Q9HS89 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HS89 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HS89	Sequences: MATLRSGVHLDEYIDDLQPDSEHQRRQQLAAEKSYEILDFVADVEQGVTEALQGDTLVGATAPSVFVGRSAYPDVSAGILSPVAGDADPAEFATSGEWYQQGLGIDNVLQYRTGLLNSRRAANVNVHDVWDGFVGTQREVAMADRPVDVEIGLSDAPTFDREEYTSPAANAPSGPNASAESAALGENPHVPRYVEKTLADDDWAAEGAMTYLYRRGLDVYQINRVLSVGALGQGHHRRLVPTRWSITAVDDTVGQYLRGTIRDAPSVDEVTVHVNEYMGNRYWVVLAPGRWEHELVEMKAPGSIWNPDPGGDLWMAAASEGYEGRTGYVDETAGAYYAARLGVLEHLSDIGRQAKALVLREVSDDYWAPVGVWQVRESVRNAFDGQPGEAETFHGAVAEISDHLPVSLAALRRKSDMVAGVQSALSEFA	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	429 (389)
Sequences:	207 (176)
Seq/√Len:	8.9

HALSA - Q9HS89
SULSO - Q97V92 Q97ZM0

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
271_T	350_I	5.792	1.00
273_H	346_H	4.767	1.00
65_V	228_V	4.735	0.99
346_H	350_I	3.805	0.97
30_A	35_Y	3.522	0.96
209_M	252_T	3.474	0.95
251_D	255_Q	3.473	0.95
30_A	36_E	3.357	0.95
342_G	380_R	3.198	0.93
279_G	365_D	3.170	0.93
347_L	354_A	3.152	0.92
282_Y	374_Q	3.129	0.92
191_P	221_Q	3.114	0.92
260_T	348_S	3.066	0.91
197_T	203_W	2.989	0.90
31_A	35_Y	2.989	0.90
31_A	36_E	2.901	0.89
328_Y	337_Y	2.849	0.88
390_A	396_A	2.750	0.86
209_M	226_L	2.743	0.86
194_V	225_V	2.688	0.84
83_V	87_A	2.554	0.81
188_P	191_P	2.534	0.81
370_V	374_Q	2.532	0.81
116_L	418_V	2.507	0.80
289_G	355_K	2.468	0.79
265_P	351_G	2.454	0.78
60_A	89_P	2.449	0.78
202_D	237_R	2.428	0.78
325_R	329_V	2.397	0.77
81_S	85_G	2.384	0.76
273_H	350_I	2.288	0.73
366_Y	382_A	2.260	0.72
81_S	87_A	2.236	0.71
291_W	342_G	2.195	0.70
82_P	175_P	2.143	0.68
270_V	393_F	2.098	0.66
366_Y	374_Q	2.042	0.64
285_V	400_I	1.887	0.58
332_T	335_A	1.876	0.57
217_L	221_Q	1.867	0.57
262_R	322_Y	1.778	0.53
138_R	318_A	1.763	0.52
253_V	257_L	1.720	0.50
254_G	344_L	1.698	0.49
271_T	387_P	1.666	0.48
250_D	377_E	1.653	0.47
299_K	362_V	1.636	0.47
301_P	305_W	1.615	0.46
193_Y	215_R	1.610	0.46
306_N	325_R	1.608	0.46
85_G	397_V	1.604	0.45
60_A	82_P	1.592	0.45
295_L	332_T	1.578	0.44
83_V	86_D	1.560	0.43
32_E	40_F	1.555	0.43
284_V	366_Y	1.552	0.43
66_F	337_Y	1.526	0.42
66_F	328_Y	1.525	0.42
70_S	238_R	1.514	0.42
335_A	374_Q	1.512	0.41
301_P	306_N	1.495	0.41
154_S	180_E	1.492	0.41
145_R	362_V	1.484	0.40
298_M	375_V	1.483	0.40
127_H	130_W	1.449	0.39
90_A	261_I	1.444	0.39
209_M	397_V	1.441	0.38
238_R	267_V	1.432	0.38
329_V	337_Y	1.426	0.38
295_L	335_A	1.413	0.37
80_L	251_D	1.400	0.37
335_A	375_V	1.397	0.37
