MCH - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

MCH - Methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase

UniProt:	Q9HPD7	Sequences: MESLNRMALELADEALEFTEELDIGAFELDTGTTVIDFGVEHDGGLEAGLLLAELQTAGLATVQTRVDTVGDATFPHVEVACDQPAVAMLGAQKAGWELAVDDYEALGSGPARALVATEGEFQAIDYVDAFEFAVLTLESTGLPTTAAASEVAARAGVTEESVFLPTYRTASVAGSVSAAARTVELAVFRLYELGYDPTDVLSASGCAPVAPVAGDEQTAIGRTNDALAHGGRVHLTVAEDFDAFDAVVSSAAARYDDPFAEVVGTDDWDAGDVDNGVFGPAQLTVDVVGGPTHAFGTVREDVLADGFGLS	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	311 (306)
Sequences:	228 (155)
Seq/√Len:	8.9

HALSA - MCH

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
3_S	129_D	4.735	0.99
53_A	181_A	4.151	0.99
134_A	158_V	4.145	0.99
187_A	236_L	3.643	0.97
108_G	264_V	3.542	0.96
102_D	134_A	3.226	0.93
104_Y	107_L	3.219	0.93
256_Y	300_R	3.208	0.93
233_R	283_Q	2.947	0.89
54_E	59_G	2.788	0.86
25_G	42_H	2.776	0.86
92_A	104_Y	2.681	0.84
40_V	143_L	2.660	0.84
40_V	167_T	2.560	0.81
200_D	240_E	2.453	0.78
55_L	166_P	2.450	0.78
242_F	287_D	2.427	0.77
112_A	136_L	2.358	0.75
214_A	221_I	2.262	0.72
283_Q	295_A	2.244	0.71
221_I	270_D	2.208	0.70
18_F	21_E	2.188	0.69
4_L	129_D	2.146	0.68
191_L	201_V	2.112	0.66
98_E	107_L	2.063	0.65
190_R	228_L	2.020	0.63
92_A	99_L	1.969	0.61
7_M	10_E	1.958	0.60
118_T	155_R	1.945	0.60
18_F	51_L	1.933	0.59
153_A	158_V	1.924	0.59
170_T	249_V	1.899	0.58
38_F	166_P	1.891	0.58
137_T	174_A	1.787	0.53
134_A	176_S	1.733	0.51
240_E	287_D	1.732	0.51
5_N	193_E	1.727	0.50
242_F	292_P	1.712	0.50
158_V	163_V	1.693	0.49
106_A	138_L	1.689	0.49
24_I	51_L	1.663	0.48
52_L	174_A	1.650	0.47
136_L	165_L	1.631	0.46
4_L	221_I	1.628	0.46
108_G	216_D	1.622	0.46
12_A	55_L	1.622	0.46
34_T	164_F	1.591	0.45
140_S	167_T	1.570	0.44
166_P	201_V	1.570	0.44
52_L	166_P	1.567	0.44
227_A	308_F	1.565	0.44
45_G	83_D	1.535	0.42
51_L	196_Y	1.534	0.42
94_K	189_F	1.528	0.42
91_G	206_G	1.510	0.41
107_L	303_V	1.507	0.41
8_A	207_C	1.497	0.41
149_A	165_L	1.493	0.40
225_N	260_F	1.492	0.40
214_A	229_A	1.479	0.40
139_E	279_F	1.462	0.39
196_Y	240_E	1.428	0.38
179_A	208_A	1.428	0.38
153_A	285_T	1.410	0.37
90_L	187_A	1.398	0.37
200_D	206_G	1.390	0.36
35_V	143_L	1.390	0.36
231_G	252_A	1.387	0.36
112_A	221_I	1.368	0.35
83_D	191_L	1.368	0.35
16_L	34_T	1.365	0.35
41_E	210_V	1.356	0.35
22_L	51_L	1.356	0.35
