METK - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

METK - S-adenosylmethionine synthase

UniProt:	Q9HQ73	Sequences: MTDRNIQVQSLDRSAVEDDAVEIVERKGLGHPDSICDGIAEHVCETLAREYRDRVGHVLHFNTDETQLVAGDAAPAFGGGNVIDPIYILVVGRATSHYVEADGTEHHIPVESIALEAAREYLRETLPHLDLETDVIVDVKLGEGSGDLQDVFTDDDDGPAVPMANDTSFGVGHAPLTETERIVLEAERSLNGPYAEHTPAVGEDVKVMGKREDDHIDLTIAAALVDAHVPDMDAYIAQVEAIREHVFDLATEHTDREVTVHVNTADDYESGSIYLTTTGTSAEQGDDGSVGRGNRANGLITPNRAMSMEATSGKNPVNHIGKIYNLLSTQIAEAVVAEVDGIRDLRVRLLSQIGRPIDEPHVADVEVVTEDGTAVADVDAEIERIVDAQLASVTDLTRRVIDGERTTF	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	408 (392)
Sequences:	265 (200)
Seq/√Len:	10.1

HALSA - METK
SULSO - METK

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
36_C	68_L	6.197	1.00
296_A	311_T	5.769	1.00
365_V	386_V	4.424	0.99
108_I	113_I	4.308	0.99
210_K	350_L	3.994	0.99
301_T	306_M	3.980	0.99
50_E	108_I	3.483	0.97
43_V	63_T	3.423	0.97
334_A	389_Q	3.263	0.95
205_V	347_V	3.146	0.94
399_R	404_E	3.092	0.94
38_G	121_Y	2.933	0.92
367_V	382_I	2.892	0.91
331_I	385_I	2.857	0.91
50_E	54_R	2.823	0.90
215_H	257_E	2.792	0.90
335_V	345_L	2.730	0.89
65_E	289_S	2.673	0.88
215_H	259_T	2.539	0.85
152_F	318_N	2.496	0.84
39_I	118_A	2.471	0.83
128_H	228_H	2.405	0.81
50_E	113_I	2.405	0.81
323_I	396_L	2.371	0.80
40_A	290_V	2.308	0.79
6_I	186_A	2.273	0.77
230_P	234_A	2.239	0.76
200_A	234_A	2.201	0.75
214_D	256_R	2.189	0.75
302_P	306_M	2.179	0.74
330_Q	399_R	2.177	0.74
35_I	126_L	2.170	0.74
92_G	285_G	2.165	0.74
343_R	370_E	2.164	0.74
87_Y	138_D	2.147	0.73
181_R	185_E	2.098	0.71
191_N	195_A	2.085	0.71
237_A	241_A	2.071	0.70
200_A	229_V	2.064	0.70
349_L	363_A	2.062	0.70
154_D	203_E	2.047	0.69
28_G	187_E	2.030	0.69
183_V	209_G	1.970	0.66
151_V	265_A	1.901	0.63
164_A	351_S	1.901	0.63
363_A	386_V	1.896	0.63
36_C	289_S	1.881	0.62
372_G	400_V	1.848	0.61
231_D	384_R	1.846	0.61
63_T	89_L	1.821	0.60
231_D	234_A	1.821	0.60
151_V	350_L	1.809	0.59
363_A	387_D	1.807	0.59
86_I	162_P	1.773	0.58
173_H	329_T	1.746	0.56
76_A	226_D	1.736	0.56
58_V	317_V	1.717	0.55
47_L	51_Y	1.699	0.54
396_L	405_R	1.671	0.53
72_D	84_D	1.659	0.53
95_T	347_V	1.652	0.52
18_D	343_R	1.647	0.52
200_A	238_Q	1.646	0.52
28_G	274_Y	1.621	0.51
234_A	238_Q	1.618	0.51
140_K	229_V	1.599	0.50
187_E	191_N	1.580	0.49
92_G	287_D	1.574	0.49
69_V	87_Y	1.565	0.48
299_L	306_M	1.559	0.48
303_N	328_S	1.552	0.48
186_A	249_L	1.527	0.46
8_V	330_Q	1.516	0.46
90_V	139_V	1.512	0.46
178_E	254_T	1.509	0.46
