BLH - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

BLH - Probable beta-carotene 15,15'-dioxygenase Blh

UniProt:	Q9HNE6	Sequences: MGASPVALTPLTARARRTLARPALALGWVAISIAALPAITGVSLSPTARYAPLVASAVVFGMPHGAIDYLALPRAVTGTVTVRWLAVVGVLYLVLGGGYAAAWFFAPVPAAFAFVAITWLHWGQGDLYPLLDFLDVDYLDTRPRRAATVLIRGGLPMLVPLLGFPERYRSVVDAFAAPFGGSVGDLAVFDPRVRLWLGVAFAAATVAVLAAGRRRTHSPGAWRVDAAETLLLWVFFFVVPPVFAVGVYFCVWHSVRHVARAIAVDGSVHPSLRAGDILGPLARFGVEAAPMTAAALALGGVLWWAVPNPPTTLESGAALYLVLIAVLTLPHVAVVTWMDRVQGVL	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	345 (291)
Sequences:	213 (184)
Seq/√Len:	10.8

HALSA - BLH BRP

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
241_P	257_H	4.051	0.99
122_W	245_V	3.527	0.98
72_L	88_V	3.221	0.96
241_P	327_L	3.125	0.95
68_D	253_H	2.995	0.94
61_G	253_H	2.995	0.94
61_G	121_H	2.995	0.94
68_D	121_H	2.995	0.94
121_H	253_H	2.995	0.94
61_G	68_D	2.995	0.94
228_E	256_R	2.869	0.92
123_G	153_G	2.840	0.92
257_H	335_V	2.457	0.85
118_T	122_W	2.373	0.83
257_H	327_L	2.366	0.83
126_D	257_H	2.196	0.77
254_S	261_A	2.174	0.77
118_T	245_V	2.138	0.75
175_F	250_C	2.089	0.74
125_G	256_R	2.081	0.73
61_G	114_F	2.075	0.73
114_F	253_H	2.075	0.73
114_F	121_H	2.075	0.73
68_D	114_F	2.075	0.73
99_Y	326_V	2.049	0.72
241_P	256_R	2.035	0.72
250_C	323_L	1.968	0.69
99_Y	324_I	1.921	0.67
257_H	261_A	1.862	0.64
57_A	325_A	1.846	0.64
118_T	326_V	1.834	0.63
126_D	256_R	1.828	0.63
99_Y	325_A	1.793	0.61
153_G	330_P	1.761	0.60
122_W	253_H	1.751	0.59
61_G	122_W	1.751	0.59
68_D	122_W	1.751	0.59
102_A	116_A	1.751	0.59
168_Y	321_L	1.743	0.59
37_P	42_V	1.735	0.59
103_W	323_L	1.731	0.59
67_I	284_F	1.711	0.58
103_W	126_D	1.706	0.57
107_P	114_F	1.703	0.57
256_R	329_L	1.686	0.56
67_I	261_A	1.677	0.56
152_R	236_F	1.675	0.56
241_P	335_V	1.664	0.55
236_F	244_A	1.664	0.55
245_V	321_L	1.664	0.55
102_A	110_A	1.661	0.55
71_A	234_V	1.650	0.55
232_L	248_Y	1.647	0.55
250_C	254_S	1.636	0.54
122_W	321_L	1.630	0.54
257_H	328_T	1.629	0.54
116_A	202_A	1.600	0.52
103_W	114_F	1.591	0.52
103_W	107_P	1.590	0.52
112_F	162_L	1.585	0.52
127_L	335_V	1.563	0.51
56_S	232_L	1.555	0.50
117_I	254_S	1.550	0.50
63_P	103_W	1.547	0.50
160_P	295_A	1.538	0.49
198_G	242_V	1.538	0.49
66_A	328_T	1.533	0.49
42_V	51_A	1.497	0.48
