Y2112 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Y2112 - Putative HTH-type transcriptional regulatory protein VNG_2112C

UniProt:	Q9HNG7	Sequences: MSRSALIENVTAMLADAGFSVSDRCATRPKSFDVAARRGSDVVLMKVLVNIDAFDAETGAEMRRLGTYLHATPLVVGLRTRDEDLDPGVVYFRHGVPVFNPDTAMELFVDGIPPLVYAAPGGLYVNIDGDVLADRREDERLSLGQLASELGVSRRTVSKYEDGMNASIEVAMRLEDLFGGELTAPVDVMDGAEDVRDTDPTPDDPEAAPEDVPVLSVLARVGFEVHPTVQAPFKAVGEAGAGHDRLLTGHSAFTEAAVKRARIMSSVGEVTHTRAVYVVDEAGRESVDDTAIVEREELANVDDSEDLRDLLADRGDLQEA	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	320 (305)
Sequences:	151 (119)
Seq/√Len:	6.8

HALSA - Y2112
SULSO - Y942

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
48_L	54_F	4.470	0.98
19_F	48_L	3.981	0.95
7_I	169_E	2.847	0.79
182_L	307_L	2.781	0.77
32_F	233_F	2.780	0.77
303_D	307_L	2.773	0.77
97_P	166_A	2.566	0.71
113_P	179_G	2.382	0.65
75_V	128_D	2.327	0.63
66_G	259_K	2.320	0.63
76_V	104_A	2.296	0.62
73_P	171_A	2.284	0.61
104_A	271_T	2.225	0.59
51_I	129_G	2.213	0.59
45_M	225_V	2.194	0.58
144_G	154_R	2.126	0.56
74_L	116_V	2.109	0.55
45_M	309_D	2.075	0.54
100_N	299_A	2.061	0.53
237_G	292_I	2.054	0.53
88_G	106_E	2.046	0.53
74_L	169_E	1.961	0.49
132_L	307_L	1.954	0.49
32_F	77_G	1.949	0.49
120_P	155_R	1.941	0.49
141_L	260_R	1.936	0.49
182_L	230_Q	1.934	0.48
97_P	178_F	1.931	0.48
34_V	214_V	1.922	0.48
183_T	307_L	1.914	0.48
31_S	81_R	1.895	0.47
146_L	157_V	1.889	0.47
214_V	298_L	1.877	0.46
51_I	278_V	1.877	0.46
58_T	264_M	1.808	0.44
32_F	93_R	1.808	0.44
110_D	116_V	1.793	0.43
73_P	137_E	1.758	0.42
43_V	108_F	1.747	0.41
129_G	177_L	1.743	0.41
52_D	77_G	1.696	0.40
296_E	299_A	1.684	0.39
31_S	58_T	1.646	0.38
157_V	178_F	1.638	0.37
267_V	285_E	1.620	0.37
44_L	228_T	1.618	0.37
128_D	184_A	1.611	0.37
73_P	125_V	1.592	0.36
77_G	122_G	1.585	0.36
128_D	276_V	1.540	0.34
127_I	182_L	1.537	0.34
90_V	103_T	1.536	0.34
144_G	155_R	1.535	0.34
62_M	307_L	1.519	0.33
77_G	118_A	1.518	0.33
76_V	305_E	1.517	0.33
32_F	50_N	1.514	0.33
267_V	296_E	1.507	0.33
76_V	223_F	1.505	0.33
182_L	294_E	1.499	0.33
207_A	288_D	1.497	0.33
172_M	218_L	1.482	0.32
52_D	122_G	1.478	0.32
260_R	277_Y	1.465	0.32
65_L	237_G	1.440	0.31
74_L	167_S	1.440	0.31
29_P	120_P	1.436	0.31
19_F	198_T	1.426	0.30
54_F	128_D	1.410	0.30
50_N	77_G	1.409	0.30
61_E	297_E	1.407	0.30
86_D	121_G	1.392	0.29
