DUF3556 - PFAM28P - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

DUF3556 - Transmembrane protein of unknown function (DUF3556)

PFAM:	PF12077	Sequences: MGFLKPDLPPVDPAEWLKKPRAERIRPLARHWAEQGFGTPVAVYLFYVVKILLYVLGGWLFASLTPGLGGFGDVGSWWTEPIVFQKAVLWTMLFEVLGLGCGSGPLTGRFKPPIGGILYWLRPGTIRLPPWPGRVPLTGGDRRTPLDVALYAALLASLVVALVSPGVGPAPLPGTTVGLLPPWLLVPILVLLALLGLRDKTIFLAARGEHYGPALVVFLFPPFVDMIVAAKLVILAIWWGAATSKLNHHFPFVVSVMMSNSPLLRSKWLKRRLYRDFPDDLRPSRLARLMAHVGGTAVEFLVPLVLLFSTGGWLTTIAAVVMVLFHLFILSTFPMGVPLEWNVFMIFGAFFLFGGHPGVGLSDLSSPLLLALLAAALVGLPVLGNLRPDKVSFLPSMRYYAGNWATSVWLFRPGAEEKLDRGLVKSAPNQVDQLERFYGPETAEILLQKGLAFRSMHSHGRALFSLLPRAVDDIDDYTVREGEFVAGTVLGWNFGDGHLHNEQLLAAVQERCGFEPGELRVVWLESQPIHRQTQHYRIVDAATGVIERGYVRVADMVARQPWLPDGPIPVHVT	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_10
Length:	573 (570)
Sequences:	684 (410)
Seq/√Len:	17.2
META:	0.692

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
276_D	279_D	6.857	1.00
141_D	510_E	6.527	1.00
121_L	152_A	5.175	1.00
516_P	542_A	5.154	1.00
97_L	117_I	4.998	1.00
502_E	537_R	4.665	1.00
508_V	519_L	4.433	1.00
235_L	307_L	4.292	1.00
309_S	315_T	4.196	1.00
559_R	565_D	3.969	1.00
545_V	548_R	3.893	1.00
138_T	198_R	3.877	1.00
115_G	119_Y	3.748	1.00
439_G	442_T	3.688	1.00
489_V	508_V	3.336	0.99
319_A	354_G	3.314	0.99
473_D	476_D	3.213	0.99
535_H	548_R	3.183	0.99
539_V	545_V	3.160	0.99
26_R	30_R	3.062	0.99
201_T	499_L	3.022	0.99
528_P	531_R	3.012	0.99
54_Y	91_T	2.984	0.99
248_H	557_V	2.869	0.98
259_S	274_Y	2.813	0.98
135_V	138_T	2.698	0.97
418_K	518_E	2.668	0.97
242_A	300_F	2.656	0.97
96_V	202_I	2.604	0.97
462_A	551_V	2.599	0.97
60_L	64_L	2.568	0.96
57_G	61_F	2.544	0.96
416_E	480_R	2.532	0.96
234_I	348_G	2.460	0.95
96_V	154_L	2.453	0.95
157_S	191_L	2.442	0.95
516_P	543_T	2.335	0.94
315_T	319_A	2.316	0.93
536_Y	547_E	2.273	0.93
302_V	321_V	2.236	0.92
258_M	332_T	2.227	0.92
15_E	18_K	2.211	0.92
323_V	346_I	2.197	0.91
315_T	357_P	2.193	0.91
527_Q	532_Q	2.181	0.91
127_R	198_R	2.154	0.91
129_P	134_R	2.115	0.90
524_L	551_V	2.106	0.90
119_Y	426_S	2.100	0.89
33_A	281_L	2.100	0.89
186_V	190_V	2.100	0.89
243_T	300_F	2.085	0.89
130_P	197_L	2.065	0.89
192_L	206_A	2.055	0.88
158_L	188_I	2.053	0.88
387_R	390_K	2.037	0.88
383_L	387_R	2.032	0.88
103_S	114_I	2.023	0.88
486_A	490_L	1.986	0.87
185_L	215_L	1.984	0.87
82_I	166_G	1.948	0.85
124_G	137_L	1.941	0.85
92_M	158_L	1.940	0.85
189_L	212_G	1.937	0.85
243_T	529_I	1.931	0.85
552_R	555_D	1.930	0.85
89_L	158_L	1.928	0.85
96_V	206_A	1.918	0.85
160_V	187_P	1.905	0.84
15_E	19_K	1.878	0.83
242_A	325_F	1.858	0.83
154_L	188_I	1.852	0.82
214_A	233_V	1.845	0.82
201_T	490_L	1.817	0.81