108_V	294_A	1.497	0.48
48_A	51_A	1.490	0.47
99_Y	103_W	1.483	0.47
103_W	250_C	1.456	0.46
125_G	260_R	1.452	0.45
260_R	335_V	1.434	0.45
56_S	103_W	1.418	0.44
324_I	328_T	1.415	0.44
88_V	103_W	1.412	0.44
121_H	328_T	1.401	0.43
61_G	328_T	1.401	0.43
253_H	328_T	1.401	0.43
68_D	328_T	1.401	0.43
122_W	168_Y	1.396	0.43
160_P	241_P	1.385	0.42
206_V	209_L	1.377	0.42
156_P	322_V	1.367	0.41
32_S	230_L	1.366	0.41
69_Y	252_W	1.352	0.41
92_Y	331_H	1.339	0.40
96_G	241_P	1.336	0.40
114_F	325_A	1.333	0.40
67_I	257_H	1.302	0.38
126_D	241_P	1.302	0.38
52_P	97_G	1.294	0.38
62_M	227_A	1.292	0.38
162_L	209_L	1.288	0.38
53_L	56_S	1.285	0.38
172_V	254_S	1.279	0.37
327_L	332_V	1.260	0.37
125_G	168_Y	1.244	0.36
61_G	66_A	1.231	0.35
66_A	121_H	1.231	0.35
66_A	253_H	1.231	0.35
103_W	325_A	1.226	0.35
61_G	64_H	1.225	0.35
64_H	121_H	1.225	0.35
64_H	68_D	1.225	0.35
64_H	253_H	1.225	0.35
57_A	328_T	1.223	0.35
171_V	332_V	1.213	0.35
64_H	92_Y	1.211	0.34
202_A	211_A	1.205	0.34
114_F	254_S	1.192	0.34
65_G	92_Y	1.178	0.33
175_F	323_L	1.173	0.33
56_S	122_W	1.171	0.33
53_L	246_G	1.165	0.32
99_Y	323_L	1.160	0.32
103_W	292_T	1.148	0.32
168_Y	260_R	1.140	0.31
161_L	252_W	1.136	0.31
40_T	208_V	1.127	0.31
126_D	172_V	1.126	0.31
251_V	254_S	1.125	0.31
63_P	125_G	1.118	0.31
145_R	199_V	1.114	0.30
327_L	335_V	1.113	0.30
202_A	205_T	1.108	0.30
118_T	335_V	1.106	0.30
296_L	302_L	1.105	0.30
139_L	147_A	1.094	0.30
93_L	201_F	1.094	0.30
103_W	115_V	1.093	0.30
92_Y	249_F	1.090	0.29
64_H	331_H	1.089	0.29
107_P	325_A	1.088	0.29
125_G	257_H	1.085	0.29
154_G	158_L	1.069	0.29
172_V	252_W	1.060	0.28
65_G	331_H	1.057	0.28
104_F	293_A	1.055	0.28
236_F	258_V	1.043	0.28
72_L	332_V	1.042	0.28
95_L	115_V	1.038	0.27
103_W	321_L	1.013	0.26
234_V	238_V	1.009	0.26
156_P	241_P	1.008	0.26
112_F	192_R	1.006	0.26
58_V	295_A	1.006	0.26
65_G	122_W	1.000	0.26
153_G	325_A	0.999	0.26
112_F	301_V	0.994	0.26
295_A	332_V	0.991	0.26
120_L	243_F	0.987	0.26
175_F	320_Y	0.985	0.25
50_Y	161_L	0.978	0.25
90_V	94_V	0.975	0.25
88_V	242_V	0.975	0.25
192_R	204_A	0.971	0.25
92_Y	253_H	0.970	0.25
68_D	92_Y	0.970	0.25
92_Y	121_H	0.970	0.25
61_G	92_Y	0.970	0.25
260_R	339_D	0.969	0.25
249_F	331_H	0.961	0.25
125_G	335_V	0.958	0.24
