RF1 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

RF1 - Peptide chain release factor subunit 1

UniProt:	Q9HNF0	Sequences: MSEQDEVPSEDRRKYEFRKVIEELKDYEGSGTQLVTIYIPPDKQISDVVAHVTQEHSEASNIKSKQTRTNVQDALTSIKDRLRYYDTFPPDNGMVVFSGAVDSGGGRTDMVTEVLESPPQPIESFRYHCDSAFLTEPLAEMLGDKGLYGLIVLDRRESNVGWLKGKRVQPVKSAESLVPGKQRKGGQSAQRFARLRLEAIDNFYQEVAGMADDLFVPKRHEIDGILVGGPSPTKDEFLDGDYLHHELQDKVLGKFDVSYTDESGLSDLVDAGQAALAEADLMDDKSDMEEFFEELNGGKLATYGFEQTRRNLIMGSVDRLLVSEDLREDVVIYECPNDHEEYETIDRRNTSPEHTCSDCGEEATEVDREDAIDHLMSIADQRGTETHFISTDFEKGEQLLTAFGGYAGILRYSTGV	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	416 (401)
Sequences:	396 (238)
Seq/√Len:	11.9

HALSA - RF1
SULSO - RF1

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
151_I	211_A	7.231	1.00
43_K	47_D	5.571	1.00
39_I	48_V	5.047	1.00
335_C	338_D	4.728	1.00
356_C	359_C	4.538	1.00
335_C	356_C	3.830	0.99
161_G	170_P	3.808	0.99
58_E	72_Q	3.761	0.99
238_L	251_V	3.723	0.99
378_I	381_Q	3.548	0.98
40_P	262_E	3.424	0.98
25_K	139_A	3.340	0.98
290_E	319_R	3.303	0.98
50_A	54_Q	2.945	0.95
306_E	310_R	2.836	0.94
344_T	347_R	2.758	0.93
342_Y	347_R	2.716	0.92
317_V	320_L	2.599	0.91
88_F	164_K	2.590	0.90
227_V	238_L	2.565	0.90
335_C	359_C	2.561	0.90
343_E	347_R	2.472	0.88
21_I	205_Q	2.470	0.88
225_I	247_L	2.406	0.87
295_L	303_Y	2.376	0.86
250_K	412_Y	2.345	0.85
338_D	363_A	2.342	0.85
153_L	158_S	2.338	0.85
344_T	349_N	2.284	0.84
196_R	200_I	2.202	0.81
12_R	96_V	2.140	0.79
158_S	413_S	2.095	0.78
338_D	359_C	2.091	0.78
17_F	137_P	2.046	0.76
302_T	408_G	2.010	0.75
379_A	384_T	1.985	0.74
146_G	223_D	1.941	0.72
288_M	389_I	1.938	0.72
161_G	265_L	1.914	0.71
299_K	413_S	1.901	0.70
78_I	98_S	1.861	0.69
342_Y	346_D	1.850	0.68
338_D	356_C	1.848	0.68
252_L	275_A	1.820	0.67
205_Q	242_Y	1.815	0.67
287_D	387_H	1.796	0.66
347_R	354_H	1.791	0.66
95_V	365_E	1.785	0.65
198_E	202_N	1.784	0.65
158_S	207_V	1.778	0.65
375_L	383_G	1.768	0.65
256_D	259_Y	1.724	0.62
371_A	375_L	1.720	0.62
13_R	20_V	1.696	0.61
81_R	257_V	1.653	0.59
14_K	217_P	1.645	0.59
185_G	194_R	1.635	0.58
182_Q	185_G	1.623	0.58
133_F	165_G	1.618	0.57
308_T	408_G	1.614	0.57
118_P	133_F	1.599	0.56
226_L	272_G	1.596	0.56
331_V	345_I	1.592	0.56
70_N	100_A	1.587	0.56
81_R	112_T	1.586	0.56
365_E	388_F	1.577	0.55
245_H	249_D	1.575	0.55
150_L	268_L	1.574	0.55
170_P	393_F	1.560	0.55
95_V	119_P	1.555	0.54
343_E	346_D	1.548	0.54
241_D	248_Q	1.547	0.54
310_R	313_I	1.542	0.54
60_S	66_Q	1.541	0.54
192_F	196_R	1.536	0.53
267_D	308_T	1.516	0.52
