Q97UB5 - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q97UB5 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q97UB5	Sequences: MMKILLLLLLPLITVPVIISHSSILNIYYNGTVEAELTGNVNQFVLIGHNITNLKIIGAKYNLSGNTLYLTPSNTTVFIYYNAILPRGVIQINEPYNATINIYLPLNSSINYISPQPYSFNVMSDYYNVTFANVNSVIWLYTLSSHVTTAQNELEIPMIIGGLISSDAVLVSLIIFLLRRGNVRVLKEEESVDFVPEVLDERDTIVLEAIKMGTNTLADIVRQTGLPKSTAYRRVKKLVKLGYIEEIREEGKIRYVVRSDKK	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	262 (241)
Sequences:	103 (94)
Seq/√Len:	6.1

SULSO - Q97UB5

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
70_L	129_V	3.474	0.88
200_D	206_V	3.353	0.86
245_E	256_V	3.269	0.84
246_E	253_I	2.916	0.76
217_L	232_Y	2.775	0.72
105_P	117_P	2.710	0.71
232_Y	253_I	2.703	0.70
207_L	243_Y	2.583	0.67
56_I	61_Y	2.522	0.65
228_K	250_E	2.499	0.64
207_L	244_I	2.453	0.62
248_R	253_I	2.424	0.61
171_V	181_G	2.414	0.61
232_Y	255_Y	2.378	0.60
162_G	169_V	2.343	0.59
232_Y	246_E	2.327	0.58
139_W	207_L	2.278	0.56
114_S	117_P	2.209	0.54
217_L	253_I	2.180	0.53
13_I	20_S	2.120	0.51
58_G	68_L	2.017	0.47
164_I	219_D	1.996	0.46
169_V	173_L	1.976	0.46
232_Y	257_V	1.965	0.45
232_Y	239_V	1.955	0.45
202_R	232_Y	1.955	0.45
169_V	182_N	1.930	0.44
202_R	255_Y	1.919	0.44
129_V	218_A	1.891	0.43
101_N	236_K	1.813	0.40
224_T	237_K	1.809	0.40
47_I	59_A	1.808	0.40
242_G	255_Y	1.807	0.40
35_A	232_Y	1.805	0.40
206_V	234_R	1.778	0.39
161_G	169_V	1.737	0.37
182_N	219_D	1.729	0.37
61_Y	110_I	1.666	0.35
109_S	237_K	1.656	0.35
83_A	237_K	1.652	0.35
203_D	234_R	1.639	0.34
55_K	228_K	1.599	0.33
86_P	111_N	1.507	0.30
246_E	255_Y	1.496	0.30
209_A	237_K	1.493	0.30
134_V	229_S	1.483	0.29
152_N	210_I	1.447	0.28
177_L	181_G	1.440	0.28
105_P	111_N	1.432	0.28
158_M	181_G	1.425	0.28
59_A	62_N	1.383	0.26
60_K	70_L	1.377	0.26
90_I	202_R	1.372	0.26
117_P	202_R	1.372	0.26
237_K	243_Y	1.368	0.26
141_Y	229_S	1.357	0.26
107_N	196_P	1.335	0.25
35_A	54_L	1.334	0.25
102_I	245_E	1.326	0.25
40_N	44_F	1.323	0.25
108_S	245_E	1.323	0.25
94_E	246_E	1.317	0.25
66_N	79_I	1.316	0.25
160_I	174_I	1.310	0.24
232_Y	248_R	1.307	0.24
77_V	159_I	1.304	0.24
68_L	148_T	1.289	0.24
98_A	169_V	1.286	0.24
117_P	233_R	1.284	0.24
180_R	244_I	1.282	0.24
15_V	20_S	1.275	0.24
164_I	168_A	1.273	0.24
86_P	221_V	1.270	0.23
66_N	74_N	1.254	0.23
191_S	194_F	1.247	0.23
156_I	170_L	1.241	0.23
