GUAAB - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

GUAAB - GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit B

UniProt:	Q97TZ8	Sequences: MFDPASFVEEIGPQLRQKLGNEKVLAAVSGGVDSTTAAVLAYNLLGDKVIPVLVDTGFLRKNEAEKIKDYLSNILPNLIIVDKKETFISEIEGIDDAEMKRKRFRELFYSTISSLMKKFNARYLMQGTIAADWVETQGGIKTQHNVLVQIGIDTEKEWGFTLIEPLADLYKNEVRELARYLKLPKEISERQPFPGPGLLVRAVGKLTREKLEVVREANDIVEKYLDPFNYSQYFAVSFESYGNLVNLDGIDAFLYKARATGVKGDVRAYGNIAKIECSNINNVKNIIDTLVKYDITHVLCTLDERNSGKYSVAIRAVTTEDFMTADYVRIPKEILSKISSEILQKIPNVKEVLYDVTSKPPATIEFE	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	367 (358)
Sequences:	131 (109)
Seq/√Len:	5.7

ECOLI - GUAA
BACSU - GUAA
HALSA - GUAAB
SULSO - GUAAB

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
294_D	301_T	3.877	0.92
16_R	111_T	3.825	0.91
28_V	78_L	3.718	0.90
327_Y	358_S	3.617	0.88
294_D	297_H	3.490	0.86
297_H	301_T	3.441	0.85
283_V	290_L	3.193	0.81
294_D	299_L	3.149	0.80
296_T	301_T	2.760	0.70
91_I	103_R	2.760	0.70
39_V	183_L	2.745	0.69
110_S	150_I	2.664	0.67
151_G	156_K	2.567	0.64
146_V	156_K	2.508	0.62
131_A	134_V	2.508	0.62
208_R	217_A	2.505	0.62
296_T	299_L	2.479	0.61
104_F	199_L	2.460	0.60
11_I	169_L	2.434	0.59
146_V	151_G	2.420	0.59
315_R	324_T	2.361	0.57
317_V	364_I	2.349	0.56
317_V	325_A	2.346	0.56
294_D	304_E	2.314	0.55
53_L	64_A	2.255	0.53
262_V	265_D	2.249	0.53
61_K	183_L	2.249	0.53
168_D	177_L	2.116	0.48
115_L	118_K	2.027	0.45
201_R	365_E	1.995	0.44
16_R	84_K	1.991	0.44
109_Y	150_I	1.948	0.43
315_R	323_M	1.912	0.41
325_A	364_I	1.909	0.41
283_V	289_T	1.871	0.40
92_E	221_V	1.849	0.39
16_R	177_L	1.831	0.39
28_V	163_I	1.822	0.38
154_T	157_E	1.751	0.36
130_A	133_W	1.744	0.36
52_V	138_G	1.728	0.35
283_V	293_Y	1.728	0.35
61_K	216_E	1.714	0.35
214_V	217_A	1.713	0.35
299_L	302_L	1.701	0.34
46_G	96_D	1.694	0.34
191_Q	313_A	1.692	0.34
118_K	220_I	1.671	0.34
9_E	16_R	1.667	0.33
327_Y	332_K	1.655	0.33
315_R	321_D	1.650	0.33
322_F	365_E	1.633	0.32
355_D	361_P	1.631	0.32
355_D	360_P	1.631	0.32
355_D	363_T	1.631	0.32
359_K	363_T	1.631	0.32
360_P	363_T	1.631	0.32
355_D	359_K	1.631	0.32
301_T	304_E	1.621	0.32
97_A	105_R	1.615	0.32
319_T	322_F	1.602	0.31
42_Y	72_S	1.599	0.31
59_L	64_A	1.598	0.31
15_L	40_L	1.582	0.31
221_V	273_A	1.581	0.31
