BRP - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

BRP - Probable beta-carotene 15,15'-dioxygenase Brp

UniProt:	Q9HPU7	Sequences: MSNRSQFVPSWLVPEAAGDLPLTVSRLSLLALAAAFAVGYGAGFAVPLEVQAGVYLLGMVAMNLPHGGYEHFENLRRRAASFQGKYIVAYLVGIAAFGALFFVAPVAGLGLAVTVAVAKGGFGGVQSMDALYGTDHLRTRPQRWLAAVVRGGAVMVVPMLFWTDVFYAFSSVMISIFDPSAVSALGGDIATRRLVLGGGYGALVVAHLGLGYRRAAGTGSFLADAAETLLLIAYFALVPVVIAVGLYFPLWYSARQVARSSAVDDTAMTQADATGMLDALDADDPARATLASWAVLIVGSVATFGLAAVLWLLSPQPLGGGGILVGLVAFWSIFVSIIALPHVVVGGWLDRTRGIWYVP	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	359 (292)
Sequences:	179 (156)
Seq/√Len:	9.1

HALSA - BRP BLH

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
240_V	256_Q	4.677	0.99
120_G	244_V	3.666	0.97
70_E	119_K	3.321	0.95
63_N	70_E	3.321	0.95
119_K	252_Y	3.321	0.95
63_N	119_K	3.321	0.95
63_N	252_Y	3.321	0.95
70_E	252_Y	3.321	0.95
121_G	151_G	3.171	0.93
116_A	120_G	2.953	0.90
240_V	338_I	2.932	0.90
256_Q	338_I	2.544	0.82
240_V	255_R	2.369	0.77
97_F	337_I	2.330	0.75
253_S	260_S	2.320	0.75
256_Q	346_G	2.305	0.75
158_P	240_V	2.282	0.74
59_M	336_S	2.265	0.73
70_E	112_A	2.258	0.73
63_N	112_A	2.258	0.73
112_A	119_K	2.258	0.73
112_A	252_Y	2.258	0.73
105_P	112_A	2.181	0.70
166_F	259_R	2.174	0.70
256_Q	260_S	2.173	0.70
123_G	259_R	2.166	0.70
249_P	334_F	2.134	0.68
116_A	337_I	2.110	0.68
158_P	256_Q	2.072	0.66
101_F	334_F	2.052	0.65
227_E	255_R	2.049	0.65
169_F	343_V	2.029	0.64
116_A	244_V	2.003	0.63
68_G	339_A	1.980	0.62
101_F	112_A	1.970	0.62
124_G	255_R	1.965	0.62
30_L	37_A	1.946	0.61
97_F	335_V	1.934	0.60
116_A	346_G	1.932	0.60
101_F	105_P	1.901	0.59
124_G	256_Q	1.864	0.58
58_G	120_G	1.859	0.57
158_P	255_R	1.855	0.57
197_G	241_V	1.848	0.57
97_F	101_F	1.837	0.56
173_M	249_P	1.820	0.56
70_E	120_G	1.819	0.56
63_N	120_G	1.819	0.56
120_G	252_Y	1.819	0.56
166_F	332_S	1.762	0.53
150_R	235_F	1.756	0.53
119_K	339_A	1.693	0.50
252_Y	339_A	1.693	0.50
70_E	339_A	1.693	0.50
63_N	339_A	1.693	0.50
68_G	119_K	1.654	0.48
63_N	68_G	1.654	0.48
68_G	252_Y	1.654	0.48
251_W	345_V	1.634	0.48
120_G	332_S	1.630	0.47
231_L	247_Y	1.622	0.47
65_P	101_F	1.545	0.44
227_E	245_G	1.532	0.43
156_V	301_V	1.519	0.43
306_L	310_L	1.513	0.42
86_Y	155_M	1.500	0.42
69_Y	260_S	1.486	0.41
151_G	341_P	1.470	0.40