514_F	518_E	1.813	0.81
505_L	523_W	1.803	0.81
268_W	272_R	1.794	0.80
239_W	300_F	1.781	0.80
19_K	27_P	1.765	0.79
406_T	524_L	1.760	0.79
345_M	348_G	1.747	0.78
462_A	466_L	1.734	0.78
234_I	345_M	1.732	0.78
57_G	60_L	1.730	0.78
89_L	161_A	1.726	0.78
382_V	391_V	1.713	0.77
160_V	164_S	1.712	0.77
323_V	350_F	1.688	0.76
31_H	35_Q	1.676	0.75
420_D	425_K	1.669	0.75
51_I	339_L	1.664	0.75
311_G	357_P	1.652	0.74
214_A	234_I	1.627	0.73
380_L	391_V	1.621	0.73
534_Q	556_M	1.616	0.73
91_T	270_K	1.611	0.72
130_P	198_R	1.600	0.72
94_F	101_C	1.597	0.72
56_L	71_F	1.592	0.71
527_Q	530_H	1.580	0.71
469_R	547_E	1.575	0.71
127_R	138_T	1.567	0.70
168_G	173_P	1.560	0.70
89_L	180_L	1.540	0.69
317_I	320_V	1.534	0.69
328_F	524_L	1.524	0.68
73_D	76_S	1.512	0.67
225_D	231_K	1.506	0.67
113_P	118_L	1.484	0.66
82_I	85_Q	1.482	0.66
94_F	100_G	1.467	0.65
247_N	251_P	1.458	0.64
309_S	427_A	1.458	0.64
124_G	148_V	1.454	0.64
146_L	347_F	1.453	0.64
84_F	230_A	1.442	0.64
89_L	142_R	1.439	0.63
131_W	138_T	1.439	0.63
313_W	317_I	1.438	0.63
556_M	568_I	1.432	0.63
195_L	202_I	1.429	0.63
58_G	62_A	1.427	0.63
142_R	424_V	1.426	0.63
321_V	325_F	1.425	0.63
145_P	149_A	1.422	0.62
538_I	546_I	1.422	0.62
328_F	332_T	1.414	0.62
131_W	395_P	1.409	0.62
51_I	343_V	1.398	0.61
25_I	39_T	1.396	0.61
4_L	8_L	1.394	0.61
59_W	71_F	1.394	0.61
111_K	437_F	1.387	0.60
457_H	487_G	1.385	0.60
240_G	382_V	1.384	0.60
311_G	481_E	1.381	0.60
56_L	59_W	1.381	0.60
193_A	212_G	1.379	0.60
289_L	515_E	1.377	0.60
466_L	469_R	1.375	0.60
485_V	519_L	1.372	0.60
204_L	394_L	1.368	0.59
168_G	172_L	1.363	0.59
191_L	215_L	1.358	0.59
305_V	309_S	1.351	0.58
135_V	198_R	1.343	0.58
496_D	516_P	1.343	0.58
528_P	535_H	1.338	0.58
304_L	308_F	1.334	0.57
407_S	519_L	1.333	0.57
214_A	230_A	1.329	0.57
52_L	55_V	1.298	0.55
124_G	424_V	1.296	0.55
129_P	139_G	1.293	0.55
312_G	481_E	1.291	0.55
51_I	56_L	1.287	0.55
124_G	142_R	1.286	0.55
102_G	107_T	1.281	0.54
45_L	48_V	1.273	0.54
200_K	351_F	1.268	0.53
446_L	449_K	1.262	0.53
528_P	533_T	1.257	0.53
5_K	272_R	1.254	0.53
470_A	522_V	1.251	0.52
85_Q	218_F	1.251	0.52
423_L	489_V	1.240	0.52
65_T	82_I	1.239	0.52
237_I	302_V	1.234	0.51
258_M	273_L	1.232	0.51
129_P	503_Q	1.230	0.51
305_V	452_A	1.229	0.51
55_V	343_V	1.226	0.51
11_V	29_A	1.214	0.50
533_T	550_Y	1.213	0.50
34_E	271_R	1.208	0.50
84_F	87_A	1.207	0.50
126_I	511_R	1.206	0.50
326_H	397_M	1.197	0.49
503_Q	506_A	1.190	0.49
24_R	357_P	1.189	0.49
129_P	132_P	1.185	0.48
423_L	508_V	1.185	0.48
537_R	545_V	1.181	0.48
287_A	290_M	1.179	0.48
417_E	421_R	1.178	0.48
540_D	544_G	1.175	0.48
470_A	538_I	1.173	0.48
149_A	276_D	1.170	0.48
156_A	160_V	1.170	0.48