102_D	147_A	1.356	0.35
105_E	272_G	1.356	0.35
208_A	264_V	1.348	0.35
83_D	308_F	1.344	0.34
31_T	146_T	1.330	0.34
12_A	129_D	1.330	0.34
136_L	183_T	1.325	0.34
101_V	147_A	1.311	0.33
30_D	68_D	1.311	0.33
12_A	104_Y	1.294	0.33
57_T	228_L	1.290	0.32
160_E	163_V	1.285	0.32
14_E	51_L	1.282	0.32
148_A	151_E	1.266	0.31
62_T	263_V	1.252	0.31
124_A	192_Y	1.251	0.31
82_C	206_G	1.244	0.31
181_A	306_D	1.239	0.30
104_Y	302_D	1.231	0.30
11_L	201_V	1.229	0.30
169_R	178_S	1.227	0.30
212_P	308_F	1.217	0.30
87_V	234_V	1.217	0.30
90_L	236_L	1.216	0.30
52_L	137_T	1.209	0.29
122_F	127_Y	1.208	0.29
94_K	121_E	1.207	0.29
204_A	249_V	1.203	0.29
208_A	227_A	1.195	0.29
119_E	223_R	1.193	0.29
95_A	225_N	1.188	0.29
174_A	189_F	1.183	0.28
11_L	15_A	1.177	0.28
12_A	47_E	1.177	0.28
31_T	150_S	1.176	0.28
24_I	52_L	1.170	0.28
20_E	161_E	1.169	0.28
171_A	215_G	1.162	0.28
268_D	273_D	1.157	0.28
134_A	163_V	1.150	0.27
63_V	78_V	1.148	0.27
144_P	209_P	1.145	0.27
12_A	107_L	1.144	0.27
183_T	252_A	1.142	0.27
40_V	60_L	1.141	0.27
62_T	152_V	1.139	0.27
33_T	153_A	1.117	0.26
250_S	259_P	1.113	0.26
251_S	299_V	1.108	0.26
189_F	278_V	1.107	0.26
59_G	90_L	1.104	0.26
58_A	61_A	1.104	0.26
112_A	286_V	1.100	0.26
86_A	198_P	1.095	0.25
28_E	66_R	1.093	0.25
223_R	231_G	1.091	0.25
19_T	114_A	1.087	0.25
229_A	292_P	1.082	0.25
9_L	13_D	1.081	0.25
98_E	104_Y	1.076	0.25
114_A	129_D	1.073	0.25
59_G	127_Y	1.072	0.25
167_T	184_V	1.071	0.25
144_P	175_G	1.071	0.25
118_T	156_A	1.060	0.24
170_T	224_T	1.053	0.24
124_A	137_T	1.045	0.24
102_D	156_A	1.045	0.24
50_L	65_T	1.043	0.24
178_S	225_N	1.043	0.24
240_E	289_V	1.043	0.24
119_E	227_A	1.041	0.24
52_L	168_Y	1.038	0.24
88_A	230_H	1.035	0.24
187_A	202_L	1.024	0.23
158_V	283_Q	1.020	0.23
280_G	308_F	1.017	0.23
83_D	128_V	1.015	0.23
4_L	194_L	1.009	0.23
211_A	284_L	1.009	0.23
184_V	204_A	1.009	0.23
49_G	95_A	1.006	0.23
121_E	125_I	0.988	0.22
167_T	171_A	0.987	0.22
31_T	160_E	0.981	0.22
106_A	292_P	0.978	0.22
14_E	18_F	0.977	0.22
99_L	286_V	0.976	0.22
116_V	274_V	0.975	0.22
12_A	16_L	0.975	0.22
178_S	190_R	0.973	0.22
13_D	36_I	0.973	0.22
131_F	165_L	0.970	0.22
258_D	266_T	0.970	0.22
3_S	114_A	0.969	0.22
224_T	264_V	0.968	0.22
169_R	255_R	0.967	0.22
220_A	291_G	0.967	0.22
167_T	229_A	0.962	0.21
173_V	177_V	0.959	0.21
148_A	163_V	0.956	0.21
108_G	224_T	0.954	0.21
