Q9HND4 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HND4 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HND4	Sequences: MRQALLLLVALACLVAVPVGAGGSGHGPAPTAETTAMPAATGSGPQSTVDITVEVTDTGDAHWNVSATYPLGDGNGSVAFDRVSTAFEAGETSAGFSAETFKAAVPGASARVGREMSVTDVRRASRIVEHDGNETGVLTLRFTWTNFAAVDNETITVDAFSGSWFGDLRAGQQLRVRPPENYQADDVSPNTNVVGGAYQWEGGQAFAADEPSLVFVPSPGLSGTGIPATTVGAAAVVLGAAGVTAWAYSRSTLTLPGTGGDDSEGATGPAVDTGDGGESPAPTADDPEPDDGGDDSAAEREDERIDPELLSDEERVERLLTDNGGRMKQSRIVEETRWSTAKVSQVLSGMDEDGRVEKLRIGRENLISLPGEGVDSDTLAGEHDETE	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	387 (344)
Sequences:	191 (171)
Seq/√Len:	9.2

HALSA - Q9HND4

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
312_D	339_S	3.075	0.92
317_E	355_R	2.930	0.90
347_L	367_I	2.869	0.89
341_A	345_Q	2.851	0.89
176_V	371_G	2.677	0.85
354_G	361_I	2.594	0.83
361_I	368_S	2.592	0.83
343_V	346_V	2.563	0.83
312_D	359_L	2.525	0.82
358_K	367_I	2.519	0.81
55_V	157_V	2.494	0.81
343_V	347_L	2.490	0.81
339_S	359_L	2.481	0.80
336_T	343_V	2.387	0.78
340_T	361_I	2.379	0.77
336_T	346_V	2.302	0.75
347_L	358_K	2.287	0.74
333_V	348_S	2.284	0.74
312_D	347_L	2.254	0.73
312_D	336_T	2.244	0.73
332_I	343_V	2.221	0.72
87_F	123_R	2.201	0.71
105_V	118_V	2.175	0.70
332_I	367_I	2.169	0.70
314_E	341_A	2.166	0.70
123_R	140_L	2.127	0.69
339_S	347_L	2.104	0.68
351_D	359_L	2.069	0.66
339_S	358_K	2.024	0.65
332_I	336_T	2.017	0.64
341_A	370_P	2.008	0.64
336_T	339_S	1.997	0.64
179_P	182_Y	1.973	0.63
347_L	359_L	1.963	0.62
359_L	367_I	1.955	0.62
85_T	234_A	1.948	0.61
330_S	366_L	1.908	0.60
189_P	200_W	1.906	0.60
332_I	359_L	1.891	0.59
312_D	358_K	1.890	0.59
312_D	343_V	1.859	0.58
311_S	341_A	1.850	0.57
312_D	367_I	1.824	0.56
336_T	347_L	1.811	0.56
245_A	249_S	1.789	0.55
332_I	347_L	1.773	0.54
200_W	328_K	1.756	0.53
84_S	336_T	1.745	0.53
343_V	359_L	1.742	0.53
306_D	327_M	1.741	0.53
326_R	338_W	1.723	0.52
339_S	367_I	1.721	0.52
332_I	358_K	1.717	0.52
327_M	348_S	1.716	0.51
336_T	359_L	1.683	0.50
339_S	351_D	1.679	0.50
330_S	340_T	1.657	0.49
172_Q	336_T	1.646	0.48
343_V	366_L	1.610	0.47
123_R	346_V	1.605	0.47
118_V	345_Q	1.605	0.47
228_A	239_G	1.592	0.46
312_D	351_D	1.551	0.44
182_Y	314_E	1.545	0.44
152_N	233_A	1.540	0.44
172_Q	367_I	1.540	0.44
308_E	328_K	1.538	0.44
332_I	339_S	1.533	0.43
330_S	339_S	1.524	0.43
148_A	200_W	1.522	0.43
72_G	353_D	1.522	0.43
148_A	157_V	1.520	0.43
312_D	346_V	1.520	0.43
336_T	367_I	1.519	0.43
69_Y	101_F	1.513	0.43
311_S	314_E	1.509	0.42
351_D	366_L	1.509	0.42
350_M	359_L	1.508	0.42
230_T	248_Y	1.480	0.41
94_A	155_I	1.478	0.41
339_S	343_V	1.476	0.41
332_I	346_V	1.462	0.40
25_G	55_V	1.461	0.40
312_D	332_I	1.458	0.40
330_S	359_L	1.457	0.40
332_I	366_L	1.450	0.40
