Q9HPI3 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HPI3 - Cytochrome aa3 controlling protein

UniProt:	Q9HPI3	Sequences: MARRSYQLAAVTAVLTFALILLGEFTAVSGSGATCGLQWPDCSGQFLPFGLPVNDFIEQFHRSVAMVVGFFILGTGAAAYRNFDARDIKLAGVLAIVLLPLQVILGGTTVTFSGLVPGGYQPLTQAVHHLAAMAILGTVTYTALRMRDAAGIGLGRVRTAVLAALAVLPFEVAFSRGTIFTVYGSWIQIIHHTFELALFTAAFTAFVWSLRRNATRSAAATGGVALLSTAQVLLGVGLFPFGPTIQLAYYALAVVIAALLVATARIRAHAPPTAATA	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	277 (257)
Sequences:	155 (117)
Seq/√Len:	7.3

HALSA - Q9HPI3 COXX

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
179_I	182_V	4.519	0.98
35_C	42_C	4.172	0.97
100_P	135_I	3.644	0.94
40_P	62_R	3.181	0.88
39_W	42_C	2.868	0.82
71_F	105_L	2.447	0.70
95_A	139_V	2.254	0.63
5_S	12_T	2.235	0.63
218_A	221_T	2.104	0.58
20_I	31_S	2.098	0.57
231_Q	235_G	2.070	0.56
59_Q	103_V	2.057	0.56
210_L	258_A	2.044	0.55
89_K	97_V	2.029	0.55
42_C	62_R	2.027	0.55
65_A	102_Q	2.004	0.54
35_C	62_R	1.955	0.52
35_C	39_W	1.941	0.51
11_V	228_S	1.919	0.50
76_G	139_V	1.885	0.49
59_Q	74_G	1.845	0.48
13_A	68_V	1.823	0.47
23_G	62_R	1.796	0.46
18_A	256_I	1.794	0.46
21_L	44_G	1.787	0.45
213_N	226_L	1.785	0.45
43_S	49_F	1.776	0.45
201_A	258_A	1.760	0.44
165_L	171_E	1.714	0.43
42_C	110_V	1.669	0.41
127_V	218_A	1.668	0.41
29_S	34_T	1.659	0.40
21_L	108_T	1.643	0.40
33_A	58_E	1.624	0.39
165_L	258_A	1.614	0.39
43_S	55_D	1.612	0.39
66_M	70_F	1.610	0.39
23_G	128_H	1.606	0.38
41_D	46_F	1.604	0.38
78_A	232_V	1.602	0.38
162_L	240_P	1.600	0.38
67_V	71_F	1.565	0.37
32_G	110_V	1.563	0.37
253_A	256_I	1.560	0.37
59_Q	135_I	1.558	0.37
55_D	59_Q	1.549	0.36
86_R	90_L	1.540	0.36
35_C	40_P	1.536	0.36
227_L	252_L	1.529	0.36
240_P	247_L	1.523	0.35
244_T	262_A	1.521	0.35
56_F	59_Q	1.517	0.35
99_L	127_V	1.509	0.35
19_L	127_V	1.494	0.34
69_G	135_I	1.488	0.34
178_T	229_T	1.478	0.34
46_F	92_G	1.474	0.34
19_L	65_A	1.472	0.34
235_G	256_I	1.470	0.34
44_G	186_W	1.465	0.33
16_T	21_L	1.459	0.33
23_G	35_C	1.454	0.33
19_L	27_A	1.451	0.33
20_I	44_G	1.440	0.33
136_L	185_S	1.427	0.32
69_G	88_I	1.388	0.31
30_G	109_T	1.387	0.31
106_G	128_H	1.386	0.31
248_A	263_T	1.374	0.30
30_G	58_E	1.371	0.30
227_L	253_A	1.360	0.30
165_L	201_A	1.350	0.30
102_Q	106_G	1.345	0.29
40_P	106_G	1.343	0.29
82_N	161_V	1.331	0.29
26_T	103_V	1.323	0.29
69_G	100_P	1.322	0.29
12_T	75_T	1.304	0.28
48_P	81_R	1.294	0.28
9_A	174_F	1.287	0.27
208_W	254_V	1.282	0.27
59_Q	185_S	1.281	0.27
244_T	258_A	1.276	0.27
