DNAG - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

DNAG - DNA primase DnaG

UniProt:	Q9HP65	Sequences: MEDTAKYLIHADFVVDGVVERSDVVGAAFGQTEGLLGDDLAIPDLQDSAKLGRIDVSVDSEGGQSFGDITIASSLDRVETATLAAALEAVERIGPCRADVEVDRIEDVRAAKRREVVDRAKELLATAFDEGAINADDILDEVRESVRVDDITDYDGYPAGPNVDSSDAVVIVEGRADVVTLLKYGIKNAVAVEGTNIPDAIAALSREKTATAFLDGDRGGDMILRELGQVGSLDFVARAPMGECVEDLSRRTVDSALRNKTPASAAAPIATTQSETAATDGSATPAPTPEPAPDTAPSPDSDGDDTEAAAPPTLAEHARAVADTETARLLDDALARIREVPAAEVVDAVADADSVPAVVVVDATITQRLLDVAAQRGVASLIGADTDEFVKQPLATRVRTLDDART	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	406 (393)
Sequences:	161 (120)
Seq/√Len:	6.1

HALSA - DNAG
SULSO - DNAG

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
212_A	227_L	4.040	0.94
324_T	362_D	3.434	0.87
169_V	225_R	3.181	0.82
176_A	252_T	2.980	0.78
323_D	362_D	2.941	0.77
327_A	345_V	2.881	0.75
214_L	221_D	2.815	0.73
13_F	58_V	2.772	0.72
24_V	193_E	2.754	0.72
171_I	197_I	2.709	0.70
366_T	383_G	2.521	0.65
317_H	328_R	2.490	0.64
211_T	260_K	2.425	0.61
40_L	113_R	2.420	0.61
16_D	145_S	2.333	0.58
116_V	156_G	2.288	0.57
370_L	396_T	2.265	0.56
61_E	99_D	2.230	0.55
19_V	191_A	2.200	0.54
105_I	189_A	2.195	0.53
243_E	252_T	2.191	0.53
314_L	330_L	2.154	0.52
10_H	147_R	2.143	0.52
19_V	157_Y	2.142	0.51
193_E	224_L	2.141	0.51
135_A	142_V	2.101	0.50
224_L	236_V	2.089	0.50
19_V	224_L	2.075	0.49
371_D	393_P	2.070	0.49
74_S	139_L	2.053	0.48
98_A	151_I	2.026	0.47
361_V	381_L	1.975	0.46
67_G	86_A	1.973	0.45
64_Q	72_A	1.970	0.45
367_Q	393_P	1.967	0.45
163_V	183_K	1.963	0.45
210_A	214_L	1.936	0.44
128_F	244_C	1.897	0.43
11_A	233_L	1.895	0.43
363_A	368_R	1.860	0.41
147_R	218_R	1.849	0.41
235_F	243_E	1.847	0.41
159_A	224_L	1.844	0.41
78_V	383_G	1.840	0.41
367_Q	371_D	1.839	0.41
193_E	227_L	1.837	0.41
65_S	77_R	1.835	0.41
195_T	229_Q	1.786	0.39
323_D	344_E	1.780	0.39
24_V	159_A	1.762	0.38
30_G	182_L	1.759	0.38
83_L	197_I	1.754	0.38
137_D	235_F	1.749	0.38
314_L	339_E	1.744	0.38
100_V	327_A	1.744	0.38
168_A	211_T	1.742	0.37
252_T	264_S	1.738	0.37
81_A	155_D	1.727	0.37
117_V	236_V	1.722	0.37
349_V	373_A	1.717	0.37
99_D	249_S	1.709	0.36
251_R	255_S	1.705	0.36
102_V	398_V	1.694	0.36
39_D	243_E	1.691	0.36
171_I	225_R	1.676	0.35
203_A	236_V	1.660	0.35
98_A	221_D	1.659	0.35
69_I	134_N	1.654	0.35
373_A	387_D	1.650	0.34
154_Y	190_V	1.649	0.34
19_V	193_E	1.610	0.33
197_I	324_T	1.606	0.33
148_V	154_Y	1.602	0.33
325_E	343_A	1.587	0.32
8_L	117_V	1.586	0.32
