CCA - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

CCA - CCA-adding enzyme

UniProt:	Q9HSP6	Sequences: MTDAAAVIERVRQRVDPTPAERRALAAAASRLTERAEAAIAELPVAADVVQVGSTARGTWVAGDRDIDLFVRFPSDLPREQLETYGTTVGAAVLPDGHEEYAEHPYVTGTFEGYAVDLVPCYDVAAATEIKSAVDRTPFHTTYLQEHLDDGLAADVRLCKQFLKGIGVYGSDLRTQGFSGYLCELLVVEYGGFEAMLAAIEDWQPPVVIDPAAHQQASFDDPLVVVDPTDPERNVAAVVSAANVATVQHHARRFRATPSEDAFTPASPAPLDAAALRSHIDRRDTTPLAVVLDAPDVVADQLYPQLYRSRDGVVRGLREHGFDVVRAAAWADERAVVFVELASAELPAVERHVGPPVSVGTHAERFYETYADDDGVYGPFVDDDGRYVVERDRDVRTAGGFARTELGTVALGARIESRVASGDYDVYVGDAVVEALLPEFESELAAYVDPKA	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	452 (410)
Sequences:	235 (188)
Seq/√Len:	9.3

HALSA - CCA
SULSO - CCA

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
8_I	254_F	6.142	1.00
16_D	154_A	5.899	1.00
182_L	225_V	4.447	0.99
48_D	72_R	3.732	0.97
144_L	188_V	3.513	0.96
182_L	235_V	3.473	0.96
57_R	141_T	3.388	0.95
176_Q	240_S	3.311	0.95
165_G	265_P	3.195	0.94
162_F	193_F	3.019	0.91
19_P	23_R	2.992	0.91
165_G	264_T	2.984	0.91
341_L	398_A	2.972	0.91
352_H	370_Y	2.965	0.91
379_P	389_V	2.919	0.90
243_N	246_T	2.736	0.87
194_E	254_F	2.545	0.82
143_Y	212_A	2.520	0.82
8_I	158_L	2.410	0.79
90_G	107_V	2.378	0.78
242_A	383_D	2.306	0.75
163_L	168_V	2.285	0.75
397_T	400_G	2.247	0.73
200_I	247_V	2.200	0.72
22_R	58_G	2.182	0.71
187_V	196_M	2.176	0.71
190_Y	244_V	2.161	0.70
21_E	86_G	2.149	0.70
8_I	194_E	2.141	0.69
33_T	69_L	2.131	0.69
57_R	144_L	2.119	0.69
166_I	250_H	2.110	0.68
239_V	247_V	2.081	0.67
197_L	251_A	2.065	0.67
395_V	404_T	2.040	0.66
171_S	304_P	2.028	0.65
52_V	304_P	1.988	0.63
104_H	136_R	1.957	0.62
324_V	341_L	1.923	0.61
60_W	205_P	1.901	0.60
18_T	62_A	1.894	0.60
127_A	139_F	1.892	0.59
52_V	303_Y	1.878	0.59
90_G	109_G	1.871	0.59
239_V	244_V	1.855	0.58
74_P	98_H	1.851	0.58
31_R	111_F	1.832	0.57
64_D	164_K	1.805	0.56
196_M	296_D	1.804	0.56
156_V	159_C	1.802	0.56
79_R	103_E	1.792	0.55
324_V	398_A	1.792	0.55
21_E	63_G	1.789	0.55
101_Y	181_Y	1.787	0.55
298_V	305_Q	1.778	0.54
32_L	109_G	1.771	0.54
12_R	16_D	1.760	0.54
224_V	308_R	1.754	0.53
171_S	390_E	1.750	0.53
74_P	302_L	1.747	0.53
134_V	137_T	1.744	0.53
321_G	342_A	1.721	0.52
90_G	121_C	1.716	0.52
159_C	196_M	1.712	0.52
350_E	391_R	1.673	0.50
176_Q	307_Y	1.659	0.49
182_L	295_P	1.659	0.49
57_R	173_L	1.656	0.49
57_R	380_F	1.636	0.48
105_P	136_R	1.633	0.48
11_V	14_R	1.630	0.48
134_V	340_E	1.578	0.46
32_L	229_T	1.569	0.45
244_V	338_F	1.569	0.45
32_L	67_I	1.565	0.45
174_R	185_L	1.551	0.45
195_A	198_A	1.533	0.44
157_R	171_S	1.530	0.44
172_D	192_G	1.513	0.43
