Q9HNS6 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HNS6 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HNS6	Sequences: MPGLTLATLPVVDMAPEPFAVLLLTALAGGAFGAAIGALPSFIFTGFVVLIGESLTLLPGDLPVSLTNAIGFGPIVGPHIAFAGGVAASAYAGTRYPELAPDGWDYHFGKNIQYAFGTKPDVLAVGAVFGALGMLIAKVVTALGIPTDNIAVAVVATALIARPVFGYPIVGSPSGSGLLDMGPFERDEPHPAADGGAAEHAGRPATEPWLPQQYTWTGVTLIGAIFGVLAGFLWLQTDSVFLGYGLSAASLVFLQFDVPNFPVTHHITLLGAVGGVLGFSVFASPLLAVVAAGCFGVLSALVGECGERILYSHSGTHVDPPAMAIATLMLVIGGAFQLGLLPTSSYLGL	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	349 (295)
Sequences:	130 (98)
Seq/√Len:	5.7

HALSA - Q9HNS6

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
27_L	127_A	9.081	1.00
231_G	292_A	5.406	0.99
247_S	268_T	4.720	0.97
86_V	161_A	3.139	0.79
271_G	274_G	3.100	0.79
153_A	157_T	3.097	0.78
136_I	160_I	2.998	0.76
81_A	84_G	2.879	0.73
41_S	76_V	2.629	0.66
173_P	177_G	2.570	0.64
291_A	331_V	2.462	0.60
87_A	154_V	2.453	0.60
43_I	252_V	2.423	0.59
132_L	160_I	2.390	0.58
24_L	289_V	2.265	0.53
32_F	36_I	2.238	0.52
279_F	288_A	2.057	0.46
140_V	143_L	2.026	0.45
274_G	315_G	2.016	0.45
81_A	276_V	1.999	0.44
270_L	299_S	1.983	0.44
32_F	299_S	1.940	0.42
137_A	149_N	1.923	0.42
299_S	324_A	1.815	0.38
147_T	152_V	1.782	0.37
28_A	210_L	1.775	0.37
74_P	300_A	1.772	0.37
226_F	268_T	1.769	0.37
247_S	264_T	1.757	0.36
128_V	163_P	1.754	0.36
90_A	130_G	1.751	0.36
75_I	267_I	1.728	0.35
42_F	322_A	1.710	0.35
223_G	227_G	1.701	0.34
244_Y	315_G	1.698	0.34
44_F	47_F	1.693	0.34
76_V	93_G	1.689	0.34
281_V	331_V	1.665	0.33
94_T	334_G	1.661	0.33
34_A	125_V	1.654	0.33
47_F	249_A	1.652	0.33
304_E	308_R	1.639	0.32
55_L	267_I	1.620	0.32
271_G	288_A	1.610	0.32
39_L	251_L	1.606	0.31
127_A	225_I	1.576	0.31
228_V	232_F	1.561	0.30
271_G	315_G	1.558	0.30
263_V	314_S	1.557	0.30
290_V	294_C	1.557	0.30
145_I	169_I	1.546	0.30
83_A	133_G	1.545	0.30
131_A	221_L	1.541	0.30
129_F	157_T	1.540	0.30
306_G	327_T	1.521	0.29
160_I	217_T	1.519	0.29
144_G	337_Q	1.506	0.29
48_V	76_V	1.504	0.29
223_G	300_A	1.477	0.28
87_A	129_F	1.443	0.27
247_S	253_F	1.440	0.27
168_P	314_S	1.429	0.26
158_A	210_L	1.420	0.26
36_I	136_I	1.417	0.26
112_I	116_F	1.408	0.26
101_P	156_A	1.397	0.26
89_S	272_A	1.388	0.25
103_G	106_Y	1.377	0.25
50_L	327_T	1.367	0.25