343_A	361_V	1.583	0.32
212_A	224_L	1.582	0.32
208_K	251_R	1.565	0.32
121_K	149_D	1.542	0.31
55_D	99_D	1.538	0.31
330_L	339_E	1.515	0.30
134_N	208_K	1.513	0.30
83_L	229_Q	1.490	0.29
212_A	233_L	1.489	0.29
265_A	383_G	1.486	0.29
345_V	365_I	1.480	0.29
123_L	376_R	1.460	0.29
159_A	191_A	1.457	0.29
195_T	211_T	1.443	0.28
171_I	233_L	1.431	0.28
74_S	96_C	1.421	0.27
180_T	251_R	1.420	0.27
343_A	366_T	1.417	0.27
138_I	166_S	1.413	0.27
327_A	340_V	1.410	0.27
39_D	121_K	1.409	0.27
16_D	248_L	1.408	0.27
149_D	196_N	1.403	0.27
365_I	383_G	1.401	0.27
42_I	170_V	1.401	0.27
331_D	335_A	1.398	0.27
323_D	376_R	1.393	0.27
203_A	207_E	1.391	0.27
142_V	261_T	1.390	0.27
239_A	248_L	1.380	0.26
85_A	178_V	1.369	0.26
16_D	221_D	1.359	0.26
275_E	286_A	1.357	0.26
96_C	195_T	1.350	0.25
37_G	105_I	1.344	0.25
201_I	273_Q	1.342	0.25
190_V	368_R	1.334	0.25
331_D	342_A	1.322	0.25
13_F	100_V	1.322	0.25
96_C	186_I	1.321	0.25
73_S	78_V	1.320	0.25
279_T	285_P	1.314	0.25
91_E	374_A	1.314	0.25
82_T	106_E	1.299	0.24
62_G	398_V	1.286	0.24
255_S	259_N	1.286	0.24
56_V	226_E	1.283	0.24
44_D	149_D	1.283	0.24
359_V	372_V	1.275	0.24
128_F	250_R	1.273	0.23
83_L	144_E	1.259	0.23
60_S	151_I	1.256	0.23
235_F	385_D	1.253	0.23
164_D	208_K	1.250	0.23
291_P	297_P	1.246	0.23
265_A	361_V	1.246	0.23
64_Q	69_I	1.228	0.22
22_S	48_S	1.226	0.22
382_I	400_T	1.217	0.22
154_Y	164_D	1.216	0.22
123_L	243_E	1.216	0.22
326_T	369_L	1.211	0.22
147_R	381_L	1.207	0.22
367_Q	391_K	1.206	0.22
38_D	252_T	1.196	0.22
50_K	345_V	1.192	0.21
137_D	252_T	1.192	0.21
193_E	259_N	1.190	0.21
11_A	159_A	1.189	0.21
272_T	276_T	1.187	0.21
93_I	116_V	1.184	0.21
34_G	166_S	1.182	0.21
191_A	224_L	1.181	0.21
34_G	167_D	1.179	0.21
222_M	226_E	1.174	0.21
145_S	381_L	1.172	0.21
197_I	295_T	1.171	0.21
179_V	196_N	1.167	0.21
19_V	249_S	1.166	0.21
70_T	153_D	1.164	0.21
34_G	138_I	1.164	0.21
16_D	77_R	1.158	0.21
25_V	86_A	1.158	0.21
113_R	260_K	1.149	0.20
77_R	97_R	1.141	0.20
58_V	71_I	1.136	0.20
132_A	137_D	1.135	0.20
368_R	400_T	1.132	0.20
77_R	132_A	1.131	0.20
68_D	81_A	1.129	0.20
98_A	122_E	1.126	0.20
331_D	400_T	1.125	0.20
253_V	389_F	1.122	0.20
123_L	225_R	1.109	0.20
36_L	218_R	1.100	0.19
46_Q	73_S	1.100	0.19
12_D	183_K	1.096	0.19
186_I	192_V	1.094	0.19
328_R	339_E	1.090	0.19
238_R	383_G	1.083	0.19
37_G	142_V	1.080	0.19
345_V	361_V	1.072	0.19
371_D	391_K	1.071	0.19
235_F	361_V	1.069	0.19
102_V	375_Q	1.066	0.19
40_L	135_A	1.061	0.18
63_G	187_K	1.059	0.18