118_L	124_V	1.513	0.43
276_L	337_V	1.496	0.42
205_P	358_S	1.488	0.42
116_V	124_V	1.482	0.42
30_S	406_L	1.478	0.41
152_L	192_G	1.438	0.40
288_L	402_A	1.436	0.40
57_R	175_T	1.434	0.39
94_L	109_G	1.431	0.39
149_D	152_L	1.421	0.39
223_L	244_V	1.420	0.39
124_V	139_F	1.408	0.38
194_E	198_A	1.393	0.38
124_V	130_I	1.390	0.38
313_V	402_A	1.386	0.37
200_I	203_W	1.381	0.37
134_V	304_P	1.377	0.37
137_T	203_W	1.372	0.37
142_T	146_E	1.372	0.37
283_R	340_E	1.366	0.37
259_S	381_V	1.364	0.37
86_G	155_D	1.363	0.37
254_F	262_A	1.363	0.37
352_H	389_V	1.360	0.36
303_Y	331_A	1.351	0.36
207_V	244_V	1.350	0.36
31_R	112_E	1.347	0.36
55_T	173_L	1.344	0.36
141_T	380_F	1.335	0.35
226_V	311_D	1.328	0.35
123_D	282_R	1.326	0.35
182_L	236_A	1.324	0.35
380_F	389_V	1.323	0.35
132_S	305_Q	1.319	0.35
18_T	419_V	1.316	0.35
242_A	262_A	1.315	0.35
299_A	303_Y	1.310	0.34
49_V	69_L	1.301	0.34
109_G	303_Y	1.299	0.34
148_L	219_F	1.297	0.34
91_A	107_V	1.287	0.33
197_L	255_R	1.286	0.33
157_R	179_S	1.282	0.33
317_L	398_A	1.276	0.33
82_L	86_G	1.275	0.33
299_A	304_P	1.271	0.33
110_T	142_T	1.269	0.33
99_E	352_H	1.268	0.33
55_T	141_T	1.263	0.33
192_G	196_M	1.262	0.32
381_V	397_T	1.260	0.32
298_V	307_Y	1.254	0.32
210_D	235_V	1.247	0.32
285_T	412_G	1.235	0.31
127_A	219_F	1.220	0.31
193_F	263_F	1.218	0.31
212_A	308_R	1.211	0.31
203_W	393_R	1.208	0.30
89_V	197_L	1.197	0.30
326_R	339_V	1.195	0.30
175_T	402_A	1.190	0.30
12_R	154_A	1.187	0.30
121_C	304_P	1.186	0.30
290_V	324_V	1.183	0.29
16_D	62_A	1.165	0.29
295_P	412_G	1.165	0.29
90_G	305_Q	1.156	0.29
126_A	256_A	1.155	0.28
356_P	389_V	1.151	0.28
61_V	108_T	1.149	0.28
239_V	369_T	1.148	0.28
84_T	88_T	1.141	0.28
198_A	209_I	1.137	0.28
101_Y	134_V	1.134	0.28
116_V	331_A	1.132	0.28
304_P	412_G	1.128	0.28
20_A	80_E	1.127	0.27
102_A	121_C	1.123	0.27
171_S	283_R	1.114	0.27
57_R	130_I	1.114	0.27
155_D	281_D	1.112	0.27
310_R	327_A	1.107	0.27
142_T	334_R	1.104	0.27
91_A	99_E	1.100	0.27
61_V	183_C	1.098	0.26
69_L	187_V	1.096	0.26
117_D	185_L	1.095	0.26
102_A	136_R	1.094	0.26
239_V	308_R	1.094	0.26
109_G	121_C	1.093	0.26
47_A	71_V	1.091	0.26
75_S	139_F	1.084	0.26
173_L	303_Y	1.067	0.25
88_T	187_V	1.066	0.25
223_L	308_R	1.065	0.25
13_Q	257_T	1.056	0.25
58_G	153_A	1.054	0.25
292_L	325_V	1.051	0.25
285_T	340_E	1.041	0.25
314_V	339_V	1.040	0.25
69_L	398_A	1.037	0.24
11_V	62_A	1.030	0.24
210_D	226_V	1.029	0.24
175_T	401_F	1.028	0.24
172_D	238_V	1.028	0.24
223_L	235_V	1.026	0.24
61_V	155_D	1.025	0.24
87_T	305_Q	1.021	0.24
107_V	224_V	1.021	0.24
156_V	369_T	1.020	0.24
21_E	340_E	1.017	0.24
