Q9HQP7 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HQP7 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HQP7	Sequences: MSRWLPQDAVRSGIRNPTAIPKHIKRNVIDELRQQIRLGIATAALPNQADLLAELRRKDSFCLIVLDACRHDHLETLFPLFFEGRVKPTKTVATNTFEYLQYNWPETYAYPYVTAATPVTSEAFEFDGQDSGDGLPQEDLYAYYRGYTPINHFTDLVEVWRDSWDSELRVCPPEPTTRRAIARADDAARMVVHYFQPHAPFIGERRPDLSRERSTIHDENVKIDEDVWDAVKSGSISTSELGQYYSSNLRRVLAAVSKLVSQTQFDRYVLIGDHGEALGEYGGFAHSMDHPLVNKVPWAEVETTKDGCPSMWEYDAPTENETGTGTTRSRLKELGYIE	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	338 (267)
Sequences:	167 (150)
Seq/√Len:	9.2

HALSA - Q9HQP7 Q9HNT9

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
177_T	194_Y	7.099	1.00
180_A	192_V	4.298	0.99
173_P	251_R	3.671	0.97
92_V	103_N	3.661	0.97
228_W	276_E	3.605	0.97
94_T	287_S	3.599	0.97
58_K	89_T	3.440	0.96
73_H	276_E	3.298	0.94
65_V	271_I	3.109	0.92
203_G	247_S	2.990	0.91
201_F	276_E	2.891	0.89
96_T	124_F	2.845	0.89
231_V	241_L	2.753	0.87
277_A	290_H	2.609	0.84
173_P	203_G	2.591	0.83
228_W	285_A	2.569	0.83
96_T	195_F	2.502	0.81
260_V	268_Y	2.421	0.79
117_T	188_A	2.379	0.77
86_V	299_A	2.313	0.75
59_D	267_R	2.297	0.75
62_C	263_T	2.241	0.73
148_T	272_G	2.225	0.72
242_G	276_E	2.210	0.72
96_T	160_W	2.166	0.70
168_L	172_P	2.160	0.70
96_T	272_G	2.085	0.67
62_C	268_Y	2.057	0.66
77_L	250_R	2.044	0.65
254_A	260_V	2.030	0.65
88_P	295_K	1.986	0.63
123_A	330_R	1.968	0.62
170_V	228_W	1.959	0.62
73_H	242_G	1.958	0.62
120_T	127_D	1.940	0.61
248_N	276_E	1.881	0.59
206_R	247_S	1.878	0.58
164_W	170_V	1.866	0.58
164_W	330_R	1.811	0.56
71_H	86_V	1.797	0.55
327_T	330_R	1.690	0.50
56_R	153_F	1.688	0.50
116_A	153_F	1.685	0.50
170_V	199_A	1.681	0.50
121_S	176_T	1.677	0.50
120_T	164_W	1.665	0.49
237_S	240_E	1.652	0.49
96_T	104_W	1.650	0.48
120_T	123_A	1.637	0.48
54_E	103_N	1.608	0.47
276_E	287_S	1.606	0.47
186_D	306_D	1.600	0.46
180_A	190_M	1.540	0.44
96_T	148_T	1.532	0.43
123_A	228_W	1.506	0.42
160_W	164_W	1.504	0.42
82_F	86_V	1.487	0.41
96_T	149_P	1.444	0.40
100_L	160_W	1.425	0.39
177_T	259_L	1.421	0.39
62_C	99_Y	1.417	0.38
107_T	111_P	1.403	0.38
78_F	82_F	1.395	0.38
160_W	234_G	1.391	0.37
73_H	201_F	1.385	0.37
93_A	98_E	1.380	0.37
157_V	179_R	1.341	0.35
96_T	122_E	1.340	0.35
123_A	164_W	1.337	0.35
262_Q	305_K	1.318	0.34
100_L	124_F	1.312	0.34
331_L	336_Y	1.308	0.34
331_L	335_G	1.308	0.34
205_R	267_R	1.286	0.33
190_M	327_T	1.274	0.33
228_W	242_G	1.269	0.33
71_H	88_P	1.255	0.32
82_F	270_L	1.247	0.32
108_Y	111_P	1.242	0.31
150_I	269_V	1.242	0.31
100_L	164_W	1.240	0.31
121_S	171_C	1.231	0.31
48_Q	92_V	1.224	0.31
120_T	153_F	1.209	0.30
