Q9HQW3 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HQW3 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HQW3	Sequences: MTWDAVGALDDALAETRALLTPLDLGVWSRLAVITLFAGLSAPQTPTVSVDAPPNAVINVAQAVTTAEIRLAVAAIGVTVVVVATVAAALGAVMEFVLVAAARSQVVRIAAPFRAHLAAGLRLLAFRIVIVGCGLVATALVASPIGAALAFDQAWWLLALVVTLPLGVVVGVGAALASEFTTAFVVPLMAADGCGVREGWRRLSPVVRADWQEFAVYVLVKAVLLFGASIAVGFCVAVIVVPFGAGALLAGAVSGGGAAVLAVTGVVGVVAVAAVSVVSMTFLRYHSLLVLDRSAVAFALR	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	301 (297)
Sequences:	115 (105)
Seq/√Len:	6.1

HALSA - Q9HQW3

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
101_A	112_P	4.069	0.94
295_A	298_F	3.158	0.82
273_A	277_V	2.827	0.74
160_L	229_S	2.778	0.73
26_G	30_R	2.694	0.70
86_V	230_I	2.620	0.68
160_L	271_A	2.614	0.68
109_I	112_P	2.353	0.59
120_G	288_L	2.326	0.58
100_A	112_P	2.309	0.58
183_A	221_K	2.279	0.57
120_G	278_V	2.236	0.55
8_A	293_R	2.232	0.55
116_H	222_A	2.217	0.54
181_T	200_W	2.205	0.54
116_H	119_A	2.196	0.54
143_S	277_V	2.144	0.52
214_F	293_R	2.131	0.51
160_L	231_A	2.128	0.51
278_V	288_L	2.104	0.50
214_F	294_S	2.065	0.49
118_A	132_G	2.048	0.48
206_V	294_S	2.041	0.48
34_I	113_F	2.028	0.48
10_D	113_F	2.013	0.47
95_E	127_R	1.996	0.47
78_V	269_V	1.993	0.46
3_W	287_S	1.968	0.46
111_A	274_A	1.961	0.45
150_A	227_G	1.929	0.44
185_V	281_T	1.911	0.44
192_D	283_L	1.910	0.44
140_L	255_G	1.900	0.43
182_T	284_R	1.887	0.43
116_H	190_A	1.868	0.42
179_E	298_F	1.820	0.40
140_L	237_A	1.812	0.40
203_L	207_V	1.776	0.39
185_V	200_W	1.743	0.38
127_R	293_R	1.682	0.36
287_S	293_R	1.677	0.36
109_I	241_V	1.677	0.36
99_V	288_L	1.674	0.35
136_V	139_A	1.654	0.35
83_V	170_V	1.648	0.35
9_L	19_L	1.647	0.35
99_V	282_F	1.646	0.35
278_V	285_Y	1.628	0.34
38_A	285_Y	1.625	0.34
172_V	183_A	1.625	0.34
3_W	216_V	1.609	0.33
39_G	277_V	1.607	0.33
99_V	186_V	1.601	0.33
199_G	268_G	1.583	0.33
37_F	291_L	1.572	0.32
289_L	293_R	1.562	0.32
195_G	216_V	1.548	0.31
33_V	249_L	1.541	0.31
260_V	264_T	1.532	0.31
152_D	245_A	1.518	0.31
193_G	270_V	1.517	0.30
28_W	195_G	1.511	0.30
241_V	248_L	1.485	0.30
82_V	186_V	1.471	0.29
242_P	274_A	1.470	0.29
3_W	117_L	1.468	0.29
94_M	224_L	1.454	0.29
214_F	299_A	1.452	0.29
6_V	17_R	1.449	0.28
241_V	275_V	1.436	0.28
213_E	290_V	1.431	0.28