57_H	82_V	1.508	0.46
168_S	283_E	1.507	0.46
127_P	203_E	1.496	0.45
119_R	382_I	1.496	0.45
15_A	18_D	1.491	0.45
51_Y	148_L	1.488	0.45
67_Q	89_L	1.488	0.45
148_L	353_I	1.480	0.44
128_H	203_E	1.476	0.44
48_A	222_A	1.473	0.44
150_D	272_S	1.464	0.44
75_P	277_T	1.458	0.43
34_S	121_Y	1.451	0.43
355_R	359_E	1.449	0.43
331_I	335_V	1.447	0.43
352_Q	355_R	1.445	0.43
299_L	302_P	1.439	0.42
40_A	92_G	1.436	0.42
232_M	273_I	1.433	0.42
70_A	323_I	1.432	0.42
47_L	148_L	1.430	0.42
84_D	391_A	1.421	0.42
34_S	38_G	1.415	0.41
236_I	239_V	1.389	0.40
264_T	307_S	1.379	0.40
121_Y	308_M	1.378	0.40
49_R	247_F	1.368	0.39
75_P	223_A	1.352	0.39
121_Y	289_S	1.346	0.38
16_V	177_T	1.344	0.38
170_G	308_M	1.342	0.38
53_D	371_D	1.341	0.38
208_M	281_S	1.336	0.38
62_N	93_R	1.326	0.37
382_I	386_V	1.323	0.37
176_L	317_V	1.317	0.37
15_A	78_G	1.312	0.37
50_E	70_A	1.306	0.37
173_H	320_I	1.278	0.35
40_A	89_L	1.272	0.35
39_I	43_V	1.271	0.35
163_M	386_V	1.268	0.35
164_A	393_V	1.267	0.35
121_Y	134_D	1.259	0.35
236_I	268_Y	1.250	0.34
336_V	345_L	1.234	0.34
44_C	61_F	1.226	0.33
28_G	207_V	1.218	0.33
174_A	332_A	1.210	0.33
287_D	301_T	1.197	0.32
14_S	368_V	1.191	0.32
65_E	312_S	1.167	0.31
278_T	287_D	1.167	0.31
43_V	114_A	1.163	0.31
178_E	256_R	1.163	0.31
201_V	222_A	1.163	0.31
243_R	247_F	1.162	0.31
163_M	328_S	1.160	0.31
63_T	67_Q	1.157	0.30
171_V	303_N	1.152	0.30
224_L	238_Q	1.151	0.30
20_A	213_D	1.147	0.30
380_A	383_E	1.145	0.30
170_G	283_E	1.144	0.30
289_S	348_R	1.132	0.30
51_Y	353_I	1.127	0.29
268_Y	401_I	1.125	0.29
39_I	90_V	1.124	0.29
63_T	289_S	1.117	0.29
173_H	176_L	1.104	0.28
327_L	358_D	1.103	0.28
334_A	388_A	1.102	0.28
47_L	353_I	1.098	0.28
130_D	248_D	1.090	0.28
170_G	301_T	1.085	0.28
376_A	404_E	1.085	0.28
191_N	205_V	1.083	0.28
16_V	19_D	1.081	0.28
242_I	246_V	1.080	0.28
185_E	253_H	1.080	0.28
138_D	142_G	1.070	0.27
92_G	301_T	1.065	0.27
287_D	302_P	1.064	0.27
9_Q	364_D	1.063	0.27
349_L	370_E	1.056	0.27
320_I	401_I	1.054	0.27
69_V	352_Q	1.052	0.27
108_I	365_V	1.051	0.27
35_I	282_A	1.051	0.27
54_R	108_I	1.046	0.26
60_H	71_G	1.044	0.26
170_G	302_P	1.043	0.26
36_C	173_H	1.040	0.26
23_I	212_E	1.036	0.26
261_H	264_T	1.027	0.26
286_D	324_Y	1.026	0.26
93_R	145_S	1.026	0.26
330_Q	333_E	1.025	0.26
23_I	361_H	1.024	0.26
63_T	350_L	1.019	0.25
68_L	289_S	1.012	0.25
62_N	353_I	1.010	0.25
51_Y	281_S	1.008	0.25
186_A	195_A	1.005	0.25
339_V	367_V	1.003	0.25
334_A	338_E	0.999	0.25
75_P	320_I	0.999	0.25
