Q7LXX4 - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q7LXX4 - Transposase ISC1359

UniProt:	Q7LXX4	Sequences: MKHENTTKPAKFNRDFARSALKIIYSVLTKILFPEELLSALLKASGSYLSRLGKDGRRALRKLNAVQVEDVRDALRKMGRMTLRGVRDRRVAVDFHAIPQYHADKSFLSRIKPTKGTSWGLVQAAIFLLGRTRSFLDVIPVTVKNVAEGFKAVMEVIVKELEEDKLRLVMVFADREFAVNEVIRFLLELGLDFVISAKAQMYKKYKGMLQDVDVSFGGVRYTGFLCVRHGSGAYLIILRKEDGKIIAFLVRKEMDLYDAIVLAEMYRERWGIENAFRSLEEFRIRTRTCDVRKELVLVLLSYLLLNVWFLIRSWRKVKLWEFSVSLSNLLDREVRVEQERAFREVKTSFPQTPANPMHLLPAT	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	363 (305)
Sequences:	158 (111)
Seq/√Len:	6.4

HALSA - Q9HHP9 O51989 O51959
SULSO - Q7LXX4 Q97YS0 Q97YD0 Q97TV3 Q97XT0 Q97Y40 Q97Y64 Q97WW6 Q97XW2 Q97UW1 Q97Y87

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
125_A	276_F	5.905	1.00
327_S	331_D	3.926	0.94
93_V	154_M	3.837	0.93
173_A	275_A	3.354	0.87
250_V	288_T	2.958	0.79
60_L	293_K	2.956	0.79
250_V	270_W	2.840	0.76
175_R	196_S	2.743	0.73
54_K	102_H	2.728	0.73
161_L	171_V	2.659	0.71
296_V	300_L	2.634	0.70
63_L	117_T	2.615	0.70
86_V	236_I	2.613	0.70
168_L	194_V	2.446	0.64
327_S	330_L	2.312	0.60
94_D	273_E	2.307	0.59
96_H	280_E	2.304	0.59
135_F	276_F	2.289	0.59
274_N	277_R	2.198	0.56
24_I	41_L	2.185	0.55
319_L	329_L	2.152	0.54
125_A	299_L	2.134	0.53
234_Y	237_I	2.115	0.52
206_K	209_L	2.112	0.52
126_I	137_D	2.098	0.52
126_I	161_L	2.023	0.49
108_L	111_I	2.017	0.49
135_F	302_Y	2.003	0.48
250_V	305_L	1.996	0.48
95_F	168_L	1.955	0.47
269_R	273_E	1.935	0.46
94_D	269_R	1.935	0.46
100_Q	306_N	1.862	0.43
92_A	182_V	1.848	0.43
57_R	195_I	1.820	0.42
324_V	328_N	1.792	0.41
223_G	299_L	1.783	0.40
321_E	324_V	1.761	0.40
312_R	316_K	1.735	0.39
276_F	286_T	1.710	0.38
174_D	273_E	1.705	0.38
94_D	174_D	1.705	0.38
195_I	207_G	1.641	0.36
251_R	300_L	1.635	0.35
266_Y	272_I	1.621	0.35
27_V	34_P	1.591	0.34
168_L	279_L	1.587	0.34
28_L	33_F	1.563	0.33
121_L	276_F	1.527	0.32
274_N	278_S	1.499	0.31
178_A	274_N	1.469	0.30
31_I	38_L	1.460	0.30
251_R	282_F	1.459	0.30
92_A	248_F	1.458	0.30
158_V	183_I	1.449	0.29
204_K	207_G	1.435	0.29
24_I	32_L	1.422	0.29
296_V	304_L	1.413	0.28
294_E	308_W	1.410	0.28
37_L	259_A	1.400	0.28
270_W	288_T	1.394	0.28
80_R	108_L	1.385	0.28
120_G	270_W	1.384	0.27
282_F	305_L	1.376	0.27
168_L	276_F	1.372	0.27
228_R	235_L	1.372	0.27
81_M	204_K	1.363	0.27
80_R	207_G	1.354	0.27
113_P	116_G	1.343	0.26
