GCH32 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

GCH32 - GTP cyclohydrolase III 2

UniProt:	Q9HQS9	Sequences: MAAVQIDDYGPWTTEPAPRRETDLQALQARLFADVADFLGGRDGYAFAGRFDNMVGAATGIAPAAFERLQERIRNRYPVTVSVGIGTARTPADALDAAGTALRDAGSAQDENRQEALSHRSPPGFAGTPGAVTIAHFDVVDATGTYTDTVSPVRAGTEIQGAVTTLAEYLYDTHDAVTQFVGGDNAIAVCPEIDAGIVDDATAHVREAAGVDFQVGVGHGDTPHDAGADAKHALETCRATGARVHGPWTTADD	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	253 (235)
Sequences:	107 (71)
Seq/√Len:	4.6

HALSA - GCH32 GCH31
SULSO - GCH3

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
140_V	214_Q	7.345	1.00
38_F	69_L	3.831	0.85
38_F	116_A	3.069	0.69
38_F	84_G	3.049	0.69
2_A	58_A	2.900	0.64
146_Y	159_I	2.852	0.63
81_V	140_V	2.649	0.57
48_A	51_F	2.642	0.57
151_S	154_R	2.640	0.57
86_G	118_S	2.585	0.55
36_A	116_A	2.221	0.44
69_L	116_A	2.214	0.43
31_L	132_V	2.108	0.40
4_V	81_V	2.088	0.40
69_L	84_G	2.087	0.40
161_G	168_E	2.080	0.39
137_F	215_V	1.997	0.37
237_C	241_G	1.848	0.33
46_A	66_F	1.830	0.32
137_F	227_G	1.826	0.32
45_Y	205_V	1.820	0.32
151_S	171_Y	1.786	0.31
175_D	214_Q	1.784	0.31
220_G	225_D	1.753	0.30
88_A	97_A	1.729	0.30
58_A	66_F	1.726	0.29
22_T	38_F	1.692	0.29
22_T	69_L	1.671	0.28
154_R	171_Y	1.670	0.28
10_G	180_F	1.665	0.28
141_D	210_G	1.640	0.27
32_F	152_P	1.639	0.27
4_V	104_D	1.636	0.27
11_P	180_F	1.636	0.27
2_A	56_G	1.601	0.26
22_T	84_G	1.599	0.26
32_F	36_A	1.592	0.26
111_E	118_S	1.578	0.26
37_D	163_V	1.574	0.26
90_T	219_H	1.566	0.26
90_T	176_A	1.556	0.25
161_G	202_T	1.550	0.25
56_G	179_Q	1.542	0.25
54_M	233_A	1.520	0.24
93_D	210_G	1.505	0.24
66_F	213_F	1.500	0.24
5_Q	82_S	1.489	0.24
87_T	120_R	1.481	0.24
61_I	65_A	1.466	0.23
194_D	197_I	1.465	0.23
11_P	24_L	1.437	0.23
10_G	24_L	1.436	0.23
30_R	71_E	1.401	0.22
132_V	176_A	1.400	0.22
121_S	129_P	1.380	0.21
61_I	88_A	1.377	0.21
56_G	66_F	1.361	0.21
134_I	178_T	1.354	0.21
48_A	157_T	1.343	0.21
197_I	220_G	1.341	0.21
45_Y	227_G	1.339	0.21
30_R	40_G	1.332	0.20
19_R	224_H	1.319	0.20
24_L	180_F	1.312	0.20
44_G	222_T	1.303	0.20
155_A	161_G	1.291	0.20
90_T	129_P	1.288	0.19
100_T	112_N	1.281	0.19
35_V	73_I	1.272	0.19
85_I	121_S	1.265	0.19
22_T	176_A	1.261	0.19
3_A	81_V	1.259	0.19
35_V	99_G	1.251	0.19
4_V	117_L	1.249	0.19
141_D	144_G	1.249	0.19
