Q9HPN5 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HPN5 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HPN5	Sequences: MVESRANGDLGVLRSKRNATRYQILVEIAERQPAVSQQEIADEIGVTAQAVSDYLGDLVEEGHARKHGRGRYEVTKEGVDWLISQTDDLRTFVEYVSESVLEEVDVDTAVADADIDDGERVSLSMHDGVMHATPGADGSATAVAVTGAAAGQDVGTAEFDGMLDYEPGEVTVLSTPVVQDGGSGALPDDAVTARLAAHDIVAAAGVEALVAVRDAGSEPDIRFGTASAVPAAASRGLSVLLVVTADRLSEHTDPLRERNLGYEVVGPGLD	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	270 (255)
Sequences:	122 (97)
Seq/√Len:	6.0

HALSA - Q9HPN5

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
115_I	144_A	7.135	1.00
153_D	182_G	5.949	1.00
153_D	183_S	4.050	0.94
153_D	181_G	3.628	0.90
80_D	159_F	3.380	0.86
212_V	242_V	3.184	0.82
191_V	212_V	2.973	0.78
46_V	172_V	2.919	0.76
171_T	240_L	2.581	0.66
48_A	175_T	2.280	0.56
46_V	91_T	2.274	0.56
35_V	157_A	2.240	0.55
175_T	242_V	2.232	0.55
142_A	206_V	2.212	0.54
74_V	264_V	2.149	0.52
143_V	178_V	2.141	0.51
39_E	99_S	2.134	0.51
173_L	235_R	1.962	0.45
82_L	208_A	1.923	0.44
80_D	252_T	1.892	0.42
142_A	191_V	1.880	0.42
129_V	241_L	1.858	0.41
12_V	165_Y	1.849	0.41
191_V	242_V	1.837	0.41
20_T	237_L	1.806	0.40
24_I	201_V	1.799	0.39
22_Y	53_D	1.799	0.39
67_H	148_A	1.769	0.38
152_Q	214_D	1.750	0.38
139_S	196_A	1.738	0.37
202_A	221_I	1.736	0.37
115_I	213_R	1.735	0.37
115_I	150_A	1.715	0.36
155_G	178_V	1.615	0.33
17_R	39_E	1.609	0.33
95_Y	99_S	1.579	0.32
191_V	211_A	1.577	0.32
182_G	187_P	1.573	0.32
113_A	150_A	1.559	0.31
178_V	210_V	1.540	0.31
153_D	184_G	1.523	0.30
92_F	244_T	1.506	0.30
195_L	240_L	1.492	0.29
21_R	201_V	1.472	0.29
182_G	186_L	1.471	0.29
116_D	149_A	1.428	0.28
23_Q	140_A	1.420	0.27
23_Q	37_Q	1.419	0.27
156_T	178_V	1.405	0.27
86_T	163_L	1.376	0.26
175_T	203_A	1.365	0.26
192_T	216_G	1.361	0.26
179_Q	228_A	1.354	0.26
92_F	266_G	1.342	0.25
190_A	218_E	1.331	0.25
114_D	166_E	1.322	0.25
114_D	151_G	1.317	0.25
159_F	256_R	1.309	0.24
122_S	253_D	1.307	0.24
21_R	46_V	1.307	0.24
16_K	20_T	1.304	0.24
227_S	254_P	1.290	0.24
73_E	165_Y	1.285	0.24
102_E	241_L	1.284	0.24
35_V	99_S	1.283	0.24
40_I	232_A	1.276	0.23
90_R	239_V	1.274	0.23
175_T	201_V	1.260	0.23
116_D	172_V	1.252	0.23
172_V	243_V	1.250	0.23
116_D	120_R	1.247	0.23
30_E	95_Y	1.243	0.23
81_W	207_E	1.241	0.23
12_V	223_F	1.235	0.22
27_E	52_S	1.231	0.22
37_Q	52_S	1.212	0.22
46_V	64_A	1.211	0.22
12_V	155_G	1.210	0.22
148_A	154_V	1.202	0.22
103_E	215_A	1.193	0.21
152_Q	217_S	1.191	0.21
