Q9HPF4 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HPF4 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HPF4	Sequences: MDISDIAANDYVEVDAEQRLGKVRSLFERENPKGVIVTEAGAYDGVITERQLIQSHIGDDTRVAAMVTDAPKVSRTEDVRETARMLVEGGTKIAPVFEAGSLWGVITEDAILDAVLANLDALDVRDIYTEHVVTVDEDDSMGRVINLLREHGISRLPVVDDAGLLSGIVTRYDIVDFVVRDTEKTTVGDRSGEIERLLDLPVSDEMTSPVKTASFDDSVRDAVDDMLAHDYSGVIVTPDDDERAVGGILTKTDVLRALSYTEEEHLDVQITNIDLLDTLSRQEVRERIENVVAKYGDMDVHHAHVRLSKHKEKLRGTPLIQSQIRLRTNKGQIAGTGEGYGADNSFHVALDKLERNVLELKGIEHDEEYEGQLLRKLNDL	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	380 (346)
Sequences:	208 (143)
Seq/√Len:	7.7

HALSA - Q9HPF4
SULSO - Q981B7

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
75_R	98_E	3.600	0.94
135_V	158_V	3.577	0.94
135_V	156_L	3.387	0.92
158_V	202_V	3.187	0.89
213_A	236_V	3.083	0.88
169_V	205_E	2.937	0.85
135_V	249_L	2.787	0.82
160_D	163_G	2.523	0.74
34_G	37_V	2.447	0.72
217_D	225_D	2.381	0.70
96_V	210_V	2.317	0.68
245_V	256_R	2.300	0.67
135_V	202_V	2.280	0.66
211_K	231_Y	2.272	0.66
104_G	167_G	2.265	0.66
132_V	170_T	2.256	0.66
82_T	292_V	2.247	0.65
105_V	111_I	2.220	0.64
14_V	26_L	2.219	0.64
74_S	106_I	2.185	0.63
36_I	249_L	2.177	0.63
135_V	139_D	2.140	0.61
28_E	31_N	2.120	0.60
338_E	355_R	2.120	0.60
93_I	193_E	2.072	0.59
17_E	29_R	2.052	0.58
14_V	37_V	2.051	0.58
73_V	81_E	2.050	0.58
337_G	355_R	2.037	0.57
15_D	26_L	2.015	0.56
167_G	206_M	2.011	0.56
124_V	222_A	2.009	0.56
135_V	254_V	1.983	0.55
99_A	289_E	1.977	0.55
126_D	289_E	1.972	0.55
141_M	221_D	1.971	0.55
117_A	224_D	1.965	0.54
20_L	30_E	1.956	0.54
50_R	156_L	1.948	0.54
338_E	341_G	1.939	0.53
140_S	216_D	1.903	0.52
144_V	168_I	1.898	0.52
96_V	255_L	1.886	0.51
139_D	143_R	1.868	0.50
127_I	245_V	1.844	0.50
34_G	39_E	1.831	0.49
32_P	43_Y	1.806	0.48
337_G	341_G	1.802	0.48
64_A	141_M	1.785	0.47
258_L	305_V	1.752	0.46
10_D	24_R	1.744	0.46
63_V	67_V	1.742	0.45
105_V	131_H	1.685	0.43
188_G	192_G	1.674	0.43
167_G	173_D	1.674	0.43
158_V	265_H	1.667	0.42
141_M	246_G	1.658	0.42
304_H	357_V	1.657	0.42
26_L	35_V	1.627	0.41
110_A	248_I	1.609	0.40
294_K	298_M	1.606	0.40
76_T	123_D	1.593	0.40
140_S	324_I	1.592	0.40
15_D	139_D	1.581	0.39
145_I	174_I	1.580	0.39
82_T	128_Y	1.563	0.38
32_P	36_I	1.551	0.38
73_V	288_I	1.549	0.38
156_L	247_G	1.546	0.38
326_L	353_L	1.540	0.38
10_D	14_V	1.538	0.38
42_A	147_L	1.533	0.37
10_D	40_A	1.531	0.37
217_D	297_D	1.530	0.37
26_L	39_E	1.515	0.37
353_L	357_V	1.506	0.36
141_M	152_G	1.504	0.36
168_I	231_Y	1.501	0.36
184_K	189_D	1.501	0.36
316_G	319_L	1.490	0.36
75_R	94_A	1.467	0.35
146_N	150_E	1.458	0.35
42_A	240_D	1.446	0.34