31_A	225_I	1.359	0.25
53_E	67_T	1.353	0.24
116_F	267_I	1.350	0.24
62_L	68_N	1.336	0.24
297_V	331_V	1.333	0.24
244_Y	270_L	1.321	0.24
48_V	93_G	1.321	0.24
155_V	306_G	1.320	0.24
41_S	44_F	1.300	0.23
132_L	283_A	1.292	0.23
157_T	244_Y	1.282	0.23
101_P	131_A	1.278	0.23
228_V	289_V	1.277	0.23
119_K	299_S	1.265	0.22
87_A	248_A	1.263	0.22
101_P	161_A	1.263	0.22
80_I	306_G	1.262	0.22
38_A	74_P	1.222	0.21
86_V	101_P	1.215	0.21
84_G	293_G	1.215	0.21
90_A	316_T	1.214	0.21
223_G	296_G	1.210	0.21
54_S	213_Q	1.209	0.21
24_L	257_D	1.202	0.21
44_F	76_V	1.195	0.21
70_I	89_S	1.194	0.21
302_V	330_L	1.194	0.21
129_F	163_P	1.187	0.20
289_V	292_A	1.167	0.20
27_L	225_I	1.164	0.20
233_L	290_V	1.161	0.20
30_G	33_G	1.160	0.20
112_I	118_T	1.156	0.20
328_L	331_V	1.154	0.20
302_V	331_V	1.150	0.20
134_M	157_T	1.145	0.20
42_F	46_G	1.144	0.19
47_F	80_I	1.141	0.19
28_A	149_N	1.141	0.19
29_G	33_G	1.140	0.19
87_A	157_T	1.135	0.19
50_L	166_G	1.134	0.19
114_Y	318_V	1.132	0.19
299_S	329_M	1.130	0.19
28_A	31_A	1.127	0.19
129_F	154_V	1.110	0.19
71_G	153_A	1.102	0.19
263_V	271_G	1.099	0.19
242_L	307_E	1.096	0.18
79_H	135_L	1.093	0.18
93_G	316_T	1.093	0.18
243_G	268_T	1.093	0.18
252_V	268_T	1.091	0.18
68_N	275_G	1.088	0.18
96_Y	244_Y	1.086	0.18
163_P	331_V	1.086	0.18
209_W	304_E	1.084	0.18
124_A	221_L	1.081	0.18
304_E	314_S	1.073	0.18
221_L	299_S	1.072	0.18
278_G	288_A	1.070	0.18
274_G	284_S	1.070	0.18
285_P	331_V	1.059	0.18
60_G	295_F	1.055	0.18
187_D	247_S	1.048	0.17
236_Q	312_S	1.045	0.17
23_L	290_V	1.042	0.17
38_A	85_G	1.041	0.17
248_A	300_A	1.041	0.17
271_G	291_A	1.040	0.17
130_G	244_Y	1.038	0.17
44_F	316_T	1.030	0.17
56_T	84_G	1.026	0.17
25_T	80_I	1.024	0.17
162_R	325_I	1.021	0.17
252_V	256_F	1.020	0.17
73_G	82_F	1.019	0.17
78_P	82_F	1.019	0.17
73_G	78_P	1.019	0.17
132_L	213_Q	1.019	0.17
66_L	160_I	1.016	0.17
135_L	139_V	1.012	0.17
264_T	316_T	1.005	0.17
270_L	300_A	1.005	0.17
127_A	282_F	1.000	0.17
22_L	68_N	1.000	0.17
304_E	317_H	0.997	0.16
121_D	263_V	0.992	0.16
117_G	237_T	0.990	0.16
146_P	237_T	0.986	0.16
32_F	93_G	0.985	0.16
281_V	284_S	0.985	0.16
21_V	286_L	0.983	0.16
48_V	71_G	0.980	0.16
147_T	326_A	0.979	0.16
31_A	34_A	0.972	0.16
280_S	285_P	0.971	0.16
132_L	336_F	0.970	0.16
115_A	268_T	0.969	0.16