77_G	222_G	1.387	0.29
150_L	178_F	1.380	0.29
182_L	295_R	1.378	0.29
91_Y	103_T	1.366	0.28
139_E	178_F	1.365	0.28
116_V	311_L	1.359	0.28
108_F	123_L	1.357	0.28
76_V	134_D	1.330	0.27
96_V	236_V	1.327	0.27
107_L	116_V	1.321	0.27
114_P	232_P	1.315	0.27
101_P	177_L	1.310	0.27
140_R	278_V	1.310	0.27
246_L	306_D	1.304	0.27
248_T	261_A	1.289	0.26
99_F	116_V	1.285	0.26
32_F	175_E	1.280	0.26
105_M	189_M	1.277	0.26
140_R	285_E	1.271	0.26
25_C	123_L	1.267	0.25
21_V	69_L	1.263	0.25
98_V	159_K	1.262	0.25
52_D	233_F	1.255	0.25
306_D	312_A	1.252	0.25
252_A	305_E	1.249	0.25
77_G	233_F	1.248	0.25
3_R	214_V	1.232	0.25
52_D	247_L	1.227	0.24
86_D	122_G	1.223	0.24
167_S	187_D	1.210	0.24
54_F	230_Q	1.208	0.24
51_I	182_L	1.204	0.24
47_V	194_D	1.200	0.24
43_V	280_D	1.197	0.24
147_A	171_A	1.192	0.23
132_L	170_V	1.190	0.23
48_L	75_V	1.190	0.23
153_S	258_V	1.186	0.23
220_R	230_Q	1.176	0.23
73_P	223_F	1.176	0.23
178_F	262_R	1.170	0.23
66_G	96_V	1.169	0.23
66_G	260_R	1.166	0.23
51_I	77_G	1.165	0.23
80_T	231_A	1.163	0.23
299_A	307_L	1.162	0.23
137_E	171_A	1.160	0.23
90_V	134_D	1.157	0.22
67_T	285_E	1.148	0.22
31_S	290_T	1.145	0.22
81_R	159_K	1.144	0.22
58_T	155_R	1.143	0.22
121_G	124_Y	1.142	0.22
98_V	273_T	1.139	0.22
248_T	276_V	1.137	0.22
62_M	82_D	1.135	0.22
166_A	286_S	1.135	0.22
127_I	148_S	1.133	0.22
174_L	182_L	1.133	0.22
120_P	158_S	1.125	0.22
43_V	153_S	1.122	0.22
29_P	158_S	1.122	0.22
44_L	181_E	1.113	0.21
8_E	311_L	1.113	0.21
173_R	256_A	1.109	0.21
102_D	274_R	1.108	0.21
104_A	107_L	1.102	0.21
256_A	311_L	1.100	0.21
175_E	233_F	1.100	0.21
93_R	175_E	1.097	0.21
100_N	211_D	1.095	0.21
122_G	248_T	1.092	0.21
71_A	175_E	1.091	0.21
93_R	233_F	1.083	0.21
147_A	225_V	1.081	0.21
22_S	232_P	1.079	0.20
37_R	97_P	1.077	0.20
3_R	169_E	1.077	0.20
131_V	292_I	1.074	0.20
98_V	186_V	1.069	0.20
32_F	51_I	1.065	0.20
251_S	290_T	1.064	0.20
173_R	251_S	1.057	0.20
54_F	78_L	1.050	0.20
19_F	38_R	1.041	0.20
61_E	193_E	1.040	0.20
163_G	174_L	1.036	0.19
187_D	285_E	1.034	0.19
81_R	98_V	1.033	0.19
34_V	204_D	1.033	0.19
164_M	266_S	1.023	0.19
16_D	74_L	1.019	0.19
105_M	260_R	1.018	0.19
48_L	77_G	1.017	0.19
148_S	269_E	1.015	0.19
95_G	270_V	1.010	0.19
10_V	244_D	1.009	0.19
86_D	116_V	1.004	0.19
26_A	83_E	1.003	0.19
7_I	258_V	1.001	0.19
116_V	280_D	0.996	0.19
103_T	125_V	0.994	0.18
