Q97TV3 - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q97TV3 - Transposase ISC1225

UniProt:	Q97TV3	Sequences: MTRTQLIEERFKVRKPVLSRGEDKVITPGLPHQNNLQQVGYKLLSMLSFKGRKAEEVSRVLVSACLWNDSVESKSKGYNVSPQTVRNYVEEQGTEVIEKLLESMRRISMEILKGVKEVDISIDWTTKTWYGKPVEGLGSSAKGNSWNYATATTKYQNMVLLLAFVPQVNGMSKDEIVKLLMEQIVGMGFKVGLVTLDAGFYTVEVLKFISQFKFVIGVPVGDVKIYEEFDGEYTTNSKRHKKEEQVKFRLLVYGKEIVKKRKKTVVYFARATNLDLPKREVLKLYNKVRSPIETSYRNIKAFLPFTSSTKFIFRELIFVLAMIFYSLYTVFKNVMTREEFRLLLILCFLDDLSDLKDFIFNLEETLINTIDLFLWR	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	376 (321)
Sequences:	188 (120)
Seq/√Len:	6.7

HALSA - O51989 O51959 Q9HHP9
SULSO - Q97TV3 Q97YD0 Q97Y40 Q97Y64 Q97XT0 Q97UW1 Q97WW6 Q97XW2 Q97YS0 Q7LXX4 Q97UV3

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
150_T	296_Y	6.319	1.00
122_I	177_V	4.613	0.98
196_L	295_S	4.219	0.97
191_V	215_V	3.720	0.93
348_F	352_L	3.551	0.91
86_R	313_F	3.355	0.89
125_T	300_K	3.191	0.86
272_T	308_S	3.128	0.85
139_S	145_S	3.042	0.83
198_A	217_G	2.902	0.80
197_D	289_R	2.823	0.78
272_T	290_S	2.712	0.75
161_L	296_Y	2.700	0.74
184_I	194_V	2.675	0.74
191_V	296_Y	2.548	0.70
316_L	320_L	2.540	0.69
39_V	215_V	2.527	0.69
272_T	325_Y	2.386	0.64
129_W	309_T	2.270	0.60
151_A	163_A	2.233	0.59
150_T	319_V	2.189	0.57
184_I	214_F	2.129	0.55
33_Q	191_V	2.009	0.51
123_D	293_E	1.983	0.50
318_F	325_Y	1.980	0.49
157_N	207_K	1.923	0.47
120_I	184_I	1.913	0.47
294_T	297_R	1.892	0.46
65_C	85_V	1.861	0.45
324_F	335_M	1.822	0.44
302_F	325_Y	1.818	0.43
122_I	273_N	1.818	0.43
146_W	296_Y	1.792	0.42
48_S	191_V	1.788	0.42
124_W	191_V	1.787	0.42
222_D	297_R	1.757	0.41
123_D	289_R	1.711	0.40
289_R	293_E	1.711	0.40
126_T	147_N	1.707	0.39
31_P	34_N	1.678	0.38
191_V	232_E	1.674	0.38
191_V	299_I	1.673	0.38
178_K	308_S	1.660	0.38
177_V	180_L	1.655	0.38
120_I	154_K	1.653	0.37
272_T	320_L	1.645	0.37
171_M	215_V	1.640	0.37
272_T	300_K	1.640	0.37
200_F	306_T	1.633	0.37
79_N	224_K	1.622	0.36
180_L	273_N	1.617	0.36
303_L	315_E	1.613	0.36
140_S	305_F	1.593	0.35
80_V	150_T	1.588	0.35
220_V	223_V	1.561	0.34
273_N	318_F	1.545	0.34
138_G	318_F	1.535	0.33
121_S	137_L	1.535	0.33
332_K	336_T	1.533	0.33
123_D	197_D	1.533	0.33
197_D	293_E	1.533	0.33
39_V	198_A	1.521	0.33
159_V	297_R	1.518	0.33
80_V	131_G	1.516	0.33
88_Y	310_K	1.506	0.32
193_L	301_A	1.493	0.32
159_V	192_G	1.480	0.32
129_W	326_S	1.469	0.31
89_V	163_A	1.464	0.31
103_S	205_V	1.458	0.31
125_T	138_G	1.451	0.31
180_L	214_F	1.449	0.31
125_T	159_V	1.445	0.31
