Q9HNG8 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HNG8 - tRNA(Ile2) 2-agmatinylcytidine synthetase TiaS

UniProt:	Q9HNG8	Sequences: MTVVALDDTDSRTAGMCTTYAAHLVAEELRAAGCTVHRVLLVRLNPAVAYKTRGNAALAVHADVDPQVGFDTARRVVDAHAETDDDRTNPGVVVAHDADAPAPVAAFAHRALRADIDPADAAALAAAHGYRTAGWGTGRGVVGALAAVGAWTAFSDWTYECIQYRPRDRWGTTRRVDADSVFAAADDAYPAAWDTVDHVEDDLVCVPHTPGPILYGIRGDDADAVQAVAADIDSEPPHARELFVTNQGTDAHLADAPLADARDGRGYRVEGVVADHPETREGGHVFVPITDGEATLACVAFEPTKRFRDHVRNLRPGDRITACGEVADGTLKLEKFAVRGLTRTTPTTPVCPDCGTTMESAGATQGYRCRDCSTTAPGTAHRLIERALDPGWYEVPPCARRHIAQPLVRGDWDAAVHPER	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	420 (406)
Sequences:	222 (173)
Seq/√Len:	8.6

HALSA - Q9HNG8
SULSO - Q980N3

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
156_D	409_R	4.526	0.99
22_A	243_F	4.440	0.99
89_N	137_T	4.025	0.98
302_E	305_K	3.967	0.98
220_D	409_R	3.555	0.96
359_E	368_R	3.321	0.94
271_G	289_I	3.222	0.93
48_V	115_D	3.083	0.91
170_W	209_T	2.893	0.88
118_P	142_V	2.882	0.87
343_R	383_L	2.769	0.85
303_P	308_R	2.671	0.83
188_A	192_A	2.662	0.83
302_E	308_R	2.614	0.81
307_F	396_P	2.577	0.80
303_P	399_A	2.548	0.80
77_V	92_V	2.524	0.79
302_E	307_F	2.493	0.78
250_D	335_K	2.482	0.78
125_A	132_T	2.448	0.77
7_D	10_D	2.431	0.76
73_A	94_V	2.326	0.73
194_D	395_V	2.271	0.71
394_E	400_R	2.152	0.67
167_R	170_W	2.132	0.66
112_L	154_F	2.117	0.65
44_L	146_A	2.078	0.64
130_Y	149_G	2.078	0.64
171_G	235_E	2.072	0.64
193_W	204_V	2.059	0.63
394_E	407_L	2.023	0.62
287_V	298_C	2.004	0.61
279_T	312_R	1.992	0.60
350_V	357_T	1.987	0.60
311_V	336_F	1.971	0.60
156_D	220_D	1.970	0.59
47_A	325_E	1.957	0.59
110_R	114_A	1.945	0.58
300_A	394_E	1.930	0.58
286_F	299_V	1.902	0.57
107_F	145_L	1.901	0.57
184_A	195_T	1.898	0.56
173_T	238_H	1.868	0.55
22_A	58_L	1.854	0.55
49_A	264_G	1.800	0.52
9_T	20_Y	1.792	0.52
192_A	228_V	1.791	0.52
204_V	397_P	1.789	0.52
308_R	335_K	1.761	0.51
23_H	239_A	1.761	0.51
200_E	398_C	1.755	0.50
271_G	296_L	1.754	0.50
298_C	322_A	1.752	0.50
253_L	268_R	1.751	0.50
16_M	20_Y	1.738	0.50
89_N	136_G	1.730	0.49
70_F	94_V	1.725	0.49
154_F	251_A	1.719	0.49
114_A	265_R	1.713	0.49
400_R	404_A	1.703	0.48
305_K	396_P	1.694	0.48
308_R	396_P	1.685	0.47
177_D	304_T	1.674	0.47
163_Q	215_Y	1.655	0.46
307_F	335_K	1.650	0.46
256_A	259_A	1.644	0.46
58_L	286_F	1.631	0.45
225_V	242_L	1.603	0.44
321_T	337_A	1.600	0.44
193_W	205_C	1.588	0.43
8_D	11_S	1.549	0.42
195_T	205_C	1.534	0.41
300_A	400_R	1.523	0.41
39_V	241_E	1.519	0.41
165_R	174_R	1.518	0.40
107_F	121_A	1.513	0.40
214_L	235_E	1.512	0.40