206_V	302_L	0.957	0.24
118_T	332_V	0.956	0.24
104_F	175_F	0.949	0.24
116_A	166_E	0.936	0.24
139_L	333_A	0.936	0.24
324_I	334_V	0.934	0.24
172_V	241_P	0.932	0.24
69_Y	261_A	0.929	0.23
244_A	260_R	0.929	0.23
314_E	317_A	0.926	0.23
253_H	321_L	0.926	0.23
68_D	321_L	0.926	0.23
61_G	321_L	0.926	0.23
121_H	321_L	0.926	0.23
145_R	232_L	0.923	0.23
103_W	172_V	0.922	0.23
151_I	154_G	0.920	0.23
250_C	257_H	0.918	0.23
67_I	327_L	0.914	0.23
250_C	328_T	0.912	0.23
93_L	102_A	0.901	0.23
160_P	327_L	0.898	0.22
62_M	248_Y	0.898	0.22
175_F	318_A	0.880	0.22
244_A	252_W	0.879	0.22
123_G	248_Y	0.874	0.22
152_R	160_P	0.874	0.22
145_R	149_V	0.874	0.22
157_M	245_V	0.874	0.22
113_A	308_N	0.874	0.22
97_G	170_S	0.873	0.22
321_L	325_A	0.862	0.21
118_T	291_M	0.862	0.21
323_L	327_L	0.858	0.21
160_P	256_R	0.858	0.21
57_A	326_V	0.856	0.21
252_W	334_V	0.856	0.21
294_A	326_V	0.851	0.21
298_L	302_L	0.846	0.21
111_A	122_W	0.844	0.21
60_F	90_V	0.842	0.21
206_V	300_G	0.841	0.21
213_R	297_A	0.836	0.20
253_H	331_H	0.835	0.20
68_D	331_H	0.835	0.20
61_G	331_H	0.835	0.20
121_H	331_H	0.835	0.20
54_V	154_G	0.835	0.20
105_F	300_G	0.826	0.20
168_Y	254_S	0.825	0.20
188_V	192_R	0.823	0.20
60_F	173_D	0.814	0.20
66_A	302_L	0.812	0.20
118_T	171_V	0.811	0.20
93_L	259_A	0.811	0.20
299_G	323_L	0.810	0.20
90_V	210_A	0.809	0.20
124_Q	241_P	0.809	0.20
55_A	150_L	0.808	0.20
235_F	303_W	0.806	0.20
57_A	250_C	0.805	0.20
247_V	254_S	0.803	0.19
53_L	254_S	0.803	0.19
257_H	323_L	0.801	0.19
27_G	30_A	0.796	0.19
209_L	306_V	0.795	0.19
103_W	327_L	0.792	0.19
94_V	150_L	0.791	0.19
108_V	210_A	0.779	0.19
75_A	172_V	0.777	0.19
163_G	290_P	0.773	0.19
64_H	249_F	0.773	0.19
71_A	317_A	0.772	0.19
65_G	249_F	0.769	0.18
244_A	330_P	0.768	0.18
254_S	258_V	0.760	0.18
128_Y	173_D	0.755	0.18
96_G	257_H	0.751	0.18
125_G	322_V	0.749	0.18
160_P	257_H	0.738	0.18
241_P	332_V	0.734	0.17
103_W	291_M	0.726	0.17
244_A	258_V	0.726	0.17
196_W	300_G	0.725	0.17
66_A	321_L	0.723	0.17
108_V	176_A	0.723	0.17
29_V	324_I	0.721	0.17
244_A	261_A	0.719	0.17
68_D	241_P	0.718	0.17
61_G	241_P	0.718	0.17
121_H	241_P	0.718	0.17
241_P	253_H	0.718	0.17
244_A	256_R	0.710	0.17
67_I	250_C	0.708	0.17
175_F	328_T	0.708	0.17
228_E	246_G	0.707	0.17
57_A	110_A	0.705	0.17