171_P	174_G	1.170	0.48
168_G	177_V	1.166	0.47
379_G	383_L	1.166	0.47
523_W	537_R	1.165	0.47
450_G	481_E	1.159	0.47
254_V	295_G	1.156	0.47
37_F	91_T	1.154	0.47
495_G	498_H	1.152	0.47
43_V	46_F	1.151	0.46
411_F	485_V	1.149	0.46
67_G	82_I	1.148	0.46
61_F	162_L	1.146	0.46
313_W	383_L	1.143	0.46
383_L	390_K	1.137	0.46
157_S	187_P	1.136	0.46
115_G	118_L	1.133	0.45
311_G	315_T	1.131	0.45
298_V	325_F	1.130	0.45
472_D	476_D	1.128	0.45
235_L	239_W	1.120	0.45
213_P	377_L	1.119	0.45
58_G	61_F	1.118	0.44
463_L	524_L	1.116	0.44
407_S	523_W	1.113	0.44
316_T	354_G	1.112	0.44
259_S	438_Y	1.109	0.44
19_K	23_E	1.105	0.44
118_L	466_L	1.102	0.44
140_G	198_R	1.100	0.43
68_L	106_L	1.100	0.43
54_Y	344_F	1.095	0.43
225_D	358_G	1.092	0.43
54_Y	337_V	1.091	0.43
297_A	321_V	1.082	0.42
502_E	506_A	1.079	0.42
107_T	407_S	1.077	0.42
101_C	213_P	1.075	0.42
34_E	277_F	1.075	0.42
308_F	363_D	1.075	0.42
535_H	550_Y	1.073	0.42
228_V	366_S	1.072	0.42
295_G	328_F	1.069	0.42
30_R	281_L	1.067	0.41
134_R	423_L	1.066	0.41
522_V	538_I	1.065	0.41
140_G	144_T	1.060	0.41
467_L	479_V	1.055	0.41
551_V	556_M	1.055	0.41
544_G	549_G	1.054	0.41
524_L	534_Q	1.053	0.41
119_Y	425_K	1.046	0.40
129_P	477_Y	1.046	0.40
370_L	417_E	1.045	0.40
69_G	74_V	1.039	0.40
487_G	493_N	1.038	0.40
412_R	472_D	1.038	0.40
8_L	14_A	1.037	0.40
89_L	215_L	1.036	0.40
138_T	197_L	1.033	0.40
210_H	345_M	1.030	0.39
531_R	535_H	1.029	0.39
209_E	403_N	1.028	0.39
456_M	472_D	1.027	0.39
206_A	291_A	1.024	0.39
254_V	261_S	1.021	0.39
111_K	436_R	1.019	0.39
21_R	25_I	1.017	0.39
519_L	538_I	1.016	0.39
6_P	438_Y	1.015	0.38
66_P	69_G	1.015	0.38
56_L	60_L	1.012	0.38
431_V	444_E	1.009	0.38
187_P	190_V	1.006	0.38
515_E	518_E	1.005	0.38
339_L	372_L	1.003	0.38
273_L	451_L	1.001	0.38
407_S	486_A	1.001	0.38
354_G	357_P	1.000	0.38
145_P	190_V	0.998	0.38
296_T	325_F	0.995	0.37
87_A	110_F	0.994	0.37
411_F	546_I	0.994	0.37
69_G	78_W	0.989	0.37
469_R	570_V	0.989	0.37
173_P	176_T	0.988	0.37
172_L	175_T	0.988	0.37
51_I	65_T	0.987	0.37
170_A	173_P	0.982	0.37
289_L	546_I	0.982	0.37
466_L	470_A	0.981	0.37
336_G	487_G	0.981	0.37
319_A	349_A	0.976	0.36
157_S	194_L	0.973	0.36
386_L	529_I	0.973	0.36
419_L	566_G	0.971	0.36
224_V	229_A	0.969	0.36
81_P	227_I	0.964	0.36
455_S	479_V	0.962	0.36
306_L	318_A	0.962	0.36
482_G	491_G	0.961	0.35
47_Y	50_K	0.949	0.35
127_R	139_G	0.949	0.35
198_R	479_V	0.949	0.35
457_H	461_R	0.948	0.35
159_V	163_V	0.947	0.35
190_V	193_A	0.947	0.35
88_V	233_V	0.943	0.34
397_M	401_A	0.943	0.34
118_L	122_R	0.943	0.34
457_H	493_N	0.942	0.34
74_V	78_W	0.939	0.34
110_F	434_L	0.938	0.34
14_A	26_R	0.937	0.34
249_H	253_V	0.937	0.34