297_H	302_L	1.565	0.30
68_K	78_L	1.551	0.30
255_Y	263_K	1.544	0.30
322_F	325_A	1.544	0.30
299_L	304_E	1.516	0.29
284_K	291_V	1.484	0.28
98_E	201_R	1.466	0.28
2_F	259_A	1.466	0.28
296_T	304_E	1.462	0.27
125_M	200_V	1.452	0.27
106_E	138_G	1.446	0.27
26_A	125_M	1.440	0.27
322_F	364_I	1.440	0.27
18_K	163_I	1.439	0.27
235_A	238_F	1.423	0.26
255_Y	261_G	1.421	0.26
25_L	129_I	1.399	0.26
121_A	161_T	1.396	0.26
133_W	170_Y	1.396	0.26
14_Q	26_A	1.393	0.26
363_T	367_E	1.390	0.25
355_D	367_E	1.390	0.25
360_P	367_E	1.390	0.25
361_P	367_E	1.390	0.25
359_K	367_E	1.390	0.25
261_G	265_D	1.387	0.25
17_Q	84_K	1.387	0.25
71_L	201_R	1.386	0.25
105_R	136_T	1.371	0.25
169_L	191_Q	1.368	0.25
111_T	188_S	1.366	0.25
297_H	303_D	1.356	0.25
32_V	40_L	1.354	0.25
125_M	177_L	1.354	0.25
157_E	345_K	1.343	0.24
22_E	167_A	1.329	0.24
130_A	170_Y	1.320	0.24
310_Y	322_F	1.316	0.24
298_V	339_S	1.313	0.23
27_A	187_I	1.311	0.23
136_T	143_Q	1.298	0.23
68_K	80_I	1.284	0.23
311_S	315_R	1.282	0.23
2_F	123_Y	1.276	0.23
130_A	146_V	1.275	0.23
332_K	336_S	1.271	0.22
52_V	115_L	1.268	0.22
114_S	163_I	1.265	0.22
133_W	364_I	1.264	0.22
28_V	177_L	1.264	0.22
202_A	353_L	1.254	0.22
261_G	264_G	1.251	0.22
59_L	200_V	1.251	0.22
129_I	133_W	1.233	0.22
294_D	300_C	1.227	0.21
25_L	200_V	1.219	0.21
143_Q	155_E	1.216	0.21
2_F	319_T	1.210	0.21
296_T	365_E	1.194	0.21
213_V	216_E	1.185	0.20
296_T	322_F	1.182	0.20
315_R	360_P	1.176	0.20
315_R	359_K	1.176	0.20
315_R	361_P	1.176	0.20
315_R	363_T	1.176	0.20
315_R	355_D	1.176	0.20
313_A	316_A	1.173	0.20
16_R	247_L	1.173	0.20
81_V	109_Y	1.169	0.20
297_H	304_E	1.162	0.20
252_A	258_R	1.158	0.20
97_A	136_T	1.156	0.20
136_T	260_T	1.154	0.20
357_T	361_P	1.148	0.20
357_T	363_T	1.148	0.20
357_T	360_P	1.148	0.20
261_G	269_Y	1.141	0.19
257_A	272_I	1.133	0.19
105_R	260_T	1.128	0.19
301_T	306_N	1.127	0.19
294_D	302_L	1.126	0.19
283_V	291_V	1.126	0.19
52_V	186_E	1.124	0.19
357_T	365_E	1.119	0.19
52_V	65_E	1.119	0.19
334_I	356_V	1.117	0.19
321_D	324_T	1.112	0.19
2_F	161_T	1.110	0.19
67_I	80_I	1.102	0.19
17_Q	47_D	1.099	0.19
5_A	168_D	1.092	0.18
179_R	189_E	1.082	0.18
17_Q	22_E	1.081	0.18
356_V	362_A	1.077	0.18
161_T	225_L	1.072	0.18
179_R	186_E	1.070	0.18
105_R	143_Q	1.066	0.18
102_K	183_L	1.063	0.18
