GGGtGRT - PFAM28P - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

GGGtGRT - GGGtGRT protein

PFAM:	PF14057	Sequences: FEGYERRIDKINAVLKEYGIASLEEAKKICLDKGIDVYKIVKGIQPIAFENACWAYTLGAAIAIKKGCKKAAEAAEAIGEGLQAFCIPGSVADDRKVGLGHGNLAAMLLREETKCFAFLAGHESFAAAEGAIGIARSANKVRKEPLRVILNGLGKDAAYIISRINGFTYVQTEFDYYTGELKIVKEKAYSDGERAKVRCYGADDVREGVAIMHHEGVDVSITGNSTNPTRFQHPVAGTYKKECIENGKKYFSVASGGGTGRTLHPDNMAAGPASYGMTDTMGRMHSDAQFAGSSSVPAHVEMMGLIGMGNNPMVGATVAVAVAVEEA	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_10
Length:	327 (327)
Sequences:	814 (125)
Seq/√Len:	6.9
META:	0.848

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
159_Y	189_Y	7.126	1.00
234_P	280_T	4.480	0.98
44_I	133_G	3.961	0.96
171_Q	185_K	3.861	0.95
242_E	246_N	3.783	0.94
176_Y	203_D	3.780	0.94
183_I	214_H	3.360	0.89
20_I	29_I	3.219	0.87
119_L	236_A	3.115	0.85
174_F	206_R	2.988	0.83
213_H	242_E	2.965	0.82
114_K	144_E	2.956	0.82
28_K	32_D	2.949	0.82
280_T	286_S	2.941	0.82
213_H	246_N	2.869	0.80
202_A	211_I	2.859	0.80
38_Y	53_C	2.853	0.80
20_I	58_L	2.723	0.76
10_K	93_D	2.689	0.75
18_Y	66_K	2.686	0.75
308_M	316_A	2.673	0.75
36_D	39_K	2.656	0.74
20_I	26_A	2.625	0.73
181_L	214_H	2.601	0.73
234_P	286_S	2.417	0.67
48_A	53_C	2.405	0.66
186_E	198_R	2.402	0.66
44_I	93_D	2.394	0.66
27_K	31_L	2.355	0.65
173_E	176_Y	2.340	0.64
136_R	193_E	2.315	0.63
236_A	250_Y	2.255	0.61
173_E	203_D	2.255	0.61
74_A	78_I	2.175	0.58
264_H	267_N	2.117	0.56
277_M	280_T	2.078	0.55
3_G	51_N	2.073	0.54
188_A	195_A	2.048	0.53
58_L	84_A	2.033	0.53
119_L	250_Y	1.878	0.47
133_G	136_R	1.867	0.47
206_R	242_E	1.806	0.44
225_S	264_H	1.771	0.43
117_A	199_C	1.717	0.41
4_Y	8_I	1.705	0.40
183_I	186_E	1.686	0.40
305_L	313_M	1.683	0.40
105_A	317_T	1.676	0.39
206_R	213_H	1.676	0.39
176_Y	206_R	1.661	0.39
234_P	277_M	1.653	0.39
9_D	12_N	1.641	0.38
17_E	80_E	1.605	0.37
76_E	110_R	1.584	0.36
259_T	264_H	1.583	0.36
281_M	284_M	1.582	0.36
38_Y	50_E	1.573	0.36
225_S	252_S	1.569	0.36
68_C	77_A	1.563	0.35
10_K	80_E	1.552	0.35
267_N	285_H	1.543	0.35
29_I	64_I	1.540	0.35
42_K	53_C	1.535	0.34
252_S	285_H	1.533	0.34
229_T	277_M	1.522	0.34
20_I	64_I	1.520	0.34
252_S	264_H	1.513	0.34
205_V	280_T	1.512	0.34
222_T	253_V	1.512	0.34
29_I	58_L	1.506	0.33
8_I	12_N	1.505	0.33
21_A	25_E	1.494	0.33
25_E	29_I	1.490	0.33
71_A	74_A	1.482	0.33
220_S	236_A	1.480	0.33
183_I	198_R	1.446	0.31
282_G	285_H	1.438	0.31
228_P	267_N	1.428	0.31
51_N	305_L	1.419	0.31
282_G	289_Q	1.392	0.30
