Q97Y40 - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q97Y40 - Transposase ISC1225

UniProt:	Q97Y40	Sequences: MRKPVLSRGEDKVITPGLPHQNNIQQVGYKLLSMLSFKGRKAEEVSRVLVSACLWNDSVESKSKGYNVSPQTVRNYVEEQGTEVIEKLLESMRRISMEILKGVKEVDISIDWTTKTWYGKPVEGLGSSAKGNSWNYATATTKYQNMVLLLAFVPQVNGMSKDEIVKLLMEQIVGMGLKVGLVTLDAGFYTVEVLKFISQFKFVIGVPVGDVKIYEEFDGEYTTNSKRHKKEEQVKFRLLVYGKEIVKKRKKTVVYFARATNLDLPKREVLKLYNKVRSPIETSYRNIKAFLPFTSSTKFIFRELIFVLAMIFYSLYTVFKNVMTREEFRLLLILCFLDDLSDLKDFIFNLEKTLINTIDLFLWR	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	364 (304)
Sequences:	183 (123)
Seq/√Len:	7.0

HALSA - O51989 O51959 Q9HHP9
SULSO - Q97Y40 Q97YD0 Q97TV3 Q97UW1 Q97Y64 Q97XT0 Q97WW6 Q97XW2 Q97YS0 Q7LXX4 Q97UV3 Q97V50

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
138_T	284_Y	6.442	1.00
110_I	165_V	5.066	0.99
184_L	283_S	4.467	0.98
179_V	203_V	3.395	0.90
149_L	284_Y	3.179	0.87
36_S	179_V	3.026	0.84
185_D	277_R	3.011	0.84
74_R	301_F	2.968	0.83
113_T	288_K	2.825	0.80
172_I	182_V	2.793	0.79
113_T	126_G	2.709	0.77
304_L	308_L	2.691	0.76
260_T	296_S	2.612	0.74
186_A	205_G	2.460	0.69
260_T	278_S	2.456	0.69
260_T	313_Y	2.407	0.67
172_I	202_F	2.333	0.65
179_V	284_Y	2.314	0.64
282_T	285_R	2.260	0.62
117_W	314_S	2.247	0.62
111_D	281_E	2.222	0.61
114_T	135_N	2.198	0.60
312_F	323_M	2.157	0.58
165_V	168_L	2.156	0.58
306_F	313_Y	2.094	0.56
112_W	179_V	2.067	0.55
127_S	133_S	2.051	0.54
138_T	307_V	2.019	0.53
290_F	313_Y	2.014	0.53
139_A	151_A	1.977	0.51
111_D	277_R	1.972	0.51
277_R	281_E	1.972	0.51
189_Y	206_V	1.893	0.48
52_A	187_G	1.870	0.47
168_L	261_N	1.861	0.47
185_D	281_E	1.758	0.43
111_D	185_D	1.758	0.43
53_C	73_V	1.746	0.43
147_V	285_R	1.741	0.42
132_N	197_I	1.702	0.41
27_V	203_V	1.699	0.41
145_N	195_K	1.689	0.40
134_W	284_Y	1.631	0.38
181_L	289_A	1.613	0.38
21_Q	179_V	1.595	0.37
273_Y	280_I	1.595	0.37
47_R	61_S	1.563	0.36
93_R	290_F	1.554	0.36
188_F	294_T	1.544	0.35
71_Q	204_I	1.525	0.35
108_I	172_I	1.518	0.34
101_K	264_L	1.506	0.34
288_K	313_Y	1.505	0.34
117_W	297_T	1.499	0.34
149_L	310_M	1.484	0.33
91_S	193_V	1.484	0.33
160_S	190_T	1.483	0.33
49_L	189_Y	1.446	0.32
102_G	134_W	1.425	0.31
258_R	304_L	1.403	0.30
126_G	306_F	1.402	0.30
111_D	273_Y	1.390	0.30
273_Y	281_E	1.390	0.30
137_A	168_L	1.368	0.29
110_I	261_N	1.350	0.29
139_A	323_M	1.348	0.29
260_T	288_K	1.348	0.29
168_L	287_I	1.344	0.29