163_G	205_T	0.704	0.17
111_A	321_L	0.703	0.17
246_G	252_W	0.703	0.17
67_I	103_W	0.701	0.17
163_G	300_G	0.700	0.17
99_Y	329_L	0.700	0.17
110_A	114_F	0.695	0.16
35_A	39_I	0.693	0.16
111_A	263_A	0.690	0.16
100_A	204_A	0.690	0.16
102_A	246_G	0.689	0.16
195_L	209_L	0.687	0.16
250_C	322_V	0.687	0.16
90_V	214_R	0.683	0.16
89_G	204_A	0.682	0.16
117_I	171_V	0.681	0.16
88_V	245_V	0.679	0.16
94_V	142_R	0.673	0.16
239_V	252_W	0.668	0.16
90_V	102_A	0.667	0.16
209_L	230_L	0.667	0.16
122_W	157_M	0.665	0.16
57_A	99_Y	0.663	0.16
111_A	172_V	0.663	0.16
56_S	70_L	0.662	0.16
111_A	245_V	0.659	0.16
32_S	319_L	0.654	0.15
122_W	328_T	0.654	0.15
109_P	207_A	0.654	0.15
190_D	203_A	0.653	0.15
153_G	248_Y	0.653	0.15
119_W	149_V	0.652	0.15
143_P	203_A	0.652	0.15
122_W	320_Y	0.651	0.15
264_V	295_A	0.646	0.15
92_Y	330_P	0.643	0.15
126_D	250_C	0.642	0.15
66_A	297_A	0.639	0.15
52_P	56_S	0.637	0.15
95_L	117_I	0.637	0.15
143_P	192_R	0.637	0.15
244_A	296_L	0.635	0.15
58_V	106_A	0.634	0.15
105_F	226_A	0.632	0.15
63_P	240_P	0.632	0.15
99_Y	118_T	0.631	0.15
92_Y	153_G	0.631	0.15
89_G	265_D	0.631	0.15
168_Y	245_V	0.630	0.15
61_G	65_G	0.629	0.15
65_G	253_H	0.629	0.15
65_G	68_D	0.629	0.15
65_G	121_H	0.629	0.15
80_V	295_A	0.628	0.15
125_G	156_P	0.627	0.15
96_G	327_L	0.626	0.15
51_A	206_V	0.625	0.15
34_A	308_N	0.625	0.15
228_E	236_F	0.625	0.15
245_V	324_I	0.624	0.15
67_I	328_T	0.623	0.15
65_G	245_V	0.622	0.15
85_L	176_A	0.621	0.15
94_V	98_G	0.621	0.15
49_R	206_V	0.621	0.15
216_T	229_T	0.621	0.15
123_G	231_L	0.620	0.15
114_F	321_L	0.619	0.15
31_I	298_L	0.618	0.15
79_T	84_W	0.618	0.15
122_W	172_V	0.616	0.14
156_P	261_A	0.616	0.14
94_V	238_V	0.616	0.14
248_Y	317_A	0.611	0.14
103_W	322_V	0.611	0.14
111_A	287_E	0.610	0.14
106_A	289_A	0.607	0.14
206_V	221_A	0.607	0.14
49_R	315_S	0.605	0.14
303_W	338_M	0.605	0.14
94_V	282_A	0.605	0.14
58_V	154_G	0.602	0.14
164_F	242_V	0.602	0.14
259_A	304_W	0.602	0.14
254_S	292_T	0.601	0.14
31_I	109_P	0.598	0.14
122_W	324_I	0.597	0.14
148_T	243_F	0.594	0.14
228_E	335_V	0.591	0.14
56_S	128_Y	0.591	0.14
36_L	39_I	0.591	0.14
118_T	307_P	0.590	0.14
92_Y	123_G	0.590	0.14
126_D	327_L	0.583	0.14
115_V	171_V	0.582	0.14
118_T	328_T	0.581	0.14
69_Y	284_F	0.579	0.14
70_L	150_L	0.579	0.14