127_G	168_E	1.243	0.19
114_Q	149_T	1.239	0.19
13_T	50_R	1.231	0.18
81_V	195_A	1.230	0.18
130_G	196_G	1.225	0.18
132_V	152_P	1.213	0.18
177_V	202_T	1.200	0.18
43_D	206_R	1.200	0.18
71_E	146_Y	1.182	0.18
70_Q	213_F	1.176	0.17
39_L	187_I	1.175	0.17
36_A	149_T	1.173	0.17
45_Y	187_I	1.172	0.17
61_I	200_D	1.165	0.17
160_Q	164_T	1.162	0.17
86_G	208_A	1.155	0.17
48_A	198_V	1.152	0.17
22_T	32_F	1.150	0.17
11_P	47_F	1.147	0.17
169_Y	173_T	1.143	0.17
73_I	170_L	1.140	0.17
4_V	56_G	1.138	0.17
165_T	176_A	1.134	0.17
210_G	225_D	1.131	0.17
86_G	111_E	1.130	0.17
208_A	223_P	1.126	0.17
14_T	24_L	1.117	0.16
118_S	121_S	1.113	0.16
37_D	177_V	1.112	0.16
158_E	220_G	1.104	0.16
43_D	195_A	1.104	0.16
112_N	121_S	1.099	0.16
65_A	93_D	1.090	0.16
68_R	157_T	1.077	0.16
58_A	213_F	1.074	0.16
187_I	205_V	1.071	0.16
19_R	241_G	1.070	0.16
151_S	178_T	1.055	0.15
35_V	46_A	1.053	0.15
8_D	72_R	1.040	0.15
196_G	212_D	1.038	0.15
100_T	219_H	1.032	0.15
211_V	232_H	1.028	0.15
73_I	90_T	1.025	0.15
67_E	128_T	1.020	0.15
22_T	36_A	1.020	0.15
159_I	209_A	1.007	0.15
175_D	194_D	1.005	0.15
4_V	239_A	1.001	0.14
4_V	153_V	0.997	0.14
121_S	194_D	0.994	0.14
22_T	224_H	0.991	0.14
186_A	220_G	0.988	0.14
8_D	235_E	0.977	0.14
38_F	224_H	0.973	0.14
14_T	180_F	0.967	0.14
47_F	70_Q	0.963	0.14
92_A	188_A	0.963	0.14
73_I	85_I	0.963	0.14
11_P	14_T	0.961	0.14
115_E	235_E	0.961	0.14
22_T	214_Q	0.958	0.14
176_A	214_Q	0.956	0.14
51_F	175_D	0.954	0.14
93_D	101_A	0.954	0.14
13_T	238_R	0.949	0.14
50_R	234_L	0.949	0.14
50_R	238_R	0.949	0.14
13_T	234_L	0.949	0.14
86_G	126_A	0.946	0.14
27_L	133_T	0.936	0.14
70_Q	180_F	0.935	0.13
224_H	241_G	0.934	0.13
234_L	238_R	0.932	0.13
16_P	231_K	0.929	0.13
10_G	14_T	0.925	0.13
149_T	197_I	0.918	0.13
93_D	173_T	0.908	0.13
29_A	55_V	0.906	0.13
39_L	155_A	0.902	0.13
44_G	91_P	0.902	0.13
18_P	56_G	0.900	0.13
100_T	207_E	0.900	0.13
29_A	59_T	0.892	0.13
105_A	237_C	0.891	0.13
61_I	128_T	0.886	0.13
55_V	242_A	0.884	0.13
24_L	75_N	0.883	0.13
104_D	197_I	0.883	0.13
203_A	210_G	0.882	0.13
69_L	176_A	0.877	0.13
64_A	229_D	0.871	0.13
8_D	99_G	0.870	0.13
84_G	242_A	0.870	0.13
64_A	211_V	0.865	0.13
63_P	203_A	0.864	0.12
4_V	116_A	0.863	0.12
6_I	121_S	0.861	0.12
214_Q	224_H	0.855	0.12