131_S	161_G	1.502	0.52
62_I	71_V	1.500	0.52
106_G	140_E	1.489	0.51
236_E	239_D	1.484	0.51
331_V	344_T	1.464	0.50
78_I	384_T	1.462	0.50
70_N	110_M	1.452	0.49
345_I	348_R	1.450	0.49
60_S	251_V	1.437	0.48
204_Y	232_P	1.426	0.48
69_T	76_T	1.409	0.47
90_P	215_F	1.408	0.47
10_E	13_R	1.405	0.47
302_T	338_D	1.402	0.47
98_S	112_T	1.400	0.47
99_G	118_P	1.376	0.45
184_K	200_I	1.374	0.45
54_Q	57_S	1.365	0.45
11_D	106_G	1.365	0.45
11_D	239_D	1.363	0.45
379_A	399_L	1.360	0.45
206_E	393_F	1.358	0.44
346_D	365_E	1.357	0.44
29_G	34_L	1.349	0.44
100_A	108_T	1.347	0.44
331_V	348_R	1.329	0.43
29_G	32_T	1.326	0.43
63_K	71_V	1.323	0.43
19_K	40_P	1.322	0.43
342_Y	348_R	1.317	0.42
26_D	225_I	1.312	0.42
163_L	167_R	1.308	0.42
90_P	99_G	1.301	0.42
283_D	409_I	1.290	0.41
19_K	376_M	1.289	0.41
36_T	39_I	1.282	0.41
188_S	191_R	1.275	0.40
73_D	400_L	1.273	0.40
348_R	385_E	1.267	0.40
290_E	294_E	1.265	0.40
188_S	192_F	1.265	0.40
118_P	165_G	1.259	0.40
18_R	151_I	1.259	0.40
32_T	71_V	1.258	0.40
256_D	264_G	1.254	0.39
226_L	275_A	1.251	0.39
347_R	368_R	1.250	0.39
281_L	412_Y	1.245	0.39
342_Y	345_I	1.242	0.39
13_R	16_E	1.229	0.38
343_E	365_E	1.225	0.38
337_N	359_C	1.224	0.38
80_D	108_T	1.220	0.38
22_E	26_D	1.214	0.37
51_H	125_F	1.204	0.37
332_I	367_D	1.202	0.37
73_D	98_S	1.200	0.37
84_Y	258_S	1.184	0.36
129_C	165_G	1.183	0.36
262_E	296_N	1.179	0.36
106_G	373_D	1.176	0.36
308_T	407_A	1.172	0.36
350_T	366_V	1.170	0.35
32_T	63_K	1.169	0.35
99_G	133_F	1.169	0.35
55_E	63_K	1.159	0.35
152_V	257_V	1.155	0.35
177_L	232_P	1.154	0.35
135_T	348_R	1.148	0.34
366_V	384_T	1.147	0.34
126_R	225_I	1.146	0.34
32_T	62_I	1.144	0.34
291_F	295_L	1.137	0.34
336_P	361_E	1.133	0.34
355_T	362_E	1.132	0.34
39_I	82_L	1.128	0.34
239_D	298_G	1.123	0.33
65_K	69_T	1.122	0.33
344_T	348_R	1.119	0.33
374_H	378_I	1.117	0.33
63_K	74_A	1.113	0.33
12_R	317_V	1.112	0.33
321_L	386_T	1.109	0.33
197_L	245_H	1.108	0.33
341_E	377_S	1.096	0.32
337_N	372_I	1.090	0.32
302_T	392_D	1.086	0.32
155_R	228_G	1.083	0.32
355_T	388_F	1.074	0.31
317_V	408_G	1.071	0.31
178_V	237_F	1.068	0.31
125_F	135_T	1.068	0.31
33_Q	308_T	1.068	0.31
204_Y	237_F	1.067	0.31
329_D	368_R	1.055	0.30
14_K	17_F	1.054	0.30
112_T	239_D	1.054	0.30
341_E	363_A	1.047	0.30
307_Q	310_R	1.046	0.30
102_D	113_E	1.045	0.30
309_R	322_V	1.044	0.30
388_F	413_S	1.044	0.30
314_M	322_V	1.041	0.30
220_H	250_K	1.039	0.30
134_L	137_P	1.035	0.30
191_R	229_G	1.033	0.29
335_C	363_A	1.030	0.29
338_D	341_E	1.026	0.29
290_E	306_E	1.020	0.29
319_R	385_E	1.012	0.29