50_L	245_G	0.968	0.16
77_G	135_L	0.968	0.16
49_V	245_G	0.967	0.16
233_L	243_G	0.965	0.16
150_I	249_A	0.964	0.16
77_G	147_T	0.963	0.16
47_F	222_I	0.957	0.16
271_G	283_A	0.953	0.16
132_L	136_I	0.953	0.16
306_G	323_M	0.952	0.16
305_C	331_V	0.950	0.16
152_V	160_I	0.949	0.16
161_A	273_V	0.949	0.16
28_A	170_V	0.947	0.16
250_S	316_T	0.946	0.16
137_A	141_T	0.943	0.15
101_P	118_T	0.941	0.15
76_V	81_A	0.940	0.15
91_Y	121_D	0.940	0.15
115_A	222_I	0.932	0.15
302_V	327_T	0.930	0.15
127_A	252_V	0.929	0.15
203_R	207_E	0.923	0.15
30_G	37_G	0.917	0.15
245_G	290_V	0.915	0.15
75_I	302_V	0.915	0.15
272_A	333_G	0.906	0.15
35_A	121_D	0.902	0.15
111_N	116_F	0.900	0.15
44_F	54_S	0.898	0.15
230_A	294_C	0.897	0.15
161_A	277_L	0.894	0.15
106_Y	225_I	0.893	0.15
140_V	326_A	0.893	0.15
71_G	99_L	0.892	0.15
129_F	316_T	0.890	0.15
81_A	131_A	0.888	0.15
36_I	305_C	0.885	0.14
50_L	161_A	0.884	0.14
45_T	119_K	0.878	0.14
152_V	292_A	0.875	0.14
274_G	277_L	0.872	0.14
130_G	266_H	0.866	0.14
31_A	188_E	0.865	0.14
57_L	169_I	0.862	0.14
139_V	300_A	0.861	0.14
27_L	31_A	0.861	0.14
245_G	270_L	0.855	0.14
226_F	230_A	0.854	0.14
38_A	324_A	0.853	0.14
86_V	135_L	0.849	0.14
44_F	284_S	0.842	0.14
150_I	222_I	0.841	0.14
30_G	34_A	0.841	0.14
166_G	266_H	0.836	0.14
85_G	253_F	0.835	0.14
47_F	150_I	0.834	0.14
223_G	267_I	0.834	0.14
154_V	157_T	0.829	0.14
84_G	287_L	0.826	0.13
103_G	165_F	0.821	0.13
242_L	301_L	0.819	0.13
221_L	276_V	0.819	0.13
66_L	169_I	0.818	0.13
59_P	62_L	0.815	0.13
267_I	312_S	0.815	0.13
153_A	330_L	0.811	0.13
41_S	130_G	0.811	0.13
86_V	136_I	0.806	0.13
32_F	316_T	0.803	0.13
272_A	288_A	0.802	0.13
43_I	282_F	0.799	0.13
31_A	127_A	0.798	0.13
157_T	161_A	0.795	0.13
57_L	231_G	0.790	0.13
83_A	150_I	0.790	0.13
86_V	93_G	0.790	0.13
139_V	160_I	0.788	0.13
208_P	307_E	0.784	0.13
35_A	324_A	0.783	0.13
129_F	244_Y	0.780	0.13
90_A	154_V	0.776	0.13
209_W	227_G	0.768	0.13
72_F	105_D	0.768	0.13
85_G	150_I	0.765	0.13
35_A	263_V	0.765	0.13
143_L	314_S	0.763	0.12
163_P	260_N	0.762	0.12
29_G	52_G	0.762	0.12
287_L	294_C	0.757	0.12
307_E	312_S	0.754	0.12
159_L	169_I	0.754	0.12
31_A	327_T	0.753	0.12
240_V	276_V	0.750	0.12
168_P	315_G	0.750	0.12
116_F	124_A	0.747	0.12
71_G	231_G	0.747	0.12
150_I	256_F	0.744	0.12
