Q97XC8 - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q97XC8 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q97XC8	Sequences: MNIKVTVFHYILDRSYIFLLFIIFISLIFPIISAFISLIFVGLLFQGLYLRRQSSTNSPYIVLEILSMLSLIYAAQFFTHLLKATDIVFLSYLIIISLSLYRLKRIIKKKTNYLQNSKVAFTLLLLAFLLNWFISGFLDLTQGNFSVFGQFGYFSYPFLAIMNFISAFASITASPWFMIDMGIWLGVIGIFRIIEYNKLENKIRYLLMMFAYAFYSIYLPSFSPLQSEVQYIPYMWFNGLGTYGPVRSSYLLDGIIGTFTVTAILSFMFGSRQICSVTCTAPYMLQNTFLNSMKKYNRSSKVGRKTLTSRMSSWYKWVMSITWISLIILAVLSFLKFSILGNDPTMFYTSLYFNVIWYFQFMLMPFLGNYACVNSGICAWGSFNQLFGYLGFFKLKVRDLKQCLNCKTVDCANACPVGLTDMRAWFIKKGEFKSFKCVGVGDCVEVCPYNNITFYDVRSWIKEKLYPIQFKHRGTT	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	476 (387)
Sequences:	125 (82)
Seq/√Len:	4.2

SULSO - Q97XC8 Q97V70 Q97XX7

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
424_A	428_K	3.619	0.78
194_I	197_N	3.531	0.76
350_S	353_F	3.383	0.73
349_T	354_N	3.374	0.72
349_T	353_F	3.316	0.71
189_G	193_I	3.112	0.66
121_F	130_L	2.969	0.62
193_I	196_Y	2.949	0.61
345_T	349_T	2.851	0.59
185_L	188_I	2.836	0.58
192_R	196_Y	2.763	0.56
342_N	349_T	2.708	0.54
133_F	269_F	2.522	0.49
192_R	195_E	2.513	0.49
233_P	238_N	2.506	0.48
185_L	189_G	2.474	0.47
94_I	103_L	2.446	0.47
350_S	354_N	2.407	0.45
351_L	354_N	2.406	0.45
189_G	196_Y	2.392	0.45
272_R	441_G	2.375	0.45
188_I	193_I	2.362	0.44
199_L	351_L	2.340	0.44
348_Y	352_Y	2.334	0.43
189_G	195_E	2.329	0.43
431_E	453_T	2.280	0.42
328_I	386_L	2.189	0.39
237_F	240_L	2.185	0.39
188_I	192_R	2.172	0.39
407_K	410_D	2.087	0.36
349_T	352_Y	2.085	0.36
343_D	346_M	2.078	0.36
129_L	144_N	2.052	0.35
90_L	93_L	2.047	0.35
234_Y	238_N	2.032	0.35
365_P	372_C	1.998	0.34
338_S	348_Y	1.983	0.34
181_M	188_I	1.972	0.33
124_L	252_L	1.940	0.32
91_S	329_L	1.908	0.32
135_S	349_T	1.878	0.31
189_G	192_R	1.872	0.31
261_V	428_K	1.832	0.30
180_D	183_I	1.831	0.30
367_L	445_E	1.809	0.29
231_Y	234_Y	1.760	0.28
345_T	353_F	1.758	0.28
266_S	353_F	1.756	0.28
236_W	430_G	1.741	0.27
170_S	251_L	1.735	0.27
178_M	223_S	1.724	0.27
234_Y	239_G	1.724	0.27
185_L	209_M	1.719	0.27
165_I	329_L	1.697	0.26
149_G	450_N	1.647	0.25
189_G	194_I	1.628	0.25
342_N	345_T	1.624	0.25
185_L	196_Y	1.604	0.24
63_L	94_I	1.596	0.24
344_P	348_Y	1.580	0.24
107_I	269_F	1.580	0.24
110_K	252_L	1.579	0.24
316_K	435_F	1.573	0.24
185_L	192_R	1.562	0.23
345_T	352_Y	1.547	0.23
192_R	197_N	1.542	0.23
339_I	342_N	1.520	0.23
60_Y	64_E	1.488	0.22
233_P	237_F	1.486	0.22
372_C	457_V	1.478	0.22
241_G	269_F	1.475	0.22