97_A	122_V	1.325	0.26
280_E	288_T	1.325	0.26
324_V	327_S	1.323	0.26
80_R	110_R	1.312	0.25
24_I	27_V	1.312	0.25
326_L	329_L	1.310	0.25
125_A	298_V	1.309	0.25
174_D	269_R	1.305	0.25
79_G	282_F	1.305	0.25
54_K	125_A	1.297	0.25
129_L	248_F	1.292	0.25
105_K	235_L	1.278	0.25
171_V	250_V	1.277	0.24
326_L	330_L	1.275	0.24
133_R	277_R	1.275	0.24
266_Y	273_E	1.267	0.24
94_D	266_Y	1.267	0.24
186_L	191_L	1.266	0.24
32_L	40_A	1.264	0.24
141_V	154_M	1.263	0.24
154_M	251_R	1.244	0.24
26_S	35_E	1.243	0.24
194_V	267_R	1.235	0.23
178_A	197_A	1.235	0.23
24_I	38_L	1.235	0.23
34_P	37_L	1.225	0.23
30_K	33_F	1.220	0.23
117_T	299_L	1.216	0.23
140_P	248_F	1.211	0.23
152_A	190_G	1.208	0.23
63_L	113_P	1.205	0.23
87_R	296_V	1.192	0.22
110_R	288_T	1.192	0.22
24_I	30_K	1.191	0.22
274_N	310_L	1.189	0.22
33_F	37_L	1.161	0.21
27_V	41_L	1.158	0.21
83_L	186_L	1.158	0.21
75_L	306_N	1.156	0.21
251_R	288_T	1.155	0.21
63_L	137_D	1.154	0.21
104_D	128_L	1.153	0.21
157_I	251_R	1.139	0.21
141_V	172_F	1.134	0.21
105_K	228_R	1.132	0.21
83_L	166_L	1.132	0.21
328_N	332_R	1.128	0.21
328_N	331_D	1.128	0.21
176_E	198_K	1.126	0.21
269_R	286_T	1.124	0.21
202_Y	209_L	1.120	0.20
94_D	272_I	1.120	0.20
96_H	288_T	1.119	0.20
267_R	306_N	1.119	0.20
126_I	306_N	1.117	0.20
273_E	294_E	1.112	0.20
94_D	294_E	1.112	0.20
102_H	123_Q	1.105	0.20
59_A	178_A	1.099	0.20
77_K	182_V	1.099	0.20
32_L	41_L	1.095	0.20
112_K	285_R	1.092	0.20
56_G	282_F	1.090	0.20
177_F	277_R	1.088	0.20
157_I	276_F	1.082	0.20
276_F	287_R	1.074	0.19
139_I	271_G	1.064	0.19
60_L	236_I	1.064	0.19
177_F	273_E	1.058	0.19
94_D	177_F	1.058	0.19
141_V	182_V	1.054	0.19
27_V	31_I	1.054	0.19
317_V	321_E	1.051	0.19
319_L	323_S	1.046	0.19
111_I	116_G	1.046	0.19
89_R	302_Y	1.045	0.19
167_R	175_R	1.039	0.19
183_I	194_V	1.039	0.19
324_V	333_E	1.031	0.18
97_A	256_L	1.028	0.18
172_F	284_I	1.025	0.18
182_V	219_V	1.023	0.18
194_V	209_L	1.022	0.18
271_G	301_S	1.021	0.18
124_A	157_I	1.017	0.18
168_L	188_E	1.017	0.18
284_I	298_V	1.014	0.18
27_V	33_F	1.009	0.18
285_R	330_L	1.008	0.18
97_A	120_G	1.005	0.18
193_F	290_D	1.004	0.18
40_A	259_A	1.000	0.18
141_V	207_G	0.991	0.18
153_V	227_V	0.991	0.18
130_G	140_P	0.990	0.18
35_E	42_L	0.990	0.18
151_K	186_L	0.990	0.18
324_V	332_R	0.990	0.18
170_M	281_E	0.985	0.17
207_G	210_Q	0.985	0.17
124_A	182_V	0.984	0.17
54_K	93_V	0.981	0.17