204_S	282_F	1.425	0.28
11_D	292_D	1.416	0.28
159_A	243_F	1.405	0.27
249_L	271_A	1.379	0.26
78_V	168_V	1.375	0.26
34_I	86_V	1.361	0.26
235_C	260_V	1.355	0.26
212_Q	298_F	1.353	0.26
64_V	86_V	1.351	0.26
123_L	291_L	1.339	0.25
85_T	133_C	1.338	0.25
167_G	213_E	1.337	0.25
179_E	183_A	1.325	0.25
87_A	174_A	1.315	0.25
47_T	81_V	1.304	0.24
53_P	82_V	1.301	0.24
25_L	167_G	1.300	0.24
36_L	152_D	1.295	0.24
101_A	127_R	1.292	0.24
62_Q	240_V	1.292	0.24
78_V	109_I	1.287	0.24
40_L	240_V	1.285	0.24
223_V	260_V	1.283	0.24
3_W	9_L	1.281	0.24
109_I	218_V	1.272	0.24
79_T	272_V	1.263	0.23
36_L	297_A	1.251	0.23
78_V	238_V	1.244	0.23
34_I	94_M	1.244	0.23
114_R	226_F	1.233	0.23
163_T	166_L	1.233	0.23
110_A	202_R	1.230	0.23
83_V	161_V	1.223	0.22
100_A	104_S	1.222	0.22
209_A	258_A	1.217	0.22
6_V	290_V	1.215	0.22
3_W	210_D	1.207	0.22
43_P	164_L	1.200	0.22
103_R	292_D	1.195	0.22
94_M	120_G	1.186	0.21
99_V	221_K	1.186	0.21
90_L	125_A	1.183	0.21
181_T	290_V	1.183	0.21
172_V	247_A	1.182	0.21
120_G	285_Y	1.179	0.21
144_P	165_P	1.179	0.21
98_L	188_L	1.172	0.21
87_A	168_V	1.161	0.21
81_V	249_L	1.157	0.21
19_L	114_R	1.156	0.21
181_T	185_V	1.150	0.21
95_E	288_L	1.148	0.21
176_L	222_A	1.145	0.20
164_L	173_G	1.143	0.20
134_G	138_T	1.135	0.20
89_A	193_G	1.134	0.20
44_Q	164_L	1.134	0.20
228_A	260_V	1.119	0.20
82_V	109_I	1.118	0.20
203_L	294_S	1.117	0.20
287_S	292_D	1.114	0.20
186_V	291_L	1.110	0.20
92_A	120_G	1.109	0.20
40_L	225_L	1.107	0.20
77_G	176_L	1.106	0.20
95_E	120_G	1.103	0.19
199_G	264_T	1.103	0.19
73_V	259_A	1.096	0.19
149_L	209_A	1.095	0.19
127_R	285_Y	1.083	0.19
32_A	107_V	1.077	0.19
53_P	296_V	1.075	0.19
139_A	244_G	1.073	0.19
38_A	99_V	1.069	0.19
214_F	287_S	1.068	0.19
130_I	234_F	1.065	0.19
25_L	226_F	1.063	0.19
104_S	222_A	1.062	0.19
84_A	213_E	1.061	0.19
30_R	73_V	1.060	0.19
293_R	299_A	1.058	0.19
57_V	140_L	1.053	0.18
15_E	90_L	1.051	0.18
126_F	185_V	1.051	0.18
96_F	122_R	1.047	0.18
119_A	190_A	1.044	0.18
37_F	118_A	1.038	0.18
10_D	84_A	1.035	0.18
98_L	275_V	1.024	0.18
95_E	285_Y	1.023	0.18
80_V	273_A	1.022	0.18
234_F	269_V	1.019	0.18
180_F	214_F	1.018	0.18
126_F	284_R	1.016	0.18
102_A	118_A	1.008	0.17
17_R	107_V	1.008	0.17
116_H	181_T	1.007	0.17
159_A	219_L	1.002	0.17
6_V	246_G	0.991	0.17