86_A	383_G	1.058	0.18
368_R	373_A	1.058	0.18
292_A	296_A	1.057	0.18
167_D	233_L	1.050	0.18
221_D	304_D	1.048	0.18
25_V	58_V	1.042	0.18
113_R	229_Q	1.040	0.18
200_A	401_L	1.036	0.18
157_Y	249_S	1.031	0.18
50_K	150_D	1.027	0.18
37_G	146_V	1.026	0.18
49_A	180_T	1.026	0.18
48_S	59_D	1.024	0.18
203_A	206_R	1.022	0.18
205_S	253_V	1.018	0.18
323_D	361_V	1.017	0.18
202_A	247_D	1.013	0.17
91_E	138_I	1.013	0.17
55_D	113_R	1.013	0.17
344_E	381_L	1.007	0.17
90_V	222_M	1.002	0.17
141_E	153_D	0.998	0.17
21_R	235_F	0.998	0.17
368_R	387_D	0.996	0.17
339_E	390_V	0.996	0.17
39_D	278_A	0.994	0.17
12_D	115_E	0.993	0.17
75_L	135_A	0.991	0.17
25_V	67_G	0.990	0.17
178_V	189_A	0.990	0.17
22_S	231_G	0.988	0.17
85_A	377_G	0.987	0.17
28_A	201_I	0.980	0.17
150_D	265_A	0.978	0.17
363_A	385_D	0.978	0.17
40_L	48_S	0.977	0.17
138_I	237_A	0.977	0.17
47_D	91_E	0.973	0.17
224_L	227_L	0.973	0.17
158_P	198_P	0.971	0.17
274_S	282_S	0.969	0.17
203_A	360_V	0.967	0.17
44_D	129_D	0.966	0.17
219_G	235_F	0.966	0.17
155_D	319_R	0.964	0.16
24_V	191_A	0.964	0.16
164_D	189_A	0.961	0.16
8_L	214_L	0.959	0.16
330_L	334_L	0.954	0.16
92_R	260_K	0.951	0.16
58_V	230_V	0.949	0.16
82_T	127_A	0.947	0.16
128_F	147_R	0.947	0.16
66_F	247_D	0.946	0.16
349_V	387_D	0.944	0.16
96_C	229_Q	0.941	0.16
24_V	65_S	0.938	0.16
4_T	147_R	0.933	0.16
86_A	211_T	0.932	0.16
15_V	96_C	0.932	0.16
18_V	60_S	0.928	0.16
24_V	190_V	0.926	0.16
61_E	66_F	0.923	0.16
57_S	243_E	0.916	0.16
342_A	348_A	0.909	0.15
171_I	258_R	0.908	0.15
133_I	137_D	0.908	0.15
368_R	383_G	0.907	0.15
25_V	186_I	0.903	0.15
128_F	218_R	0.901	0.15
25_V	208_K	0.899	0.15
83_L	371_D	0.896	0.15
41_A	229_Q	0.893	0.15
64_Q	115_E	0.892	0.15
238_R	381_L	0.889	0.15
169_V	252_T	0.886	0.15
78_V	398_V	0.885	0.15
259_N	345_V	0.885	0.15
74_S	186_I	0.884	0.15
15_V	74_S	0.883	0.15
13_F	222_M	0.880	0.15
331_D	368_R	0.878	0.15
130_E	176_A	0.877	0.15
77_R	171_I	0.876	0.15
280_D	287_P	0.873	0.15
9_I	167_D	0.870	0.15
338_R	389_F	0.870	0.15
367_Q	377_G	0.866	0.15
106_E	187_K	0.865	0.15
44_D	48_S	0.865	0.15
147_R	195_T	0.865	0.15
20_E	83_L	0.861	0.15
186_I	254_D	0.861	0.15
82_T	90_V	0.859	0.15
363_A	387_D	0.859	0.15
192_V	229_Q	0.855	0.14
199_D	255_S	0.854	0.14
86_A	209_T	0.852	0.14
162_N	241_M	0.851	0.14
102_V	197_I	0.851	0.14
34_G	218_R	0.848	0.14
244_C	247_D	0.847	0.14
330_L	400_T	0.847	0.14
5_A	254_D	0.846	0.14
128_F	230_V	0.845	0.14
36_L	40_L	0.844	0.14
51_L	163_V	0.843	0.14