303_D	353_L	1.062	0.18
278_S	330_I	1.061	0.18
312_V	321_D	1.056	0.18
261_G	267_R	1.055	0.18
212_E	226_D	1.054	0.18
72_S	258_R	1.046	0.17
216_E	235_A	1.043	0.17
230_Y	258_R	1.038	0.17
7_F	325_A	1.037	0.17
2_F	189_E	1.035	0.17
94_I	103_R	1.033	0.17
154_T	158_W	1.029	0.17
283_V	287_I	1.027	0.17
24_V	347_P	1.022	0.17
23_K	59_L	1.020	0.17
260_T	263_K	1.015	0.17
133_W	146_V	1.009	0.17
141_K	144_H	1.008	0.17
140_I	144_H	1.008	0.17
74_I	162_L	1.005	0.17
314_I	323_M	1.001	0.17
82_D	312_V	0.997	0.17
289_T	293_Y	0.994	0.16
133_W	322_F	0.993	0.16
323_M	359_K	0.992	0.16
323_M	363_T	0.992	0.16
323_M	361_P	0.992	0.16
323_M	360_P	0.992	0.16
323_M	355_D	0.992	0.16
123_Y	313_A	0.988	0.16
12_G	15_L	0.986	0.16
71_L	87_F	0.984	0.16
341_E	345_K	0.983	0.16
56_T	88_I	0.981	0.16
255_Y	260_T	0.976	0.16
212_E	216_E	0.975	0.16
92_E	285_N	0.969	0.16
65_E	243_N	0.969	0.16
299_L	303_D	0.968	0.16
322_F	357_T	0.965	0.16
97_A	104_F	0.963	0.16
361_P	365_E	0.961	0.16
355_D	365_E	0.961	0.16
359_K	365_E	0.961	0.16
360_P	365_E	0.961	0.16
35_T	122_R	0.954	0.16
63_E	87_F	0.952	0.16
98_E	365_E	0.945	0.16
148_V	177_L	0.944	0.16
48_K	216_E	0.943	0.16
294_D	306_N	0.937	0.15
27_A	201_R	0.937	0.15
317_V	362_A	0.935	0.15
167_A	330_I	0.933	0.15
176_E	216_E	0.933	0.15
113_S	282_N	0.931	0.15
28_V	200_V	0.929	0.15
13_P	148_V	0.927	0.15
16_R	282_N	0.923	0.15
79_I	275_I	0.921	0.15
71_L	365_E	0.919	0.15
65_E	268_A	0.919	0.15
315_R	322_F	0.917	0.15
296_T	302_L	0.916	0.15
321_D	328_V	0.912	0.15
169_L	302_L	0.912	0.15
173_E	183_L	0.911	0.15
242_G	248_D	0.911	0.15
158_W	284_K	0.910	0.15
69_D	139_G	0.909	0.15
315_R	367_E	0.907	0.15
18_K	275_I	0.905	0.15
240_S	243_N	0.903	0.15
170_Y	325_A	0.903	0.15
97_A	260_T	0.902	0.15
3_D	151_G	0.902	0.15
11_I	191_Q	0.898	0.15
5_A	189_E	0.896	0.15
357_T	367_E	0.895	0.15
154_T	252_A	0.893	0.15
4_P	150_I	0.891	0.15
140_I	145_N	0.890	0.15
141_K	145_N	0.890	0.15
114_S	250_I	0.887	0.15
84_K	88_I	0.887	0.15
96_D	109_Y	0.886	0.14
324_T	361_P	0.870	0.14
324_T	360_P	0.870	0.14
324_T	363_T	0.870	0.14
324_T	355_D	0.870	0.14
324_T	359_K	0.870	0.14
7_F	170_Y	0.869	0.14
282_N	354_Y	0.868	0.14
207_T	235_A	0.862	0.14
303_D	321_D	0.856	0.14
200_V	281_N	0.852	0.14
146_V	364_I	0.851	0.14
143_Q	260_T	0.851	0.14