59_G	175_P	1.394	0.37
153_L	177_A	1.392	0.37
187_N	254_G	1.391	0.36
127_H	134_V	1.385	0.36
66_F	372_V	1.383	0.36
265_P	285_V	1.383	0.36
226_L	252_T	1.383	0.36
366_Y	422_Q	1.375	0.36
358_V	366_Y	1.370	0.36
276_E	281_R	1.367	0.36
278_M	358_V	1.366	0.35
219_V	301_P	1.362	0.35
273_H	319_S	1.360	0.35
115_L	175_P	1.360	0.35
81_S	86_D	1.356	0.35
150_E	187_N	1.355	0.35
250_D	376_R	1.349	0.35
78_G	139_E	1.346	0.35
423_S	427_E	1.341	0.34
96_G	226_L	1.340	0.34
95_S	298_M	1.331	0.34
79_I	117_N	1.324	0.34
226_L	340_R	1.319	0.34
264_A	357_L	1.317	0.34
337_Y	372_V	1.315	0.33
148_D	238_R	1.312	0.33
339_A	400_I	1.305	0.33
422_Q	428_F	1.303	0.33
225_V	251_D	1.288	0.32
66_F	79_I	1.286	0.32
147_V	188_P	1.283	0.32
293_H	318_A	1.275	0.32
295_L	366_Y	1.266	0.32
77_A	370_V	1.265	0.32
96_G	220_Y	1.263	0.31
333_A	365_D	1.254	0.31
329_V	333_A	1.254	0.31
139_E	251_D	1.253	0.31
284_V	382_A	1.251	0.31
195_E	198_L	1.250	0.31
345_E	380_R	1.249	0.31
333_A	375_V	1.246	0.31
422_Q	425_L	1.243	0.31
32_E	332_T	1.240	0.31
243_R	360_R	1.227	0.30
237_R	285_V	1.225	0.30
226_L	231_L	1.220	0.30
333_A	378_S	1.213	0.30
264_A	348_S	1.207	0.29
230_A	307_P	1.206	0.29
66_F	69_R	1.201	0.29
279_G	363_S	1.200	0.29
66_F	78_G	1.199	0.29
328_Y	336_Y	1.192	0.29
137_Q	303_S	1.187	0.29
298_M	335_A	1.185	0.29
249_V	362_V	1.183	0.29
243_R	352_R	1.176	0.28
261_I	296_V	1.175	0.28
358_V	382_A	1.174	0.28
269_E	389_E	1.169	0.28
75_V	124_V	1.152	0.27
153_L	370_V	1.147	0.27
90_A	120_R	1.147	0.27
243_R	305_W	1.140	0.27
262_R	325_R	1.139	0.27
94_T	357_L	1.137	0.27
294_E	415_S	1.137	0.27
265_P	386_Q	1.136	0.27
187_N	190_V	1.135	0.27
392_T	403_H	1.131	0.27
281_R	332_T	1.129	0.27
93_A	223_N	1.126	0.27
258_R	262_R	1.124	0.27
157_P	177_A	1.122	0.26
306_N	335_A	1.120	0.26
167_P	346_H	1.118	0.26
75_V	264_A	1.117	0.26
188_P	353_Q	1.116	0.26
78_G	251_D	1.115	0.26
302_G	358_V	1.107	0.26
328_Y	372_V	1.104	0.26
304_I	366_Y	1.101	0.26
203_W	211_Y	1.100	0.26
328_Y	340_R	1.098	0.26
208_A	393_F	1.097	0.26
180_E	256_Y	1.097	0.26
171_A	318_A	1.094	0.26
66_F	318_A	1.093	0.26
32_E	329_V	1.091	0.25
253_V	348_S	1.087	0.25
254_G	332_T	1.085	0.25
67_V	71_A	1.083	0.25
292_E	355_K	1.074	0.25
273_H	282_Y	1.071	0.25
118_S	151_I	1.071	0.25
170_N	176_N	1.070	0.25
159_F	362_V	1.063	0.25
79_I	140_V	1.058	0.24
32_E	35_Y	1.057	0.24
82_P	324_G	1.053	0.24
168_A	365_D	1.047	0.24
79_I	89_P	1.047	0.24
264_A	351_G	1.047	0.24
335_A	378_S	1.044	0.24
408_L	421_V	1.043	0.24
372_V	375_V	1.042	0.24