118_P	129_C	0.998	0.28
25_K	135_T	0.994	0.28
98_S	253_G	0.994	0.28
95_V	140_E	0.993	0.28
220_H	384_T	0.990	0.28
329_D	344_T	0.988	0.28
40_P	166_K	0.985	0.28
59_A	71_V	0.984	0.27
25_K	147_L	0.984	0.27
181_K	234_K	0.981	0.27
10_E	38_Y	0.981	0.27
207_V	243_L	0.977	0.27
183_R	189_A	0.977	0.27
157_E	246_E	0.977	0.27
199_A	272_G	0.971	0.27
154_D	181_K	0.969	0.27
358_D	377_S	0.968	0.27
205_Q	209_G	0.967	0.27
312_L	317_V	0.963	0.27
253_G	371_A	0.962	0.27
180_G	230_P	0.959	0.26
90_P	118_P	0.955	0.26
140_E	322_V	0.954	0.26
225_I	380_D	0.948	0.26
74_A	99_G	0.946	0.26
14_K	289_E	0.943	0.26
155_R	200_I	0.941	0.26
34_L	38_Y	0.939	0.26
101_V	375_L	0.939	0.26
182_Q	188_S	0.936	0.26
200_I	227_V	0.934	0.26
148_Y	168_V	0.930	0.25
36_T	126_R	0.929	0.25
27_Y	125_F	0.929	0.25
76_T	308_T	0.927	0.25
78_I	220_H	0.926	0.25
63_K	129_C	0.924	0.25
384_T	408_G	0.923	0.25
10_E	14_K	0.921	0.25
174_A	207_V	0.921	0.25
12_R	373_D	0.919	0.25
212_D	220_H	0.918	0.25
14_K	296_N	0.915	0.25
274_A	406_Y	0.914	0.25
186_G	191_R	0.914	0.25
11_D	110_M	0.909	0.25
312_L	320_L	0.908	0.25
252_L	363_A	0.908	0.25
191_R	196_R	0.907	0.25
343_E	348_R	0.906	0.24
176_S	260_T	0.906	0.24
357_S	364_T	0.903	0.24
21_I	241_D	0.898	0.24
158_S	250_K	0.895	0.24
202_N	308_T	0.895	0.24
343_E	349_N	0.894	0.24
331_V	347_R	0.893	0.24
216_V	246_E	0.890	0.24
331_V	387_H	0.883	0.24
42_D	103_S	0.883	0.24
344_T	350_T	0.878	0.23
157_E	228_G	0.877	0.23
341_E	368_R	0.876	0.23
53_T	305_F	0.875	0.23
69_T	73_D	0.873	0.23
331_V	346_D	0.872	0.23
346_D	357_S	0.868	0.23
311_N	381_Q	0.864	0.23
134_L	222_I	0.863	0.23
272_G	409_I	0.859	0.23
40_P	48_V	0.859	0.23
259_Y	264_G	0.853	0.23
197_L	363_A	0.851	0.22
228_G	335_C	0.851	0.22
43_K	48_V	0.850	0.22
99_G	165_G	0.846	0.22
230_P	267_D	0.836	0.22
158_S	203_F	0.836	0.22
26_D	347_R	0.836	0.22
331_V	343_E	0.830	0.22
257_V	335_C	0.830	0.22
345_I	353_E	0.826	0.22
14_K	342_Y	0.826	0.22
197_L	341_E	0.826	0.22
343_E	361_E	0.821	0.21
173_S	262_E	0.821	0.21
90_P	133_F	0.818	0.21
331_V	342_Y	0.817	0.21
235_D	238_L	0.811	0.21
30_S	33_Q	0.809	0.21
63_K	187_Q	0.808	0.21
334_E	412_Y	0.804	0.21
332_I	356_C	0.804	0.21
36_T	373_D	0.802	0.21
188_S	234_K	0.802	0.21
207_V	247_L	0.802	0.21
29_G	129_C	0.800	0.21
248_Q	376_M	0.799	0.21
191_R	194_R	0.797	0.21
220_H	225_I	0.796	0.21
32_T	61_N	0.795	0.21
186_G	194_R	0.793	0.21
22_E	322_V	0.793	0.21
45_I	409_I	0.792	0.20
17_F	46_S	0.790	0.20
54_Q	406_Y	0.787	0.20
234_K	256_D	0.786	0.20
97_F	112_T	0.786	0.20
153_L	294_E	0.786	0.20
