Q9HPY7 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HPY7 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HPY7	Sequences: MRPIKLNSHTPYRWVEMTANLLGTTVADTLEGVFGDDPDELYVVDPSRHAVEALVEAANDYDTPLPTLRVLADERTLKDVMDDFIVASTAANLVEDGSLALRTVDVENRSPMLVTEERAIALLETGRFVGGLATDDDDLAETAYDAANTDWAAADEFALRTPAIDRVRETLGDDINADVGDDFDDVLASLETARGDGEGLDEVTISLLVAAKNRELLYDISKWGEDVGIASKATFSRTKTKLEDLGLVDTEKVPIDVGRPRLRLKLADDRLEDAPAPEFANVAESMLA	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	288 (264)
Sequences:	107 (85)
Seq/√Len:	5.2

HALSA - Q9HPY7

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
51_V	70_V	3.491	0.83
58_A	68_L	2.906	0.70
216_L	219_D	2.703	0.64
34_F	97_G	2.581	0.60
130_G	267_A	2.394	0.54
221_S	236_S	2.385	0.54
141_E	172_G	2.304	0.51
29_T	103_T	2.244	0.49
190_L	205_I	2.206	0.48
227_V	269_D	2.194	0.47
143_A	190_L	2.188	0.47
92_N	163_A	2.187	0.47
123_L	140_A	2.174	0.47
22_L	265_K	2.158	0.46
92_N	165_D	2.114	0.45
129_V	141_E	2.068	0.43
41_L	163_A	2.040	0.42
34_F	115_T	2.028	0.42
220_I	262_L	2.014	0.41
210_A	262_L	1.977	0.40
168_R	184_D	1.945	0.39
218_Y	236_S	1.921	0.39
127_R	155_D	1.893	0.38
23_G	29_T	1.884	0.37
220_I	229_I	1.878	0.37
48_R	79_D	1.829	0.36
51_V	154_A	1.798	0.35
58_A	70_V	1.782	0.34
31_E	37_D	1.764	0.34
166_R	187_L	1.759	0.34
82_D	95_E	1.754	0.33
35_G	155_D	1.744	0.33
56_E	244_D	1.742	0.33
278_E	282_V	1.724	0.33
203_V	236_S	1.723	0.33
113_L	144_Y	1.719	0.32
33_V	41_L	1.716	0.32
76_T	96_D	1.700	0.32
45_D	68_L	1.697	0.32
123_L	127_R	1.668	0.31
67_T	179_V	1.666	0.31
60_D	113_L	1.666	0.31
103_T	125_T	1.665	0.31
239_K	261_R	1.652	0.30
180_G	212_K	1.646	0.30
176_N	179_V	1.645	0.30
223_W	230_A	1.633	0.30
78_K	217_L	1.630	0.30
106_V	135_D	1.628	0.30
45_D	131_G	1.619	0.30
250_T	261_R	1.566	0.28
233_A	236_S	1.535	0.27
157_F	172_G	1.532	0.27
126_G	181_D	1.491	0.26
121_A	229_I	1.491	0.26
200_L	222_K	1.487	0.26
109_R	131_G	1.486	0.26
186_V	209_V	1.478	0.26
54_L	246_G	1.457	0.25
126_G	148_N	1.456	0.25
112_M	130_G	1.441	0.25
230_A	252_K	1.419	0.24
203_V	221_S	1.417	0.24
89_T	121_A	1.414	0.24
243_E	252_K	1.408	0.24
190_L	199_G	1.405	0.24
164_I	168_R	1.372	0.23
20_N	222_K	1.366	0.23
217_L	220_I	1.366	0.23
92_N	123_L	1.360	0.23
73_D	227_V	1.357	0.23
164_I	205_I	1.353	0.23
236_S	243_E	1.346	0.23
75_R	104_V	1.341	0.22
183_F	210_A	1.340	0.22
260_P	264_L	1.334	0.22
86_V	180_G	1.332	0.22
177_A	181_D	1.331	0.22
217_L	257_V	1.328	0.22
157_F	171_L	1.324	0.22
122_L	176_N	1.315	0.22
207_L	230_A	1.305	0.22
218_Y	221_S	1.301	0.22
42_Y	76_T	1.291	0.21