58_V	61_T	1.041	0.24
332_T	411_L	1.040	0.24
151_I	166_S	1.037	0.24
352_R	392_T	1.032	0.24
102_G	427_E	1.032	0.24
195_E	268_D	1.024	0.23
67_V	396_A	1.024	0.23
30_A	299_K	1.021	0.23
143_A	188_P	1.021	0.23
294_E	376_R	1.021	0.23
71_A	125_N	1.020	0.23
291_W	335_A	1.018	0.23
261_I	407_S	1.015	0.23
259_G	386_Q	1.013	0.23
318_A	372_V	1.012	0.23
86_D	89_P	1.011	0.23
113_T	268_D	1.003	0.23
417_M	420_G	1.000	0.23
254_G	295_L	0.997	0.22
335_A	365_D	0.996	0.22
105_I	295_L	0.995	0.22
268_D	389_E	0.992	0.22
391_E	398_A	0.992	0.22
56_T	70_S	0.992	0.22
209_M	261_I	0.990	0.22
237_R	250_D	0.983	0.22
343_V	356_A	0.980	0.22
175_P	239_L	0.978	0.22
86_D	397_V	0.975	0.22
226_L	368_A	0.971	0.22
380_R	411_L	0.968	0.22
237_R	377_E	0.965	0.22
390_A	399_E	0.962	0.21
30_A	40_F	0.962	0.21
224_R	339_A	0.959	0.21
191_P	195_E	0.959	0.21
316_A	366_Y	0.956	0.21
295_L	374_Q	0.954	0.21
98_W	112_R	0.954	0.21
156_A	362_V	0.954	0.21
254_G	327_G	0.953	0.21
299_K	373_W	0.949	0.21
167_P	170_N	0.947	0.21
102_G	293_H	0.947	0.21
250_D	342_G	0.945	0.21
250_D	291_W	0.944	0.21
174_G	248_A	0.940	0.21
252_T	338_A	0.935	0.21
107_N	208_A	0.931	0.21
195_E	225_V	0.926	0.20
339_A	401_S	0.922	0.20
217_L	303_S	0.921	0.20
353_Q	361_E	0.920	0.20
238_R	352_R	0.917	0.20
202_D	250_D	0.915	0.20
58_V	148_D	0.912	0.20
69_R	306_N	0.910	0.20
318_A	328_Y	0.905	0.20
278_M	366_Y	0.905	0.20
139_E	186_E	0.904	0.20
357_L	406_V	0.902	0.20
109_L	361_E	0.899	0.20
157_P	418_V	0.898	0.20
190_V	195_E	0.892	0.19
211_Y	224_R	0.887	0.19
271_T	293_H	0.885	0.19
293_H	339_A	0.884	0.19
62_A	361_E	0.884	0.19
239_L	282_Y	0.884	0.19
64_S	71_A	0.884	0.19
112_R	200_D	0.882	0.19
316_A	333_A	0.882	0.19
217_L	237_R	0.879	0.19
270_V	389_E	0.873	0.19
301_P	380_R	0.873	0.19
179_A	182_A	0.871	0.19
295_L	363_S	0.869	0.19
295_L	333_A	0.868	0.19
261_I	346_H	0.868	0.19
116_L	278_M	0.865	0.19
74_D	238_R	0.865	0.19
82_P	222_I	0.862	0.19
333_A	372_V	0.862	0.19
134_V	184_L	0.859	0.19
325_R	415_S	0.856	0.19
318_A	337_Y	0.855	0.18
329_V	332_T	0.855	0.18
250_D	305_W	0.852	0.18
299_K	304_I	0.852	0.18
35_Y	299_K	0.850	0.18
331_E	370_V	0.850	0.18
299_K	332_T	0.848	0.18
258_R	261_I	0.848	0.18
192_R	312_D	0.842	0.18
37_I	56_T	0.841	0.18
66_F	293_H	0.837	0.18
338_A	373_W	0.836	0.18
209_M	382_A	0.833	0.18
199_A	336_Y	0.830	0.18
191_P	254_G	0.829	0.18
281_R	370_V	0.829	0.18
66_F	117_N	0.828	0.18
191_P	217_L	0.827	0.18
251_D	333_A	0.826	0.18
41_V	368_A	0.823	0.18