35_I	125_T	0.998	0.25
187_E	195_A	0.993	0.24
65_E	91_V	0.993	0.24
114_A	290_V	0.989	0.24
70_A	91_V	0.988	0.24
205_V	274_Y	0.988	0.24
35_I	396_L	0.982	0.24
119_R	132_E	0.975	0.24
176_L	406_T	0.973	0.24
170_G	299_L	0.972	0.24
130_D	367_V	0.970	0.24
43_V	89_L	0.968	0.24
121_Y	401_I	0.967	0.24
66_T	289_S	0.967	0.24
90_V	114_A	0.964	0.24
224_L	229_V	0.962	0.23
63_T	348_R	0.957	0.23
49_R	251_T	0.955	0.23
51_Y	283_E	0.953	0.23
192_G	195_A	0.951	0.23
9_Q	108_I	0.949	0.23
265_A	287_D	0.948	0.23
98_Y	146_G	0.947	0.23
265_A	272_S	0.944	0.23
29_L	391_A	0.943	0.23
343_R	365_V	0.941	0.23
318_N	323_I	0.939	0.23
194_Y	201_V	0.937	0.23
295_R	301_T	0.932	0.22
11_L	366_E	0.931	0.22
65_E	121_Y	0.931	0.22
134_D	280_T	0.931	0.22
10_S	132_E	0.927	0.22
68_L	171_V	0.926	0.22
331_I	386_V	0.921	0.22
63_T	114_A	0.920	0.22
148_L	221_A	0.920	0.22
169_F	302_P	0.919	0.22
92_G	169_F	0.918	0.22
275_L	343_R	0.915	0.22
289_S	318_N	0.912	0.22
342_I	382_I	0.910	0.22
323_I	405_R	0.910	0.22
207_V	237_A	0.909	0.22
395_D	398_R	0.908	0.22
92_G	302_P	0.908	0.22
13_R	176_L	0.906	0.22
58_V	393_V	0.904	0.22
116_E	133_T	0.901	0.21
152_F	199_P	0.898	0.21
308_M	394_T	0.894	0.21
221_A	353_I	0.894	0.21
92_G	278_T	0.887	0.21
70_A	92_G	0.886	0.21
70_A	284_Q	0.886	0.21
247_F	251_T	0.885	0.21
98_Y	191_N	0.885	0.21
326_L	396_L	0.882	0.21
179_T	221_A	0.881	0.21
352_Q	357_I	0.880	0.21
79_G	353_I	0.879	0.21
214_D	254_T	0.878	0.21
256_R	326_L	0.877	0.21
93_R	168_S	0.877	0.21
170_G	287_D	0.875	0.21
67_Q	312_S	0.871	0.21
173_H	301_T	0.869	0.21
203_E	280_T	0.866	0.20
326_L	405_R	0.865	0.20
65_E	70_A	0.865	0.20
83_I	388_A	0.865	0.20
305_A	346_R	0.862	0.20
262_V	296_A	0.860	0.20
76_A	229_V	0.860	0.20
178_E	216_I	0.849	0.20
222_A	262_V	0.847	0.20
96_S	111_E	0.845	0.20
169_F	287_D	0.843	0.20
122_L	131_L	0.841	0.20
50_E	72_D	0.841	0.20
295_R	306_M	0.838	0.20
69_V	138_D	0.838	0.20
62_N	320_I	0.837	0.20
38_G	284_Q	0.837	0.20
43_V	117_A	0.837	0.20
24_V	187_E	0.835	0.20
296_A	401_I	0.834	0.19
59_L	93_R	0.831	0.19
124_E	271_G	0.830	0.19
89_L	312_S	0.828	0.19
205_V	404_E	0.825	0.19
257_E	333_E	0.818	0.19
66_T	142_G	0.818	0.19
121_Y	151_V	0.816	0.19
47_L	281_S	0.812	0.19
333_E	337_A	0.811	0.19
225_V	370_E	0.811	0.19
246_V	262_V	0.809	0.19
113_I	274_Y	0.809	0.19
128_H	154_D	0.809	0.19
35_I	280_T	0.808	0.19
358_D	387_D	0.807	0.19
327_L	393_V	0.806	0.19
217_D	361_H	0.805	0.19
173_H	192_G	0.803	0.19
239_V	268_Y	0.801	0.19