231_A	235_V	1.241	0.23
164_I	191_S	1.240	0.23
168_A	178_L	1.240	0.23
166_S	174_I	1.226	0.22
239_V	246_E	1.214	0.22
172_S	180_R	1.206	0.22
13_I	102_I	1.195	0.22
14_T	19_I	1.187	0.21
148_T	191_S	1.183	0.21
83_A	86_P	1.177	0.21
32_T	131_F	1.174	0.21
131_F	220_I	1.169	0.21
14_T	17_V	1.164	0.21
239_V	253_I	1.161	0.21
47_I	62_N	1.157	0.21
217_L	234_R	1.155	0.21
86_P	120_F	1.146	0.20
202_R	221_V	1.145	0.20
99_T	219_D	1.144	0.20
90_I	216_T	1.143	0.20
228_K	231_A	1.141	0.20
200_D	224_T	1.129	0.20
70_L	237_K	1.123	0.20
213_G	227_P	1.121	0.20
157_P	160_I	1.115	0.20
152_N	165_S	1.115	0.20
50_N	231_A	1.113	0.20
202_R	239_V	1.112	0.20
237_K	253_I	1.111	0.20
154_L	160_I	1.101	0.19
48_G	60_K	1.097	0.19
7_L	146_H	1.096	0.19
221_V	237_K	1.083	0.19
149_T	170_L	1.077	0.19
12_L	16_P	1.073	0.19
79_I	106_L	1.072	0.19
84_I	111_N	1.062	0.19
221_V	232_Y	1.061	0.19
162_G	165_S	1.059	0.18
102_I	129_V	1.039	0.18
160_I	166_S	1.039	0.18
31_G	230_T	1.039	0.18
239_V	255_Y	1.037	0.18
65_G	68_L	1.033	0.18
80_Y	102_I	1.026	0.18
57_I	79_I	1.025	0.18
28_Y	231_A	1.013	0.17
148_T	258_R	1.006	0.17
156_I	165_S	1.003	0.17
190_E	193_D	0.999	0.17
203_D	252_K	0.998	0.17
66_N	226_L	0.998	0.17
105_P	141_Y	0.993	0.17
217_L	248_R	0.986	0.17
210_I	255_Y	0.984	0.17
234_R	252_K	0.981	0.17
221_V	239_V	0.980	0.17
113_I	217_L	0.977	0.17
155_E	184_R	0.976	0.17
13_I	18_I	0.973	0.17
154_L	165_S	0.970	0.17
31_G	46_L	0.954	0.16
84_I	217_L	0.951	0.16
234_R	237_K	0.951	0.16
229_S	243_Y	0.946	0.16
203_D	206_V	0.943	0.16
164_I	181_G	0.939	0.16
152_N	172_S	0.939	0.16
27_I	139_W	0.937	0.16
213_G	233_R	0.937	0.16
32_T	120_F	0.936	0.16
160_I	164_I	0.936	0.16
63_L	173_L	0.936	0.16
34_E	68_L	0.935	0.16
167_D	177_L	0.929	0.16
239_V	248_R	0.925	0.16
170_L	176_F	0.924	0.16
71_T	132_A	0.923	0.16
63_L	206_V	0.920	0.16
133_N	174_I	0.916	0.16
221_V	228_K	0.915	0.16
221_V	231_A	0.913	0.16
244_I	255_Y	0.910	0.15
61_Y	117_P	0.907	0.15
30_N	52_T	0.903	0.15
59_A	117_P	0.902	0.15
174_I	178_L	0.892	0.15
108_S	117_P	0.891	0.15
12_L	22_S	0.888	0.15
206_V	218_A	0.885	0.15
170_L	182_N	0.874	0.15
173_L	180_R	0.869	0.15
115_P	234_R	0.867	0.15
151_Q	161_G	0.865	0.15
47_I	70_L	0.863	0.15
86_P	132_A	0.862	0.15
7_L	12_L	0.853	0.14
131_F	233_R	0.851	0.14
7_L	160_I	0.849	0.14
61_Y	236_K	0.848	0.14
29_Y	35_A	0.839	0.14
214_T	251_G	0.838	0.14
13_I	19_I	0.836	0.14