75_I	313_H	0.742	0.12
172_S	327_T	0.742	0.12
242_L	315_G	0.737	0.12
294_C	302_V	0.737	0.12
28_A	85_G	0.736	0.12
87_A	90_A	0.735	0.12
42_F	247_S	0.730	0.12
41_S	156_A	0.727	0.12
302_V	332_I	0.725	0.12
139_V	293_G	0.725	0.12
56_T	81_A	0.724	0.12
150_I	188_E	0.723	0.12
206_T	216_W	0.722	0.12
101_P	164_V	0.719	0.12
147_T	292_A	0.718	0.12
80_I	303_G	0.714	0.12
106_Y	207_E	0.712	0.12
281_V	287_L	0.712	0.12
232_F	269_L	0.712	0.12
74_P	172_S	0.711	0.12
143_L	164_V	0.710	0.12
83_A	248_A	0.701	0.12
40_P	43_I	0.700	0.12
47_F	210_L	0.694	0.11
160_I	280_S	0.690	0.11
154_V	244_Y	0.688	0.11
128_V	290_V	0.688	0.11
147_T	318_V	0.686	0.11
41_S	48_V	0.685	0.11
182_G	225_I	0.684	0.11
245_G	249_A	0.676	0.11
155_V	289_V	0.672	0.11
107_H	255_Q	0.671	0.11
155_V	230_A	0.668	0.11
32_F	76_V	0.666	0.11
70_I	139_V	0.666	0.11
156_A	291_A	0.666	0.11
223_G	298_L	0.666	0.11
209_W	213_Q	0.663	0.11
150_I	237_T	0.658	0.11
28_A	308_R	0.658	0.11
143_L	149_N	0.657	0.11
140_V	147_T	0.657	0.11
116_F	218_G	0.652	0.11
214_Y	219_V	0.651	0.11
66_L	324_A	0.649	0.11
210_L	238_D	0.649	0.11
159_L	318_V	0.646	0.11
228_V	293_G	0.646	0.11
59_P	240_V	0.645	0.11
269_L	278_G	0.643	0.11
209_W	311_Y	0.643	0.11
145_I	152_V	0.642	0.11
238_D	272_A	0.640	0.11
243_G	332_I	0.640	0.11
20_A	62_L	0.640	0.11
240_V	278_G	0.639	0.11
61_D	143_L	0.636	0.11
38_A	264_T	0.635	0.11
308_R	314_S	0.635	0.11
172_S	300_A	0.633	0.11
45_T	71_G	0.633	0.11
137_A	153_A	0.633	0.11
272_A	309_I	0.632	0.11
117_G	313_H	0.631	0.11
96_Y	314_S	0.628	0.11
258_V	314_S	0.628	0.11
161_A	270_L	0.627	0.11
212_Q	311_Y	0.625	0.11
84_G	289_V	0.625	0.11
51_I	150_I	0.625	0.11
107_H	117_G	0.623	0.11
128_V	294_C	0.623	0.11
308_R	317_H	0.621	0.10
96_Y	99_L	0.620	0.10
28_A	106_Y	0.619	0.10
121_D	227_G	0.618	0.10
42_F	45_T	0.614	0.10
299_S	328_L	0.614	0.10
156_A	228_V	0.613	0.10
66_L	152_V	0.613	0.10
55_L	330_L	0.610	0.10
180_D	183_P	0.610	0.10
156_A	159_L	0.610	0.10
244_Y	266_H	0.607	0.10
24_L	261_F	0.604	0.10
209_W	263_V	0.604	0.10
132_L	267_I	0.601	0.10
269_L	303_G	0.601	0.10
35_A	222_I	0.601	0.10
125_V	151_A	0.601	0.10
188_E	225_I	0.599	0.10
134_M	143_L	0.596	0.10
111_N	280_S	0.595	0.10
235_L	282_F	0.595	0.10
289_V	299_S	0.595	0.10
121_D	228_V	0.595	0.10
50_L	55_L	0.593	0.10