379_P	386_R	1.015	0.24
48_D	123_D	1.014	0.24
144_L	250_H	1.011	0.24
27_A	268_P	1.009	0.24
201_E	363_A	1.006	0.23
220_D	288_L	1.000	0.23
356_P	379_P	0.997	0.23
103_E	165_G	0.997	0.23
109_G	304_P	0.996	0.23
172_D	250_H	0.995	0.23
27_A	290_V	0.994	0.23
187_V	364_E	0.991	0.23
249_H	387_Y	0.989	0.23
47_A	394_D	0.989	0.23
395_V	401_F	0.989	0.23
173_L	304_P	0.988	0.23
36_A	209_I	0.988	0.23
143_Y	311_D	0.988	0.23
56_A	210_D	0.987	0.23
186_L	317_L	0.986	0.23
102_A	105_P	0.984	0.23
7_V	394_D	0.983	0.23
58_G	199_A	0.978	0.23
171_S	243_N	0.971	0.22
104_H	134_V	0.970	0.22
166_I	384_D	0.968	0.22
254_F	318_R	0.968	0.22
304_P	349_V	0.967	0.22
210_D	215_Q	0.965	0.22
196_M	247_V	0.965	0.22
52_V	134_V	0.962	0.22
61_V	157_R	0.961	0.22
38_A	107_V	0.957	0.22
295_P	352_H	0.956	0.22
8_I	62_A	0.953	0.22
114_Y	185_L	0.952	0.22
56_A	121_C	0.948	0.22
298_V	331_A	0.945	0.22
241_A	384_D	0.944	0.22
136_R	230_D	0.941	0.21
164_K	262_A	0.936	0.21
381_V	410_A	0.935	0.21
148_L	156_V	0.929	0.21
51_Q	55_T	0.927	0.21
159_C	164_K	0.927	0.21
190_Y	211_P	0.927	0.21
40_I	44_P	0.926	0.21
239_V	304_P	0.919	0.21
166_I	222_P	0.916	0.21
67_I	94_L	0.915	0.21
354_G	366_F	0.913	0.21
355_P	366_F	0.913	0.21
187_V	361_T	0.910	0.21
322_F	393_R	0.909	0.20
290_V	339_V	0.909	0.20
229_T	262_A	0.906	0.20
259_S	262_A	0.901	0.20
78_P	81_Q	0.900	0.20
104_H	230_D	0.897	0.20
101_Y	213_A	0.896	0.20
103_E	305_Q	0.896	0.20
57_R	138_P	0.893	0.20
13_Q	112_E	0.891	0.20
87_T	99_E	0.890	0.20
71_V	413_A	0.889	0.20
304_P	340_E	0.885	0.20
196_M	255_R	0.884	0.20
8_I	15_V	0.882	0.20
335_A	401_F	0.881	0.20
13_Q	425_D	0.881	0.20
130_I	340_E	0.877	0.20
378_G	386_R	0.876	0.20
76_D	278_S	0.874	0.20
161_Q	264_T	0.872	0.19
152_L	415_I	0.872	0.19
357_V	380_F	0.867	0.19
393_R	398_A	0.866	0.19
62_A	165_G	0.866	0.19
49_V	311_D	0.866	0.19
76_D	217_A	0.866	0.19
168_V	246_T	0.865	0.19
357_V	379_P	0.864	0.19
67_I	109_G	0.860	0.19
206_P	244_V	0.860	0.19
316_G	401_F	0.859	0.19
114_Y	368_E	0.853	0.19
278_S	368_E	0.847	0.19
66_D	135_D	0.845	0.19
280_I	372_D	0.844	0.19
11_V	204_Q	0.844	0.19
111_F	114_Y	0.840	0.19
63_G	237_A	0.839	0.19
286_T	308_R	0.839	0.19
122_Y	337_V	0.834	0.18
174_R	303_Y	0.832	0.18
57_R	370_Y	0.829	0.18
158_L	254_F	0.826	0.18
30_S	315_R	0.825	0.18
90_G	122_Y	0.825	0.18
86_G	113_G	0.824	0.18
237_A	319_E	0.824	0.18
108_T	117_D	0.824	0.18
219_F	224_V	0.823	0.18
91_A	262_A	0.822	0.18
174_R	249_H	0.822	0.18
19_P	198_A	0.820	0.18
182_L	223_L	0.820	0.18
8_I	163_L	0.814	0.18
38_A	168_V	0.813	0.18
99_E	107_V	0.813	0.18
61_V	372_D	0.812	0.18
