DHQS - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

DHQS - 3-dehydroquinate synthase

UniProt:	Q9HSB6	Sequences: MTRSVWLKADDEVGDWETRKRRITAGLEAGVDWVLVDRADVARVRELGSVNVAAFSTDDANVIEDAEGTDADPDAYVAGKDGEGDGTVDLPADFSGSADLSALRRGHADTAYVRIRDEEYEPFAQAAAEVADHTIVVGDDWTIIPLENLIARIGEETTLVAGVESAAEAETAFETLDIGADAVLLDSDDPDEIRRTVSVRDAADREHLALSTATITTIEEAGSADRVCVDTGSLLADDEGMLVGSMSRGLFFVHAETAQSPYVAARPFRVNAGAVHAYVRTPDGGTKYLAELGSGDEVQVVDGDGRTRSAVVGRAKIEKRPMFRVEAETDDGDRIETLLQNAETIKVATPNGRTAVTDLSVGDDLHVFLQDGGRHFGEAIDERIIEQ	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	387 (303)
Sequences:	143 (90)
Seq/√Len:	5.1

HALSA - DHQS

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
168_E	229_V	4.461	0.95
325_V	339_L	4.272	0.93
326_E	380_I	3.454	0.82
120_Y	162_G	3.299	0.79
163_V	172_A	3.252	0.78
171_T	180_A	3.211	0.77
302_D	306_R	3.210	0.77
215_I	365_L	3.198	0.77
215_I	307_T	3.146	0.75
213_A	367_V	2.615	0.60
293_G	387_Q	2.552	0.58
303_G	325_V	2.381	0.53
159_L	206_E	2.349	0.52
249_G	262_Y	2.168	0.46
175_T	296_D	2.157	0.46
319_K	383_R	2.139	0.45
87_T	325_V	2.126	0.45
142_T	381_D	2.116	0.44
115_I	183_V	2.061	0.42
360_S	387_Q	2.054	0.42
270_V	289_L	2.043	0.42
168_E	243_V	2.027	0.41
299_Q	323_F	2.022	0.41
128_A	192_E	2.015	0.41
142_T	347_V	1.942	0.39
217_T	326_E	1.922	0.38
343_E	376_F	1.827	0.35
342_A	376_F	1.827	0.35
344_T	376_F	1.827	0.35
141_W	344_T	1.803	0.34
141_W	343_E	1.803	0.34
141_W	342_A	1.803	0.34
121_E	138_G	1.785	0.34
151_A	301_V	1.763	0.33
251_F	347_V	1.762	0.33
187_S	372_G	1.762	0.33
83_E	99_D	1.738	0.33
310_A	380_I	1.690	0.31
258_A	274_A	1.681	0.31
114_R	136_V	1.672	0.31
214_T	284_G	1.656	0.30
216_T	334_R	1.636	0.30
365_L	368_F	1.631	0.30
195_R	218_I	1.587	0.28
92_A	368_F	1.585	0.28
218_I	283_D	1.577	0.28
262_Y	335_I	1.577	0.28
263_V	342_A	1.572	0.28
263_V	344_T	1.572	0.28
263_V	343_E	1.572	0.28
117_D	165_S	1.540	0.27
261_P	274_A	1.530	0.27
148_N	344_T	1.504	0.26
148_N	343_E	1.504	0.26
148_N	342_A	1.504	0.26
224_A	252_F	1.497	0.26
339_L	356_V	1.486	0.26
121_E	263_V	1.481	0.26
177_D	182_A	1.477	0.25
260_S	376_F	1.474	0.25
206_E	219_E	1.474	0.25
159_L	304_D	1.466	0.25
249_G	261_P	1.461	0.25
260_S	343_E	1.448	0.25
260_S	342_A	1.448	0.25
260_S	344_T	1.448	0.25
169_A	262_Y	1.438	0.25
165_S	187_S	1.432	0.24
275_V	373_G	1.431	0.24
176_L	248_R	1.426	0.24
143_I	148_N	1.425	0.24
