Q9HR93 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HR93 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HR93	Sequences: MSAAPAPGVCTRFPRRLFPGSHPTLPEMTQPDQSNPTRAYDPAQSHAFPDGRLNDVLEYVLNDEAVTAYLTAQNVNPVTRKGYNDHGAKHIEIVRNRALRLYALLKRGGVPFNGATDQGLSEADEPVIVALAATLHDIGHVVHRDDHAYYSIPLAADVLDRILPEFYDPADAVRVKGEVLHAILCHHTEETPLTTEAGVIRVADGLDMEHGRSRLPYERGGRGINTLSSQAISRVALQEGDDAPVLVEIEMQNAAGVYQVDNLLKEKLHRSGIEDDVRIVALNSTGEGDALVERIEL	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	297 (242)
Sequences:	148 (89)
Seq/√Len:	5.7

HALSA - Q9HR93

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
63_D	161_R	4.991	0.98
65_A	161_R	3.175	0.80
60_V	66_V	2.974	0.75
55_D	58_E	2.880	0.73
60_V	233_S	2.829	0.72
98_A	133_A	2.515	0.62
158_V	161_R	2.484	0.61
246_L	278_R	2.382	0.58
113_N	195_T	2.366	0.57
77_P	227_L	2.342	0.56
52_R	167_Y	2.332	0.56
131_L	179_V	2.316	0.55
198_G	281_A	2.137	0.49
80_R	216_P	2.011	0.45
82_G	177_G	1.968	0.43
208_M	232_I	1.935	0.42
202_V	245_V	1.932	0.42
127_V	167_Y	1.926	0.42
110_V	274_E	1.887	0.41
93_I	265_K	1.869	0.40
95_R	130_A	1.866	0.40
104_L	160_D	1.862	0.40
70_L	78_V	1.839	0.39
179_V	185_C	1.832	0.39
131_L	198_G	1.825	0.38
227_L	233_S	1.813	0.38
232_I	251_M	1.812	0.38
203_A	233_S	1.781	0.37
93_I	178_E	1.778	0.37
72_A	140_H	1.777	0.37
66_V	166_F	1.773	0.37
135_L	198_G	1.747	0.36
151_S	266_E	1.746	0.36
74_N	87_G	1.730	0.35
102_Y	203_A	1.719	0.35
96_N	205_G	1.706	0.35
77_P	148_A	1.704	0.35
201_R	213_S	1.676	0.34
205_G	268_L	1.675	0.34
157_D	262_N	1.659	0.33
199_V	231_A	1.655	0.33
233_S	273_I	1.644	0.33
75_V	245_V	1.624	0.32
143_H	193_L	1.618	0.32
71_T	104_L	1.601	0.31
244_P	276_D	1.540	0.30
195_T	200_I	1.528	0.29
224_I	281_A	1.526	0.29
217_Y	220_G	1.516	0.29
47_A	138_I	1.514	0.29
226_T	257_V	1.512	0.29
160_D	173_V	1.510	0.29
81_K	177_G	1.505	0.29
80_R	213_S	1.502	0.29
210_H	233_S	1.500	0.28
62_N	236_A	1.494	0.28
143_H	194_T	1.489	0.28
56_V	130_A	1.470	0.28
173_V	234_R	1.456	0.27
181_H	194_T	1.437	0.27
59_Y	175_V	1.414	0.26
91_I	140_H	1.407	0.26
269_H	277_V	1.404	0.26
198_G	271_S	1.395	0.26
89_K	148_A	1.374	0.25
213_S	268_L	1.365	0.25
140_H	230_Q	1.360	0.25
135_L	249_I	1.357	0.25
194_T	261_D	1.348	0.24
252_Q	277_V	1.338	0.24
68_A	77_P	1.336	0.24
133_A	138_I	1.318	0.24
103_A	126_P	1.317	0.24
70_L	125_E	1.305	0.23
119_G	182_A	1.290	0.23
203_A	277_V	1.282	0.23