256_K	260_T	0.848	0.14
297_H	349_V	0.846	0.14
264_G	267_R	0.845	0.14
20_G	102_K	0.845	0.14
49_V	54_V	0.841	0.14
97_A	143_Q	0.839	0.14
89_S	316_A	0.836	0.14
104_F	136_T	0.833	0.14
109_Y	147_L	0.830	0.14
331_P	334_I	0.824	0.13
314_I	324_T	0.822	0.13
19_L	28_V	0.821	0.13
98_E	364_I	0.820	0.13
91_I	98_E	0.819	0.13
134_V	172_N	0.819	0.13
129_I	364_I	0.819	0.13
95_D	242_G	0.815	0.13
147_L	151_G	0.806	0.13
16_R	120_N	0.806	0.13
203_V	215_R	0.804	0.13
42_Y	163_I	0.804	0.13
310_Y	314_I	0.803	0.13
62_N	224_Y	0.802	0.13
208_R	214_V	0.799	0.13
146_V	362_A	0.798	0.13
300_C	306_N	0.797	0.13
121_A	259_A	0.797	0.13
140_I	143_Q	0.796	0.13
62_N	251_D	0.795	0.13
43_N	73_N	0.794	0.13
123_Y	342_I	0.792	0.13
226_D	242_G	0.792	0.13
42_Y	47_D	0.790	0.13
312_V	336_S	0.789	0.13
296_T	300_C	0.789	0.13
303_D	351_E	0.789	0.13
130_A	147_L	0.785	0.13
232_Q	258_R	0.784	0.13
350_K	353_L	0.783	0.13
239_E	306_N	0.780	0.13
61_K	235_A	0.776	0.13
114_S	216_E	0.768	0.13
245_V	285_N	0.767	0.13
93_G	169_L	0.765	0.13
264_G	269_Y	0.764	0.13
16_R	122_R	0.764	0.13
43_N	309_K	0.763	0.13
296_T	314_I	0.762	0.12
203_V	254_L	0.761	0.12
30_G	33_D	0.758	0.12
31_G	34_S	0.758	0.12
29_S	33_D	0.758	0.12
30_G	34_S	0.758	0.12
29_S	34_S	0.758	0.12
75_L	268_A	0.750	0.12
97_A	256_K	0.749	0.12
219_D	273_A	0.748	0.12
39_V	51_P	0.748	0.12
82_D	186_E	0.746	0.12
10_E	274_K	0.746	0.12
256_K	262_V	0.742	0.12
17_Q	330_I	0.742	0.12
37_A	170_Y	0.741	0.12
147_L	316_A	0.740	0.12
2_F	130_A	0.738	0.12
47_D	228_F	0.736	0.12
58_F	63_E	0.736	0.12
203_V	228_F	0.734	0.12
16_R	35_T	0.730	0.12
256_K	263_K	0.729	0.12
21_N	273_A	0.729	0.12
50_I	254_L	0.723	0.12
45_L	113_S	0.720	0.12
250_I	277_C	0.720	0.12
90_E	245_V	0.720	0.12
43_N	273_A	0.720	0.12
42_Y	79_I	0.719	0.12
131_A	172_N	0.719	0.12
114_S	235_A	0.719	0.12
304_E	307_S	0.718	0.12
9_E	89_S	0.717	0.12
314_I	322_F	0.707	0.12
72_S	89_S	0.707	0.12
332_K	339_S	0.706	0.12
163_I	224_Y	0.706	0.12
235_A	241_Y	0.706	0.12
147_L	156_K	0.700	0.12
323_M	367_E	0.697	0.12
65_E	239_E	0.696	0.12
73_N	79_I	0.694	0.11
136_T	178_A	0.694	0.11
43_N	50_I	0.693	0.11
314_I	318_T	0.693	0.11
362_A	365_E	0.691	0.11
252_A	288_D	0.691	0.11
39_V	52_V	0.690	0.11
265_D	269_Y	0.689	0.11
303_D	348_N	0.689	0.11
90_E	259_A	0.687	0.11
