Q9HRW9 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HRW9 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HRW9	Sequences: MPMRRLDCGVLGPTPIDQLHIPDGTTVKEHDVVADSDVLIGAQSQLRLGVRGHNVVAGERVSVDGDIEAAGDCRLDMWCEVTGNVLVEGDAYVGERTHITERLVVGGDLDIGDDVDIEEGFEASGWIVIRNPMPTLTFFVMYLTHLLRLGEAEDAQELVEELAADSDRGPLTIPQSASVSDDAWRVSTPATIGDDCRLHGNIRATEIDVGRGNNVFGSLRAQNDVTVGAGTKIHGDVTTRNGSVHVQGDAVVLGDVSGHDVTIDEAADVDGVIRARGEMRVGSVADRDAE	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	290 (247)
Sequences:	127 (102)
Seq/√Len:	6.5

HALSA - Q9HRW9

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
39_L	56_V	4.177	0.96
93_V	246_V	3.753	0.93
107_G	125_G	3.565	0.91
217_G	254_G	3.537	0.90
93_V	252_V	3.277	0.86
111_I	129_I	2.847	0.77
66_D	84_N	2.772	0.75
235_G	271_G	2.720	0.74
139_F	142_Y	2.474	0.66
38_V	50_V	2.274	0.59
234_H	253_L	2.217	0.57
149_L	246_V	2.194	0.56
80_E	98_H	2.184	0.56
66_D	83_G	2.182	0.56
82_T	281_V	2.159	0.55
149_L	153_E	2.055	0.51
227_V	279_M	2.048	0.51
133_M	273_I	2.040	0.51
200_G	271_G	2.038	0.51
223_N	243_S	1.972	0.48
135_T	186_V	1.929	0.47
65_G	200_G	1.897	0.45
192_I	202_I	1.888	0.45
85_V	127_I	1.873	0.44
223_N	259_H	1.846	0.43
101_E	200_G	1.809	0.42
101_E	271_G	1.799	0.42
136_L	142_Y	1.715	0.39
109_L	256_V	1.693	0.38
58_G	244_V	1.679	0.38
200_G	235_G	1.665	0.37
242_G	254_G	1.664	0.37
261_V	277_G	1.661	0.37
273_I	277_G	1.639	0.36
215_V	219_L	1.630	0.36
246_V	252_V	1.629	0.36
255_D	263_I	1.608	0.35
117_I	134_P	1.593	0.35
156_Q	164_A	1.579	0.34
65_G	254_G	1.559	0.33
194_D	210_G	1.558	0.33
277_G	280_R	1.557	0.33
125_G	235_G	1.554	0.33
205_T	226_T	1.550	0.33
117_I	142_Y	1.546	0.33
56_V	89_G	1.545	0.33
40_I	45_Q	1.522	0.32
103_L	107_G	1.511	0.32
81_V	129_I	1.478	0.31
47_R	54_N	1.448	0.30
150_G	156_Q	1.442	0.30
229_A	263_I	1.427	0.29
141_M	194_D	1.426	0.29
125_G	131_N	1.421	0.29
61_V	128_V	1.420	0.29
106_G	173_I	1.394	0.28
106_G	159_V	1.391	0.28
89_G	144_T	1.381	0.28
157_E	182_D	1.376	0.28
97_T	275_A	1.341	0.27
223_N	226_T	1.336	0.27
107_G	242_G	1.335	0.27
236_D	257_S	1.333	0.26
251_V	261_V	1.331	0.26
152_A	168_R	1.323	0.26
136_L	139_F	1.321	0.26
39_L	163_A	1.319	0.26
109_L	218_S	1.317	0.26
35_D	226_T	1.316	0.26
178_S	248_G	1.314	0.26
69_A	198_L	1.312	0.26
75_L	179_V	1.310	0.26
52_G	55_V	1.304	0.26
87_V	93_V	1.302	0.26
169_G	249_D	1.298	0.25
173_I	176_S	1.294	0.25
173_I	226_T	1.293	0.25
97_T	128_V	1.292	0.25