76_I	142_A	0.989	0.17
13_L	218_V	0.988	0.17
6_V	129_V	0.987	0.17
256_G	264_T	0.986	0.17
68_E	75_A	0.984	0.17
120_G	240_V	0.983	0.17
19_L	258_A	0.982	0.17
201_R	279_S	0.979	0.17
173_G	253_V	0.975	0.17
233_G	273_A	0.972	0.17
75_A	140_L	0.970	0.17
286_H	292_D	0.968	0.17
91_G	98_L	0.965	0.17
121_L	129_V	0.962	0.17
241_V	249_L	0.959	0.16
114_R	180_F	0.957	0.16
136_V	199_G	0.957	0.16
123_L	186_V	0.955	0.16
106_V	215_A	0.954	0.16
37_F	224_L	0.951	0.16
91_G	227_G	0.951	0.16
35_T	156_W	0.948	0.16
132_G	177_A	0.942	0.16
123_L	285_Y	0.928	0.16
15_E	292_D	0.927	0.16
264_T	269_V	0.921	0.16
8_A	23_L	0.920	0.16
128_I	138_T	0.920	0.16
266_V	295_A	0.919	0.16
17_R	265_G	0.918	0.16
284_R	288_L	0.918	0.16
248_L	252_A	0.916	0.16
113_F	117_L	0.912	0.16
72_A	231_A	0.911	0.16
72_A	118_A	0.906	0.15
73_V	83_V	0.903	0.15
29_S	89_A	0.897	0.15
9_L	17_R	0.896	0.15
84_A	171_G	0.890	0.15
103_R	282_F	0.883	0.15
112_P	214_F	0.880	0.15
10_D	203_L	0.880	0.15
271_A	281_T	0.879	0.15
102_A	228_A	0.875	0.15
15_E	105_Q	0.872	0.15
214_F	289_L	0.871	0.15
130_I	182_T	0.869	0.15
183_A	286_H	0.864	0.15
9_L	93_V	0.863	0.15
165_P	218_V	0.857	0.15
95_E	190_A	0.854	0.14
96_F	288_L	0.850	0.14
78_V	82_V	0.847	0.14
145_I	188_L	0.844	0.14
3_W	221_K	0.841	0.14
81_V	244_G	0.838	0.14
6_V	178_S	0.833	0.14
112_P	127_R	0.831	0.14
3_W	8_A	0.830	0.14
206_V	254_S	0.826	0.14
3_W	10_D	0.825	0.14
39_G	81_V	0.825	0.14
9_L	141_V	0.822	0.14
181_T	204_S	0.821	0.14
121_L	209_A	0.820	0.14
87_A	132_G	0.818	0.14
104_S	294_S	0.818	0.14
169_V	226_F	0.815	0.14
284_R	287_S	0.814	0.14
102_A	119_A	0.813	0.14
150_A	219_L	0.806	0.14
10_D	253_V	0.806	0.14
143_S	267_V	0.802	0.14
183_A	284_R	0.802	0.14
260_V	275_V	0.801	0.14
199_G	253_V	0.801	0.14
172_V	229_S	0.801	0.14
75_A	180_F	0.800	0.14
264_T	268_G	0.796	0.13
121_L	186_V	0.795	0.13
9_L	179_E	0.792	0.13
129_V	212_Q	0.791	0.13
11_D	202_R	0.791	0.13
125_A	197_R	0.791	0.13
75_A	255_G	0.791	0.13
179_E	213_E	0.790	0.13
109_I	173_G	0.789	0.13
118_A	283_L	0.787	0.13
17_R	282_F	0.786	0.13
226_F	263_V	0.784	0.13
50_V	76_I	0.783	0.13
101_A	107_V	0.782	0.13
102_A	200_W	0.779	0.13
41_S	59_N	0.778	0.13
5_A	286_H	0.778	0.13
125_A	263_V	0.778	0.13
176_L	201_R	0.772	0.13
69_I	80_V	0.767	0.13
