G3P - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

G3P - Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

UniProt:	Q9HSS7	Sequences: MIRVGINGYGTIGKRVADAVAAQPDMTVAGVAKTSPNFEATQARKRGFDLYTAVEDRADQFPAAGIETAGPVDDLIADSDVVVDATPSGVGAENRSRYAAHDTPAIYQGGEDASVADVSFNARANFEAAADADHVRVVSCNTTGLSRLLAPLREQYGIEKVRATLVRRGGDPGQTDRGPINDILPDPITIPSHHGPDVNTIFPDLDIDTLGMKVPATLMHMHSINVTLERDPDAADVRDVLAGQSRIMLLDDDLGIDGTGPLKEYAQDMGRPRGDLWENCLWGESVTMDGRDFYCFQAIHQESDVVPENVDAVRAIAGDADAAESIATTNDALGI	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	335 (332)
Sequences:	272 (178)
Seq/√Len:	9.8

HALSA - G3P
SULSO - G3P

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
113_A	117_D	4.666	1.00
148_L	295_C	4.654	1.00
24_P	328_T	4.626	1.00
5_G	79_S	4.307	0.99
5_G	82_V	3.968	0.99
6_I	28_V	3.920	0.98
95_R	99_A	3.284	0.95
4_V	81_V	3.254	0.95
162_R	292_D	3.233	0.95
148_L	241_L	3.113	0.94
75_L	79_S	3.104	0.94
135_V	316_I	3.008	0.92
247_I	281_L	2.982	0.92
29_A	75_L	2.696	0.87
152_L	212_M	2.613	0.86
123_R	244_Q	2.492	0.83
182_D	260_G	2.441	0.81
319_D	324_E	2.433	0.81
149_L	158_I	2.389	0.80
5_G	75_L	2.322	0.78
228_L	293_F	2.294	0.77
181_N	185_P	2.280	0.77
160_K	227_T	2.202	0.74
263_K	267_Q	2.186	0.73
144_G	299_I	2.148	0.72
279_N	297_Q	2.139	0.72
321_D	324_E	2.125	0.71
31_V	262_L	2.034	0.68
18_D	46_R	1.979	0.65
89_G	93_E	1.971	0.65
122_A	325_S	1.918	0.63
81_V	317_A	1.904	0.62
107_Y	134_H	1.894	0.62
159_E	324_E	1.890	0.62
14_K	264_E	1.871	0.61
238_R	286_V	1.843	0.60
50_L	276_L	1.805	0.58
148_L	279_N	1.797	0.58
55_E	73_D	1.778	0.57
22_A	332_A	1.769	0.56
6_I	79_S	1.746	0.55
251_D	283_G	1.740	0.55
194_H	219_M	1.729	0.55
181_N	218_L	1.681	0.52
91_G	177_R	1.657	0.51
28_V	48_F	1.651	0.51
73_D	100_A	1.642	0.51
190_I	213_K	1.609	0.49
185_P	282_W	1.607	0.49
20_V	265_Y	1.596	0.48
159_E	229_E	1.587	0.48
75_L	274_G	1.584	0.48
175_T	261_P	1.552	0.46
323_A	327_A	1.551	0.46
42_Q	236_D	1.545	0.46
14_K	268_D	1.544	0.46
6_I	265_Y	1.539	0.46
145_L	297_Q	1.539	0.46
149_L	232_P	1.518	0.45
29_A	79_S	1.516	0.45
152_L	226_V	1.515	0.45
169_G	179_P	1.506	0.44
239_D	330_N	1.502	0.44
91_G	309_N	1.499	0.44
327_A	331_D	1.489	0.44
82_V	289_D	1.481	0.43
56_D	268_D	1.477	0.43
10_G	13_G	1.470	0.43
134_H	317_A	1.463	0.43
242_A	283_G	1.459	0.42
79_S	103_T	1.433	0.41
279_N	299_I	1.422	0.41
241_L	295_C	1.411	0.40
221_M	298_A	1.379	0.39
156_Y	240_V	1.376	0.39
44_R	67_E	1.370	0.38
184_L	292_D	1.368	0.38
149_L	161_V	1.366	0.38
252_D	284_E	1.354	0.38
164_T	225_N	1.350	0.38