28_I	242_V	1.181	0.21
18_N	202_A	1.180	0.21
24_I	208_A	1.175	0.21
115_I	151_G	1.174	0.21
18_N	259_N	1.173	0.21
22_Y	86_T	1.172	0.21
130_M	157_A	1.171	0.21
90_R	94_E	1.161	0.21
41_A	183_S	1.161	0.21
21_R	175_T	1.161	0.21
172_V	228_A	1.157	0.21
64_A	179_Q	1.157	0.21
101_L	264_V	1.150	0.20
153_D	187_P	1.148	0.20
51_V	203_A	1.147	0.20
24_I	173_L	1.140	0.20
110_V	196_A	1.139	0.20
126_H	242_V	1.137	0.20
164_D	217_S	1.133	0.20
120_R	150_A	1.133	0.20
56_G	97_S	1.132	0.20
55_L	243_V	1.130	0.20
30_E	249_S	1.128	0.20
260_L	266_G	1.124	0.20
50_A	81_W	1.122	0.20
83_I	155_G	1.121	0.20
149_A	166_E	1.118	0.20
116_D	166_E	1.117	0.20
144_A	147_G	1.116	0.20
203_A	242_V	1.114	0.20
251_H	264_V	1.112	0.20
109_A	232_A	1.104	0.19
37_Q	53_D	1.100	0.19
261_G	264_V	1.095	0.19
185_A	217_S	1.095	0.19
79_V	156_T	1.093	0.19
24_I	182_G	1.085	0.19
117_D	147_G	1.084	0.19
83_I	125_M	1.084	0.19
137_D	224_G	1.083	0.19
212_V	266_G	1.082	0.19
107_D	140_A	1.078	0.19
213_R	265_V	1.077	0.19
33_P	72_Y	1.069	0.19
32_Q	68_G	1.062	0.18
203_A	213_R	1.059	0.18
64_A	244_T	1.051	0.18
40_I	110_V	1.039	0.18
210_V	235_R	1.034	0.18
44_I	206_V	1.027	0.18
107_D	163_L	1.018	0.18
183_S	186_L	1.012	0.17
56_G	228_A	1.007	0.17
22_Y	37_Q	1.007	0.17
122_S	138_G	1.002	0.17
114_D	150_A	0.996	0.17
202_A	220_D	0.994	0.17
211_A	215_A	0.985	0.17
77_E	160_D	0.979	0.17
147_G	250_E	0.978	0.17
123_L	156_T	0.978	0.17
71_R	77_E	0.975	0.17
130_M	162_M	0.966	0.16
45_G	223_F	0.964	0.16
24_I	183_S	0.955	0.16
202_A	222_R	0.953	0.16
192_T	213_R	0.952	0.16
91_T	129_V	0.952	0.16
92_F	218_E	0.949	0.16
175_T	259_N	0.942	0.16
40_I	156_T	0.936	0.16
143_V	159_F	0.932	0.16
89_L	132_A	0.931	0.16
152_Q	184_G	0.931	0.16
73_E	89_L	0.929	0.16
110_V	248_L	0.922	0.16
23_Q	92_F	0.922	0.16
166_E	197_A	0.918	0.16
83_I	246_D	0.915	0.16
217_S	240_L	0.911	0.15
164_D	211_A	0.910	0.15
133_T	150_A	0.904	0.15
18_N	82_L	0.903	0.15
213_R	218_E	0.903	0.15
130_M	163_L	0.900	0.15
114_D	149_A	0.900	0.15
70_G	222_R	0.899	0.15
32_Q	39_E	0.895	0.15
50_A	72_Y	0.894	0.15
29_A	50_A	0.894	0.15
28_I	65_R	0.894	0.15
154_V	164_D	0.887	0.15
167_P	235_R	0.886	0.15
62_G	166_E	0.885	0.15
189_D	240_L	0.873	0.15
66_K	123_L	0.869	0.15
120_R	194_R	0.865	0.15
23_Q	260_L	0.862	0.15
120_R	198_H	0.862	0.15
208_A	217_S	0.860	0.15
186_L	189_D	0.853	0.14
193_A	266_G	0.852	0.14
59_V	76_K	0.852	0.14
85_Q	260_L	0.851	0.14
13_L	211_A	0.844	0.14
22_Y	55_L	0.844	0.14
188_D	238_S	0.843	0.14
