Q9HNQ5 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HNQ5 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HNQ5	Sequences: MPTPPVSDRYASTVGFVVAGVGLAATLLDWAPAADAVAHAATACAAVATLAFAGRRHGTGPAWLSGVGTGAGGALSLTAAAALLSMTGPVTAGPAVALFAGIGVIGAGLAAVAGVGADGVRARERAVGVAVVVSAGALVASSLLAAIAAGIAPDAPTVAYPVRAAVSSVGLGIMGVAFVRASDVAGIDTPTVTRRDVGVAAGGVGAIFALHLGLNVVVTALALPQTQHGLIEAARKTPAMLVPLAVVSLVFVAPGEELLARNAVQKYLYDAYSRRSAVVVASFVFAASHLLAYAGTAAPGAVMVALARVFVVSLVLGVAYERTDNLLAPIVIHGVYDAVQFGLAYWQFT	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	349 (325)
Sequences:	146 (130)
Seq/√Len:	7.2

HALSA - Q9HNQ5

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
158_V	161_P	4.530	0.98
156_P	161_P	3.859	0.95
168_S	172_G	3.371	0.91
49_T	52_F	3.040	0.85
160_Y	165_A	3.001	0.84
161_P	165_A	2.967	0.84
156_P	159_A	2.845	0.81
93_G	97_A	2.833	0.81
160_Y	163_R	2.804	0.80
19_A	29_D	2.747	0.78
19_A	22_G	2.505	0.71
210_L	311_V	2.492	0.71
197_V	201_A	2.454	0.70
44_C	67_V	2.415	0.68
130_A	232_E	2.404	0.68
53_A	56_R	2.402	0.68
111_A	126_A	2.347	0.66
165_A	168_S	2.333	0.66
159_A	165_A	2.277	0.64
16_F	29_D	2.177	0.60
27_L	46_A	2.142	0.59
159_A	166_V	2.138	0.58
99_F	284_V	2.128	0.58
212_L	315_V	2.073	0.56
19_A	28_L	2.054	0.55
194_R	217_V	2.045	0.55
16_F	19_A	2.009	0.53
128_G	145_A	2.008	0.53
93_G	144_L	1.971	0.52
133_V	284_V	1.952	0.51
19_A	24_A	1.915	0.50
26_T	55_R	1.898	0.49
187_I	281_A	1.854	0.47
132_V	341_F	1.819	0.46
156_P	160_Y	1.765	0.44
161_P	166_V	1.758	0.44
25_A	315_V	1.746	0.43
28_L	56_R	1.744	0.43
179_V	284_V	1.737	0.43
86_M	104_V	1.733	0.43
39_H	96_V	1.716	0.42
23_L	36_A	1.698	0.41
161_P	168_S	1.688	0.41
156_P	165_A	1.669	0.40
86_M	92_A	1.669	0.40
210_L	232_E	1.651	0.40
22_G	28_L	1.621	0.39
156_P	166_V	1.613	0.38
273_S	277_A	1.602	0.38
85_S	334_G	1.589	0.37
305_A	340_Q	1.575	0.37
250_V	259_L	1.553	0.36
13_T	206_A	1.551	0.36
158_V	165_A	1.539	0.36
160_Y	166_V	1.537	0.36
217_V	251_F	1.528	0.35
198_G	259_L	1.497	0.34
130_A	341_F	1.497	0.34
27_L	55_R	1.492	0.34
240_M	259_L	1.485	0.34
176_V	182_S	1.482	0.34
158_V	168_S	1.472	0.33
51_A	54_G	1.469	0.33
158_V	166_V	1.466	0.33
26_T	221_L	1.459	0.33
76_S	179_V	1.438	0.32
35_D	86_M	1.422	0.32
159_A	162_V	1.413	0.31
8_D	39_H	1.395	0.31
102_I	106_G	1.384	0.30
133_V	139_V	1.384	0.30
48_A	282_S	1.381	0.30
13_T	46_A	1.367	0.30
211_H	288_S	1.362	0.30
227_Q	340_Q	1.352	0.29
156_P	163_R	1.352	0.29
45_A	237_T	1.350	0.29
232_E	237_T	1.343	0.29
27_L	48_A	1.338	0.29