165_L	262_A	1.263	0.27
12_T	21_L	1.263	0.27
244_T	248_A	1.262	0.27
56_F	74_G	1.253	0.26
58_E	110_V	1.242	0.26
55_D	125_Q	1.234	0.26
173_A	199_F	1.233	0.26
83_F	150_A	1.225	0.26
31_S	92_G	1.220	0.25
213_N	217_S	1.219	0.25
96_I	190_I	1.219	0.25
258_A	263_T	1.214	0.25
238_L	241_F	1.201	0.25
163_A	206_F	1.198	0.25
57_I	219_A	1.192	0.25
45_Q	49_F	1.191	0.25
105_L	157_V	1.188	0.25
251_A	268_A	1.175	0.24
53_V	105_L	1.172	0.24
259_L	267_R	1.170	0.24
60_F	70_F	1.167	0.24
222_G	269_H	1.166	0.24
221_T	256_I	1.166	0.24
30_G	42_C	1.165	0.24
85_A	105_L	1.162	0.24
85_A	132_A	1.159	0.24
193_T	214_A	1.157	0.24
44_G	265_R	1.146	0.23
81_R	100_P	1.144	0.23
85_A	89_K	1.137	0.23
169_P	209_S	1.133	0.23
23_G	40_P	1.132	0.23
229_T	248_A	1.124	0.23
204_T	229_T	1.121	0.23
32_G	58_E	1.116	0.22
61_H	128_H	1.115	0.22
45_Q	95_A	1.112	0.22
22_L	120_Y	1.108	0.22
22_L	30_G	1.101	0.22
77_A	138_T	1.098	0.22
39_W	62_R	1.093	0.22
91_A	164_A	1.090	0.22
38_Q	48_P	1.082	0.22
154_L	157_V	1.082	0.22
66_M	188_Q	1.079	0.21
30_G	68_V	1.078	0.21
19_L	102_Q	1.074	0.21
247_L	250_Y	1.070	0.21
14_V	26_T	1.059	0.21
41_D	112_F	1.058	0.21
194_F	243_P	1.055	0.21
73_L	105_L	1.054	0.21
69_G	87_D	1.037	0.20
165_L	217_S	1.036	0.20
43_S	51_L	1.035	0.20
42_C	58_E	1.033	0.20
212_R	250_Y	1.029	0.20
186_W	240_P	1.027	0.20
20_I	71_F	1.021	0.20
119_G	124_T	1.020	0.20
109_T	188_Q	1.017	0.20
94_L	232_V	1.009	0.20
213_N	258_A	1.009	0.20
177_G	238_L	1.007	0.20
166_A	258_A	1.005	0.20
216_R	254_V	0.992	0.19
67_V	137_G	0.991	0.19
46_F	73_L	0.988	0.19
219_A	230_A	0.987	0.19
70_F	74_G	0.987	0.19
56_F	66_M	0.983	0.19
23_G	42_C	0.976	0.19
251_A	259_L	0.974	0.19
62_R	107_G	0.973	0.19
84_D	261_V	0.969	0.19
258_A	262_A	0.969	0.19
182_V	190_I	0.964	0.19
35_C	107_G	0.961	0.19
91_A	138_T	0.955	0.18
72_I	101_L	0.947	0.18
14_V	124_T	0.941	0.18
97_V	222_G	0.939	0.18
44_G	243_P	0.939	0.18
160_A	267_R	0.937	0.18
20_I	29_S	0.936	0.18
249_Y	256_I	0.934	0.18
44_G	155_G	0.933	0.18
94_L	103_V	0.928	0.18
248_A	261_V	0.925	0.18
96_I	134_A	0.919	0.18
95_A	185_S	0.916	0.18
35_C	110_V	0.915	0.17
61_H	180_F	0.913	0.17
30_G	33_A	0.903	0.17
48_P	77_A	0.899	0.17
229_T	259_L	0.896	0.17
6_Y	250_Y	0.895	0.17
80_Y	93_V	0.891	0.17
150_A	230_A	0.886	0.17
29_S	218_A	0.879	0.17
181_T	184_G	0.875	0.17
90_L	235_G	0.872	0.17
241_F	248_A	0.866	0.16
40_P	107_G	0.865	0.16
160_A	165_L	0.859	0.16
120_Y	234_L	0.858	0.16
27_A	65_A	0.857	0.16
165_L	244_T	0.854	0.16