78_M	268_E	0.981	0.17
40_A	295_L	0.980	0.17
253_E	275_A	0.980	0.17
93_V	191_L	0.979	0.17
148_E	227_V	0.979	0.17
100_Q	289_C	0.975	0.17
52_L	106_S	0.974	0.17
257_Y	309_F	0.971	0.17
175_R	272_I	0.970	0.17
86_V	310_L	0.966	0.17
202_Y	247_A	0.965	0.17
93_V	286_T	0.955	0.17
215_S	218_G	0.952	0.17
161_L	309_F	0.950	0.17
35_E	40_A	0.943	0.17
129_L	276_F	0.943	0.17
26_S	40_A	0.941	0.17
159_K	171_V	0.940	0.17
76_R	137_D	0.936	0.16
111_I	114_T	0.936	0.16
171_V	204_K	0.928	0.16
66_V	246_I	0.927	0.16
177_F	306_N	0.923	0.16
309_F	312_R	0.921	0.16
111_I	120_G	0.916	0.16
95_F	141_V	0.912	0.16
125_A	129_L	0.905	0.16
51_R	325_S	0.903	0.16
107_F	110_R	0.902	0.16
325_S	331_D	0.901	0.16
136_L	209_L	0.896	0.16
72_R	123_Q	0.893	0.16
270_W	282_F	0.891	0.16
48_Y	93_V	0.888	0.15
25_Y	28_L	0.888	0.15
100_Q	266_Y	0.888	0.15
63_L	175_R	0.887	0.15
126_I	176_E	0.885	0.15
68_V	81_M	0.884	0.15
64_N	92_A	0.882	0.15
133_R	169_V	0.880	0.15
58_R	280_E	0.877	0.15
154_M	161_L	0.877	0.15
177_F	272_I	0.875	0.15
108_L	288_T	0.867	0.15
126_I	168_L	0.865	0.15
63_L	71_V	0.862	0.15
168_L	235_L	0.861	0.15
72_R	76_R	0.860	0.15
171_V	280_E	0.860	0.15
298_V	305_L	0.859	0.15
119_W	194_V	0.859	0.15
60_L	153_V	0.859	0.15
93_V	182_V	0.857	0.15
56_G	154_M	0.856	0.15
251_R	298_V	0.855	0.15
116_G	295_L	0.854	0.15
173_A	178_A	0.853	0.15
72_R	134_S	0.851	0.15
56_G	266_Y	0.851	0.15
75_L	79_G	0.850	0.15
100_Q	203_K	0.849	0.15
29_T	49_L	0.848	0.15
62_K	290_D	0.847	0.15
135_F	162_E	0.847	0.15
320_W	326_L	0.847	0.15
176_E	307_V	0.837	0.15
50_S	153_V	0.836	0.15
101_Y	176_E	0.836	0.15
250_V	300_L	0.832	0.14
60_L	275_A	0.829	0.14
171_V	223_G	0.828	0.14
83_L	218_G	0.827	0.14
169_V	301_S	0.826	0.14
110_R	250_V	0.825	0.14
266_Y	269_R	0.825	0.14
251_R	280_E	0.825	0.14
200_Q	246_I	0.824	0.14
211_D	226_C	0.813	0.14
279_L	298_V	0.812	0.14
179_V	289_C	0.811	0.14
208_M	213_D	0.810	0.14
76_R	275_A	0.806	0.14
36_E	40_A	0.805	0.14
280_E	305_L	0.803	0.14
167_R	253_E	0.802	0.14
25_Y	31_I	0.802	0.14
30_K	39_S	0.801	0.14
61_R	290_D	0.801	0.14
147_A	183_I	0.801	0.14
174_D	286_T	0.797	0.14
176_E	225_L	0.793	0.14
68_V	220_R	0.789	0.14
311_I	314_W	0.789	0.14
130_G	176_E	0.788	0.14
157_I	305_L	0.785	0.14
183_I	193_F	0.784	0.14
132_T	184_R	0.783	0.14
128_L	296_V	0.782	0.14
140_P	298_V	0.779	0.14
237_I	292_R	0.778	0.14
67_Q	71_V	0.773	0.13
69_E	82_T	0.772	0.13
