DNAG - SULSO - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

DNAG - DNA primase DnaG

UniProt:	P95980	Sequences: MSFQMKYDIRLRFEVEGIVEKTDVIGAIFGQTENLFGDEFDLRELQDKGRLGRIIVEVKTKGGKSEGEIIIPSNLDRIETALIAAMVESVDKVGPYNSKFELIEIEDIRAEKLKKIIERAKGILSSWSKEKSLDIKEVINEISSAVKVGEITEYGPERLPAGPDVDKDPNLIIVEGRADVINLLRYGYKNVIAVEGATSRIPETLINLSKMKKTVIAFLDGDHGGDLILKELLSNNVKIDFVARAPIGREVEELTGKEIAKALSNMMPLTQYLKKVQEAEQAIAKNVIAKEEKPIQSETTQQVVQITLPQNILEEIKKLPGTLEGVLYDNNWNLIEKVQVRDIIPKLEAYEDNKVAYIIFDGVITQRLLDLASQKNIKMIIGARIGGINKRPQNVDILTFTDIISS	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	406 (385)
Sequences:	180 (125)
Seq/√Len:	6.4

HALSA - DNAG
SULSO - DNAG

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
217_A	232_L	4.765	0.98
219_L	226_D	3.509	0.90
171_L	230_K	3.493	0.89
40_F	113_L	3.194	0.84
325_G	343_I	3.149	0.83
178_A	258_E	2.995	0.80
207_N	212_K	2.922	0.78
322_T	361_D	2.896	0.78
249_R	258_E	2.881	0.77
216_I	266_M	2.712	0.73
362_G	367_R	2.698	0.72
364_I	382_G	2.678	0.72
24_V	161_A	2.583	0.69
366_Q	370_D	2.568	0.68
24_V	195_E	2.518	0.67
229_L	242_V	2.496	0.66
13_F	58_V	2.478	0.65
8_D	117_I	2.385	0.62
369_L	395_V	2.355	0.61
83_I	201_I	2.327	0.60
312_I	328_Y	2.309	0.60
315_E	326_V	2.280	0.59
121_K	149_G	2.276	0.58
19_V	159_L	2.270	0.58
215_V	219_L	2.258	0.58
116_I	158_R	2.255	0.58
360_F	380_I	2.222	0.56
116_I	365_T	2.209	0.56
16_E	145_A	2.157	0.54
241_F	249_R	2.142	0.54
64_K	72_P	2.140	0.53
128_S	250_E	2.137	0.53
67_G	86_M	2.126	0.53
366_Q	392_P	2.114	0.53
370_D	392_P	2.090	0.52
135_I	142_I	2.013	0.49
61_K	99_K	2.011	0.49
74_N	139_I	2.005	0.49
10_R	147_K	1.973	0.47
321_G	361_D	1.972	0.47
99_K	255_T	1.955	0.47
73_S	78_I	1.952	0.47
195_E	232_L	1.924	0.46
207_N	242_V	1.837	0.42
65_S	355_V	1.820	0.42
19_V	195_E	1.808	0.41
147_K	223_H	1.806	0.41
365_T	382_G	1.780	0.40
13_F	100_F	1.777	0.40
138_V	243_A	1.771	0.40
325_G	338_V	1.769	0.40
217_A	239_I	1.756	0.40
325_G	347_L	1.754	0.39
217_A	229_L	1.742	0.39
257_K	261_K	1.740	0.39
170_N	216_I	1.740	0.39
128_S	256_G	1.694	0.37
71_I	165_V	1.655	0.36
197_A	234_S	1.646	0.36
245_A	254_L	1.638	0.36
173_I	201_I	1.637	0.35
19_V	229_L	1.632	0.35
98_S	151_I	1.629	0.35
372_A	386_G	1.629	0.35
16_E	254_L	1.619	0.35
271_Q	360_F	1.607	0.34
161_A	229_L	1.547	0.33
74_N	328_Y	1.537	0.32
173_I	230_K	1.521	0.32
149_G	200_R	1.520	0.32
98_S	122_G	1.516	0.32
30_G	184_L	1.512	0.31
224_G	241_F	1.509	0.31