65_V	152_H	1.202	0.30
202_I	251_R	1.199	0.30
203_G	251_R	1.180	0.29
53_A	93_A	1.180	0.29
122_E	245_Y	1.179	0.29
74_L	86_V	1.177	0.29
164_W	228_W	1.168	0.29
331_L	334_L	1.166	0.29
56_R	194_Y	1.161	0.28
94_T	284_F	1.151	0.28
164_W	171_C	1.149	0.28
181_I	262_Q	1.141	0.28
194_Y	252_V	1.133	0.27
92_V	102_Y	1.130	0.27
60_S	91_T	1.126	0.27
245_Y	276_E	1.120	0.27
68_A	326_T	1.117	0.27
68_A	276_E	1.117	0.27
84_G	299_A	1.115	0.27
163_S	175_P	1.108	0.27
119_V	180_A	1.097	0.26
55_L	167_E	1.095	0.26
65_V	99_Y	1.082	0.26
49_A	294_N	1.081	0.26
173_P	209_L	1.068	0.25
260_V	305_K	1.065	0.25
62_C	267_R	1.061	0.25
188_A	306_D	1.058	0.25
277_A	288_M	1.056	0.25
76_T	328_R	1.055	0.25
314_Y	317_P	1.052	0.25
64_I	263_T	1.052	0.25
276_E	285_A	1.049	0.25
174_E	309_P	1.046	0.25
83_E	301_V	1.045	0.25
68_A	281_Y	1.039	0.24
96_T	294_N	1.038	0.24
54_E	58_K	1.036	0.24
154_T	157_V	1.033	0.24
159_V	163_S	1.026	0.24
185_D	188_A	1.021	0.24
154_T	188_A	1.019	0.24
65_V	264_Q	1.017	0.24
156_L	299_A	1.012	0.23
288_M	293_V	1.010	0.23
159_V	176_T	1.010	0.23
199_A	276_E	1.008	0.23
62_C	194_Y	1.005	0.23
72_D	245_Y	0.996	0.23
120_T	176_T	0.994	0.23
262_Q	311_M	0.984	0.23
241_L	284_F	0.982	0.23
111_P	188_A	0.974	0.22
261_S	270_L	0.974	0.22
85_R	166_S	0.973	0.22
75_E	269_V	0.972	0.22
242_G	278_L	0.965	0.22
100_L	149_P	0.964	0.22
159_V	169_R	0.964	0.22
174_E	255_A	0.961	0.22
123_A	165_D	0.959	0.22
231_V	242_G	0.954	0.22
201_F	228_W	0.938	0.21
183_R	186_D	0.930	0.21
277_A	293_V	0.929	0.21
329_S	333_E	0.921	0.21
185_D	267_R	0.920	0.21
186_D	269_V	0.907	0.20
174_E	258_K	0.903	0.20
117_T	258_K	0.899	0.20
117_T	186_D	0.895	0.20
100_L	125_E	0.894	0.20
58_K	269_V	0.889	0.20
229_D	284_F	0.884	0.20
204_E	327_T	0.880	0.20
253_L	259_L	0.876	0.19
162_D	179_R	0.867	0.19
78_F	99_Y	0.867	0.19
227_V	278_L	0.865	0.19
96_T	157_V	0.861	0.19
182_A	190_M	0.852	0.19
65_V	272_G	0.849	0.19
173_P	202_I	0.848	0.19
117_T	154_T	0.844	0.19
171_C	201_F	0.839	0.18
76_T	246_S	0.838	0.18
291_P	317_P	0.835	0.18
58_K	216_I	0.834	0.18
270_L	299_A	0.831	0.18
324_T	333_E	0.830	0.18
194_Y	259_L	0.826	0.18
61_F	91_T	0.820	0.18
75_E	202_I	0.818	0.18
72_D	280_E	0.814	0.18
188_A	266_D	0.814	0.18
318_T	321_E	0.806	0.18
170_V	287_S	0.806	0.18
195_F	276_E	0.796	0.17
271_I	324_T	0.793	0.17
268_Y	303_T	0.793	0.17
83_E	304_T	0.791	0.17
233_S	239_S	0.790	0.17
99_Y	299_A	0.788	0.17
153_F	234_G	0.782	0.17
203_G	206_R	0.782	0.17
111_P	178_R	0.780	0.17
231_V	284_F	0.779	0.17
124_F	294_N	0.775	0.17
167_E	332_K	0.774	0.17
153_F	228_W	0.774	0.17
123_A	153_F	0.773	0.17
98_E	271_I	0.773	0.17