81_M	164_I	1.286	0.21
257_V	271_L	1.277	0.21
138_D	152_A	1.266	0.21
81_M	111_P	1.263	0.21
130_G	139_L	1.247	0.20
30_L	76_T	1.243	0.20
147_A	247_L	1.238	0.20
33_V	51_V	1.237	0.20
218_Y	243_E	1.236	0.20
195_G	242_L	1.225	0.20
180_G	184_D	1.219	0.20
113_L	150_D	1.219	0.20
31_E	103_T	1.216	0.20
181_D	283_A	1.205	0.20
28_D	150_D	1.192	0.19
117_E	244_D	1.190	0.19
80_V	193_A	1.185	0.19
22_L	79_D	1.179	0.19
80_V	209_V	1.176	0.19
58_A	64_P	1.173	0.19
66_P	161_T	1.171	0.19
24_T	155_D	1.154	0.18
35_G	113_L	1.150	0.18
56_E	117_E	1.150	0.18
103_T	195_G	1.143	0.18
72_A	200_L	1.142	0.18
156_E	278_E	1.142	0.18
21_L	28_D	1.138	0.18
169_E	282_V	1.135	0.18
28_D	214_R	1.133	0.18
83_D	202_E	1.131	0.18
175_I	222_K	1.125	0.18
200_L	217_L	1.125	0.18
250_T	260_P	1.120	0.18
160_R	235_F	1.113	0.18
81_M	249_D	1.112	0.18
64_P	89_T	1.107	0.18
66_P	234_T	1.104	0.17
51_V	73_D	1.098	0.17
231_S	234_T	1.092	0.17
126_G	129_V	1.077	0.17
134_T	202_E	1.072	0.17
31_E	36_D	1.068	0.17
243_E	256_D	1.068	0.17
128_F	144_Y	1.060	0.17
149_T	195_G	1.056	0.17
209_V	232_K	1.055	0.17
23_G	241_K	1.054	0.17
26_V	29_T	1.047	0.16
144_Y	148_N	1.046	0.16
46_P	51_V	1.041	0.16
99_L	171_L	1.036	0.16
40_E	245_L	1.028	0.16
116_E	177_A	1.024	0.16
123_L	128_F	1.023	0.16
154_A	249_D	1.022	0.16
60_D	122_L	1.018	0.16
95_E	137_D	1.017	0.16
22_L	27_A	1.011	0.16
78_K	240_T	1.011	0.16
161_T	167_V	1.010	0.16
49_H	103_T	1.010	0.16
112_M	139_L	1.009	0.16
159_L	167_V	1.003	0.16
207_L	221_S	1.002	0.16
207_L	236_S	0.997	0.16
121_A	197_G	0.994	0.15
230_A	236_S	0.988	0.15
94_V	248_V	0.987	0.15
210_A	220_I	0.986	0.15
130_G	181_D	0.985	0.15
26_V	122_L	0.983	0.15
243_E	250_T	0.981	0.15
208_L	236_S	0.981	0.15
221_S	233_A	0.978	0.15
31_E	113_L	0.975	0.15
226_D	238_T	0.975	0.15
78_K	221_S	0.972	0.15
31_E	49_H	0.958	0.15
231_S	237_R	0.957	0.15
114_V	191_E	0.953	0.15
28_D	31_E	0.949	0.15
163_A	275_P	0.946	0.15
184_D	213_N	0.946	0.15
67_T	122_L	0.945	0.15
222_K	232_K	0.945	0.15
199_G	280_A	0.942	0.15
119_A	228_G	0.941	0.15
25_T	113_L	0.941	0.15
231_S	250_T	0.940	0.15
34_F	94_V	0.939	0.15
203_V	243_E	0.938	0.15
239_K	251_E	0.936	0.15
94_V	163_A	0.935	0.14
206_S	280_A	0.919	0.14
75_R	79_D	0.916	0.14
176_N	251_E	0.915	0.14
156_E	198_E	0.909	0.14
172_G	187_L	0.905	0.14
78_K	203_V	0.900	0.14
217_L	262_L	0.899	0.14
218_Y	233_A	0.898	0.14
132_L	283_A	0.897	0.14
25_T	158_A	0.895	0.14
150_D	153_A	0.893	0.14
257_V	261_R	0.889	0.14
87_A	99_L	0.888	0.14
52_E	80_V	0.886	0.14
168_R	216_L	0.885	0.14
80_V	154_A	0.885	0.14
80_V	122_L	0.872	0.13