396_P	400_R	1.505	0.40
50_Y	88_T	1.501	0.40
313_N	387_A	1.490	0.39
296_L	331_L	1.489	0.39
201_D	270_E	1.483	0.39
141_V	195_T	1.478	0.39
303_P	335_K	1.475	0.39
261_A	326_V	1.472	0.39
184_A	228_V	1.468	0.38
299_V	330_T	1.466	0.38
369_C	372_C	1.461	0.38
48_V	264_G	1.444	0.37
138_G	162_I	1.434	0.37
112_L	254_A	1.433	0.37
291_D	326_V	1.425	0.37
122_A	134_G	1.425	0.37
110_R	120_D	1.421	0.37
222_A	359_E	1.412	0.36
115_D	211_G	1.405	0.36
213_I	398_C	1.403	0.36
88_T	136_G	1.402	0.36
335_K	400_R	1.380	0.35
280_R	286_F	1.376	0.35
335_K	396_P	1.368	0.34
80_H	114_A	1.367	0.34
76_V	80_H	1.360	0.34
208_H	343_R	1.356	0.34
338_V	341_L	1.351	0.34
303_P	307_F	1.350	0.34
161_C	225_V	1.342	0.34
4_V	25_V	1.339	0.33
171_G	407_L	1.339	0.33
304_T	399_A	1.327	0.33
47_A	232_I	1.327	0.33
320_I	364_T	1.315	0.32
305_K	308_R	1.310	0.32
291_D	294_A	1.309	0.32
81_A	190_P	1.307	0.32
88_T	395_V	1.306	0.32
356_T	409_R	1.305	0.32
21_A	48_V	1.298	0.32
272_V	373_S	1.291	0.32
42_V	142_V	1.283	0.31
61_H	327_A	1.282	0.31
192_A	242_L	1.280	0.31
190_P	312_R	1.279	0.31
112_L	251_A	1.279	0.31
56_A	122_A	1.274	0.31
352_P	374_T	1.273	0.31
200_E	215_Y	1.270	0.31
244_V	320_I	1.268	0.31
326_V	352_P	1.265	0.31
50_Y	327_A	1.243	0.30
128_H	289_I	1.241	0.30
30_R	238_H	1.237	0.30
184_A	193_W	1.237	0.30
45_N	51_K	1.236	0.30
42_V	145_L	1.234	0.30
91_G	138_G	1.233	0.30
251_A	292_G	1.229	0.29
310_H	336_F	1.228	0.29
5_A	8_D	1.216	0.29
34_C	239_A	1.216	0.29
16_M	107_F	1.212	0.29
174_R	318_D	1.211	0.29
190_P	397_P	1.210	0.29
89_N	122_A	1.207	0.29
27_E	117_D	1.199	0.28
166_P	236_P	1.198	0.28
9_T	401_R	1.189	0.28
263_D	301_F	1.186	0.28
196_V	397_P	1.184	0.28
39_V	49_A	1.183	0.28
20_Y	88_T	1.181	0.28
117_D	142_V	1.177	0.28
259_A	269_V	1.176	0.28
209_T	264_G	1.176	0.28
4_V	370_R	1.166	0.27
245_T	250_D	1.164	0.27
92_V	133_A	1.162	0.27
303_P	396_P	1.159	0.27
176_V	234_S	1.159	0.27
89_N	305_K	1.156	0.27
45_N	164_Y	1.156	0.27
139_R	142_V	1.153	0.27
108_A	125_A	1.149	0.27
125_A	130_Y	1.149	0.27
315_R	342_T	1.147	0.27
15_G	358_M	1.146	0.27
92_V	376_A	1.142	0.26
252_H	334_E	1.138	0.26
51_K	164_Y	1.133	0.26
323_C	392_W	1.132	0.26
305_K	335_K	1.131	0.26
88_T	400_R	1.131	0.26
174_R	235_E	1.131	0.26
122_A	364_T	1.130	0.26
88_T	300_A	1.125	0.26
42_V	108_A	1.123	0.26
248_G	401_R	1.118	0.26
7_D	19_T	1.118	0.26
10_D	17_C	1.118	0.26
7_D	17_C	1.118	0.26
10_D	19_T	1.118	0.26
9_T	400_R	1.115	0.26
222_A	370_R	1.110	0.25
274_A	316_P	1.104	0.25
302_E	396_P	1.100	0.25
70_F	131_R	1.095	0.25
202_D	211_G	1.093	0.25