82_L	117_D	0.812	0.18
241_A	244_V	0.811	0.18
356_P	386_R	0.810	0.18
62_A	324_V	0.810	0.18
155_D	291_V	0.809	0.18
102_A	134_V	0.807	0.18
351_R	382_D	0.807	0.18
143_Y	201_E	0.800	0.18
147_H	168_V	0.800	0.18
42_E	125_A	0.800	0.18
168_V	222_P	0.797	0.17
219_F	305_Q	0.797	0.17
20_A	161_Q	0.797	0.17
404_T	407_G	0.796	0.17
109_G	143_Y	0.795	0.17
64_D	172_D	0.794	0.17
124_V	128_T	0.794	0.17
122_Y	340_E	0.793	0.17
109_G	124_V	0.793	0.17
90_G	148_L	0.792	0.17
105_P	230_D	0.791	0.17
187_V	348_A	0.789	0.17
52_V	57_R	0.788	0.17
239_V	325_V	0.787	0.17
126_A	139_F	0.786	0.17
23_R	146_E	0.785	0.17
166_I	288_L	0.783	0.17
11_V	15_V	0.782	0.17
311_D	315_R	0.781	0.17
256_A	368_E	0.780	0.17
101_Y	104_H	0.778	0.17
67_I	406_L	0.778	0.17
161_Q	255_R	0.778	0.17
386_R	394_D	0.777	0.17
80_E	426_V	0.777	0.17
57_R	172_D	0.776	0.17
229_T	250_H	0.775	0.17
55_T	171_S	0.773	0.17
60_W	252_R	0.773	0.17
52_V	340_E	0.771	0.17
288_L	398_A	0.770	0.17
148_L	181_Y	0.770	0.17
229_T	237_A	0.769	0.17
146_E	415_I	0.767	0.17
90_G	94_L	0.766	0.17
226_V	289_A	0.764	0.17
62_A	123_D	0.763	0.17
100_E	172_D	0.761	0.17
155_D	237_A	0.760	0.17
105_P	134_V	0.758	0.16
64_D	309_S	0.758	0.16
244_V	247_V	0.754	0.16
254_F	276_L	0.754	0.16
66_D	171_S	0.752	0.16
173_L	362_H	0.752	0.16
252_R	388_V	0.747	0.16
60_W	237_A	0.746	0.16
86_G	134_V	0.744	0.16
62_A	365_R	0.743	0.16
84_T	142_T	0.742	0.16
44_P	275_A	0.739	0.16
160_K	169_Y	0.738	0.16
73_F	304_P	0.735	0.16
99_E	137_T	0.735	0.16
87_T	304_P	0.734	0.16
14_R	118_L	0.734	0.16
124_V	173_L	0.731	0.16
304_P	390_E	0.727	0.16
63_G	306_L	0.726	0.16
6_A	364_E	0.722	0.16
399_G	403_R	0.722	0.16
52_V	103_E	0.720	0.16
81_Q	313_V	0.720	0.16
52_V	412_G	0.719	0.16
54_S	68_D	0.719	0.16
53_G	68_D	0.719	0.16
126_A	198_A	0.714	0.15
207_V	311_D	0.713	0.15
43_L	47_A	0.712	0.15
100_E	173_L	0.710	0.15
105_P	141_T	0.710	0.15
147_H	378_G	0.710	0.15
139_F	207_V	0.710	0.15
29_A	33_T	0.708	0.15
101_Y	136_R	0.707	0.15
78_P	229_T	0.706	0.15
31_R	264_T	0.705	0.15
225_V	235_V	0.704	0.15
171_S	303_Y	0.703	0.15
52_V	349_V	0.703	0.15
94_L	384_D	0.701	0.15
210_D	225_V	0.700	0.15
347_P	370_Y	0.700	0.15
33_T	49_V	0.698	0.15
82_L	340_E	0.694	0.15
98_H	172_D	0.692	0.15
11_V	154_A	0.692	0.15
104_H	132_S	0.692	0.15
87_T	117_D	0.692	0.15
201_E	291_V	0.691	0.15
73_F	134_V	0.690	0.15
296_D	325_V	0.689	0.15
256_A	323_D	0.688	0.15
90_G	243_N	0.688	0.15
209_I	406_L	0.688	0.15
18_T	369_T	0.688	0.15
380_F	387_Y	0.686	0.15
159_C	192_G	0.686	0.15
78_P	410_A	0.685	0.15
90_G	303_Y	0.684	0.15
45_V	76_D	0.680	0.15
370_Y	380_F	0.680	0.15