195_E	229_L	1.509	0.31
44_E	48_K	1.501	0.31
102_L	397_I	1.500	0.31
37_G	105_I	1.493	0.31
11_L	161_A	1.487	0.31
75_L	135_I	1.478	0.30
214_T	266_M	1.477	0.30
37_G	197_A	1.471	0.30
63_G	189_K	1.469	0.30
312_I	332_W	1.465	0.30
182_N	257_K	1.456	0.30
145_A	380_I	1.445	0.29
19_V	193_A	1.434	0.29
239_I	322_T	1.421	0.29
367_R	399_T	1.416	0.28
24_V	242_V	1.414	0.28
362_G	384_R	1.410	0.28
42_L	172_I	1.397	0.28
77_R	132_S	1.387	0.28
329_D	340_V	1.384	0.28
9_I	169_P	1.378	0.27
34_N	168_D	1.376	0.27
16_E	381_I	1.374	0.27
12_R	185_R	1.373	0.27
11_L	239_I	1.372	0.27
181_I	200_R	1.350	0.27
105_I	191_V	1.339	0.26
369_L	397_I	1.331	0.26
142_I	267_M	1.330	0.26
271_Q	382_G	1.322	0.26
96_Y	188_Y	1.318	0.26
65_S	77_R	1.312	0.25
143_S	315_E	1.309	0.25
16_E	382_G	1.305	0.25
83_I	144_S	1.304	0.25
137_E	241_F	1.300	0.25
90_V	227_L	1.299	0.25
318_K	322_T	1.298	0.25
93_V	116_I	1.285	0.25
39_E	249_R	1.278	0.25
122_G	207_N	1.265	0.24
51_L	165_V	1.264	0.24
11_L	100_F	1.262	0.24
68_E	81_A	1.259	0.24
323_L	384_R	1.254	0.24
39_E	121_K	1.241	0.24
194_V	234_S	1.233	0.23
367_R	372_A	1.231	0.23
197_A	216_I	1.230	0.23
362_G	386_G	1.226	0.23
315_E	318_K	1.222	0.23
341_R	365_T	1.218	0.23
40_F	48_K	1.218	0.23
107_D	240_D	1.213	0.23
81_A	157_E	1.211	0.23
86_M	382_G	1.210	0.23
323_L	365_T	1.209	0.23
69_I	134_D	1.207	0.23
96_Y	216_I	1.207	0.23
116_I	400_F	1.205	0.23
188_Y	260_A	1.202	0.23
66_E	253_E	1.200	0.22
329_D	399_T	1.187	0.22
71_I	311_N	1.186	0.22
259_I	265_N	1.186	0.22
323_L	341_R	1.185	0.22
323_L	361_D	1.185	0.22
329_D	372_A	1.184	0.22
326_V	337_K	1.183	0.22
15_V	96_Y	1.177	0.22
141_E	153_E	1.168	0.22
16_E	226_D	1.165	0.22
36_F	123_I	1.164	0.22
381_I	399_T	1.158	0.21
21_K	250_E	1.155	0.21
180_V	191_V	1.155	0.21
369_L	391_R	1.155	0.21
58_V	236_N	1.153	0.21
96_Y	197_A	1.148	0.21
329_D	333_N	1.148	0.21
37_G	146_V	1.142	0.21
165_V	185_R	1.142	0.21
319_L	338_V	1.137	0.21
92_K	234_S	1.137	0.21
341_R	360_F	1.137	0.21
25_I	58_V	1.136	0.21
55_I	99_K	1.134	0.21
82_L	139_I	1.133	0.21
117_I	382_G	1.128	0.21
173_I	239_I	1.125	0.21
13_F	227_L	1.124	0.21
93_V	232_L	1.123	0.21
78_I	397_I	1.120	0.21
34_N	138_V	1.117	0.20
340_V	346_K	1.117	0.20
48_K	59_K	1.107	0.20
328_Y	332_W	1.107	0.20
70_I	141_E	1.106	0.20
166_D	213_K	1.106	0.20
164_D	247_I	1.106	0.20
28_I	253_E	1.103	0.20
162_G	246_P	1.102	0.20
123_I	230_K	1.098	0.20
151_I	181_I	1.091	0.20
164_D	170_N	1.091	0.20