173_E	182_K	1.379	0.29
14_V	62_I	1.372	0.29
94_D	179_G	1.369	0.29
243_C	246_N	1.363	0.29
87_I	301_E	1.350	0.28
35_I	60_A	1.344	0.28
206_R	234_P	1.340	0.28
3_G	10_K	1.337	0.28
147_R	188_A	1.331	0.28
68_C	117_A	1.324	0.28
259_T	282_G	1.314	0.27
252_S	259_T	1.311	0.27
60_A	320_V	1.304	0.27
225_S	267_N	1.303	0.27
37_V	53_C	1.301	0.27
173_E	234_P	1.286	0.26
114_K	180_E	1.270	0.26
119_L	212_M	1.266	0.26
259_T	267_N	1.259	0.26
216_G	248_K	1.242	0.25
222_T	225_S	1.232	0.25
31_L	38_Y	1.230	0.25
259_T	289_Q	1.229	0.25
2_E	6_R	1.199	0.24
225_S	228_P	1.198	0.24
222_T	259_T	1.161	0.23
222_T	252_S	1.157	0.23
229_T	268_M	1.151	0.23
253_V	259_T	1.149	0.23
203_D	234_P	1.148	0.23
228_P	285_H	1.148	0.23
66_K	77_A	1.143	0.22
264_H	282_G	1.132	0.22
252_S	267_N	1.116	0.22
72_A	110_R	1.114	0.22
314_V	318_V	1.114	0.22
76_E	80_E	1.113	0.22
189_Y	206_R	1.109	0.21
51_N	117_A	1.106	0.21
111_E	182_K	1.103	0.21
42_K	50_E	1.096	0.21
220_S	250_Y	1.092	0.21
44_I	136_R	1.090	0.21
189_Y	197_V	1.078	0.21
20_I	35_I	1.074	0.21
225_S	259_T	1.066	0.20
50_E	164_I	1.061	0.20
222_T	282_G	1.060	0.20
105_A	203_D	1.059	0.20
94_D	174_F	1.044	0.20
117_A	159_Y	1.043	0.20
225_S	229_T	1.040	0.20
119_L	220_S	1.040	0.20
228_P	252_S	1.039	0.20
81_G	253_V	1.039	0.20
105_A	137_S	1.038	0.20
285_H	289_Q	1.034	0.20
258_G	261_R	1.028	0.19
37_V	44_I	1.028	0.19
26_A	29_I	1.026	0.19
78_I	281_M	1.023	0.19
264_H	285_H	1.019	0.19
133_G	137_S	1.016	0.19
1_F	7_R	1.014	0.19
234_P	242_E	1.014	0.19
222_T	264_H	1.007	0.19
60_A	64_I	1.006	0.19
113_T	218_D	1.004	0.19
29_I	32_D	1.001	0.19
38_Y	42_K	0.997	0.19
141_V	196_K	0.996	0.19
30_C	64_I	0.992	0.19
68_C	74_A	0.989	0.19
105_A	187_K	0.985	0.18
252_S	282_G	0.980	0.18
31_L	35_I	0.968	0.18
64_I	198_R	0.962	0.18
81_G	219_V	0.960	0.18
315_G	322_V	0.959	0.18
267_N	282_G	0.955	0.18
39_K	43_G	0.954	0.18
147_R	200_Y	0.954	0.18
318_V	322_V	0.944	0.18
87_I	117_A	0.943	0.18
225_S	282_G	0.942	0.18
38_Y	199_C	0.939	0.17
13_A	16_K	0.936	0.17
54_W	97_V	0.934	0.17
225_S	253_V	0.933	0.17
37_V	57_T	0.920	0.17
94_D	206_R	0.917	0.17
11_I	20_I	0.915	0.17
41_V	57_T	0.910	0.17
305_L	317_T	0.908	0.17
188_A	196_K	0.907	0.17
147_R	216_G	0.906	0.17
132_I	162_S	0.901	0.17
1_F	11_I	0.896	0.17
15_L	23_L	0.892	0.16
107_M	249_K	0.890	0.16
10_K	17_E	0.888	0.16
132_I	165_N	0.886	0.16
204_D	225_S	0.885	0.16
176_Y	234_P	0.885	0.16
204_D	252_S	0.880	0.16
64_I	238_T	0.879	0.16
144_E	219_V	0.871	0.16
70_K	73_E	0.871	0.16