59_E	95_E	1.291	0.25
105_V	252_V	1.285	0.25
273_I	278_E	1.278	0.25
155_A	171_L	1.278	0.25
99_I	263_I	1.273	0.25
192_I	225_V	1.273	0.25
211_R	245_H	1.269	0.25
60_R	180_S	1.266	0.25
42_A	47_R	1.265	0.25
83_G	102_R	1.261	0.24
71_G	118_E	1.259	0.24
177_A	236_D	1.258	0.24
173_I	267_A	1.254	0.24
264_D	280_R	1.251	0.24
97_T	231_T	1.240	0.24
74_R	121_F	1.229	0.24
71_G	131_N	1.223	0.23
35_D	89_G	1.205	0.23
233_I	263_I	1.202	0.23
123_A	127_I	1.184	0.22
159_V	172_T	1.183	0.22
63_V	149_L	1.183	0.22
233_I	279_M	1.172	0.22
214_N	260_D	1.171	0.22
130_R	193_G	1.171	0.22
66_D	281_V	1.170	0.22
94_G	112_G	1.163	0.22
192_I	206_E	1.160	0.22
266_A	281_V	1.153	0.22
89_G	268_D	1.146	0.21
84_N	100_T	1.138	0.21
152_A	155_A	1.135	0.21
45_Q	48_L	1.132	0.21
157_E	160_E	1.129	0.21
129_I	143_L	1.117	0.21
65_G	217_G	1.111	0.21
212_G	260_D	1.111	0.21
53_H	178_S	1.096	0.20
110_D	115_V	1.093	0.20
43_Q	60_R	1.091	0.20
206_E	233_I	1.089	0.20
117_I	129_I	1.081	0.20
73_C	129_I	1.080	0.20
224_D	260_D	1.067	0.20
258_G	261_V	1.066	0.20
233_I	247_Q	1.065	0.20
38_V	261_V	1.050	0.19
120_G	126_W	1.040	0.19
141_M	230_G	1.036	0.19
107_G	254_G	1.031	0.19
252_V	276_R	1.023	0.19
256_V	260_D	1.017	0.18
215_V	264_D	1.014	0.18
88_E	108_D	1.014	0.18
206_E	268_D	1.012	0.18
191_T	269_V	1.007	0.18
215_V	252_V	1.006	0.18
64_D	82_T	1.006	0.18
223_N	263_I	1.004	0.18
38_V	61_V	0.999	0.18
83_G	153_E	0.995	0.18
52_G	170_P	0.993	0.18
176_S	242_G	0.987	0.18
94_G	193_G	0.982	0.18
229_A	281_V	0.980	0.18
215_V	266_A	0.979	0.18
155_A	179_V	0.971	0.17
166_S	194_D	0.968	0.17
100_T	173_I	0.964	0.17
54_N	214_N	0.962	0.17
38_V	45_Q	0.962	0.17
250_A	257_S	0.959	0.17
148_R	210_G	0.959	0.17
192_I	279_M	0.955	0.17
163_A	175_Q	0.951	0.17
82_T	157_E	0.948	0.17
168_R	245_H	0.940	0.17
266_A	280_R	0.938	0.17
103_L	244_V	0.937	0.17
89_G	262_T	0.929	0.17
168_R	232_K	0.928	0.17
128_V	133_M	0.928	0.17
115_V	127_I	0.926	0.16
158_L	170_P	0.917	0.16
68_E	238_T	0.916	0.16
255_D	271_G	0.915	0.16
117_I	156_Q	0.909	0.16
65_G	72_D	0.909	0.16
53_H	71_G	0.908	0.16
124_S	151_E	0.907	0.16
63_V	169_G	0.907	0.16
180_S	190_A	0.906	0.16
251_V	263_I	0.906	0.16
105_V	265_E	0.906	0.16
89_G	194_D	0.904	0.16
79_C	198_L	0.896	0.16
172_T	245_H	0.895	0.16
263_I	268_D	0.893	0.16
227_V	230_G	0.883	0.16
149_L	164_A	0.877	0.15
260_D	277_G	0.876	0.15
104_V	245_H	0.872	0.15
75_L	111_I	0.871	0.15
47_R	50_V	0.869	0.15