141_R	242_G	1.436	0.39
333_V	347_L	1.430	0.39
279_S	282_P	1.424	0.39
123_R	343_V	1.418	0.39
101_F	164_W	1.415	0.38
84_S	346_V	1.399	0.38
340_T	345_Q	1.377	0.37
330_S	351_D	1.365	0.36
101_F	140_L	1.363	0.36
172_Q	343_V	1.359	0.36
172_Q	346_V	1.355	0.36
345_Q	361_I	1.334	0.35
339_S	346_V	1.329	0.35
336_T	366_L	1.325	0.35
13_C	16_A	1.322	0.35
235_A	245_A	1.320	0.35
359_L	366_L	1.303	0.34
341_A	361_I	1.303	0.34
140_L	373_G	1.295	0.34
49_V	157_V	1.294	0.34
84_S	343_V	1.293	0.34
312_D	330_S	1.292	0.33
343_V	358_K	1.291	0.33
113_G	244_T	1.289	0.33
346_V	359_L	1.282	0.33
339_S	350_M	1.280	0.33
327_M	336_T	1.280	0.33
236_V	299_E	1.276	0.33
123_R	368_S	1.275	0.33
53_V	61_A	1.274	0.33
216_V	352_E	1.271	0.33
343_V	367_I	1.263	0.32
73_D	210_E	1.260	0.32
172_Q	359_L	1.250	0.32
347_L	351_D	1.242	0.32
123_R	359_L	1.242	0.32
282_P	293_G	1.233	0.31
160_F	358_K	1.232	0.31
314_E	340_T	1.217	0.31
179_P	361_I	1.217	0.31
97_S	100_T	1.215	0.31
339_S	366_L	1.203	0.30
316_V	326_R	1.198	0.30
316_V	338_W	1.194	0.30
97_S	101_F	1.189	0.30
244_T	289_P	1.186	0.29
336_T	358_K	1.185	0.29
311_S	345_Q	1.181	0.29
312_D	348_S	1.178	0.29
57_D	155_I	1.177	0.29
172_Q	358_K	1.177	0.29
224_T	242_G	1.159	0.28
358_K	366_L	1.158	0.28
233_A	243_V	1.157	0.28
93_S	346_V	1.152	0.28
314_E	370_P	1.152	0.28
198_Y	211_P	1.152	0.28
326_R	363_R	1.140	0.28
309_L	360_R	1.136	0.28
15_V	20_G	1.136	0.28
347_L	350_M	1.134	0.28
311_S	370_P	1.122	0.27
72_G	354_G	1.120	0.27
113_G	146_N	1.112	0.27
14_L	20_G	1.111	0.27
316_V	328_K	1.100	0.26
123_R	336_T	1.099	0.26
153_E	177_R	1.090	0.26
172_Q	339_S	1.084	0.26
343_V	351_D	1.084	0.26
215_F	356_V	1.079	0.26
314_E	345_Q	1.074	0.26
121_V	341_A	1.069	0.25
312_D	366_L	1.065	0.25
123_R	312_D	1.060	0.25
172_Q	312_D	1.054	0.25
108_A	373_G	1.051	0.25
312_D	350_M	1.048	0.25
333_V	358_K	1.043	0.24
13_C	18_P	1.043	0.24
106_P	183_Q	1.041	0.24
189_P	211_P	1.037	0.24
115_E	246_W	1.033	0.24
14_L	300_R	1.020	0.24
236_V	274_G	1.019	0.24
45_P	240_A	1.017	0.24
340_T	351_D	1.014	0.24
176_V	239_G	1.009	0.23
120_D	227_P	1.008	0.23
44_G	94_A	1.005	0.23
112_V	120_D	0.998	0.23
357_E	370_P	0.998	0.23
96_F	328_K	0.996	0.23
160_F	165_F	0.995	0.23
234_A	318_R	0.990	0.23
123_R	351_D	0.986	0.23
93_S	350_M	0.979	0.22
327_M	339_S	0.979	0.22
137_V	352_E	0.976	0.22
328_K	361_I	0.969	0.22
328_K	351_D	0.969	0.22
21_A	24_S	0.969	0.22
68_T	345_Q	0.968	0.22
333_V	337_R	0.965	0.22
346_V	350_M	0.964	0.22
172_Q	332_I	0.964	0.22
14_L	23_G	0.962	0.22
298_A	301_E	0.958	0.22
177_R	231_V	0.958	0.22
330_S	336_T	0.957	0.22
63_W	340_T	0.956	0.22
340_T	347_L	0.956	0.22
336_T	348_S	0.955	0.22
244_T	249_S	0.953	0.22
93_S	343_V	0.951	0.22
291_D	298_A	0.949	0.22
68_T	139_T	0.948	0.22