195_L	199_A	0.784	0.20
375_L	391_T	0.783	0.20
291_F	325_D	0.783	0.20
96_V	112_T	0.781	0.20
312_L	315_G	0.779	0.20
336_P	342_Y	0.776	0.20
135_T	400_L	0.775	0.20
265_L	269_V	0.775	0.20
300_L	404_G	0.773	0.20
239_D	343_E	0.773	0.20
248_Q	289_E	0.772	0.20
23_E	242_Y	0.770	0.20
238_L	365_E	0.768	0.20
274_A	367_D	0.767	0.20
39_I	54_Q	0.765	0.20
99_G	129_C	0.763	0.20
284_D	387_H	0.763	0.20
341_E	346_D	0.761	0.20
331_V	400_L	0.760	0.19
255_F	407_A	0.756	0.19
389_I	399_L	0.756	0.19
306_E	349_N	0.756	0.19
331_V	365_E	0.756	0.19
343_E	397_E	0.754	0.19
346_D	351_S	0.750	0.19
104_G	394_E	0.750	0.19
15_Y	30_S	0.750	0.19
55_E	74_A	0.749	0.19
165_G	188_S	0.747	0.19
104_G	302_T	0.746	0.19
255_F	268_L	0.746	0.19
154_D	285_K	0.746	0.19
85_Y	115_L	0.745	0.19
218_K	373_D	0.742	0.19
363_A	377_S	0.741	0.19
339_H	357_S	0.739	0.19
128_H	132_A	0.738	0.19
145_K	244_H	0.736	0.19
303_Y	408_G	0.733	0.19
344_T	366_V	0.733	0.19
185_G	234_K	0.732	0.19
21_I	106_G	0.730	0.19
59_A	196_R	0.729	0.19
302_T	319_R	0.729	0.19
36_T	343_E	0.729	0.19
365_E	377_S	0.728	0.18
239_D	348_R	0.724	0.18
35_V	294_E	0.722	0.18
365_E	368_R	0.722	0.18
374_H	386_T	0.722	0.18
12_R	16_E	0.721	0.18
94_M	244_H	0.720	0.18
129_C	276_L	0.720	0.18
126_R	141_M	0.719	0.18
165_G	234_K	0.719	0.18
288_M	304_G	0.718	0.18
69_T	302_T	0.715	0.18
115_L	284_D	0.714	0.18
106_G	126_R	0.713	0.18
343_E	354_H	0.713	0.18
109_D	275_A	0.712	0.18
10_E	331_V	0.712	0.18
290_E	365_E	0.710	0.18
100_A	109_D	0.710	0.18
60_S	72_Q	0.710	0.18
243_L	257_V	0.710	0.18
19_K	372_I	0.709	0.18
239_D	349_N	0.709	0.18
345_I	351_S	0.707	0.18
36_T	298_G	0.705	0.18
17_F	336_P	0.705	0.18
83_R	129_C	0.703	0.18
12_R	73_D	0.703	0.18
189_A	265_L	0.702	0.18
399_L	407_A	0.702	0.18
205_Q	240_G	0.701	0.18
55_E	61_N	0.699	0.18
10_E	344_T	0.699	0.18
391_T	400_L	0.698	0.18
122_I	324_E	0.698	0.18
190_Q	193_A	0.696	0.18
18_R	331_V	0.696	0.18
134_L	225_I	0.694	0.17
245_H	293_E	0.693	0.17
151_I	373_D	0.692	0.17
244_H	280_D	0.692	0.17
136_E	140_E	0.691	0.17
23_E	217_P	0.691	0.17
32_T	55_E	0.691	0.17
37_I	302_T	0.689	0.17
78_I	413_S	0.687	0.17
40_P	44_Q	0.687	0.17
50_A	204_Y	0.686	0.17
143_G	345_I	0.686	0.17
71_V	118_P	0.685	0.17
144_D	342_Y	0.684	0.17
198_E	232_P	0.682	0.17
342_Y	349_N	0.681	0.17
230_P	233_T	0.681	0.17
38_Y	300_L	0.681	0.17
129_C	187_Q	0.678	0.17
319_R	408_G	0.678	0.17
32_T	74_A	0.674	0.17
351_S	355_T	0.673	0.17
63_K	133_F	0.671	0.17
256_D	403_F	0.670	0.17
27_Y	111_V	0.670	0.17
78_I	88_F	0.670	0.17
184_K	393_F	0.669	0.17