95_I	103_L	1.473	0.22
341_G	348_Y	1.471	0.22
129_L	158_F	1.470	0.22
241_G	343_D	1.467	0.21
251_L	334_F	1.452	0.21
91_S	165_I	1.450	0.21
233_P	240_L	1.427	0.21
185_L	193_I	1.425	0.21
236_W	239_G	1.421	0.21
258_T	269_F	1.419	0.21
342_N	348_Y	1.412	0.20
156_Y	256_I	1.411	0.20
85_T	133_F	1.410	0.20
74_A	155_S	1.407	0.20
246_V	323_W	1.398	0.20
331_V	352_Y	1.391	0.20
339_I	350_S	1.389	0.20
348_Y	353_F	1.388	0.20
124_L	134_I	1.387	0.20
101_Y	328_I	1.384	0.20
338_S	349_T	1.378	0.20
234_Y	240_L	1.372	0.20
178_M	185_L	1.369	0.20
209_M	438_V	1.365	0.20
191_F	194_I	1.362	0.19
381_G	439_G	1.352	0.19
384_N	432_F	1.351	0.19
362_M	365_P	1.350	0.19
154_F	256_I	1.345	0.19
381_G	441_G	1.329	0.19
71_L	241_G	1.328	0.19
224_P	227_S	1.324	0.19
64_E	67_S	1.307	0.18
83_K	260_T	1.304	0.18
93_L	126_L	1.299	0.18
135_S	235_M	1.296	0.18
191_F	195_E	1.279	0.18
66_L	246_V	1.276	0.18
348_Y	354_N	1.272	0.18
60_Y	72_I	1.272	0.18
91_S	161_I	1.269	0.18
311_M	334_F	1.268	0.18
261_V	424_A	1.262	0.18
188_I	196_Y	1.257	0.18
202_K	328_I	1.256	0.18
203_I	258_T	1.256	0.18
264_I	301_K	1.253	0.18
419_L	436_K	1.248	0.17
59_P	65_I	1.248	0.17
124_L	293_M	1.248	0.17
254_G	421_D	1.243	0.17
165_I	187_V	1.227	0.17
140_L	185_L	1.225	0.17
368_G	393_F	1.219	0.17
422_M	425_W	1.217	0.17
194_I	219_L	1.215	0.17
194_I	256_I	1.215	0.17
140_L	167_A	1.202	0.17
233_P	239_G	1.201	0.17
85_T	119_V	1.198	0.17
209_M	213_A	1.193	0.17
251_L	254_G	1.187	0.16
188_I	194_I	1.182	0.16
190_I	193_I	1.176	0.16
191_F	196_Y	1.176	0.16
60_Y	63_L	1.173	0.16
386_L	435_F	1.170	0.16
227_S	246_V	1.161	0.16
331_V	335_L	1.159	0.16
194_I	239_G	1.153	0.16
188_I	195_E	1.152	0.16
119_V	126_L	1.150	0.16
88_V	328_I	1.148	0.16
130_L	218_Y	1.137	0.16
85_T	108_K	1.128	0.15
184_W	209_M	1.127	0.15
163_N	176_W	1.125	0.15
89_F	328_I	1.117	0.15
193_I	197_N	1.116	0.15
144_N	260_T	1.111	0.15
236_W	240_L	1.098	0.15
96_I	444_V	1.087	0.15
258_T	333_S	1.086	0.15
65_I	73_Y	1.085	0.15
59_P	72_I	1.084	0.15
95_I	148_F	1.074	0.15
108_K	193_I	1.073	0.15
318_V	336_K	1.072	0.15
212_Y	422_M	1.070	0.15
93_L	97_S	1.067	0.15
87_I	140_L	1.065	0.15
182_G	232_I	1.056	0.14
372_C	428_K	1.054	0.14
90_L	104_K	1.054	0.14
178_M	259_F	1.054	0.14
318_V	387_F	1.047	0.14
235_M	238_N	1.046	0.14
234_Y	243_Y	1.043	0.14
206_L	232_I	1.035	0.14
340_L	343_D	1.030	0.14
216_S	412_A	1.022	0.14
110_K	191_F	1.019	0.14
361_F	423_R	1.015	0.14
371_A	416_P	1.014	0.14
116_N	176_W	1.012	0.14
201_N	445_E	1.010	0.14