112_N	196_G	0.855	0.12
46_A	213_F	0.852	0.12
236_T	239_A	0.852	0.12
116_A	176_A	0.851	0.12
119_H	209_A	0.845	0.12
2_A	83_V	0.843	0.12
19_R	40_G	0.838	0.12
44_G	61_I	0.837	0.12
40_G	135_A	0.832	0.12
157_T	167_A	0.823	0.12
229_D	237_C	0.815	0.12
7_D	53_N	0.814	0.12
2_A	66_F	0.814	0.12
89_R	207_E	0.811	0.12
61_I	221_D	0.808	0.12
32_F	69_L	0.807	0.12
59_T	179_Q	0.806	0.12
49_G	195_A	0.806	0.12
81_V	221_D	0.805	0.12
139_V	202_T	0.805	0.12
10_G	70_Q	0.805	0.12
29_A	134_I	0.792	0.12
86_G	195_A	0.789	0.12
214_Q	237_C	0.788	0.11
104_D	200_D	0.788	0.11
26_A	157_T	0.787	0.11
22_T	175_D	0.787	0.11
112_N	120_R	0.786	0.11
130_G	149_T	0.779	0.11
6_I	213_F	0.778	0.11
58_A	220_G	0.777	0.11
8_D	31_L	0.777	0.11
215_V	231_K	0.776	0.11
26_A	153_V	0.770	0.11
120_R	126_A	0.763	0.11
193_I	199_D	0.762	0.11
44_G	143_T	0.754	0.11
108_A	147_T	0.750	0.11
178_T	186_A	0.750	0.11
128_T	156_G	0.747	0.11
112_N	130_G	0.746	0.11
17_A	224_H	0.745	0.11
114_Q	120_R	0.738	0.11
36_A	69_L	0.735	0.11
10_G	91_P	0.734	0.11
165_T	208_A	0.728	0.11
157_T	201_A	0.727	0.11
139_V	201_A	0.726	0.11
101_A	171_Y	0.724	0.11
64_A	102_L	0.720	0.11
88_A	100_T	0.717	0.11
10_G	47_F	0.713	0.11
163_V	178_T	0.706	0.10
154_R	157_T	0.706	0.10
8_D	66_F	0.705	0.10
72_R	133_T	0.700	0.10
32_F	84_G	0.700	0.10
83_V	155_A	0.698	0.10
95_L	237_C	0.698	0.10
6_I	133_T	0.695	0.10
22_T	116_A	0.693	0.10
55_V	61_I	0.693	0.10
15_E	57_A	0.693	0.10
3_A	73_I	0.682	0.10
45_Y	231_K	0.679	0.10
73_I	211_V	0.677	0.10
194_D	219_H	0.669	0.10
106_G	113_R	0.668	0.10
178_T	204_H	0.667	0.10
11_P	27_L	0.665	0.10
199_D	203_A	0.665	0.10
137_F	163_V	0.664	0.10
101_A	126_A	0.663	0.10
62_A	111_E	0.663	0.10
29_A	32_F	0.660	0.10
181_V	231_K	0.658	0.10
8_D	113_R	0.657	0.10
231_K	235_E	0.653	0.10
53_N	235_E	0.650	0.10
7_D	75_N	0.649	0.10
15_E	192_E	0.648	0.10
155_A	167_A	0.647	0.10
70_Q	235_E	0.641	0.10
39_L	203_A	0.638	0.10
34_D	148_D	0.637	0.10
20_R	43_D	0.635	0.10
2_A	177_V	0.635	0.10
133_T	177_V	0.633	0.10
227_G	237_C	0.633	0.10
27_L	180_F	0.629	0.10
94_A	218_G	0.628	0.10
117_L	167_A	0.626	0.10
139_V	215_V	0.626	0.10
77_Y	235_E	0.625	0.10
112_N	126_A	0.624	0.10
48_A	167_A	0.623	0.10
27_L	47_F	0.622	0.10
20_R	169_Y	0.621	0.10
40_G	232_H	0.620	0.10
16_P	19_R	0.618	0.10