281_A	313_S	1.329	0.29
130_A	210_L	1.327	0.28
225_Q	309_V	1.325	0.28
100_A	103_G	1.325	0.28
13_T	27_L	1.314	0.28
273_S	276_S	1.299	0.28
227_Q	305_A	1.297	0.28
80_A	247_V	1.290	0.27
155_A	158_V	1.276	0.27
22_G	34_A	1.273	0.27
248_S	264_V	1.271	0.27
56_R	208_F	1.258	0.26
16_F	28_L	1.258	0.26
28_L	54_G	1.253	0.26
151_I	192_V	1.248	0.26
123_R	305_A	1.248	0.26
136_G	235_R	1.240	0.26
166_V	172_G	1.231	0.26
71_A	221_L	1.229	0.25
19_A	25_A	1.223	0.25
114_G	173_I	1.223	0.25
10_Y	109_L	1.223	0.25
111_A	222_A	1.215	0.25
261_R	333_H	1.210	0.25
285_F	333_H	1.210	0.25
261_R	285_F	1.210	0.25
256_E	261_R	1.210	0.25
285_F	289_H	1.210	0.25
256_E	285_F	1.210	0.25
257_E	333_H	1.210	0.25
256_E	289_H	1.210	0.25
257_E	285_F	1.210	0.25
257_E	261_R	1.210	0.25
256_E	333_H	1.210	0.25
289_H	333_H	1.210	0.25
257_E	289_H	1.210	0.25
261_R	289_H	1.210	0.25
149_A	178_F	1.198	0.25
30_W	206_A	1.197	0.25
95_A	274_R	1.195	0.24
250_V	310_F	1.189	0.24
209_A	229_G	1.180	0.24
234_A	248_S	1.173	0.24
234_A	345_Y	1.173	0.24
64_L	175_G	1.172	0.24
144_L	280_V	1.167	0.24
282_S	315_V	1.164	0.24
83_L	205_G	1.163	0.24
90_V	102_I	1.161	0.24
249_L	305_A	1.160	0.23
88_G	233_A	1.155	0.23
193_T	213_G	1.151	0.23
131_V	180_R	1.149	0.23
8_D	48_A	1.147	0.23
27_L	173_I	1.142	0.23
266_K	336_Y	1.141	0.23
153_P	237_T	1.132	0.23
17_V	21_V	1.130	0.23
193_T	329_P	1.123	0.22
11_A	49_T	1.122	0.22
135_A	139_V	1.121	0.22
29_D	53_A	1.118	0.22
52_F	276_S	1.113	0.22
19_A	54_G	1.112	0.22
248_S	340_Q	1.111	0.22
30_W	45_A	1.110	0.22
76_S	282_S	1.101	0.22
191_T	194_R	1.091	0.22
113_A	282_S	1.090	0.22
17_V	20_G	1.088	0.22
172_G	251_F	1.071	0.21
317_G	326_L	1.071	0.21
159_A	171_L	1.067	0.21
148_A	276_S	1.066	0.21
155_A	163_R	1.056	0.21
90_V	346_W	1.054	0.21
104_V	169_V	1.050	0.21
156_P	162_V	1.047	0.20
159_A	163_R	1.047	0.20
12_S	36_A	1.045	0.20
115_V	176_V	1.044	0.20
55_R	259_L	1.039	0.20
27_L	36_A	1.038	0.20
19_A	53_A	1.038	0.20
129_V	144_L	1.036	0.20
79_A	180_R	1.034	0.20
253_A	281_A	1.027	0.20
268_L	317_G	1.022	0.20
9_R	65_S	1.019	0.20
265_Q	323_T	1.019	0.20
211_H	344_A	1.017	0.20
33_A	37_V	1.013	0.20
165_A	172_G	1.013	0.20
169_V	221_L	1.011	0.20
86_M	255_G	1.008	0.19
255_G	329_P	1.005	0.19
133_V	227_Q	1.004	0.19
179_V	346_W	1.003	0.19
45_A	310_F	0.997	0.19
228_H	344_A	0.993	0.19
153_P	156_P	0.986	0.19
272_Y	276_S	0.983	0.19
151_I	258_L	0.979	0.19
44_C	311_V	0.977	0.19
226_T	344_A	0.973	0.19
96_V	280_V	0.966	0.18
320_Y	325_N	0.965	0.18