9_E	22_E	0.685	0.11
240_S	244_L	0.682	0.11
62_N	226_D	0.681	0.11
2_F	6_S	0.681	0.11
143_Q	316_A	0.680	0.11
77_N	118_K	0.680	0.11
3_D	8_V	0.679	0.11
18_K	28_V	0.677	0.11
124_L	183_L	0.676	0.11
151_G	155_E	0.675	0.11
10_E	120_N	0.674	0.11
115_L	200_V	0.671	0.11
79_I	106_E	0.670	0.11
177_L	268_A	0.669	0.11
115_L	353_L	0.667	0.11
83_K	99_M	0.666	0.11
105_R	178_A	0.665	0.11
66_K	358_S	0.661	0.11
297_H	314_I	0.661	0.11
315_R	325_A	0.659	0.11
169_L	301_T	0.657	0.11
7_F	130_A	0.655	0.11
69_D	117_K	0.654	0.11
241_Y	313_A	0.653	0.11
316_A	366_F	0.652	0.11
59_L	65_E	0.650	0.11
50_I	122_R	0.650	0.11
169_L	294_D	0.648	0.11
80_I	122_R	0.646	0.11
48_K	61_K	0.643	0.11
72_S	229_N	0.642	0.11
68_K	74_I	0.640	0.11
49_V	244_L	0.638	0.11
292_K	358_S	0.633	0.11
242_G	246_N	0.630	0.11
53_L	56_T	0.629	0.11
150_I	155_E	0.629	0.11
178_A	188_S	0.628	0.11
215_R	227_P	0.628	0.11
222_E	231_S	0.626	0.11
315_R	357_T	0.625	0.11
129_I	322_F	0.625	0.11
38_A	98_E	0.623	0.11
96_D	106_E	0.621	0.11
262_V	269_Y	0.620	0.10
118_K	352_V	0.620	0.10
22_E	46_G	0.620	0.10
290_L	293_Y	0.618	0.10
179_R	185_K	0.617	0.10
226_D	252_A	0.615	0.10
163_I	211_L	0.615	0.10
82_D	189_E	0.612	0.10
28_V	47_D	0.612	0.10
49_V	258_R	0.610	0.10
21_N	95_D	0.609	0.10
157_E	259_A	0.608	0.10
200_V	205_K	0.606	0.10
121_A	155_E	0.605	0.10
254_L	347_P	0.604	0.10
200_V	259_A	0.600	0.10
129_I	170_Y	0.597	0.10
47_D	278_S	0.596	0.10
162_L	188_S	0.596	0.10
294_D	303_D	0.595	0.10
213_V	217_A	0.594	0.10
52_V	96_D	0.594	0.10
113_S	138_G	0.591	0.10
26_A	88_I	0.590	0.10
324_T	367_E	0.590	0.10
21_N	239_E	0.590	0.10
306_N	349_V	0.589	0.10
5_A	16_R	0.589	0.10
65_E	279_N	0.589	0.10
59_L	63_E	0.588	0.10
146_V	170_Y	0.588	0.10
128_T	196_P	0.587	0.10
128_T	197_G	0.587	0.10
25_L	56_T	0.587	0.10
239_E	258_R	0.583	0.10
322_F	351_E	0.582	0.10
73_N	77_N	0.581	0.10
139_G	154_T	0.580	0.10
46_G	223_K	0.580	0.10
3_D	20_G	0.580	0.10
8_V	151_G	0.579	0.10
62_N	218_N	0.579	0.10
86_T	225_L	0.578	0.10
170_Y	327_Y	0.574	0.10
104_F	260_T	0.573	0.10
330_I	347_P	0.572	0.10
28_V	244_L	0.572	0.10
70_Y	253_F	0.571	0.10
212_E	279_N	0.571	0.10
107_L	258_R	0.570	0.10
330_I	339_S	0.570	0.10
26_A	107_L	0.570	0.10
180_Y	203_V	0.568	0.10
9_E	279_N	0.567	0.10
136_T	256_K	0.567	0.10
74_I	106_E	0.566	0.10