92_K	335_G	1.445	0.34
22_K	29_R	1.433	0.34
77_E	82_T	1.422	0.33
24_R	32_P	1.412	0.33
138_D	255_L	1.411	0.33
155_R	233_G	1.393	0.32
168_I	193_E	1.392	0.32
64_A	73_V	1.391	0.32
122_L	213_A	1.388	0.32
81_E	257_A	1.387	0.32
315_R	319_L	1.384	0.32
119_L	268_V	1.370	0.31
170_T	174_I	1.361	0.31
36_I	218_S	1.342	0.30
101_S	280_S	1.328	0.30
97_F	103_W	1.323	0.30
233_G	245_V	1.320	0.30
39_E	67_V	1.311	0.29
35_V	40_A	1.307	0.29
316_G	328_T	1.304	0.29
319_L	338_E	1.301	0.29
213_A	217_D	1.300	0.29
73_V	128_Y	1.294	0.29
34_G	38_T	1.290	0.29
129_T	313_K	1.286	0.29
69_D	135_V	1.281	0.28
182_T	299_D	1.277	0.28
81_E	86_L	1.271	0.28
300_V	303_A	1.251	0.27
20_L	26_L	1.248	0.27
325_R	331_G	1.233	0.27
170_T	219_V	1.232	0.27
280_S	283_E	1.228	0.27
286_E	290_N	1.223	0.27
16_A	38_T	1.223	0.27
33_K	41_G	1.215	0.26
19_R	29_R	1.214	0.26
53_I	139_D	1.214	0.26
108_E	232_S	1.212	0.26
12_V	34_G	1.208	0.26
51_Q	307_L	1.204	0.26
48_T	186_T	1.202	0.26
15_D	105_V	1.200	0.26
12_V	26_L	1.196	0.26
60_D	77_E	1.193	0.26
131_H	156_L	1.190	0.26
239_D	330_K	1.188	0.26
208_S	288_I	1.187	0.25
319_L	331_G	1.181	0.25
73_V	101_S	1.168	0.25
61_T	165_L	1.159	0.25
83_A	113_D	1.158	0.25
15_D	38_T	1.151	0.24
113_D	244_A	1.150	0.24
315_R	341_G	1.149	0.24
86_L	111_I	1.143	0.24
24_R	38_T	1.141	0.24
162_A	218_S	1.139	0.24
215_F	321_Q	1.135	0.24
310_H	318_P	1.132	0.24
201_P	256_R	1.130	0.24
119_L	209_P	1.123	0.24
306_R	323_Q	1.115	0.23
184_K	187_V	1.110	0.23
161_D	333_I	1.108	0.23
344_N	347_H	1.107	0.23
29_R	40_A	1.102	0.23
163_G	213_A	1.095	0.23
14_V	148_L	1.094	0.23
37_V	106_I	1.094	0.23
341_G	345_S	1.093	0.23
141_M	224_D	1.093	0.23
21_G	232_S	1.087	0.23
64_A	162_A	1.083	0.22
26_L	34_G	1.071	0.22
270_I	335_G	1.069	0.22
74_S	77_E	1.066	0.22
38_T	41_G	1.064	0.22
68_T	240_D	1.063	0.22
144_V	156_L	1.060	0.22
302_H	305_V	1.052	0.22
168_I	232_S	1.052	0.22
159_V	184_K	1.050	0.22
334_A	357_V	1.049	0.21
46_V	98_E	1.044	0.21
32_P	38_T	1.043	0.21
10_D	38_T	1.042	0.21
79_V	237_T	1.040	0.21
61_T	66_M	1.038	0.21
232_S	333_I	1.038	0.21
337_G	342_A	1.034	0.21
73_V	133_V	1.034	0.21
16_A	39_E	1.028	0.21
266_L	276_L	1.026	0.21
215_F	248_I	1.019	0.21
312_E	326_L	1.008	0.20
195_E	296_G	1.007	0.20
94_A	132_V	1.006	0.20
14_V	19_R	1.000	0.20
24_R	28_E	0.997	0.20
343_D	346_F	0.992	0.20
346_F	357_V	0.991	0.20
76_T	205_E	0.990	0.20
141_M	158_V	0.989	0.20
52_L	209_P	0.983	0.20
186_T	231_Y	0.981	0.20
16_A	20_L	0.977	0.20
25_S	31_N	0.976	0.20
341_G	349_A	0.972	0.19
14_V	36_I	0.962	0.19
300_V	304_H	0.957	0.19
17_E	52_L	0.953	0.19
10_D	33_K	0.952	0.19
144_V	282_Q	0.951	0.19