58_V	236_F	0.578	0.14
328_T	334_V	0.575	0.14
192_R	293_A	0.575	0.14
199_V	223_R	0.572	0.13
121_H	257_H	0.572	0.13
253_H	257_H	0.572	0.13
68_D	257_H	0.572	0.13
61_G	257_H	0.572	0.13
307_P	322_V	0.571	0.13
55_A	219_P	0.571	0.13
55_A	196_W	0.569	0.13
125_G	236_F	0.568	0.13
293_A	338_M	0.567	0.13
114_F	122_W	0.567	0.13
241_P	250_C	0.563	0.13
235_F	243_F	0.560	0.13
263_A	294_A	0.559	0.13
325_A	335_V	0.558	0.13
171_V	334_V	0.557	0.13
26_L	154_G	0.557	0.13
57_A	323_L	0.556	0.13
33_I	36_L	0.555	0.13
91_L	151_I	0.552	0.13
208_V	211_A	0.552	0.13
166_E	238_V	0.552	0.13
105_F	115_V	0.551	0.13
100_A	239_V	0.549	0.13
284_F	292_T	0.548	0.13
55_A	188_V	0.541	0.13
205_T	213_R	0.538	0.13
292_T	325_A	0.538	0.13
119_W	236_F	0.536	0.13
197_L	294_A	0.535	0.13
93_L	112_F	0.533	0.13
65_G	328_T	0.531	0.13
113_A	318_A	0.530	0.13
294_A	298_L	0.530	0.13
124_Q	284_F	0.526	0.12
68_D	245_V	0.524	0.12
61_G	245_V	0.524	0.12
121_H	245_V	0.524	0.12
245_V	253_H	0.524	0.12
102_A	191_P	0.522	0.12
267_S	301_V	0.522	0.12
54_V	156_P	0.520	0.12
202_A	278_L	0.519	0.12
87_V	91_L	0.519	0.12
172_V	245_V	0.517	0.12
52_P	83_R	0.517	0.12
213_R	300_G	0.516	0.12
214_R	251_V	0.515	0.12
160_P	244_A	0.515	0.12
156_P	321_L	0.514	0.12
127_L	321_L	0.513	0.12
103_W	253_H	0.512	0.12
103_W	121_H	0.512	0.12
61_G	103_W	0.512	0.12
68_D	103_W	0.512	0.12
246_G	321_L	0.512	0.12
126_D	261_A	0.511	0.12
53_L	60_F	0.510	0.12
56_S	246_G	0.510	0.12
236_F	252_W	0.509	0.12
69_Y	250_C	0.508	0.12
31_I	206_V	0.507	0.12
151_I	169_R	0.506	0.12
152_R	228_E	0.504	0.12
47_T	211_A	0.503	0.12
42_V	242_V	0.503	0.12
319_L	323_L	0.503	0.12
79_T	126_D	0.503	0.12
59_V	319_L	0.502	0.12
117_I	151_I	0.501	0.12
153_G	331_H	0.501	0.12
90_V	233_W	0.501	0.12
236_F	239_V	0.500	0.12

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
2yevC	1	0.1623	3.3	0.975	Contact Map
2wwbC	1	0.1043	3.1	0.976	Contact Map
3rlfG	1	0.3507	2.8	0.976	Contact Map
2ww9C	1	0.0609	2.7	0.976	Contact Map
3j2wE	1	0.1333	1.8	0.979	Contact Map
2kluA	1	0.2	1.8	0.979	Contact Map
4p6vB	1	0.1942	1.6	0.979	Contact Map
3tx3A	2	0.3681	1.5	0.98	Contact Map
2kogA	1	0.1304	1.4	0.98	Contact Map
4by8A	1	0.0319	1.4	0.98	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0091 seconds.