254_H	339_L	1.412	0.24
270_V	312_V	1.410	0.24
341_N	344_T	1.403	0.24
127_A	347_V	1.396	0.24
343_E	355_A	1.391	0.23
344_T	355_A	1.391	0.23
342_A	355_A	1.391	0.23
119_E	360_S	1.386	0.23
238_D	348_A	1.378	0.23
108_A	115_I	1.377	0.23
229_V	279_V	1.356	0.23
183_V	247_S	1.353	0.23
111_A	225_D	1.348	0.22
138_G	263_V	1.332	0.22
109_D	229_V	1.330	0.22
84_G	90_L	1.325	0.22
200_R	223_S	1.315	0.22
286_T	291_E	1.309	0.22
140_D	286_T	1.308	0.22
182_A	223_S	1.300	0.21
195_R	361_V	1.300	0.21
216_T	279_V	1.292	0.21
255_A	258_A	1.288	0.21
265_A	384_I	1.280	0.21
243_V	303_G	1.277	0.21
304_D	331_D	1.258	0.20
156_E	198_S	1.254	0.20
164_E	202_A	1.242	0.20
213_A	384_I	1.232	0.20
221_A	311_V	1.230	0.20
141_W	148_N	1.230	0.20
223_S	338_L	1.227	0.20
128_A	143_I	1.225	0.20
275_V	317_I	1.223	0.20
198_S	385_I	1.219	0.20
112_Y	283_D	1.213	0.19
207_H	294_S	1.207	0.19
141_W	238_D	1.204	0.19
102_A	214_T	1.186	0.19
293_G	325_V	1.180	0.19
136_V	322_M	1.172	0.19
300_V	310_A	1.171	0.19
281_T	358_D	1.169	0.19
111_A	167_A	1.165	0.19
207_H	387_Q	1.159	0.18
298_V	312_V	1.156	0.18
110_T	366_H	1.150	0.18
341_N	376_F	1.144	0.18
148_N	265_A	1.143	0.18
338_L	373_G	1.142	0.18
141_W	263_V	1.140	0.18
113_V	168_E	1.137	0.18
180_A	261_P	1.130	0.18
275_V	356_V	1.130	0.18
192_E	325_V	1.129	0.18
234_L	275_V	1.122	0.18
120_Y	187_S	1.117	0.18
120_Y	346_K	1.105	0.17
218_I	331_D	1.104	0.17
136_V	364_D	1.104	0.17
254_H	356_V	1.100	0.17
103_L	116_R	1.099	0.17
170_E	302_D	1.098	0.17
199_V	335_I	1.092	0.17
128_A	134_T	1.091	0.17
100_L	159_L	1.076	0.17
115_I	307_T	1.076	0.17
279_V	368_F	1.075	0.17
136_V	192_E	1.075	0.17
246_M	346_K	1.068	0.17
281_T	331_D	1.067	0.17
215_I	308_R	1.066	0.17
173_F	183_V	1.059	0.16
141_W	260_S	1.059	0.16
290_A	373_G	1.055	0.16
172_A	296_D	1.055	0.16
208_L	261_P	1.055	0.16
321_P	386_E	1.044	0.16
142_T	215_I	1.035	0.16
150_I	163_V	1.031	0.16
255_A	262_Y	1.026	0.16
281_T	287_K	1.026	0.16
143_I	265_A	1.025	0.16
86_G	90_L	1.025	0.16
214_T	364_D	1.023	0.16
238_D	257_T	1.019	0.16
198_S	233_S	1.017	0.16
106_G	214_T	1.017	0.16
126_A	218_I	1.013	0.16
263_V	376_F	1.012	0.16
160_V	235_L	1.006	0.16
249_G	379_A	1.004	0.16
93_D	102_A	1.001	0.15
152_R	252_F	1.000	0.15
174_E	296_D	0.986	0.15
258_A	346_K	0.980	0.15
137_V	235_L	0.980	0.15
258_A	349_T	0.980	0.15
155_E	229_V	0.977	0.15
146_L	150_I	0.976	0.15
143_I	157_T	0.976	0.15