120_G	166_F	1.461	0.40
250_L	253_S	1.440	0.39
92_V	310_L	1.437	0.39
259_R	350_D	1.435	0.39
249_P	253_S	1.418	0.38
240_V	346_G	1.417	0.38
59_M	339_A	1.405	0.38
169_F	345_V	1.403	0.38
158_P	338_I	1.392	0.37
92_V	237_L	1.357	0.36
123_G	255_R	1.357	0.36
52_A	159_M	1.355	0.36
235_F	243_A	1.348	0.35
53_G	86_Y	1.327	0.35
154_V	333_I	1.323	0.34
99_A	195_V	1.321	0.34
97_F	336_S	1.318	0.34
123_G	333_I	1.314	0.34
54_V	58_G	1.306	0.34
173_M	331_W	1.294	0.33
90_Y	342_H	1.292	0.33
90_Y	248_F	1.289	0.33
244_V	332_S	1.256	0.32
66_H	70_E	1.251	0.32
66_H	119_K	1.251	0.32
66_H	252_Y	1.251	0.32
63_N	66_H	1.251	0.32
66_H	90_Y	1.238	0.31
231_L	335_V	1.224	0.31
123_G	231_L	1.219	0.30
67_G	90_Y	1.217	0.30
78_R	108_G	1.215	0.30
92_V	141_P	1.206	0.30
234_Y	242_I	1.201	0.30
106_V	302_A	1.197	0.30
125_V	346_G	1.196	0.30
143_R	198_G	1.193	0.29
50_V	53_G	1.184	0.29
154_V	240_V	1.182	0.29
101_F	249_P	1.172	0.29
58_G	231_L	1.168	0.29
123_G	350_D	1.160	0.28
338_I	343_V	1.157	0.28
101_F	336_S	1.155	0.28
189_I	192_R	1.147	0.28
123_G	346_G	1.146	0.28
155_M	244_V	1.132	0.27
159_M	251_W	1.131	0.27
112_A	336_S	1.117	0.27
293_W	336_S	1.114	0.27
141_P	206_A	1.106	0.26
35_A	38_V	1.103	0.26
105_P	336_S	1.101	0.26
264_D	293_W	1.073	0.25
259_R	346_G	1.066	0.25
123_G	166_F	1.052	0.25
125_V	332_S	1.052	0.25
160_L	208_L	1.041	0.24
109_L	332_S	1.038	0.24
248_F	342_H	1.035	0.24
100_L	114_T	1.033	0.24
89_A	276_M	1.023	0.24
101_F	333_I	1.021	0.24
82_F	86_Y	1.020	0.24
83_Q	302_A	1.010	0.23
91_L	258_A	1.009	0.23
185_L	226_A	1.009	0.23
68_G	332_S	1.003	0.23
90_Y	252_Y	0.996	0.23
63_N	90_Y	0.996	0.23
90_Y	119_K	0.996	0.23
70_E	90_Y	0.996	0.23
55_Y	249_P	0.990	0.23
114_T	201_G	0.985	0.22
151_G	336_S	0.985	0.22
238_V	296_L	0.985	0.22
101_F	295_V	0.984	0.22
66_H	342_H	0.981	0.22
63_N	332_S	0.980	0.22
252_Y	332_S	0.980	0.22
70_E	332_S	0.980	0.22
119_K	332_S	0.980	0.22
158_P	346_G	0.977	0.22
59_M	249_P	0.967	0.22
119_K	256_Q	0.966	0.22
63_N	256_Q	0.966	0.22
252_Y	256_Q	0.966	0.22
70_E	256_Q	0.966	0.22
67_G	342_H	0.963	0.22
58_G	126_Q	0.957	0.22
300_S	334_F	0.956	0.22
101_F	124_G	0.954	0.22
66_H	248_F	0.953	0.22
68_G	310_L	0.948	0.21
67_G	248_F	0.947	0.21
256_Q	339_A	0.943	0.21
98_G	203_L	0.942	0.21
91_L	100_L	0.938	0.21