162_S	203_D	0.866	0.16
106_A	110_R	0.863	0.16
137_S	194_R	0.860	0.16
222_T	228_P	0.859	0.16
38_Y	48_A	0.859	0.16
174_F	183_I	0.857	0.16
319_A	323_A	0.857	0.16
205_V	222_T	0.855	0.16
14_V	78_I	0.853	0.16
253_V	264_H	0.852	0.16
315_G	318_V	0.852	0.16
204_D	250_Y	0.851	0.16
37_V	174_F	0.850	0.16
31_L	117_A	0.850	0.16
228_P	264_H	0.849	0.16
10_K	78_I	0.849	0.16
216_G	243_C	0.842	0.15
225_S	285_H	0.841	0.15
32_D	60_A	0.841	0.15
16_K	35_I	0.840	0.15
253_V	282_G	0.840	0.15
31_L	53_C	0.839	0.15
68_C	73_E	0.838	0.15
25_E	180_E	0.835	0.15
27_K	38_Y	0.831	0.15
188_A	211_I	0.830	0.15
219_V	243_C	0.830	0.15
259_T	269_A	0.829	0.15
264_H	280_T	0.829	0.15
222_T	267_N	0.828	0.15
277_M	286_S	0.827	0.15
305_L	320_V	0.826	0.15
171_Q	187_K	0.826	0.15
137_S	206_R	0.826	0.15
84_A	189_Y	0.824	0.15
237_G	250_Y	0.821	0.15
22_S	25_E	0.820	0.15
48_A	51_N	0.819	0.15
271_G	274_S	0.819	0.15
108_L	282_G	0.817	0.15
62_I	134_I	0.809	0.15
228_P	269_A	0.808	0.15
94_D	189_Y	0.807	0.15
35_I	40_I	0.805	0.15
35_I	57_T	0.802	0.15
314_V	322_V	0.800	0.15
3_G	44_I	0.800	0.15
141_V	191_D	0.800	0.15
213_H	243_C	0.799	0.15
75_A	105_A	0.790	0.14
228_P	268_M	0.785	0.14
18_Y	62_I	0.779	0.14
78_I	140_K	0.775	0.14
76_E	117_A	0.773	0.14
205_V	225_S	0.772	0.14
58_L	88_P	0.772	0.14
5_E	174_F	0.772	0.14
74_A	324_V	0.771	0.14
222_T	285_H	0.769	0.14
119_L	219_V	0.768	0.14
4_Y	176_Y	0.766	0.14
43_G	53_C	0.765	0.14
14_V	242_E	0.763	0.14
5_E	180_E	0.762	0.14
119_L	134_I	0.762	0.14
3_G	48_A	0.761	0.14
268_M	277_M	0.761	0.14
7_R	87_I	0.760	0.14
291_A	294_S	0.757	0.14
93_D	320_V	0.744	0.14
17_E	39_K	0.744	0.14
68_C	78_I	0.743	0.14
299_H	302_M	0.739	0.13
205_V	259_T	0.737	0.13
132_I	137_S	0.735	0.13
304_G	307_G	0.731	0.13
222_T	289_Q	0.728	0.13
48_A	199_C	0.726	0.13
74_A	77_A	0.724	0.13
93_D	96_K	0.723	0.13
200_Y	215_E	0.720	0.13
297_P	300_V	0.720	0.13
103_N	110_R	0.719	0.13
34_G	164_I	0.718	0.13
128_A	138_A	0.717	0.13
133_G	160_I	0.716	0.13
234_P	243_C	0.716	0.13
206_R	246_N	0.715	0.13
36_D	187_K	0.715	0.13
27_K	44_I	0.713	0.13
257_G	260_G	0.713	0.13
108_L	259_T	0.712	0.13
50_E	105_A	0.711	0.13
229_T	264_H	0.707	0.13
17_E	66_K	0.705	0.13
16_K	58_L	0.703	0.13
204_D	264_H	0.697	0.13
205_V	252_S	0.696	0.13
229_T	280_T	0.695	0.13
264_H	268_M	0.692	0.13
133_G	195_A	0.691	0.13
11_I	26_A	0.690	0.13
222_T	229_T	0.688	0.13
213_H	216_G	0.687	0.13
259_T	285_H	0.687	0.13
37_V	137_S	0.686	0.13
222_T	238_T	0.686	0.13
25_E	28_K	0.685	0.13