213_A	265_A	0.975	0.15
148_N	161_A	0.974	0.15
84_G	87_T	0.972	0.15
132_D	328_E	0.971	0.15
141_W	376_F	0.970	0.15
304_D	335_I	0.964	0.15
171_T	196_T	0.963	0.15
309_S	387_Q	0.963	0.15
117_D	180_A	0.962	0.15
248_R	373_G	0.961	0.15
113_V	167_A	0.960	0.15
327_A	367_V	0.958	0.15
251_F	319_K	0.956	0.15
208_L	274_A	0.954	0.15
345_I	376_F	0.952	0.15
95_S	166_A	0.952	0.15
277_A	337_T	0.944	0.15
168_E	289_L	0.942	0.14
139_D	387_Q	0.941	0.14
126_A	294_S	0.938	0.14
164_E	334_R	0.926	0.14
154_G	284_G	0.922	0.14
171_T	247_S	0.913	0.14
168_E	173_F	0.912	0.14
174_E	277_A	0.911	0.14
260_S	355_A	0.908	0.14
160_V	229_V	0.908	0.14
142_T	307_T	0.905	0.14
83_E	86_G	0.904	0.14
229_V	234_L	0.902	0.14
104_R	209_A	0.893	0.14
263_V	341_N	0.892	0.14
130_V	207_H	0.892	0.14
234_L	303_G	0.885	0.14
138_G	376_F	0.885	0.14
125_Q	300_V	0.881	0.14
200_R	299_Q	0.881	0.14
260_S	263_V	0.880	0.13
352_G	368_F	0.878	0.13
102_A	236_A	0.878	0.13
108_A	114_R	0.878	0.13
142_T	238_D	0.877	0.13
333_D	369_L	0.866	0.13
232_G	252_F	0.866	0.13
91_P	315_A	0.856	0.13
142_T	365_L	0.856	0.13
131_A	250_L	0.853	0.13
91_P	168_E	0.851	0.13
206_E	368_F	0.849	0.13
102_A	156_E	0.848	0.13
148_N	348_A	0.844	0.13
259_Q	379_A	0.841	0.13
113_V	184_L	0.835	0.13
254_H	344_T	0.832	0.13
254_H	343_E	0.832	0.13
254_H	342_A	0.832	0.13
216_T	326_E	0.823	0.13
111_A	302_D	0.823	0.13
148_N	259_Q	0.823	0.13
140_D	291_E	0.822	0.13
157_T	265_A	0.821	0.13
165_S	322_M	0.818	0.13
148_N	263_V	0.818	0.13
185_L	347_V	0.816	0.13
141_W	253_V	0.812	0.12
250_L	317_I	0.808	0.12
231_T	274_A	0.807	0.12
110_T	185_L	0.804	0.12
105_R	219_E	0.803	0.12
311_V	372_G	0.801	0.12
174_E	341_N	0.800	0.12
156_E	215_I	0.799	0.12
186_D	346_K	0.799	0.12
91_P	95_S	0.791	0.12
159_L	352_G	0.791	0.12
146_L	231_T	0.791	0.12
93_D	106_G	0.789	0.12
259_Q	263_V	0.787	0.12
247_S	373_G	0.787	0.12
250_L	280_R	0.785	0.12
157_T	300_V	0.785	0.12
92_A	303_G	0.779	0.12
252_F	322_M	0.776	0.12
136_V	165_S	0.773	0.12
91_P	113_V	0.772	0.12
156_E	352_G	0.771	0.12
190_P	380_I	0.770	0.12
170_E	293_G	0.770	0.12
127_A	142_T	0.769	0.12
259_Q	264_A	0.767	0.12
201_D	204_D	0.767	0.12
208_L	355_A	0.765	0.12
148_N	260_S	0.764	0.12
143_I	255_A	0.760	0.12
224_A	299_Q	0.756	0.12
154_G	217_T	0.755	0.12
250_L	336_E	0.754	0.12
95_S	214_T	0.747	0.12
250_L	265_A	0.745	0.12
98_A	129_E	0.744	0.12
158_T	303_G	0.743	0.12