373_L	377_L	0.935	0.34
387_R	391_V	0.932	0.34
92_M	192_L	0.932	0.34
371_A	513_G	0.932	0.34
449_K	456_M	0.931	0.34
37_F	54_Y	0.929	0.34
148_V	152_A	0.927	0.34
173_P	177_V	0.925	0.34
101_C	336_G	0.923	0.33
111_K	227_I	0.921	0.33
43_V	48_V	0.919	0.33
456_M	467_L	0.917	0.33
306_L	315_T	0.916	0.33
170_A	175_T	0.910	0.33
204_L	392_S	0.909	0.33
257_M	295_G	0.906	0.32
489_V	519_L	0.903	0.32
323_V	327_L	0.902	0.32
454_R	460_G	0.902	0.32
59_W	72_G	0.901	0.32
9_P	149_A	0.901	0.32
189_L	216_V	0.899	0.32
119_Y	344_F	0.899	0.32
209_E	244_S	0.897	0.32
202_I	208_G	0.897	0.32
89_L	135_V	0.897	0.32
523_W	539_V	0.895	0.32
63_S	69_G	0.894	0.32
92_M	379_G	0.894	0.32
183_W	187_P	0.894	0.32
350_F	382_V	0.894	0.32
59_W	62_A	0.892	0.32
257_M	260_N	0.892	0.32
210_H	380_L	0.891	0.32
168_G	175_T	0.889	0.32
293_V	297_A	0.889	0.32
118_L	123_P	0.889	0.32
107_T	116_G	0.885	0.31
438_Y	536_Y	0.883	0.31
377_L	381_P	0.882	0.31
121_L	246_L	0.879	0.31
467_L	481_E	0.879	0.31
420_D	432_D	0.875	0.31
110_F	370_L	0.874	0.31
405_A	501_N	0.872	0.31
540_D	549_G	0.868	0.31
482_G	492_W	0.861	0.30
85_Q	226_M	0.860	0.30
202_I	490_L	0.857	0.30
305_V	314_L	0.857	0.30
518_E	524_L	0.857	0.30
32_W	259_S	0.850	0.30
192_L	208_G	0.850	0.30
300_F	420_D	0.849	0.30
94_F	102_G	0.849	0.30
227_I	361_L	0.844	0.29
124_G	490_L	0.842	0.29
231_K	261_S	0.841	0.29
202_I	499_L	0.841	0.29
414_G	417_E	0.840	0.29
74_V	80_E	0.839	0.29
286_L	290_M	0.839	0.29
305_V	467_L	0.838	0.29
96_V	155_L	0.836	0.29
182_P	187_P	0.836	0.29
154_L	202_I	0.835	0.29
63_S	71_F	0.834	0.29
496_D	503_Q	0.833	0.29
410_L	471_V	0.833	0.29
261_S	335_M	0.832	0.29
109_R	121_L	0.832	0.29
103_S	381_P	0.831	0.29
381_P	410_L	0.831	0.29
220_F	369_L	0.828	0.29
165_P	339_L	0.824	0.28
6_P	449_K	0.823	0.28
396_S	526_S	0.822	0.28
405_A	525_E	0.820	0.28
15_E	27_P	0.819	0.28
118_L	209_E	0.816	0.28
169_P	175_T	0.814	0.28
311_G	314_L	0.813	0.28
492_W	499_L	0.813	0.28
319_A	357_P	0.813	0.28
89_L	188_I	0.810	0.28
179_L	293_V	0.809	0.28
93_L	159_V	0.809	0.28
186_V	224_V	0.809	0.28
455_S	464_F	0.808	0.28
542_A	548_R	0.807	0.28
227_I	427_A	0.806	0.27
55_V	73_D	0.804	0.27
429_N	432_D	0.804	0.27
413_P	476_D	0.802	0.27
129_P	425_K	0.800	0.27
501_N	535_H	0.799	0.27
249_H	338_P	0.798	0.27
216_V	255_S	0.798	0.27
29_A	33_A	0.798	0.27
505_L	541_A	0.797	0.27
53_L	90_W	0.796	0.27
150_L	373_L	0.795	0.27
168_G	176_T	0.795	0.27
201_T	206_A	0.793	0.27
418_K	515_E	0.792	0.27
387_R	516_P	0.792	0.27
8_L	449_K	0.791	0.27
348_G	366_S	0.789	0.27
38_G	55_V	0.789	0.27
482_G	519_L	0.788	0.27
453_F	459_H	0.787	0.27
95_E	100_G	0.786	0.27
282_R	369_L	0.784	0.26
137_L	317_I	0.781	0.26
55_V	62_A	0.780	0.26
