Q97WW3 - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q97WW3 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q97WW3	Sequences: MIGGSGRFLVNLESLNGVESIGNLTKHRTAPVVLKTSTGYLVRYVPVISGEALAHAYQASLVDIAKKEGLPVGNLSSQYEFIKFSTDEALKIEGIKEPKDYNDARRFEVEVMLKDVIADVGGFMYAGSAPVRRTSRIKLGYMIPALRGDEIPAQLEAQFHVRFSNKPVKGSQAIFNVEVSSALYTFSFELDEDLIAVPSTVGEKVKGEEELERQKARRVDSAIKALYSLLAGNFGGKRSRFLPSMKLMSLVVVKTDFPFIPEPGHDDSYIKTTVMRLEKAKSVLNGNVAKVYVINNEGIEVGEGATVLSSVEDLVAKLKEK	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	321 (278)
Sequences:	101 (85)
Seq/√Len:	5.1

SULSO - Q97WW3 CSA2B CSA2A

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
73_G	76_S	7.241	1.00
177_V	237_K	2.988	0.71
73_G	115_D	2.959	0.70
57_Y	121_G	2.821	0.66
84_F	118_A	2.692	0.63
58_Q	83_K	2.676	0.62
196_A	236_G	2.658	0.62
73_G	118_A	2.629	0.61
17_G	52_A	2.577	0.59
17_G	115_D	2.491	0.56
66_K	77_S	2.479	0.56
61_L	116_V	2.478	0.56
32_V	77_S	2.462	0.55
74_N	77_S	2.405	0.53
76_S	115_D	2.250	0.48
15_L	243_P	2.245	0.48
13_E	83_K	2.192	0.46
184_Y	215_K	2.175	0.46
76_S	118_A	2.146	0.45
271_K	275_M	2.114	0.44
83_K	249_S	2.082	0.43
13_E	182_A	2.081	0.43
46_P	240_R	2.000	0.40
124_M	186_F	2.000	0.40
83_K	121_G	1.951	0.39
2_I	269_Y	1.881	0.37
16_N	236_G	1.842	0.35
178_E	240_R	1.827	0.35
220_D	224_K	1.815	0.35
274_V	278_E	1.783	0.34
20_S	142_M	1.769	0.33
61_L	70_L	1.749	0.33
277_L	291_V	1.701	0.31
55_H	243_P	1.654	0.30
217_R	220_D	1.595	0.28
51_E	83_K	1.584	0.28
54_A	57_Y	1.580	0.28
139_L	157_A	1.579	0.28
211_L	216_A	1.578	0.28
180_S	223_I	1.567	0.28
46_P	144_P	1.563	0.28
53_L	142_M	1.563	0.28
112_M	211_L	1.532	0.27
19_E	54_A	1.479	0.25
137_I	188_F	1.476	0.25
5_S	147_R	1.475	0.25
5_S	35_K	1.475	0.25
144_P	240_R	1.469	0.25
69_G	106_R	1.462	0.25
92_I	101_Y	1.459	0.25
61_L	117_I	1.446	0.25
17_G	198_P	1.445	0.25
17_G	141_Y	1.442	0.25
65_A	71_P	1.438	0.24
112_M	198_P	1.435	0.24
14_S	237_K	1.428	0.24
14_S	17_G	1.426	0.24
27_H	182_A	1.424	0.24
72_V	182_A	1.421	0.24
51_E	121_G	1.415	0.24
7_R	240_R	1.412	0.24
48_I	69_G	1.410	0.24
19_E	83_K	1.403	0.24
19_E	26_K	1.398	0.23
115_D	236_G	1.387	0.23
238_R	242_L	1.386	0.23
92_I	102_N	1.375	0.23
68_E	224_K	1.370	0.23
141_Y	263_P	1.368	0.23
76_S	137_I	1.343	0.22
28_R	263_P	1.339	0.22
123_F	237_K	1.334	0.22
83_K	187_S	1.324	0.22
13_E	141_Y	1.303	0.21
36_T	274_V	1.299	0.21
24_L	244_S	1.299	0.21
131_V	254_K	1.295	0.21
90_L	203_E	1.294	0.21
30_A	115_D	1.294	0.21
92_I	291_V	1.292	0.21
62_V	132_R	1.284	0.21
13_E	19_E	1.283	0.21
5_S	264_G	1.283	0.21
108_E	144_P	1.282	0.21
141_Y	178_E	1.281	0.21
178_E	237_K	1.278	0.21
18_V	182_A	1.278	0.21
126_A	280_A	1.276	0.21