34_N	223_H	1.087	0.20
137_E	258_E	1.086	0.20
229_L	342_D	1.083	0.20
134_D	213_K	1.078	0.20
122_G	205_L	1.077	0.19
349_A	377_I	1.072	0.19
163_P	224_G	1.066	0.19
20_E	230_K	1.063	0.19
40_F	135_I	1.062	0.19
55_I	256_G	1.054	0.19
206_I	253_E	1.045	0.19
133_L	137_E	1.045	0.19
188_Y	194_V	1.035	0.19
81_A	191_V	1.033	0.19
206_I	209_S	1.026	0.18
244_R	382_G	1.022	0.18
201_I	346_K	1.018	0.18
55_I	113_L	1.017	0.18
77_R	97_N	1.013	0.18
337_K	389_N	1.011	0.18
213_K	258_E	1.011	0.18
82_L	127_W	1.005	0.18
55_I	81_A	1.001	0.18
102_L	374_Q	0.999	0.18
117_I	242_V	0.997	0.18
39_E	104_E	0.996	0.18
137_E	340_V	0.996	0.18
5_M	260_A	0.996	0.18
69_I	212_K	0.995	0.18
77_R	258_E	0.992	0.18
49_G	182_N	0.990	0.18
93_V	195_E	0.989	0.18
100_F	371_L	0.987	0.18
74_N	96_Y	0.986	0.17
362_G	399_T	0.982	0.17
209_S	259_I	0.976	0.17
347_L	372_A	0.975	0.17
159_L	255_T	0.973	0.17
370_D	390_K	0.972	0.17
22_T	237_V	0.970	0.17
5_M	61_K	0.966	0.17
297_S	351_E	0.962	0.17
331_N	368_L	0.962	0.17
363_V	384_R	0.958	0.17
25_I	67_G	0.956	0.17
123_I	249_R	0.951	0.17
34_N	169_P	0.948	0.17
96_Y	164_D	0.944	0.17
294_P	297_S	0.942	0.17
294_P	303_V	0.940	0.17
233_L	375_K	0.940	0.17
118_E	242_V	0.939	0.17
82_L	90_V	0.937	0.16
319_L	372_A	0.936	0.16
25_I	242_V	0.935	0.16
157_E	380_I	0.934	0.16
56_V	231_E	0.929	0.16
116_I	387_G	0.927	0.16
116_I	255_T	0.925	0.16
173_I	264_S	0.925	0.16
373_S	395_V	0.919	0.16
64_K	69_I	0.917	0.16
50_R	321_G	0.915	0.16
160_P	202_P	0.905	0.16
91_D	382_G	0.902	0.16
86_M	188_Y	0.901	0.16
83_I	234_S	0.901	0.16
72_P	362_G	0.899	0.16
4_Q	10_R	0.898	0.16
46_Q	73_S	0.892	0.16
224_G	266_M	0.891	0.16
8_D	331_N	0.888	0.16
193_A	229_L	0.884	0.15
343_I	364_I	0.882	0.15
121_K	217_A	0.880	0.15
39_E	192_I	0.880	0.15
147_K	197_A	0.878	0.15
269_L	334_L	0.873	0.15
229_L	232_L	0.871	0.15
20_E	195_E	0.867	0.15
343_I	360_F	0.867	0.15
18_I	339_Q	0.867	0.15
40_F	189_K	0.866	0.15
143_S	369_L	0.862	0.15
60_T	264_S	0.862	0.15
10_R	128_S	0.861	0.15
24_V	65_S	0.859	0.15
48_K	74_N	0.856	0.15
165_V	350_Y	0.851	0.15
20_E	83_I	0.848	0.15
77_R	173_I	0.848	0.15
160_P	380_I	0.847	0.15
62_G	397_I	0.844	0.15
82_L	181_I	0.843	0.15
367_R	386_G	0.842	0.15
302_Q	376_N	0.837	0.15
113_L	266_M	0.835	0.15
250_E	253_E	0.834	0.15
5_M	47_D	0.833	0.14
63_G	96_Y	0.832	0.14
192_I	204_T	0.831	0.14
39_E	57_E	0.829	0.14
72_P	250_E	0.829	0.14
48_K	113_L	0.825	0.14
214_T	390_K	0.824	0.14
41_D	390_K	0.823	0.14