168_Y	229_A	0.952	0.21
230_H	251_S	0.952	0.21
125_I	184_V	0.951	0.21
181_A	292_P	0.947	0.21
107_L	186_L	0.938	0.21
45_G	65_T	0.930	0.20
191_L	306_D	0.930	0.20
141_T	168_Y	0.926	0.20
40_V	168_Y	0.925	0.20
253_A	296_F	0.924	0.20
136_L	248_V	0.923	0.20
94_K	137_T	0.916	0.20
274_V	290_G	0.914	0.20
250_S	281_P	0.910	0.20
86_A	94_K	0.907	0.20
154_A	303_V	0.906	0.20
140_S	168_Y	0.901	0.20
224_T	279_F	0.900	0.20
215_G	300_R	0.897	0.20
158_V	212_P	0.895	0.19
29_L	33_T	0.892	0.19
222_G	256_Y	0.890	0.19
13_D	45_G	0.887	0.19
45_G	147_A	0.886	0.19
175_G	209_P	0.885	0.19
91_G	162_S	0.883	0.19
190_R	280_G	0.879	0.19
89_M	275_D	0.874	0.19
191_L	308_F	0.870	0.19
141_T	284_L	0.868	0.19
168_Y	186_L	0.867	0.19
180_A	211_A	0.867	0.19
11_L	192_Y	0.863	0.19
89_M	178_S	0.863	0.19
166_P	290_G	0.860	0.19
200_D	238_V	0.856	0.18
36_I	132_E	0.856	0.18
8_A	243_D	0.854	0.18
181_A	304_L	0.854	0.18
100_A	261_A	0.853	0.18
10_E	13_D	0.853	0.18
95_A	109_S	0.851	0.18
24_I	239_A	0.851	0.18
8_A	220_A	0.846	0.18
140_S	176_S	0.843	0.18
247_A	302_D	0.842	0.18
137_T	192_Y	0.837	0.18
99_L	160_E	0.833	0.18
100_A	131_F	0.833	0.18
115_L	134_A	0.832	0.18
139_E	281_P	0.831	0.18
256_Y	273_D	0.829	0.18
156_A	269_W	0.828	0.18
242_F	290_G	0.824	0.18
171_A	202_L	0.823	0.18
236_L	278_V	0.823	0.18
246_D	302_D	0.822	0.18
16_L	36_I	0.817	0.17
16_L	126_D	0.813	0.17
20_E	31_T	0.809	0.17
94_K	174_A	0.805	0.17
22_L	47_E	0.805	0.17
112_A	134_A	0.804	0.17
173_V	263_V	0.802	0.17
152_V	165_L	0.802	0.17
172_S	175_G	0.799	0.17
10_E	22_L	0.794	0.17
50_L	54_E	0.792	0.17
17_E	280_G	0.791	0.17
57_T	116_V	0.790	0.17
35_V	78_V	0.788	0.17
78_V	200_D	0.787	0.17
4_L	127_Y	0.787	0.17
107_L	168_Y	0.787	0.17
158_V	285_T	0.786	0.17
40_V	229_A	0.786	0.17
146_T	265_G	0.784	0.17
45_G	273_D	0.784	0.17
81_A	246_D	0.782	0.17
56_Q	106_A	0.782	0.17
45_G	153_A	0.780	0.17
130_A	146_T	0.778	0.17
183_T	248_V	0.778	0.17
137_T	189_F	0.777	0.16
143_L	167_T	0.775	0.16
132_E	266_T	0.774	0.16
193_E	267_D	0.773	0.16
184_V	228_L	0.772	0.16
43_D	128_V	0.772	0.16
87_V	211_A	0.769	0.16
198_P	229_A	0.767	0.16
99_L	186_L	0.766	0.16
35_V	142_G	0.763	0.16
267_D	280_G	0.762	0.16
178_S	249_V	0.759	0.16
101_V	230_H	0.754	0.16
53_A	201_V	0.754	0.16
20_E	42_H	0.749	0.16
52_L	58_A	0.748	0.16
192_Y	278_V	0.747	0.16
202_L	288_V	0.747	0.16
