Q9HQM2 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HQM2 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HQM2	Sequences: MTQICDAMVSVRLCLILALVVLGGCVFVLTDDHTGAPSSTAVAAGLNDIESVSATEVSGIRFGNTSSHTTTTLRISLAGDSLRRFSRVREPNATAGDVTLVTGHGTMAYDASRNRVTRAPHNDAAVSVVDQAGFYERVVAAAHDGSTVTVPSRGVSPLPAIPAADADATDNTTDVPGYAVSYLGARTVAGRNAHGFRLTPATDAAADMTQTLWLDARYYYPLRTVTTVTSNATTYHLRSHLENVTFNADLSAKPFSWTPPADATTEIVDTTTRRFDALAALRDASRLSVPDPELPAAYSFDSGRTSGAAHRQVTAEYSAPGAHRATMTKFTAPPGGPALDAGAQVTVAGQPASYLVTGHTRRVSWACGGVQYRLSSGALNRSQLLASAAAVACR	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	394 (334)
Sequences:	207 (180)
Seq/√Len:	9.9

BACSU - YDCC
HALSA - Q9HQM2 Q9HRY9

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
51_S	249_D	4.065	0.99
387_S	390_A	3.894	0.98
292_P	295_P	3.754	0.98
213_W	223_R	3.699	0.98
191_R	215_D	3.506	0.97
211_T	225_V	3.467	0.97
188_V	193_A	3.455	0.97
54_A	241_L	3.409	0.96
191_R	217_R	3.337	0.96
300_F	315_A	3.295	0.95
327_M	374_L	2.802	0.90
51_S	248_A	2.637	0.86
181_S	197_R	2.560	0.85
36_A	267_I	2.537	0.84
327_M	391_V	2.466	0.82
191_R	222_L	2.461	0.82
222_L	244_V	2.354	0.79
212_L	374_L	2.350	0.79
15_L	18_A	2.333	0.78
240_H	386_A	2.227	0.75
292_P	390_A	2.211	0.74
27_F	279_A	2.186	0.74
58_S	216_A	2.110	0.71
259_P	263_A	2.103	0.71
221_P	292_P	2.082	0.70
114_N	263_A	2.046	0.68
53_S	74_R	2.040	0.68
38_S	286_R	2.007	0.67
25_C	388_A	2.002	0.67
17_L	20_V	1.980	0.66
55_T	243_N	1.974	0.65
345_V	352_A	1.964	0.65
300_F	390_A	1.957	0.65
196_F	217_R	1.952	0.65
116_V	263_A	1.948	0.64
190_G	200_P	1.941	0.64
184_G	213_W	1.919	0.63
118_R	250_L	1.909	0.63
100_L	221_P	1.905	0.63
37_P	345_V	1.895	0.62
321_G	369_G	1.887	0.62
24_G	329_K	1.870	0.61
13_L	348_A	1.844	0.60
20_V	278_L	1.826	0.59
76_S	84_R	1.818	0.59
102_T	195_G	1.794	0.58
213_W	365_W	1.772	0.57
189_A	222_L	1.718	0.54
299_S	322_A	1.701	0.54
83_R	347_V	1.700	0.54
42_V	171_N	1.699	0.53
102_T	290_P	1.654	0.51
102_T	387_S	1.648	0.51
55_T	74_R	1.606	0.49
22_L	253_K	1.595	0.49
17_L	34_T	1.584	0.48
22_L	368_G	1.578	0.48
74_R	86_S	1.561	0.47
196_F	360_T	1.558	0.47
343_A	354_Y	1.531	0.46
111_A	239_S	1.503	0.45
292_P	315_A	1.499	0.44
260_P	347_V	1.492	0.44
200_P	325_A	1.453	0.42
16_I	19_L	1.434	0.41
51_S	78_A	1.425	0.41
345_V	363_V	1.423	0.41
164_A	178_Y	1.416	0.41
281_L	298_Y	1.410	0.40
81_S	112_S	1.404	0.40
251_S	280_A	1.404	0.40
220_Y	275_F	1.396	0.40
295_P	365_W	1.377	0.39
118_R	345_V	1.376	0.39
55_T	295_P	1.376	0.39
295_P	390_A	1.366	0.39
60_I	244_V	1.366	0.39
16_I	21_V	1.364	0.38
116_V	260_P	1.360	0.38