57_S	130_E	0.842	0.14
325_E	366_T	0.840	0.14
18_V	341_P	0.840	0.14
48_S	74_S	0.836	0.14
28_A	233_L	0.835	0.14
159_A	205_S	0.833	0.14
228_G	263_A	0.831	0.14
253_V	259_N	0.831	0.14
365_I	389_F	0.826	0.14
137_D	176_A	0.826	0.14
211_T	229_Q	0.824	0.14
383_G	389_F	0.823	0.14
25_V	136_D	0.823	0.14
219_G	260_K	0.821	0.14
49_A	267_A	0.816	0.14
144_E	250_R	0.816	0.14
163_V	352_A	0.815	0.14
91_E	237_A	0.815	0.14
363_A	400_T	0.815	0.14
302_D	360_V	0.814	0.14
324_T	366_T	0.814	0.14
299_P	309_A	0.813	0.14
314_L	381_L	0.812	0.14
72_A	363_A	0.812	0.14
243_E	339_E	0.807	0.14
327_A	349_V	0.806	0.14
320_A	346_V	0.806	0.14
322_A	391_K	0.803	0.14
55_D	250_R	0.803	0.14
50_K	206_R	0.802	0.14
77_R	176_A	0.802	0.14
68_D	125_A	0.801	0.14
68_D	214_L	0.801	0.14
96_C	187_K	0.800	0.13
113_R	258_R	0.799	0.13
275_E	278_A	0.797	0.13
72_A	244_C	0.796	0.13
155_D	191_A	0.795	0.13
30_G	78_V	0.795	0.13
39_D	199_D	0.793	0.13
47_D	55_D	0.788	0.13
96_C	334_L	0.786	0.13
16_D	61_E	0.786	0.13
86_A	96_C	0.784	0.13
72_A	238_R	0.783	0.13
77_R	252_T	0.782	0.13
343_A	349_V	0.780	0.13
70_T	83_L	0.774	0.13
51_L	369_L	0.774	0.13
321_V	385_D	0.771	0.13
366_T	400_T	0.769	0.13
321_V	340_V	0.769	0.13
159_A	200_A	0.769	0.13
18_V	67_G	0.768	0.13
74_S	311_P	0.767	0.13
129_D	184_Y	0.767	0.13
92_R	96_C	0.766	0.13
152_T	261_T	0.764	0.13
19_V	159_A	0.761	0.13
83_L	148_V	0.760	0.13
209_T	260_K	0.759	0.13
113_R	135_A	0.759	0.13
28_A	54_I	0.758	0.13
5_A	61_E	0.757	0.13
118_D	298_S	0.755	0.13
138_I	144_E	0.755	0.13
197_I	348_A	0.755	0.13
48_S	69_I	0.754	0.13
116_V	401_L	0.752	0.13
108_V	398_V	0.751	0.13
154_Y	189_A	0.751	0.13
130_E	259_N	0.749	0.13
40_L	187_K	0.747	0.13
36_L	123_L	0.746	0.13
86_A	137_D	0.742	0.13
182_L	247_D	0.742	0.13
197_I	309_A	0.742	0.13
210_A	387_D	0.740	0.13
46_Q	82_T	0.738	0.12
92_R	211_T	0.737	0.12
116_V	366_T	0.737	0.12
22_S	67_G	0.736	0.12
96_C	143_R	0.736	0.12
72_A	180_T	0.734	0.12
47_D	146_V	0.732	0.12
38_D	208_K	0.732	0.12
205_S	353_D	0.731	0.12
96_C	162_N	0.730	0.12
102_V	166_S	0.728	0.12
107_D	234_D	0.727	0.12
93_I	367_Q	0.726	0.12
55_D	81_A	0.725	0.12
123_L	127_A	0.723	0.12
61_E	70_T	0.722	0.12
19_V	122_E	0.718	0.12
15_V	222_M	0.718	0.12
21_R	244_C	0.718	0.12
133_I	136_D	0.716	0.12
196_N	360_V	0.715	0.12
169_V	258_R	0.714	0.12
156_G	360_V	0.711	0.12
148_V	374_A	0.711	0.12
221_D	268_P	0.710	0.12
28_A	182_L	0.707	0.12
65_S	140_D	0.706	0.12
105_I	163_V	0.704	0.12
74_S	330_L	0.703	0.12
235_F	364_T	0.702	0.12