254_A	270_L	0.772	0.17
117_T	281_Y	0.771	0.17
48_Q	102_Y	0.771	0.17
55_L	269_V	0.765	0.17
70_R	245_Y	0.764	0.17
188_A	309_P	0.761	0.16
45_L	50_D	0.759	0.16
58_K	300_E	0.757	0.16
120_T	125_E	0.754	0.16
66_L	70_R	0.746	0.16
88_P	305_K	0.745	0.16
120_T	160_W	0.744	0.16
309_P	312_W	0.740	0.16
222_K	226_D	0.737	0.16
62_C	188_A	0.737	0.16
229_D	243_Q	0.737	0.16
202_I	233_S	0.734	0.16
107_T	272_G	0.733	0.16
173_P	201_F	0.732	0.16
216_I	332_K	0.731	0.16
60_S	122_E	0.729	0.16
56_R	116_A	0.727	0.16
180_A	284_F	0.726	0.16
120_T	234_G	0.725	0.16
258_K	309_P	0.723	0.16
59_D	238_T	0.720	0.15
313_E	316_A	0.718	0.15
96_T	110_Y	0.717	0.15
93_A	215_T	0.716	0.15
170_V	276_E	0.715	0.15
188_A	281_Y	0.715	0.15
183_R	188_A	0.710	0.15
73_H	278_L	0.710	0.15
61_F	193_H	0.705	0.15
172_P	291_P	0.702	0.15
256_V	261_S	0.700	0.15
264_Q	301_V	0.699	0.15
55_L	241_L	0.697	0.15
79_P	255_A	0.692	0.15
167_E	202_I	0.690	0.15
166_S	320_N	0.688	0.15
95_N	195_F	0.687	0.15
252_V	303_T	0.687	0.15
156_L	164_W	0.685	0.15
84_G	275_G	0.685	0.15
89_T	100_L	0.684	0.15
118_P	173_P	0.682	0.15
251_R	280_E	0.680	0.15
119_V	195_F	0.677	0.15
117_T	307_G	0.677	0.15
264_Q	275_G	0.677	0.15
177_T	252_V	0.676	0.15
103_N	269_V	0.675	0.14
108_Y	152_H	0.674	0.14
204_E	247_S	0.671	0.14
173_P	276_E	0.670	0.14
233_S	293_V	0.667	0.14
84_G	189_R	0.666	0.14
106_E	246_S	0.665	0.14
74_L	78_F	0.664	0.14
56_R	109_A	0.663	0.14
55_L	93_A	0.660	0.14
58_K	250_R	0.659	0.14
230_A	236_I	0.658	0.14
170_V	330_R	0.658	0.14
267_R	306_D	0.657	0.14
174_E	304_T	0.656	0.14
201_F	222_K	0.655	0.14
231_V	276_E	0.652	0.14
176_T	333_E	0.651	0.14
190_M	222_K	0.649	0.14
78_F	299_A	0.647	0.14
151_N	241_L	0.640	0.14
45_L	191_V	0.639	0.14
182_A	272_G	0.639	0.14
266_D	302_E	0.638	0.14
86_V	307_G	0.636	0.14
228_W	248_N	0.633	0.14
54_E	270_L	0.633	0.14
301_V	304_T	0.632	0.14
199_A	228_W	0.632	0.14
232_K	242_G	0.630	0.14
119_V	330_R	0.628	0.13
225_E	272_G	0.628	0.13
96_T	181_I	0.627	0.13
53_A	92_V	0.626	0.13
160_W	165_D	0.617	0.13
234_G	280_E	0.615	0.13
257_S	260_V	0.615	0.13
125_E	149_P	0.614	0.13
64_I	195_F	0.612	0.13
173_P	237_S	0.609	0.13
83_E	191_V	0.607	0.13
194_Y	262_Q	0.607	0.13
120_T	156_L	0.604	0.13
44_A	323_G	0.604	0.13
236_I	256_V	0.604	0.13
74_L	299_A	0.602	0.13
56_R	257_S	0.602	0.13
110_Y	314_Y	0.601	0.13
75_E	167_E	0.599	0.13
165_D	192_V	0.598	0.13
77_L	178_R	0.593	0.13
54_E	57_R	0.591	0.13
64_I	310_S	0.591	0.13
76_T	236_I	0.590	0.13
223_I	234_G	0.588	0.13
59_D	295_K	0.588	0.13
158_E	161_R	0.588	0.13
117_T	277_A	0.586	0.13
102_Y	294_N	0.585	0.13
99_Y	187_A	0.583	0.13
153_F	287_S	0.582	0.13