118_G	161_G	0.842	0.14
206_V	242_V	0.832	0.14
116_D	218_E	0.832	0.14
202_A	229_V	0.831	0.14
162_M	200_I	0.827	0.14
63_H	240_L	0.824	0.14
18_N	222_R	0.824	0.14
48_A	170_V	0.821	0.14
109_A	176_P	0.819	0.14
169_E	196_A	0.815	0.14
107_D	159_F	0.808	0.14
106_V	257_E	0.806	0.14
78_G	236_G	0.805	0.14
49_Q	236_G	0.805	0.14
49_Q	78_G	0.805	0.14
80_D	256_R	0.804	0.14
33_P	68_G	0.803	0.14
73_E	86_T	0.792	0.13
13_L	207_E	0.791	0.13
79_V	96_V	0.789	0.13
127_D	257_E	0.787	0.13
124_S	158_E	0.785	0.13
73_E	156_T	0.781	0.13
16_K	32_Q	0.781	0.13
28_I	162_M	0.781	0.13
43_E	252_T	0.778	0.13
15_S	23_Q	0.777	0.13
196_A	216_G	0.770	0.13
187_P	231_A	0.768	0.13
80_D	223_F	0.768	0.13
20_T	51_V	0.767	0.13
184_G	191_V	0.767	0.13
113_A	193_A	0.767	0.13
81_W	108_T	0.765	0.13
130_M	172_V	0.763	0.13
230_P	261_G	0.762	0.13
33_P	37_Q	0.761	0.13
29_A	79_V	0.761	0.13
209_L	213_R	0.760	0.13
22_Y	33_P	0.760	0.13
132_A	201_V	0.756	0.13
130_M	266_G	0.754	0.13
170_V	260_L	0.753	0.13
27_E	227_S	0.747	0.13
18_N	89_L	0.745	0.13
127_D	237_L	0.744	0.13
35_V	74_V	0.744	0.13
63_H	192_T	0.736	0.12
118_G	220_D	0.731	0.12
37_Q	72_Y	0.729	0.12
98_E	164_D	0.729	0.12
133_T	197_A	0.728	0.12
116_D	126_H	0.726	0.12
54_Y	246_D	0.723	0.12
53_D	86_T	0.720	0.12
64_A	215_A	0.719	0.12
99_S	104_V	0.715	0.12
63_H	211_A	0.713	0.12
51_V	204_A	0.712	0.12
189_D	247_R	0.709	0.12
114_D	213_R	0.704	0.12
148_A	233_A	0.701	0.12
223_F	232_A	0.701	0.12
33_P	50_A	0.701	0.12
172_V	186_L	0.700	0.12
17_R	32_Q	0.698	0.12
117_D	214_D	0.697	0.12
135_G	261_G	0.696	0.12
31_R	35_V	0.693	0.12
119_E	192_T	0.690	0.12
98_E	221_I	0.687	0.12
138_G	193_A	0.686	0.12
24_I	153_D	0.686	0.12
50_A	79_V	0.686	0.12
52_S	111_A	0.684	0.12
90_R	98_E	0.683	0.12
207_E	231_A	0.679	0.12
137_D	144_A	0.678	0.12
89_L	156_T	0.678	0.12
37_Q	68_G	0.676	0.12
86_T	248_L	0.676	0.12
74_V	207_E	0.674	0.12
173_L	177_V	0.669	0.11
46_V	140_A	0.668	0.11
199_D	237_L	0.667	0.11
113_A	200_I	0.665	0.11
14_R	117_D	0.660	0.11
68_G	125_M	0.659	0.11
52_S	72_Y	0.658	0.11
107_D	256_R	0.655	0.11
131_H	188_D	0.650	0.11
48_A	207_E	0.649	0.11
21_R	26_V	0.648	0.11
160_D	172_V	0.643	0.11
86_T	96_V	0.643	0.11
132_A	168_G	0.642	0.11
86_T	142_A	0.642	0.11
119_E	137_D	0.639	0.11
120_R	169_E	0.638	0.11
224_G	230_P	0.638	0.11
142_A	248_L	0.637	0.11
169_E	227_S	0.631	0.11
113_A	149_A	0.628	0.11
158_E	241_L	0.628	0.11
149_A	196_A	0.624	0.11
241_L	251_H	0.624	0.11
254_P	266_G	0.620	0.11
