Q9HP70 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HP70 - Heme biosynthesis protein

UniProt:	Q9HP70	Sequences: MGMDIGDLDDRDRAVLNAFQGGFPVVQRPFEPAAEALRSRGVEFSATELRDRVRTLDENGVLTRFGALINAEEIGGAASLVAMHAPEHRFDEIADTVNDIQAVAHNYEREHPHLNMWFVVSVADREVADVLAEIEAETGQETYNLPKQQEFRVEAKFLVDGPIPDGDVDLSHLGTTPEPTGRDTLTPAERDLVVAVQDGLPVVETPYCAVADDIGRDPEWVVATLRRFNESGMVRRVGVIPNHYALGYTENGMTVWNVPDDAVDDVGPAVAGLDFVTHCYQRPRHDGVWEYNFFAMTHGRSEAESEARVERVRSVMDDHWDVTDDDWDTLFSTRILKKTGIRLDERADANTE	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	352 (320)
Sequences:	292 (212)
Seq/√Len:	11.8

HALSA - Q9HP70 Q9HNW8
SULSO - Q980P3

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
12_D	52_R	7.510	1.00
151_F	264_D	5.941	1.00
28_R	205_T	3.616	0.99
9_D	52_R	3.410	0.98
83_M	97_V	3.369	0.98
108_E	336_L	3.325	0.98
90_F	116_M	3.257	0.97
79_S	144_N	3.192	0.97
108_E	334_R	3.052	0.96
195_A	213_D	3.038	0.96
278_H	338_K	2.975	0.95
283_P	294_F	2.557	0.90
89_R	92_E	2.504	0.89
9_D	12_D	2.449	0.87
203_V	209_A	2.409	0.87
104_A	341_I	2.301	0.84
338_K	341_I	2.238	0.82
67_A	237_V	2.202	0.81
116_M	336_L	2.200	0.81
55_T	59_N	2.187	0.81
79_S	131_L	2.175	0.80
299_G	305_S	2.169	0.80
27_Q	218_P	2.145	0.79
260_D	284_R	2.138	0.79
252_G	329_T	2.138	0.79
189_E	224_T	2.096	0.78
157_F	277_T	2.080	0.77
155_A	278_H	2.056	0.76
91_D	336_L	2.020	0.75
100_I	137_E	2.015	0.75
154_E	338_K	1.995	0.74
243_H	280_Y	1.942	0.72
244_Y	335_I	1.934	0.71
119_V	199_G	1.885	0.69
147_K	278_H	1.875	0.69
28_R	46_A	1.865	0.69
278_H	341_I	1.819	0.67
15_V	49_L	1.794	0.65
335_I	338_K	1.790	0.65
257_N	284_R	1.788	0.65
284_R	292_N	1.759	0.64
64_R	340_G	1.757	0.64
62_L	266_V	1.744	0.63
34_A	181_G	1.744	0.63
90_F	336_L	1.727	0.62
104_A	278_H	1.723	0.62
85_A	93_I	1.718	0.62
272_G	290_E	1.711	0.62
31_E	46_A	1.682	0.60
236_R	280_Y	1.678	0.60
67_A	196_V	1.655	0.59
121_S	341_I	1.634	0.58
88_H	219_E	1.596	0.56
104_A	340_G	1.572	0.55
119_V	150_E	1.571	0.55
106_N	235_R	1.558	0.54
154_E	278_H	1.551	0.54
108_E	299_G	1.533	0.53
78_A	153_V	1.520	0.52
146_P	283_P	1.509	0.52
34_A	55_T	1.500	0.51
59_N	314_S	1.483	0.50
87_E	214_I	1.483	0.50
205_T	218_P	1.465	0.50
98_N	106_N	1.451	0.49
135_E	241_P	1.438	0.48
90_F	108_E	1.431	0.48
34_A	45_S	1.425	0.48
236_R	243_H	1.423	0.47
105_H	251_N	1.418	0.47
71_A	121_S	1.406	0.47
122_V	127_V	1.406	0.47
85_A	97_V	1.405	0.47
106_N	118_F	1.395	0.46
135_E	142_T	1.393	0.46
68_L	238_G	1.390	0.46
111_H	294_F	1.381	0.45