238_L	259_L	0.853	0.16
262_A	267_R	0.847	0.16
79_A	193_T	0.846	0.16
241_F	251_A	0.843	0.16
259_L	264_A	0.842	0.16
75_T	140_T	0.842	0.16
160_A	235_G	0.840	0.16
173_A	198_L	0.836	0.16
158_R	218_A	0.829	0.16
199_F	233_L	0.826	0.16
210_L	263_T	0.824	0.16
171_E	213_N	0.824	0.16
57_I	73_L	0.822	0.15
129_H	193_T	0.815	0.15
171_E	210_L	0.813	0.15
59_Q	109_T	0.812	0.15
56_F	188_Q	0.802	0.15
251_A	255_V	0.801	0.15
198_L	267_R	0.801	0.15
160_A	172_V	0.793	0.15
167_V	262_A	0.793	0.15
85_A	99_L	0.793	0.15
168_L	254_V	0.792	0.15
93_V	127_V	0.791	0.15
47_L	55_D	0.791	0.15
13_A	26_T	0.791	0.15
150_A	168_L	0.789	0.15
193_T	253_A	0.785	0.15
43_S	59_Q	0.785	0.15
168_L	181_T	0.784	0.15
18_A	60_F	0.782	0.15
24_E	55_D	0.781	0.15
219_A	241_F	0.780	0.15
25_F	144_L	0.778	0.15
229_T	233_L	0.775	0.15
35_C	58_E	0.774	0.15
99_L	132_A	0.768	0.14
11_V	223_G	0.768	0.14
11_V	149_A	0.765	0.14
75_T	80_Y	0.758	0.14
250_Y	258_A	0.755	0.14
131_A	134_A	0.752	0.14
60_F	72_I	0.751	0.14
105_L	138_T	0.750	0.14
62_R	106_G	0.747	0.14
229_T	254_V	0.746	0.14
167_V	263_T	0.744	0.14
201_A	248_A	0.741	0.14
46_F	94_L	0.740	0.14
97_V	260_L	0.738	0.14
44_G	51_L	0.738	0.14
5_S	236_V	0.737	0.14
60_F	66_M	0.735	0.14
241_F	257_A	0.733	0.14
65_A	205_A	0.729	0.14
67_V	73_L	0.721	0.14
29_S	93_V	0.721	0.14
59_Q	191_H	0.720	0.14
56_F	103_V	0.720	0.14
36_G	119_G	0.718	0.13
57_I	187_I	0.715	0.13
14_V	20_I	0.715	0.13
20_I	164_A	0.712	0.13
206_F	215_T	0.712	0.13
168_L	215_T	0.709	0.13
152_I	161_V	0.707	0.13
95_A	142_T	0.707	0.13
56_F	183_Y	0.706	0.13
170_F	267_R	0.704	0.13
55_D	81_R	0.703	0.13
171_E	262_A	0.702	0.13
9_A	16_T	0.697	0.13
50_G	55_D	0.697	0.13
198_L	217_S	0.695	0.13
48_P	51_L	0.692	0.13
33_A	109_T	0.689	0.13
210_L	262_A	0.688	0.13
72_I	75_T	0.687	0.13
159_T	226_L	0.686	0.13
71_F	195_E	0.685	0.13
18_A	137_G	0.685	0.13
45_Q	194_F	0.681	0.13
31_S	138_T	0.680	0.13
30_G	139_V	0.678	0.13
217_S	226_L	0.671	0.13
143_A	176_R	0.671	0.13
48_P	100_P	0.670	0.13
23_G	106_G	0.667	0.13
68_V	214_A	0.665	0.13
92_G	141_Y	0.664	0.13
42_C	107_G	0.663	0.12
30_G	214_A	0.662	0.12
163_A	166_A	0.662	0.12
205_A	251_A	0.657	0.12
246_Q	262_A	0.655	0.12
57_I	68_V	0.650	0.12
6_Y	253_A	0.649	0.12
21_L	192_H	0.649	0.12
62_R	128_H	0.643	0.12
39_W	106_G	0.637	0.12
73_L	150_A	0.634	0.12
22_L	74_G	0.632	0.12
43_S	70_F	0.630	0.12
213_N	244_T	0.627	0.12
246_Q	266_I	0.627	0.12
97_V	216_R	0.626	0.12
248_A	266_I	0.626	0.12
229_T	266_I	0.624	0.12