77_G	93_R	0.991	0.18
75_V	277_Y	0.989	0.18
37_R	166_A	0.982	0.18
67_T	134_D	0.976	0.18
32_F	114_P	0.976	0.18
100_N	126_N	0.976	0.18
31_S	82_D	0.974	0.18
12_A	268_G	0.971	0.18
79_R	268_G	0.970	0.18
153_S	233_F	0.969	0.18
110_D	147_A	0.969	0.18
136_R	142_S	0.964	0.18
25_C	158_S	0.963	0.18
35_A	264_M	0.958	0.18
123_L	164_M	0.955	0.18
32_F	52_D	0.952	0.18
38_R	53_A	0.952	0.18
96_V	192_A	0.951	0.18
81_R	156_T	0.951	0.18
44_L	234_K	0.951	0.18
279_V	307_L	0.941	0.17
305_E	313_D	0.937	0.17
175_E	235_A	0.935	0.17
52_D	222_G	0.930	0.17
106_E	151_G	0.928	0.17
169_E	287_V	0.925	0.17
50_N	233_F	0.925	0.17
97_P	297_E	0.925	0.17
48_L	297_E	0.924	0.17
95_G	124_Y	0.924	0.17
21_V	274_R	0.923	0.17
21_V	144_G	0.907	0.17
181_E	185_P	0.907	0.17
116_V	146_L	0.903	0.16
81_R	290_T	0.899	0.16
154_R	222_G	0.897	0.16
197_D	267_V	0.896	0.16
56_A	96_V	0.887	0.16
89_V	313_D	0.885	0.16
78_L	268_G	0.884	0.16
115_L	263_I	0.881	0.16
17_A	29_P	0.876	0.16
182_L	279_V	0.872	0.16
51_I	99_F	0.872	0.16
267_V	293_V	0.870	0.16
120_P	162_D	0.870	0.16
155_R	158_S	0.866	0.16
88_G	231_A	0.865	0.16
168_I	239_A	0.863	0.16
132_L	248_T	0.859	0.16
72_T	277_Y	0.854	0.15
62_M	173_R	0.851	0.15
51_I	233_F	0.849	0.15
81_R	118_A	0.848	0.15
54_F	75_V	0.848	0.15
144_G	204_D	0.847	0.15
35_A	65_L	0.845	0.15
194_D	214_V	0.839	0.15
143_L	185_P	0.837	0.15
53_A	159_K	0.832	0.15
245_R	283_G	0.832	0.15
14_L	236_V	0.830	0.15
168_I	308_R	0.830	0.15
44_L	227_P	0.828	0.15
124_Y	143_L	0.828	0.15
105_M	267_V	0.825	0.15
92_F	120_P	0.816	0.15
237_G	249_G	0.815	0.15
18_G	180_G	0.813	0.15
26_A	76_V	0.809	0.15
47_V	219_A	0.808	0.15
138_D	162_D	0.807	0.15
115_L	178_F	0.806	0.15
100_N	296_E	0.805	0.15
14_L	48_L	0.805	0.15
196_R	278_V	0.805	0.15
231_A	247_L	0.805	0.15
63_R	306_D	0.800	0.14
99_F	312_A	0.799	0.14
71_A	79_R	0.798	0.14
69_L	268_G	0.797	0.14
144_G	151_G	0.797	0.14
223_F	297_E	0.790	0.14
123_L	290_T	0.790	0.14
101_P	178_F	0.788	0.14
55_D	275_A	0.786	0.14
130_D	230_Q	0.784	0.14
42_V	135_R	0.784	0.14
122_G	175_E	0.783	0.14
109_V	260_R	0.783	0.14
144_G	260_R	0.782	0.14
150_L	157_V	0.780	0.14
128_D	159_K	0.777	0.14
156_T	169_E	0.774	0.14
45_M	224_E	0.773	0.14
94_H	104_A	0.772	0.14
85_L	163_G	0.772	0.14
19_F	37_R	0.771	0.14
90_V	172_M	0.769	0.14
285_E	311_L	0.767	0.14
18_G	85_L	0.764	0.14
178_F	205_P	0.764	0.14