7_D	31_H	0.778	0.26
146_L	159_V	0.777	0.26
509_Q	514_F	0.776	0.26
419_L	508_V	0.776	0.26
214_A	237_I	0.775	0.26
130_P	138_T	0.775	0.26
243_T	527_Q	0.773	0.26
310_T	316_T	0.771	0.26
302_V	322_M	0.771	0.26
144_T	287_A	0.771	0.26
249_H	322_M	0.771	0.26
90_W	278_P	0.767	0.26
217_V	277_F	0.765	0.26
508_V	545_V	0.764	0.25
330_L	346_I	0.764	0.25
257_M	329_I	0.763	0.25
36_G	54_Y	0.761	0.25
211_Y	338_P	0.761	0.25
273_L	346_I	0.761	0.25
407_S	482_G	0.761	0.25
259_S	337_V	0.758	0.25
466_L	530_H	0.757	0.25
154_L	205_A	0.756	0.25
89_L	96_V	0.756	0.25
101_C	499_L	0.755	0.25
25_I	455_S	0.754	0.25
38_G	54_Y	0.754	0.25
22_A	26_R	0.752	0.25
168_G	171_P	0.751	0.25
310_T	357_P	0.750	0.25
126_I	489_V	0.749	0.25
351_F	356_H	0.746	0.25
553_V	557_V	0.744	0.25
26_R	161_A	0.744	0.25
317_I	321_V	0.743	0.25
153_A	191_L	0.743	0.25
141_D	511_R	0.743	0.25
333_F	396_S	0.742	0.25
169_P	172_L	0.742	0.25
61_F	139_G	0.740	0.24
54_Y	343_V	0.739	0.24
163_V	216_V	0.739	0.24
102_G	336_G	0.738	0.24
466_L	536_Y	0.736	0.24
505_L	548_R	0.736	0.24
123_P	504_L	0.735	0.24
11_V	28_L	0.735	0.24
64_L	163_V	0.734	0.24
139_G	423_L	0.734	0.24
129_P	145_P	0.734	0.24
440_P	445_I	0.733	0.24
531_R	550_Y	0.733	0.24
159_V	378_V	0.732	0.24
181_P	184_L	0.732	0.24
166_G	193_A	0.731	0.24
548_R	560_Q	0.731	0.24
128_L	507_A	0.728	0.24
100_G	524_L	0.728	0.24
4_L	68_L	0.728	0.24
508_V	512_C	0.728	0.24
114_I	119_Y	0.726	0.24
243_T	437_F	0.725	0.24
4_L	18_K	0.725	0.24
139_G	159_V	0.720	0.24
152_A	183_W	0.720	0.24
261_S	332_T	0.719	0.23
48_V	55_V	0.718	0.23
387_R	435_E	0.717	0.23
442_T	446_L	0.717	0.23
74_V	79_T	0.717	0.23
457_H	525_E	0.715	0.23
467_L	489_V	0.714	0.23
165_P	514_F	0.714	0.23
45_L	71_F	0.713	0.23
486_A	523_W	0.712	0.23
61_F	64_L	0.709	0.23
180_L	379_G	0.709	0.23
51_I	57_G	0.707	0.23
549_G	561_P	0.706	0.23
6_P	54_Y	0.706	0.23
565_D	568_I	0.704	0.23
144_T	148_V	0.703	0.23
175_T	223_F	0.703	0.23
127_R	479_V	0.703	0.23
114_I	426_S	0.703	0.23
337_V	438_Y	0.702	0.23
186_V	289_L	0.702	0.23
109_R	119_Y	0.701	0.23
438_Y	446_L	0.699	0.23
4_L	159_V	0.699	0.23
49_V	155_L	0.699	0.23
108_G	450_G	0.698	0.23
415_A	418_K	0.698	0.23
505_L	539_V	0.697	0.23
7_D	146_L	0.697	0.23
546_I	558_A	0.696	0.23
228_V	348_G	0.696	0.23
286_L	289_L	0.695	0.22
167_V	290_M	0.695	0.22
320_V	522_V	0.695	0.22
423_L	511_R	0.694	0.22
316_T	361_L	0.693	0.22
154_L	195_L	0.690	0.22
193_A	243_T	0.690	0.22
221_P	373_L	0.690	0.22
102_G	211_Y	0.688	0.22
493_N	498_H	0.688	0.22
320_V	324_L	0.687	0.22
261_S	311_G	0.686	0.22
1_M	9_P	0.686	0.22
216_V	220_F	0.684	0.22
150_L	195_L	0.683	0.22
90_W	381_P	0.682	0.22
1_M	5_K	0.682	0.22
232_L	377_L	0.681	0.22