3_V	368_R	1.091	0.25
3_V	58_L	1.086	0.25
9_T	88_T	1.080	0.24
195_T	215_Y	1.080	0.24
232_I	320_I	1.079	0.24
338_V	383_L	1.078	0.24
8_D	140_G	1.078	0.24
395_V	400_R	1.074	0.24
49_A	112_L	1.070	0.24
270_E	321_T	1.065	0.24
192_A	195_T	1.058	0.24
271_G	287_V	1.057	0.24
194_D	394_E	1.051	0.23
335_K	394_E	1.049	0.23
349_P	358_M	1.047	0.23
250_D	396_P	1.045	0.23
6_L	258_L	1.043	0.23
3_V	59_A	1.041	0.23
110_R	116_I	1.036	0.23
211_G	398_C	1.030	0.23
301_F	327_A	1.029	0.23
301_F	332_K	1.028	0.23
88_T	394_E	1.025	0.23
180_S	298_C	1.019	0.23
56_A	134_G	1.012	0.22
58_L	94_V	1.008	0.22
208_H	242_L	1.007	0.22
228_V	332_K	1.006	0.22
262_R	274_A	1.002	0.22
49_A	58_L	0.999	0.22
10_D	18_T	0.999	0.22
7_D	18_T	0.999	0.22
386_R	393_Y	0.998	0.22
4_V	110_R	0.997	0.22
194_D	400_R	0.996	0.22
108_A	251_A	0.994	0.22
189_Y	397_P	0.990	0.22
290_T	295_T	0.989	0.22
37_H	40_L	0.983	0.21
332_K	399_A	0.982	0.21
23_H	243_F	0.982	0.21
279_T	365_Q	0.981	0.21
275_D	288_P	0.980	0.21
207_P	284_H	0.978	0.21
116_I	181_V	0.976	0.21
35_T	62_A	0.975	0.21
37_H	102_A	0.969	0.21
31_A	238_H	0.956	0.21
365_Q	374_T	0.950	0.21
6_L	260_D	0.946	0.20
179_D	340_G	0.944	0.20
367_Y	391_G	0.943	0.20
308_R	394_E	0.939	0.20
214_L	245_T	0.935	0.20
169_R	243_F	0.931	0.20
342_T	345_T	0.929	0.20
87_R	213_I	0.924	0.20
258_L	291_D	0.919	0.20
77_V	258_L	0.918	0.20
110_R	142_V	0.916	0.20
5_A	10_D	0.915	0.20
50_Y	118_P	0.912	0.20
5_A	148_V	0.912	0.20
111_A	116_I	0.911	0.19
275_D	281_E	0.910	0.19
60_V	285_V	0.906	0.19
16_M	358_M	0.905	0.19
303_P	332_K	0.905	0.19
299_V	342_T	0.905	0.19
265_R	359_E	0.904	0.19
137_T	208_H	0.903	0.19
180_S	399_A	0.903	0.19
315_R	344_T	0.903	0.19
394_E	404_A	0.903	0.19
361_A	365_Q	0.903	0.19
220_D	356_T	0.895	0.19
180_S	214_L	0.895	0.19
57_A	107_F	0.893	0.19
157_W	244_V	0.890	0.19
162_I	333_L	0.890	0.19
304_T	395_V	0.889	0.19
191_A	224_A	0.887	0.19
145_L	397_P	0.885	0.19
121_A	145_L	0.885	0.19
296_L	326_V	0.885	0.19
6_L	77_V	0.883	0.19
201_D	384_I	0.880	0.19
50_Y	395_V	0.875	0.19
4_V	29_L	0.871	0.18
182_F	196_V	0.865	0.18
25_V	76_V	0.865	0.18
209_T	400_R	0.864	0.18
104_V	145_L	0.863	0.18
69_G	363_A	0.863	0.18
7_D	11_S	0.857	0.18
22_A	25_V	0.856	0.18
320_I	338_V	0.854	0.18
307_F	311_V	0.852	0.18
114_A	119_A	0.850	0.18
29_L	34_C	0.848	0.18
221_D	230_A	0.845	0.18
47_A	211_G	0.843	0.18
194_D	204_V	0.842	0.18
16_M	108_A	0.842	0.18
215_Y	229_A	0.842	0.18
245_T	308_R	0.840	0.18
210_P	309_D	0.839	0.18
302_E	400_R	0.839	0.18
314_L	318_D	0.839	0.18
209_T	325_E	0.832	0.17
72_T	147_A	0.831	0.17