205_G	262_N	1.282	0.23
134_T	203_A	1.279	0.23
231_A	274_E	1.278	0.23
198_G	224_I	1.265	0.22
50_D	126_P	1.264	0.22
110_V	243_A	1.246	0.22
159_L	249_I	1.242	0.22
109_G	260_V	1.237	0.22
55_D	110_V	1.232	0.22
175_V	200_I	1.222	0.21
82_G	100_R	1.218	0.21
59_Y	286_G	1.208	0.21
60_V	252_Q	1.203	0.21
84_N	158_V	1.198	0.21
66_V	227_L	1.197	0.21
178_E	181_H	1.191	0.21
197_A	281_A	1.190	0.21
128_I	255_A	1.187	0.20
159_L	232_I	1.174	0.20
59_Y	107_R	1.170	0.20
135_L	235_V	1.161	0.20
138_I	182_A	1.154	0.20
112_F	167_Y	1.150	0.20
200_I	227_L	1.139	0.19
194_T	273_I	1.139	0.19
135_L	197_A	1.136	0.19
64_E	111_P	1.129	0.19
202_V	249_I	1.127	0.19
75_V	80_R	1.126	0.19
99_L	126_P	1.125	0.19
64_E	94_V	1.123	0.19
60_V	286_G	1.108	0.19
172_A	272_G	1.100	0.19
94_V	203_A	1.099	0.19
76_N	181_H	1.097	0.19
94_V	116_T	1.093	0.18
129_V	168_D	1.085	0.18
134_T	249_I	1.079	0.18
151_S	186_H	1.077	0.18
116_T	121_S	1.075	0.18
142_V	174_R	1.075	0.18
205_G	219_R	1.057	0.18
268_L	280_V	1.054	0.18
205_G	215_L	1.053	0.18
76_N	247_V	1.052	0.18
56_V	162_I	1.050	0.18
215_L	268_L	1.048	0.18
91_I	176_K	1.047	0.17
68_A	146_D	1.045	0.17
56_V	166_F	1.043	0.17
166_F	285_T	1.043	0.17
107_R	239_E	1.035	0.17
151_S	161_R	1.033	0.17
142_V	199_V	1.027	0.17
129_V	157_D	1.026	0.17
75_V	93_I	1.023	0.17
181_H	255_A	1.017	0.17
59_Y	162_I	1.017	0.17
202_V	273_I	1.011	0.17
98_A	110_V	1.008	0.17
205_G	243_A	1.006	0.17
107_R	116_T	0.999	0.17
260_V	285_T	0.998	0.17
60_V	205_G	0.987	0.16
243_A	278_R	0.986	0.16
98_A	240_G	0.975	0.16
62_N	203_A	0.963	0.16
249_I	255_A	0.961	0.16
94_V	157_D	0.961	0.16
194_T	226_T	0.961	0.16
257_V	261_D	0.952	0.16
52_R	59_Y	0.948	0.16
104_L	146_D	0.929	0.15
239_E	276_D	0.924	0.15
219_R	286_G	0.923	0.15
109_G	199_V	0.915	0.15
175_V	179_V	0.915	0.15
186_H	224_I	0.912	0.15
73_Q	77_P	0.905	0.15
138_I	177_G	0.904	0.15
75_V	102_Y	0.904	0.15
200_I	215_L	0.903	0.15
70_L	226_T	0.896	0.15
130_A	175_V	0.896	0.15
52_R	286_G	0.893	0.15
58_E	233_S	0.888	0.15
203_A	219_R	0.886	0.14
71_T	205_G	0.883	0.14
51_G	66_V	0.882	0.14
104_L	221_G	0.878	0.14
168_D	179_V	0.871	0.14
143_H	235_V	0.870	0.14
110_V	132_A	0.869	0.14
191_T	219_R	0.853	0.14
158_V	270_R	0.852	0.14
53_L	227_L	0.852	0.14
168_D	175_V	0.851	0.14
143_H	181_H	0.849	0.14
145_D	239_E	0.848	0.14
63_D	104_L	0.845	0.14
124_D	163_L	0.842	0.14
157_D	229_S	0.841	0.14
121_S	132_A	0.839	0.14