16_L	161_E	0.746	0.16
92_A	160_E	0.741	0.16
11_L	181_A	0.740	0.16
183_T	232_G	0.739	0.16
9_L	265_G	0.737	0.16
298_T	301_E	0.736	0.16
19_T	26_A	0.736	0.16
36_I	299_V	0.732	0.15
267_D	278_V	0.727	0.15
252_A	286_V	0.725	0.15
27_F	35_V	0.724	0.15
82_C	184_V	0.723	0.15
54_E	203_S	0.723	0.15
204_A	254_A	0.722	0.15
214_A	303_V	0.722	0.15
248_V	286_V	0.722	0.15
102_D	307_G	0.721	0.15
146_T	230_H	0.721	0.15
56_Q	178_S	0.717	0.15
175_G	279_F	0.716	0.15
83_D	203_S	0.712	0.15
152_V	163_V	0.710	0.15
106_A	296_F	0.708	0.15
125_I	177_V	0.707	0.15
280_G	287_D	0.706	0.15
46_L	91_G	0.706	0.15
166_P	174_A	0.704	0.15
5_N	20_E	0.702	0.15
219_T	302_D	0.700	0.15
91_G	245_F	0.698	0.15
215_G	219_T	0.698	0.15
80_V	89_M	0.696	0.15
59_G	220_A	0.695	0.15
112_A	165_L	0.695	0.15
88_A	132_E	0.695	0.15
16_L	47_E	0.693	0.15
99_L	138_L	0.691	0.15
10_E	52_L	0.691	0.15
17_E	262_E	0.691	0.15
119_E	187_A	0.690	0.15
216_D	219_T	0.686	0.14
165_L	294_H	0.686	0.14
245_F	286_V	0.685	0.14
4_L	117_A	0.684	0.14
134_A	146_T	0.683	0.14
254_A	290_G	0.682	0.14
265_G	269_W	0.681	0.14
29_L	35_V	0.681	0.14
210_V	248_V	0.681	0.14
152_V	302_D	0.681	0.14
15_A	168_Y	0.679	0.14
109_S	144_P	0.675	0.14
150_S	156_A	0.673	0.14
46_L	237_T	0.672	0.14
33_T	157_G	0.671	0.14
187_A	207_C	0.671	0.14
112_A	129_D	0.670	0.14
231_G	305_A	0.669	0.14
151_E	155_R	0.669	0.14
35_V	41_E	0.666	0.14
141_T	265_G	0.664	0.14
34_T	240_E	0.661	0.14
17_E	23_D	0.661	0.14
85_P	93_Q	0.658	0.14
227_A	231_G	0.658	0.14
157_G	290_G	0.658	0.14
119_E	231_G	0.657	0.14
33_T	91_G	0.656	0.14
23_D	125_I	0.654	0.14
277_G	280_G	0.653	0.14
120_G	231_G	0.649	0.14
195_G	237_T	0.647	0.14
107_L	235_H	0.646	0.14
129_D	186_L	0.644	0.14
158_V	193_E	0.643	0.14
57_T	117_A	0.641	0.13
58_A	294_H	0.637	0.13
230_H	263_V	0.636	0.13
118_T	141_T	0.635	0.13
149_A	163_V	0.633	0.13
158_V	308_F	0.631	0.13
179_A	190_R	0.630	0.13
33_T	87_V	0.626	0.13
224_T	278_V	0.623	0.13
26_A	135_V	0.622	0.13
83_D	248_V	0.621	0.13
236_L	240_E	0.616	0.13
43_D	146_T	0.614	0.13
23_D	200_D	0.614	0.13
67_V	79_E	0.612	0.13
15_A	298_T	0.610	0.13
156_A	288_V	0.610	0.13
42_H	84_Q	0.606	0.13
190_R	249_V	0.606	0.13
48_A	113_R	0.605	0.13
24_I	68_D	0.604	0.13
70_V	245_F	0.603	0.13
165_L	198_P	0.602	0.13
220_A	223_R	0.601	0.13
142_G	258_D	0.597	0.13
123_Q	162_S	0.596	0.13
15_A	24_I	0.595	0.13