104_V	252_V	0.866	0.15
165_D	208_D	0.860	0.15
50_V	63_V	0.857	0.15
167_D	208_D	0.837	0.15
48_L	54_N	0.829	0.15
87_V	222_Q	0.827	0.15
37_D	42_A	0.825	0.15
57_A	64_D	0.820	0.14
55_V	158_L	0.820	0.14
100_T	106_G	0.809	0.14
225_V	243_S	0.805	0.14
164_A	189_P	0.803	0.14
232_K	251_V	0.799	0.14
224_D	269_V	0.798	0.14
61_V	231_T	0.796	0.14
65_G	153_E	0.796	0.14
35_D	39_L	0.795	0.14
177_A	231_T	0.793	0.14
89_G	207_I	0.791	0.14
70_A	73_C	0.784	0.14
261_V	266_A	0.784	0.14
148_R	156_Q	0.782	0.14
87_V	221_A	0.770	0.14
198_L	269_V	0.769	0.14
91_A	190_A	0.769	0.14
276_R	279_M	0.767	0.13
58_G	85_V	0.767	0.13
54_N	180_S	0.766	0.13
71_G	215_V	0.765	0.13
95_E	127_I	0.756	0.13
176_S	213_N	0.754	0.13
69_A	87_V	0.751	0.13
213_N	227_V	0.750	0.13
177_A	233_I	0.744	0.13
117_I	164_A	0.740	0.13
178_S	230_G	0.738	0.13
211_R	280_R	0.737	0.13
101_E	112_G	0.736	0.13
68_E	197_R	0.736	0.13
188_T	231_T	0.736	0.13
119_E	169_G	0.733	0.13
247_Q	276_R	0.733	0.13
115_V	132_P	0.730	0.13
213_N	261_V	0.729	0.13
61_V	97_T	0.727	0.13
71_G	205_T	0.727	0.13
89_G	248_G	0.726	0.13
145_H	175_Q	0.725	0.13
256_V	268_D	0.723	0.13
35_D	56_V	0.717	0.13
125_G	217_G	0.716	0.13
103_L	125_G	0.715	0.13
213_N	226_T	0.715	0.13
115_V	217_G	0.712	0.13
81_V	169_G	0.711	0.13
103_L	117_I	0.711	0.13
91_A	159_V	0.708	0.12
236_D	277_G	0.703	0.12
231_T	250_A	0.698	0.12
223_N	272_V	0.692	0.12
145_H	184_W	0.689	0.12
142_Y	201_N	0.688	0.12
248_G	277_G	0.687	0.12
245_H	252_V	0.686	0.12
230_G	280_R	0.684	0.12
191_T	257_S	0.684	0.12
257_S	260_D	0.680	0.12
176_S	207_I	0.680	0.12
159_V	179_V	0.679	0.12
160_E	166_S	0.678	0.12
123_A	132_P	0.677	0.12
122_E	127_I	0.674	0.12
117_I	275_A	0.667	0.12
102_R	139_F	0.665	0.12
177_A	281_V	0.663	0.12
217_G	235_G	0.661	0.12
137_T	144_T	0.661	0.12
99_I	123_A	0.657	0.12
41_G	95_E	0.656	0.12
92_Y	103_L	0.655	0.12
87_V	199_H	0.655	0.12
133_M	179_V	0.654	0.12
101_E	235_G	0.653	0.12
59_E	73_C	0.652	0.12
246_V	276_R	0.651	0.12
38_V	44_S	0.647	0.12
52_G	221_A	0.644	0.11
167_D	173_I	0.644	0.11
173_I	242_G	0.644	0.11
47_R	82_T	0.643	0.11
115_V	134_P	0.639	0.11
72_D	254_G	0.636	0.11
156_Q	171_L	0.635	0.11
99_I	223_N	0.634	0.11
259_H	270_D	0.627	0.11
96_R	184_W	0.626	0.11
159_V	246_V	0.625	0.11
41_G	254_G	0.624	0.11
197_R	220_R	0.622	0.11
117_I	202_I	0.622	0.11
144_T	161_E	0.620	0.11
197_R	203_R	0.618	0.11
60_R	182_D	0.615	0.11
116_D	180_S	0.612	0.11