195_A	210_V	1.379	0.45
191_D	223_A	1.377	0.45
261_D	265_D	1.374	0.45
147_K	338_K	1.373	0.45
58_E	272_G	1.368	0.45
99_D	212_D	1.368	0.45
208_C	218_P	1.359	0.44
54_R	58_E	1.354	0.44
74_I	193_V	1.352	0.44
197_Q	294_F	1.351	0.44
155_A	338_K	1.338	0.43
104_A	338_K	1.329	0.43
240_I	336_L	1.327	0.43
72_E	158_L	1.322	0.42
68_L	104_A	1.307	0.42
69_I	193_V	1.297	0.41
111_H	328_D	1.296	0.41
226_R	303_A	1.291	0.41
24_P	206_P	1.288	0.41
23_F	234_V	1.287	0.41
100_I	344_D	1.276	0.40
112_P	151_F	1.273	0.40
301_S	305_S	1.272	0.40
243_H	279_C	1.270	0.40
236_R	279_C	1.259	0.39
23_F	238_G	1.254	0.39
276_V	279_C	1.250	0.39
125_R	128_A	1.247	0.39
110_E	331_F	1.244	0.39
35_E	261_D	1.244	0.39
50_R	202_V	1.230	0.38
104_A	121_S	1.228	0.38
85_A	151_F	1.216	0.37
256_W	279_C	1.205	0.37
104_A	154_E	1.198	0.37
63_T	335_I	1.193	0.36
226_R	261_D	1.183	0.36
236_R	267_G	1.179	0.36
278_H	335_I	1.171	0.35
94_A	116_M	1.161	0.35
47_T	230_E	1.153	0.35
35_E	87_E	1.149	0.34
196_V	225_L	1.144	0.34
155_A	327_W	1.140	0.34
27_Q	222_V	1.136	0.34
46_A	204_E	1.134	0.34
121_S	340_G	1.134	0.34
62_L	241_P	1.128	0.33
68_L	147_K	1.123	0.33
121_S	338_K	1.114	0.33
119_V	340_G	1.109	0.33
267_G	280_Y	1.109	0.33
63_T	152_R	1.108	0.33
157_F	238_G	1.103	0.32
26_V	88_H	1.100	0.32
104_A	241_P	1.095	0.32
51_D	261_D	1.082	0.31
156_K	338_K	1.073	0.31
119_V	155_A	1.066	0.31
114_L	310_E	1.065	0.31
71_A	81_V	1.062	0.31
91_D	334_R	1.058	0.30
199_G	340_G	1.057	0.30
27_Q	208_C	1.053	0.30
156_K	278_H	1.053	0.30
207_Y	237_V	1.047	0.30
50_R	111_H	1.047	0.30
51_D	93_I	1.046	0.30
124_D	340_G	1.034	0.29
256_W	280_Y	1.010	0.28
262_A	265_D	1.010	0.28
153_V	294_F	1.009	0.28
33_A	57_D	1.009	0.28
26_V	32_P	1.006	0.28
33_A	311_R	1.004	0.28
155_A	158_L	1.003	0.28
275_F	336_L	1.002	0.28
63_T	119_V	1.001	0.28
44_F	216_R	0.998	0.28
134_I	142_T	0.998	0.28
121_S	154_E	0.997	0.28
195_A	226_R	0.995	0.28
71_A	278_H	0.986	0.27
151_F	281_Q	0.982	0.27
255_V	332_S	0.979	0.27
155_A	199_G	0.968	0.27
240_I	314_S	0.967	0.27
71_A	78_A	0.966	0.27
64_R	134_I	0.965	0.27
19_F	104_A	0.959	0.26
119_V	335_I	0.957	0.26
258_V	294_F	0.955	0.26
32_P	35_E	0.954	0.26
81_V	155_A	0.949	0.26
72_E	127_V	0.949	0.26
153_V	343_L	0.943	0.26
236_R	256_W	0.942	0.26
52_R	300_R	0.938	0.26
89_R	249_T	0.937	0.26
101_Q	217_D	0.937	0.26
217_D	220_W	0.936	0.25
64_R	124_D	0.936	0.25
153_V	237_V	0.932	0.25
53_V	70_N	0.929	0.25
228_F	231_S	0.925	0.25
119_V	238_G	0.924	0.25