17_L	22_L	1.358	0.38
22_L	192_N	1.345	0.38
341_A	368_G	1.341	0.37
11_V	17_L	1.330	0.37
120_P	317_Y	1.321	0.37
42_V	262_D	1.314	0.36
13_L	261_A	1.309	0.36
107_M	265_T	1.306	0.36
116_V	265_T	1.304	0.36
50_E	327_M	1.297	0.36
34_T	380_N	1.293	0.35
201_A	219_Y	1.291	0.35
25_C	170_D	1.286	0.35
107_M	257_W	1.283	0.35
15_L	20_V	1.277	0.35
102_T	389_A	1.275	0.35
16_I	239_S	1.272	0.35
185_A	391_V	1.271	0.34
98_V	297_A	1.269	0.34
199_T	276_D	1.263	0.34
82_L	369_G	1.263	0.34
325_A	390_A	1.258	0.34
215_D	315_A	1.255	0.34
75_I	328_T	1.253	0.34
23_G	54_A	1.245	0.33
226_T	239_S	1.245	0.33
203_D	347_V	1.244	0.33
42_V	84_R	1.244	0.33
329_K	372_Y	1.241	0.33
21_V	175_V	1.232	0.33
265_T	358_G	1.232	0.33
287_L	313_V	1.230	0.33
217_R	222_L	1.222	0.33
260_P	263_A	1.217	0.32
247_N	255_F	1.203	0.32
294_L	365_W	1.197	0.32
84_R	389_A	1.195	0.31
106_T	256_S	1.194	0.31
348_A	367_C	1.193	0.31
107_M	116_V	1.191	0.31
342_G	353_S	1.190	0.31
252_A	379_L	1.190	0.31
166_A	327_M	1.186	0.31
198_L	214_L	1.184	0.31
302_S	360_T	1.181	0.31
109_Y	260_P	1.180	0.31
315_A	382_S	1.172	0.31
195_G	317_Y	1.169	0.30
99_T	198_L	1.165	0.30
120_P	253_K	1.158	0.30
264_T	358_G	1.151	0.30
64_N	270_T	1.148	0.30
24_G	294_L	1.135	0.29
292_P	388_A	1.133	0.29
287_L	292_P	1.131	0.29
91_P	244_V	1.131	0.29
15_L	40_T	1.130	0.29
42_V	251_S	1.130	0.29
65_T	293_E	1.130	0.29
24_G	365_W	1.118	0.28
15_L	221_P	1.114	0.28
193_A	217_R	1.112	0.28
374_L	379_L	1.109	0.28
198_L	286_R	1.090	0.27
216_A	245_T	1.083	0.27
109_Y	190_G	1.078	0.27
308_A	331_T	1.073	0.27
16_I	186_R	1.063	0.27
54_A	175_V	1.056	0.26
92_N	313_V	1.053	0.26
188_V	388_A	1.052	0.26
167_D	211_T	1.052	0.26
205_A	222_L	1.048	0.26
73_L	112_S	1.044	0.26
321_G	379_L	1.044	0.26
238_R	352_A	1.043	0.26
123_D	346_T	1.042	0.26
100_L	239_S	1.039	0.26
78_A	82_L	1.036	0.26
21_V	280_A	1.035	0.26
226_T	292_P	1.031	0.25
171_N	348_A	1.029	0.25
116_V	180_V	1.024	0.25
81_S	365_W	1.024	0.25
211_T	363_V	1.023	0.25
85_F	283_D	1.021	0.25
52_V	244_V	1.019	0.25
19_L	199_T	1.018	0.25
290_P	348_A	1.014	0.25
202_T	345_V	1.006	0.25
114_N	345_V	1.001	0.24
166_A	201_A	0.996	0.24
22_L	57_V	0.992	0.24
86_S	100_L	0.990	0.24
35_G	352_A	0.982	0.24
233_T	245_T	0.972	0.23
109_Y	184_G	0.971	0.23
16_I	366_A	0.967	0.23
310_H	333_P	0.966	0.23
120_P	386_A	0.964	0.23
253_K	386_A	0.961	0.23
296_A	374_L	0.960	0.23
86_S	314_T	0.958	0.23
248_A	304_R	0.955	0.23
107_M	295_P	0.953	0.23
103_G	346_T	0.951	0.23
49_I	76_S	0.950	0.23
22_L	305_T	0.950	0.23
48_D	216_A	0.946	0.23
118_R	321_G	0.946	0.23
25_C	352_A	0.946	0.23