8_G	13_G	1.347	0.37
18_D	48_F	1.346	0.37
119_S	138_V	1.341	0.37
145_L	224_I	1.338	0.37
76_I	103_T	1.335	0.37
28_V	121_N	1.334	0.37
130_A	318_G	1.333	0.37
59_D	71_P	1.322	0.36
61_F	219_M	1.319	0.36
59_D	62_P	1.317	0.36
174_Q	304_D	1.307	0.36
73_D	235_A	1.299	0.35
159_E	227_T	1.299	0.35
120_F	209_T	1.293	0.35
158_I	229_E	1.287	0.35
114_S	317_A	1.280	0.35
26_M	314_R	1.279	0.35
303_S	332_A	1.279	0.35
148_L	224_I	1.267	0.34
253_D	335_I	1.262	0.34
2_I	81_V	1.255	0.34
241_L	281_L	1.252	0.34
131_D	318_G	1.244	0.33
82_V	126_F	1.241	0.33
78_D	242_A	1.238	0.33
279_N	304_D	1.236	0.33
33_K	194_H	1.236	0.33
121_N	146_S	1.231	0.33
268_D	277_W	1.224	0.32
83_V	313_V	1.224	0.32
153_R	330_N	1.206	0.32
55_E	60_Q	1.188	0.31
24_P	262_L	1.171	0.30
23_Q	26_M	1.166	0.30
234_A	286_V	1.162	0.30
104_P	133_D	1.159	0.30
195_G	294_Y	1.136	0.29
113_A	195_G	1.135	0.29
81_V	312_A	1.134	0.29
183_I	214_V	1.133	0.29
50_L	250_L	1.130	0.29
92_A	112_D	1.127	0.29
85_A	295_C	1.125	0.29
181_N	282_W	1.120	0.28
174_Q	206_D	1.111	0.28
56_D	74_D	1.109	0.28
135_V	321_D	1.107	0.28
277_W	294_Y	1.105	0.28
151_P	234_A	1.104	0.28
74_D	233_D	1.095	0.27
41_T	50_L	1.094	0.27
61_F	301_Q	1.092	0.27
149_L	163_A	1.082	0.27
149_L	226_V	1.082	0.27
121_N	124_A	1.078	0.27
117_D	258_G	1.077	0.27
31_V	50_L	1.075	0.27
33_K	219_M	1.066	0.26
158_I	299_I	1.065	0.26
153_R	204_D	1.058	0.26
219_M	301_Q	1.056	0.26
113_A	116_A	1.054	0.26
227_T	291_R	1.052	0.26
212_M	221_M	1.051	0.26
76_I	104_P	1.049	0.26
146_S	150_A	1.048	0.26
50_L	53_A	1.047	0.26
179_P	300_H	1.046	0.26
8_G	12_I	1.043	0.26
27_T	290_G	1.041	0.26
328_T	332_A	1.041	0.26
186_D	284_E	1.040	0.26
189_T	221_M	1.040	0.26
14_K	19_A	1.036	0.25
160_K	292_D	1.034	0.25
58_A	235_A	1.032	0.25
28_V	332_A	1.031	0.25
73_D	90_V	1.030	0.25
59_D	102_D	1.027	0.25
57_R	229_E	1.026	0.25
11_T	219_M	1.021	0.25
319_D	322_A	1.021	0.25
50_L	235_A	1.009	0.24
121_N	150_A	1.003	0.24
166_V	296_F	0.999	0.24
83_V	176_D	0.999	0.24
82_V	204_D	0.997	0.24
314_R	325_S	0.995	0.24
31_V	44_R	0.995	0.24
166_V	210_L	0.993	0.24
4_V	12_I	0.983	0.24
94_N	165_L	0.982	0.24
183_I	297_Q	0.981	0.24
162_R	184_L	0.979	0.23
31_V	47_G	0.973	0.23
267_Q	274_G	0.969	0.23
219_M	298_A	0.967	0.23
297_Q	304_D	0.965	0.23
151_P	174_Q	0.964	0.23
249_L	276_L	0.963	0.23
52_T	170_G	0.960	0.23
2_I	335_I	0.959	0.23
216_A	259_T	0.959	0.23
3_R	183_I	0.957	0.23
163_A	303_S	0.955	0.23
100_A	243_G	0.952	0.23
145_L	149_L	0.948	0.22
119_S	136_R	0.948	0.22
16_V	83_V	0.945	0.22