55_D	111_P	0.838	0.14
216_P	220_G	0.828	0.14
88_A	213_S	0.825	0.13
186_H	203_A	0.824	0.13
78_V	93_I	0.823	0.13
68_A	108_G	0.819	0.13
227_L	273_I	0.819	0.13
58_E	241_D	0.817	0.13
87_G	244_P	0.815	0.13
51_G	205_G	0.811	0.13
148_A	261_D	0.811	0.13
142_V	184_L	0.811	0.13
134_T	200_I	0.809	0.13
72_A	91_I	0.806	0.13
61_L	158_V	0.805	0.13
102_Y	237_L	0.799	0.13
219_R	287_E	0.799	0.13
103_A	249_I	0.798	0.13
164_P	277_V	0.796	0.13
217_Y	221_G	0.796	0.13
94_V	216_P	0.795	0.13
181_H	193_L	0.793	0.13
96_N	209_E	0.791	0.13
66_V	116_T	0.787	0.13
175_V	242_D	0.784	0.13
81_K	141_V	0.784	0.13
102_Y	185_C	0.781	0.13
109_G	121_S	0.781	0.13
270_R	274_E	0.780	0.13
145_D	200_I	0.777	0.13
70_L	194_T	0.774	0.13
154_L	234_R	0.772	0.13
105_L	197_A	0.772	0.13
240_G	262_N	0.770	0.13
205_G	249_I	0.760	0.12
101_L	283_N	0.759	0.12
62_N	234_R	0.759	0.12
198_G	202_V	0.759	0.12
225_N	229_S	0.754	0.12
125_E	206_L	0.750	0.12
69_Y	156_A	0.749	0.12
101_L	268_L	0.745	0.12
133_A	213_S	0.743	0.12
195_T	275_D	0.741	0.12
82_G	218_E	0.738	0.12
186_H	231_A	0.738	0.12
97_R	262_N	0.734	0.12
75_V	170_A	0.734	0.12
238_Q	241_D	0.732	0.12
96_N	270_R	0.731	0.12
180_L	194_T	0.716	0.12
80_R	178_E	0.714	0.12
52_R	141_V	0.712	0.12
115_A	279_I	0.711	0.12
219_R	238_Q	0.709	0.12
223_G	261_D	0.707	0.12
92_E	278_R	0.706	0.12
106_K	209_E	0.706	0.12
56_V	102_Y	0.699	0.12
155_A	274_E	0.696	0.12
148_A	278_R	0.692	0.11
236_A	286_G	0.689	0.11
164_P	242_D	0.689	0.11
179_V	193_L	0.687	0.11
53_L	101_L	0.686	0.11
201_R	226_T	0.684	0.11
164_P	262_N	0.680	0.11
81_K	258_Y	0.680	0.11
179_V	182_A	0.673	0.11
198_G	273_I	0.673	0.11
132_A	199_V	0.672	0.11
77_P	187_H	0.672	0.11
187_H	194_T	0.669	0.11
165_E	282_L	0.668	0.11
202_V	279_I	0.668	0.11
115_A	186_H	0.665	0.11
107_R	288_G	0.664	0.11
167_Y	235_V	0.663	0.11
55_D	62_N	0.661	0.11
184_L	199_V	0.660	0.11
69_Y	138_I	0.660	0.11
167_Y	186_H	0.657	0.11
181_H	206_L	0.655	0.11
202_V	242_D	0.651	0.11
125_E	185_C	0.651	0.11
69_Y	141_V	0.651	0.11
66_V	241_D	0.648	0.11
171_D	239_E	0.647	0.11
203_A	253_N	0.646	0.11
110_V	241_D	0.646	0.11
115_A	185_C	0.645	0.11
52_R	239_E	0.644	0.11
143_H	180_L	0.643	0.11
55_D	242_D	0.641	0.11
229_S	258_Y	0.640	0.11
60_V	172_A	0.639	0.11
83_Y	205_G	0.635	0.11
63_D	83_Y	0.634	0.11
120_L	206_L	0.633	0.11
149_Y	268_L	0.630	0.11
162_I	223_G	0.628	0.11
71_T	242_D	0.628	0.11