123_R	339_S	0.943	0.21
235_A	292_G	0.941	0.21
101_F	346_V	0.941	0.21
332_I	351_D	0.936	0.21
101_F	366_L	0.933	0.21
159_A	314_E	0.932	0.21
323_N	332_I	0.927	0.21
163_S	302_D	0.926	0.21
184_A	374_V	0.926	0.21
348_S	358_K	0.923	0.21
20_G	254_T	0.919	0.21
137_V	146_N	0.919	0.21
330_S	346_V	0.918	0.21
85_T	285_D	0.914	0.21
160_F	359_L	0.902	0.20
275_D	287_P	0.900	0.20
69_Y	140_L	0.898	0.20
210_E	354_G	0.896	0.20
306_D	359_L	0.893	0.20
63_W	137_V	0.891	0.20
340_T	366_L	0.891	0.20
101_F	343_V	0.889	0.20
345_Q	370_P	0.888	0.20
315_R	350_M	0.886	0.20
333_V	340_T	0.885	0.20
336_T	351_D	0.881	0.20
343_V	350_M	0.881	0.20
173_Q	188_S	0.877	0.19
338_W	363_R	0.877	0.19
351_D	367_I	0.876	0.19
317_E	330_S	0.875	0.19
71_L	77_S	0.871	0.19
323_N	336_T	0.870	0.19
113_G	228_A	0.866	0.19
47_S	198_Y	0.865	0.19
141_R	356_V	0.865	0.19
71_L	241_A	0.864	0.19
330_S	341_A	0.860	0.19
88_E	105_V	0.859	0.19
351_D	361_I	0.857	0.19
69_Y	341_A	0.853	0.19
178_P	215_F	0.852	0.19
13_C	22_G	0.851	0.19
89_A	237_V	0.842	0.19
236_V	322_D	0.842	0.19
62_H	233_A	0.840	0.18
160_F	367_I	0.838	0.18
87_F	359_L	0.837	0.18
330_S	347_L	0.835	0.18
91_E	278_E	0.835	0.18
148_A	328_K	0.833	0.18
179_P	314_E	0.832	0.18
323_N	327_M	0.831	0.18
341_A	357_E	0.831	0.18
182_Y	361_I	0.830	0.18
341_A	366_L	0.828	0.18
84_S	312_D	0.827	0.18
123_R	172_Q	0.826	0.18
127_I	184_A	0.825	0.18
14_L	18_P	0.825	0.18
274_G	279_S	0.824	0.18
227_P	243_V	0.822	0.18
349_G	374_V	0.822	0.18
156_T	218_S	0.817	0.18
180_E	298_A	0.814	0.18
47_S	97_S	0.814	0.18
97_S	164_W	0.813	0.18
336_T	350_M	0.813	0.18
164_W	333_V	0.812	0.18
37_M	42_G	0.810	0.18
20_G	23_G	0.809	0.18
350_M	358_K	0.809	0.18
101_F	336_T	0.809	0.18
87_F	339_S	0.806	0.18
345_Q	357_E	0.806	0.18
87_F	312_D	0.805	0.18
53_V	143_T	0.805	0.18
55_V	247_A	0.804	0.18
66_S	87_F	0.802	0.18
172_Q	347_L	0.798	0.17
343_V	348_S	0.795	0.17
113_G	234_A	0.792	0.17
87_F	140_L	0.791	0.17
354_G	375_D	0.786	0.17
330_S	367_I	0.785	0.17
361_I	370_P	0.781	0.17
251_S	298_A	0.779	0.17
143_T	359_L	0.775	0.17
60_D	192_N	0.775	0.17
347_L	366_L	0.774	0.17
95_G	203_G	0.772	0.17
101_F	345_Q	0.772	0.17
160_F	339_S	0.772	0.17
15_V	252_T	0.772	0.17
118_V	341_A	0.770	0.17
66_S	140_L	0.768	0.17
93_S	336_T	0.766	0.17
351_D	358_K	0.765	0.17
45_P	170_A	0.765	0.17
160_F	345_Q	0.762	0.17
60_D	340_T	0.762	0.17
179_P	366_L	0.759	0.16
309_L	341_A	0.758	0.16
13_C	19_V	0.756	0.16
50_D	199_Q	0.755	0.16
306_D	348_S	0.755	0.16
22_G	208_A	0.749	0.16
316_V	335_E	0.749	0.16
178_P	359_L	0.748	0.16
295_D	299_E	0.747	0.16
362_G	365_N	0.744	0.16
35_T	73_D	0.744	0.16
73_D	353_D	0.742	0.16
237_V	283_T	0.741	0.16
123_R	350_M	0.739	0.16
312_D	327_M	0.738	0.16
197_A	236_V	0.738	0.16