148_L	258_L	0.951	0.19
15_D	98_E	0.951	0.19
39_E	42_A	0.951	0.19
143_R	181_D	0.947	0.19
128_Y	138_D	0.943	0.19
16_A	25_S	0.940	0.19
31_N	60_D	0.940	0.19
194_I	347_H	0.939	0.19
175_V	178_V	0.932	0.18
74_S	101_S	0.930	0.18
15_D	40_A	0.928	0.18
11_Y	18_Q	0.924	0.18
18_Q	29_R	0.923	0.18
26_L	30_E	0.920	0.18
157_P	165_L	0.919	0.18
315_R	318_P	0.918	0.18
35_V	213_A	0.917	0.18
78_D	255_L	0.915	0.18
138_D	160_D	0.911	0.18
73_V	238_P	0.908	0.18
16_A	40_A	0.907	0.18
117_A	165_L	0.906	0.18
147_L	160_D	0.905	0.18
300_V	324_I	0.904	0.18
233_G	349_A	0.902	0.18
210_V	245_V	0.900	0.18
165_L	234_V	0.900	0.18
25_S	29_R	0.898	0.18
178_V	212_T	0.892	0.18
339_G	353_L	0.891	0.18
96_V	319_L	0.889	0.17
125_R	164_L	0.883	0.17
150_E	199_D	0.883	0.17
167_G	213_A	0.882	0.17
177_F	347_H	0.882	0.17
74_S	224_D	0.881	0.17
160_D	213_A	0.881	0.17
48_T	74_S	0.880	0.17
73_V	215_F	0.879	0.17
19_R	59_D	0.872	0.17
31_N	37_V	0.871	0.17
353_L	356_N	0.864	0.17
73_V	77_E	0.860	0.17
29_R	38_T	0.860	0.17
189_D	192_G	0.856	0.17
19_R	31_N	0.854	0.17
249_L	255_L	0.853	0.17
311_K	315_R	0.853	0.17
245_V	254_V	0.850	0.17
24_R	30_E	0.843	0.16
47_I	228_A	0.842	0.16
15_D	25_S	0.838	0.16
54_Q	57_I	0.838	0.16
71_P	83_A	0.838	0.16
141_M	159_V	0.837	0.16
64_A	248_I	0.834	0.16
124_V	305_V	0.830	0.16
228_A	342_A	0.828	0.16
113_D	135_V	0.828	0.16
40_A	131_H	0.827	0.16
141_M	197_L	0.827	0.16
15_D	28_E	0.825	0.16
276_L	294_K	0.821	0.16
341_G	355_R	0.820	0.16
249_L	259_S	0.818	0.16
111_I	247_G	0.817	0.16
77_E	246_G	0.815	0.16
79_V	346_F	0.814	0.16
123_D	126_D	0.810	0.16
134_T	197_L	0.807	0.16
249_L	273_I	0.803	0.16
236_V	262_E	0.802	0.16
71_P	236_V	0.800	0.16
282_Q	289_E	0.798	0.15
86_L	105_V	0.796	0.15
125_R	239_D	0.796	0.15
150_E	163_G	0.795	0.15
326_L	339_G	0.794	0.15
199_D	267_D	0.794	0.15
160_D	166_S	0.792	0.15
232_S	283_E	0.792	0.15
169_V	214_S	0.792	0.15
28_E	33_K	0.791	0.15
140_S	161_D	0.791	0.15
24_R	36_I	0.790	0.15
128_Y	231_Y	0.789	0.15
95_P	247_G	0.789	0.15
22_K	38_T	0.788	0.15
124_V	236_V	0.786	0.15
326_L	334_A	0.784	0.15
108_E	339_G	0.782	0.15
23_V	47_I	0.779	0.15
63_V	132_V	0.778	0.15
16_A	28_E	0.776	0.15
162_A	187_V	0.771	0.15
28_E	35_V	0.771	0.15
43_Y	95_P	0.768	0.15
15_D	23_V	0.767	0.15
138_D	184_K	0.767	0.15
54_Q	211_K	0.766	0.15
88_E	337_G	0.763	0.15
51_Q	160_D	0.761	0.15
17_E	30_E	0.761	0.15
23_V	31_N	0.757	0.15
94_A	230_D	0.757	0.15
155_R	170_T	0.754	0.15
310_H	319_L	0.754	0.15
215_F	255_L	0.753	0.15
30_E	34_G	0.751	0.15
235_I	245_V	0.748	0.14
119_L	201_P	0.746	0.14
222_A	324_I	0.745	0.14
315_R	320_I	0.745	0.14
315_R	331_G	0.743	0.14