126_G	296_S	1.342	0.28
221_Y	226_K	1.340	0.28
169_M	194_L	1.337	0.28
66_Y	169_M	1.332	0.28
173_V	203_V	1.329	0.28
138_T	306_F	1.311	0.28
147_V	180_G	1.306	0.27
260_T	308_L	1.305	0.27
189_Y	282_T	1.305	0.27
284_Y	294_T	1.302	0.27
159_M	203_V	1.300	0.27
45_V	53_C	1.296	0.27
177_L	222_T	1.296	0.27
77_V	186_A	1.294	0.27
263_D	275_K	1.283	0.27
134_W	290_F	1.279	0.27
216_E	219_G	1.270	0.26
214_Y	217_F	1.269	0.26
274_N	314_S	1.266	0.26
133_S	278_S	1.264	0.26
138_T	280_I	1.258	0.26
166_K	296_S	1.255	0.26
32_L	264_L	1.244	0.26
137_A	202_F	1.232	0.25
194_L	282_T	1.221	0.25
139_A	169_M	1.221	0.25
274_N	279_P	1.220	0.25
168_L	202_F	1.218	0.25
162_D	196_F	1.212	0.25
61_S	115_K	1.188	0.24
282_T	286_N	1.185	0.24
73_V	189_Y	1.183	0.24
75_N	223_T	1.182	0.24
288_K	306_F	1.182	0.24
197_I	255_Y	1.177	0.24
194_L	204_I	1.176	0.24
261_N	306_F	1.168	0.23
125_L	263_D	1.166	0.23
149_L	283_S	1.166	0.23
284_Y	295_S	1.162	0.23
37_F	46_S	1.162	0.23
40_R	131_G	1.162	0.23
72_T	288_K	1.157	0.23
291_L	303_E	1.147	0.23
76_Y	298_K	1.144	0.23
49_L	73_V	1.143	0.23
297_T	304_L	1.141	0.23
75_N	298_K	1.140	0.23
181_L	203_V	1.132	0.22
187_G	315_L	1.130	0.22
261_N	287_I	1.129	0.22
180_G	278_S	1.129	0.22
114_T	133_S	1.125	0.22
202_F	261_N	1.125	0.22
184_L	189_Y	1.123	0.22
261_N	288_K	1.121	0.22
165_V	261_N	1.117	0.22
278_S	296_S	1.115	0.22
146_M	180_G	1.115	0.22
320_K	324_T	1.113	0.22
43_E	292_P	1.111	0.22
242_G	301_F	1.110	0.22
203_V	241_Y	1.103	0.22
77_V	151_A	1.090	0.21
293_F	314_S	1.090	0.21
282_T	318_V	1.089	0.21
58_S	136_Y	1.078	0.21
124_G	299_F	1.073	0.21
128_S	293_F	1.065	0.21
108_I	142_K	1.063	0.21
110_I	193_V	1.063	0.21
179_V	287_I	1.063	0.21
62_K	66_Y	1.061	0.21
150_L	168_L	1.060	0.21
273_Y	277_R	1.060	0.21
117_W	125_L	1.054	0.20
37_F	41_K	1.048	0.20
296_S	302_R	1.037	0.20
301_F	305_I	1.033	0.20
94_R	133_S	1.030	0.20
67_N	139_A	1.027	0.20
165_V	172_I	1.024	0.20
186_A	294_T	1.024	0.20
220_E	226_K	1.022	0.20
81_G	85_I	1.021	0.20
70_P	298_K	1.021	0.20
223_T	275_K	1.020	0.20
108_I	179_V	1.018	0.19
111_D	280_I	1.017	0.19
296_S	313_Y	1.016	0.19
113_T	147_V	1.006	0.19
27_V	57_D	0.998	0.19
63_S	201_K	0.996	0.19
123_E	203_V	0.993	0.19
296_S	306_F	0.988	0.19
112_W	155_Q	0.985	0.19
113_T	287_I	0.982	0.19
76_Y	285_R	0.982	0.19
41_K	45_V	0.980	0.19
53_C	312_F	0.978	0.19
46_S	124_G	0.977	0.18
75_N	218_D	0.973	0.18