137_F	187_I	0.617	0.09
99_G	170_L	0.617	0.09
10_G	82_S	0.615	0.09
153_V	157_T	0.615	0.09
34_D	77_Y	0.613	0.09
6_I	151_S	0.613	0.09
29_A	140_V	0.612	0.09
3_A	197_I	0.611	0.09
93_D	239_A	0.603	0.09
3_A	57_A	0.603	0.09
84_G	159_I	0.602	0.09
11_P	70_Q	0.602	0.09
63_P	89_R	0.600	0.09
61_I	198_V	0.600	0.09
121_S	195_A	0.599	0.09
120_R	220_G	0.596	0.09
47_F	180_F	0.595	0.09
130_G	159_I	0.594	0.09
165_T	194_D	0.591	0.09
103_R	152_P	0.590	0.09
56_G	59_T	0.588	0.09
111_E	194_D	0.587	0.09
15_E	72_R	0.584	0.09
56_G	82_S	0.581	0.09
190_C	224_H	0.575	0.09
20_R	159_I	0.573	0.09
22_T	102_L	0.569	0.09
69_L	96_D	0.564	0.09
111_E	208_A	0.563	0.09
112_N	219_H	0.562	0.09
11_P	77_Y	0.561	0.09
83_V	213_F	0.561	0.09
148_D	166_L	0.559	0.09
132_V	228_A	0.556	0.09
29_A	72_R	0.553	0.09
4_V	169_Y	0.550	0.09
37_D	164_T	0.548	0.09
74_R	90_T	0.547	0.09
165_T	209_A	0.547	0.09
50_R	143_T	0.546	0.09
13_T	143_T	0.546	0.09
51_F	133_T	0.545	0.09
96_D	194_D	0.545	0.09
63_P	221_D	0.544	0.09
14_T	148_D	0.538	0.09
88_A	93_D	0.538	0.09
64_A	74_R	0.537	0.09
30_R	211_V	0.537	0.09
73_I	104_D	0.536	0.09
89_R	194_D	0.534	0.09
23_D	75_N	0.532	0.09
24_L	34_D	0.531	0.09
27_L	189_V	0.530	0.09
149_T	156_G	0.528	0.09
163_V	168_E	0.527	0.09
54_M	73_I	0.527	0.09
10_G	27_L	0.524	0.09
16_P	235_E	0.522	0.09
79_V	215_V	0.522	0.09
116_A	120_R	0.521	0.09
121_S	133_T	0.520	0.09
36_A	237_C	0.520	0.09
65_A	221_D	0.515	0.08
106_G	235_E	0.513	0.08
67_E	159_I	0.510	0.08
220_G	229_D	0.510	0.08
88_A	126_A	0.510	0.08
111_E	229_D	0.510	0.08
85_I	88_A	0.509	0.08
39_L	111_E	0.509	0.08
141_D	169_Y	0.506	0.08
6_I	27_L	0.504	0.08
40_G	60_G	0.504	0.08
11_P	108_A	0.501	0.08
52_D	185_N	0.500	0.08
138_D	184_D	0.500	0.08
138_D	183_G	0.500	0.08
138_D	182_G	0.500	0.08

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2qv6A	4	0.9842	100	0.143	Contact Map
3i5cA	2	0.6917	97.1	0.93	Contact Map
3hvaA	1	0.5731	96.8	0.933	Contact Map
3tvkA	1	0.5968	96.4	0.936	Contact Map
3hvwA	1	0.5415	96.4	0.936	Contact Map
4urgA	1	0.5613	96.2	0.937	Contact Map
3x1lA	1	0.6838	96.2	0.937	Contact Map
4j40A	2	0	96.1	0.937	Contact Map
4w8yA	1	0.7708	95.9	0.938	Contact Map
3qyyA	1	0.5652	95.9	0.938	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0084 seconds.