31_V	130_A	0.943	0.22
216_A	298_A	0.941	0.22
23_Q	332_A	0.939	0.22
310_V	332_A	0.936	0.22
263_K	304_D	0.935	0.22
259_T	298_A	0.935	0.22
181_N	303_S	0.933	0.22
20_V	313_V	0.932	0.22
148_L	226_V	0.929	0.22
68_T	90_V	0.928	0.22
47_G	268_D	0.923	0.22
288_M	299_I	0.923	0.22
279_N	295_C	0.915	0.21
133_D	165_L	0.914	0.21
222_H	325_S	0.912	0.21
216_A	301_Q	0.912	0.21
86_T	175_T	0.908	0.21
102_D	281_L	0.907	0.21
4_V	10_G	0.901	0.21
4_V	13_G	0.901	0.21
95_R	100_A	0.899	0.21
148_L	183_I	0.898	0.21
166_V	262_L	0.894	0.21
174_Q	211_G	0.888	0.21
164_T	185_P	0.887	0.21
55_E	96_S	0.886	0.21
11_T	301_Q	0.883	0.21
172_P	217_T	0.879	0.20
77_A	101_H	0.879	0.20
145_L	298_A	0.878	0.20
76_I	79_S	0.876	0.20
65_G	288_M	0.875	0.20
76_I	230_R	0.871	0.20
46_R	276_L	0.870	0.20
285_S	300_H	0.865	0.20
2_I	20_V	0.862	0.20
322_A	330_N	0.861	0.20
16_V	23_Q	0.860	0.20
178_G	192_S	0.860	0.20
9_Y	17_A	0.857	0.20
236_D	253_D	0.856	0.20
151_P	173_G	0.855	0.20
18_D	21_A	0.854	0.20
3_R	63_A	0.852	0.20
40_A	309_N	0.848	0.19
127_E	241_L	0.844	0.19
194_H	298_A	0.844	0.19
55_E	58_A	0.843	0.19
78_D	95_R	0.842	0.19
77_A	127_E	0.841	0.19
79_S	102_D	0.840	0.19
244_Q	299_I	0.837	0.19
24_P	319_D	0.833	0.19
33_K	61_F	0.828	0.19
122_A	310_V	0.826	0.19
207_I	302_E	0.825	0.19
34_T	79_S	0.825	0.19
96_S	99_A	0.824	0.19
2_I	212_M	0.822	0.19
76_I	82_V	0.819	0.19
38_F	144_G	0.816	0.19
170_G	213_K	0.815	0.19
201_I	235_A	0.810	0.18
37_N	76_I	0.809	0.18
310_V	326_I	0.806	0.18
56_D	96_S	0.800	0.18
96_S	101_H	0.799	0.18
63_A	230_R	0.797	0.18
117_D	281_L	0.797	0.18
151_P	247_I	0.797	0.18
226_V	293_F	0.795	0.18
198_V	207_I	0.794	0.18
42_Q	281_L	0.790	0.18
38_F	299_I	0.788	0.18
21_A	46_R	0.786	0.18
37_N	268_D	0.786	0.18
86_T	120_F	0.786	0.18
179_P	296_F	0.785	0.18
16_V	185_P	0.784	0.18
36_P	301_Q	0.780	0.18
59_D	63_A	0.778	0.18
60_Q	239_D	0.775	0.17
3_R	79_S	0.775	0.17
189_T	237_V	0.774	0.17
179_P	285_S	0.774	0.17
124_A	185_P	0.773	0.17
14_K	39_E	0.771	0.17
132_A	202_F	0.768	0.17
39_E	264_E	0.763	0.17
6_I	45_K	0.761	0.17
170_G	212_M	0.761	0.17
224_I	297_Q	0.758	0.17
106_I	281_L	0.757	0.17
41_T	97_R	0.754	0.17
74_D	235_A	0.752	0.17
27_T	203_P	0.751	0.17
32_A	75_L	0.750	0.17
125_N	161_V	0.744	0.17
194_H	198_V	0.744	0.17
152_L	199_N	0.744	0.17
39_E	198_V	0.742	0.17
139_S	197_D	0.738	0.17
81_V	250_L	0.738	0.17
125_N	275_D	0.737	0.17
127_E	131_D	0.737	0.17
183_I	259_T	0.734	0.16
67_E	95_R	0.734	0.16
183_I	233_D	0.734	0.16
4_V	8_G	0.732	0.16
219_M	259_T	0.727	0.16
262_L	265_Y	0.727	0.16