306_L	311_G	0.681	0.22
56_L	80_E	0.680	0.22
102_G	251_P	0.680	0.22
29_A	281_L	0.679	0.22
239_W	327_L	0.679	0.22
256_V	487_G	0.679	0.22
416_E	431_V	0.677	0.22
237_I	345_M	0.673	0.22
322_M	337_V	0.672	0.22
247_N	364_L	0.672	0.22
386_L	397_M	0.671	0.21
531_R	536_Y	0.668	0.21
51_I	61_F	0.667	0.21
259_S	277_F	0.666	0.21
127_R	130_P	0.664	0.21
110_F	449_K	0.660	0.21
407_S	505_L	0.660	0.21
309_S	312_G	0.659	0.21
434_L	442_T	0.659	0.21
343_V	439_G	0.659	0.21
307_L	526_S	0.658	0.21
456_M	471_V	0.658	0.21
460_G	483_E	0.655	0.21
551_V	559_R	0.655	0.21
295_G	457_H	0.654	0.21
230_A	348_G	0.654	0.21
109_R	251_P	0.651	0.21
372_L	376_A	0.651	0.21
368_L	427_A	0.651	0.21
423_L	513_G	0.648	0.21
16_W	36_G	0.648	0.21
108_G	300_F	0.647	0.21
43_V	437_F	0.647	0.21
114_I	149_A	0.647	0.21
48_V	106_L	0.647	0.21
186_V	243_T	0.646	0.20
491_G	495_G	0.646	0.20
44_Y	107_T	0.646	0.20
382_V	529_I	0.645	0.20
335_M	459_H	0.644	0.20
161_A	188_I	0.644	0.20
44_Y	74_V	0.643	0.20
62_A	83_V	0.643	0.20
28_L	258_M	0.642	0.20
258_M	290_M	0.639	0.20
32_W	47_Y	0.639	0.20
358_G	365_S	0.639	0.20
319_A	505_L	0.638	0.20
274_Y	519_L	0.636	0.20
290_M	362_S	0.636	0.20
91_T	337_V	0.635	0.20
14_A	25_I	0.635	0.20
285_R	293_V	0.634	0.20
305_V	318_A	0.634	0.20
274_Y	407_S	0.633	0.20
396_S	525_E	0.631	0.20
127_R	197_L	0.630	0.20
69_G	103_S	0.630	0.20
337_V	500_H	0.627	0.20
140_G	197_L	0.627	0.20
206_A	336_G	0.627	0.20
74_V	382_V	0.625	0.20
84_F	345_M	0.625	0.20
373_L	378_V	0.624	0.20
470_A	570_V	0.624	0.20
309_S	318_A	0.624	0.20
275_R	530_H	0.624	0.20
21_R	464_F	0.623	0.20
138_T	240_G	0.622	0.20
57_G	263_L	0.622	0.20
523_W	526_S	0.622	0.20
219_L	370_L	0.621	0.20
158_L	305_V	0.621	0.20
208_G	212_G	0.620	0.19
325_F	397_M	0.619	0.19
257_M	393_F	0.619	0.19
492_W	503_Q	0.618	0.19
466_L	482_G	0.617	0.19
492_W	495_G	0.617	0.19
121_L	156_A	0.616	0.19
325_F	385_N	0.616	0.19
285_R	386_L	0.616	0.19
55_V	452_A	0.616	0.19
301_L	417_E	0.616	0.19
10_P	13_P	0.616	0.19
25_I	45_L	0.615	0.19
446_L	450_G	0.614	0.19
211_Y	249_H	0.613	0.19
259_S	386_L	0.612	0.19
472_D	477_Y	0.611	0.19
307_L	361_L	0.611	0.19
269_L	273_L	0.611	0.19
249_H	500_H	0.610	0.19
131_W	198_R	0.610	0.19
534_Q	553_V	0.610	0.19
169_P	173_P	0.608	0.19
32_W	39_T	0.608	0.19
395_P	414_G	0.608	0.19
165_P	187_P	0.607	0.19
298_V	537_R	0.607	0.19
316_T	319_A	0.606	0.19
159_V	513_G	0.605	0.19
532_Q	552_R	0.605	0.19
396_S	405_A	0.605	0.19
263_L	268_W	0.604	0.19
471_V	475_D	0.604	0.19
134_R	276_D	0.604	0.19
556_M	559_R	0.604	0.19
243_T	246_L	0.603	0.19
178_G	218_F	0.603	0.19
11_V	31_H	0.603	0.19
408_V	479_V	0.602	0.19
492_W	498_H	0.602	0.19
242_A	254_V	0.602	0.19