20_V	218_Y	0.946	0.23
181_S	343_A	0.944	0.22
16_I	183_L	0.944	0.22
216_A	325_A	0.940	0.22
106_T	121_H	0.937	0.22
379_L	383_Q	0.933	0.22
65_T	181_S	0.933	0.22
36_A	234_T	0.930	0.22
312_Q	349_G	0.929	0.22
24_G	288_S	0.929	0.22
317_Y	372_Y	0.926	0.22
52_V	365_W	0.924	0.22
38_S	45_G	0.920	0.22
260_P	317_Y	0.919	0.22
91_P	190_G	0.917	0.22
244_V	281_L	0.915	0.22
277_A	280_A	0.915	0.22
165_D	168_A	0.914	0.22
93_A	115_R	0.906	0.21
233_T	327_M	0.899	0.21
107_M	285_S	0.898	0.21
42_V	372_Y	0.897	0.21
196_F	226_T	0.897	0.21
191_R	251_S	0.894	0.21
32_D	221_P	0.894	0.21
241_L	314_T	0.893	0.21
253_K	291_D	0.888	0.21
38_S	94_T	0.888	0.21
122_N	214_L	0.884	0.21
195_G	246_F	0.884	0.21
16_I	313_V	0.883	0.21
100_L	116_V	0.880	0.21
214_L	372_Y	0.876	0.20
232_A	352_A	0.876	0.20
94_T	238_R	0.875	0.20
312_Q	330_F	0.874	0.20
51_S	380_N	0.872	0.20
115_R	347_V	0.865	0.20
98_V	346_T	0.864	0.20
10_S	23_G	0.863	0.20
22_L	170_D	0.862	0.20
281_L	289_V	0.860	0.20
80_D	390_A	0.860	0.20
45_G	167_D	0.856	0.20
218_Y	246_F	0.855	0.20
116_V	165_D	0.854	0.20
184_G	260_P	0.854	0.20
51_S	354_Y	0.850	0.20
195_G	292_P	0.849	0.20
40_T	193_A	0.849	0.20
190_G	213_W	0.845	0.20
38_S	183_L	0.842	0.19
247_N	388_A	0.841	0.19
84_R	169_T	0.837	0.19
196_F	374_L	0.832	0.19
103_G	389_A	0.831	0.19
299_S	363_V	0.831	0.19
80_D	175_V	0.830	0.19
330_F	369_G	0.828	0.19
17_L	24_G	0.826	0.19
17_L	41_A	0.824	0.19
109_Y	116_V	0.823	0.19
18_A	120_P	0.821	0.19
201_A	297_A	0.820	0.19
247_N	300_F	0.819	0.19
238_R	293_E	0.814	0.19
180_V	377_G	0.813	0.19
79_G	212_L	0.811	0.19
96_G	100_L	0.811	0.19
119_A	187_T	0.809	0.19
211_T	310_H	0.808	0.18
241_L	384_L	0.807	0.18
52_V	73_L	0.807	0.18
14_C	335_G	0.800	0.18
279_A	300_F	0.796	0.18
114_N	261_A	0.795	0.18
196_F	241_L	0.794	0.18
264_T	283_D	0.791	0.18
163_A	311_R	0.790	0.18
40_T	181_S	0.789	0.18
60_I	363_V	0.789	0.18
93_A	391_V	0.786	0.18
80_D	238_R	0.785	0.18
28_V	251_S	0.779	0.18
258_T	296_A	0.778	0.18
80_D	211_T	0.777	0.18
240_H	278_L	0.777	0.18
51_S	54_A	0.764	0.17
212_L	226_T	0.763	0.17
237_L	271_T	0.762	0.17
195_G	258_T	0.761	0.17
222_L	247_N	0.761	0.17
23_G	381_R	0.755	0.17
17_L	386_A	0.753	0.17
185_A	211_T	0.753	0.17
46_L	246_F	0.753	0.17
125_A	301_D	0.753	0.17
200_P	298_Y	0.751	0.17
37_P	321_G	0.750	0.17
20_V	327_M	0.749	0.17
50_E	242_E	0.747	0.17
39_S	197_R	0.742	0.17
117_T	299_S	0.741	0.17
116_V	259_P	0.740	0.17
75_I	201_A	0.740	0.17
59_G	238_R	0.735	0.17
356_V	389_A	0.734	0.17
79_G	114_N	0.730	0.16
171_N	174_D	0.729	0.16
166_A	191_R	0.728	0.16
74_R	245_T	0.726	0.16
