Q9HQX1 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HQX1 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HQX1	Sequences: MSESAIADFVSSFIPDTATHVEPVRGRVVMSKRRIVLAADDEKTTIPLNGVFDVQHETAPGDLARFFEDTVTIAYEHDEDRHVAVIEGGGSTVDRFVTLVFKALVHGTTVYAKHPARRGGRITDQPFEKGNLALSPGDLTITGDADTTIDLSTVSHFERVDREVNGSNKQLLSVRHMGSTGPITTELALSSGRKMNLLGRYIRLQYTHLKQELADVTLTSEEIEALVAIYSSGPNASLAAVLGVDASRVTMLLNDLIEKELVTDDDGIALTSLGRAAVSEHIEDVNL	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	287 (271)
Sequences:	114 (90)
Seq/√Len:	5.5

HALSA - Q9HQX1 Q9HQX2

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
86_I	130_G	3.261	0.81
73_I	252_L	3.137	0.78
270_L	274_G	2.989	0.74
229_I	234_P	2.878	0.71
100_V	104_L	2.713	0.66
130_G	162_R	2.673	0.65
166_G	248_R	2.650	0.64
127_F	265_D	2.619	0.63
127_F	232_S	2.520	0.60
36_V	124_D	2.320	0.54
172_L	199_G	2.306	0.53
31_S	151_L	2.303	0.53
33_R	108_T	2.280	0.52
181_G	185_T	2.203	0.50
177_M	185_T	2.189	0.49
23_P	121_R	2.186	0.49
35_I	230_Y	2.186	0.49
139_L	187_L	2.146	0.48
243_G	260_E	2.140	0.47
230_Y	270_L	2.125	0.47
187_L	263_T	2.074	0.45
23_P	265_D	2.058	0.45
7_A	36_V	2.020	0.43
190_S	194_K	1.989	0.42
119_G	230_Y	1.961	0.41
6_I	139_L	1.958	0.41
35_I	73_I	1.946	0.41
17_T	167_S	1.936	0.41
7_A	134_L	1.926	0.40
23_P	127_F	1.925	0.40
8_D	27_R	1.901	0.40
13_F	26_G	1.887	0.39
202_I	231_S	1.887	0.39
164_V	187_L	1.878	0.39
110_V	132_L	1.872	0.39
185_T	278_V	1.864	0.38
53_D	200_R	1.836	0.37
20_H	44_T	1.829	0.37
134_L	223_I	1.821	0.37
26_G	151_L	1.801	0.36
132_L	142_T	1.797	0.36
34_R	47_P	1.742	0.34
122_I	183_I	1.734	0.34
35_I	181_G	1.727	0.34
232_S	265_D	1.727	0.34
139_L	183_I	1.711	0.34
228_A	232_S	1.704	0.33
119_G	274_G	1.685	0.33
221_E	224_E	1.668	0.32
37_L	211_Q	1.653	0.32
36_V	51_V	1.651	0.32
139_L	194_K	1.641	0.31
112_A	166_G	1.574	0.30
224_E	231_S	1.568	0.29
18_A	134_L	1.559	0.29
23_P	232_S	1.509	0.28
119_G	270_L	1.492	0.27
101_F	261_L	1.473	0.27
125_Q	225_A	1.468	0.27
168_N	187_L	1.465	0.27
51_V	171_L	1.455	0.26
194_K	203_R	1.454	0.26
251_M	255_D	1.453	0.26
52_F	219_T	1.424	0.25
230_Y	274_G	1.408	0.25
187_L	268_I	1.374	0.24
72_T	87_E	1.370	0.24
184_T	282_I	1.366	0.24
228_A	275_R	1.358	0.24
73_I	216_V	1.358	0.24
161_D	164_V	1.350	0.24
174_V	218_L	1.341	0.23
120_G	274_G	1.334	0.23
111_Y	129_K	1.332	0.23
190_S	203_R	1.328	0.23
26_G	45_T	1.302	0.22
8_D	38_A	1.294	0.22
110_V	222_E	1.293	0.22
66_F	151_L	1.292	0.22
142_T	154_V	1.272	0.22
232_S	243_G	1.272	0.22
85_V	133_A	1.269	0.22
118_R	181_G	1.264	0.22
167_S	188_A	1.255	0.21
224_E	253_L	1.252	0.21
255_D	263_T	1.248	0.21