188_F	281_E	0.972	0.18
111_D	188_F	0.972	0.18
139_A	172_I	0.969	0.18
29_Y	33_S	0.969	0.18
127_S	308_L	0.968	0.18
119_G	148_L	0.968	0.18
77_V	132_N	0.967	0.18
193_V	284_Y	0.966	0.18
134_W	138_T	0.964	0.18
138_T	168_L	0.964	0.18
27_V	33_S	0.960	0.18
69_S	206_V	0.957	0.18
177_L	182_V	0.945	0.18
121_P	186_A	0.945	0.18
35_L	40_R	0.939	0.18
31_L	80_Q	0.933	0.18
198_S	326_E	0.930	0.17
281_E	302_R	0.927	0.17
111_D	302_R	0.927	0.17
53_C	309_A	0.924	0.17
261_N	296_S	0.920	0.17
151_A	169_M	0.919	0.17
292_P	305_I	0.915	0.17
116_T	312_F	0.914	0.17
70_P	273_Y	0.914	0.17
155_Q	183_T	0.909	0.17
109_S	142_K	0.906	0.17
91_S	284_Y	0.896	0.17
136_Y	189_Y	0.896	0.17
93_R	285_R	0.894	0.17
189_Y	207_P	0.885	0.16
126_G	258_R	0.882	0.16
199_Q	243_K	0.874	0.16
35_L	84_V	0.871	0.16
78_E	239_L	0.869	0.16
133_S	317_T	0.864	0.16
133_S	292_P	0.863	0.16
89_L	172_I	0.860	0.16
128_S	283_S	0.860	0.16
64_K	189_Y	0.858	0.16
260_T	290_F	0.858	0.16
92_M	304_L	0.856	0.16
24_I	32_L	0.850	0.16
182_V	250_K	0.849	0.16
51_S	189_Y	0.844	0.16
36_S	241_Y	0.842	0.16
135_N	187_G	0.841	0.16
204_I	215_E	0.840	0.16
231_E	255_Y	0.837	0.15
183_T	205_G	0.834	0.15
39_G	44_E	0.834	0.15
39_G	109_S	0.833	0.15
142_K	258_R	0.832	0.15
119_G	189_Y	0.831	0.15
53_C	104_K	0.831	0.15
170_E	182_V	0.829	0.15
86_E	90_E	0.827	0.15
317_T	320_K	0.825	0.15
113_T	202_F	0.821	0.15
132_N	144_Q	0.818	0.15
163_E	186_A	0.816	0.15
185_D	273_Y	0.815	0.15
113_T	305_I	0.811	0.15
128_S	148_L	0.808	0.15
25_Q	28_G	0.807	0.15
109_S	193_V	0.806	0.15
194_L	202_F	0.805	0.15
119_G	136_Y	0.804	0.15
51_S	60_E	0.797	0.15
197_I	200_F	0.797	0.15
139_A	314_S	0.793	0.15
71_Q	241_Y	0.791	0.15
51_S	161_K	0.790	0.15
241_Y	266_K	0.789	0.15
176_G	304_L	0.785	0.14
63_S	169_M	0.783	0.14
180_G	309_A	0.779	0.14
52_A	131_G	0.778	0.14
126_G	143_Y	0.774	0.14
209_G	267_R	0.769	0.14
128_S	207_P	0.768	0.14
184_L	197_I	0.764	0.14
74_R	283_S	0.761	0.14
287_I	306_F	0.760	0.14
200_F	308_L	0.760	0.14
48_V	280_I	0.755	0.14
194_L	273_Y	0.753	0.14
52_A	329_R	0.751	0.14
62_K	169_M	0.751	0.14
169_M	235_K	0.749	0.14
204_I	262_L	0.749	0.14
39_G	258_R	0.749	0.14
203_V	269_V	0.748	0.14
230_K	250_K	0.747	0.14
138_T	149_L	0.742	0.14
134_W	257_A	0.739	0.14
104_K	152_F	0.736	0.14
120_K	219_G	0.733	0.13
172_I	261_N	0.731	0.13
72_T	224_N	0.730	0.13
83_E	263_D	0.728	0.13
56_N	169_M	0.728	0.13