171_I	333_A	0.702	0.12
138_I	264_S	0.700	0.12
192_V	195_T	0.700	0.12
55_D	70_T	0.699	0.12
86_A	135_A	0.698	0.12
325_E	362_D	0.696	0.12
70_T	141_E	0.696	0.12
71_I	163_V	0.695	0.12
40_L	196_N	0.694	0.12
93_I	227_L	0.694	0.12
8_L	19_V	0.693	0.12
20_E	193_E	0.692	0.12
168_A	260_K	0.689	0.12
143_R	370_L	0.686	0.12
115_E	214_L	0.686	0.12
86_A	380_S	0.685	0.12
22_S	91_E	0.685	0.12
358_V	378_V	0.684	0.12
28_A	346_V	0.684	0.12
51_L	133_I	0.683	0.12
364_T	385_D	0.681	0.12
162_N	168_A	0.678	0.12
49_A	207_E	0.675	0.12
11_A	100_V	0.674	0.12
62_G	262_P	0.672	0.12
129_D	147_R	0.671	0.11
57_S	221_D	0.668	0.11
351_D	378_V	0.667	0.11
91_E	153_D	0.665	0.11
74_S	121_K	0.664	0.11
63_G	96_C	0.663	0.11
155_D	381_L	0.663	0.11
327_A	361_V	0.660	0.11
51_L	238_R	0.657	0.11
282_S	286_A	0.657	0.11
138_I	167_D	0.655	0.11
47_D	150_D	0.654	0.11
343_A	383_G	0.654	0.11
86_A	184_Y	0.653	0.11
47_D	383_G	0.653	0.11
210_A	233_L	0.652	0.11
374_A	378_V	0.651	0.11
162_N	208_K	0.650	0.11
22_S	127_A	0.649	0.11
92_R	186_I	0.648	0.11
211_T	230_V	0.648	0.11
314_L	334_L	0.645	0.11
50_K	123_L	0.645	0.11
40_L	96_C	0.644	0.11
41_A	391_K	0.641	0.11
63_G	166_S	0.640	0.11
118_D	163_V	0.640	0.11
227_L	349_V	0.638	0.11
327_A	381_L	0.638	0.11
20_E	197_I	0.636	0.11
171_I	210_A	0.636	0.11
208_K	252_T	0.635	0.11
51_L	370_L	0.632	0.11
90_V	143_R	0.632	0.11
208_K	345_V	0.632	0.11
130_E	384_A	0.628	0.11
317_H	329_L	0.626	0.11
379_A	401_L	0.623	0.11
106_E	229_Q	0.622	0.11
36_L	113_R	0.622	0.11
209_T	391_K	0.618	0.11
311_P	334_L	0.617	0.11
91_E	375_Q	0.616	0.11
117_V	261_T	0.615	0.11
39_D	104_R	0.614	0.11
122_E	159_A	0.614	0.11
274_S	285_P	0.614	0.11
153_D	396_T	0.611	0.11
146_V	150_D	0.610	0.11
106_E	113_R	0.609	0.11
96_C	192_V	0.608	0.11
18_V	143_R	0.607	0.11
4_T	77_R	0.605	0.11
60_S	247_D	0.605	0.11
40_L	195_T	0.605	0.11
354_S	379_A	0.605	0.11
386_T	399_R	0.604	0.11
369_L	377_G	0.601	0.11
304_D	377_G	0.601	0.11
59_D	209_T	0.600	0.10
113_R	195_T	0.600	0.10
176_A	366_T	0.599	0.10
116_V	249_S	0.598	0.10
82_T	142_V	0.597	0.10
143_R	229_Q	0.597	0.10
158_P	213_F	0.596	0.10
5_A	186_I	0.596	0.10
63_G	192_V	0.596	0.10
57_S	99_D	0.595	0.10
77_R	251_R	0.595	0.10
221_D	333_A	0.593	0.10
60_S	230_V	0.592	0.10
146_V	197_I	0.592	0.10
59_D	66_F	0.592	0.10
67_G	143_R	0.591	0.10
345_V	350_A	0.589	0.10
15_V	229_Q	0.587	0.10
130_E	366_T	0.587	0.10
21_R	269_I	0.586	0.10
83_L	128_F	0.586	0.10
186_I	195_T	0.586	0.10
123_L	319_R	0.586	0.10