42_V	244_S	1.273	0.21
15_L	55_H	1.265	0.20
51_E	241_F	1.248	0.20
166_K	292_Y	1.243	0.20
25_T	208_E	1.241	0.20
30_A	73_G	1.209	0.19
197_V	247_L	1.208	0.19
48_I	293_V	1.172	0.19
160_H	258_P	1.158	0.18
121_G	137_I	1.151	0.18
79_Y	226_L	1.147	0.18
46_P	108_E	1.143	0.18
19_E	58_Q	1.139	0.18
268_S	292_Y	1.138	0.18
48_I	142_M	1.138	0.18
28_R	49_S	1.137	0.18
216_A	256_D	1.135	0.18
54_A	83_K	1.133	0.18
20_S	161_V	1.133	0.18
126_A	191_D	1.133	0.18
19_E	52_A	1.128	0.18
19_E	177_V	1.122	0.18
159_F	181_S	1.110	0.17
18_V	141_Y	1.103	0.17
219_V	251_V	1.103	0.17
2_I	192_E	1.097	0.17
31_P	141_Y	1.094	0.17
81_F	239_S	1.092	0.17
158_Q	162_R	1.091	0.17
161_V	173_A	1.089	0.17
133_R	243_P	1.086	0.17
172_Q	176_N	1.085	0.17
17_G	236_G	1.084	0.17
111_V	125_Y	1.082	0.17
215_K	219_V	1.079	0.17
13_E	54_A	1.078	0.17
29_T	149_D	1.078	0.17
132_R	191_D	1.074	0.17
27_H	46_P	1.067	0.17
69_G	288_V	1.057	0.16
10_V	264_G	1.057	0.16
3_G	221_S	1.054	0.16
161_V	263_P	1.051	0.16
123_F	162_R	1.049	0.16
191_D	253_V	1.047	0.16
83_K	141_Y	1.042	0.16
44_Y	258_P	1.035	0.16
13_E	52_A	1.034	0.16
79_Y	260_I	1.033	0.16
158_Q	163_F	1.030	0.16
136_R	214_Q	1.028	0.16
225_A	281_K	1.028	0.16
222_A	225_A	1.026	0.16
16_N	48_I	1.023	0.16
84_F	225_A	1.012	0.16
214_Q	217_R	1.011	0.16
141_Y	177_V	1.009	0.16
13_E	187_S	1.006	0.15
179_V	241_F	1.000	0.15
95_I	143_I	0.999	0.15
196_A	223_I	0.997	0.15
264_G	291_V	0.995	0.15
62_V	79_Y	0.990	0.15
54_A	185_T	0.990	0.15
64_I	221_S	0.989	0.15
143_I	292_Y	0.976	0.15
14_S	284_L	0.975	0.15
61_L	269_Y	0.975	0.15
260_I	273_T	0.969	0.15
92_I	147_R	0.966	0.15
34_L	244_S	0.962	0.15
17_G	157_A	0.960	0.15
66_K	291_V	0.959	0.15
77_S	120_V	0.958	0.15
6_G	186_F	0.955	0.15
6_G	248_M	0.945	0.14
181_S	229_L	0.944	0.14
54_A	141_Y	0.935	0.14
64_I	165_N	0.933	0.14
27_H	144_P	0.931	0.14
57_Y	222_A	0.930	0.14
54_A	72_V	0.929	0.14
69_G	212_E	0.928	0.14
160_H	184_Y	0.928	0.14
102_N	113_L	0.920	0.14
16_N	49_S	0.918	0.14
134_T	177_V	0.918	0.14
27_H	51_E	0.916	0.14
24_L	178_E	0.915	0.14
134_T	172_Q	0.910	0.14
81_F	141_Y	0.909	0.14
141_Y	240_R	0.903	0.14
2_I	283_V	0.900	0.14
69_G	213_R	0.898	0.14
47_V	172_Q	0.896	0.14
2_I	112_M	0.895	0.14
55_H	223_I	0.895	0.14
76_S	199_S	0.887	0.14
4_G	268_S	0.886	0.14
68_E	71_P	0.885	0.14
2_I	65_A	0.881	0.13
49_S	65_A	0.879	0.13
76_S	104_A	0.878	0.13
45_V	55_H	0.878	0.13
33_V	87_D	0.877	0.13
73_G	84_F	0.876	0.13
22_G	119_D	0.873	0.13
22_G	50_G	0.873	0.13
50_G	122_G	0.873	0.13
50_G	119_D	0.873	0.13
22_G	122_G	0.873	0.13
22_G	218_R	0.873	0.13
119_D	122_G	0.873	0.13
50_G	218_R	0.873	0.13
122_G	218_R	0.873	0.13
119_D	218_R	0.873	0.13
19_E	141_Y	0.872	0.13
27_H	178_E	0.872	0.13