89_N	170_W	0.830	0.17
25_V	29_L	0.829	0.17
149_G	211_G	0.828	0.17
307_F	394_E	0.828	0.17
112_L	358_M	0.823	0.17
108_A	286_F	0.823	0.17
36_V	166_P	0.823	0.17
88_T	245_T	0.821	0.17
48_V	368_R	0.820	0.17
254_A	325_E	0.820	0.17
184_A	225_V	0.818	0.17
75_R	297_A	0.817	0.17
345_T	382_R	0.815	0.17
184_A	205_C	0.814	0.17
142_V	405_Q	0.813	0.17
250_D	323_C	0.809	0.17
27_E	159_Y	0.808	0.17
245_T	335_K	0.808	0.17
44_L	57_A	0.808	0.17
89_N	118_P	0.807	0.17
322_A	391_G	0.803	0.17
288_P	295_T	0.802	0.17
42_V	110_R	0.799	0.17
210_P	284_H	0.795	0.17
3_V	56_A	0.795	0.17
192_A	403_I	0.795	0.17
75_R	179_D	0.793	0.17
300_A	396_P	0.792	0.17
56_A	94_V	0.792	0.17
195_T	206_V	0.791	0.16
289_I	384_I	0.789	0.16
250_D	307_F	0.788	0.16
139_R	250_D	0.786	0.16
308_R	311_V	0.784	0.16
250_D	267_Y	0.784	0.16
267_Y	409_R	0.783	0.16
150_A	368_R	0.783	0.16
70_F	73_A	0.782	0.16
35_T	65_D	0.781	0.16
286_F	330_T	0.780	0.16
9_T	300_A	0.780	0.16
184_A	307_F	0.777	0.16
33_G	331_L	0.777	0.16
193_W	333_L	0.776	0.16
254_A	266_G	0.772	0.16
124_L	145_L	0.772	0.16
209_T	394_E	0.770	0.16
170_W	320_I	0.769	0.16
20_Y	194_D	0.768	0.16
40_L	162_I	0.767	0.16
193_W	401_R	0.766	0.16
291_D	368_R	0.765	0.16
44_L	349_P	0.764	0.16
109_H	112_L	0.763	0.16
67_Q	142_V	0.763	0.16
93_V	308_R	0.762	0.16
311_V	361_A	0.762	0.16
27_E	385_E	0.759	0.16
283_G	348_T	0.756	0.16
159_Y	291_D	0.756	0.16
56_A	126_A	0.755	0.16
347_T	380_A	0.754	0.16
361_A	366_G	0.754	0.16
208_H	244_V	0.745	0.15
396_P	399_A	0.742	0.15
273_V	318_D	0.740	0.15
226_Q	405_Q	0.740	0.15
174_R	366_G	0.739	0.15
178_A	181_V	0.738	0.15
173_T	233_D	0.738	0.15
90_P	140_G	0.733	0.15
108_A	150_A	0.733	0.15
210_P	361_A	0.728	0.15
270_E	319_R	0.726	0.15
300_A	307_F	0.724	0.15
81_A	352_P	0.722	0.15
6_L	200_E	0.720	0.15
194_D	404_A	0.720	0.15
147_A	163_Q	0.717	0.15
134_G	141_V	0.713	0.15
302_E	335_K	0.712	0.15
185_A	280_R	0.711	0.15
304_T	393_Y	0.710	0.15
223_D	227_A	0.707	0.15
302_E	399_A	0.707	0.15
88_T	194_D	0.703	0.15
4_V	263_D	0.701	0.14
159_Y	181_V	0.700	0.14
118_P	227_A	0.699	0.14
165_R	211_G	0.697	0.14
345_T	363_A	0.696	0.14
228_V	403_I	0.695	0.14
302_E	329_G	0.692	0.14
125_A	347_T	0.692	0.14
300_A	333_L	0.691	0.14
21_A	76_V	0.690	0.14
138_G	141_V	0.687	0.14
193_W	409_R	0.683	0.14
112_L	266_G	0.681	0.14
260_D	276_H	0.680	0.14
102_A	127_A	0.680	0.14
111_A	146_A	0.679	0.14
75_R	243_F	0.678	0.14
43_R	46_P	0.678	0.14
52_T	55_N	0.678	0.14
46_P	55_N	0.678	0.14
43_R	52_T	0.678	0.14
46_P	54_G	0.678	0.14
43_R	54_G	0.678	0.14
46_P	52_T	0.678	0.14
43_R	55_N	0.678	0.14