141_I	185_T	1.244	0.21
94_D	157_F	1.236	0.21
157_F	247_S	1.229	0.21
170_Q	230_Y	1.225	0.21
22_E	73_I	1.224	0.21
31_S	102_K	1.209	0.20
39_A	182_P	1.208	0.20
161_D	166_G	1.205	0.20
36_V	137_G	1.205	0.20
40_D	124_D	1.195	0.20
201_Y	261_L	1.193	0.20
53_D	201_Y	1.191	0.20
81_R	255_D	1.188	0.20
130_G	179_S	1.187	0.20
165_N	169_K	1.186	0.20
6_I	188_A	1.175	0.20
35_I	118_R	1.167	0.19
164_V	243_G	1.158	0.19
163_E	172_L	1.155	0.19
237_S	262_V	1.153	0.19
71_V	81_R	1.151	0.19
220_S	230_Y	1.143	0.19
53_D	185_T	1.141	0.19
105_V	122_I	1.131	0.19
75_Y	124_D	1.129	0.19
106_H	177_M	1.124	0.19
61_G	65_R	1.121	0.18
6_I	196_N	1.119	0.18
30_M	105_V	1.118	0.18
6_I	12_S	1.114	0.18
51_V	187_L	1.108	0.18
30_M	228_A	1.097	0.18
216_V	249_V	1.089	0.18
53_D	63_L	1.082	0.18
41_D	139_L	1.077	0.18
171_L	231_S	1.075	0.18
216_V	245_D	1.075	0.18
155_S	175_R	1.071	0.17
101_F	132_L	1.069	0.17
31_S	136_P	1.069	0.17
144_D	279_S	1.068	0.17
21_V	112_A	1.062	0.17
262_V	271_T	1.062	0.17
100_V	132_L	1.062	0.17
83_V	185_T	1.057	0.17
36_V	176_H	1.054	0.17
255_D	262_V	1.047	0.17
6_I	55_Q	1.043	0.17
65_R	83_V	1.043	0.17
41_D	51_V	1.040	0.17
106_H	167_S	1.039	0.17
21_V	240_A	1.038	0.17
28_V	263_T	1.036	0.17
167_S	252_L	1.033	0.17
9_F	88_G	1.029	0.17
6_I	243_G	1.026	0.17
105_V	183_I	1.023	0.17
171_L	234_P	1.020	0.16
122_I	135_S	1.019	0.16
88_G	253_L	1.017	0.16
6_I	54_V	1.004	0.16
105_V	245_D	1.002	0.16
187_L	260_E	1.000	0.16
154_V	205_Q	0.991	0.16
25_R	94_D	0.988	0.16
69_D	245_D	0.982	0.16
8_D	43_K	0.980	0.16
68_E	163_E	0.976	0.16
54_V	198_L	0.967	0.16
218_L	232_S	0.959	0.15
250_T	254_N	0.956	0.15
96_F	228_A	0.946	0.15
113_K	279_S	0.943	0.15
184_T	261_L	0.937	0.15
24_V	252_L	0.935	0.15
51_V	141_I	0.934	0.15
202_I	216_V	0.934	0.15
226_L	270_L	0.927	0.15
118_R	225_A	0.927	0.15
112_A	221_E	0.920	0.15
31_S	224_E	0.910	0.15
23_P	250_T	0.910	0.15
73_I	149_I	0.909	0.15
215_D	245_D	0.907	0.14
9_F	86_I	0.900	0.14
218_L	265_D	0.896	0.14
46_I	100_V	0.896	0.14
193_R	230_Y	0.894	0.14
4_S	151_L	0.892	0.14
190_S	201_Y	0.884	0.14
6_I	283_E	0.884	0.14
17_T	142_T	0.882	0.14
53_D	271_T	0.880	0.14
51_V	98_T	0.878	0.14
34_R	176_H	0.875	0.14
120_G	230_Y	0.874	0.14
249_V	275_R	0.872	0.14
105_V	239_A	0.868	0.14
186_E	262_V	0.866	0.14
96_F	226_L	0.865	0.14
96_F	222_E	0.860	0.14
220_S	248_R	0.859	0.14
41_D	69_D	0.852	0.14
9_F	82_H	0.845	0.13
164_V	279_S	0.844	0.13
30_M	239_A	0.843	0.13
33_R	260_E	0.839	0.13
120_G	270_L	0.838	0.13
139_L	188_A	0.837	0.13
175_R	241_V	0.835	0.13
147_T	231_S	0.835	0.13
230_Y	262_V	0.831	0.13
46_I	162_R	0.831	0.13
183_I	242_L	0.831	0.13
72_T	224_E	0.827	0.13