293_K	307_V	0.767	0.13
233_A	237_I	0.764	0.13
157_I	279_L	0.763	0.13
24_I	88_D	0.763	0.13
76_R	108_L	0.759	0.13
284_I	297_L	0.757	0.13
74_A	225_L	0.757	0.13
34_P	41_L	0.756	0.13
244_K	276_F	0.749	0.13
80_R	250_V	0.740	0.13
324_V	330_L	0.737	0.13
123_Q	178_A	0.737	0.13
67_Q	176_E	0.734	0.13
96_H	110_R	0.733	0.13
106_S	304_L	0.733	0.13
96_H	133_R	0.730	0.13
248_F	288_T	0.729	0.13
170_M	194_V	0.727	0.13
288_T	305_L	0.723	0.13
35_E	38_L	0.720	0.13
149_G	186_L	0.719	0.13
293_K	297_L	0.714	0.12
64_N	250_V	0.713	0.12
61_R	267_R	0.710	0.12
121_L	189_L	0.708	0.12
34_P	135_F	0.708	0.12
82_T	282_F	0.707	0.12
139_I	235_L	0.705	0.12
113_P	240_K	0.705	0.12
116_G	268_E	0.704	0.12
123_Q	296_V	0.700	0.12
23_I	27_V	0.698	0.12
274_N	292_R	0.695	0.12
115_K	168_L	0.695	0.12
269_R	272_I	0.694	0.12
56_G	197_A	0.692	0.12
55_D	332_R	0.692	0.12
175_R	257_Y	0.691	0.12
148_E	194_V	0.691	0.12
176_E	240_K	0.689	0.12
130_G	250_V	0.688	0.12
64_N	110_R	0.688	0.12
269_R	294_E	0.688	0.12
28_L	32_L	0.686	0.12
92_A	129_L	0.684	0.12
290_D	303_L	0.682	0.12
24_I	29_T	0.682	0.12
95_F	161_L	0.680	0.12
56_G	59_A	0.679	0.12
176_E	301_S	0.674	0.12
319_L	322_F	0.672	0.12
31_I	194_V	0.672	0.12
165_K	296_V	0.672	0.12
97_A	114_T	0.668	0.12
68_V	88_D	0.667	0.12
77_K	276_F	0.667	0.12
128_L	137_D	0.664	0.12
121_L	282_F	0.657	0.12
78_M	296_V	0.656	0.12
64_N	288_T	0.656	0.12
288_T	294_E	0.655	0.12
121_L	134_S	0.654	0.12
188_E	207_G	0.653	0.12
33_F	36_E	0.650	0.11
318_K	323_S	0.648	0.11
72_R	137_D	0.647	0.11
41_L	60_L	0.646	0.11
155_E	288_T	0.643	0.11
325_S	328_N	0.642	0.11
251_R	270_W	0.639	0.11
99_P	304_L	0.638	0.11
88_D	105_K	0.634	0.11
55_D	290_D	0.632	0.11
171_V	282_F	0.632	0.11
50_S	59_A	0.632	0.11
26_S	32_L	0.630	0.11
79_G	207_G	0.630	0.11
168_L	292_R	0.629	0.11
121_L	125_A	0.629	0.11
189_L	232_G	0.627	0.11
320_W	323_S	0.627	0.11
204_K	210_Q	0.627	0.11
236_I	282_F	0.626	0.11
230_G	262_L	0.623	0.11
298_V	314_W	0.621	0.11
329_L	333_E	0.620	0.11
87_R	158_V	0.615	0.11
174_D	306_N	0.613	0.11
78_M	135_F	0.613	0.11
102_H	289_C	0.612	0.11
72_R	296_V	0.610	0.11
91_V	259_A	0.609	0.11
177_F	269_R	0.609	0.11
237_I	310_L	0.609	0.11
320_W	331_D	0.605	0.11
24_I	39_S	0.605	0.11
178_A	198_K	0.605	0.11
171_V	244_K	0.604	0.11
93_V	276_F	0.603	0.11
259_A	299_L	0.603	0.11
87_R	162_E	0.600	0.11
307_V	328_N	0.596	0.11