96_Y	234_S	0.820	0.14
342_D	380_I	0.820	0.14
143_S	377_I	0.820	0.14
102_L	138_V	0.814	0.14
48_K	69_I	0.813	0.14
258_E	270_T	0.813	0.14
21_K	241_F	0.813	0.14
321_G	360_F	0.812	0.14
138_V	169_P	0.811	0.14
13_F	327_L	0.810	0.14
11_L	102_L	0.808	0.14
92_K	96_Y	0.807	0.14
137_E	178_A	0.806	0.14
324_E	337_K	0.806	0.14
83_I	128_S	0.806	0.14
72_P	182_N	0.805	0.14
148_V	154_Y	0.802	0.14
201_I	282_A	0.799	0.14
294_P	305_Q	0.799	0.14
358_I	369_L	0.797	0.14
61_K	66_E	0.797	0.14
319_L	375_K	0.794	0.14
91_D	138_V	0.792	0.14
164_D	213_K	0.791	0.14
92_K	384_R	0.791	0.14
74_N	121_K	0.791	0.14
261_K	265_N	0.791	0.14
216_I	236_N	0.788	0.14
70_I	153_E	0.787	0.14
100_F	342_D	0.786	0.14
192_I	380_I	0.783	0.14
59_K	71_I	0.782	0.14
77_R	178_A	0.781	0.14
341_R	347_L	0.781	0.14
47_D	55_I	0.781	0.14
195_E	265_N	0.780	0.14
195_E	358_I	0.780	0.14
100_F	325_G	0.780	0.14
232_L	347_L	0.780	0.14
15_V	234_S	0.779	0.14
116_I	316_I	0.779	0.14
385_I	398_L	0.772	0.13
91_D	243_A	0.771	0.13
186_Y	259_I	0.771	0.13
10_R	68_E	0.770	0.13
130_E	365_T	0.770	0.13
22_T	67_G	0.769	0.13
113_L	234_S	0.769	0.13
16_E	77_R	0.768	0.13
83_I	370_D	0.767	0.13
320_P	390_K	0.765	0.13
277_Q	318_K	0.762	0.13
347_L	355_V	0.761	0.13
366_Q	390_K	0.760	0.13
44_E	384_R	0.760	0.13
92_K	266_M	0.759	0.13
215_V	337_K	0.757	0.13
134_D	365_T	0.757	0.13
169_P	239_I	0.756	0.13
42_L	82_L	0.755	0.13
233_L	269_L	0.755	0.13
19_V	255_T	0.754	0.13
84_A	93_V	0.753	0.13
324_E	368_L	0.748	0.13
169_P	253_E	0.744	0.13
166_D	191_V	0.743	0.13
93_V	366_Q	0.740	0.13
41_D	150_E	0.740	0.13
292_E	295_I	0.738	0.13
85_A	180_V	0.738	0.13
47_D	81_A	0.737	0.13
8_D	219_L	0.736	0.13
132_S	259_I	0.736	0.13
86_M	96_Y	0.730	0.13
121_K	232_L	0.726	0.13
128_S	147_K	0.724	0.13
122_G	377_I	0.724	0.13
106_E	184_L	0.724	0.13
19_V	122_G	0.720	0.13
161_A	193_A	0.719	0.13
123_I	127_W	0.715	0.12
157_E	317_K	0.713	0.12
64_K	124_L	0.709	0.12
236_N	376_N	0.708	0.12
329_D	367_R	0.705	0.12
39_E	69_I	0.704	0.12
113_L	264_S	0.702	0.12
115_K	219_L	0.699	0.12
343_I	348_E	0.698	0.12
189_K	234_S	0.697	0.12
99_K	330_N	0.696	0.12
173_I	365_T	0.694	0.12
82_L	106_E	0.694	0.12
244_R	366_Q	0.694	0.12
113_L	197_A	0.694	0.12
93_V	178_A	0.693	0.12
16_E	397_I	0.691	0.12
253_E	355_V	0.690	0.12
209_S	257_K	0.690	0.12
25_I	86_M	0.690	0.12
245_A	306_I	0.688	0.12
329_D	397_I	0.684	0.12
53_R	107_D	0.683	0.12
106_E	113_L	0.678	0.12
4_Q	147_K	0.677	0.12