119_G	297_T	0.727	0.13
143_Y	154_P	0.726	0.13
193_V	282_T	0.725	0.13
75_N	184_L	0.723	0.13
172_I	177_L	0.722	0.13
269_V	315_L	0.720	0.13
147_V	206_V	0.720	0.13
82_T	168_L	0.712	0.13
277_R	280_I	0.711	0.13
35_L	220_E	0.711	0.13
228_H	239_L	0.709	0.13
187_G	250_K	0.708	0.13
92_M	309_A	0.706	0.13
154_P	327_E	0.706	0.13
65_G	199_Q	0.703	0.13
326_E	329_R	0.703	0.13
35_L	218_D	0.703	0.13
187_G	207_P	0.702	0.13
31_L	46_S	0.695	0.13
83_E	197_I	0.694	0.13
90_E	125_L	0.692	0.13
137_A	164_I	0.691	0.13
48_V	62_K	0.691	0.13
102_G	203_V	0.690	0.13
110_I	168_L	0.689	0.13
36_S	228_H	0.687	0.13
136_Y	273_Y	0.686	0.13
288_K	296_S	0.686	0.13
135_N	184_L	0.685	0.13
155_Q	163_E	0.684	0.13
52_A	194_L	0.683	0.13
260_T	282_T	0.679	0.13
94_R	175_M	0.678	0.13
121_P	263_D	0.677	0.13
35_L	285_R	0.677	0.13
149_L	287_I	0.675	0.12
189_Y	263_D	0.675	0.12
183_T	292_P	0.675	0.12
125_L	296_S	0.674	0.12
50_V	150_L	0.673	0.12
48_V	203_V	0.672	0.12
25_Q	29_Y	0.672	0.12
141_T	316_Y	0.672	0.12
169_M	218_D	0.670	0.12
212_K	215_E	0.670	0.12
221_Y	228_H	0.669	0.12
179_V	228_H	0.665	0.12
68_V	122_V	0.664	0.12
213_I	237_R	0.664	0.12
72_T	271_K	0.659	0.12
168_L	284_Y	0.656	0.12
152_F	210_D	0.654	0.12
68_V	73_V	0.653	0.12
156_V	315_L	0.650	0.12
134_W	317_T	0.649	0.12
57_D	235_K	0.645	0.12
188_F	277_R	0.641	0.12
125_L	269_V	0.641	0.12
131_G	291_L	0.637	0.12
184_L	259_A	0.636	0.12
53_C	289_A	0.636	0.12
133_S	290_F	0.634	0.12
193_V	248_K	0.630	0.12
131_G	238_L	0.630	0.12
278_S	313_Y	0.630	0.12
74_R	135_N	0.629	0.12
277_R	302_R	0.626	0.12
128_S	154_P	0.626	0.12
110_I	137_A	0.625	0.12
52_A	62_K	0.624	0.12
188_F	280_I	0.623	0.12
59_V	169_M	0.622	0.12
145_N	152_F	0.616	0.12
278_S	290_F	0.614	0.11
129_A	285_R	0.613	0.11
27_V	157_N	0.613	0.11
126_G	154_P	0.610	0.11
300_I	318_V	0.609	0.11
223_T	226_K	0.607	0.11
89_L	289_A	0.607	0.11
302_R	316_Y	0.607	0.11
104_K	265_P	0.607	0.11
74_R	325_R	0.606	0.11
21_Q	24_I	0.606	0.11
310_M	313_Y	0.606	0.11
216_E	272_L	0.605	0.11
147_V	278_S	0.604	0.11
231_E	298_K	0.603	0.11
188_F	314_S	0.603	0.11
49_L	118_Y	0.600	0.11
161_K	292_P	0.600	0.11
23_N	168_L	0.599	0.11
203_V	273_Y	0.598	0.11
72_T	109_S	0.598	0.11
160_S	163_E	0.598	0.11
75_N	300_I	0.595	0.11
22_N	29_Y	0.595	0.11
153_V	167_L	0.593	0.11
27_V	275_K	0.591	0.11
69_S	311_I	0.591	0.11
45_V	73_V	0.591	0.11
151_A	212_K	0.591	0.11