118_Y	176_F	0.835	0.14
28_Y	190_E	0.830	0.14
151_Q	169_V	0.827	0.14
110_I	203_D	0.827	0.14
151_Q	181_G	0.827	0.14
80_Y	212_M	0.826	0.14
9_L	258_R	0.821	0.14
166_S	198_V	0.820	0.14
131_F	203_D	0.819	0.14
44_F	79_I	0.812	0.14
206_V	251_G	0.812	0.14
44_F	97_N	0.803	0.14
247_I	250_E	0.803	0.14
121_N	173_L	0.802	0.14
54_L	111_N	0.802	0.14
110_I	117_P	0.801	0.14
113_I	232_Y	0.800	0.14
104_L	222_R	0.796	0.13
50_N	74_N	0.792	0.13
209_A	224_T	0.792	0.13
232_Y	237_K	0.791	0.13
223_Q	226_L	0.788	0.13
151_Q	154_L	0.785	0.13
63_L	77_V	0.785	0.13
111_N	254_R	0.780	0.13
76_T	143_L	0.779	0.13
79_I	176_F	0.777	0.13
220_I	244_I	0.774	0.13
213_G	238_L	0.773	0.13
35_A	257_V	0.771	0.13
81_Y	213_G	0.770	0.13
31_G	227_P	0.769	0.13
166_S	201_E	0.768	0.13
108_S	171_V	0.767	0.13
98_A	176_F	0.764	0.13
215_N	229_S	0.755	0.13
80_Y	228_K	0.752	0.13
234_R	253_I	0.750	0.13
156_I	182_N	0.749	0.13
134_V	141_Y	0.748	0.13
104_L	108_S	0.747	0.13
198_V	248_R	0.742	0.13
35_A	84_I	0.741	0.13
148_T	168_A	0.738	0.13
10_L	98_A	0.737	0.13
105_P	110_I	0.734	0.12
68_L	194_F	0.733	0.12
158_M	162_G	0.732	0.12
54_L	108_S	0.727	0.12
94_E	239_V	0.726	0.12
229_S	248_R	0.725	0.12
59_A	134_V	0.725	0.12
111_N	117_P	0.724	0.12
24_I	201_E	0.723	0.12
223_Q	256_V	0.721	0.12
158_M	172_S	0.720	0.12
41_V	110_I	0.720	0.12
196_P	219_D	0.715	0.12
9_L	15_V	0.711	0.12
142_T	212_M	0.710	0.12
81_Y	238_L	0.709	0.12
9_L	179_R	0.705	0.12
52_T	94_E	0.703	0.12
215_N	228_K	0.702	0.12
59_A	222_R	0.700	0.12
85_L	97_N	0.700	0.12
105_P	108_S	0.699	0.12
201_E	204_T	0.695	0.12
203_D	208_E	0.692	0.12
102_I	131_F	0.691	0.12
53_N	66_N	0.690	0.12
23_S	192_V	0.683	0.12
210_I	245_E	0.680	0.12
37_L	251_G	0.680	0.12
155_E	179_R	0.680	0.12
66_N	183_V	0.679	0.12
110_I	121_N	0.678	0.12
234_R	255_Y	0.677	0.12
81_Y	141_Y	0.675	0.12
40_N	131_F	0.673	0.12
104_L	131_F	0.670	0.11
92_I	245_E	0.664	0.11
32_T	220_I	0.659	0.11
102_I	137_V	0.658	0.11
11_P	18_I	0.653	0.11
206_V	228_K	0.650	0.11
14_T	27_I	0.650	0.11
224_T	246_E	0.650	0.11
163_L	174_I	0.649	0.11
84_I	139_W	0.649	0.11
162_G	176_F	0.647	0.11
190_E	194_F	0.647	0.11
70_L	152_N	0.644	0.11
86_P	110_I	0.643	0.11
27_I	116_Q	0.642	0.11
79_I	215_N	0.635	0.11
203_D	243_Y	0.633	0.11
35_A	229_S	0.631	0.11
175_I	201_E	0.631	0.11
9_L	69_Y	0.630	0.11
82_N	232_Y	0.629	0.11
26_N	63_L	0.626	0.11