301_P	325_R	0.818	0.18
166_S	406_V	0.817	0.18
106_D	409_A	0.816	0.17
115_L	239_L	0.814	0.17
363_S	366_Y	0.811	0.17
120_R	245_S	0.811	0.17
335_A	366_Y	0.810	0.17
299_K	364_D	0.809	0.17
70_S	356_A	0.807	0.17
115_L	372_V	0.807	0.17
129_V	322_Y	0.805	0.17
114_G	282_Y	0.804	0.17
78_G	359_L	0.801	0.17
78_G	108_V	0.801	0.17
270_V	285_V	0.800	0.17
224_R	375_V	0.799	0.17
306_N	333_A	0.797	0.17
282_Y	411_L	0.797	0.17
181_S	261_I	0.794	0.17
138_R	230_A	0.793	0.17
105_I	289_G	0.793	0.17
278_M	304_I	0.793	0.17
318_A	335_A	0.791	0.17
81_S	370_V	0.791	0.17
108_V	359_L	0.790	0.17
85_G	122_A	0.785	0.17
254_G	396_A	0.783	0.17
49_T	351_G	0.781	0.17
59_G	73_P	0.777	0.17
285_V	397_V	0.775	0.16
111_Y	220_Y	0.775	0.16
279_G	374_Q	0.774	0.16
54_G	255_Q	0.772	0.16
286_L	383_F	0.772	0.16
267_V	386_Q	0.771	0.16
121_A	413_R	0.771	0.16
140_V	313_L	0.769	0.16
71_A	384_D	0.767	0.16
204_A	401_S	0.764	0.16
281_R	329_V	0.764	0.16
192_R	238_R	0.763	0.16
80_L	249_V	0.763	0.16
258_R	374_Q	0.762	0.16
278_M	343_V	0.759	0.16
382_A	422_Q	0.755	0.16
140_V	367_W	0.754	0.16
369_P	382_A	0.753	0.16
48_V	238_R	0.750	0.16
54_G	208_A	0.749	0.16
35_Y	40_F	0.748	0.16
345_E	352_R	0.747	0.16
80_L	363_S	0.747	0.16
255_Q	282_Y	0.747	0.16
337_Y	353_Q	0.747	0.16
230_A	291_W	0.746	0.16
86_D	358_V	0.742	0.16
136_T	139_E	0.739	0.16
188_P	344_L	0.738	0.16
114_G	147_V	0.738	0.16
381_N	384_D	0.738	0.16
117_N	411_L	0.736	0.16
341_L	373_W	0.736	0.16
351_G	401_S	0.734	0.16
78_G	245_S	0.733	0.16
284_V	428_F	0.733	0.16
261_I	273_H	0.731	0.15
207_G	428_F	0.729	0.15
109_L	406_V	0.726	0.15
106_D	148_D	0.726	0.15
32_E	295_L	0.725	0.15
260_T	351_G	0.725	0.15
107_N	153_L	0.722	0.15
69_R	375_V	0.722	0.15
188_P	254_G	0.721	0.15
293_H	333_A	0.719	0.15
353_Q	372_V	0.716	0.15
166_S	332_T	0.715	0.15
272_V	286_L	0.712	0.15
171_A	366_Y	0.711	0.15
69_R	372_V	0.711	0.15
92_F	140_V	0.710	0.15
97_E	404_L	0.708	0.15
225_V	303_S	0.708	0.15
108_V	296_V	0.707	0.15
148_D	205_A	0.701	0.15
155_D	411_L	0.700	0.15
200_D	253_V	0.700	0.15
318_A	333_A	0.699	0.15
116_L	207_G	0.699	0.15
268_D	391_E	0.696	0.15
311_G	395_G	0.695	0.15
120_R	268_D	0.695	0.15
192_R	236_H	0.694	0.15
305_W	359_L	0.694	0.15
103_L	156_A	0.693	0.15
107_N	164_Y	0.692	0.15
60_A	257_L	0.690	0.15
191_P	231_L	0.689	0.15
146_P	338_A	0.688	0.15
119_R	362_V	0.687	0.14
295_L	383_F	0.685	0.14
290_R	351_G	0.684	0.14
33_K	114_G	0.684	0.14
66_F	333_A	0.683	0.14
80_L	366_Y	0.682	0.14
106_D	339_A	0.682	0.14