94_P	283_F	0.963	0.18
335_V	341_F	0.960	0.18
76_S	144_L	0.960	0.18
203_G	268_L	0.958	0.18
57_H	110_A	0.958	0.18
90_V	170_G	0.952	0.18
26_T	162_V	0.948	0.18
149_A	195_R	0.941	0.18
82_A	100_A	0.940	0.18
31_A	55_R	0.936	0.18
209_A	260_A	0.935	0.18
33_A	205_G	0.933	0.18
26_T	35_D	0.933	0.18
98_L	234_A	0.931	0.18
88_G	238_P	0.931	0.18
61_P	149_A	0.929	0.18
173_I	210_L	0.926	0.18
136_G	249_L	0.925	0.18
27_L	92_A	0.924	0.18
160_Y	258_L	0.922	0.17
314_L	318_V	0.921	0.17
82_A	126_A	0.920	0.17
31_A	56_R	0.920	0.17
11_A	16_F	0.912	0.17
259_L	310_F	0.911	0.17
161_P	167_S	0.908	0.17
52_F	284_V	0.902	0.17
227_Q	249_L	0.898	0.17
20_G	188_D	0.898	0.17
140_A	346_W	0.895	0.17
96_V	181_A	0.894	0.17
8_D	32_P	0.889	0.17
130_A	245_A	0.886	0.17
195_R	331_V	0.885	0.17
241_L	313_S	0.883	0.17
168_S	171_L	0.881	0.17
102_I	230_L	0.881	0.17
28_L	32_P	0.881	0.17
50_L	54_G	0.872	0.16
214_L	244_L	0.870	0.16
25_A	53_A	0.869	0.16
21_V	38_A	0.868	0.16
322_R	327_L	0.867	0.16
214_L	255_G	0.866	0.16
249_L	340_Q	0.863	0.16
254_P	257_E	0.862	0.16
254_P	261_R	0.862	0.16
254_P	285_F	0.862	0.16
254_P	289_H	0.862	0.16
254_P	333_H	0.862	0.16
201_A	279_V	0.861	0.16
68_G	338_A	0.860	0.16
226_T	231_I	0.859	0.16
19_A	26_T	0.858	0.16
258_L	282_S	0.857	0.16
234_A	242_V	0.856	0.16
153_P	163_R	0.855	0.16
246_V	338_A	0.851	0.16
12_S	44_C	0.850	0.16
23_L	45_A	0.849	0.16
19_A	259_L	0.849	0.16
19_A	56_R	0.846	0.16
259_L	329_P	0.844	0.16
19_A	35_D	0.841	0.16
49_T	192_V	0.840	0.16
229_G	308_R	0.836	0.16
80_A	232_E	0.836	0.16
105_I	164_A	0.835	0.16
229_G	248_S	0.824	0.15
152_A	283_F	0.824	0.15
19_A	55_R	0.819	0.15
85_S	250_V	0.815	0.15
37_V	273_S	0.810	0.15
100_A	151_I	0.808	0.15
130_A	160_Y	0.808	0.15
209_A	231_I	0.807	0.15
23_L	212_L	0.807	0.15
133_V	234_A	0.805	0.15
50_L	53_A	0.805	0.15
158_V	167_S	0.804	0.15
177_A	249_L	0.803	0.15
273_S	325_N	0.801	0.15
48_A	151_I	0.801	0.15
253_A	336_Y	0.799	0.15
69_T	182_S	0.798	0.15
87_T	92_A	0.797	0.15
88_G	183_D	0.795	0.15
258_L	329_P	0.795	0.15
124_E	270_D	0.792	0.15
227_Q	248_S	0.790	0.15
173_I	287_A	0.789	0.15
44_C	310_F	0.785	0.15
309_V	312_V	0.785	0.15
163_R	167_S	0.781	0.15
232_E	259_L	0.777	0.14
44_C	306_L	0.774	0.14
48_A	52_F	0.771	0.14
80_A	283_F	0.769	0.14
123_R	270_D	0.768	0.14
79_A	331_V	0.767	0.14
161_P	164_A	0.766	0.14
261_R	337_D	0.766	0.14
256_E	337_D	0.766	0.14
285_F	337_D	0.766	0.14
289_H	337_D	0.766	0.14
257_E	337_D	0.766	0.14
333_H	337_D	0.766	0.14