82_V	135_V	0.796	0.18
94_A	281_S	0.796	0.18
47_L	223_A	0.795	0.18
73_A	277_T	0.792	0.18
148_L	168_S	0.792	0.18
283_E	325_N	0.791	0.18
36_C	143_E	0.786	0.18
295_R	307_S	0.784	0.18
247_F	367_V	0.783	0.18
295_R	299_L	0.777	0.18
147_D	265_A	0.775	0.18
240_E	388_A	0.774	0.18
220_I	392_S	0.773	0.18
67_Q	289_S	0.771	0.18
242_I	308_M	0.769	0.18
327_L	332_A	0.768	0.18
148_L	281_S	0.766	0.18
347_V	365_V	0.764	0.18
70_A	150_D	0.757	0.17
150_D	265_A	0.757	0.17
244_E	248_D	0.757	0.17
209_G	302_P	0.756	0.17
47_L	221_A	0.756	0.17
62_N	168_S	0.755	0.17
65_E	348_R	0.755	0.17
90_V	349_L	0.754	0.17
58_V	260_V	0.754	0.17
208_M	353_I	0.744	0.17
95_T	138_D	0.740	0.17
68_L	406_T	0.738	0.17
231_D	259_T	0.737	0.17
67_Q	91_V	0.735	0.17
36_C	66_T	0.734	0.17
281_S	353_I	0.734	0.17
286_D	295_R	0.734	0.17
70_A	179_T	0.731	0.17
81_N	115_L	0.727	0.17
220_I	376_A	0.726	0.17
182_I	303_N	0.725	0.17
195_A	203_E	0.725	0.17
194_Y	245_H	0.724	0.17
69_V	147_D	0.724	0.17
152_F	358_D	0.724	0.17
107_H	230_P	0.723	0.16
290_V	310_A	0.722	0.16
145_S	187_E	0.721	0.16
332_A	349_L	0.721	0.16
48_A	209_G	0.720	0.16
38_G	122_L	0.719	0.16
285_G	301_T	0.714	0.16
120_E	271_G	0.711	0.16
235_Y	286_D	0.710	0.16
197_H	260_V	0.710	0.16
339_V	382_I	0.708	0.16
382_I	397_T	0.707	0.16
40_A	285_G	0.707	0.16
379_D	383_E	0.705	0.16
6_I	136_I	0.705	0.16
48_A	347_V	0.704	0.16
151_V	307_S	0.703	0.16
18_D	344_D	0.702	0.16
185_E	244_E	0.702	0.16
168_S	353_I	0.701	0.16
375_V	395_D	0.700	0.16
178_E	214_D	0.699	0.16
14_S	393_V	0.698	0.16
67_Q	121_Y	0.697	0.16
92_G	265_A	0.695	0.16
231_D	250_A	0.692	0.16
287_D	306_M	0.692	0.16
387_D	391_A	0.692	0.16
142_G	287_D	0.691	0.16
87_Y	142_G	0.690	0.16
12_D	242_I	0.690	0.16
92_G	306_M	0.690	0.16
147_D	273_I	0.688	0.16
355_R	368_V	0.687	0.16
122_L	391_A	0.687	0.16
336_V	342_I	0.686	0.16
92_G	396_L	0.685	0.16
86_I	265_A	0.683	0.15
210_K	218_L	0.682	0.15
43_V	95_T	0.682	0.15
179_T	344_D	0.680	0.15
168_S	281_S	0.677	0.15
150_D	154_D	0.676	0.15
170_G	223_A	0.673	0.15
162_P	357_I	0.673	0.15
217_D	259_T	0.672	0.15
347_V	397_T	0.672	0.15
72_D	83_I	0.669	0.15
234_A	399_R	0.669	0.15
63_T	70_A	0.668	0.15
57_H	220_I	0.668	0.15
62_N	148_L	0.668	0.15
164_A	171_V	0.668	0.15
41_E	285_G	0.667	0.15
39_I	231_D	0.667	0.15
276_T	287_D	0.667	0.15
67_Q	70_A	0.666	0.15
218_L	234_A	0.666	0.15
90_V	201_V	0.665	0.15
197_H	213_D	0.665	0.15
13_R	217_D	0.665	0.15
128_H	227_A	0.665	0.15
63_T	179_T	0.663	0.15
36_C	197_H	0.663	0.15
