	0.688	0.11
161_V	186_F	0.688	0.11
2_I	43_R	0.688	0.11
54_A	177_V	0.683	0.11
268_D	292_Y	0.682	0.11
116_V	210_E	0.680	0.11
30_A	231_S	0.679	0.11
23_N	184_Y	0.678	0.11
115_D	118_A	0.676	0.11
2_I	283_V	0.675	0.11
48_I	103_D	0.674	0.11
36_T	113_L	0.674	0.11
175_F	179_V	0.673	0.11
6_V	250_L	0.670	0.11
58_Q	125_Y	0.669	0.11
177_V	238_R	0.667	0.11
31_P	44_Y	0.662	0.10
82_I	169_S	0.658	0.10
190_L	252_V	0.653	0.10
14_S	52_A	0.651	0.10
134_T	141_Y	0.648	0.10
124_M	229_L	0.647	0.10
45_V	221_S	0.646	0.10
110_E	289_A	0.644	0.10
13_E	57_Y	0.641	0.10
210_E	223_I	0.641	0.10
115_D	198_P	0.641	0.10
141_Y	199_S	0.640	0.10
106_R	143_I	0.640	0.10
17_G	47_V	0.639	0.10
262_E	276_R	0.636	0.10
11_N	108_E	0.633	0.10
79_Y	146_L	0.632	0.10
87_D	275_M	0.629	0.10
249_S	269_Y	0.621	0.10
140_G	156_E	0.619	0.10
72_V	230_L	0.618	0.10
207_G	279_K	0.617	0.10
116_V	129_A	0.617	0.10
16_N	28_R	0.617	0.10
57_Y	141_Y	0.616	0.10
110_E	113_L	0.614	0.10
131_V	150_E	0.614	0.10
126_A	294_I	0.612	0.10
2_I	165_N	0.610	0.10
13_E	27_H	0.608	0.10
35_K	170_G	0.608	0.10
7_R	237_K	0.608	0.10
57_Y	81_F	0.607	0.10
14_S	176_N	0.605	0.10
182_A	262_E	0.603	0.10
211_L	283_V	0.603	0.10
51_E	141_Y	0.600	0.10
44_Y	273_T	0.600	0.10
108_E	250_L	0.599	0.10
48_I	177_V	0.598	0.10
141_Y	237_K	0.594	0.10
74_S	101_Y	0.592	0.10
13_E	18_V	0.590	0.10
128_G	282_G	0.588	0.10
237_K	240_R	0.588	0.10
2_I	65_A	0.587	0.10
60_S	229_L	0.586	0.10
174_I	275_M	0.586	0.10
236_G	244_S	0.585	0.10
225_A	281_K	0.584	0.10
66_K	74_S	0.583	0.10
102_N	271_K	0.581	0.10
112_M	222_A	0.581	0.10
53_L	193_D	0.578	0.09
175_F	285_N	0.577	0.09
143_I	242_L	0.571	0.09
117_I	226_L	0.564	0.09
137_I	140_G	0.563	0.09
188_F	226_L	0.563	0.09
83_K	239_S	0.561	0.09
77_S	183_L	0.560	0.09
143_I	181_S	0.556	0.09
102_N	268_D	0.555	0.09
133_R	218_R	0.555	0.09
22_G	122_G	0.555	0.09
50_G	133_R	0.555	0.09
119_D	133_R	0.555	0.09
22_G	50_G	0.555	0.09
122_G	133_R	0.555	0.09
22_G	218_R	0.555	0.09
22_G	119_D	0.555	0.09
69_G	275_M	0.552	0.09
185_T	266_D	0.551	0.09
57_Y	259_F	0.551	0.09
6_V	272_T	0.550	0.09
18_V	52_A	0.550	0.09
76_S	104_A	0.549	0.09
62_V	130_P	0.548	0.09
57_Y	182_A	0.546	0.09
2_I	112_M	0.546	0.09
194_L	197_V	0.543	0.09
168_V	220_K	0.541	0.09
81_F	108_E	0.541	0.09
17_G	263_P	0.541	0.09
268_D	282_G	0.541	0.09
106_R	109_V	0.540	0.09
217_K	291_A	0.539	0.09
108_E	240_R	0.536	0.09
76_S	129_A	0.536	0.09
26_K	264_A	0.534	0.09
48_I	63_D	0.534	0.09
55_H	83_K	0.530	0.09
28_R	117_I	0.526	0.09
27_H	237_K	0.524	0.09
106_R	249_S	0.523	0.09
91_K	102_N	0.523	0.09
57_Y	83_K	0.522	0.09
16_N	47_V	0.522	0.09
216_A	256_D	0.521	0.09
53_L	127_G	0.521	0.09
140_G	222_A	0.519	0.09
134_T	144_P	0.518	0.09
3_S	221_S	0.518	0.09
48_I	156_E	0.516	0.09
125_Y	131_V	0.515	0.09
88_E	226_L	0.515	0.09
183_L	195_I	0.513	0.09
124_M	250_L	0.511	0.09
46_P	79_Y	0.511	0.09
16_N	196_A	0.510	0.09
7_R	26_K	0.509	0.09
275_M	278_G	0.509	0.09
14_S	111_V	0.509	0.09
69_G	212_E	0.507	0.09
83_K	125_Y	0.505	0.09
28_R	172_Q	0.505	0.09
148_G	295_N	0.504	0.09
157_A	289_A	0.503	0.09
85_S	223_I	0.503	0.09
49_S	61_L	0.501	0.09
45_V	58_Q	0.501	0.09
6_V	53_L	0.500	0.09
69_G	221_S	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3ps0A	1	0.9283	100	0.301	Contact Map
4u7uE	3	0.8411	88.8	0.954	Contact Map
4txdA	1	0.8318	38.5	0.969	Contact Map
3k7nA	1	0.2492	24.9	0.972	Contact Map
3k7lA	1	0.2679	16.3	0.974	Contact Map
4qtsC	1	0.5514	11.7	0.976	Contact Map
2eroA	2	0.271	10.2	0.976	Contact Map
3wwvA	2	0.1433	9.3	0.977	Contact Map
3k59A	1	0.7913	9.3	0.977	Contact Map
3o2pE	1	0.2679	8.5	0.977	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0093 seconds.