185_L	190_I	1.009	0.14
212_Y	412_A	1.009	0.14
235_M	258_T	1.006	0.14
341_G	344_P	0.993	0.14
404_L	425_W	0.986	0.13
406_C	447_C	0.982	0.13
279_C	415_C	0.982	0.13
403_C	415_C	0.982	0.13
406_C	443_C	0.982	0.13
275_C	411_C	0.982	0.13
411_C	415_C	0.982	0.13
279_C	378_C	0.982	0.13
406_C	437_C	0.982	0.13
275_C	447_C	0.982	0.13
411_C	437_C	0.982	0.13
275_C	406_C	0.982	0.13
275_C	403_C	0.982	0.13
275_C	378_C	0.982	0.13
279_C	406_C	0.982	0.13
279_C	443_C	0.982	0.13
275_C	415_C	0.982	0.13
275_C	279_C	0.982	0.13
279_C	403_C	0.982	0.13
275_C	437_C	0.982	0.13
279_C	447_C	0.982	0.13
279_C	437_C	0.982	0.13
275_C	443_C	0.982	0.13
270_G	447_C	0.982	0.13
270_G	443_C	0.982	0.13
270_G	437_C	0.982	0.13
279_C	411_C	0.982	0.13
415_C	443_C	0.982	0.13
378_C	403_C	0.982	0.13
415_C	447_C	0.982	0.13
403_C	406_C	0.982	0.13
378_C	406_C	0.982	0.13
378_C	411_C	0.982	0.13
378_C	415_C	0.982	0.13
437_C	443_C	0.982	0.13
437_C	447_C	0.982	0.13
378_C	437_C	0.982	0.13
378_C	443_C	0.982	0.13
443_C	447_C	0.982	0.13
403_C	411_C	0.982	0.13
403_C	437_C	0.982	0.13
403_C	443_C	0.982	0.13
406_C	415_C	0.982	0.13
406_C	411_C	0.982	0.13
270_G	415_C	0.982	0.13
411_C	443_C	0.982	0.13
411_C	447_C	0.982	0.13
415_C	437_C	0.982	0.13
270_G	411_C	0.982	0.13
270_G	403_C	0.982	0.13
270_G	378_C	0.982	0.13
403_C	447_C	0.982	0.13
270_G	279_C	0.982	0.13
270_G	406_C	0.982	0.13
270_G	275_C	0.982	0.13
378_C	447_C	0.982	0.13
266_S	339_I	0.982	0.13
185_L	227_S	0.979	0.13
444_V	457_V	0.978	0.13
266_S	350_S	0.978	0.13
347_F	354_N	0.976	0.13
137_F	252_L	0.966	0.13
361_F	381_G	0.966	0.13
156_Y	192_R	0.965	0.13
112_N	133_F	0.961	0.13
344_P	350_S	0.959	0.13
148_F	227_S	0.952	0.13
366_F	369_N	0.949	0.13
340_L	344_P	0.946	0.13
133_F	315_Y	0.943	0.13
234_Y	237_F	0.932	0.13
362_M	366_F	0.930	0.13
85_T	185_L	0.929	0.13
216_S	402_Q	0.928	0.13
144_N	161_I	0.928	0.13
320_S	324_I	0.925	0.13
345_T	350_S	0.925	0.13
161_I	331_V	0.925	0.13
190_I	195_E	0.922	0.13
241_G	360_Q	0.920	0.13
404_L	422_M	0.917	0.12
161_I	165_I	0.914	0.12
278_T	385_Q	0.909	0.12
204_R	276_S	0.907	0.12
266_S	417_V	0.906	0.12
261_V	302_V	0.899	0.12
272_R	439_G	0.898	0.12
96_I	289_F	0.896	0.12
130_L	265_L	0.893	0.12
274_I	377_I	0.893	0.12
190_I	196_Y	0.891	0.12
148_F	161_I	0.891	0.12
325_S	329_L	0.889	0.12
209_M	229_V	0.887	0.12
177_F	418_G	0.886	0.12
142_Q	145_F	0.884	0.12
230_Q	243_Y	0.884	0.12
124_L	338_S	0.883	0.12
209_M	259_F	0.880	0.12
65_I	69_L	0.877	0.12
422_M	429_K	0.877	0.12