87_E	211_A	0.921	0.25
47_T	55_T	0.914	0.25
228_F	254_T	0.910	0.25
47_T	213_D	0.908	0.24
22_G	304_E	0.902	0.24
104_A	153_V	0.901	0.24
70_N	336_L	0.901	0.24
23_F	192_L	0.901	0.24
94_A	255_V	0.897	0.24
45_S	225_L	0.897	0.24
69_I	343_L	0.893	0.24
261_D	311_R	0.892	0.24
234_V	237_V	0.891	0.24
32_P	202_V	0.889	0.24
239_V	277_T	0.885	0.24
23_F	207_Y	0.884	0.24
127_V	131_L	0.883	0.24
147_K	155_A	0.882	0.23
150_E	235_R	0.882	0.23
254_T	295_A	0.878	0.23
62_L	78_A	0.874	0.23
243_H	267_G	0.874	0.23
274_D	301_S	0.872	0.23
60_G	322_V	0.870	0.23
64_R	341_I	0.869	0.23
71_A	147_K	0.868	0.23
187_P	204_E	0.868	0.23
267_G	276_V	0.863	0.23
64_R	104_A	0.860	0.23
190_R	212_D	0.857	0.23
90_F	252_G	0.856	0.23
25_V	159_V	0.855	0.23
197_Q	337_K	0.852	0.22
251_N	296_M	0.851	0.22
105_H	296_M	0.851	0.22
258_V	263_V	0.845	0.22
158_L	205_T	0.843	0.22
152_R	335_I	0.835	0.22
35_E	213_D	0.831	0.22
145_L	297_T	0.829	0.22
146_P	293_F	0.825	0.22
51_D	54_R	0.822	0.21
71_A	341_I	0.820	0.21
18_A	36_A	0.819	0.21
41_G	132_A	0.816	0.21
8_L	16_L	0.814	0.21
51_D	314_S	0.814	0.21
146_P	236_R	0.813	0.21
93_I	97_V	0.808	0.21
22_G	339_T	0.803	0.21
267_G	279_C	0.800	0.21
50_R	270_V	0.796	0.21
30_F	50_R	0.794	0.20
105_H	298_H	0.793	0.20
251_N	298_H	0.793	0.20
98_N	326_D	0.788	0.20
146_P	267_G	0.787	0.20
62_L	92_E	0.785	0.20
270_V	273_L	0.782	0.20
103_V	221_V	0.782	0.20
83_M	93_I	0.778	0.20
66_G	238_G	0.776	0.20
84_H	136_A	0.769	0.20
208_C	212_D	0.766	0.20
257_N	260_D	0.766	0.20
97_V	281_Q	0.766	0.20
121_S	278_H	0.765	0.20
46_A	286_D	0.763	0.19
119_V	277_T	0.763	0.19
84_H	112_P	0.762	0.19
244_Y	336_L	0.760	0.19
245_A	335_I	0.760	0.19
16_L	196_V	0.759	0.19
185_L	276_V	0.758	0.19
157_F	252_G	0.758	0.19
243_H	256_W	0.757	0.19
223_A	261_D	0.756	0.19
129_D	262_A	0.753	0.19
21_G	155_A	0.753	0.19
271_A	312_V	0.753	0.19
48_E	219_E	0.751	0.19
62_L	339_T	0.750	0.19
15_V	215_G	0.749	0.19
53_V	240_I	0.748	0.19
68_L	153_V	0.745	0.19
83_M	135_E	0.745	0.19
69_I	290_E	0.745	0.19
152_R	239_V	0.745	0.19
121_S	147_K	0.741	0.19
68_L	71_A	0.740	0.19
193_V	197_Q	0.738	0.19
204_E	227_R	0.738	0.19
302_E	306_E	0.736	0.19
192_L	215_G	0.735	0.19
30_F	193_V	0.730	0.18
199_G	246_L	0.730	0.18
122_V	341_I	0.729	0.18
34_A	214_I	0.729	0.18
63_T	280_Y	0.728	0.18
150_E	294_F	0.728	0.18
267_G	293_F	0.727	0.18
104_A	155_A	0.725	0.18
204_E	249_T	0.724	0.18
234_V	260_D	0.723	0.18
131_L	134_I	0.721	0.18
149_Q	235_R	0.721	0.18