78_Y	181_M	1.443	0.30
201_Y	218_V	1.430	0.30
61_L	201_Y	1.425	0.30
150_T	292_I	1.411	0.29
285_Y	292_I	1.399	0.29
138_G	155_Y	1.391	0.29
313_F	317_I	1.388	0.29
296_Y	306_T	1.356	0.28
300_K	325_Y	1.355	0.28
144_N	209_I	1.349	0.28
146_W	302_F	1.339	0.27
181_M	206_L	1.332	0.27
270_R	316_L	1.329	0.27
348_F	351_D	1.319	0.27
158_M	192_G	1.313	0.26
347_C	351_D	1.295	0.26
286_N	326_S	1.294	0.26
59_R	73_S	1.292	0.26
226_Y	229_F	1.292	0.26
281_V	327_L	1.289	0.26
206_L	214_F	1.279	0.25
61_L	85_V	1.276	0.25
145_S	290_S	1.265	0.25
123_D	285_Y	1.260	0.25
285_Y	293_E	1.260	0.25
343_L	347_C	1.256	0.25
272_T	302_F	1.252	0.25
87_N	310_K	1.239	0.24
151_A	181_M	1.236	0.24
105_R	302_F	1.215	0.24
36_L	157_N	1.212	0.24
167_Q	195_T	1.208	0.24
149_A	180_L	1.204	0.23
308_S	325_Y	1.204	0.23
347_C	350_D	1.203	0.23
189_F	234_T	1.198	0.23
57_V	65_C	1.189	0.23
161_L	322_M	1.188	0.23
180_L	299_I	1.174	0.23
314_R	328_Y	1.167	0.22
141_A	297_R	1.159	0.22
215_V	253_Y	1.154	0.22
85_V	201_Y	1.146	0.22
305_F	326_S	1.145	0.22
64_A	199_G	1.144	0.22
340_F	352_L	1.123	0.21
39_V	146_W	1.112	0.21
114_G	146_W	1.111	0.21
149_A	214_F	1.110	0.21
300_K	308_S	1.106	0.21
254_G	313_F	1.103	0.21
290_S	302_F	1.100	0.21
160_L	220_V	1.099	0.21
143_G	251_L	1.099	0.21
161_L	295_S	1.098	0.21
64_A	341_R	1.098	0.21
73_S	127_K	1.097	0.21
64_A	248_F	1.097	0.21
329_T	332_K	1.095	0.21
273_N	302_F	1.088	0.20
82_P	285_Y	1.084	0.20
63_S	72_E	1.076	0.20
151_A	184_I	1.075	0.20
84_T	138_G	1.075	0.20
124_W	167_Q	1.070	0.20
166_P	339_E	1.068	0.20
348_F	353_S	1.066	0.20
65_C	321_A	1.065	0.20
346_L	352_L	1.055	0.20
316_L	324_F	1.050	0.20
121_S	205_V	1.046	0.19
102_E	137_L	1.046	0.19
55_E	304_P	1.040	0.19
83_Q	253_Y	1.040	0.19
185_V	215_V	1.030	0.19
177_V	273_N	1.025	0.19
196_L	209_I	1.022	0.19
201_Y	219_P	1.021	0.19
177_V	184_I	1.019	0.19
65_C	324_F	1.019	0.19
137_L	248_F	1.019	0.19
199_G	327_L	1.017	0.19
196_L	201_Y	1.013	0.19
34_N	281_V	1.011	0.19
353_S	356_K	1.010	0.19
232_E	276_L	0.999	0.18
351_D	355_L	0.999	0.18
33_Q	133_P	0.998	0.18
150_T	318_F	0.987	0.18
308_S	318_F	0.981	0.18
95_E	167_Q	0.981	0.18
153_T	220_V	0.979	0.18
98_E	102_E	0.978	0.18
137_L	163_A	0.976	0.18
340_F	343_L	0.975	0.18
104_M	316_L	0.974	0.18
118_V	265_V	0.973	0.18
95_E	275_D	0.970	0.18
48_S	143_G	0.968	0.18
32_H	35_N	0.961	0.18
37_Q	40_G	0.957	0.17
172_S	202_T	0.953	0.17
89_V	144_N	0.951	0.17
308_S	314_R	0.950	0.17
151_A	335_M	0.942	0.17
345_I	355_L	0.941	0.17
275_D	287_K	0.940	0.17