214_D	326_L	0.660	0.15
297_N	351_S	0.660	0.15
267_D	270_S	0.659	0.15
299_L	356_P	0.659	0.15
266_D	286_D	0.657	0.15
48_A	401_I	0.655	0.15
237_A	270_S	0.654	0.15
50_E	109_P	0.648	0.15
39_I	365_V	0.646	0.15
289_S	312_S	0.646	0.15
14_S	55_V	0.645	0.15
71_G	276_T	0.644	0.15
237_A	251_T	0.644	0.15
69_V	135_V	0.644	0.15
168_S	208_M	0.644	0.15
92_G	138_D	0.643	0.15
225_V	317_V	0.642	0.15
33_D	37_D	0.641	0.15
25_E	31_H	0.641	0.15
31_H	37_D	0.641	0.15
32_P	37_D	0.641	0.15
27_K	37_D	0.641	0.15
27_K	33_D	0.641	0.15
27_K	32_P	0.641	0.15
27_K	31_H	0.641	0.15
25_E	37_D	0.641	0.15
25_E	33_D	0.641	0.15
25_E	32_P	0.641	0.15
142_G	289_S	0.640	0.14
164_A	176_L	0.639	0.14
94_A	114_A	0.639	0.14
358_D	363_A	0.639	0.14
169_F	285_G	0.636	0.14
168_S	325_N	0.635	0.14
226_D	277_T	0.634	0.14
185_E	188_R	0.632	0.14
223_A	287_D	0.630	0.14
220_I	246_V	0.630	0.14
150_D	273_I	0.629	0.14
278_T	301_T	0.628	0.14
376_A	379_D	0.628	0.14
343_R	377_D	0.628	0.14
48_A	194_Y	0.628	0.14
285_G	306_M	0.627	0.14
70_A	365_V	0.627	0.14
47_L	283_E	0.627	0.14
170_G	295_R	0.626	0.14
168_S	351_S	0.626	0.14
372_G	403_G	0.624	0.14
164_A	169_F	0.624	0.14
51_Y	221_A	0.623	0.14
87_Y	136_I	0.623	0.14
169_F	301_T	0.620	0.14
384_R	388_A	0.620	0.14
190_L	205_V	0.618	0.14
162_P	394_T	0.617	0.14
329_T	349_L	0.617	0.14
359_E	363_A	0.617	0.14
54_R	176_L	0.616	0.14
235_Y	324_Y	0.616	0.14
70_A	303_N	0.616	0.14
75_P	285_G	0.615	0.14
351_S	354_G	0.614	0.14
75_P	287_D	0.614	0.14
53_D	66_T	0.613	0.14
15_A	355_R	0.611	0.14
34_S	289_S	0.610	0.14
12_D	367_V	0.609	0.14
73_A	393_V	0.608	0.14
75_P	170_G	0.608	0.14
198_T	241_A	0.605	0.14
164_A	193_P	0.604	0.14
9_Q	113_I	0.604	0.14
170_G	281_S	0.602	0.14
93_R	152_F	0.602	0.14
205_V	240_E	0.601	0.14
47_L	75_P	0.601	0.14
7_Q	404_E	0.601	0.14
65_E	68_L	0.600	0.14
270_S	393_V	0.600	0.14
88_I	135_V	0.597	0.14
128_H	131_L	0.597	0.14
16_V	84_D	0.596	0.14
362_V	387_D	0.596	0.14
49_R	188_R	0.595	0.13
127_P	141_L	0.593	0.13
170_G	325_N	0.593	0.13
107_H	359_E	0.591	0.13
223_A	276_T	0.590	0.13
8_V	214_D	0.589	0.13
51_Y	168_S	0.589	0.13
318_N	344_D	0.588	0.13
265_A	318_N	0.587	0.13
23_I	191_N	0.587	0.13
66_T	91_V	0.586	0.13
311_T	317_V	0.583	0.13
75_P	226_D	0.583	0.13
70_A	285_G	0.580	0.13
107_H	252_E	0.579	0.13
372_G	377_D	0.578	0.13
47_L	62_N	0.577	0.13
91_V	147_D	0.577	0.13
229_V	238_Q	0.577	0.13
194_Y	198_T	0.577	0.13
40_A	66_T	0.575	0.13
154_D	272_S	0.574	0.13
19_D	323_I	0.574	0.13
97_H	230_P	0.573	0.13