217_P	286_S	0.668	0.17
14_K	248_Q	0.663	0.17
13_R	218_K	0.663	0.17
215_F	256_D	0.663	0.17
304_G	412_Y	0.662	0.17
11_D	197_L	0.661	0.17
289_E	302_T	0.660	0.17
17_F	104_G	0.659	0.16
344_T	354_H	0.657	0.16
291_F	309_R	0.657	0.16
338_D	377_S	0.655	0.16
345_I	349_N	0.653	0.16
239_D	248_Q	0.649	0.16
345_I	389_I	0.648	0.16
259_Y	403_F	0.646	0.16
345_I	354_H	0.644	0.16
95_V	241_D	0.641	0.16
160_V	174_A	0.640	0.16
350_T	397_E	0.640	0.16
146_G	239_D	0.639	0.16
204_Y	309_R	0.637	0.16
63_K	118_P	0.637	0.16
22_E	27_Y	0.636	0.16
14_K	106_G	0.634	0.16
341_E	344_T	0.634	0.16
96_V	255_F	0.633	0.16
39_I	171_V	0.632	0.16
329_D	347_R	0.632	0.16
32_T	129_C	0.630	0.16
350_T	356_C	0.629	0.16
217_P	239_D	0.629	0.16
32_T	259_Y	0.628	0.16
75_L	183_R	0.627	0.16
158_S	236_E	0.627	0.16
273_Q	292_F	0.626	0.16
331_V	368_R	0.625	0.16
29_G	64_S	0.624	0.16
71_V	187_Q	0.622	0.16
55_E	181_K	0.620	0.15
254_K	263_S	0.619	0.15
129_C	264_G	0.619	0.15
193_A	338_D	0.617	0.15
58_E	67_T	0.617	0.15
108_T	309_R	0.617	0.15
81_R	87_T	0.616	0.15
222_I	225_I	0.616	0.15
96_V	274_A	0.614	0.15
241_D	360_G	0.614	0.15
129_C	154_D	0.614	0.15
224_G	276_L	0.613	0.15
397_E	407_A	0.613	0.15
61_N	129_C	0.612	0.15
136_E	144_D	0.612	0.15
347_R	353_E	0.610	0.15
55_E	62_I	0.610	0.15
196_R	269_V	0.608	0.15
21_I	227_V	0.607	0.15
14_K	347_R	0.606	0.15
360_G	367_D	0.606	0.15
11_D	289_E	0.605	0.15
60_S	130_D	0.603	0.15
32_T	67_T	0.603	0.15
13_R	348_R	0.601	0.15
188_S	229_G	0.601	0.15
100_A	111_V	0.600	0.15
161_G	169_Q	0.600	0.15
99_G	264_G	0.599	0.15
51_H	240_G	0.599	0.15
96_V	275_A	0.598	0.15
13_R	254_K	0.598	0.15
100_A	110_M	0.598	0.15
229_G	237_F	0.597	0.15
338_D	385_E	0.596	0.15
106_G	319_R	0.595	0.15
192_F	195_L	0.594	0.15
317_V	394_E	0.593	0.15
214_L	322_V	0.592	0.15
109_D	344_T	0.591	0.15
32_T	187_Q	0.590	0.15
62_I	259_Y	0.589	0.15
155_R	196_R	0.588	0.15
98_S	384_T	0.588	0.15
160_V	250_K	0.586	0.15
37_I	52_V	0.585	0.15
251_V	318_D	0.585	0.15
62_I	187_Q	0.585	0.15
12_R	331_V	0.584	0.15
373_D	389_I	0.583	0.15
68_R	251_V	0.581	0.14
69_T	200_I	0.579	0.14
32_T	234_K	0.579	0.14
356_C	394_E	0.578	0.14
42_D	217_P	0.578	0.14
191_R	195_L	0.575	0.14
223_D	245_H	0.575	0.14
30_S	50_A	0.573	0.14
80_D	106_G	0.573	0.14
225_I	282_M	0.573	0.14
15_Y	38_Y	0.573	0.14
34_L	67_T	0.573	0.14
133_F	163_L	0.571	0.14
310_R	314_M	0.570	0.14
49_V	79_K	0.568	0.14
197_L	252_L	0.567	0.14
142_L	206_E	0.567	0.14
314_M	408_G	0.567	0.14
185_G	188_S	0.566	0.14
252_L	286_S	0.564	0.14
344_T	365_E	0.563	0.14
66_Q	130_D	0.563	0.14