298_M	363_S	0.681	0.14
192_R	395_G	0.680	0.14
107_N	263_D	0.679	0.14
97_E	236_H	0.674	0.14
296_V	301_P	0.672	0.14
361_E	375_V	0.671	0.14
333_A	367_W	0.667	0.14
107_N	315_M	0.666	0.14
237_R	349_D	0.665	0.14
281_R	366_Y	0.663	0.14
80_L	329_V	0.662	0.14
219_V	325_R	0.661	0.14
32_E	36_E	0.659	0.14
143_A	148_D	0.657	0.14
289_G	292_E	0.655	0.14
71_A	392_T	0.655	0.14
295_L	357_L	0.653	0.14
29_L	220_Y	0.653	0.14
305_W	377_E	0.653	0.14
264_A	426_S	0.651	0.14
282_Y	305_W	0.651	0.14
48_V	195_E	0.650	0.14
177_A	366_Y	0.650	0.14
34_S	366_Y	0.650	0.14
289_G	321_G	0.650	0.14
154_S	344_L	0.649	0.14
113_T	198_L	0.647	0.14
356_A	403_H	0.646	0.14
193_Y	211_Y	0.645	0.14
96_G	103_L	0.645	0.14
238_R	351_G	0.644	0.14
387_P	411_L	0.644	0.14
236_H	395_G	0.641	0.14
125_N	192_R	0.641	0.14
333_A	337_Y	0.639	0.13
272_V	354_A	0.638	0.13
34_S	405_P	0.637	0.13
227_S	372_V	0.637	0.13
53_Q	156_A	0.634	0.13
55_D	398_A	0.634	0.13
49_T	145_R	0.634	0.13
124_V	201_D	0.633	0.13
59_G	376_R	0.633	0.13
226_L	245_S	0.632	0.13
149_V	394_H	0.628	0.13
303_S	344_L	0.627	0.13
68_G	73_P	0.626	0.13
298_M	333_A	0.624	0.13
218_D	253_V	0.624	0.13
57_L	419_A	0.622	0.13
348_S	351_G	0.621	0.13
74_D	260_T	0.621	0.13
99_Y	335_A	0.620	0.13
284_V	358_V	0.620	0.13
108_V	128_D	0.618	0.13
300_A	306_N	0.618	0.13
143_A	331_E	0.617	0.13
358_V	379_V	0.616	0.13
213_Y	219_V	0.615	0.13
41_V	48_V	0.613	0.13
316_A	362_V	0.613	0.13
209_M	418_V	0.612	0.13
291_W	306_N	0.611	0.13
221_Q	300_A	0.610	0.13
111_Y	115_L	0.609	0.13
325_R	359_L	0.608	0.13
226_L	343_V	0.606	0.13
251_D	293_H	0.603	0.13
196_K	211_Y	0.602	0.13
60_A	362_V	0.602	0.13
265_P	412_R	0.600	0.13
262_R	304_I	0.600	0.13
190_V	222_I	0.600	0.13
143_A	195_E	0.599	0.13
93_A	282_Y	0.598	0.13
286_L	356_A	0.598	0.13
33_K	76_S	0.598	0.13
257_L	357_L	0.598	0.13
272_V	404_L	0.597	0.13
275_N	306_N	0.595	0.13
79_I	318_A	0.592	0.13
254_G	366_Y	0.592	0.13
57_L	192_R	0.591	0.13
239_L	344_L	0.591	0.13
385_G	409_A	0.591	0.13
48_V	191_P	0.587	0.12
393_F	396_A	0.587	0.12
186_E	281_R	0.586	0.12
130_W	391_E	0.583	0.12
353_Q	393_F	0.583	0.12
265_P	352_R	0.581	0.12
194_V	261_I	0.580	0.12
57_L	224_R	0.579	0.12
181_S	287_A	0.574	0.12
292_E	423_S	0.574	0.12
370_V	406_V	0.573	0.12
188_P	338_A	0.573	0.12
130_W	134_V	0.573	0.12
326_T	337_Y	0.572	0.12
53_Q	256_Y	0.571	0.12
98_W	227_S	0.569	0.12
261_I	386_Q	0.569	0.12
93_A	96_G	0.568	0.12
54_G	186_E	0.568	0.12
175_P	257_L	0.567	0.12
69_R	220_Y	0.565	0.12
68_G	243_R	0.565	0.12