335_V	345_V	0.935	0.21
69_Y	256_Q	0.933	0.21
159_M	274_T	0.933	0.21
120_G	155_M	0.929	0.21
124_G	240_V	0.926	0.21
111_L	222_L	0.925	0.21
71_H	260_S	0.922	0.21
170_S	251_W	0.914	0.20
150_R	227_E	0.912	0.20
54_V	290_L	0.909	0.20
243_A	257_V	0.900	0.20
154_V	332_S	0.897	0.20
121_G	341_P	0.895	0.20
182_V	196_L	0.895	0.20
116_A	339_A	0.889	0.20
55_Y	101_F	0.886	0.20
110_G	160_L	0.886	0.20
125_V	243_A	0.882	0.19
195_V	310_L	0.881	0.19
157_V	203_L	0.875	0.19
64_L	226_A	0.874	0.19
73_E	328_V	0.861	0.19
108_G	297_I	0.850	0.19
332_S	336_S	0.847	0.19
33_A	107_A	0.844	0.18
67_G	120_G	0.844	0.18
42_A	229_L	0.839	0.18
164_D	198_G	0.838	0.18
115_V	253_S	0.836	0.18
27_L	46_V	0.833	0.18
109_L	262_A	0.818	0.18
260_S	289_T	0.817	0.18
121_G	251_W	0.817	0.18
100_L	108_G	0.815	0.18
36_F	306_L	0.815	0.18
94_I	240_V	0.815	0.18
62_M	249_P	0.814	0.18
56_L	152_G	0.806	0.17
241_V	348_W	0.804	0.17
173_M	334_F	0.804	0.17
101_F	113_V	0.798	0.17
338_I	346_G	0.797	0.17
91_L	110_G	0.796	0.17
240_V	252_Y	0.794	0.17
70_E	240_V	0.794	0.17
119_K	240_V	0.794	0.17
63_N	240_V	0.794	0.17
161_F	235_F	0.794	0.17
84_G	217_G	0.794	0.17
124_G	158_P	0.793	0.17
37_A	236_A	0.788	0.17
335_V	339_A	0.787	0.17
116_A	169_F	0.787	0.17
251_W	335_V	0.786	0.17
91_L	200_Y	0.784	0.17
71_H	251_W	0.783	0.17
92_V	96_A	0.781	0.17
53_G	183_S	0.780	0.17
29_L	33_A	0.780	0.17
235_F	340_L	0.772	0.17
235_F	257_V	0.770	0.17
55_Y	74_N	0.759	0.16
62_M	171_S	0.758	0.16
120_G	339_A	0.748	0.16
69_Y	297_I	0.743	0.16
53_G	272_D	0.741	0.16
79_A	85_K	0.739	0.16
95_A	143_R	0.735	0.16
188_D	298_V	0.735	0.16
166_F	336_S	0.734	0.16
95_A	168_A	0.729	0.16
109_L	170_S	0.725	0.16
69_Y	338_I	0.725	0.16
109_L	244_V	0.724	0.16
90_Y	341_P	0.723	0.15
299_G	302_A	0.722	0.15
97_F	340_L	0.721	0.15
27_L	194_L	0.721	0.15
96_A	201_G	0.718	0.15
38_V	89_A	0.718	0.15
93_G	340_L	0.718	0.15
170_S	253_S	0.717	0.15
90_Y	121_G	0.714	0.15
145_L	198_G	0.714	0.15
70_E	342_H	0.712	0.15
252_Y	342_H	0.712	0.15
119_K	342_H	0.712	0.15
63_N	342_H	0.712	0.15
109_L	335_V	0.712	0.15
49_E	210_L	0.711	0.15
101_F	297_I	0.710	0.15
74_N	343_V	0.706	0.15
120_G	331_W	0.706	0.15
255_R	340_L	0.702	0.15
48_L	51_Q	0.702	0.15
243_A	341_P	0.701	0.15
158_P	227_E	0.699	0.15