349_T	355_A	0.742	0.12
138_G	343_E	0.740	0.11
138_G	344_T	0.740	0.11
138_G	342_A	0.740	0.11
287_K	347_V	0.739	0.11
255_A	349_T	0.737	0.11
152_R	380_I	0.736	0.11
225_D	370_Q	0.736	0.11
97_S	206_E	0.734	0.11
254_H	325_V	0.733	0.11
96_G	188_D	0.732	0.11
374_R	382_E	0.731	0.11
94_F	99_D	0.730	0.11
379_A	384_I	0.728	0.11
234_L	261_P	0.727	0.11
149_L	253_V	0.725	0.11
251_F	327_A	0.725	0.11
180_A	255_A	0.724	0.11
128_A	183_V	0.719	0.11
223_S	246_M	0.719	0.11
99_D	296_D	0.718	0.11
238_D	326_E	0.715	0.11
216_T	381_D	0.711	0.11
192_E	233_S	0.710	0.11
232_G	255_A	0.709	0.11
349_T	357_T	0.708	0.11
182_A	382_E	0.707	0.11
154_G	209_A	0.706	0.11
356_V	373_G	0.701	0.11
94_F	368_F	0.699	0.11
170_E	209_A	0.696	0.11
207_H	219_E	0.694	0.11
170_E	173_F	0.693	0.11
123_F	162_G	0.692	0.11
160_V	262_Y	0.691	0.11
246_M	284_G	0.691	0.11
106_G	132_D	0.690	0.11
121_E	141_W	0.690	0.11
199_V	380_I	0.688	0.11
165_S	358_D	0.685	0.11
152_R	157_T	0.680	0.11
227_V	275_V	0.678	0.11
193_I	215_I	0.676	0.11
209_A	229_V	0.675	0.11
125_Q	299_Q	0.673	0.11
93_D	123_F	0.673	0.11
112_Y	137_V	0.672	0.11
215_I	251_F	0.671	0.11
106_G	380_I	0.669	0.11
148_N	376_F	0.669	0.11
348_A	384_I	0.668	0.11
235_L	287_K	0.665	0.11
150_I	363_D	0.665	0.11
274_A	331_D	0.664	0.11
113_V	124_A	0.661	0.10
121_E	376_F	0.659	0.10
252_F	368_F	0.658	0.10
198_S	334_R	0.654	0.10
120_Y	261_P	0.651	0.10
223_S	315_A	0.646	0.10
217_T	243_V	0.645	0.10
170_E	306_R	0.644	0.10
168_E	365_L	0.644	0.10
121_E	341_N	0.641	0.10
215_I	311_V	0.641	0.10
99_D	112_Y	0.640	0.10
329_T	369_L	0.640	0.10
257_T	323_F	0.640	0.10
118_E	323_F	0.639	0.10
351_N	359_L	0.637	0.10
217_T	247_S	0.636	0.10
111_A	116_R	0.634	0.10
213_A	310_A	0.632	0.10
243_V	301_V	0.631	0.10
159_L	219_E	0.631	0.10
224_A	322_M	0.630	0.10
132_D	198_S	0.625	0.10
134_T	304_D	0.625	0.10
236_A	302_D	0.625	0.10
87_T	90_L	0.623	0.10
227_V	317_I	0.623	0.10
134_T	380_I	0.622	0.10
163_V	282_P	0.621	0.10
373_G	379_A	0.621	0.10
166_A	283_D	0.619	0.10
259_Q	265_A	0.617	0.10
270_V	339_L	0.615	0.10
105_R	127_A	0.614	0.10
153_I	257_T	0.611	0.10
85_D	91_P	0.610	0.10
131_A	265_A	0.610	0.10
102_A	126_A	0.610	0.10
163_V	178_I	0.609	0.10
152_R	257_T	0.609	0.10
112_Y	296_D	0.607	0.10
235_L	345_I	0.607	0.10
134_T	238_D	0.601	0.10
102_A	202_A	0.600	0.10
143_I	171_T	0.600	0.10
136_V	178_I	0.595	0.10
175_T	263_V	0.594	0.10