5_A	213_E	0.764	0.13
74_A	166_L	0.764	0.13
112_P	241_V	0.755	0.13
65_T	250_A	0.754	0.13
81_V	131_V	0.752	0.13
76_I	129_V	0.747	0.13
95_E	199_G	0.745	0.13
136_V	271_A	0.743	0.13
40_L	271_A	0.739	0.13
162_V	208_R	0.733	0.12
8_A	162_V	0.732	0.12
6_V	99_V	0.730	0.12
5_A	200_W	0.730	0.12
199_G	293_R	0.728	0.12
44_Q	222_A	0.725	0.12
170_V	231_A	0.720	0.12
170_V	234_F	0.719	0.12
83_V	90_L	0.718	0.12
25_L	82_V	0.717	0.12
129_V	275_V	0.715	0.12
46_P	270_V	0.715	0.12
110_A	292_D	0.715	0.12
179_E	221_K	0.713	0.12
141_V	222_A	0.713	0.12
189_M	200_W	0.712	0.12
9_L	169_V	0.708	0.12
11_D	298_F	0.704	0.12
254_S	261_L	0.702	0.12
94_M	100_A	0.702	0.12
102_A	106_V	0.698	0.12
221_K	288_L	0.695	0.12
30_R	100_A	0.694	0.12
62_Q	86_V	0.693	0.12
5_A	22_P	0.690	0.12
53_P	130_I	0.688	0.12
99_V	278_V	0.685	0.12
210_D	223_V	0.684	0.12
56_A	64_V	0.682	0.12
180_F	263_V	0.679	0.12
117_L	280_M	0.674	0.12
124_L	275_V	0.673	0.12
208_R	231_A	0.673	0.12
32_A	97_V	0.672	0.12
95_E	100_A	0.667	0.11
28_W	32_A	0.667	0.11
189_M	286_H	0.665	0.11
3_W	112_P	0.664	0.11
51_D	186_V	0.663	0.11
3_W	108_R	0.662	0.11
30_R	240_V	0.662	0.11
97_V	141_V	0.660	0.11
200_W	203_L	0.658	0.11
160_L	195_G	0.657	0.11
23_L	103_R	0.656	0.11
100_A	116_H	0.656	0.11
113_F	153_Q	0.655	0.11
25_L	125_A	0.652	0.11
181_T	291_L	0.652	0.11
137_A	256_G	0.651	0.11
82_V	225_L	0.651	0.11
66_T	129_V	0.649	0.11
262_A	277_V	0.648	0.11
3_W	179_E	0.646	0.11
233_G	237_A	0.637	0.11
163_T	249_L	0.636	0.11
6_V	35_T	0.634	0.11
238_V	270_V	0.633	0.11
221_K	287_S	0.630	0.11
203_L	218_V	0.629	0.11
50_V	56_A	0.629	0.11
99_V	174_A	0.629	0.11
200_W	204_S	0.628	0.11
30_R	119_A	0.627	0.11
56_A	148_A	0.626	0.11
77_G	256_G	0.625	0.11
11_D	295_A	0.624	0.11
36_L	239_I	0.624	0.11
106_V	152_D	0.621	0.11
4_D	257_G	0.621	0.11
48_V	163_T	0.618	0.11
37_F	96_F	0.617	0.11
117_L	275_V	0.616	0.11
265_G	269_V	0.614	0.11
32_A	101_A	0.612	0.11
91_G	224_L	0.610	0.11
15_E	221_K	0.607	0.11
102_A	219_L	0.607	0.11
28_W	123_L	0.604	0.11
99_V	190_A	0.603	0.11
94_M	97_V	0.603	0.11
170_V	262_A	0.602	0.11
79_T	83_V	0.601	0.11
130_I	141_V	0.601	0.11
149_L	168_V	0.600	0.11
9_L	114_R	0.596	0.10
180_F	239_I	0.595	0.10
232_V	265_G	0.594	0.10
192_D	235_C	0.594	0.10
52_A	56_A	0.591	0.10
115_A	224_L	0.590	0.10