177_L	200_F	0.590	0.11
130_K	267_R	0.590	0.11
114_T	127_S	0.589	0.11
26_Q	30_K	0.586	0.11
129_A	241_Y	0.583	0.11
126_G	288_K	0.582	0.11
130_K	207_P	0.581	0.11
130_K	275_K	0.580	0.11
110_I	200_F	0.578	0.11
121_P	211_V	0.578	0.11
135_N	183_T	0.577	0.11
194_L	259_A	0.576	0.11
131_G	239_L	0.575	0.11
155_Q	193_V	0.575	0.11
274_N	298_K	0.573	0.11
139_A	163_E	0.572	0.11
22_N	26_Q	0.572	0.11
82_T	94_R	0.572	0.11
291_L	295_S	0.571	0.11
151_A	250_K	0.568	0.11
76_Y	148_L	0.567	0.11
194_L	289_A	0.567	0.11
77_V	85_I	0.566	0.11
202_F	320_K	0.566	0.11
122_V	207_P	0.563	0.11
114_T	187_G	0.563	0.11
130_K	160_S	0.563	0.11
134_W	321_N	0.560	0.11
213_I	267_R	0.558	0.11
261_N	290_F	0.558	0.11
94_R	125_L	0.557	0.11
92_M	220_E	0.556	0.11
111_D	294_T	0.555	0.11
281_E	294_T	0.555	0.11
95_I	301_F	0.553	0.11
66_Y	293_F	0.552	0.11
280_I	316_Y	0.551	0.11
38_K	52_A	0.551	0.11
67_N	186_A	0.550	0.11
124_G	303_E	0.548	0.10
113_T	296_S	0.548	0.10
53_C	60_E	0.547	0.10
48_V	311_I	0.546	0.10
207_P	213_I	0.544	0.10
83_E	224_N	0.543	0.10
107_D	183_T	0.542	0.10
86_E	136_Y	0.542	0.10
200_F	264_L	0.542	0.10
82_T	301_F	0.541	0.10
53_C	189_Y	0.538	0.10
64_K	311_I	0.537	0.10
72_T	235_K	0.536	0.10
29_Y	32_L	0.536	0.10
132_N	274_N	0.535	0.10
108_I	267_R	0.533	0.10
156_V	169_M	0.529	0.10
75_N	283_S	0.529	0.10
274_N	317_T	0.528	0.10
147_V	279_P	0.526	0.10
301_F	315_L	0.525	0.10
25_Q	49_L	0.524	0.10
254_V	259_A	0.524	0.10
39_G	165_V	0.523	0.10
188_F	273_Y	0.520	0.10
132_N	317_T	0.519	0.10
132_N	147_V	0.518	0.10
117_W	144_Q	0.518	0.10
115_K	197_I	0.516	0.10
145_N	204_I	0.515	0.10
141_T	293_F	0.515	0.10
78_E	249_R	0.513	0.10
46_S	100_L	0.512	0.10
312_F	316_Y	0.508	0.10
63_S	104_K	0.507	0.10
127_S	319_F	0.506	0.10
21_Q	38_K	0.505	0.10
83_E	156_V	0.505	0.10
52_A	236_F	0.504	0.10
166_K	250_K	0.503	0.10
117_W	205_G	0.502	0.10
185_D	280_I	0.500	0.10
43_E	130_K	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1musA	2	0.8874	99.3	0.868	Contact Map
4xb4A	1	0.3846	11.9	0.975	Contact Map
1f6yA	2	0.6044	11.6	0.975	Contact Map
1qgpA	1	0.206	10	0.976	Contact Map
2vxzA	1	0.3901	9.6	0.976	Contact Map
1jkoC	1	0.1209	9.4	0.976	Contact Map
4x86A	1	0.1401	8.1	0.976	Contact Map
2m8eA	1	0.1566	7.9	0.977	Contact Map
1qbjA	1	0.1786	7.7	0.977	Contact Map
2jn6A	1	0.2253	7.2	0.977	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0105 seconds.