135_S	354_N	0.873	0.12
213_A	352_Y	0.873	0.12
260_T	435_F	0.868	0.12
62_V	67_S	0.866	0.12
281_A	298_R	0.865	0.12
361_F	441_G	0.865	0.12
209_M	214_F	0.865	0.12
111_T	168_F	0.860	0.12
202_K	435_F	0.860	0.12
338_S	341_G	0.859	0.12
138_L	180_D	0.859	0.12
197_N	362_M	0.859	0.12
253_D	383_F	0.858	0.12
161_I	260_T	0.857	0.12
346_M	349_T	0.853	0.12
110_K	314_W	0.843	0.12
326_L	445_E	0.843	0.12
87_I	94_I	0.843	0.12
137_F	158_F	0.842	0.12
140_L	301_K	0.842	0.12
312_S	317_W	0.839	0.12
180_D	184_W	0.838	0.11
76_Q	88_V	0.837	0.11
342_N	346_M	0.835	0.11
139_D	430_G	0.833	0.11
410_D	422_M	0.831	0.11
235_M	239_G	0.830	0.11
110_K	264_I	0.828	0.11
125_L	265_L	0.826	0.11
296_Y	434_S	0.825	0.11
257_G	390_L	0.825	0.11
231_Y	327_I	0.823	0.11
134_I	158_F	0.816	0.11
272_R	361_F	0.812	0.11
103_L	252_L	0.811	0.11
152_G	245_P	0.810	0.11
177_F	236_W	0.807	0.11
271_S	282_P	0.806	0.11
227_S	234_Y	0.805	0.11
157_P	390_L	0.804	0.11
172_T	224_P	0.802	0.11
84_A	161_I	0.802	0.11
59_P	69_L	0.801	0.11
85_T	256_I	0.801	0.11
267_F	371_A	0.801	0.11
117_S	264_I	0.799	0.11
368_G	448_P	0.798	0.11
393_F	448_P	0.798	0.11
191_F	333_S	0.793	0.11
147_V	360_Q	0.792	0.11
314_W	342_N	0.791	0.11
200_E	286_Q	0.791	0.11
254_G	267_F	0.790	0.11
231_Y	235_M	0.788	0.11
339_I	346_M	0.786	0.11
91_S	140_L	0.784	0.11
74_A	81_L	0.782	0.11
212_Y	391_G	0.779	0.11
372_C	430_G	0.779	0.11
303_G	386_L	0.778	0.11
137_F	367_L	0.777	0.11
88_V	122_T	0.775	0.11
223_S	250_Y	0.775	0.11
291_N	294_K	0.774	0.11
182_G	442_D	0.773	0.11
192_R	202_K	0.771	0.11
286_Q	294_K	0.771	0.11
87_I	109_K	0.770	0.11
277_V	286_Q	0.768	0.11
260_T	428_K	0.767	0.11
97_S	188_I	0.767	0.11
207_L	384_N	0.767	0.11
124_L	360_Q	0.764	0.11
121_F	218_Y	0.763	0.11
373_V	428_K	0.763	0.11
203_I	246_V	0.762	0.11
440_V	452_I	0.761	0.11
246_V	314_W	0.759	0.11
137_F	235_M	0.758	0.11
375_S	379_A	0.758	0.11
341_G	345_T	0.757	0.11
95_I	99_S	0.757	0.11
281_A	294_K	0.757	0.11
298_R	430_G	0.753	0.11
388_G	440_V	0.753	0.11
124_L	137_F	0.753	0.11
209_M	258_T	0.750	0.10
124_L	235_M	0.745	0.10
197_N	394_K	0.744	0.10
126_L	252_L	0.744	0.10
137_F	245_P	0.742	0.10
339_I	352_Y	0.735	0.10
92_Y	265_L	0.733	0.10
246_V	372_C	0.730	0.10
246_V	250_Y	0.725	0.10
64_E	73_Y	0.725	0.10
63_L	67_S	0.724	0.10
173_A	180_D	0.723	0.10
87_I	264_I	0.722	0.10
102_R	138_L	0.721	0.10
202_K	347_F	0.717	0.10
124_L	147_V	0.715	0.10
264_I	351_L	0.713	0.10
91_S	108_K	0.713	0.10
142_Q	394_K	0.712	0.10
231_Y	237_F	0.711	0.10
298_R	386_L	0.707	0.10