35_E	200_L	0.720	0.18
149_Q	281_Q	0.720	0.18
106_N	289_W	0.715	0.18
72_E	143_Y	0.714	0.18
66_G	340_G	0.711	0.18
78_A	145_L	0.710	0.18
299_G	332_S	0.708	0.18
218_P	312_V	0.706	0.18
13_R	149_Q	0.705	0.18
152_R	248_Y	0.705	0.18
156_K	341_I	0.702	0.18
132_A	204_E	0.698	0.18
24_P	289_W	0.696	0.17
88_H	230_E	0.695	0.17
16_L	47_T	0.693	0.17
20_Q	153_V	0.688	0.17
49_L	240_I	0.687	0.17
149_Q	264_D	0.686	0.17
150_E	312_V	0.686	0.17
213_D	221_V	0.685	0.17
71_A	338_K	0.683	0.17
84_H	228_F	0.681	0.17
110_E	315_V	0.681	0.17
119_V	338_K	0.680	0.17
12_D	56_L	0.680	0.17
154_E	341_I	0.680	0.17
46_A	78_A	0.680	0.17
190_R	313_R	0.679	0.17
81_V	122_V	0.678	0.17
34_A	49_L	0.677	0.17
119_V	278_H	0.676	0.17
74_I	119_V	0.675	0.17
75_G	197_Q	0.675	0.17
59_N	223_A	0.675	0.17
81_V	121_S	0.674	0.17
34_A	44_F	0.671	0.17
191_D	220_W	0.671	0.17
36_A	50_R	0.670	0.17
30_F	91_D	0.668	0.17
132_A	136_A	0.668	0.17
32_P	126_E	0.667	0.17
58_E	101_Q	0.667	0.17
159_V	242_N	0.666	0.17
45_S	51_D	0.666	0.17
252_G	332_S	0.666	0.17
272_G	301_S	0.665	0.17
83_M	339_T	0.663	0.17
212_D	311_R	0.661	0.16
132_A	334_R	0.660	0.16
55_T	307_A	0.660	0.16
33_A	299_G	0.659	0.16
243_H	276_V	0.659	0.16
260_D	342_R	0.658	0.16
34_A	202_V	0.656	0.16
299_G	304_E	0.651	0.16
26_V	47_T	0.648	0.16
252_G	278_H	0.643	0.16
98_N	283_P	0.641	0.16
64_R	119_V	0.641	0.16
74_I	312_V	0.638	0.16
47_T	54_R	0.637	0.16
155_A	341_I	0.636	0.16
53_V	60_G	0.632	0.16
78_A	253_M	0.631	0.16
189_E	228_F	0.631	0.16
78_A	254_T	0.631	0.16
25_V	205_T	0.631	0.16
41_G	92_E	0.624	0.16
21_G	338_K	0.624	0.16
151_F	197_Q	0.624	0.16
222_V	309_V	0.623	0.15
132_A	208_C	0.623	0.15
32_P	36_A	0.622	0.15
102_A	235_R	0.622	0.15
32_P	223_A	0.622	0.15
168_V	215_G	0.621	0.15
210_V	322_V	0.621	0.15
277_T	338_K	0.621	0.15
131_L	144_N	0.620	0.15
75_G	284_R	0.620	0.15
198_D	342_R	0.616	0.15
156_K	252_G	0.613	0.15
94_A	296_M	0.613	0.15
119_V	273_L	0.612	0.15
187_P	190_R	0.612	0.15
33_A	301_S	0.612	0.15
118_F	291_Y	0.609	0.15
30_F	186_T	0.607	0.15
52_R	228_F	0.607	0.15
146_P	279_C	0.600	0.15
104_A	147_K	0.600	0.15
62_L	320_W	0.598	0.15
65_F	242_N	0.594	0.15
134_I	340_G	0.593	0.15
8_L	44_F	0.592	0.15
25_V	157_F	0.592	0.15
146_P	197_Q	0.592	0.15
62_L	322_V	0.591	0.15
114_L	321_D	0.590	0.15
49_L	295_A	0.590	0.15
207_Y	310_E	0.589	0.15
226_R	230_E	0.587	0.15
74_I	256_W	0.587	0.15
185_L	256_W	0.587	0.15
129_D	136_A	0.586	0.15
236_R	293_F	0.585	0.15
31_E	269_A	0.585	0.15