45_S	141_A	0.938	0.17
123_D	200_F	0.931	0.17
200_F	293_E	0.931	0.17
346_L	354_D	0.930	0.17
209_I	212_F	0.927	0.17
139_S	320_L	0.927	0.17
57_V	215_V	0.926	0.17
58_S	136_G	0.922	0.17
285_Y	289_R	0.919	0.17
145_S	302_F	0.919	0.17
150_T	180_L	0.917	0.17
117_E	244_E	0.917	0.17
352_L	355_L	0.917	0.17
167_Q	244_E	0.914	0.17
175_E	198_A	0.913	0.17
64_A	206_L	0.912	0.16
83_Q	216_I	0.911	0.16
293_E	314_R	0.911	0.16
123_D	314_R	0.911	0.16
133_P	220_V	0.906	0.16
50_K	338_E	0.906	0.16
48_S	253_Y	0.904	0.16
131_G	309_T	0.902	0.16
131_G	201_Y	0.901	0.16
81_S	218_V	0.901	0.16
299_I	318_F	0.894	0.16
116_K	190_K	0.893	0.16
210_S	338_E	0.891	0.16
209_I	233_Y	0.885	0.16
60_V	89_V	0.881	0.16
343_L	349_L	0.877	0.16
201_Y	294_T	0.876	0.16
217_G	278_K	0.875	0.16
296_Y	307_S	0.873	0.16
349_L	356_K	0.873	0.16
149_A	176_I	0.872	0.16
348_F	355_L	0.872	0.16
63_S	201_Y	0.871	0.16
324_F	328_Y	0.869	0.16
65_C	72_E	0.868	0.16
137_L	308_S	0.861	0.15
205_V	260_K	0.859	0.15
341_R	346_L	0.856	0.15
244_E	313_F	0.856	0.15
196_L	271_A	0.855	0.15
352_L	356_K	0.854	0.15
300_K	318_F	0.852	0.15
216_I	227_E	0.852	0.15
71_V	181_M	0.849	0.15
97_I	131_G	0.848	0.15
31_P	185_V	0.848	0.15
106_R	187_M	0.846	0.15
273_N	308_S	0.842	0.15
290_S	325_Y	0.840	0.15
192_G	290_S	0.837	0.15
145_S	329_T	0.835	0.15
34_N	243_E	0.833	0.15
126_T	145_S	0.832	0.15
294_T	330_V	0.827	0.15
75_S	171_M	0.827	0.15
65_C	116_K	0.825	0.15
243_E	267_Y	0.824	0.15
339_E	342_L	0.818	0.15
195_T	217_G	0.817	0.15
131_G	160_L	0.816	0.15
121_S	140_S	0.816	0.15
57_V	85_V	0.811	0.14
138_G	273_N	0.808	0.14
157_N	164_F	0.806	0.14
90_E	121_S	0.801	0.14
146_W	256_E	0.800	0.14
44_L	304_P	0.799	0.14
123_D	292_I	0.798	0.14
87_N	136_G	0.798	0.14
68_N	181_M	0.798	0.14
106_R	137_L	0.794	0.14
47_L	232_E	0.792	0.14
243_E	310_K	0.792	0.14
143_G	292_I	0.792	0.14
125_T	317_I	0.791	0.14
122_I	149_A	0.791	0.14
128_T	324_F	0.783	0.14
262_K	275_D	0.781	0.14
290_S	308_S	0.781	0.14
125_T	299_I	0.780	0.14
77_G	96_V	0.779	0.14
286_N	291_P	0.779	0.14
63_S	173_K	0.778	0.14
181_M	316_L	0.777	0.14
235_T	287_K	0.770	0.14
90_E	251_L	0.769	0.14
100_L	316_L	0.763	0.14
47_L	96_V	0.763	0.14
294_T	327_L	0.759	0.14
47_L	52_R	0.758	0.14
51_G	177_V	0.758	0.14
161_L	201_Y	0.752	0.13
82_P	310_K	0.751	0.13
147_N	199_G	0.746	0.13
181_M	230_D	0.746	0.13
255_K	341_R	0.744	0.13
270_R	290_S	0.743	0.13
350_D	355_L	0.740	0.13
84_T	300_K	0.740	0.13
159_V	218_V	0.738	0.13
158_M	337_R	0.738	0.13
63_S	76_K	0.737	0.13
146_W	269_A	0.731	0.13