195_E	204_T	0.621	0.12
144_L	205_A	0.620	0.12
166_A	201_A	0.618	0.12
88_I	174_F	0.617	0.12
91_A	161_V	0.612	0.12
167_V	210_L	0.610	0.12
30_G	57_I	0.609	0.12
165_L	230_A	0.609	0.12
34_T	54_N	0.606	0.12
96_I	138_T	0.601	0.11
47_L	193_T	0.601	0.11
24_E	234_L	0.598	0.11
48_P	232_V	0.596	0.11
226_L	229_T	0.594	0.11
56_F	109_T	0.594	0.11
251_A	254_V	0.593	0.11
79_A	109_T	0.592	0.11
217_S	248_A	0.591	0.11
160_A	210_L	0.589	0.11
12_T	71_F	0.589	0.11
263_T	266_I	0.588	0.11
5_S	71_F	0.588	0.11
103_V	240_P	0.587	0.11
239_F	242_G	0.584	0.11
141_Y	200_T	0.583	0.11
103_V	202_A	0.583	0.11
217_S	267_R	0.580	0.11
51_L	55_D	0.579	0.11
36_G	44_G	0.579	0.11
30_G	59_Q	0.577	0.11
76_G	156_R	0.576	0.11
77_A	94_L	0.576	0.11
160_A	171_E	0.574	0.11
153_G	235_G	0.574	0.11
142_T	176_R	0.573	0.11
104_I	182_V	0.571	0.11
206_F	255_V	0.571	0.11
213_N	266_I	0.570	0.11
195_E	229_T	0.569	0.11
74_G	86_R	0.568	0.11
212_R	216_R	0.568	0.11
201_A	215_T	0.568	0.11
230_A	262_A	0.565	0.11
70_F	94_L	0.562	0.11
14_V	104_I	0.562	0.11
56_F	200_T	0.558	0.11
155_G	265_R	0.556	0.11
112_F	122_P	0.555	0.11
105_L	131_A	0.554	0.11
212_R	247_L	0.553	0.11
84_D	105_L	0.548	0.11
247_L	258_A	0.547	0.11
244_T	263_T	0.547	0.11
104_I	155_G	0.547	0.11
30_G	188_Q	0.546	0.11
30_G	35_C	0.545	0.11
30_G	54_N	0.545	0.11
165_L	168_L	0.542	0.11
8_L	12_T	0.541	0.11
26_T	132_A	0.541	0.11
136_L	176_R	0.540	0.11
57_I	84_D	0.540	0.11
30_G	110_V	0.536	0.10
27_A	34_T	0.534	0.10
60_F	234_L	0.533	0.10
95_A	100_P	0.532	0.10
55_D	103_V	0.531	0.10
111_T	243_P	0.529	0.10
250_Y	265_R	0.527	0.10
93_V	157_V	0.521	0.10
16_T	202_A	0.520	0.10
247_L	266_I	0.519	0.10
178_T	252_L	0.519	0.10
87_D	135_I	0.518	0.10
21_L	161_V	0.517	0.10
44_G	153_G	0.516	0.10
85_A	153_G	0.516	0.10
130_L	150_A	0.515	0.10
166_A	262_A	0.514	0.10
28_V	161_V	0.510	0.10
47_L	103_V	0.509	0.10
164_A	258_A	0.508	0.10
232_V	245_I	0.508	0.10
20_I	122_P	0.503	0.10
258_A	267_R	0.503	0.10
38_Q	55_D	0.501	0.10
213_N	262_A	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4od4A	1	0.4043	97.9	0.885	Contact Map
4tq3A	1	0.4224	97.2	0.9	Contact Map
1wazA	1	0.1661	10.6	0.965	Contact Map
3wdoA	1	0.6498	3.2	0.973	Contact Map
4k1fA	3	0.2202	2.6	0.974	Contact Map
2kv5A	1	0.1191	2.3	0.975	Contact Map
2h01A	1	0.1516	2.2	0.975	Contact Map
2losA	1	0.3285	2	0.975	Contact Map
4rqxA	3	0.1155	1.9	0.975	Contact Map
4b19A	1	0.1083	1.8	0.976	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0078 seconds.