118_A	146_L	0.757	0.14
30_K	291_A	0.757	0.14
286_S	314_R	0.756	0.14
77_G	175_E	0.756	0.14
109_V	135_R	0.754	0.14
74_L	101_P	0.751	0.14
127_I	132_L	0.749	0.14
33_D	160_Y	0.748	0.13
87_P	116_V	0.747	0.13
32_F	36_A	0.746	0.13
19_F	54_F	0.744	0.13
187_D	208_A	0.742	0.13
138_D	176_D	0.739	0.13
182_L	304_S	0.737	0.13
88_G	168_I	0.733	0.13
91_Y	114_P	0.729	0.13
135_R	139_E	0.728	0.13
43_V	177_L	0.725	0.13
158_S	266_S	0.723	0.13
258_V	296_E	0.718	0.13
69_L	103_T	0.716	0.13
61_E	97_P	0.716	0.13
55_D	62_M	0.715	0.13
107_L	307_L	0.715	0.13
90_V	293_V	0.714	0.13
158_S	173_R	0.714	0.13
168_I	223_F	0.714	0.13
174_L	257_A	0.712	0.13
104_A	108_F	0.710	0.13
131_V	156_T	0.710	0.13
164_M	290_T	0.708	0.13
48_L	128_D	0.707	0.13
147_A	189_M	0.707	0.13
101_P	169_E	0.706	0.13
50_N	297_E	0.706	0.13
32_F	122_G	0.704	0.13
70_H	194_D	0.703	0.13
118_A	122_G	0.701	0.13
169_E	182_L	0.701	0.13
103_T	118_A	0.697	0.13
293_V	299_A	0.694	0.13
6_L	123_L	0.691	0.13
50_N	97_P	0.688	0.12
99_F	130_D	0.685	0.12
8_E	186_V	0.685	0.12
194_D	220_R	0.683	0.12
38_R	48_L	0.682	0.12
93_R	153_S	0.681	0.12
96_V	313_D	0.679	0.12
47_V	267_V	0.677	0.12
44_L	169_E	0.676	0.12
77_G	91_Y	0.676	0.12
304_S	314_R	0.675	0.12
278_V	284_R	0.675	0.12
279_V	294_E	0.674	0.12
289_D	292_I	0.673	0.12
79_R	111_G	0.673	0.12
53_A	96_V	0.672	0.12
128_D	176_D	0.671	0.12
40_S	280_D	0.671	0.12
31_S	266_S	0.671	0.12
48_L	97_P	0.669	0.12
142_S	160_Y	0.667	0.12
69_L	277_Y	0.667	0.12
114_P	118_A	0.666	0.12
47_V	154_R	0.665	0.12
96_V	212_V	0.664	0.12
58_T	120_P	0.663	0.12
116_V	206_E	0.662	0.12
182_L	221_V	0.662	0.12
169_E	218_L	0.662	0.12
150_L	266_S	0.661	0.12
14_L	222_G	0.660	0.12
47_V	236_V	0.660	0.12
156_T	164_M	0.660	0.12
76_V	153_S	0.657	0.12
114_P	175_E	0.656	0.12
94_H	159_K	0.652	0.12
50_N	228_T	0.652	0.12
54_F	184_A	0.646	0.12
18_G	141_L	0.646	0.12
56_A	98_V	0.645	0.12
86_D	307_L	0.642	0.12
140_R	156_T	0.641	0.12
246_L	288_D	0.641	0.12
136_R	160_Y	0.639	0.12
176_D	179_G	0.639	0.12
129_G	298_L	0.637	0.12
10_V	231_A	0.637	0.12
278_V	306_D	0.637	0.12
127_I	278_V	0.636	0.12
198_T	278_V	0.636	0.12
47_V	186_V	0.632	0.12
172_M	238_E	0.630	0.12
21_V	72_T	0.627	0.11
74_L	138_D	0.625	0.11
62_M	97_P	0.623	0.11
174_L	245_R	0.622	0.11
13_M	66_G	0.617	0.11
137_E	181_E	0.616	0.11
227_P	291_A	0.615	0.11