43_L	153_T	0.729	0.13
163_A	181_M	0.728	0.13
136_G	311_F	0.727	0.13
215_V	285_Y	0.727	0.13
205_V	296_Y	0.726	0.13
89_V	198_A	0.725	0.13
106_R	145_S	0.724	0.13
347_C	355_L	0.724	0.13
125_T	308_S	0.723	0.13
144_N	159_V	0.723	0.13
184_I	273_N	0.722	0.13
239_R	266_V	0.721	0.13
214_F	273_N	0.719	0.13
74_K	291_P	0.717	0.13
294_T	298_N	0.716	0.13
89_V	256_E	0.716	0.13
197_D	285_Y	0.713	0.13
49_F	307_S	0.711	0.13
350_D	356_K	0.710	0.13
38_Q	42_K	0.709	0.13
206_L	216_I	0.709	0.13
214_F	267_Y	0.704	0.13
290_S	300_K	0.704	0.13
339_E	352_L	0.701	0.13
165_V	232_E	0.698	0.13
148_Y	201_Y	0.691	0.12
36_L	44_L	0.690	0.12
206_L	294_T	0.689	0.12
41_Y	44_L	0.689	0.12
174_D	208_F	0.689	0.12
119_D	195_T	0.688	0.12
87_N	235_T	0.681	0.12
60_V	215_V	0.680	0.12
126_T	199_G	0.679	0.12
99_K	224_K	0.678	0.12
304_P	317_I	0.678	0.12
167_Q	177_V	0.677	0.12
147_N	299_I	0.677	0.12
101_L	301_A	0.676	0.12
113_K	276_L	0.676	0.12
107_I	313_F	0.673	0.12
200_F	285_Y	0.671	0.12
209_I	267_Y	0.671	0.12
108_S	154_K	0.668	0.12
164_F	220_V	0.664	0.12
318_F	334_V	0.662	0.12
94_T	313_F	0.661	0.12
227_E	235_T	0.660	0.12
162_L	180_L	0.660	0.12
80_V	113_K	0.660	0.12
131_G	148_Y	0.658	0.12
176_I	335_M	0.655	0.12
103_S	162_L	0.655	0.12
129_W	341_R	0.653	0.12
95_E	131_G	0.652	0.12
328_Y	345_I	0.651	0.12
184_I	334_V	0.651	0.12
45_S	129_W	0.651	0.12
159_V	290_S	0.651	0.12
138_G	300_K	0.649	0.12
155_Y	166_P	0.649	0.12
66_L	198_A	0.647	0.12
89_V	340_F	0.647	0.12
32_H	205_V	0.645	0.12
112_L	330_V	0.644	0.12
122_I	205_V	0.642	0.12
93_G	97_I	0.640	0.12
318_F	340_F	0.640	0.12
142_K	172_S	0.639	0.12
51_G	161_L	0.637	0.12
121_S	154_K	0.635	0.12
54_A	198_A	0.634	0.12
69_D	97_I	0.634	0.12
286_N	328_Y	0.633	0.11
35_N	41_Y	0.631	0.11
242_K	262_K	0.626	0.11
146_W	271_A	0.625	0.11
92_Q	316_L	0.625	0.11
86_R	254_G	0.622	0.11
84_T	304_P	0.621	0.11
345_I	352_L	0.621	0.11
309_T	316_L	0.620	0.11
163_A	196_L	0.617	0.11
33_Q	112_L	0.617	0.11
44_L	276_L	0.615	0.11
154_K	265_V	0.614	0.11
121_S	194_V	0.613	0.11
54_A	58_S	0.613	0.11
104_M	109_M	0.613	0.11
232_E	272_T	0.613	0.11
87_N	312_I	0.610	0.11
129_W	146_W	0.609	0.11
91_E	326_S	0.609	0.11
273_N	299_I	0.605	0.11
122_I	193_L	0.603	0.11
189_F	212_F	0.603	0.11
84_T	345_I	0.601	0.11
232_E	302_F	0.601	0.11
105_R	297_R	0.600	0.11
64_A	336_T	0.599	0.11
47_L	297_R	0.599	0.11
90_E	164_F	0.598	0.11
252_V	312_I	0.598	0.11
54_A	310_K	0.596	0.11
44_L	116_K	0.595	0.11
225_I	279_R	0.594	0.11
321_A	338_E	0.593	0.11