110_V	131_H	0.618	0.11
216_G	224_G	0.616	0.11
133_T	175_T	0.616	0.11
56_G	131_H	0.615	0.11
37_Q	41_A	0.607	0.11
50_A	128_G	0.607	0.11
150_A	187_P	0.606	0.11
68_G	96_V	0.603	0.11
88_D	141_T	0.603	0.11
166_E	196_A	0.602	0.11
112_D	126_H	0.601	0.10
59_V	254_P	0.599	0.10
54_Y	83_I	0.599	0.10
67_H	73_E	0.598	0.10
140_A	163_L	0.597	0.10
21_R	57_D	0.593	0.10
51_V	140_A	0.593	0.10
116_D	147_G	0.590	0.10
19_A	39_E	0.589	0.10
49_Q	205_G	0.586	0.10
78_G	205_G	0.586	0.10
205_G	236_G	0.586	0.10
63_H	149_A	0.584	0.10
40_I	102_E	0.583	0.10
65_R	73_E	0.580	0.10
24_I	137_D	0.579	0.10
41_A	45_G	0.578	0.10
92_F	247_R	0.575	0.10
14_R	265_V	0.574	0.10
131_H	256_R	0.574	0.10
15_S	18_N	0.573	0.10
75_T	236_G	0.573	0.10
75_T	78_G	0.573	0.10
49_Q	75_T	0.573	0.10
109_A	161_G	0.572	0.10
127_D	211_A	0.571	0.10
36_S	247_R	0.570	0.10
82_L	139_S	0.570	0.10
70_G	73_E	0.569	0.10
37_Q	96_V	0.569	0.10
12_V	102_E	0.566	0.10
110_V	177_V	0.566	0.10
178_V	219_P	0.565	0.10
93_V	243_V	0.565	0.10
46_V	251_H	0.564	0.10
12_V	122_S	0.561	0.10
83_I	129_V	0.561	0.10
54_Y	155_G	0.557	0.10
153_D	186_L	0.554	0.10
133_T	188_D	0.553	0.10
65_R	158_E	0.552	0.10
80_D	143_V	0.547	0.10
88_D	224_G	0.544	0.10
77_E	188_D	0.544	0.10
16_K	29_A	0.542	0.10
191_V	217_S	0.540	0.10
186_L	231_A	0.539	0.10
139_S	203_A	0.538	0.10
165_Y	180_D	0.538	0.10
33_P	111_A	0.536	0.10
100_V	210_V	0.535	0.10
224_G	235_R	0.535	0.10
163_L	262_Y	0.527	0.10
30_E	152_Q	0.526	0.10
120_R	147_G	0.525	0.10
169_E	214_D	0.525	0.10
21_R	255_L	0.523	0.09
60_E	143_V	0.517	0.09
28_I	172_V	0.517	0.09
22_Y	92_F	0.517	0.09
133_T	144_A	0.516	0.09
171_T	186_L	0.516	0.09
150_A	189_D	0.514	0.09
141_T	157_A	0.513	0.09
65_R	208_A	0.512	0.09
168_G	238_S	0.511	0.09
32_Q	45_G	0.510	0.09
78_G	128_G	0.510	0.09
128_G	236_G	0.510	0.09
49_Q	128_G	0.510	0.09
202_A	232_A	0.505	0.09
98_E	199_D	0.504	0.09
110_V	175_T	0.501	0.09
244_T	251_H	0.501	0.09
17_R	70_G	0.501	0.09
116_D	208_A	0.501	0.09
41_A	52_S	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3f6oA	2	0.3481	99.1	0.879	Contact Map
4hw0A	2	0.337	99	0.883	Contact Map
2zkzA	2	0.3111	99	0.884	Contact Map
2oqgA	4	0.3926	99	0.885	Contact Map
3df8A	2	0.3593	98.9	0.887	Contact Map
4k2eA	2	0.3333	98.9	0.889	Contact Map
1u2wA	2	0.3444	98.8	0.89	Contact Map
3cuoA	2	0.3333	98.8	0.891	Contact Map
3f6vA	2	0.3444	98.8	0.891	Contact Map
1ub9A	2	0.3407	98.8	0.892	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0091 seconds.