226_V	281_L	0.724	0.16
108_Q	111_E	0.724	0.16
78_D	239_D	0.720	0.16
99_A	316_I	0.720	0.16
21_A	69_A	0.720	0.16
164_T	183_I	0.717	0.16
234_A	293_F	0.717	0.16
21_A	74_D	0.716	0.16
35_S	79_S	0.715	0.16
123_R	202_F	0.715	0.16
3_R	24_P	0.715	0.16
246_R	278_E	0.714	0.16
120_F	314_R	0.713	0.16
311_D	314_R	0.713	0.16
61_F	194_H	0.712	0.16
77_A	133_D	0.711	0.16
273_R	285_S	0.706	0.16
196_P	325_S	0.705	0.16
74_D	242_A	0.704	0.16
284_E	310_V	0.704	0.16
154_E	243_G	0.702	0.16
23_Q	314_R	0.702	0.16
33_K	301_Q	0.699	0.16
3_R	65_G	0.697	0.16
52_T	63_A	0.697	0.16
251_D	280_C	0.694	0.15
35_S	152_L	0.692	0.15
263_K	274_G	0.690	0.15
156_Y	317_A	0.687	0.15
52_T	323_A	0.685	0.15
22_A	31_V	0.685	0.15
29_A	42_Q	0.683	0.15
57_R	236_D	0.682	0.15
196_P	227_T	0.680	0.15
20_V	262_L	0.680	0.15
161_V	224_I	0.678	0.15
10_G	15_R	0.671	0.15
200_T	281_L	0.671	0.15
121_N	219_M	0.670	0.15
182_D	259_T	0.670	0.15
76_I	234_A	0.669	0.15
148_L	277_W	0.669	0.15
26_M	325_S	0.665	0.15
115_V	215_P	0.664	0.15
72_V	75_L	0.661	0.15
208_D	249_L	0.661	0.15
263_K	300_H	0.661	0.15
75_L	205_L	0.659	0.15
152_L	241_L	0.658	0.15
211_G	216_A	0.658	0.15
41_T	45_K	0.657	0.15
102_D	242_A	0.656	0.15
67_E	233_D	0.655	0.15
88_S	144_G	0.654	0.15
16_V	19_A	0.651	0.14
122_A	196_P	0.649	0.14
239_D	242_A	0.648	0.14
46_R	133_D	0.644	0.14
242_A	251_D	0.644	0.14
113_A	135_V	0.644	0.14
148_L	335_I	0.642	0.14
33_K	300_H	0.639	0.14
235_A	257_D	0.636	0.14
191_P	314_R	0.635	0.14
300_H	306_V	0.635	0.14
85_A	276_L	0.635	0.14
219_M	300_H	0.634	0.14
88_S	260_G	0.633	0.14
170_G	177_R	0.631	0.14
94_N	306_V	0.628	0.14
203_P	279_N	0.626	0.14
49_D	101_H	0.624	0.14
251_D	254_L	0.623	0.14
245_S	267_Q	0.623	0.14
257_D	261_P	0.623	0.14
62_P	66_I	0.622	0.14
58_A	62_P	0.620	0.14
105_A	273_R	0.619	0.14
57_R	183_I	0.618	0.14
256_I	296_F	0.618	0.14
59_D	237_V	0.618	0.14
162_R	208_D	0.616	0.14
53_A	255_G	0.614	0.14
200_T	285_S	0.614	0.14
120_F	126_F	0.608	0.14
33_K	180_I	0.607	0.14
12_I	15_R	0.605	0.13
164_T	327_A	0.604	0.13
81_V	247_I	0.604	0.13
305_V	309_N	0.604	0.13
320_A	324_E	0.602	0.13
250_L	317_A	0.602	0.13
28_V	117_D	0.602	0.13
63_A	261_P	0.601	0.13
71_P	202_F	0.601	0.13
60_Q	114_S	0.600	0.13
252_D	259_T	0.600	0.13
46_R	96_S	0.599	0.13
123_R	164_T	0.599	0.13
62_P	67_E	0.599	0.13
122_A	222_H	0.598	0.13
127_E	152_L	0.596	0.13
271_R	278_E	0.592	0.13
160_K	275_D	0.592	0.13
212_M	296_F	0.592	0.13
16_V	325_S	0.591	0.13
231_D	235_A	0.590	0.13
37_N	173_G	0.590	0.13
83_V	222_H	0.589	0.13