84_A	124_D	0.823	0.13
38_A	226_L	0.819	0.13
201_Y	214_A	0.818	0.13
112_A	197_L	0.817	0.13
101_F	201_Y	0.816	0.13
232_S	235_N	0.816	0.13
100_V	271_T	0.815	0.13
26_G	266_D	0.814	0.13
70_T	150_D	0.814	0.13
47_P	263_T	0.813	0.13
228_A	243_G	0.813	0.13
160_V	271_T	0.812	0.13
26_G	224_E	0.811	0.13
21_V	223_I	0.808	0.13
116_A	119_G	0.803	0.13
118_R	278_V	0.801	0.13
51_V	147_T	0.796	0.13
54_V	254_N	0.795	0.13
227_V	234_P	0.794	0.13
106_H	199_G	0.793	0.13
24_V	260_E	0.790	0.13
100_V	197_L	0.786	0.13
34_R	279_S	0.786	0.13
11_S	242_L	0.786	0.13
142_T	211_Q	0.785	0.13
25_R	217_T	0.783	0.13
4_S	168_N	0.781	0.12
63_L	151_L	0.781	0.12
252_L	257_I	0.780	0.12
160_V	269_A	0.776	0.12
4_S	264_D	0.774	0.12
9_F	194_K	0.773	0.12
136_P	187_L	0.773	0.12
29_V	170_Q	0.771	0.12
29_V	98_T	0.767	0.12
229_I	246_A	0.765	0.12
134_L	158_E	0.765	0.12
134_L	231_S	0.765	0.12
51_V	178_G	0.755	0.12
135_S	240_A	0.753	0.12
149_I	271_T	0.751	0.12
93_V	231_S	0.749	0.12
48_L	100_V	0.746	0.12
132_L	270_L	0.738	0.12
141_I	184_T	0.735	0.12
61_G	97_V	0.735	0.12
23_P	227_V	0.734	0.12
34_R	225_A	0.734	0.12
163_E	209_L	0.726	0.12
34_R	85_V	0.724	0.12
128_E	230_Y	0.723	0.12
157_F	227_V	0.721	0.12
27_R	38_A	0.721	0.12
156_H	272_S	0.717	0.12
124_D	152_S	0.716	0.12
22_E	241_V	0.716	0.12
16_D	68_E	0.716	0.12
237_S	250_T	0.714	0.12
141_I	162_R	0.714	0.12
7_A	253_L	0.713	0.12
259_K	282_I	0.713	0.12
231_S	281_H	0.705	0.11
57_E	233_G	0.705	0.11
236_A	249_V	0.705	0.11
61_G	261_L	0.704	0.11
227_V	282_I	0.702	0.11
50_G	202_I	0.701	0.11
163_E	169_K	0.700	0.11
138_D	148_T	0.699	0.11
85_V	153_T	0.699	0.11
30_M	114_H	0.699	0.11
54_V	252_L	0.698	0.11
67_F	261_L	0.698	0.11
130_G	282_I	0.695	0.11
52_F	175_R	0.693	0.11
182_P	282_I	0.692	0.11
35_I	85_V	0.691	0.11
169_K	222_E	0.690	0.11
249_V	262_V	0.690	0.11
29_V	193_R	0.688	0.11
234_P	275_R	0.683	0.11
115_P	151_L	0.683	0.11
108_T	158_E	0.683	0.11
27_R	115_P	0.682	0.11
50_G	103_A	0.681	0.11
17_T	84_A	0.677	0.11
139_L	160_V	0.676	0.11
230_Y	260_E	0.674	0.11
112_A	193_R	0.672	0.11
70_T	250_T	0.667	0.11
35_I	38_A	0.666	0.11
39_A	134_L	0.665	0.11
139_L	242_L	0.665	0.11
229_I	241_V	0.663	0.11
137_G	175_R	0.662	0.11
225_A	241_V	0.661	0.11
132_L	149_I	0.660	0.11
40_D	148_T	0.659	0.11
160_V	257_I	0.657	0.11
227_V	268_I	0.657	0.11
264_D	276_A	0.655	0.11
49_N	104_L	0.654	0.11
8_D	34_R	0.651	0.11
52_F	201_Y	0.651	0.11
236_A	278_V	0.646	0.11
149_I	209_L	0.646	0.11
124_D	176_H	0.644	0.11
27_R	114_H	0.644	0.11
95_R	157_F	0.642	0.11
94_D	143_G	0.640	0.11
9_F	253_L	0.639	0.11
28_V	32_K	0.636	0.10
174_V	187_L	0.635	0.10