109_P	114_A	0.570	0.13
137_V	152_F	0.569	0.13
176_L	181_R	0.569	0.13
147_D	287_D	0.568	0.13
148_L	283_E	0.568	0.13
208_M	304_R	0.568	0.13
235_Y	266_D	0.566	0.13
59_L	283_E	0.565	0.13
217_D	225_V	0.565	0.13
339_V	394_T	0.561	0.13
160_A	196_E	0.561	0.13
227_A	268_Y	0.560	0.13
257_E	349_L	0.560	0.13
61_F	195_A	0.560	0.13
39_I	345_L	0.555	0.13
189_S	245_H	0.555	0.13
10_S	371_D	0.555	0.13
93_R	318_N	0.554	0.13
28_G	183_V	0.553	0.13
148_L	287_D	0.552	0.13
104_T	240_E	0.552	0.13
305_A	366_E	0.550	0.13
59_L	168_S	0.550	0.13
43_V	224_L	0.548	0.13
7_Q	193_P	0.548	0.13
225_V	278_T	0.547	0.12
264_T	351_S	0.547	0.12
207_V	365_V	0.546	0.12
307_S	348_R	0.546	0.12
48_A	312_S	0.546	0.12
137_V	387_D	0.544	0.12
47_L	168_S	0.542	0.12
17_E	371_D	0.540	0.12
36_C	233_D	0.539	0.12
207_V	241_A	0.538	0.12
135_V	331_I	0.538	0.12
163_M	192_G	0.537	0.12
307_S	357_I	0.537	0.12
111_E	245_H	0.536	0.12
370_E	391_A	0.535	0.12
55_V	108_I	0.534	0.12
129_L	287_D	0.534	0.12
331_I	391_A	0.533	0.12
94_A	144_G	0.533	0.12
98_Y	253_H	0.533	0.12
128_H	342_I	0.531	0.12
18_D	73_A	0.529	0.12
104_T	371_D	0.529	0.12
104_T	260_V	0.527	0.12
217_D	343_R	0.527	0.12
113_I	137_V	0.524	0.12
8_V	331_I	0.522	0.12
65_E	134_D	0.522	0.12
193_P	220_I	0.521	0.12
241_A	244_E	0.521	0.12
58_V	133_T	0.521	0.12
177_T	184_L	0.519	0.12
380_A	398_R	0.518	0.12
29_L	252_E	0.516	0.12
55_V	70_A	0.515	0.12
90_V	336_V	0.515	0.12
181_R	259_T	0.514	0.12
38_G	134_D	0.514	0.12
307_S	325_N	0.514	0.12
8_V	188_R	0.514	0.12
287_D	299_L	0.513	0.12
92_G	129_L	0.512	0.12
140_K	301_T	0.512	0.12
65_E	190_L	0.511	0.12
343_R	346_R	0.511	0.12
311_T	350_L	0.510	0.12
70_A	339_V	0.509	0.12
93_R	121_Y	0.508	0.12
232_M	269_E	0.508	0.12
182_I	254_T	0.507	0.12
229_V	236_I	0.505	0.12
86_I	400_V	0.504	0.12
200_A	265_A	0.504	0.12
193_P	252_E	0.503	0.12
34_S	65_E	0.503	0.12
16_V	123_R	0.503	0.12
51_Y	62_N	0.501	0.12
343_R	375_V	0.501	0.12
153_T	338_E	0.501	0.12
346_R	366_E	0.500	0.12

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4l4qA	3	0.9804	100	0.016	Contact Map
4l7iA	3	0.9828	100	0.311	Contact Map
4le5A	2	0.8162	100	0.666	Contact Map
4odjA	2	0.8064	100	0.668	Contact Map
1p7lA	4	0.8162	100	0.677	Contact Map
2p02A	2	0.8211	100	0.678	Contact Map
3imlA	2	0.7721	100	0.68	Contact Map
3s82A	4	0.7892	100	0.688	Contact Map
3so4A	4	0.7966	100	0.69	Contact Map
2kddA	2	0.1103	33.8	0.981	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0117 seconds.