319_L	349_A	0.740	0.14
13_E	35_V	0.739	0.14
83_A	158_V	0.736	0.14
75_R	103_W	0.736	0.14
270_I	274_D	0.735	0.14
22_K	33_K	0.734	0.14
88_E	281_R	0.734	0.14
222_A	249_L	0.734	0.14
14_V	152_G	0.732	0.14
248_I	287_R	0.732	0.14
135_V	147_L	0.730	0.14
188_G	191_S	0.728	0.14
12_V	107_T	0.728	0.14
40_A	73_V	0.728	0.14
15_D	42_A	0.727	0.14
20_L	44_D	0.722	0.14
240_D	297_D	0.722	0.14
63_V	217_D	0.721	0.14
19_R	39_E	0.721	0.14
100_G	274_D	0.719	0.14
52_L	104_G	0.718	0.14
174_I	251_K	0.717	0.14
63_V	158_V	0.717	0.14
28_E	32_P	0.714	0.14
145_I	160_D	0.714	0.14
76_T	101_S	0.713	0.14
24_R	34_G	0.713	0.14
26_L	29_R	0.712	0.14
174_I	236_V	0.711	0.14
35_V	38_T	0.710	0.14
194_I	205_E	0.709	0.14
22_K	34_G	0.707	0.14
29_R	59_D	0.707	0.14
287_R	346_F	0.706	0.14
138_D	164_L	0.704	0.14
78_D	156_L	0.702	0.14
15_D	73_V	0.702	0.14
193_E	333_I	0.702	0.14
104_G	169_V	0.701	0.14
26_L	50_R	0.700	0.14
168_I	202_V	0.699	0.14
18_Q	39_E	0.698	0.13
162_A	280_S	0.697	0.13
161_D	324_I	0.696	0.13
10_D	36_I	0.692	0.13
124_V	128_Y	0.690	0.13
20_L	28_E	0.688	0.13
338_E	344_N	0.688	0.13
15_D	54_Q	0.687	0.13
65_A	208_S	0.684	0.13
113_D	161_D	0.683	0.13
12_V	36_I	0.682	0.13
249_L	321_Q	0.676	0.13
110_A	249_L	0.676	0.13
105_V	228_A	0.673	0.13
18_Q	40_A	0.673	0.13
209_P	268_V	0.672	0.13
117_A	132_V	0.670	0.13
170_T	350_L	0.668	0.13
219_V	332_Q	0.666	0.13
271_T	276_L	0.665	0.13
12_V	22_K	0.664	0.13
63_V	117_A	0.661	0.13
144_V	231_Y	0.661	0.13
162_A	240_D	0.660	0.13
131_H	162_A	0.658	0.13
83_A	226_M	0.658	0.13
78_D	111_I	0.657	0.13
26_L	38_T	0.655	0.13
328_T	331_G	0.653	0.13
17_E	140_S	0.653	0.13
53_I	56_H	0.652	0.13
172_Y	182_T	0.651	0.13
310_H	326_L	0.649	0.13
12_V	30_E	0.644	0.13
18_Q	21_G	0.644	0.13
153_I	240_D	0.642	0.12
213_A	244_A	0.640	0.12
126_D	247_G	0.638	0.12
62_R	345_S	0.636	0.12
316_G	338_E	0.635	0.12
169_V	329_N	0.635	0.12
84_R	126_D	0.634	0.12
319_L	341_G	0.634	0.12
12_V	44_D	0.634	0.12
15_D	64_A	0.631	0.12
186_T	344_N	0.630	0.12
312_E	337_G	0.629	0.12
26_L	40_A	0.629	0.12
158_V	169_V	0.626	0.12
33_K	111_I	0.625	0.12
195_E	237_T	0.625	0.12
120_D	169_V	0.624	0.12
214_S	217_D	0.622	0.12
185_T	191_S	0.622	0.12
144_V	158_V	0.621	0.12
319_L	337_G	0.620	0.12
312_E	355_R	0.619	0.12
30_E	38_T	0.617	0.12
254_V	308_S	0.615	0.12
175_V	218_S	0.614	0.12
325_R	329_N	0.614	0.12
137_E	203_S	0.611	0.12
20_L	23_V	0.610	0.12
205_E	288_I	0.610	0.12
243_R	255_L	0.609	0.12
273_I	334_A	0.608	0.12
63_V	75_R	0.607	0.12
36_I	113_D	0.607	0.12
222_A	325_R	0.606	0.12
83_A	149_R	0.605	0.12
92_K	320_I	0.605	0.12
166_S	177_F	0.604	0.12
192_G	355_R	0.604	0.12
152_G	178_V	0.603	0.12