251_V	258_G	0.611	0.11
79_C	250_A	0.610	0.11
72_D	103_L	0.607	0.11
88_E	93_V	0.605	0.11
121_F	127_I	0.605	0.11
92_Y	105_V	0.604	0.11
125_G	256_V	0.604	0.11
62_S	165_D	0.602	0.11
159_V	249_D	0.601	0.11
45_Q	208_D	0.600	0.11
212_G	245_H	0.597	0.11
101_E	217_G	0.597	0.11
192_I	227_V	0.597	0.11
172_T	261_V	0.595	0.11
145_H	255_D	0.595	0.11
45_Q	80_E	0.594	0.11
226_T	233_I	0.590	0.11
256_V	270_D	0.590	0.11
53_H	261_V	0.583	0.11
94_G	217_G	0.583	0.11
263_I	281_V	0.583	0.11
95_E	196_C	0.578	0.11
193_G	201_N	0.576	0.11
37_D	185_R	0.575	0.10
35_D	281_V	0.574	0.10
232_K	261_V	0.573	0.10
87_V	198_L	0.573	0.10
266_A	273_I	0.563	0.10
46_L	97_T	0.562	0.10
134_P	142_Y	0.562	0.10
226_T	248_G	0.561	0.10
114_D	127_I	0.560	0.10
166_S	252_V	0.560	0.10
109_L	147_L	0.559	0.10
75_L	135_T	0.558	0.10
261_V	273_I	0.556	0.10
211_R	233_I	0.555	0.10
117_I	131_N	0.552	0.10
100_T	177_A	0.552	0.10
59_E	79_C	0.552	0.10
248_G	264_D	0.551	0.10
57_A	86_L	0.547	0.10
155_A	236_D	0.546	0.10
97_T	115_V	0.543	0.10
90_D	95_E	0.543	0.10
163_A	260_D	0.542	0.10
64_D	81_V	0.542	0.10
142_Y	159_V	0.541	0.10
83_G	273_I	0.541	0.10
69_A	252_V	0.541	0.10
268_D	279_M	0.541	0.10
202_I	225_V	0.538	0.10
195_D	230_G	0.536	0.10
173_I	205_T	0.535	0.10
173_I	215_V	0.535	0.10
39_L	139_F	0.534	0.10
141_M	228_G	0.529	0.10
214_N	256_V	0.526	0.10
86_L	220_R	0.525	0.10
144_T	159_V	0.525	0.10
169_G	280_R	0.524	0.10
277_G	281_V	0.524	0.10
94_G	110_D	0.524	0.10
57_A	276_R	0.522	0.10
183_A	221_A	0.522	0.10
150_G	210_G	0.520	0.10
109_L	261_V	0.518	0.10
57_A	60_R	0.516	0.10
157_E	268_D	0.513	0.10
263_I	269_V	0.511	0.10
250_A	260_D	0.511	0.10
47_R	181_D	0.511	0.10
135_T	235_G	0.508	0.10
94_G	174_P	0.507	0.10
227_V	247_Q	0.506	0.10
101_E	234_H	0.506	0.10
208_D	243_S	0.506	0.10
86_L	92_Y	0.505	0.10
229_A	265_E	0.503	0.10
46_L	242_G	0.503	0.10
42_A	173_I	0.502	0.10
34_A	38_V	0.501	0.10
65_G	125_G	0.501	0.10
160_E	243_S	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3fs8A	3	0.7828	98.2	0.871	Contact Map
2pigA	1	0.9	98.1	0.874	Contact Map
3t57A	3	0.7931	97.9	0.879	Contact Map
4e79A	3	0.8862	97.7	0.884	Contact Map
2qiaA	3	0.7103	97.6	0.886	Contact Map
2iu8A	3	0.8828	97.6	0.887	Contact Map
3hsqA	3	0.7207	97.6	0.888	Contact Map
4eqyA	3	0.7241	97.6	0.888	Contact Map
4ihfA	4	0.8862	97.5	0.889	Contact Map
3pmoA	3	0.869	97.5	0.889	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0085 seconds.