317_G	327_L	0.766	0.14
153_P	161_P	0.765	0.14
100_A	315_V	0.758	0.14
245_A	340_Q	0.757	0.14
242_V	252_V	0.756	0.14
10_Y	144_L	0.752	0.14
117_A	133_V	0.752	0.14
94_P	166_V	0.750	0.14
198_G	255_G	0.750	0.14
30_W	36_A	0.749	0.14
59_T	212_L	0.746	0.14
200_A	209_A	0.746	0.14
265_Q	313_S	0.745	0.14
124_E	341_F	0.744	0.14
75_L	213_G	0.743	0.14
130_A	237_T	0.743	0.14
13_T	43_A	0.742	0.14
230_L	276_S	0.740	0.14
228_H	231_I	0.735	0.14
8_D	82_A	0.734	0.14
244_L	247_V	0.734	0.14
120_V	305_A	0.731	0.14
90_V	273_S	0.729	0.14
277_A	322_R	0.728	0.14
36_A	48_A	0.727	0.14
241_L	248_S	0.727	0.14
103_G	171_L	0.726	0.14
30_W	35_D	0.724	0.13
22_G	103_G	0.723	0.13
31_A	206_A	0.723	0.13
28_L	31_A	0.722	0.13
49_T	70_G	0.707	0.13
29_D	55_R	0.706	0.13
153_P	160_Y	0.706	0.13
23_L	258_L	0.705	0.13
271_A	278_V	0.704	0.13
136_G	227_Q	0.703	0.13
148_A	255_G	0.703	0.13
34_A	182_S	0.702	0.13
61_P	280_V	0.702	0.13
24_A	279_V	0.700	0.13
221_L	236_K	0.700	0.13
221_L	284_V	0.699	0.13
66_G	109_L	0.693	0.13
72_G	243_P	0.693	0.13
291_L	305_A	0.693	0.13
168_S	205_G	0.693	0.13
255_G	258_L	0.690	0.13
134_S	227_Q	0.688	0.13
127_V	235_R	0.688	0.13
25_A	55_R	0.687	0.13
219_T	344_A	0.686	0.13
30_W	48_A	0.685	0.13
160_Y	167_S	0.685	0.13
84_L	228_H	0.682	0.13
9_R	64_L	0.677	0.13
204_V	263_A	0.677	0.13
59_T	315_V	0.676	0.13
38_A	41_A	0.676	0.13
73_G	148_A	0.674	0.13
167_S	247_V	0.671	0.13
164_A	346_W	0.670	0.13
165_A	169_V	0.670	0.13
69_T	255_G	0.669	0.13
11_A	279_V	0.667	0.12
10_Y	16_F	0.666	0.12
313_S	336_Y	0.666	0.12
120_V	134_S	0.664	0.12
92_A	258_L	0.663	0.12
234_A	291_L	0.660	0.12
246_V	255_G	0.660	0.12
200_A	263_A	0.660	0.12
233_A	238_P	0.657	0.12
215_N	344_A	0.657	0.12
110_A	128_G	0.655	0.12
12_S	58_G	0.654	0.12
52_F	342_G	0.652	0.12
81_A	240_M	0.652	0.12
120_V	249_L	0.651	0.12
82_A	259_L	0.649	0.12
272_Y	330_I	0.646	0.12
120_V	263_A	0.645	0.12
215_N	267_Y	0.644	0.12
307_A	334_G	0.643	0.12
279_V	314_L	0.642	0.12
227_Q	264_V	0.639	0.12
62_A	185_A	0.638	0.12
83_L	88_G	0.637	0.12
265_Q	336_Y	0.636	0.12
152_A	212_L	0.636	0.12
308_R	336_Y	0.635	0.12
207_I	226_T	0.635	0.12
179_V	240_M	0.631	0.12
141_S	172_G	0.630	0.12
165_A	170_G	0.628	0.12
39_H	173_I	0.628	0.12
11_A	15_G	0.628	0.12
18_V	35_D	0.627	0.12
66_G	148_A	0.626	0.12
175_G	346_W	0.622	0.12
265_Q	281_A	0.621	0.12
87_T	175_G	0.619	0.12
53_A	157_T	0.618	0.12
218_V	340_Q	0.614	0.12
174_M	322_R	0.612	0.12
30_W	110_A	0.610	0.12
130_A	133_V	0.610	0.12
134_S	305_A	0.608	0.12