69_R	171_A	0.565	0.12
99_Y	277_Y	0.563	0.12
190_V	327_G	0.562	0.12
284_V	343_V	0.562	0.12
79_I	138_R	0.562	0.12
116_L	284_V	0.561	0.12
31_A	40_F	0.560	0.12
58_V	185_G	0.559	0.12
82_P	227_S	0.559	0.12
278_M	378_S	0.557	0.12
341_L	380_R	0.557	0.12
38_L	231_L	0.555	0.12
65_V	274_V	0.554	0.12
37_I	69_R	0.553	0.12
153_L	157_P	0.551	0.12
157_P	175_P	0.551	0.12
304_I	382_A	0.549	0.12
204_A	213_Y	0.548	0.12
44_V	145_R	0.547	0.12
204_A	236_H	0.547	0.12
300_A	406_V	0.546	0.12
275_N	366_Y	0.545	0.12
191_P	303_S	0.545	0.12
134_V	372_V	0.545	0.12
209_M	391_E	0.544	0.12
74_D	395_G	0.544	0.12
177_A	383_F	0.544	0.12
184_L	192_R	0.543	0.12
69_R	411_L	0.542	0.12
65_V	273_H	0.541	0.12
296_V	375_V	0.540	0.12
61_T	139_E	0.539	0.12
150_E	303_S	0.537	0.12
329_V	335_A	0.537	0.12
66_F	291_W	0.536	0.12
94_T	208_A	0.536	0.12
108_V	251_D	0.536	0.12
352_R	394_H	0.535	0.12
342_G	377_E	0.535	0.12
190_V	362_V	0.534	0.12
114_G	281_R	0.531	0.11
69_R	333_A	0.531	0.11
145_R	226_L	0.530	0.11
298_M	306_N	0.530	0.11
206_E	289_G	0.529	0.11
72_Y	116_L	0.529	0.11
326_T	400_I	0.528	0.11
209_M	276_E	0.527	0.11
293_H	402_D	0.525	0.11
167_P	319_S	0.525	0.11
416_D	421_V	0.524	0.11
38_L	312_D	0.524	0.11
116_L	222_I	0.523	0.11
43_D	255_Q	0.523	0.11
122_A	339_A	0.522	0.11
178_S	335_A	0.521	0.11
48_V	388_G	0.520	0.11
208_A	243_R	0.520	0.11
219_V	316_A	0.520	0.11
66_F	294_E	0.519	0.11
175_P	237_R	0.517	0.11
360_R	375_V	0.517	0.11
75_V	125_N	0.516	0.11
94_T	143_A	0.516	0.11
81_S	194_V	0.516	0.11
98_W	361_E	0.515	0.11
48_V	207_G	0.514	0.11
296_V	359_L	0.514	0.11
79_I	372_V	0.514	0.11
340_R	352_R	0.514	0.11
143_A	257_L	0.513	0.11
56_T	183_A	0.511	0.11
284_V	296_V	0.509	0.11
138_R	337_Y	0.509	0.11
167_P	305_W	0.508	0.11
64_S	93_A	0.507	0.11
307_P	325_R	0.506	0.11
145_R	386_Q	0.505	0.11
78_G	255_Q	0.505	0.11
181_S	253_V	0.505	0.11
104_G	385_G	0.504	0.11
103_L	111_Y	0.504	0.11
31_A	143_A	0.503	0.11
78_G	382_A	0.501	0.11
93_A	359_L	0.500	0.11
28_Q	195_E	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1qgpA	1	0.1608	16.2	0.984	Contact Map
4redA	4	0.1515	15.1	0.984	Contact Map
3zheB	1	0.1585	9.9	0.985	Contact Map
1qhkA	1	0.1072	9.7	0.985	Contact Map
2yy0A	6	0.0839	9.4	0.985	Contact Map
1sc3B	2	0.1795	8.4	0.986	Contact Map
2kjfA	1	0.1329	7.9	0.986	Contact Map
4dgfA	1	0.2727	5.9	0.987	Contact Map
2ofkA	1	0.2424	5.9	0.987	Contact Map
3iq2A	1	0.2075	5.9	0.987	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0108 seconds.