118_E	351_E	0.676	0.12
50_R	212_K	0.675	0.12
16_E	347_L	0.674	0.12
117_I	142_I	0.672	0.12
205_L	277_Q	0.671	0.12
164_D	189_K	0.671	0.12
124_L	395_V	0.671	0.12
96_Y	189_K	0.670	0.12
64_K	343_I	0.670	0.12
233_L	259_I	0.668	0.12
69_I	255_T	0.667	0.12
192_I	290_K	0.666	0.12
86_M	135_I	0.666	0.12
213_K	343_I	0.662	0.12
150_E	271_Q	0.662	0.12
39_E	359_I	0.661	0.12
371_L	387_G	0.658	0.12
138_V	293_K	0.658	0.12
117_I	315_E	0.657	0.12
240_D	248_G	0.657	0.12
117_I	267_M	0.656	0.12
46_Q	230_K	0.656	0.12
171_L	334_L	0.656	0.12
166_D	365_T	0.655	0.12
22_T	48_K	0.654	0.12
39_E	71_I	0.653	0.12
86_M	137_E	0.653	0.12
113_L	135_I	0.652	0.11
250_E	326_V	0.651	0.11
60_T	236_N	0.650	0.11
63_G	194_V	0.646	0.11
101_E	239_I	0.646	0.11
96_Y	194_V	0.645	0.11
292_E	330_N	0.644	0.11
130_E	178_A	0.644	0.11
245_A	367_R	0.642	0.11
92_K	188_Y	0.642	0.11
347_L	386_G	0.641	0.11
21_K	203_E	0.641	0.11
277_Q	283_I	0.641	0.11
200_R	395_V	0.640	0.11
239_I	296_Q	0.639	0.11
204_T	400_F	0.639	0.11
325_G	380_I	0.639	0.11
74_N	136_K	0.636	0.11
325_G	345_P	0.632	0.11
152_T	338_V	0.629	0.11
83_I	148_V	0.629	0.11
25_I	136_K	0.629	0.11
201_I	355_V	0.624	0.11
73_S	173_I	0.624	0.11
157_E	161_A	0.624	0.11
54_I	310_Q	0.623	0.11
365_T	399_T	0.622	0.11
86_M	216_I	0.622	0.11
298_E	302_Q	0.621	0.11
68_E	219_L	0.619	0.11
223_H	377_I	0.618	0.11
80_T	162_G	0.616	0.11
243_A	382_G	0.615	0.11
298_E	364_I	0.615	0.11
217_A	328_Y	0.614	0.11
38_D	65_S	0.612	0.11
358_I	371_L	0.612	0.11
96_Y	170_N	0.611	0.11
206_I	257_K	0.611	0.11
50_R	150_E	0.608	0.11
106_E	189_K	0.608	0.11
57_E	154_Y	0.607	0.11
82_L	142_I	0.606	0.11
21_K	247_I	0.606	0.11
148_V	152_T	0.604	0.11
22_T	39_E	0.602	0.11
74_N	332_W	0.602	0.11
134_D	178_A	0.601	0.11
90_V	147_K	0.600	0.11
123_I	375_K	0.600	0.11
254_L	365_T	0.597	0.11
44_E	149_G	0.596	0.11
22_T	127_W	0.595	0.11
58_V	71_I	0.595	0.11
122_G	368_L	0.594	0.11
169_P	392_P	0.594	0.11
365_T	391_R	0.594	0.11
92_K	216_I	0.592	0.11
293_K	335_I	0.592	0.11
50_R	68_E	0.592	0.11
47_D	74_N	0.592	0.11
186_Y	209_S	0.591	0.11
142_I	359_I	0.591	0.11
367_R	382_G	0.591	0.11
137_E	165_V	0.590	0.11
173_I	215_V	0.588	0.11
238_K	264_S	0.588	0.11
272_Y	290_K	0.587	0.11
96_Y	143_S	0.586	0.11
300_T	305_Q	0.585	0.11
134_D	215_V	0.585	0.11
368_L	378_K	0.583	0.11
373_S	377_I	0.583	0.11
241_F	395_V	0.583	0.11
15_V	227_L	0.582	0.10
192_I	317_K	0.582	0.10
154_Y	166_D	0.582	0.10
245_A	399_T	0.581	0.10