269_Y	273_S	0.606	0.11
262_N	336_Y	0.605	0.11
20_G	58_G	0.605	0.11
97_A	292_A	0.605	0.11
25_A	174_M	0.604	0.11
45_A	311_V	0.603	0.11
41_A	47_V	0.603	0.11
189_T	318_V	0.603	0.11
136_G	245_A	0.601	0.11
134_S	345_Y	0.600	0.11
89_P	149_A	0.600	0.11
223_L	248_S	0.595	0.11
187_I	269_Y	0.593	0.11
315_V	324_D	0.593	0.11
92_A	224_P	0.591	0.11
130_A	306_L	0.591	0.11
101_G	263_A	0.591	0.11
144_L	179_V	0.590	0.11
120_V	137_A	0.588	0.11
82_A	85_S	0.588	0.11
259_L	287_A	0.586	0.11
230_L	292_A	0.585	0.11
88_G	212_L	0.584	0.11
45_A	72_G	0.583	0.11
142_S	223_L	0.579	0.11
103_G	126_A	0.578	0.11
25_A	28_L	0.574	0.11
96_V	151_I	0.574	0.11
162_V	291_L	0.573	0.11
104_V	255_G	0.570	0.11
9_R	15_G	0.569	0.11
8_D	90_V	0.568	0.11
13_T	49_T	0.566	0.11
83_L	169_V	0.566	0.11
209_A	308_R	0.563	0.11
62_A	206_A	0.563	0.11
152_A	311_V	0.562	0.11
130_A	139_V	0.560	0.11
226_T	245_A	0.560	0.11
331_V	335_V	0.560	0.11
15_G	93_G	0.559	0.11
98_L	222_A	0.558	0.11
32_P	154_D	0.557	0.11
156_P	197_V	0.554	0.11
49_T	59_T	0.553	0.11
28_L	53_A	0.553	0.11
12_S	26_T	0.551	0.11
87_T	212_L	0.551	0.11
62_A	153_P	0.549	0.11
56_R	169_V	0.548	0.11
154_D	160_Y	0.548	0.11
88_G	116_G	0.547	0.11
254_P	326_L	0.546	0.11
134_S	249_L	0.545	0.11
268_L	316_L	0.544	0.11
120_V	248_S	0.542	0.11
120_V	218_V	0.542	0.11
55_R	172_G	0.541	0.10
11_A	93_G	0.540	0.10
222_A	273_S	0.540	0.10
28_L	243_P	0.539	0.10
58_G	64_L	0.538	0.10
18_V	45_A	0.538	0.10
239_A	248_S	0.537	0.10
50_L	79_A	0.535	0.10
315_V	320_Y	0.530	0.10
37_V	48_A	0.530	0.10
317_G	322_R	0.528	0.10
31_A	49_T	0.527	0.10
130_A	173_I	0.524	0.10
96_V	182_S	0.522	0.10
233_A	237_T	0.520	0.10
242_V	305_A	0.519	0.10
202_G	219_T	0.518	0.10
228_H	336_Y	0.513	0.10
82_A	282_S	0.510	0.10
61_P	151_I	0.510	0.10
156_P	188_D	0.510	0.10
281_A	336_Y	0.508	0.10
28_L	55_R	0.506	0.10
120_V	341_F	0.505	0.10
47_V	225_Q	0.504	0.10
48_A	280_V	0.502	0.10
62_A	97_A	0.501	0.10
60_G	153_P	0.500	0.10
213_G	237_T	0.500	0.10
155_A	161_P	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4cadC	1	0.6017	99.8	0.811	Contact Map
1afoA	2	0.1146	5.9	0.977	Contact Map
1wlxA	1	0.1232	4.1	0.979	Contact Map
2m20A	2	0.1576	2.8	0.981	Contact Map
4fasA	3	0.2006	2.7	0.981	Contact Map
4i0uA	4	0.4183	2.4	0.981	Contact Map
4ev6A	3	0.4241	2.4	0.981	Contact Map
4nreA	4	0.2493	2.2	0.982	Contact Map
4r0yA	1	0.1232	2.2	0.982	Contact Map
2w0cP	4	0.1777	2.1	0.982	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0099 seconds.