271_T	274_G	0.634	0.10
19_T	35_I	0.632	0.10
163_E	255_D	0.631	0.10
28_V	69_D	0.630	0.10
37_L	176_H	0.629	0.10
195_M	198_L	0.627	0.10
117_R	127_F	0.627	0.10
121_R	253_L	0.626	0.10
35_I	226_L	0.625	0.10
124_D	165_N	0.623	0.10
6_I	195_M	0.622	0.10
222_E	260_E	0.619	0.10
136_P	151_L	0.615	0.10
8_D	36_V	0.615	0.10
129_K	175_R	0.611	0.10
193_R	256_L	0.610	0.10
174_V	219_T	0.609	0.10
35_I	126_P	0.601	0.10
238_L	259_K	0.601	0.10
31_S	230_Y	0.600	0.10
165_N	188_A	0.599	0.10
172_L	186_E	0.598	0.10
54_V	105_V	0.594	0.10
30_M	100_V	0.594	0.10
22_E	168_N	0.594	0.10
132_L	160_V	0.593	0.10
112_A	187_L	0.591	0.10
138_D	190_S	0.590	0.10
10_V	91_S	0.587	0.10
25_R	132_L	0.585	0.10
117_R	188_A	0.584	0.10
95_R	180_T	0.583	0.10
143_G	166_G	0.580	0.10
229_I	236_A	0.580	0.10
106_H	139_L	0.579	0.10
224_E	230_Y	0.578	0.10
222_E	259_K	0.575	0.10
130_G	241_V	0.574	0.10
114_H	188_A	0.573	0.10
175_R	201_Y	0.572	0.10
245_D	253_L	0.571	0.10
6_I	17_T	0.571	0.10
174_V	253_L	0.570	0.10
29_V	32_K	0.569	0.10
235_N	250_T	0.569	0.10
162_R	231_S	0.568	0.10
39_A	179_S	0.568	0.10
55_Q	152_S	0.568	0.10
35_I	219_T	0.562	0.10
14_I	58_T	0.561	0.10
237_S	249_V	0.559	0.10
226_L	264_D	0.558	0.10
262_V	266_D	0.558	0.10
162_R	224_E	0.558	0.10
265_D	268_I	0.555	0.09
22_E	88_G	0.555	0.09
153_T	261_L	0.554	0.09
125_Q	223_I	0.554	0.09
15_P	30_M	0.553	0.09
232_S	250_T	0.553	0.09
111_Y	244_V	0.553	0.09
162_R	230_Y	0.552	0.09
12_S	181_G	0.546	0.09
33_R	279_S	0.545	0.09
164_V	211_Q	0.545	0.09
157_F	213_L	0.543	0.09
73_I	88_G	0.540	0.09
104_L	259_K	0.539	0.09
235_N	268_I	0.538	0.09
56_H	59_A	0.538	0.09
54_V	243_G	0.537	0.09
26_G	31_S	0.537	0.09
144_D	258_E	0.535	0.09
47_P	214_A	0.533	0.09
188_A	242_L	0.532	0.09
132_L	226_L	0.530	0.09
30_M	179_S	0.527	0.09
25_R	225_A	0.524	0.09
64_A	213_L	0.522	0.09
72_T	199_G	0.521	0.09
42_E	214_A	0.520	0.09
141_I	222_E	0.518	0.09
76_E	153_T	0.516	0.09
21_V	141_I	0.512	0.09
167_S	247_S	0.507	0.09
127_F	189_L	0.507	0.09
136_P	210_K	0.506	0.09
156_H	222_E	0.505	0.09
108_T	237_S	0.504	0.09
142_T	165_N	0.504	0.09
110_V	204_L	0.501	0.09
42_E	202_I	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2frhA	2	0.3624	97.8	0.912	Contact Map
1p4xA	1	0.3449	97.8	0.912	Contact Map
3fm5A	4	0.3624	97.8	0.913	Contact Map
3u2rA	4	0.3449	97.8	0.913	Contact Map
3g3zA	2	0.3345	97.7	0.913	Contact Map
2fxaA	4	0.3693	97.7	0.914	Contact Map
1lj9A	2	0.3345	97.7	0.915	Contact Map
2ethA	4	0.3484	97.7	0.915	Contact Map
3bpvA	2	0.3345	97.7	0.915	Contact Map
3bj6A	2	0.3728	97.6	0.915	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0094 seconds.