162_R	264_E	0.587	0.13
6_I	47_G	0.586	0.13
85_A	335_I	0.586	0.13
31_V	53_A	0.586	0.13
48_F	124_A	0.585	0.13
2_I	203_P	0.583	0.13
123_R	245_S	0.574	0.13
100_A	134_H	0.571	0.13
74_D	80_D	0.571	0.13
56_D	114_S	0.569	0.13
169_G	180_I	0.565	0.13
76_I	281_L	0.565	0.13
88_S	216_A	0.563	0.13
194_H	309_N	0.563	0.13
310_V	333_L	0.563	0.13
14_K	293_F	0.560	0.13
51_Y	69_A	0.557	0.12
187_P	285_S	0.556	0.12
214_V	262_L	0.555	0.12
179_P	182_D	0.554	0.12
29_A	327_A	0.553	0.12
230_R	243_G	0.552	0.12
65_G	77_A	0.549	0.12
210_L	261_P	0.549	0.12
119_S	325_S	0.548	0.12
71_P	323_A	0.547	0.12
34_T	75_L	0.545	0.12
31_V	144_G	0.544	0.12
206_D	303_S	0.542	0.12
129_A	190_I	0.541	0.12
163_A	297_Q	0.541	0.12
156_Y	258_G	0.541	0.12
32_A	89_G	0.540	0.12
168_R	171_D	0.540	0.12
142_T	193_H	0.540	0.12
166_V	290_G	0.538	0.12
277_W	295_C	0.537	0.12
3_R	332_A	0.532	0.12
37_N	261_P	0.532	0.12
170_G	180_I	0.532	0.12
93_E	97_R	0.530	0.12
73_D	101_H	0.530	0.12
267_Q	302_E	0.530	0.12
152_L	239_D	0.529	0.12
161_V	165_L	0.528	0.12
66_I	332_A	0.528	0.12
144_G	214_V	0.528	0.12
73_D	161_V	0.527	0.12
222_H	314_R	0.527	0.12
8_G	15_R	0.525	0.12
89_G	101_H	0.525	0.12
69_A	324_E	0.525	0.12
260_G	301_Q	0.524	0.12
49_D	83_V	0.522	0.12
73_D	328_T	0.522	0.12
235_A	332_A	0.522	0.12
158_I	334_G	0.521	0.12
47_G	249_L	0.520	0.12
21_A	41_T	0.520	0.12
155_Q	183_I	0.520	0.12
253_D	327_A	0.519	0.12
55_E	64_A	0.519	0.12
233_D	310_V	0.517	0.12
84_D	98_Y	0.515	0.12
151_P	238_R	0.515	0.12
72_V	79_S	0.513	0.12
2_I	319_D	0.513	0.12
92_A	153_R	0.512	0.12
36_P	91_G	0.512	0.12
155_Q	232_P	0.511	0.12
224_I	279_N	0.511	0.12
166_V	212_M	0.510	0.12
149_L	228_L	0.510	0.12
286_V	290_G	0.510	0.12
32_A	76_I	0.509	0.12
3_R	239_D	0.509	0.12
235_A	239_D	0.509	0.12
138_V	209_T	0.509	0.12
11_T	33_K	0.508	0.12
106_I	189_T	0.507	0.12
97_R	131_D	0.506	0.12
38_F	181_N	0.506	0.12
194_H	296_F	0.506	0.12
135_V	213_K	0.506	0.12
323_A	331_D	0.506	0.12
103_T	177_R	0.505	0.11
69_A	291_R	0.504	0.11
231_D	262_L	0.500	0.11
21_A	316_I	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1cf2P	4	0.997	100	0.534	Contact Map
2yyyA	2	1	100	0.543	Contact Map
2czcA	4	0.9881	100	0.555	Contact Map
1b7gO	4	0.997	100	0.559	Contact Map
4dibA	4	0.8657	99.9	0.821	Contact Map
3docA	4	0.8955	99.9	0.821	Contact Map
3idsC	4	0.9134	99.9	0.824	Contact Map
2d2iA	4	0.8985	99.9	0.828	Contact Map
3hjaA	4	0.8687	99.9	0.828	Contact Map
3h9eO	4	0.8896	99.9	0.83	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0106 seconds.