182_A	330_R	0.579	0.13
66_L	298_W	0.578	0.12
102_Y	333_E	0.577	0.12
57_R	323_G	0.577	0.12
306_D	312_W	0.572	0.12
110_Y	155_D	0.571	0.12
54_E	92_V	0.571	0.12
249_L	253_L	0.571	0.12
117_T	187_A	0.566	0.12
192_V	253_L	0.565	0.12
323_G	326_T	0.565	0.12
170_V	241_L	0.564	0.12
85_R	320_N	0.564	0.12
293_V	300_E	0.563	0.12
55_L	96_T	0.563	0.12
317_P	324_T	0.562	0.12
257_S	275_G	0.561	0.12
208_D	247_S	0.561	0.12
269_V	293_V	0.560	0.12
46_P	51_L	0.560	0.12
162_D	184_A	0.559	0.12
160_W	228_W	0.558	0.12
161_R	312_W	0.557	0.12
50_D	111_P	0.557	0.12
158_E	205_R	0.554	0.12
55_L	293_V	0.554	0.12
248_N	330_R	0.552	0.12
319_E	329_S	0.552	0.12
177_T	262_Q	0.550	0.12
57_R	321_E	0.548	0.12
99_Y	302_E	0.547	0.12
174_E	287_S	0.546	0.12
100_L	192_V	0.545	0.12
148_T	152_H	0.544	0.12
183_R	262_Q	0.542	0.12
160_W	330_R	0.542	0.12
95_N	272_G	0.542	0.12
173_P	191_V	0.541	0.12
56_R	177_T	0.539	0.12
193_H	334_L	0.538	0.12
186_D	263_T	0.536	0.12
303_T	329_S	0.528	0.12
73_H	246_S	0.526	0.12
74_L	103_N	0.526	0.12
96_T	159_V	0.525	0.12
238_T	276_E	0.524	0.11
257_S	308_C	0.521	0.11
96_T	155_D	0.521	0.11
208_D	242_G	0.519	0.11
103_N	308_C	0.518	0.11
258_K	302_E	0.517	0.11
108_Y	250_R	0.517	0.11
65_V	322_T	0.516	0.11
100_L	191_V	0.515	0.11
68_A	193_H	0.515	0.11
201_F	248_N	0.514	0.11
229_D	295_K	0.513	0.11
64_I	239_S	0.512	0.11
159_V	249_L	0.512	0.11
89_T	333_E	0.511	0.11
90_K	216_I	0.509	0.11
252_V	270_L	0.507	0.11
62_C	110_Y	0.506	0.11
123_A	201_F	0.505	0.11
207_P	269_V	0.505	0.11
123_A	234_G	0.504	0.11
237_S	292_L	0.503	0.11
67_D	286_H	0.500	0.11
67_D	274_H	0.500	0.11
67_D	273_D	0.500	0.11
67_D	297_P	0.500	0.11
67_D	200_P	0.500	0.11
67_D	198_H	0.500	0.11
273_D	297_P	0.500	0.11
286_H	297_P	0.500	0.11
67_D	197_P	0.500	0.11
274_H	297_P	0.500	0.11
274_H	286_H	0.500	0.11
198_H	297_P	0.500	0.11
198_H	286_H	0.500	0.11
198_H	274_H	0.500	0.11
198_H	273_D	0.500	0.11
197_P	297_P	0.500	0.11
197_P	286_H	0.500	0.11
197_P	274_H	0.500	0.11
197_P	273_D	0.500	0.11
197_P	200_P	0.500	0.11
200_P	273_D	0.500	0.11
200_P	274_H	0.500	0.11
200_P	286_H	0.500	0.11
273_D	286_H	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4tn0A	1	0.7308	98.6	0.913	Contact Map
4kavA	1	0.8047	98.2	0.922	Contact Map
2vqrA	3	0.7988	98.2	0.923	Contact Map
4uphA	2	0.7929	98.1	0.925	Contact Map
4upkA	3	0.8018	98.1	0.926	Contact Map
2qzuA	2	0.8107	98	0.926	Contact Map
3b5qA	1	0.7515	98	0.927	Contact Map
4uplA	2	0.8077	97.9	0.928	Contact Map
4upiA	2	0.7988	97.9	0.929	Contact Map
2w8dA	1	0.7722	97.8	0.93	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.01 seconds.