170_T	232_K	0.872	0.13
24_T	49_H	0.868	0.13
102_R	211_A	0.868	0.13
23_G	95_E	0.866	0.13
203_V	218_Y	0.863	0.13
28_D	143_A	0.863	0.13
60_D	188_A	0.860	0.13
207_L	223_W	0.860	0.13
30_L	42_Y	0.859	0.13
45_D	108_N	0.858	0.13
110_S	238_T	0.855	0.13
223_W	252_K	0.854	0.13
201_D	206_S	0.849	0.13
184_D	222_K	0.846	0.13
27_A	58_A	0.843	0.13
203_V	233_A	0.842	0.13
161_T	235_F	0.839	0.13
229_I	248_V	0.839	0.13
164_I	212_K	0.839	0.13
149_T	196_D	0.838	0.13
56_E	185_D	0.838	0.13
90_A	192_T	0.836	0.13
47_S	59_N	0.835	0.13
108_N	113_L	0.826	0.13
63_T	212_K	0.820	0.13
49_H	284_E	0.819	0.13
78_K	255_I	0.819	0.13
107_E	115_T	0.813	0.13
34_F	116_E	0.810	0.13
218_Y	232_K	0.809	0.13
260_P	263_R	0.808	0.13
66_P	134_T	0.807	0.13
90_A	194_R	0.806	0.13
208_L	221_S	0.803	0.12
213_N	256_D	0.800	0.12
27_A	64_P	0.792	0.12
182_D	202_E	0.789	0.12
88_S	161_T	0.780	0.12
191_E	272_E	0.778	0.12
55_V	86_V	0.778	0.12
27_A	138_D	0.778	0.12
131_G	178_D	0.777	0.12
151_W	177_A	0.777	0.12
252_K	256_D	0.774	0.12
40_E	149_T	0.773	0.12
53_A	137_D	0.772	0.12
243_E	251_E	0.770	0.12
150_D	247_L	0.767	0.12
23_G	191_E	0.765	0.12
54_L	87_A	0.757	0.12
127_R	145_D	0.755	0.12
249_D	271_L	0.754	0.12
217_L	230_A	0.753	0.12
205_I	269_D	0.751	0.12
207_L	220_I	0.749	0.12
80_V	274_A	0.748	0.12
117_E	121_A	0.747	0.12
259_R	263_R	0.745	0.12
114_V	266_L	0.742	0.12
239_K	250_T	0.736	0.12
45_D	284_E	0.736	0.12
161_T	237_R	0.735	0.12
25_T	28_D	0.734	0.11
201_D	208_L	0.730	0.11
246_G	264_L	0.730	0.11
174_D	189_S	0.726	0.11
229_I	265_K	0.723	0.11
30_L	179_V	0.719	0.11
69_R	277_P	0.717	0.11
233_A	250_T	0.714	0.11
204_T	238_T	0.707	0.11
43_V	266_L	0.707	0.11
233_A	251_E	0.705	0.11
25_T	150_D	0.704	0.11
106_V	178_D	0.703	0.11
201_D	270_R	0.701	0.11
187_L	196_D	0.698	0.11
106_V	131_G	0.696	0.11
144_Y	272_E	0.691	0.11
20_N	129_V	0.688	0.11
104_V	144_Y	0.688	0.11
231_S	239_K	0.687	0.11
64_P	97_G	0.685	0.11
28_D	76_T	0.684	0.11
83_D	208_L	0.683	0.11
197_G	240_T	0.681	0.11
153_A	198_E	0.680	0.11
61_Y	98_S	0.676	0.11
45_D	164_I	0.675	0.11
42_Y	48_R	0.673	0.11
71_L	155_D	0.672	0.11
39_D	58_A	0.668	0.11
132_L	183_F	0.668	0.11
185_D	189_S	0.666	0.11
78_K	236_S	0.665	0.11
113_L	247_L	0.659	0.11
27_A	276_A	0.659	0.11
48_R	52_E	0.657	0.10
26_V	43_V	0.653	0.10
255_I	262_L	0.652	0.10
39_D	97_G	0.650	0.10
224_G	230_A	0.649	0.10
221_S	243_E	0.649	0.10
112_M	165_D	0.645	0.10
132_L	262_L	0.644	0.10
249_D	267_A	0.643	0.10
78_K	218_Y	0.642	0.10
157_F	180_G	0.638	0.10
48_R	51_V	0.636	0.10
278_E	283_A	0.633	0.10
258_G	264_L	0.633	0.10