235_M	240_L	0.704	0.10
183_I	187_V	0.704	0.10
214_F	258_T	0.704	0.10
361_F	439_G	0.702	0.10
190_I	269_F	0.700	0.10
146_S	149_G	0.700	0.10
188_I	191_F	0.695	0.10
65_I	383_F	0.694	0.10
246_V	337_F	0.694	0.10
226_Q	329_L	0.688	0.10
449_Y	455_Y	0.687	0.10
113_Y	267_F	0.679	0.10
103_L	359_F	0.679	0.10
345_T	354_N	0.679	0.10
111_T	457_V	0.677	0.10
180_D	290_L	0.676	0.10
330_A	387_F	0.676	0.10
59_P	64_E	0.675	0.10
233_P	243_Y	0.675	0.10
76_Q	337_F	0.673	0.10
331_V	334_F	0.670	0.10
157_P	262_T	0.669	0.10
56_T	60_Y	0.667	0.10
71_L	83_K	0.667	0.10
107_I	129_L	0.666	0.10
130_L	133_F	0.665	0.10
339_I	351_L	0.665	0.10
135_S	236_W	0.664	0.10
126_L	249_S	0.664	0.10
114_L	317_W	0.662	0.10
92_Y	185_L	0.662	0.10
387_F	390_L	0.662	0.10
166_S	384_N	0.661	0.10
223_S	227_S	0.660	0.10
136_G	181_M	0.659	0.10
65_I	72_I	0.658	0.09
354_N	359_F	0.658	0.09
89_F	140_L	0.656	0.09
147_V	346_M	0.656	0.09
284_M	451_N	0.654	0.09
231_Y	240_L	0.654	0.09
246_V	249_S	0.653	0.09
161_I	328_I	0.651	0.09
136_G	139_D	0.651	0.09
249_S	390_L	0.650	0.09
353_F	359_F	0.649	0.09
165_I	268_M	0.649	0.09
212_Y	426_F	0.648	0.09
163_N	322_T	0.647	0.09
82_L	246_V	0.645	0.09
200_E	426_F	0.645	0.09
111_T	300_S	0.644	0.09
110_K	372_C	0.643	0.09
134_I	137_F	0.641	0.09
190_I	261_V	0.639	0.09
101_Y	172_T	0.637	0.09
60_Y	67_S	0.635	0.09
345_T	348_Y	0.634	0.09
354_N	417_V	0.633	0.09
152_G	206_L	0.632	0.09
126_L	158_F	0.625	0.09
370_Y	377_I	0.623	0.09
192_R	354_N	0.623	0.09
96_I	108_K	0.623	0.09
264_I	336_K	0.623	0.09
83_K	386_L	0.622	0.09
132_W	144_N	0.621	0.09
229_V	324_I	0.621	0.09
96_I	318_V	0.621	0.09
258_T	261_V	0.620	0.09
87_I	104_K	0.618	0.09
60_Y	71_L	0.618	0.09
96_I	193_I	0.615	0.09
140_L	259_F	0.613	0.09
121_F	124_L	0.611	0.09
60_Y	70_S	0.611	0.09
96_I	348_Y	0.611	0.09
147_V	223_S	0.610	0.09
261_V	372_C	0.610	0.09
340_L	345_T	0.610	0.09
96_I	130_L	0.609	0.09
152_G	218_Y	0.609	0.09
104_K	129_L	0.608	0.09
201_N	208_M	0.608	0.09
241_G	344_P	0.605	0.09
133_F	256_I	0.604	0.09
199_L	256_I	0.604	0.09
207_L	277_V	0.602	0.09
202_K	222_F	0.602	0.09
344_P	352_Y	0.600	0.09
264_I	335_L	0.600	0.09
116_N	413_N	0.599	0.09
255_I	370_Y	0.599	0.09
69_L	72_I	0.595	0.09
286_Q	291_N	0.595	0.09
125_L	336_K	0.591	0.09
341_G	346_M	0.591	0.09
75_A	365_P	0.590	0.09
214_F	331_V	0.589	0.09
85_T	367_L	0.588	0.09
252_L	332_L	0.588	0.09
232_I	245_P	0.587	0.09
266_S	348_Y	0.586	0.09
133_F	144_N	0.585	0.09
236_W	373_V	0.583	0.09
87_I	343_D	0.582	0.09