87_R	201_D	0.676	0.14
8_D	90_P	0.675	0.14
74_R	133_A	0.674	0.14
250_D	394_E	0.673	0.14
134_G	162_I	0.671	0.14
141_V	359_E	0.670	0.14
126_A	173_T	0.670	0.14
122_A	167_R	0.670	0.14
147_A	197_D	0.668	0.14
12_R	368_R	0.668	0.14
233_D	331_L	0.668	0.14
3_V	159_Y	0.667	0.14
188_A	213_I	0.667	0.14
39_V	161_C	0.665	0.14
317_G	334_E	0.660	0.14
169_R	374_T	0.659	0.14
91_G	303_P	0.659	0.14
29_L	70_F	0.659	0.14
40_L	138_G	0.652	0.13
67_Q	213_I	0.649	0.13
118_P	281_E	0.649	0.13
405_Q	411_D	0.647	0.13
56_A	404_A	0.645	0.13
5_A	217_I	0.644	0.13
264_G	392_W	0.644	0.13
202_D	241_E	0.643	0.13
221_D	301_F	0.642	0.13
258_L	382_R	0.641	0.13
323_C	395_V	0.639	0.13
204_V	267_Y	0.638	0.13
109_H	113_R	0.637	0.13
204_V	211_G	0.637	0.13
11_S	15_G	0.636	0.13
250_D	300_A	0.635	0.13
15_G	210_P	0.634	0.13
57_A	329_G	0.633	0.13
234_S	340_G	0.631	0.13
37_H	244_V	0.631	0.13
307_F	400_R	0.631	0.13
89_N	141_V	0.631	0.13
25_V	343_R	0.629	0.13
142_V	267_Y	0.628	0.13
139_R	267_Y	0.628	0.13
147_A	162_I	0.628	0.13
88_T	267_Y	0.623	0.13
227_A	230_A	0.622	0.13
113_R	355_G	0.621	0.13
311_V	395_V	0.620	0.13
247_Q	360_S	0.620	0.13
242_L	390_P	0.619	0.13
74_R	231_D	0.619	0.13
202_D	205_C	0.617	0.13
67_Q	281_E	0.616	0.13
76_V	346_P	0.615	0.13
108_A	411_D	0.614	0.13
20_Y	395_V	0.608	0.13
156_D	356_T	0.607	0.13
71_D	382_R	0.605	0.13
221_D	344_T	0.605	0.13
117_D	272_V	0.605	0.13
93_V	173_T	0.605	0.13
314_L	386_R	0.604	0.13
108_A	149_G	0.604	0.13
33_G	145_L	0.603	0.13
308_R	400_R	0.602	0.13
12_R	85_D	0.601	0.12
102_A	105_A	0.600	0.12
159_Y	222_A	0.600	0.12
301_F	368_R	0.600	0.12
397_P	408_V	0.598	0.12
145_L	196_V	0.597	0.12
44_L	111_A	0.597	0.12
379_T	389_D	0.595	0.12
87_R	301_F	0.594	0.12
95_A	101_P	0.594	0.12
220_D	371_D	0.593	0.12
249_T	283_G	0.593	0.12
230_A	388_L	0.591	0.12
173_T	375_T	0.591	0.12
64_V	162_I	0.589	0.12
20_Y	307_F	0.589	0.12
374_T	398_C	0.588	0.12
257_P	276_H	0.586	0.12
308_R	399_A	0.584	0.12
49_A	209_T	0.583	0.12
273_V	355_G	0.583	0.12
89_N	167_R	0.582	0.12
274_A	384_I	0.581	0.12
77_V	91_G	0.581	0.12
29_L	72_T	0.580	0.12
112_L	148_V	0.580	0.12
50_Y	301_F	0.580	0.12
163_Q	242_L	0.580	0.12
365_Q	368_R	0.579	0.12
131_R	232_I	0.575	0.12
232_I	316_P	0.575	0.12
16_M	194_D	0.575	0.12
39_V	116_I	0.574	0.12
141_V	205_C	0.573	0.12
254_A	357_T	0.572	0.12
319_R	350_V	0.572	0.12
80_H	112_L	0.572	0.12
16_M	395_V	0.571	0.12
189_Y	267_Y	0.570	0.12
29_L	210_P	0.570	0.12
250_D	308_R	0.570	0.12
351_C	372_C	0.570	0.12
351_C	369_C	0.570	0.12
20_Y	400_R	0.569	0.12
89_N	209_T	0.567	0.12