313_V	361_R	0.723	0.16
238_R	384_L	0.722	0.16
38_S	219_Y	0.721	0.16
280_A	389_A	0.718	0.16
170_D	177_G	0.717	0.16
52_V	273_R	0.715	0.16
82_L	320_P	0.715	0.16
55_T	242_E	0.713	0.16
372_Y	384_L	0.713	0.16
110_D	313_V	0.712	0.16
15_L	215_D	0.712	0.16
212_L	271_T	0.712	0.16
188_V	213_W	0.709	0.16
64_N	209_T	0.709	0.16
263_A	292_P	0.708	0.16
236_H	272_T	0.708	0.16
82_L	329_K	0.708	0.16
59_G	317_Y	0.704	0.16
14_C	243_N	0.703	0.16
24_G	50_E	0.703	0.16
10_S	186_R	0.701	0.16
63_G	349_G	0.700	0.16
112_S	389_A	0.700	0.16
26_V	285_S	0.699	0.16
111_A	371_Q	0.697	0.16
44_A	244_V	0.697	0.16
74_R	259_P	0.696	0.16
77_L	84_R	0.693	0.16
87_R	99_T	0.693	0.16
118_R	248_A	0.690	0.15
362_R	379_L	0.687	0.15
221_P	287_L	0.680	0.15
108_A	306_S	0.677	0.15
109_Y	257_W	0.675	0.15
194_H	318_S	0.674	0.15
86_S	176_P	0.673	0.15
328_T	371_Q	0.673	0.15
196_F	212_L	0.670	0.15
185_A	220_Y	0.668	0.15
52_V	196_F	0.668	0.15
196_F	210_Q	0.666	0.15
193_A	223_R	0.664	0.15
308_A	330_F	0.664	0.15
107_M	214_L	0.664	0.15
215_D	222_L	0.663	0.15
39_S	64_N	0.662	0.15
41_A	106_T	0.662	0.15
93_A	194_H	0.662	0.15
54_A	342_G	0.662	0.15
100_L	257_W	0.661	0.15
194_H	210_Q	0.661	0.15
15_L	23_G	0.661	0.15
83_R	344_Q	0.661	0.15
98_V	225_V	0.660	0.15
256_S	345_V	0.659	0.15
76_S	254_P	0.659	0.15
11_V	16_I	0.659	0.15
214_L	289_V	0.656	0.15
61_R	277_A	0.655	0.15
186_R	350_Q	0.650	0.15
333_P	370_V	0.650	0.15
220_Y	246_F	0.649	0.15
193_A	365_W	0.648	0.14
66_S	369_G	0.646	0.14
181_S	382_S	0.641	0.14
261_A	379_L	0.640	0.14
52_V	84_R	0.640	0.14
49_I	247_N	0.640	0.14
108_A	357_T	0.639	0.14
15_L	21_V	0.639	0.14
109_Y	263_A	0.638	0.14
102_T	211_T	0.634	0.14
118_R	326_T	0.632	0.14
172_T	328_T	0.631	0.14
32_D	296_A	0.631	0.14
50_E	363_V	0.631	0.14
38_S	252_A	0.630	0.14
163_A	263_A	0.630	0.14
92_N	205_A	0.629	0.14
363_V	385_L	0.628	0.14
315_A	390_A	0.628	0.14
221_P	369_G	0.626	0.14
50_E	341_A	0.625	0.14
126_V	220_Y	0.624	0.14
114_N	343_A	0.624	0.14
85_F	216_A	0.622	0.14
198_L	202_T	0.621	0.14
73_L	369_G	0.620	0.14
381_R	387_S	0.620	0.14
216_A	317_Y	0.619	0.14
105_G	369_G	0.616	0.14
185_A	285_S	0.616	0.14
287_L	343_A	0.616	0.14
258_T	370_V	0.616	0.14
301_D	364_S	0.615	0.14
185_A	348_A	0.614	0.14
103_G	200_P	0.612	0.14
44_A	64_N	0.611	0.14
207_D	297_A	0.610	0.14
244_V	265_T	0.606	0.14
332_A	371_Q	0.605	0.14
320_P	378_A	0.605	0.14
102_T	119_A	0.603	0.13
258_T	329_K	0.602	0.13
13_L	114_N	0.601	0.13
163_A	209_T	0.599	0.13
24_G	309_A	0.596	0.13
34_T	165_D	0.596	0.13
40_T	264_T	0.595	0.13
85_F	387_S	0.594	0.13
326_T	379_L	0.593	0.13