251_W	334_F	0.698	0.15
256_Q	293_W	0.697	0.15
60_V	312_L	0.696	0.15
339_A	346_G	0.695	0.15
93_G	113_V	0.695	0.15
122_F	240_V	0.693	0.15
103_V	113_V	0.686	0.15
103_V	250_L	0.682	0.15
243_A	260_S	0.681	0.15
58_G	101_F	0.679	0.15
150_R	163_T	0.676	0.14
59_M	97_F	0.675	0.14
96_A	213_R	0.675	0.14
54_V	166_F	0.674	0.14
33_A	164_D	0.674	0.14
138_R	216_A	0.672	0.14
329_A	346_G	0.671	0.14
109_L	120_G	0.671	0.14
69_Y	339_A	0.665	0.14
300_S	343_V	0.664	0.14
166_F	244_V	0.661	0.14
224_D	245_G	0.661	0.14
71_H	249_P	0.661	0.14
62_M	88_V	0.659	0.14
161_F	236_A	0.653	0.14
255_R	350_D	0.653	0.14
64_L	80_A	0.652	0.14
246_L	326_G	0.651	0.14
63_N	248_F	0.648	0.14
70_E	248_F	0.648	0.14
248_F	252_Y	0.648	0.14
119_K	248_F	0.648	0.14
68_G	120_G	0.645	0.14
222_L	233_A	0.643	0.14
143_R	147_A	0.642	0.14
204_V	232_I	0.639	0.14
71_H	350_D	0.638	0.14
121_G	243_A	0.636	0.14
103_V	276_M	0.636	0.14
277_L	308_A	0.635	0.14
158_P	339_A	0.634	0.14
171_S	179_P	0.633	0.14
149_V	152_G	0.631	0.13
224_D	238_V	0.631	0.13
90_Y	151_G	0.631	0.13
169_F	332_S	0.626	0.13
112_A	332_S	0.622	0.13
46_V	49_E	0.621	0.13
141_P	275_G	0.621	0.13
212_Y	229_L	0.620	0.13
97_F	346_G	0.617	0.13
114_T	188_D	0.616	0.13
101_F	170_S	0.615	0.13
96_A	234_Y	0.615	0.13
124_G	170_S	0.614	0.13
59_M	337_I	0.614	0.13
73_E	233_A	0.612	0.13
72_F	293_W	0.606	0.13
300_S	327_L	0.606	0.13
197_G	308_A	0.604	0.13
55_Y	245_G	0.603	0.13
67_G	252_Y	0.603	0.13
67_G	119_K	0.603	0.13
63_N	67_G	0.603	0.13
67_G	70_E	0.603	0.13
115_V	154_V	0.603	0.13
95_A	197_G	0.600	0.13
297_I	336_S	0.599	0.13
55_Y	253_S	0.599	0.13
103_V	308_A	0.598	0.13
235_F	329_A	0.595	0.13
112_A	249_P	0.595	0.13
47_P	267_A	0.595	0.13
79_A	100_L	0.595	0.13
68_G	330_F	0.594	0.13
65_P	239_P	0.594	0.13
43_G	106_V	0.591	0.13
116_A	119_K	0.590	0.13
63_N	116_A	0.590	0.13
116_A	252_Y	0.590	0.13
70_E	116_A	0.590	0.13
108_G	293_W	0.590	0.13
332_S	339_A	0.589	0.13
101_F	122_F	0.589	0.13
38_V	226_A	0.589	0.13
88_V	92_V	0.588	0.13
201_G	204_V	0.588	0.13
151_G	243_A	0.587	0.13
77_R	298_V	0.585	0.13
57_L	148_V	0.584	0.13
97_F	334_F	0.584	0.13
38_V	250_L	0.584	0.13
150_R	158_P	0.583	0.13
208_L	302_A	0.583	0.13
298_V	301_V	0.582	0.13
173_M	185_L	0.581	0.13
101_F	332_S	0.580	0.12
57_L	195_V	0.580	0.12