263_A	336_R	0.585	0.10
193_E	359_V	0.585	0.10
209_T	375_Q	0.584	0.10
326_T	339_E	0.584	0.10
96_C	211_T	0.581	0.10
141_E	365_I	0.580	0.10
239_A	400_T	0.580	0.10
25_V	87_L	0.580	0.10
15_V	25_V	0.580	0.10
117_V	383_G	0.578	0.10
235_F	359_V	0.577	0.10
229_Q	258_R	0.576	0.10
154_Y	248_L	0.573	0.10
103_D	123_L	0.573	0.10
275_E	282_S	0.573	0.10
48_S	381_L	0.572	0.10
4_T	10_H	0.572	0.10
85_A	213_F	0.571	0.10
214_L	263_A	0.571	0.10
38_D	65_S	0.570	0.10
256_A	274_S	0.570	0.10
47_D	81_A	0.570	0.10
53_R	158_P	0.569	0.10
285_P	291_P	0.568	0.10
300_D	304_D	0.568	0.10
370_L	392_Q	0.567	0.10
48_S	113_R	0.566	0.10
63_G	113_R	0.566	0.10
11_A	388_E	0.565	0.10
118_D	353_D	0.564	0.10
92_R	196_N	0.564	0.10
116_V	310_A	0.564	0.10
92_R	166_S	0.563	0.10
67_G	184_Y	0.563	0.10
281_G	287_P	0.560	0.10
48_S	123_L	0.559	0.10
124_L	189_A	0.555	0.10
42_I	82_T	0.555	0.10
78_V	368_R	0.552	0.10
92_R	385_D	0.552	0.10
37_G	163_V	0.551	0.10
93_I	193_E	0.551	0.10
28_A	247_D	0.550	0.10
233_L	324_T	0.545	0.10
147_R	176_A	0.543	0.10
91_E	193_E	0.543	0.10
18_V	25_V	0.543	0.10
150_D	267_A	0.543	0.10
311_P	324_T	0.543	0.10
50_K	231_G	0.543	0.10
106_E	142_V	0.542	0.10
60_S	258_R	0.541	0.10
65_S	78_V	0.539	0.10
369_L	379_A	0.539	0.10
197_I	356_P	0.538	0.10
40_L	229_Q	0.537	0.10
214_L	359_V	0.535	0.10
90_V	147_R	0.533	0.10
292_A	295_T	0.533	0.10
140_D	157_Y	0.532	0.10
47_D	74_S	0.530	0.10
201_I	308_A	0.528	0.10
130_E	235_F	0.528	0.10
50_K	376_R	0.525	0.10
81_A	335_A	0.525	0.10
10_H	128_F	0.521	0.09
40_L	89_A	0.520	0.09
230_V	377_G	0.520	0.09
92_R	195_T	0.517	0.09
28_A	236_V	0.516	0.09
365_I	370_L	0.516	0.09
143_R	262_P	0.514	0.09
331_D	373_A	0.514	0.09
139_L	155_D	0.514	0.09
60_S	149_D	0.511	0.09
15_V	90_V	0.511	0.09
266_A	320_A	0.510	0.09
39_D	207_E	0.508	0.09
60_S	260_K	0.507	0.09
76_D	226_E	0.506	0.09
151_I	179_V	0.504	0.09
218_R	378_V	0.504	0.09
362_D	382_I	0.502	0.09
9_I	154_Y	0.501	0.09
237_A	383_G	0.501	0.09
101_E	233_L	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2fcjA	2	0.2734	99.8	0.882	Contact Map
1t6t1	2	0.266	99.2	0.924	Contact Map
4edgA	1	0.601	98.2	0.947	Contact Map
2au3A	1	0.6355	98	0.95	Contact Map
1dd9A	1	0.6502	98	0.95	Contact Map
1nuiA	1	0.4187	69.9	0.977	Contact Map
1vddA	7	0.4261	57.9	0.978	Contact Map
1y02A	1	0.0837	51.3	0.979	Contact Map
2v2fA	1	0.0369	14.8	0.984	Contact Map
1q57A	3	0.67	11	0.985	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0115 seconds.