290_F	293_S	0.684	0.13
307_G	310_N	0.683	0.13
264_H	289_Q	0.683	0.13
44_I	137_S	0.679	0.12
117_A	236_A	0.678	0.12
141_V	325_E	0.677	0.12
84_A	87_I	0.675	0.12
62_I	78_I	0.673	0.12
72_A	76_E	0.673	0.12
78_I	99_L	0.671	0.12
277_M	281_M	0.671	0.12
16_K	84_A	0.671	0.12
143_K	198_R	0.670	0.12
175_D	216_G	0.668	0.12
23_L	58_L	0.668	0.12
37_V	41_V	0.665	0.12
189_Y	234_P	0.664	0.12
176_Y	179_G	0.663	0.12
20_I	117_A	0.661	0.12
280_T	284_M	0.660	0.12
297_P	302_M	0.658	0.12
35_I	58_L	0.657	0.12
97_V	203_D	0.651	0.12
137_S	197_V	0.648	0.12
32_D	214_H	0.647	0.12
20_I	137_S	0.646	0.12
13_A	22_S	0.645	0.12
54_W	75_A	0.645	0.12
269_A	282_G	0.643	0.12
228_P	259_T	0.643	0.12
41_V	53_C	0.641	0.12
3_G	187_K	0.637	0.12
216_G	246_N	0.637	0.12
270_A	274_S	0.636	0.12
24_E	144_E	0.635	0.12
169_Y	185_K	0.635	0.12
12_N	58_L	0.632	0.12
74_A	106_A	0.632	0.12
259_T	280_T	0.631	0.12
194_R	229_T	0.631	0.12
56_Y	71_A	0.629	0.12
189_Y	277_M	0.629	0.12
27_K	35_I	0.629	0.12
290_F	294_S	0.627	0.12
259_T	268_M	0.625	0.12
42_K	181_L	0.624	0.12
271_G	276_G	0.622	0.12
253_V	267_N	0.620	0.11
267_N	280_T	0.620	0.11
44_I	160_I	0.619	0.11
304_G	309_G	0.619	0.11
107_M	133_G	0.618	0.11
291_A	295_S	0.617	0.11
272_P	276_G	0.617	0.11
108_L	113_T	0.616	0.11
48_A	117_A	0.616	0.11
12_N	16_K	0.613	0.11
280_T	289_Q	0.611	0.11
316_A	322_V	0.610	0.11
30_C	174_F	0.610	0.11
108_L	289_Q	0.610	0.11
252_S	289_Q	0.609	0.11
10_K	13_A	0.608	0.11
243_C	247_G	0.608	0.11
293_S	296_V	0.607	0.11
33_K	51_N	0.606	0.11
57_T	107_M	0.604	0.11
74_A	134_I	0.603	0.11
257_G	261_R	0.603	0.11
295_S	300_V	0.602	0.11
295_S	299_H	0.601	0.11
108_L	264_H	0.598	0.11
264_H	269_A	0.598	0.11
26_A	30_C	0.597	0.11
108_L	222_T	0.595	0.11
27_K	147_R	0.595	0.11
205_V	282_G	0.595	0.11
75_A	165_N	0.594	0.11
189_Y	242_E	0.593	0.11
4_Y	60_A	0.591	0.11
205_V	264_H	0.591	0.11
254_A	257_G	0.589	0.11
21_A	69_K	0.588	0.11
176_Y	213_H	0.588	0.11
225_S	289_Q	0.588	0.11
159_Y	187_K	0.588	0.11
35_I	64_I	0.587	0.11
274_S	278_T	0.586	0.11
118_F	135_A	0.585	0.11
141_V	198_R	0.585	0.11
48_A	137_S	0.584	0.11
7_R	301_E	0.582	0.11
69_K	200_Y	0.582	0.11
204_D	259_T	0.582	0.11
73_E	77_A	0.582	0.11
229_T	232_Q	0.581	0.11
205_V	253_V	0.581	0.11
204_D	253_V	0.580	0.11
260_G	266_D	0.580	0.11
14_V	81_G	0.578	0.11
108_L	225_S	0.578	0.11
275_Y	279_D	0.575	0.11
268_M	282_G	0.574	0.11
17_E	202_A	0.574	0.11
228_P	282_G	0.574	0.11
13_A	191_D	0.573	0.11
182_K	249_K	0.573	0.11
37_V	133_G	0.571	0.11