284_S	287_L	0.590	0.10
176_S	180_D	0.589	0.10
143_L	153_A	0.588	0.10
74_P	232_F	0.582	0.10
293_G	334_G	0.580	0.10
149_N	245_G	0.576	0.10
24_L	225_I	0.576	0.10
131_A	287_L	0.575	0.10
96_Y	104_W	0.573	0.10
326_A	330_L	0.571	0.10
44_F	93_G	0.569	0.10
134_M	231_G	0.569	0.10
147_T	329_M	0.568	0.10
77_G	153_A	0.568	0.10
131_A	233_L	0.567	0.10
61_D	291_A	0.565	0.10
264_T	267_I	0.565	0.10
76_V	315_G	0.564	0.10
86_V	299_S	0.563	0.10
128_V	136_I	0.563	0.10
214_Y	239_S	0.562	0.10
268_T	290_V	0.560	0.10
86_V	294_C	0.559	0.10
33_G	80_I	0.558	0.10
208_P	219_V	0.558	0.10
275_G	280_S	0.557	0.10
42_F	248_A	0.553	0.10
29_G	46_G	0.553	0.10
70_I	210_L	0.552	0.10
150_I	293_G	0.550	0.10
299_S	332_I	0.549	0.10
115_A	214_Y	0.547	0.10
32_F	56_T	0.545	0.10
117_G	181_M	0.544	0.10
112_I	207_E	0.543	0.10
44_F	48_V	0.542	0.10
70_I	84_G	0.542	0.10
59_P	297_V	0.540	0.09
20_A	102_D	0.537	0.09
167_Y	216_W	0.537	0.09
173_P	294_C	0.537	0.09
115_A	263_V	0.536	0.09
210_L	264_T	0.535	0.09
45_T	72_F	0.535	0.09
53_E	239_S	0.534	0.09
20_A	23_L	0.533	0.09
164_V	303_G	0.533	0.09
187_D	221_L	0.532	0.09
157_T	292_A	0.529	0.09
140_V	153_A	0.529	0.09
127_A	251_L	0.529	0.09
89_S	131_A	0.528	0.09
153_A	326_A	0.526	0.09
185_E	305_C	0.523	0.09
43_I	80_I	0.523	0.09
41_S	275_G	0.522	0.09
50_L	287_L	0.521	0.09
45_T	83_A	0.521	0.09
21_V	268_T	0.521	0.09
72_F	92_A	0.520	0.09
146_P	238_D	0.520	0.09
178_L	287_L	0.519	0.09
164_V	331_V	0.516	0.09
53_E	269_L	0.516	0.09
120_P	317_H	0.513	0.09
281_V	291_A	0.512	0.09
80_I	222_I	0.511	0.09
103_G	113_Q	0.511	0.09
233_L	300_A	0.511	0.09
186_R	318_V	0.509	0.09
80_I	328_L	0.509	0.09
167_Y	219_V	0.508	0.09
106_Y	324_A	0.508	0.09
120_P	303_G	0.506	0.09
297_V	301_L	0.503	0.09
43_I	152_V	0.502	0.09
43_I	255_Q	0.502	0.09
106_Y	112_I	0.500	0.09

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2m7xA	1	0.086	4.8	0.983	Contact Map
2loqA	1	0.1203	2.8	0.985	Contact Map
4lrtB	1	0.1633	2.1	0.986	Contact Map
2mmjA	1	0.0573	2	0.986	Contact Map
3j1zP	8	0.404	1.9	0.986	Contact Map
2mdfA	1	0.149	1.9	0.986	Contact Map
4od4A	1	0.5759	1.9	0.986	Contact Map
2l0eA	1	0.0888	1.5	0.987	Contact Map
3numA	3	0	1.4	0.987	Contact Map
4fdyA	1	0.1719	1.4	0.987	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0096 seconds.