51_L	368_L	0.581	0.10
295_I	303_V	0.580	0.10
18_I	60_T	0.580	0.10
390_K	397_I	0.580	0.10
191_V	226_D	0.579	0.10
321_G	342_D	0.576	0.10
11_L	377_I	0.574	0.10
101_E	146_V	0.574	0.10
28_I	44_E	0.573	0.10
133_L	136_K	0.572	0.10
62_G	140_N	0.571	0.10
143_S	216_I	0.571	0.10
147_K	178_A	0.571	0.10
368_L	376_N	0.569	0.10
16_E	61_K	0.568	0.10
125_S	327_L	0.568	0.10
41_D	234_S	0.567	0.10
18_I	67_G	0.566	0.10
249_R	337_K	0.566	0.10
241_F	384_R	0.563	0.10
80_T	124_L	0.563	0.10
25_I	197_A	0.563	0.10
19_V	161_A	0.562	0.10
241_F	358_I	0.560	0.10
51_L	369_L	0.560	0.10
122_G	140_N	0.558	0.10
44_E	73_S	0.556	0.10
41_D	392_P	0.556	0.10
249_R	380_I	0.556	0.10
40_F	197_A	0.556	0.10
40_F	89_S	0.555	0.10
57_E	130_E	0.555	0.10
150_E	181_I	0.554	0.10
158_R	203_E	0.553	0.10
86_M	214_T	0.553	0.10
113_L	256_G	0.550	0.10
4_Q	77_R	0.548	0.10
321_G	375_K	0.548	0.10
166_D	374_Q	0.547	0.10
85_A	218_F	0.545	0.10
194_V	209_S	0.544	0.10
132_S	137_E	0.544	0.10
47_D	382_G	0.543	0.10
65_S	319_L	0.543	0.10
161_A	262_A	0.543	0.10
329_D	386_G	0.541	0.10
65_S	78_I	0.539	0.10
215_V	386_G	0.539	0.10
241_F	266_M	0.539	0.10
164_D	191_V	0.536	0.10
67_G	217_A	0.535	0.10
344_I	382_G	0.532	0.10
341_R	382_G	0.531	0.10
333_N	363_V	0.530	0.10
50_R	145_A	0.530	0.10
57_E	249_R	0.530	0.10
50_R	210_K	0.529	0.10
161_A	204_T	0.525	0.10
44_E	393_Q	0.523	0.10
318_K	344_I	0.523	0.10
372_A	382_G	0.523	0.10
219_L	269_L	0.521	0.10
72_P	244_R	0.518	0.10
71_I	86_M	0.518	0.10
189_K	214_T	0.517	0.10
113_L	189_K	0.516	0.10
212_K	242_V	0.515	0.10
13_F	25_I	0.515	0.10
307_T	314_E	0.513	0.10
323_L	363_V	0.512	0.10
106_E	234_S	0.511	0.10
244_R	250_E	0.511	0.10
216_I	326_V	0.510	0.10
188_Y	384_R	0.509	0.10
312_I	337_K	0.508	0.10
68_E	125_S	0.508	0.10
171_L	264_S	0.507	0.10
270_T	303_V	0.506	0.09
295_I	347_L	0.506	0.09
361_D	381_I	0.505	0.09
128_S	223_H	0.504	0.09
207_N	210_K	0.502	0.09
131_K	219_L	0.500	0.09
112_K	121_K	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2fcjA	2	0.2759	99.8	0.885	Contact Map
1t6t1	2	0.2709	99.3	0.921	Contact Map
4edgA	1	0.6108	98.3	0.945	Contact Map
1dd9A	1	0.5788	98.1	0.948	Contact Map
2au3A	1	0.6404	98	0.949	Contact Map
1nuiA	1	0.4631	78.7	0.974	Contact Map
1y02A	1	0.0837	41.3	0.98	Contact Map
1vddA	7	0.4335	27.3	0.982	Contact Map
3ir9A	2	0.3571	26.4	0.982	Contact Map
1q57A	3	0.665	25.6	0.982	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0103 seconds.