304_T	386_R	0.566	0.12
405_Q	410_G	0.565	0.12
91_G	142_V	0.563	0.12
102_A	385_E	0.563	0.12
196_V	267_Y	0.561	0.12
193_W	240_R	0.560	0.12
301_F	366_G	0.560	0.12
347_T	382_R	0.560	0.12
171_G	210_P	0.558	0.12
4_V	291_D	0.558	0.12
9_T	21_A	0.558	0.12
97_D	100_A	0.557	0.12
41_L	55_N	0.557	0.12
41_L	54_G	0.557	0.12
41_L	52_T	0.557	0.12
41_L	46_P	0.557	0.12
122_A	383_L	0.557	0.12
141_V	358_M	0.555	0.12
298_C	333_L	0.555	0.12
335_K	404_A	0.555	0.12
112_L	322_A	0.554	0.12
169_R	363_A	0.553	0.12
204_V	263_D	0.553	0.12
77_V	215_Y	0.551	0.12
307_F	404_A	0.551	0.12
21_A	209_T	0.551	0.12
157_W	185_A	0.550	0.12
20_Y	89_N	0.549	0.12
185_A	332_K	0.549	0.12
101_P	128_H	0.548	0.12
112_L	265_R	0.547	0.12
133_A	326_V	0.546	0.12
15_G	139_R	0.546	0.12
71_D	389_D	0.545	0.11
113_R	116_I	0.545	0.11
308_R	332_K	0.543	0.11
300_A	303_P	0.542	0.11
25_V	112_L	0.542	0.11
131_R	173_T	0.541	0.11
167_R	311_V	0.539	0.11
180_S	304_T	0.538	0.11
257_P	260_D	0.538	0.11
22_A	60_V	0.537	0.11
366_G	391_G	0.535	0.11
172_T	235_E	0.535	0.11
149_G	209_T	0.534	0.11
136_G	305_K	0.534	0.11
111_A	398_C	0.533	0.11
366_G	405_Q	0.533	0.11
211_G	327_A	0.533	0.11
259_A	262_R	0.532	0.11
20_Y	50_Y	0.532	0.11
66_P	269_V	0.531	0.11
19_T	41_L	0.528	0.11
17_C	41_L	0.528	0.11
248_G	367_Y	0.528	0.11
56_A	133_A	0.527	0.11
49_A	83_T	0.527	0.11
58_L	85_D	0.527	0.11
311_V	408_V	0.525	0.11
81_A	154_F	0.524	0.11
4_V	68_V	0.524	0.11
221_D	276_H	0.523	0.11
180_S	235_E	0.522	0.11
320_I	340_G	0.521	0.11
136_G	395_V	0.521	0.11
23_H	213_I	0.521	0.11
286_F	297_A	0.519	0.11
214_L	335_K	0.518	0.11
60_V	124_L	0.518	0.11
210_P	319_R	0.518	0.11
173_T	231_D	0.517	0.11
141_V	266_G	0.517	0.11
197_D	304_T	0.515	0.11
217_I	245_T	0.515	0.11
119_A	127_A	0.512	0.11
24_L	33_G	0.512	0.11
117_D	328_D	0.511	0.11
46_P	53_R	0.507	0.11
43_R	53_R	0.507	0.11
82_E	112_L	0.506	0.11
95_A	104_V	0.505	0.11
351_C	354_C	0.504	0.11
196_V	408_V	0.503	0.11
248_G	266_G	0.503	0.11
307_F	395_V	0.503	0.11
323_C	335_K	0.501	0.11
361_A	368_R	0.501	0.11
318_D	386_R	0.501	0.11
109_H	231_D	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3au7A	1	0.8333	100	0.213	Contact Map
3u02A	3	0.5833	100	0.481	Contact Map
4gnxB	1	0.2762	97.3	0.957	Contact Map
3e0eA	1	0.1976	97.1	0.958	Contact Map
3kdfD	2	0.269	95.5	0.964	Contact Map
4gn4B	1	0.2214	95.3	0.965	Contact Map
4joiA	1	0.3119	94.8	0.966	Contact Map
2k50A	1	0.2286	94.7	0.966	Contact Map
1vd4A	1	0.131	94	0.967	Contact Map
3dm3A	4	0.2024	93.9	0.967	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0115 seconds.