121_G	247_Y	0.580	0.12
94_I	264_D	0.579	0.12
251_W	256_Q	0.578	0.12
69_Y	101_F	0.578	0.12
301_V	309_V	0.577	0.12
92_V	200_Y	0.574	0.12
54_V	95_A	0.573	0.12
243_A	350_D	0.571	0.12
123_G	235_F	0.569	0.12
204_V	212_Y	0.568	0.12
101_F	329_A	0.568	0.12
167_Y	246_L	0.566	0.12
211_G	221_F	0.566	0.12
311_W	349_L	0.563	0.12
299_G	306_L	0.562	0.12
201_G	229_L	0.561	0.12
213_R	299_G	0.558	0.12
120_G	245_G	0.558	0.12
30_L	254_A	0.557	0.12
142_Q	202_A	0.556	0.12
83_Q	115_V	0.555	0.12
114_T	173_M	0.554	0.12
197_G	203_L	0.553	0.12
59_M	334_F	0.552	0.12
70_E	249_P	0.552	0.12
63_N	249_P	0.552	0.12
249_P	252_Y	0.552	0.12
119_K	249_P	0.552	0.12
65_P	123_G	0.548	0.12
112_A	120_G	0.547	0.12
260_S	300_S	0.547	0.12
56_L	59_M	0.545	0.12
113_V	204_V	0.543	0.12
204_V	330_F	0.540	0.12
99_A	210_L	0.539	0.12
260_S	338_I	0.539	0.12
184_A	194_L	0.539	0.12
33_A	268_M	0.537	0.12
325_V	328_V	0.535	0.12
90_Y	247_Y	0.534	0.12
240_V	339_A	0.533	0.12
33_A	41_G	0.532	0.12
53_G	233_A	0.532	0.12
67_G	339_A	0.531	0.12
108_G	112_A	0.530	0.12
118_A	122_F	0.528	0.12
77_R	293_W	0.527	0.12
121_G	235_F	0.526	0.11
170_S	244_V	0.525	0.11
87_I	310_L	0.523	0.11
62_M	181_A	0.521	0.11
232_I	306_L	0.518	0.11
94_I	338_I	0.516	0.11
116_A	228_T	0.516	0.11
71_H	74_N	0.513	0.11
213_R	277_L	0.512	0.11
69_Y	249_P	0.511	0.11
60_V	330_F	0.509	0.11
59_M	112_A	0.509	0.11
249_P	331_W	0.509	0.11
106_V	299_G	0.508	0.11
31_A	302_A	0.508	0.11
89_A	149_V	0.507	0.11
334_F	338_I	0.507	0.11
70_E	101_F	0.505	0.11
101_F	252_Y	0.505	0.11
63_N	101_F	0.505	0.11
101_F	119_K	0.505	0.11
46_V	87_I	0.505	0.11
339_A	345_V	0.504	0.11
220_S	236_A	0.504	0.11
111_L	329_A	0.504	0.11
120_G	170_S	0.504	0.11
255_R	338_I	0.502	0.11
100_L	233_A	0.501	0.11
36_F	148_V	0.500	0.11
166_F	331_W	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2yevC	1	0.1643	3.5	0.977	Contact Map
2imuA	1	0.1253	3.3	0.978	Contact Map
2lonA	1	0.2312	2.5	0.979	Contact Map
3j1rA	5	0.0724	1.8	0.98	Contact Map
2mawA	1	0.3398	1.8	0.981	Contact Map
4kppA	1	0.1699	1.7	0.981	Contact Map
2l4jA	1	0.0529	1.7	0.981	Contact Map
3j2wE	1	0.1281	1.6	0.981	Contact Map
2latA	1	0.1031	1.4	0.982	Contact Map
2k8jX	1	0.0808	1.4	0.982	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0089 seconds.