153_A	420_D	0.601	0.19
132_P	477_Y	0.601	0.19
418_K	477_Y	0.601	0.19
328_F	459_H	0.600	0.19
43_V	188_I	0.600	0.19
289_L	313_W	0.599	0.19
162_L	403_N	0.597	0.19
142_R	311_G	0.597	0.19
46_F	111_K	0.595	0.19
6_P	15_E	0.595	0.19
194_L	291_A	0.594	0.19
298_V	302_V	0.594	0.19
532_Q	547_E	0.593	0.18
269_L	272_R	0.592	0.18
190_V	463_L	0.592	0.18
102_G	109_R	0.590	0.18
466_L	570_V	0.589	0.18
210_H	228_V	0.589	0.18
149_A	554_A	0.589	0.18
54_Y	259_S	0.588	0.18
88_V	218_F	0.588	0.18
57_G	423_L	0.587	0.18
74_V	314_L	0.586	0.18
13_P	17_L	0.585	0.18
11_V	16_W	0.585	0.18
290_M	511_R	0.585	0.18
58_G	66_P	0.584	0.18
347_F	351_F	0.584	0.18
412_R	515_E	0.584	0.18
65_T	85_Q	0.583	0.18
309_S	358_G	0.582	0.18
127_R	137_L	0.582	0.18
425_K	439_G	0.582	0.18
172_L	177_V	0.582	0.18
23_E	538_I	0.582	0.18
41_V	263_L	0.581	0.18
161_A	264_L	0.581	0.18
101_C	379_G	0.580	0.18
255_S	282_R	0.578	0.18
224_V	366_S	0.578	0.18
144_T	529_I	0.578	0.18
282_R	374_A	0.578	0.18
535_H	545_V	0.577	0.18
484_F	508_V	0.577	0.18
538_I	566_G	0.577	0.18
78_W	81_P	0.577	0.18
370_L	513_G	0.576	0.18
440_P	455_S	0.574	0.18
90_W	411_F	0.573	0.18
3_F	345_M	0.572	0.18
306_L	319_A	0.572	0.18
55_V	572_V	0.571	0.18
29_A	453_F	0.571	0.18
157_S	188_I	0.571	0.18
7_D	35_Q	0.569	0.18
53_L	501_N	0.569	0.18
67_G	85_Q	0.569	0.18
516_P	548_R	0.569	0.18
355_G	391_V	0.569	0.18
440_P	443_A	0.568	0.18
317_I	357_P	0.568	0.18
126_I	377_L	0.567	0.18
24_R	391_V	0.566	0.18
85_Q	166_G	0.565	0.18
80_E	216_V	0.565	0.18
92_M	215_L	0.563	0.17
249_H	403_N	0.561	0.17
207_R	404_W	0.561	0.17
452_A	469_R	0.559	0.17
248_H	251_P	0.558	0.17
267_K	479_V	0.557	0.17
516_P	536_Y	0.557	0.17
229_A	355_G	0.557	0.17
431_V	440_P	0.557	0.17
367_P	371_A	0.556	0.17
87_A	163_V	0.556	0.17
489_V	510_E	0.555	0.17
62_A	347_F	0.555	0.17
156_A	285_R	0.555	0.17
1_M	224_V	0.554	0.17
49_V	358_G	0.554	0.17
189_L	370_L	0.554	0.17
93_L	155_L	0.554	0.17
536_Y	546_I	0.554	0.17
159_V	227_I	0.554	0.17
152_A	286_L	0.553	0.17
454_R	483_E	0.553	0.17
210_H	237_I	0.553	0.17
554_A	557_V	0.551	0.17
75_G	141_D	0.551	0.17
387_R	501_N	0.551	0.17
149_A	367_P	0.551	0.17
524_L	556_M	0.551	0.17
33_A	190_V	0.550	0.17
94_F	213_P	0.550	0.17
263_L	332_T	0.549	0.17
325_F	434_L	0.549	0.17
15_E	56_L	0.549	0.17
555_D	558_A	0.549	0.17
481_E	490_L	0.548	0.17
232_L	378_V	0.547	0.17
115_G	339_L	0.547	0.17
501_N	506_A	0.547	0.17
227_I	308_F	0.547	0.17
243_T	452_A	0.544	0.17
129_P	220_F	0.543	0.17
120_W	123_P	0.542	0.17
122_R	460_G	0.542	0.17
228_V	364_L	0.541	0.17
23_E	79_T	0.541	0.17
522_V	565_D	0.540	0.17
7_D	308_F	0.540	0.17
265_R	453_F	0.540	0.17
174_G	193_A	0.540	0.17
192_L	212_G	0.540	0.17