115_A	203_W	0.678	0.15
117_D	130_I	0.676	0.15
15_V	118_L	0.674	0.15
415_I	419_V	0.672	0.15
144_L	357_V	0.671	0.14
312_G	367_Y	0.668	0.14
280_I	306_L	0.668	0.14
144_L	147_H	0.668	0.14
23_R	27_A	0.667	0.14
58_G	61_V	0.665	0.14
69_L	161_Q	0.665	0.14
260_E	315_R	0.663	0.14
268_P	277_R	0.662	0.14
10_R	13_Q	0.662	0.14
132_S	173_L	0.661	0.14
52_V	121_C	0.659	0.14
96_D	139_F	0.659	0.14
292_L	306_L	0.658	0.14
109_G	245_A	0.658	0.14
200_I	251_A	0.658	0.14
93_V	208_V	0.657	0.14
89_V	187_V	0.656	0.14
99_E	389_V	0.655	0.14
370_Y	389_V	0.654	0.14
198_A	313_V	0.654	0.14
217_A	308_R	0.653	0.14
122_Y	163_L	0.653	0.14
171_S	239_V	0.653	0.14
151_G	232_E	0.653	0.14
51_Q	205_P	0.652	0.14
172_D	175_T	0.651	0.14
137_T	325_V	0.651	0.14
92_A	95_P	0.650	0.14
86_G	340_E	0.647	0.14
242_A	299_A	0.646	0.14
226_V	310_R	0.646	0.14
321_G	386_R	0.643	0.14
30_S	85_Y	0.642	0.14
242_A	384_D	0.641	0.14
100_E	380_F	0.640	0.14
104_H	107_V	0.638	0.14
198_A	338_F	0.638	0.14
326_R	337_V	0.637	0.14
40_I	47_A	0.637	0.14
79_R	86_G	0.635	0.14
257_T	403_R	0.633	0.14
124_V	317_L	0.632	0.14
122_Y	229_T	0.632	0.14
280_I	415_I	0.631	0.14
319_E	389_V	0.630	0.14
223_L	312_G	0.630	0.14
204_Q	241_A	0.628	0.14
198_A	297_V	0.627	0.14
34_E	195_A	0.625	0.14
237_A	280_I	0.624	0.13
29_A	139_F	0.623	0.13
143_Y	338_F	0.623	0.13
22_R	311_D	0.621	0.13
223_L	238_V	0.620	0.13
132_S	296_D	0.620	0.13
223_L	247_V	0.618	0.13
21_E	47_A	0.617	0.13
108_T	141_T	0.617	0.13
225_V	311_D	0.616	0.13
128_T	380_F	0.615	0.13
158_L	333_E	0.614	0.13
147_H	188_V	0.614	0.13
55_T	144_L	0.614	0.13
117_D	235_V	0.613	0.13
302_L	305_Q	0.612	0.13
194_E	291_V	0.612	0.13
299_A	305_Q	0.610	0.13
27_A	213_A	0.607	0.13
14_R	260_E	0.604	0.13
290_V	426_V	0.603	0.13
235_V	304_P	0.601	0.13
118_L	123_D	0.601	0.13
341_L	402_A	0.601	0.13
42_E	77_L	0.600	0.13
300_D	326_R	0.600	0.13
117_D	133_A	0.598	0.13
187_V	333_E	0.598	0.13
55_T	94_L	0.596	0.13
102_A	295_P	0.595	0.13
44_P	337_V	0.594	0.13
175_T	185_L	0.593	0.13
192_G	323_D	0.593	0.13
23_R	319_E	0.592	0.13
294_A	335_A	0.592	0.13
108_T	262_A	0.592	0.13
362_H	388_V	0.591	0.13
78_P	100_E	0.590	0.13
166_I	415_I	0.589	0.13
90_G	304_P	0.589	0.13
232_E	384_D	0.589	0.13
69_L	245_A	0.587	0.13
66_D	370_Y	0.586	0.13
89_V	353_V	0.583	0.13
352_H	412_G	0.580	0.13
212_A	307_Y	0.578	0.13
16_D	141_T	0.575	0.13
237_A	294_A	0.572	0.12
242_A	358_S	0.571	0.12
89_V	372_D	0.571	0.12
80_E	256_A	0.570	0.12
275_A	285_T	0.570	0.12
11_V	134_V	0.570	0.12
125_A	255_R	0.567	0.12
67_I	309_S	0.567	0.12
245_A	298_V	0.566	0.12
14_R	264_T	0.566	0.12