179_P	310_E	0.584	0.14
129_D	139_G	0.584	0.14
81_V	340_G	0.584	0.14
11_R	44_F	0.583	0.14
306_E	331_F	0.582	0.14
81_V	278_H	0.581	0.14
184_T	204_E	0.581	0.14
35_E	226_R	0.579	0.14
64_R	199_G	0.577	0.14
96_T	200_L	0.576	0.14
247_G	298_H	0.573	0.14
214_I	301_S	0.573	0.14
147_K	341_I	0.571	0.14
258_V	267_G	0.571	0.14
263_V	281_Q	0.569	0.14
23_F	337_K	0.568	0.14
99_D	200_L	0.568	0.14
64_R	68_L	0.566	0.14
151_F	256_W	0.566	0.14
48_E	184_T	0.565	0.14
189_E	231_S	0.564	0.14
290_E	339_T	0.563	0.14
63_T	322_V	0.562	0.14
16_L	223_A	0.561	0.14
260_D	263_V	0.559	0.14
48_E	203_V	0.559	0.14
85_A	277_T	0.558	0.14
197_Q	228_F	0.557	0.14
20_Q	94_A	0.556	0.14
30_F	304_E	0.555	0.14
81_V	120_V	0.555	0.14
225_L	245_A	0.554	0.14
33_A	53_V	0.554	0.14
47_T	59_N	0.554	0.14
110_E	246_L	0.553	0.14
115_N	296_M	0.551	0.14
276_V	280_Y	0.550	0.14
219_E	310_E	0.548	0.14
239_V	278_H	0.546	0.14
78_A	295_A	0.546	0.14
106_N	248_Y	0.545	0.14
31_E	204_E	0.543	0.14
147_K	150_E	0.542	0.13
55_T	136_A	0.542	0.13
45_S	219_E	0.540	0.13
220_W	223_A	0.538	0.13
147_K	244_Y	0.538	0.13
15_V	188_A	0.536	0.13
308_R	333_T	0.535	0.13
21_G	278_H	0.535	0.13
33_A	306_E	0.533	0.13
187_P	262_A	0.533	0.13
20_Q	107_Y	0.531	0.13
119_V	246_L	0.531	0.13
16_L	61_V	0.531	0.13
102_A	150_E	0.529	0.13
228_F	233_M	0.529	0.13
154_E	157_F	0.528	0.13
104_A	335_I	0.527	0.13
48_E	160_D	0.527	0.13
66_G	119_V	0.527	0.13
78_A	343_L	0.525	0.13
85_A	321_D	0.525	0.13
137_E	220_W	0.524	0.13
211_A	222_V	0.523	0.13
118_F	255_V	0.521	0.13
62_L	221_V	0.521	0.13
279_C	294_F	0.520	0.13
47_T	51_D	0.519	0.13
193_V	338_K	0.519	0.13
276_V	283_P	0.517	0.13
108_E	237_V	0.517	0.13
215_G	304_E	0.517	0.13
211_A	214_I	0.516	0.13
104_A	199_G	0.514	0.13
258_V	292_N	0.514	0.13
202_V	293_F	0.509	0.13
235_R	312_V	0.506	0.13
96_T	230_E	0.506	0.13
62_L	196_V	0.505	0.13
62_L	95_D	0.505	0.13
17_N	236_R	0.505	0.13
161_G	166_G	0.504	0.13
122_V	154_E	0.500	0.13

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4ch7A	1	0.8438	100	0.528	Contact Map
4un1B	1	0.4517	100	0.768	Contact Map
4un1A	1	0.4091	99.9	0.808	Contact Map
2e1cA	1	0.4148	99.9	0.828	Contact Map
4pcqA	2	0.4176	99.9	0.832	Contact Map
2ia0A	2	0.4205	99.9	0.835	Contact Map
2cg4A	6	0.4176	99.8	0.841	Contact Map
2p5vA	5	0.4403	99.8	0.841	Contact Map
2pn6A	5	0.4148	99.8	0.845	Contact Map
2dbbA	4	0.4119	99.8	0.847	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0103 seconds.