34_F	117_E	0.633	0.10
81_M	147_A	0.631	0.10
166_R	271_L	0.627	0.10
92_N	119_A	0.620	0.10
77_L	206_S	0.619	0.10
26_V	106_V	0.616	0.10
77_L	183_F	0.615	0.10
197_G	226_D	0.615	0.10
78_K	220_I	0.614	0.10
150_D	169_E	0.612	0.10
80_V	86_V	0.611	0.10
133_A	273_D	0.608	0.10
253_V	264_L	0.605	0.10
28_D	138_D	0.605	0.10
55_V	182_D	0.604	0.10
114_V	147_A	0.604	0.10
78_K	224_G	0.604	0.10
253_V	258_G	0.601	0.10
80_V	125_T	0.600	0.10
254_P	264_L	0.598	0.10
176_N	248_V	0.598	0.10
198_E	201_D	0.598	0.10
233_A	243_E	0.598	0.10
93_L	242_L	0.595	0.10
98_S	276_A	0.593	0.10
42_Y	248_V	0.593	0.10
130_G	166_R	0.593	0.10
193_A	206_S	0.589	0.10
77_L	157_F	0.587	0.10
68_L	174_D	0.586	0.10
160_R	237_R	0.585	0.10
79_D	108_N	0.583	0.10
225_E	234_T	0.583	0.10
54_L	90_A	0.581	0.10
97_G	163_A	0.577	0.10
193_A	199_G	0.576	0.10
80_V	145_D	0.575	0.10
20_N	195_G	0.574	0.10
76_T	181_D	0.574	0.10
106_V	137_D	0.572	0.09
160_R	225_E	0.570	0.09
105_D	227_V	0.570	0.09
85_I	173_D	0.570	0.09
77_L	132_L	0.566	0.09
95_E	116_E	0.565	0.09
126_G	189_S	0.561	0.09
94_V	245_L	0.560	0.09
204_T	280_A	0.559	0.09
131_G	284_E	0.558	0.09
20_N	25_T	0.557	0.09
24_T	113_L	0.555	0.09
176_N	241_K	0.552	0.09
68_L	146_A	0.551	0.09
56_E	267_A	0.551	0.09
35_G	143_A	0.550	0.09
217_L	236_S	0.549	0.09
151_W	157_F	0.548	0.09
39_D	142_T	0.547	0.09
60_D	96_D	0.544	0.09
88_S	220_I	0.541	0.09
31_E	144_Y	0.541	0.09
70_V	113_L	0.541	0.09
78_K	207_L	0.540	0.09
52_E	194_R	0.539	0.09
58_A	146_A	0.539	0.09
161_T	224_G	0.538	0.09
31_E	227_V	0.535	0.09
34_F	173_D	0.535	0.09
73_D	248_V	0.533	0.09
97_G	130_G	0.533	0.09
214_R	275_P	0.532	0.09
261_R	264_L	0.527	0.09
99_L	219_D	0.525	0.09
148_N	166_R	0.523	0.09
115_T	140_A	0.522	0.09
70_V	163_A	0.521	0.09
83_D	161_T	0.519	0.09
42_Y	181_D	0.518	0.09
87_A	239_K	0.518	0.09
116_E	178_D	0.517	0.09
168_R	213_N	0.515	0.09
115_T	156_E	0.515	0.09
62_D	90_A	0.512	0.09
27_A	71_L	0.512	0.09
22_L	222_K	0.509	0.09
26_V	32_G	0.507	0.09
20_N	79_D	0.506	0.09
124_E	188_A	0.503	0.09
142_T	176_N	0.502	0.09
38_P	213_N	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2p4wA	2	0.3403	92.9	0.947	Contact Map
4g6qA	4	0.3542	88.8	0.952	Contact Map
2dqlA	2	0.3715	78	0.958	Contact Map
2eshA	2	0.3333	77.7	0.958	Contact Map
1yg2A	2	0.2743	74.5	0.959	Contact Map
3hhhA	2	0.3264	71.7	0.96	Contact Map
2zfwA	2	0.3576	70.4	0.961	Contact Map
3l09A	4	0.3403	68.4	0.961	Contact Map
2e1nA	2	0.3576	67.5	0.961	Contact Map
3r0aA	2	0.3819	66.6	0.962	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0084 seconds.