224_P	242_T	0.582	0.09
277_V	282_P	0.581	0.09
76_Q	161_I	0.580	0.09
272_R	381_G	0.579	0.09
93_L	337_F	0.577	0.09
122_T	125_L	0.572	0.09
110_K	117_S	0.572	0.09
73_Y	129_L	0.569	0.09
97_S	104_K	0.569	0.09
79_T	83_K	0.569	0.09
184_W	258_T	0.567	0.09
168_F	232_I	0.567	0.09
317_W	321_I	0.566	0.09
86_D	332_L	0.565	0.09
153_Y	240_L	0.563	0.09
339_I	348_Y	0.563	0.09
185_L	236_W	0.563	0.09
361_F	365_P	0.561	0.09
57_N	300_S	0.560	0.09
182_G	330_A	0.560	0.09
286_Q	426_F	0.560	0.09
108_K	124_L	0.560	0.09
412_A	422_M	0.559	0.09
167_A	315_Y	0.555	0.08
344_P	360_Q	0.555	0.08
212_Y	286_Q	0.555	0.08
252_L	318_V	0.554	0.08
333_S	346_M	0.553	0.08
204_R	439_G	0.553	0.08
161_I	333_S	0.553	0.08
182_G	188_I	0.550	0.08
107_I	121_F	0.550	0.08
348_Y	351_L	0.549	0.08
222_F	257_G	0.548	0.08
204_R	280_T	0.548	0.08
189_G	197_N	0.547	0.08
57_N	69_L	0.547	0.08
212_Y	425_W	0.541	0.08
126_L	227_S	0.540	0.08
72_I	137_F	0.538	0.08
144_N	157_P	0.538	0.08
370_Y	379_A	0.538	0.08
192_R	344_P	0.536	0.08
84_A	428_K	0.536	0.08
364_M	369_N	0.535	0.08
337_F	340_L	0.534	0.08
126_L	161_I	0.533	0.08
339_I	344_P	0.533	0.08
60_Y	65_I	0.532	0.08
258_T	372_C	0.532	0.08
99_S	105_R	0.532	0.08
138_L	148_F	0.532	0.08
73_Y	96_I	0.531	0.08
96_I	372_C	0.531	0.08
120_A	265_L	0.530	0.08
140_L	148_F	0.530	0.08
88_V	121_F	0.530	0.08
87_I	108_K	0.528	0.08
277_V	384_N	0.528	0.08
124_L	135_S	0.528	0.08
314_W	372_C	0.525	0.08
208_M	380_W	0.525	0.08
161_I	337_F	0.524	0.08
93_L	344_P	0.523	0.08
207_L	417_V	0.523	0.08
273_Q	400_L	0.523	0.08
140_L	193_I	0.523	0.08
262_T	390_L	0.521	0.08
211_A	455_Y	0.521	0.08
121_F	160_A	0.519	0.08
188_I	235_M	0.519	0.08
225_L	341_G	0.511	0.08
271_S	277_V	0.511	0.08
328_I	332_L	0.509	0.08
88_V	109_K	0.508	0.08
135_S	386_L	0.508	0.08
201_N	384_N	0.508	0.08
62_V	73_Y	0.508	0.08
399_D	450_N	0.504	0.08
123_L	134_I	0.504	0.08
419_L	422_M	0.503	0.08
264_I	340_L	0.502	0.08
192_R	198_K	0.501	0.08
140_L	365_P	0.501	0.08
156_Y	245_P	0.500	0.08

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1hfeL	2	0.208	98.9	0.933	Contact Map
1jnrB	1	0.1723	98.9	0.933	Contact Map
3gyxB	1	0.1723	98.9	0.933	Contact Map
1rgvA	1	0.1555	98.9	0.934	Contact Map
2zvsA	1	0.1534	98.8	0.936	Contact Map
1iqzA	1	0.1513	98.8	0.936	Contact Map
2v2kA	1	0.1597	98.8	0.936	Contact Map
3eunA	1	0.1555	98.8	0.937	Contact Map
1h98A	1	0.1555	98.8	0.937	Contact Map
7fd1A	1	0.1639	98.8	0.937	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0115 seconds.