328_E	345_I	0.562	0.14
98_S	258_S	0.560	0.14
189_A	208_A	0.559	0.14
48_V	400_L	0.559	0.14
182_Q	209_G	0.557	0.14
65_K	262_E	0.557	0.14
56_H	153_L	0.557	0.14
35_V	106_G	0.556	0.14
347_R	369_E	0.556	0.14
361_E	381_Q	0.556	0.14
349_N	357_S	0.555	0.14
29_G	59_A	0.555	0.14
11_D	345_I	0.554	0.14
45_I	140_E	0.554	0.14
31_G	117_S	0.554	0.14
52_V	321_L	0.554	0.14
182_Q	194_R	0.552	0.14
190_Q	194_R	0.551	0.14
331_V	341_E	0.549	0.14
97_F	119_P	0.547	0.14
216_V	222_I	0.547	0.14
254_K	408_G	0.546	0.14
148_Y	277_A	0.545	0.14
224_G	234_K	0.543	0.14
189_A	211_A	0.542	0.14
34_L	70_N	0.542	0.14
61_N	71_V	0.541	0.13
198_E	308_T	0.539	0.13
59_A	159_N	0.539	0.13
203_F	217_P	0.538	0.13
187_Q	203_F	0.538	0.13
96_V	270_D	0.537	0.13
284_D	388_F	0.535	0.13
349_N	365_E	0.535	0.13
180_G	185_G	0.534	0.13
99_G	187_Q	0.532	0.13
14_K	343_E	0.531	0.13
16_E	261_D	0.531	0.13
342_Y	352_P	0.530	0.13
347_R	352_P	0.529	0.13
129_C	133_F	0.529	0.13
62_I	133_F	0.529	0.13
63_K	93_G	0.528	0.13
344_T	353_E	0.528	0.13
219_R	302_T	0.527	0.13
95_V	113_E	0.527	0.13
176_S	203_F	0.527	0.13
87_T	213_D	0.527	0.13
113_E	243_L	0.527	0.13
350_T	364_T	0.527	0.13
80_D	409_I	0.526	0.13
17_F	343_E	0.526	0.13
150_L	265_L	0.525	0.13
214_L	408_G	0.525	0.13
14_K	265_L	0.525	0.13
339_H	346_D	0.523	0.13
337_N	351_S	0.521	0.13
345_I	350_T	0.521	0.13
299_K	357_S	0.521	0.13
35_V	123_E	0.520	0.13
10_E	377_S	0.520	0.13
19_K	26_D	0.518	0.13
209_G	308_T	0.517	0.13
182_Q	393_F	0.517	0.13
37_I	324_E	0.517	0.13
133_F	161_G	0.517	0.13
45_I	305_F	0.517	0.13
239_D	253_G	0.516	0.13
64_S	129_C	0.516	0.13
168_V	178_V	0.515	0.13
62_I	188_S	0.514	0.13
14_K	364_T	0.514	0.13
181_K	256_D	0.513	0.13
359_C	370_D	0.513	0.13
41_P	257_V	0.511	0.13
102_D	226_L	0.510	0.13
80_D	321_L	0.510	0.13
63_K	67_T	0.510	0.13
125_F	227_V	0.509	0.13
65_K	407_A	0.509	0.13
107_R	241_D	0.507	0.13
236_E	312_L	0.507	0.13
26_D	406_Y	0.505	0.13
104_G	364_T	0.504	0.13
197_L	236_E	0.504	0.13
385_E	397_E	0.503	0.13
214_L	391_T	0.500	0.13
200_I	237_F	0.500	0.13

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1dt9A	1	0.9423	100	0.252	Contact Map
4crnX	1	0.9856	100	0.276	Contact Map
3e20C	1	0.5962	100	0.283	Contact Map
4af1A	1	0.9736	100	0.304	Contact Map
3agkA	1	0.8197	100	0.351	Contact Map
2qi2A	1	0.7091	100	0.489	Contact Map
4crmX	1	0.6514	100	0.51	Contact Map
3mcaB	1	0.75	100	0.525	Contact Map
2vgnA	1	0.774	100	0.53	Contact Map
3obyA	1	0.7428	100	0.537	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0122 seconds.