156_V	263_F	0.566	0.12
52_V	380_F	0.566	0.12
42_E	237_A	0.566	0.12
131_K	406_L	0.565	0.12
21_E	295_P	0.564	0.12
208_V	394_D	0.564	0.12
12_R	15_V	0.564	0.12
321_G	350_E	0.564	0.12
8_I	204_Q	0.562	0.12
158_L	229_T	0.562	0.12
252_R	318_R	0.561	0.12
242_A	246_T	0.561	0.12
29_A	364_E	0.560	0.12
39_A	411_L	0.560	0.12
117_D	295_P	0.560	0.12
356_P	363_A	0.559	0.12
18_T	256_A	0.559	0.12
28_A	339_V	0.557	0.12
119_V	169_Y	0.556	0.12
119_V	160_K	0.556	0.12
104_H	137_T	0.556	0.12
57_R	174_R	0.556	0.12
19_P	142_T	0.556	0.12
167_G	206_P	0.556	0.12
56_A	235_V	0.553	0.12
318_R	349_V	0.552	0.12
103_E	173_L	0.551	0.12
21_E	102_A	0.551	0.12
11_V	165_G	0.550	0.12
221_D	304_P	0.550	0.12
90_G	132_S	0.550	0.12
57_R	387_Y	0.548	0.12
29_A	329_A	0.548	0.12
73_F	305_Q	0.548	0.12
83_E	132_S	0.548	0.12
93_V	108_T	0.546	0.12
104_H	121_C	0.545	0.12
250_H	338_F	0.542	0.12
82_L	305_Q	0.542	0.12
75_S	138_P	0.540	0.12
104_H	305_Q	0.539	0.12
115_A	159_C	0.539	0.12
63_G	252_R	0.538	0.12
27_A	112_E	0.537	0.12
80_E	308_R	0.537	0.12
112_E	197_L	0.537	0.12
80_E	168_V	0.537	0.12
84_T	89_V	0.535	0.12
352_H	379_P	0.532	0.12
247_V	393_R	0.532	0.12
202_D	290_V	0.532	0.12
104_H	117_D	0.532	0.12
113_G	116_V	0.529	0.12
24_A	213_A	0.529	0.12
294_A	303_Y	0.529	0.12
147_H	337_V	0.528	0.12
101_Y	105_P	0.525	0.12
386_R	389_V	0.525	0.12
103_E	299_A	0.524	0.12
203_W	236_A	0.523	0.12
84_T	195_A	0.523	0.12
143_Y	309_S	0.522	0.12
134_V	235_V	0.522	0.12
225_V	236_A	0.521	0.11
209_I	395_V	0.520	0.11
28_A	55_T	0.520	0.11
79_R	291_V	0.519	0.11
62_A	128_T	0.519	0.11
145_Q	224_V	0.516	0.11
69_L	312_G	0.514	0.11
52_V	305_Q	0.513	0.11
132_S	136_R	0.512	0.11
61_V	426_V	0.511	0.11
60_W	393_R	0.510	0.11
16_D	155_D	0.510	0.11
102_A	116_V	0.509	0.11
25_L	324_V	0.509	0.11
167_G	173_L	0.509	0.11
7_V	13_Q	0.509	0.11
99_E	143_Y	0.507	0.11
144_L	157_R	0.506	0.11
109_G	309_S	0.506	0.11
347_P	363_A	0.506	0.11
8_I	67_I	0.505	0.11
156_V	185_L	0.503	0.11
210_D	214_H	0.502	0.11
199_A	317_L	0.501	0.11
279_H	282_R	0.500	0.11
67_I	124_V	0.500	0.11
148_L	380_F	0.500	0.11
54_S	59_T	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1r89A	2	0.9602	100	0.355	Contact Map
1px5A	1	0.5841	100	0.725	Contact Map
4s3nA	1	0.6062	100	0.726	Contact Map
4xq7A	1	0.573	100	0.727	Contact Map
4at7B	1	0.5951	100	0.729	Contact Map
4at7A	1	0.6305	100	0.779	Contact Map
2hhpA	1	0.8429	100	0.802	Contact Map
1q79A	1	0.8142	100	0.806	Contact Map
4xj5A	1	0.5885	100	0.832	Contact Map
4ud4A	1	0.5509	100	0.836	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0121 seconds.