201_R	364_I	0.565	0.10
71_L	98_E	0.565	0.10
296_T	323_M	0.565	0.10
259_A	327_Y	0.564	0.10
307_S	321_D	0.562	0.10
249_G	259_A	0.562	0.10
78_L	225_L	0.562	0.10
50_I	77_N	0.562	0.10
220_I	250_I	0.562	0.10
125_M	266_V	0.561	0.10
313_A	366_F	0.561	0.10
167_A	191_Q	0.561	0.10
110_S	157_E	0.561	0.10
204_G	263_K	0.561	0.10
317_V	322_F	0.558	0.10
91_I	201_R	0.558	0.10
259_A	319_T	0.557	0.10
301_T	335_L	0.555	0.10
200_V	291_V	0.552	0.10
212_E	223_K	0.549	0.10
297_H	323_M	0.549	0.10
259_A	272_I	0.548	0.10
216_E	223_K	0.547	0.10
130_A	151_G	0.547	0.10
7_F	25_L	0.546	0.10
27_A	365_E	0.545	0.10
99_M	117_K	0.544	0.10
82_D	302_L	0.544	0.10
348_N	353_L	0.542	0.10
163_I	243_N	0.541	0.10
112_I	162_L	0.540	0.09
162_L	271_N	0.540	0.09
11_I	56_T	0.539	0.09
297_H	300_C	0.539	0.09
56_T	263_K	0.538	0.09
14_Q	221_V	0.538	0.09
301_T	307_S	0.537	0.09
104_F	151_G	0.536	0.09
329_R	341_E	0.534	0.09
105_R	256_K	0.534	0.09
84_K	290_L	0.530	0.09
74_I	279_N	0.530	0.09
125_M	163_I	0.529	0.09
356_V	366_F	0.528	0.09
46_G	250_I	0.528	0.09
48_K	114_S	0.527	0.09
311_S	321_D	0.527	0.09
241_Y	245_V	0.525	0.09
25_L	125_M	0.525	0.09
17_Q	43_N	0.524	0.09
52_V	78_L	0.523	0.09
296_T	303_D	0.523	0.09
61_K	266_V	0.522	0.09
7_F	133_W	0.522	0.09
227_P	233_Y	0.520	0.09
74_I	233_Y	0.519	0.09
47_D	72_S	0.518	0.09
72_S	275_I	0.518	0.09
150_I	158_W	0.518	0.09
52_V	69_D	0.517	0.09
98_E	108_F	0.515	0.09
163_I	186_E	0.515	0.09
130_A	319_T	0.514	0.09
169_L	325_A	0.514	0.09
109_Y	316_A	0.514	0.09
75_L	80_I	0.508	0.09
245_V	253_F	0.507	0.09
7_F	37_A	0.507	0.09
227_P	235_A	0.507	0.09
35_T	121_A	0.505	0.09
303_D	307_S	0.505	0.09
321_D	355_D	0.501	0.09
321_D	359_K	0.501	0.09
321_D	361_P	0.501	0.09
321_D	363_T	0.501	0.09
321_D	360_P	0.501	0.09
221_V	282_N	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2vxoA	2	0.9891	100	0.431	Contact Map
3uowA	2	0.7793	100	0.506	Contact Map
1gpmA	3	0.8038	100	0.512	Contact Map
3tqiA	3	0.7493	100	0.519	Contact Map
2ywbA	4	0.782	100	0.521	Contact Map
2dplA	2	0.7793	100	0.54	Contact Map
1xngA	2	0.6594	99.9	0.847	Contact Map
3sdbA	6	0.7357	99.9	0.851	Contact Map
4f4hA	2	0.6621	99.9	0.851	Contact Map
3n05A	2	0.6403	99.9	0.855	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0114 seconds.