108_R	117_L	0.589	0.10
211_W	277_V	0.589	0.10
94_M	283_L	0.586	0.10
77_G	164_L	0.584	0.10
203_L	206_V	0.581	0.10
62_Q	155_W	0.581	0.10
215_A	244_G	0.579	0.10
249_L	267_V	0.579	0.10
232_V	251_G	0.577	0.10
23_L	68_E	0.574	0.10
119_A	222_A	0.573	0.10
34_I	161_V	0.573	0.10
294_S	299_A	0.570	0.10
136_V	164_L	0.568	0.10
98_L	172_V	0.566	0.10
70_R	266_V	0.566	0.10
110_A	278_V	0.565	0.10
27_V	116_H	0.565	0.10
292_D	299_A	0.564	0.10
32_A	172_V	0.563	0.10
100_A	293_R	0.556	0.10
21_T	215_A	0.556	0.10
55_N	83_V	0.554	0.10
237_A	269_V	0.553	0.10
26_G	87_A	0.551	0.10
226_F	266_V	0.551	0.10
4_D	92_A	0.550	0.10
74_A	193_G	0.550	0.10
176_L	275_V	0.549	0.10
186_V	222_A	0.546	0.10
90_L	146_G	0.543	0.10
73_V	175_A	0.542	0.10
14_A	227_G	0.542	0.10
218_V	228_A	0.539	0.10
42_A	152_D	0.537	0.10
3_W	34_I	0.537	0.10
3_W	289_L	0.536	0.10
58_I	128_I	0.535	0.10
188_L	270_V	0.535	0.10
112_P	293_R	0.534	0.10
161_V	213_E	0.534	0.10
162_V	274_A	0.533	0.10
64_V	133_C	0.533	0.10
116_H	186_V	0.531	0.10
261_L	290_V	0.529	0.10
82_V	257_G	0.529	0.10
75_A	177_A	0.527	0.10
76_I	212_Q	0.526	0.10
81_V	140_L	0.525	0.10
192_D	242_P	0.525	0.10
79_T	257_G	0.524	0.10
121_L	142_A	0.524	0.10
144_P	161_V	0.522	0.10
102_A	179_E	0.522	0.10
23_L	27_V	0.520	0.10
246_G	267_V	0.520	0.10
86_V	90_L	0.520	0.10
66_T	258_A	0.519	0.09
137_A	279_S	0.518	0.09
289_L	294_S	0.518	0.09
109_I	223_V	0.517	0.09
144_P	231_A	0.516	0.09
13_L	93_V	0.516	0.09
135_L	144_P	0.516	0.09
14_A	295_A	0.515	0.09
14_A	109_I	0.514	0.09
254_S	275_V	0.514	0.09
3_W	21_T	0.512	0.09
134_G	168_V	0.509	0.09
56_A	74_A	0.509	0.09
129_V	230_I	0.507	0.09
17_R	237_A	0.507	0.09
82_V	94_M	0.506	0.09
13_L	225_L	0.505	0.09
57_V	139_A	0.505	0.09
128_I	253_V	0.501	0.09
101_A	293_R	0.500	0.09
279_S	293_R	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2khfA	1	0.0797	9.8	0.971	Contact Map
3zf7w	1	0.196	8.1	0.972	Contact Map
4bucA	1	0.1728	7.8	0.973	Contact Map
3b5xA	2	0.299	7.4	0.973	Contact Map
3j61F	1	0.196	7.3	0.973	Contact Map
2zkrw	1	0.1894	7	0.973	Contact Map
4w20F	1	0.196	6.9	0.973	Contact Map
4a17V	1	0.196	6.7	0.973	Contact Map
3j39F	1	0.196	6.4	0.974	Contact Map
3b60A	2	0.299	3.4	0.977	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0095 seconds.