92_A	249_V	0.594	0.13
202_L	296_F	0.594	0.13
22_L	211_A	0.589	0.12
16_L	26_A	0.588	0.12
115_L	232_G	0.585	0.12
56_Q	224_T	0.582	0.12
248_V	293_T	0.580	0.12
121_E	189_F	0.579	0.12
15_A	115_L	0.577	0.12
105_E	190_R	0.575	0.12
158_V	208_A	0.575	0.12
93_Q	144_P	0.575	0.12
114_A	299_V	0.571	0.12
81_A	84_Q	0.566	0.12
184_V	294_H	0.566	0.12
45_G	308_F	0.564	0.12
16_L	21_E	0.564	0.12
46_L	78_V	0.561	0.12
165_L	229_A	0.560	0.12
95_A	190_R	0.559	0.12
86_A	189_F	0.558	0.12
231_G	241_D	0.558	0.12
257_D	278_V	0.557	0.12
8_A	100_A	0.557	0.12
28_E	34_T	0.556	0.12
106_A	168_Y	0.555	0.12
47_E	81_A	0.555	0.12
109_S	190_R	0.554	0.12
33_T	120_G	0.554	0.12
95_A	260_F	0.552	0.12
46_L	50_L	0.552	0.12
58_A	243_D	0.551	0.12
23_D	134_A	0.551	0.12
99_L	107_L	0.550	0.12
138_L	249_V	0.549	0.12
89_M	189_F	0.548	0.12
181_A	300_R	0.546	0.12
116_V	210_V	0.544	0.12
181_A	231_G	0.543	0.12
20_E	210_V	0.543	0.12
211_A	292_P	0.542	0.12
23_D	158_V	0.536	0.12
178_S	222_G	0.535	0.11
254_A	287_D	0.534	0.11
24_I	103_D	0.530	0.11
107_L	119_E	0.529	0.11
177_V	274_V	0.529	0.11
103_D	148_A	0.527	0.11
47_E	197_D	0.527	0.11
124_A	275_D	0.524	0.11
112_A	264_V	0.523	0.11
108_G	170_T	0.523	0.11
89_M	280_G	0.522	0.11
220_A	283_Q	0.521	0.11
123_Q	247_A	0.520	0.11
16_L	84_Q	0.518	0.11
213_V	245_F	0.518	0.11
229_A	269_W	0.517	0.11
174_A	261_A	0.517	0.11
121_E	228_L	0.516	0.11
53_A	306_D	0.516	0.11
74_T	198_P	0.515	0.11
17_E	84_Q	0.513	0.11
38_F	99_L	0.513	0.11
204_A	298_T	0.513	0.11
85_P	144_P	0.513	0.11
184_V	203_S	0.513	0.11
34_T	76_P	0.512	0.11
142_G	230_H	0.511	0.11
171_A	217_E	0.511	0.11
234_V	304_L	0.511	0.11
174_A	178_S	0.511	0.11
180_A	210_V	0.510	0.11
222_G	226_D	0.509	0.11
94_K	119_E	0.507	0.11
23_D	157_G	0.507	0.11
107_L	138_L	0.506	0.11
101_V	217_E	0.505	0.11
24_I	142_G	0.504	0.11
129_D	221_I	0.503	0.11
4_L	288_V	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1qlmA	3	0.9968	100	0.022	Contact Map
4gvqA	3	1	100	0.026	Contact Map
4fioA	3	0.9968	100	0.026	Contact Map
3hwcA	4	0.4116	21.1	0.979	Contact Map
4jutA	4	0.1801	19.3	0.979	Contact Map
3l1eA	2	0.1736	17.3	0.98	Contact Map
3bg3A	4	0.8907	14.9	0.98	Contact Map
2l8nA	1	0.1511	12.4	0.981	Contact Map
3x17B	1	0.3344	12.1	0.981	Contact Map
1nt2A	2	0.5627	9.9	0.982	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0099 seconds.