173_F	385_I	0.594	0.10
102_A	130_V	0.591	0.10
168_E	270_V	0.590	0.10
141_W	254_H	0.590	0.10
106_G	130_V	0.587	0.10
231_T	300_V	0.584	0.10
185_L	243_V	0.584	0.10
229_V	289_L	0.582	0.10
173_F	229_V	0.580	0.10
115_I	229_V	0.580	0.10
115_I	264_A	0.579	0.10
234_L	315_A	0.578	0.09
317_I	338_L	0.577	0.09
162_G	166_A	0.575	0.09
243_V	311_V	0.574	0.09
97_S	387_Q	0.568	0.09
95_S	104_R	0.567	0.09
171_T	380_I	0.567	0.09
191_D	378_E	0.567	0.09
130_V	215_I	0.566	0.09
307_T	338_L	0.566	0.09
215_I	294_S	0.565	0.09
162_G	187_S	0.561	0.09
120_Y	186_D	0.561	0.09
153_I	224_A	0.560	0.09
275_V	282_P	0.559	0.09
165_S	327_A	0.558	0.09
227_V	370_Q	0.557	0.09
296_D	341_N	0.553	0.09
220_E	257_T	0.552	0.09
141_W	355_A	0.552	0.09
187_S	387_Q	0.549	0.09
133_H	247_S	0.548	0.09
170_E	360_S	0.546	0.09
189_D	279_V	0.546	0.09
134_T	208_L	0.546	0.09
235_L	259_Q	0.545	0.09
174_E	336_E	0.540	0.09
177_D	311_V	0.540	0.09
219_E	279_V	0.539	0.09
137_V	277_A	0.538	0.09
173_F	349_T	0.538	0.09
355_A	376_F	0.538	0.09
163_V	231_T	0.536	0.09
94_F	167_A	0.536	0.09
204_D	215_I	0.535	0.09
199_V	352_G	0.535	0.09
169_A	359_L	0.532	0.09
161_A	227_V	0.531	0.09
222_G	273_G	0.530	0.09
189_D	218_I	0.529	0.09
150_I	178_I	0.529	0.09
96_G	364_D	0.529	0.09
296_D	363_D	0.529	0.09
202_A	371_D	0.528	0.09
171_T	175_T	0.527	0.09
121_E	343_E	0.525	0.09
121_E	342_A	0.525	0.09
121_E	344_T	0.525	0.09
217_T	334_R	0.519	0.09
211_S	351_N	0.519	0.09
153_I	384_I	0.518	0.09
98_A	103_L	0.517	0.09
205_R	309_S	0.517	0.09
156_E	206_E	0.516	0.09
84_G	97_S	0.515	0.09
173_F	209_A	0.515	0.09
165_S	380_I	0.512	0.09
263_V	355_A	0.511	0.09
292_L	366_H	0.511	0.09
217_T	306_R	0.509	0.09
148_N	213_A	0.507	0.09
249_G	263_V	0.506	0.09
255_A	323_F	0.506	0.09
234_L	319_K	0.504	0.09
162_G	186_D	0.502	0.09
153_I	182_A	0.502	0.09
172_A	263_V	0.501	0.09
198_S	331_D	0.500	0.09
130_V	387_Q	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1at0A	2	0.2868	96.5	0.959	Contact Map
2imzA	2	0.2429	95.6	0.962	Contact Map
2in0A	1	0.2791	95.6	0.962	Contact Map
2lwyA	1	0.2739	94.5	0.964	Contact Map
1dfaA	1	0.2713	94.2	0.965	Contact Map
4kl5A	2	0.292	94.2	0.965	Contact Map
3nzmA	1	0.2972	94.2	0.965	Contact Map
2w6rA	1	0.4315	94.1	0.965	Contact Map
1am2A	2	0.2687	93.6	0.966	Contact Map
4o1rA	2	0.2868	93.5	0.966	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0096 seconds.