89_K	225_N	0.623	0.11
185_C	271_S	0.622	0.11
148_A	200_I	0.622	0.11
115_A	181_H	0.621	0.11
198_G	215_L	0.617	0.10
142_V	159_L	0.613	0.10
71_T	179_V	0.609	0.10
84_N	87_G	0.607	0.10
106_K	166_F	0.607	0.10
92_E	179_V	0.607	0.10
79_T	262_N	0.604	0.10
164_P	234_R	0.602	0.10
108_G	279_I	0.600	0.10
58_E	149_Y	0.597	0.10
193_L	220_G	0.596	0.10
79_T	171_D	0.596	0.10
57_L	198_G	0.594	0.10
225_N	258_Y	0.593	0.10
130_A	154_L	0.592	0.10
132_A	145_D	0.591	0.10
177_G	186_H	0.588	0.10
59_Y	239_E	0.588	0.10
56_V	151_S	0.587	0.10
93_I	150_Y	0.587	0.10
124_D	186_H	0.585	0.10
100_R	221_G	0.584	0.10
75_V	178_E	0.583	0.10
162_I	235_V	0.583	0.10
128_I	279_I	0.582	0.10
91_I	230_Q	0.580	0.10
67_T	103_A	0.578	0.10
124_D	167_Y	0.577	0.10
213_S	216_P	0.577	0.10
134_T	184_L	0.575	0.10
140_H	184_L	0.563	0.10
234_R	245_V	0.563	0.10
65_A	74_N	0.561	0.10
186_H	240_G	0.560	0.10
79_T	117_D	0.559	0.10
55_D	59_Y	0.557	0.10
69_Y	179_V	0.553	0.10
178_E	206_L	0.552	0.10
97_R	198_G	0.549	0.10
185_C	255_A	0.549	0.10
130_A	249_I	0.549	0.10
53_L	241_D	0.547	0.10
70_L	93_I	0.546	0.10
53_L	99_L	0.545	0.10
277_V	287_E	0.544	0.10
88_A	227_L	0.542	0.10
164_P	199_V	0.541	0.10
265_K	279_I	0.538	0.09
178_E	220_G	0.538	0.09
66_V	80_R	0.538	0.09
56_V	66_V	0.537	0.09
76_N	206_L	0.536	0.09
186_H	210_H	0.533	0.09
151_S	231_A	0.533	0.09
100_R	252_Q	0.531	0.09
191_T	252_Q	0.531	0.09
194_T	255_A	0.531	0.09
92_E	223_G	0.527	0.09
68_A	195_T	0.527	0.09
209_E	229_S	0.523	0.09
146_D	275_D	0.523	0.09
95_R	249_I	0.519	0.09
163_L	181_H	0.518	0.09
110_V	252_Q	0.516	0.09
88_A	215_L	0.516	0.09
210_H	241_D	0.513	0.09
57_L	164_P	0.513	0.09
138_I	273_I	0.513	0.09
156_A	159_L	0.510	0.09
174_R	185_C	0.510	0.09
199_V	202_V	0.508	0.09
140_H	143_H	0.508	0.09
103_A	112_F	0.507	0.09
128_I	272_G	0.506	0.09
129_V	132_A	0.506	0.09
148_A	219_R	0.503	0.09
116_T	215_L	0.502	0.09
53_L	61_L	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3gw7A	2	0.6195	98.1	0.927	Contact Map
2pq7A	2	0.5556	98	0.929	Contact Map
2dqbA	4	0.7879	98	0.93	Contact Map
2qgsA	2	0.6532	97.9	0.931	Contact Map
3djbA	2	0.5993	97.9	0.931	Contact Map
4r8zA	2	0.6296	97.8	0.932	Contact Map
3b57A	2	0.5724	97.8	0.933	Contact Map
3dtoA	2	0.6027	97.8	0.933	Contact Map
2hekA	4	0.7374	97.7	0.934	Contact Map
2pjqA	2	0.6633	97.7	0.934	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0084 seconds.