55_T	75_I	0.593	0.13
218_Y	268_V	0.591	0.13
249_D	374_L	0.591	0.13
39_S	72_T	0.591	0.13
211_T	290_P	0.590	0.13
195_G	390_A	0.589	0.13
253_K	387_S	0.589	0.13
245_T	382_S	0.588	0.13
113_R	327_M	0.588	0.13
64_N	74_R	0.587	0.13
96_G	111_A	0.586	0.13
190_G	260_P	0.586	0.13
292_P	329_K	0.586	0.13
18_A	246_F	0.584	0.13
215_D	218_Y	0.583	0.13
121_H	124_A	0.582	0.13
104_H	326_T	0.580	0.13
105_G	232_A	0.577	0.13
116_V	219_Y	0.574	0.13
83_R	373_R	0.573	0.13
121_H	296_A	0.570	0.13
277_A	363_V	0.569	0.13
99_T	344_Q	0.566	0.13
98_V	113_R	0.564	0.13
339_L	352_A	0.561	0.13
74_R	276_D	0.560	0.13
214_L	260_P	0.560	0.13
115_R	297_A	0.559	0.13
109_Y	194_H	0.558	0.13
15_L	189_A	0.558	0.13
269_D	364_S	0.558	0.13
101_V	316_E	0.557	0.13
281_L	379_L	0.557	0.13
330_F	342_G	0.556	0.13
279_A	285_S	0.553	0.12
284_A	321_G	0.553	0.12
293_E	317_Y	0.552	0.12
52_V	361_R	0.551	0.12
285_S	306_S	0.551	0.12
217_R	312_Q	0.551	0.12
110_D	119_A	0.550	0.12
347_V	378_A	0.549	0.12
23_G	36_A	0.549	0.12
233_T	343_A	0.545	0.12
302_S	361_R	0.544	0.12
65_T	299_S	0.543	0.12
38_S	235_Y	0.543	0.12
281_L	329_K	0.542	0.12
164_A	357_T	0.542	0.12
237_L	308_A	0.538	0.12
329_K	363_V	0.538	0.12
214_L	360_T	0.536	0.12
356_V	374_L	0.535	0.12
100_L	107_M	0.535	0.12
306_S	370_V	0.534	0.12
73_L	365_W	0.532	0.12
327_M	338_A	0.532	0.12
55_T	331_T	0.532	0.12
312_Q	317_Y	0.531	0.12
259_P	265_T	0.530	0.12
50_E	345_V	0.530	0.12
194_H	264_T	0.530	0.12
114_N	255_F	0.528	0.12
103_G	286_R	0.527	0.12
193_A	261_A	0.526	0.12
241_L	352_A	0.526	0.12
277_A	281_L	0.525	0.12
27_F	363_V	0.523	0.12
38_S	41_A	0.521	0.12
244_V	298_Y	0.521	0.12
55_T	171_N	0.521	0.12
116_V	217_R	0.517	0.12
38_S	186_R	0.517	0.12
58_S	107_M	0.516	0.12
188_V	281_L	0.516	0.12
186_R	381_R	0.513	0.12
199_T	311_R	0.513	0.12
38_S	244_V	0.511	0.12
246_F	325_A	0.510	0.12
117_T	321_G	0.509	0.12
36_A	192_N	0.509	0.12
54_A	262_D	0.507	0.12
311_R	331_T	0.507	0.12
255_F	387_S	0.507	0.12
215_D	231_N	0.504	0.12
236_H	370_V	0.503	0.12
239_S	366_A	0.502	0.11
114_N	390_A	0.501	0.11
308_A	354_Y	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3m4wA	2	0.7132	100	0.642	Contact Map
2yzyA	1	0.4112	100	0.718	Contact Map
4mxtA	2	0.467	99.9	0.725	Contact Map
3buuA	1	0.4873	99.9	0.74	Contact Map
4z48A	1	0.4949	99.9	0.753	Contact Map
2w7qA	1	0.4822	99.9	0.759	Contact Map
3bk5A	1	0.4949	99.9	0.765	Contact Map
1iwlA	1	0.4492	99.8	0.776	Contact Map
4qa8A	1	0.4695	98.8	0.881	Contact Map
3mh9C	1	0.4822	98.6	0.889	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0104 seconds.