57_E	105_M	0.614	0.11
36_A	233_F	0.613	0.11
7_I	281_E	0.612	0.11
3_R	50_N	0.611	0.11
70_H	281_E	0.609	0.11
30_K	34_V	0.609	0.11
116_V	157_V	0.609	0.11
74_L	190_D	0.606	0.11
50_N	54_F	0.604	0.11
246_L	312_A	0.602	0.11
29_P	82_D	0.601	0.11
161_E	232_P	0.600	0.11
115_L	266_S	0.600	0.11
10_V	166_A	0.599	0.11
95_G	211_D	0.599	0.11
76_V	189_M	0.597	0.11
32_F	118_A	0.596	0.11
102_D	230_Q	0.593	0.11
59_G	272_H	0.592	0.11
128_D	223_F	0.588	0.11
68_Y	126_N	0.587	0.11
96_V	176_D	0.585	0.11
65_L	185_P	0.585	0.11
71_A	147_A	0.584	0.11
56_A	176_D	0.583	0.11
85_L	260_R	0.581	0.11
158_S	234_K	0.579	0.11
73_P	122_G	0.576	0.11
173_R	311_L	0.574	0.11
34_V	41_D	0.573	0.11
207_A	228_T	0.573	0.11
156_T	227_P	0.568	0.11
69_L	164_M	0.564	0.11
236_V	262_R	0.564	0.11
53_A	166_A	0.564	0.11
143_L	256_A	0.560	0.11
67_T	138_D	0.559	0.10
5_A	23_D	0.559	0.10
75_V	312_A	0.556	0.10
45_M	129_G	0.556	0.10
152_V	261_A	0.556	0.10
47_V	245_R	0.555	0.10
60_A	279_V	0.555	0.10
103_T	143_L	0.552	0.10
27_T	123_L	0.552	0.10
57_E	100_N	0.551	0.10
86_D	234_K	0.551	0.10
112_I	305_E	0.549	0.10
153_S	161_E	0.548	0.10
37_R	314_R	0.547	0.10
221_V	280_D	0.546	0.10
155_R	290_T	0.545	0.10
19_F	22_S	0.542	0.10
3_R	22_S	0.541	0.10
134_D	138_D	0.541	0.10
98_V	105_M	0.535	0.10
35_A	213_P	0.534	0.10
107_L	271_T	0.534	0.10
152_V	248_T	0.533	0.10
39_G	157_V	0.530	0.10
13_M	45_M	0.530	0.10
35_A	294_E	0.530	0.10
174_L	274_R	0.528	0.10
214_V	294_E	0.528	0.10
182_L	299_A	0.527	0.10
46_K	93_R	0.525	0.10
109_V	275_A	0.524	0.10
46_K	160_Y	0.524	0.10
95_G	171_A	0.521	0.10
85_L	174_L	0.521	0.10
43_V	189_M	0.520	0.10
297_E	314_R	0.519	0.10
132_L	156_T	0.513	0.10
46_K	91_Y	0.510	0.10
133_A	308_R	0.509	0.10
85_L	91_Y	0.507	0.10
27_T	275_A	0.506	0.10
69_L	155_R	0.505	0.10
44_L	62_M	0.501	0.10
125_V	178_F	0.500	0.10
123_L	185_P	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2a6cA	2	0.2313	98.7	0.898	Contact Map
3tysA	2	0.2344	98.5	0.906	Contact Map
2ppxA	4	0.1906	98.5	0.906	Contact Map
3qq6A	2	0.2156	98.5	0.906	Contact Map
2l49A	2	0.2969	98.4	0.907	Contact Map
2xi8A	2	0.2031	98.4	0.908	Contact Map
4jcyA	2	0.2719	98.4	0.908	Contact Map
3fmyA	2	0.1844	98.3	0.909	Contact Map
1b0nA	2	0.3156	98.3	0.91	Contact Map
1r69A	1	0.1969	98.3	0.91	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0095 seconds.