507_A	534_Q	0.538	0.17
318_A	321_V	0.538	0.17
522_V	539_V	0.538	0.17
201_T	210_H	0.538	0.17
153_A	161_A	0.537	0.17
36_G	106_L	0.537	0.17
248_H	361_L	0.536	0.17
456_M	461_R	0.536	0.17
189_L	301_L	0.536	0.17
110_F	450_G	0.536	0.17
417_E	432_D	0.535	0.16
430_Q	451_L	0.535	0.16
240_G	327_L	0.534	0.16
239_W	242_A	0.533	0.16
512_C	528_P	0.533	0.16
221_P	226_M	0.532	0.16
2_G	9_P	0.531	0.16
559_R	564_P	0.531	0.16
200_K	503_Q	0.531	0.16
486_A	500_H	0.530	0.16
462_A	536_Y	0.530	0.16
201_T	376_A	0.530	0.16
298_V	315_T	0.530	0.16
160_V	184_L	0.529	0.16
201_T	496_D	0.528	0.16
32_W	116_G	0.528	0.16
13_P	446_L	0.527	0.16
43_V	439_G	0.525	0.16
27_P	64_L	0.525	0.16
339_L	383_L	0.525	0.16
315_T	391_V	0.525	0.16
56_L	69_G	0.523	0.16
301_L	347_F	0.523	0.16
293_V	323_V	0.522	0.16
277_F	408_V	0.522	0.16
59_W	74_V	0.522	0.16
10_P	440_P	0.522	0.16
490_L	499_L	0.521	0.16
128_L	205_A	0.520	0.16
97_L	155_L	0.520	0.16
305_V	519_L	0.520	0.16
273_L	371_A	0.520	0.16
351_F	357_P	0.519	0.16
14_A	146_L	0.519	0.16
126_I	141_D	0.518	0.16
435_E	440_P	0.518	0.16
343_V	437_F	0.518	0.16
185_L	412_R	0.517	0.16
255_S	287_A	0.517	0.16
80_E	374_A	0.516	0.16
189_L	314_L	0.516	0.16
476_D	502_E	0.516	0.16
382_V	506_A	0.515	0.16
335_M	453_F	0.515	0.16
494_F	499_L	0.515	0.16
221_P	432_D	0.513	0.16
214_A	345_M	0.512	0.16
212_G	332_T	0.512	0.16
208_G	389_D	0.511	0.16
361_L	413_P	0.511	0.16
415_A	518_E	0.511	0.16
64_L	70_G	0.511	0.16
53_L	56_L	0.511	0.16
425_K	488_T	0.510	0.16
97_L	301_L	0.510	0.16
34_E	501_N	0.510	0.16
6_P	18_K	0.510	0.16
228_V	417_E	0.510	0.16
157_S	160_V	0.509	0.16
379_G	424_V	0.509	0.16
28_L	452_A	0.509	0.16
56_L	254_V	0.508	0.16
259_S	331_S	0.508	0.16
14_A	18_K	0.508	0.16
13_P	242_A	0.508	0.16
108_G	487_G	0.508	0.16
6_P	106_L	0.507	0.16
254_V	324_L	0.506	0.16
381_P	458_S	0.506	0.16
549_G	562_W	0.506	0.16
431_V	443_A	0.506	0.16
261_S	309_S	0.506	0.16
468_P	487_G	0.506	0.16
189_L	395_P	0.505	0.16
381_P	414_G	0.505	0.16
100_G	399_Y	0.505	0.16
533_T	553_V	0.503	0.15
225_D	363_D	0.502	0.15
298_V	321_V	0.502	0.15
3_F	63_S	0.502	0.15
335_M	500_H	0.501	0.15
92_M	267_K	0.500	0.15
107_T	487_G	0.500	0.15

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2igtA	4	0.1169	51.3	0.985	Contact Map
4kgbA	2	0.1745	31.7	0.987	Contact Map
3h7lA	2	0.1117	29.3	0.987	Contact Map
3cdkA	2	0.1763	24.3	0.988	Contact Map
1gvhA	3	0.2775	21.3	0.988	Contact Map
3gzkA	1	0.103	19.1	0.988	Contact Map
3x17B	1	0.1169	18	0.988	Contact Map
3rrlA	2	0.1728	13.7	0.989	Contact Map
4i66A	2	0.2548	10	0.99	Contact Map
2pfzA	1	0.1449	8.4	0.99	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0142 seconds.