228_K	234_R	0.626	0.11
136_S	247_I	0.622	0.11
215_N	239_V	0.620	0.11
147_V	219_D	0.618	0.11
93_N	206_V	0.616	0.11
217_L	235_V	0.610	0.11
216_T	248_R	0.610	0.11
139_W	175_I	0.610	0.11
147_V	250_E	0.610	0.11
56_I	137_V	0.608	0.11
149_T	173_L	0.606	0.11
149_T	157_P	0.605	0.11
203_D	224_T	0.605	0.11
84_I	245_E	0.605	0.11
220_I	257_V	0.601	0.11
54_L	169_V	0.601	0.11
48_G	225_G	0.600	0.11
219_D	240_K	0.597	0.10
198_V	249_E	0.596	0.10
118_Y	183_V	0.595	0.10
234_R	254_R	0.594	0.10
230_T	248_R	0.593	0.10
200_D	209_A	0.593	0.10
109_S	212_M	0.589	0.10
104_L	113_I	0.588	0.10
203_D	238_L	0.587	0.10
44_F	70_L	0.585	0.10
183_V	219_D	0.585	0.10
238_L	242_G	0.585	0.10
224_T	240_K	0.582	0.10
59_A	97_N	0.581	0.10
35_A	83_A	0.581	0.10
92_I	100_I	0.580	0.10
16_P	19_I	0.579	0.10
95_P	136_S	0.578	0.10
151_Q	165_S	0.578	0.10
111_N	223_Q	0.576	0.10
84_I	120_F	0.573	0.10
199_L	238_L	0.572	0.10
205_I	222_R	0.566	0.10
94_E	223_Q	0.566	0.10
157_P	174_I	0.557	0.10
227_P	233_R	0.557	0.10
238_L	248_R	0.557	0.10
162_G	183_V	0.557	0.10
88_G	242_G	0.555	0.10
9_L	212_M	0.550	0.10
51_I	251_G	0.550	0.10
72_P	90_I	0.547	0.10
217_L	224_T	0.547	0.10
139_W	200_D	0.543	0.10
27_I	122_V	0.542	0.10
209_A	217_L	0.541	0.10
67_T	255_Y	0.541	0.10
85_L	111_N	0.536	0.10
68_L	173_L	0.535	0.10
56_I	219_D	0.533	0.10
180_R	183_V	0.532	0.10
209_A	236_K	0.529	0.10
141_Y	228_K	0.527	0.10
31_G	248_R	0.525	0.10
224_T	243_Y	0.524	0.10
44_F	201_E	0.524	0.10
30_N	132_A	0.522	0.10
114_S	132_A	0.520	0.09
213_G	242_G	0.519	0.09
84_I	132_A	0.519	0.09
234_R	251_G	0.516	0.09
206_V	231_A	0.516	0.09
231_A	234_R	0.510	0.09
112_Y	232_Y	0.509	0.09
129_V	206_V	0.507	0.09
68_L	193_D	0.507	0.09
131_F	140_L	0.507	0.09
56_I	207_L	0.504	0.09
12_L	15_V	0.504	0.09
169_V	176_F	0.503	0.09
35_A	42_N	0.503	0.09
19_I	184_R	0.500	0.09
68_L	107_N	0.500	0.09
54_L	240_K	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2vxzA	1	0.2595	98.8	0.856	Contact Map
1i1gA	5	0.2443	98.6	0.867	Contact Map
2pn6A	5	0.2443	98.5	0.869	Contact Map
1p6rA	1	0.2672	98.5	0.87	Contact Map
1biaA	1	0.2443	98.5	0.872	Contact Map
1tbxA	3	0.2595	98.5	0.872	Contact Map
2kkoA	2	0.3206	98.5	0.873	Contact Map
3pqkA	2	0.3168	98.4	0.874	Contact Map
2cyyA	2	0.2595	98.4	0.874	Contact Map
3f6oA	2	0.3015	98.4	0.874	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0087 seconds.