57_Y	229_L	0.872	0.13
131_V	197_V	0.869	0.13
6_G	250_L	0.869	0.13
6_G	180_S	0.866	0.13
173_A	259_F	0.865	0.13
54_A	121_G	0.865	0.13
144_P	178_E	0.864	0.13
133_R	160_H	0.864	0.13
27_H	52_A	0.859	0.13
48_I	140_G	0.855	0.13
124_M	127_G	0.848	0.13
28_R	141_Y	0.848	0.13
164_S	192_E	0.846	0.13
51_E	58_Q	0.842	0.13
121_G	238_R	0.835	0.13
30_A	47_V	0.835	0.13
112_M	255_T	0.835	0.13
19_E	57_Y	0.833	0.13
215_K	244_S	0.832	0.13
146_L	260_I	0.832	0.13
47_V	251_V	0.828	0.13
41_L	254_K	0.828	0.13
239_S	273_T	0.827	0.13
132_R	237_K	0.821	0.13
49_S	236_G	0.819	0.13
115_D	263_P	0.819	0.13
65_A	117_I	0.817	0.13
178_E	244_S	0.817	0.13
259_F	276_R	0.816	0.13
141_Y	172_Q	0.813	0.12
57_Y	225_A	0.813	0.12
3_G	261_P	0.813	0.12
25_T	175_F	0.811	0.12
11_N	55_H	0.810	0.12
54_A	243_P	0.809	0.12
52_A	276_R	0.808	0.12
93_E	293_V	0.808	0.12
17_G	263_P	0.807	0.12
66_K	277_L	0.804	0.12
16_N	115_D	0.802	0.12
3_G	28_R	0.798	0.12
190_L	222_A	0.793	0.12
56_A	273_T	0.792	0.12
61_L	182_A	0.789	0.12
27_H	240_R	0.784	0.12
156_E	174_I	0.784	0.12
57_Y	238_R	0.775	0.12
44_Y	56_A	0.772	0.12
28_R	65_A	0.772	0.12
8_F	60_S	0.772	0.12
183_L	211_L	0.770	0.12
21_I	26_K	0.765	0.12
149_D	229_L	0.755	0.12
57_Y	81_F	0.754	0.12
54_A	177_V	0.749	0.12
2_I	43_R	0.748	0.12
46_P	178_E	0.743	0.11
179_V	238_R	0.740	0.11
29_T	230_L	0.739	0.11
82_I	169_K	0.738	0.11
81_F	161_V	0.736	0.11
14_S	177_V	0.735	0.11
25_T	190_L	0.732	0.11
161_V	186_F	0.730	0.11
126_A	294_I	0.730	0.11
254_K	281_K	0.727	0.11
20_S	290_K	0.726	0.11
167_P	292_Y	0.721	0.11
92_I	127_G	0.718	0.11
53_L	69_G	0.717	0.11
112_M	180_S	0.711	0.11
13_E	57_Y	0.710	0.11
147_R	291_V	0.708	0.11
13_E	18_V	0.708	0.11
173_A	263_P	0.704	0.11
177_V	238_R	0.703	0.11
217_R	288_V	0.698	0.11
185_T	266_D	0.697	0.11
72_V	142_M	0.697	0.11
34_L	42_V	0.692	0.11
48_I	156_E	0.692	0.11
182_A	262_E	0.691	0.11
143_I	257_F	0.691	0.11
30_A	76_S	0.690	0.11
112_M	191_D	0.687	0.11
57_Y	141_Y	0.686	0.11
11_N	108_E	0.686	0.11
223_I	248_M	0.685	0.11
14_S	52_A	0.684	0.11
199_S	263_P	0.684	0.11
120_V	221_S	0.683	0.11
137_I	228_S	0.682	0.11
106_R	249_S	0.681	0.11
141_Y	199_S	0.678	0.11
51_E	158_Q	0.678	0.11
140_G	266_D	0.678	0.11
128_S	131_V	0.673	0.11
131_V	181_S	0.671	0.11
115_D	118_A	0.668	0.11
23_N	184_Y	0.664	0.10
136_R	274_V	0.658	0.10
135_S	243_P	0.654	0.10
13_E	27_H	0.653	0.10
290_K	294_I	0.649	0.10
108_E	250_L	0.645	0.10
14_S	120_V	0.643	0.10
262_E	276_R	0.641	0.10
57_Y	83_K	0.641	0.10
35_K	170_G	0.640	0.10
7_R	48_I	0.639	0.10
112_M	222_A	0.639	0.10
249_S	269_Y	0.638	0.10
106_R	143_I	0.637	0.10
175_F	179_V	0.636	0.10
13_E	61_L	0.635	0.10
18_V	52_A	0.634	0.10