79_V	224_D	0.601	0.12
152_G	198_L	0.598	0.12
316_G	326_L	0.596	0.12
10_D	284_V	0.595	0.12
194_I	356_N	0.594	0.12
266_L	272_N	0.593	0.12
323_Q	352_K	0.589	0.12
54_Q	61_T	0.589	0.12
88_E	338_E	0.588	0.12
67_V	130_E	0.586	0.12
165_L	210_V	0.586	0.12
23_V	29_R	0.585	0.12
10_D	143_R	0.585	0.12
173_D	209_P	0.583	0.11
135_V	143_R	0.582	0.11
103_W	213_A	0.581	0.11
34_G	174_I	0.581	0.11
73_V	79_V	0.580	0.11
145_I	205_E	0.579	0.11
18_Q	30_E	0.578	0.11
18_Q	33_K	0.576	0.11
218_S	330_K	0.575	0.11
166_S	333_I	0.573	0.11
28_E	38_T	0.572	0.11
249_L	308_S	0.571	0.11
345_S	354_E	0.571	0.11
27_F	55_S	0.569	0.11
95_P	112_L	0.569	0.11
233_G	256_R	0.569	0.11
23_V	205_E	0.569	0.11
48_T	231_Y	0.569	0.11
94_A	245_V	0.568	0.11
36_I	41_G	0.568	0.11
95_P	111_I	0.566	0.11
73_V	255_L	0.565	0.11
337_G	354_E	0.564	0.11
348_V	351_D	0.564	0.11
19_R	25_S	0.562	0.11
239_D	293_A	0.562	0.11
24_R	58_G	0.562	0.11
223_V	284_V	0.559	0.11
134_T	263_E	0.558	0.11
138_D	221_D	0.557	0.11
267_D	271_T	0.556	0.11
62_R	66_M	0.555	0.11
124_V	325_R	0.555	0.11
25_S	41_G	0.554	0.11
17_E	40_A	0.550	0.11
98_E	137_E	0.547	0.11
23_V	249_L	0.546	0.11
201_P	252_T	0.545	0.11
140_S	152_G	0.545	0.11
20_L	35_V	0.542	0.11
12_V	274_D	0.541	0.11
140_S	243_R	0.540	0.11
324_I	329_N	0.538	0.11
231_Y	336_T	0.538	0.11
144_V	169_V	0.535	0.11
153_I	247_G	0.530	0.11
53_I	169_V	0.529	0.11
86_L	317_T	0.529	0.11
37_V	77_E	0.529	0.11
90_G	347_H	0.528	0.11
77_E	250_T	0.527	0.11
332_Q	335_G	0.525	0.11
10_D	19_R	0.525	0.11
264_E	348_V	0.525	0.11
11_Y	36_I	0.525	0.11
119_L	255_L	0.524	0.11
73_V	143_R	0.521	0.11
119_L	294_K	0.520	0.10
82_T	329_N	0.520	0.10
149_R	202_V	0.519	0.10
211_K	225_D	0.517	0.10
45_G	154_S	0.515	0.10
63_V	76_T	0.515	0.10
170_T	173_D	0.515	0.10
10_D	279_L	0.514	0.10
134_T	137_E	0.514	0.10
20_L	27_F	0.514	0.10
105_V	236_V	0.514	0.10
218_S	270_I	0.513	0.10
219_V	233_G	0.513	0.10
105_V	278_T	0.508	0.10
352_K	356_N	0.508	0.10
111_I	333_I	0.506	0.10
22_K	41_G	0.506	0.10
66_M	156_L	0.505	0.10
194_I	344_N	0.502	0.10
140_S	187_V	0.502	0.10
231_Y	347_H	0.501	0.10
176_D	305_V	0.500	0.10
130_E	135_V	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2yzqA	2	0.5737	100	0.616	Contact Map
2qrdG	1	0.6737	100	0.622	Contact Map
3t4nC	1	0.6474	100	0.625	Contact Map
3kh5A	1	0.6684	100	0.63	Contact Map
3ddjA	1	0.6842	100	0.632	Contact Map
2v8qE	1	0.6553	100	0.635	Contact Map
4af0A	3	0.6211	100	0.739	Contact Map
3l2bA	2	0.3474	99.9	0.76	Contact Map
5ahnA	3	0.4921	99.9	0.764	Contact Map
1vrdA	3	0.5395	99.9	0.77	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0102 seconds.