138_A	212_M	0.571	0.11
114_K	188_A	0.568	0.11
46_P	135_A	0.568	0.11
315_G	321_A	0.567	0.11
228_P	253_V	0.567	0.11
80_E	106_A	0.567	0.11
242_E	277_M	0.565	0.11
159_Y	242_E	0.565	0.11
51_N	94_D	0.565	0.11
291_A	296_V	0.561	0.11
33_K	50_E	0.559	0.11
134_I	212_M	0.559	0.11
14_V	234_P	0.558	0.11
225_S	280_T	0.557	0.11
304_G	310_N	0.556	0.11
3_G	87_I	0.555	0.11
222_T	280_T	0.555	0.11
205_V	228_P	0.555	0.11
307_G	311_N	0.552	0.10
78_I	137_S	0.551	0.10
162_S	199_C	0.550	0.10
33_K	243_C	0.550	0.10
74_A	119_L	0.549	0.10
40_I	43_G	0.549	0.10
320_V	327_A	0.549	0.10
51_N	288_A	0.548	0.10
295_S	302_M	0.548	0.10
38_Y	44_I	0.546	0.10
81_G	128_A	0.546	0.10
7_R	103_N	0.546	0.10
293_S	297_P	0.546	0.10
256_G	260_G	0.545	0.10
40_I	185_K	0.545	0.10
281_M	285_H	0.545	0.10
296_V	300_V	0.545	0.10
229_T	267_N	0.544	0.10
296_V	299_H	0.544	0.10
13_A	20_I	0.543	0.10
189_Y	286_S	0.543	0.10
36_D	48_A	0.543	0.10
3_G	301_E	0.538	0.10
228_P	238_T	0.537	0.10
143_K	200_Y	0.537	0.10
276_G	279_D	0.537	0.10
60_A	263_L	0.536	0.10
175_D	210_A	0.534	0.10
14_V	18_Y	0.533	0.10
300_V	304_G	0.531	0.10
299_H	304_G	0.531	0.10
161_I	201_G	0.530	0.10
197_V	214_H	0.528	0.10
35_I	53_C	0.528	0.10
8_I	20_I	0.526	0.10
225_S	232_Q	0.525	0.10
73_E	97_V	0.525	0.10
257_G	262_T	0.525	0.10
81_G	103_N	0.524	0.10
96_K	178_T	0.524	0.10
119_L	138_A	0.524	0.10
301_E	305_L	0.523	0.10
50_E	88_P	0.522	0.10
314_V	317_T	0.521	0.10
264_H	286_S	0.520	0.10
147_R	195_A	0.520	0.10
17_E	196_K	0.520	0.10
74_A	140_K	0.517	0.10
253_V	285_H	0.515	0.10
5_E	88_P	0.515	0.10
48_A	247_G	0.514	0.10
292_G	295_S	0.513	0.10
188_A	192_G	0.511	0.10
268_M	285_H	0.511	0.10
144_E	162_S	0.511	0.10
76_E	103_N	0.511	0.10
204_D	222_T	0.509	0.10
291_A	297_P	0.509	0.10
262_T	266_D	0.509	0.10
94_D	137_S	0.507	0.10
18_Y	87_I	0.506	0.10
17_E	112_E	0.505	0.10
76_E	106_A	0.502	0.10
119_L	165_N	0.501	0.10
175_D	188_A	0.500	0.10
69_K	250_Y	0.500	0.10
176_Y	197_V	0.500	0.10
119_L	237_G	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2k5eA	1	0.1621	72.1	0.979	Contact Map
2fi0A	1	0.1682	55.6	0.981	Contact Map
2ph5A	2	0.4526	41.1	0.983	Contact Map
3ngjA	4	0.5688	38.8	0.983	Contact Map
2k53A	1	0.1682	36.9	0.983	Contact Map
4i6vA	3	0.1713	28.2	0.984	Contact Map
3lapA	6	0.4404	25	0.985	Contact Map
3v4gA	5	0.3976	18.8	0.985	Contact Map
2ljuA	1	0.1713	17.9	0.986	Contact Map
4ioyX	1	0.1193	17.2	0.986	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0096 seconds.