164_S	175_F	0.633	0.10
87_D	275_M	0.632	0.10
287_N	291_V	0.631	0.10
134_T	141_Y	0.630	0.10
51_E	141_Y	0.630	0.10
30_A	231_A	0.629	0.10
83_K	182_A	0.629	0.10
102_N	268_S	0.628	0.10
57_Y	182_A	0.628	0.10
79_Y	146_L	0.627	0.10
31_P	44_Y	0.627	0.10
17_G	47_V	0.627	0.10
115_D	198_P	0.626	0.10
72_V	230_L	0.622	0.10
134_T	178_E	0.620	0.10
128_S	275_M	0.618	0.10
14_S	176_N	0.616	0.10
79_Y	88_E	0.614	0.10
250_L	294_I	0.612	0.10
85_S	180_S	0.611	0.10
26_K	48_I	0.611	0.10
194_L	197_V	0.611	0.10
124_M	229_L	0.608	0.10
16_N	28_R	0.607	0.10
81_F	108_E	0.607	0.10
53_L	193_D	0.605	0.10
126_A	264_G	0.602	0.10
236_G	244_S	0.600	0.10
237_K	240_R	0.594	0.10
69_G	275_M	0.594	0.10
32_V	214_Q	0.594	0.10
60_S	229_L	0.591	0.10
174_I	275_M	0.587	0.10
114_K	150_E	0.586	0.10
212_E	251_V	0.585	0.10
140_G	156_E	0.585	0.10
7_R	237_K	0.584	0.10
188_F	226_L	0.584	0.10
141_Y	237_K	0.584	0.10
195_I	262_E	0.581	0.10
143_I	181_S	0.581	0.10
33_V	181_S	0.579	0.09
110_E	113_L	0.578	0.09
66_K	222_A	0.577	0.09
88_E	226_L	0.577	0.09
31_P	130_P	0.573	0.09
141_Y	259_F	0.572	0.09
27_H	61_L	0.570	0.09
194_L	250_L	0.570	0.09
117_I	226_L	0.569	0.09
211_L	264_G	0.569	0.09
110_E	288_V	0.566	0.09
46_P	79_Y	0.564	0.09
83_K	239_S	0.564	0.09
50_G	133_R	0.559	0.09
122_G	133_R	0.559	0.09
133_R	218_R	0.559	0.09
22_G	133_R	0.559	0.09
119_D	133_R	0.559	0.09
6_G	272_T	0.555	0.09
164_S	193_D	0.555	0.09
45_V	58_Q	0.553	0.09
255_T	277_L	0.548	0.09
58_Q	121_G	0.548	0.09
203_E	212_E	0.543	0.09
251_V	256_D	0.542	0.09
93_E	113_L	0.542	0.09
93_E	140_G	0.541	0.09
91_K	295_N	0.540	0.09
290_K	295_N	0.540	0.09
108_E	240_R	0.539	0.09
275_M	278_E	0.539	0.09
55_H	83_K	0.539	0.09
183_L	249_S	0.539	0.09
223_I	289_A	0.538	0.09
32_V	116_V	0.536	0.09
141_Y	158_Q	0.535	0.09
95_I	105_R	0.529	0.09
63_D	244_S	0.526	0.09
27_H	141_Y	0.526	0.09
106_R	109_V	0.525	0.09
191_D	230_L	0.523	0.09
268_S	291_V	0.522	0.09
123_F	132_R	0.522	0.09
137_I	140_G	0.519	0.09
64_I	228_S	0.518	0.09
143_I	242_L	0.516	0.09
28_R	172_Q	0.515	0.09
201_V	253_V	0.513	0.09
117_I	157_A	0.513	0.09
183_L	216_A	0.511	0.09
83_K	125_Y	0.510	0.09
193_D	213_R	0.503	0.09
48_I	63_D	0.500	0.09
27_H	237_K	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3ps0A	1	0.9283	100	0.302	Contact Map
4u7uE	3	0.8816	89.1	0.954	Contact Map
3k7nA	1	0.2492	26	0.972	Contact Map
2l5qA	1	0.1994	19.1	0.973	Contact Map
3k7lA	1	0.2679	16.9	0.974	Contact Map
4qtsC	1	0.5514	15.3	0.975	Contact Map
3o2pE	1	0.2679	11.9	0.976	Contact Map
4txdA	1	0.8224	11.9	0.976	Contact Map
2eroA	2	0.271	10.7	0.976	Contact Map
3wwvA	2	0.1433	10.5	0.976	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0094 seconds.