192_D	222_T	0.595	0.11
184_R	189_L	0.595	0.11
252_K	262_L	0.594	0.11
305_L	312_R	0.593	0.11
42_L	69_E	0.593	0.11
276_F	279_L	0.593	0.11
195_I	259_A	0.593	0.11
50_S	280_E	0.592	0.11
24_I	31_I	0.591	0.11
80_R	164_D	0.590	0.11
96_H	297_L	0.589	0.11
250_V	280_E	0.585	0.11
190_G	270_W	0.582	0.10
323_S	332_R	0.581	0.10
177_F	286_T	0.580	0.10
94_D	286_T	0.576	0.10
228_R	310_L	0.576	0.10
273_E	286_T	0.576	0.10
235_L	247_A	0.576	0.10
142_T	307_V	0.575	0.10
65_A	306_N	0.575	0.10
30_K	41_L	0.573	0.10
186_L	195_I	0.572	0.10
147_A	275_A	0.570	0.10
96_H	263_A	0.569	0.10
23_I	34_P	0.569	0.10
93_V	282_F	0.568	0.10
30_K	34_P	0.567	0.10
216_F	219_V	0.566	0.10
157_I	168_L	0.564	0.10
118_S	193_F	0.563	0.10
168_L	238_L	0.563	0.10
74_A	189_L	0.562	0.10
158_V	253_E	0.561	0.10
124_A	314_W	0.557	0.10
106_S	285_R	0.553	0.10
65_A	290_D	0.552	0.10
35_E	70_D	0.551	0.10
174_D	266_Y	0.551	0.10
86_V	181_E	0.548	0.10
49_L	207_G	0.546	0.10
137_D	286_T	0.546	0.10
57_R	150_F	0.545	0.10
100_Q	196_S	0.545	0.10
91_V	161_L	0.544	0.10
61_R	275_A	0.543	0.10
283_R	295_L	0.543	0.10
130_G	248_F	0.541	0.10
321_E	326_L	0.541	0.10
161_L	168_L	0.541	0.10
323_S	333_E	0.540	0.10
220_R	233_A	0.535	0.10
304_L	315_R	0.534	0.10
166_L	175_R	0.534	0.10
321_E	328_N	0.533	0.10
24_I	28_L	0.533	0.10
288_T	298_V	0.532	0.10
77_K	203_K	0.532	0.10
140_P	280_E	0.531	0.10
121_L	162_E	0.531	0.10
273_E	288_T	0.530	0.10
94_D	288_T	0.530	0.10
129_L	300_L	0.525	0.10
27_V	138_V	0.521	0.10
157_I	161_L	0.519	0.10
23_I	39_S	0.517	0.10
210_Q	216_F	0.514	0.10
31_I	37_L	0.514	0.10
238_L	276_F	0.513	0.10
168_L	232_G	0.513	0.10
26_S	41_L	0.511	0.10
187_L	298_V	0.510	0.10
111_I	311_I	0.509	0.10
105_K	255_D	0.508	0.10
128_L	179_V	0.508	0.10
140_P	282_F	0.508	0.10
74_A	296_V	0.506	0.09
117_T	306_N	0.506	0.09
267_R	318_K	0.505	0.09
248_F	251_R	0.502	0.09
326_L	331_D	0.500	0.09
183_I	249_L	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1musA	2	0.9201	99.5	0.864	Contact Map
4mq3A	1	0.3471	28.3	0.972	Contact Map
3kksA	2	0.4022	21.3	0.973	Contact Map
1b78A	2	0.4187	18.9	0.974	Contact Map
3wx4A	2	0.2534	13.4	0.976	Contact Map
4pc0C	1	0.0551	8.7	0.978	Contact Map
1cxqA	2	0.3884	7.7	0.978	Contact Map
2i4rA	6	0.1983	5.2	0.98	Contact Map
3k6qA	2	0.3747	5.1	0.98	Contact Map
1c6vA	4	0.405	5.1	0.98	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0106 seconds.