195_T	279_R	0.592	0.11
145_S	304_P	0.591	0.11
160_L	297_R	0.589	0.11
194_V	261_R	0.587	0.11
232_E	312_I	0.587	0.11
117_E	223_V	0.586	0.11
200_F	289_R	0.586	0.11
200_F	292_I	0.585	0.11
156_Q	210_S	0.584	0.11
144_N	329_T	0.584	0.11
256_E	294_T	0.584	0.11
104_M	321_A	0.583	0.11
291_P	297_R	0.582	0.11
289_R	314_R	0.582	0.11
129_W	137_L	0.581	0.11
84_T	247_K	0.581	0.11
152_T	181_M	0.578	0.11
51_G	87_N	0.575	0.11
240_H	243_E	0.574	0.11
214_F	268_F	0.574	0.11
138_G	270_R	0.573	0.11
214_F	332_K	0.573	0.11
167_Q	205_V	0.572	0.11
127_K	216_I	0.569	0.11
322_M	325_Y	0.567	0.11
216_I	274_L	0.567	0.11
200_F	296_Y	0.567	0.11
154_K	195_T	0.566	0.11
346_L	349_L	0.565	0.10
138_G	272_T	0.564	0.10
151_A	175_E	0.562	0.10
92_Q	237_S	0.562	0.10
83_Q	173_K	0.562	0.10
168_V	327_L	0.562	0.10
148_Y	285_Y	0.562	0.10
297_R	350_D	0.561	0.10
107_I	163_A	0.561	0.10
51_G	56_E	0.561	0.10
77_G	192_G	0.560	0.10
217_G	310_K	0.558	0.10
331_F	334_V	0.557	0.10
168_V	181_M	0.556	0.10
125_T	214_F	0.553	0.10
64_A	143_G	0.550	0.10
65_C	301_A	0.550	0.10
71_V	158_M	0.549	0.10
94_T	180_L	0.548	0.10
253_Y	278_K	0.547	0.10
94_T	167_Q	0.546	0.10
307_S	319_V	0.546	0.10
51_G	82_P	0.546	0.10
48_S	133_P	0.544	0.10
47_L	107_I	0.542	0.10
188_G	316_L	0.541	0.10
89_V	237_S	0.541	0.10
31_P	355_L	0.540	0.10
273_N	300_K	0.537	0.10
32_H	64_A	0.536	0.10
157_N	216_I	0.535	0.10
74_K	161_L	0.534	0.10
146_W	263_K	0.533	0.10
66_L	69_D	0.532	0.10
310_K	323_I	0.530	0.10
82_P	302_F	0.529	0.10
230_D	284_L	0.527	0.10
51_G	270_R	0.527	0.10
49_F	249_R	0.527	0.10
155_Y	319_V	0.526	0.10
151_A	326_S	0.522	0.10
79_N	198_A	0.521	0.10
84_T	236_N	0.520	0.10
75_S	213_K	0.519	0.10
135_E	215_V	0.518	0.10
295_S	312_I	0.518	0.10
350_D	353_S	0.518	0.10
86_R	295_S	0.518	0.10
201_Y	275_D	0.518	0.10
63_S	317_I	0.516	0.10
209_I	306_T	0.514	0.10
100_L	223_V	0.513	0.10
343_L	346_L	0.511	0.10
144_N	156_Q	0.510	0.10
176_I	253_Y	0.506	0.10
169_N	234_T	0.504	0.10
176_I	223_V	0.501	0.10
95_E	277_P	0.500	0.10
84_T	121_S	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1musA	2	0.8537	99.3	0.87	Contact Map
1f6yA	2	0.6011	20.5	0.972	Contact Map
2yciX	2	0.609	15.1	0.974	Contact Map
2vxzA	1	0.3777	10.7	0.975	Contact Map
1jkoC	1	0.117	7.8	0.977	Contact Map
4xb4A	1	0.3723	7.3	0.977	Contact Map
4mq3A	1	0.3271	7.1	0.977	Contact Map
4x86A	1	0.1356	6.9	0.977	Contact Map
2m8eA	1	0.1516	6.7	0.978	Contact Map
1qgpA	1	0.1995	6.3	0.978	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0111 seconds.