232_G	354_G	0.736	0.16
115_E	214_V	0.736	0.16
89_A	239_G	0.736	0.16
46_Q	366_L	0.734	0.16
55_V	154_T	0.733	0.16
22_G	232_G	0.733	0.16
240_A	245_A	0.733	0.16
218_S	237_V	0.732	0.16
203_G	345_Q	0.730	0.16
327_M	368_S	0.730	0.16
326_R	342_K	0.725	0.16
361_I	366_L	0.723	0.16
93_S	172_Q	0.721	0.16
287_P	354_G	0.721	0.16
150_V	328_K	0.721	0.16
19_V	26_H	0.720	0.16
346_V	366_L	0.718	0.15
83_V	331_R	0.718	0.15
138_L	345_Q	0.715	0.15
296_S	302_D	0.715	0.15
65_V	92_T	0.714	0.15
314_E	366_L	0.713	0.15
21_A	294_D	0.713	0.15
123_R	332_I	0.708	0.15
113_G	183_Q	0.707	0.15
328_K	338_W	0.704	0.15
81_D	198_Y	0.703	0.15
85_T	282_P	0.700	0.15
93_S	332_I	0.700	0.15
59_G	150_V	0.699	0.15
84_S	339_S	0.698	0.15
236_V	257_G	0.698	0.15
224_T	354_G	0.697	0.15
255_L	285_D	0.697	0.15
308_E	361_I	0.696	0.15
87_F	373_G	0.696	0.15
80_F	343_V	0.692	0.15
180_E	232_G	0.691	0.15
14_L	21_A	0.689	0.15
53_V	323_N	0.688	0.15
89_A	284_A	0.687	0.15
250_R	276_G	0.686	0.15
119_T	157_V	0.682	0.15
296_S	303_E	0.681	0.15
87_F	358_K	0.679	0.15
191_T	350_M	0.678	0.15
17_V	24_S	0.677	0.15
314_E	317_E	0.675	0.15
121_V	345_Q	0.675	0.15
237_V	278_E	0.675	0.15
24_S	27_G	0.674	0.14
84_S	347_L	0.672	0.14
17_V	26_H	0.670	0.14
123_R	347_L	0.665	0.14
179_P	357_E	0.661	0.14
55_V	290_D	0.661	0.14
231_V	285_D	0.660	0.14
118_V	121_V	0.660	0.14
182_Y	341_A	0.659	0.14
200_W	211_P	0.658	0.14
201_E	355_R	0.657	0.14
65_V	345_Q	0.656	0.14
74_G	102_K	0.655	0.14
236_V	294_D	0.650	0.14
346_V	367_I	0.649	0.14
283_T	299_E	0.647	0.14
354_G	368_S	0.646	0.14
36_A	254_T	0.646	0.14
356_V	361_I	0.645	0.14
150_V	246_W	0.643	0.14
90_G	164_W	0.643	0.14
330_S	358_K	0.643	0.14
53_V	185_D	0.642	0.14
178_P	339_S	0.641	0.14
126_R	281_A	0.638	0.14
97_S	366_L	0.634	0.14
338_W	360_R	0.634	0.14
179_P	341_A	0.633	0.14
121_V	138_L	0.633	0.14
360_R	363_R	0.633	0.14
223_G	244_T	0.632	0.14
340_T	370_P	0.632	0.14
118_V	138_L	0.627	0.13
120_D	195_G	0.627	0.13
178_P	312_D	0.626	0.13
295_D	300_R	0.625	0.13
330_S	343_V	0.625	0.13
317_E	341_A	0.624	0.13
160_F	347_L	0.624	0.13
80_F	346_V	0.621	0.13
308_E	356_V	0.621	0.13
309_L	328_K	0.621	0.13
160_F	209_D	0.621	0.13
225_G	240_A	0.619	0.13
97_S	211_P	0.617	0.13
346_V	351_D	0.614	0.13
81_D	256_P	0.614	0.13
300_R	371_G	0.611	0.13
157_V	160_F	0.607	0.13
178_P	351_D	0.604	0.13
226_I	233_A	0.604	0.13
16_A	241_A	0.602	0.13
160_F	312_D	0.601	0.13
75_N	249_S	0.601	0.13
230_T	352_E	0.600	0.13
146_N	295_D	0.598	0.13
319_L	323_N	0.598	0.13
87_F	317_E	0.593	0.13
14_L	34_T	0.592	0.13
97_S	137_V	0.588	0.13
231_V	287_P	0.587	0.13
163_S	341_A	0.583	0.13
338_W	342_K	0.578	0.13
304_R	357_E	0.576	0.12
19_V	298_A	0.576	0.12
314_E	371_G	0.576	0.12
339_S	348_S	0.575	0.12
200_W	351_D	0.572	0.12
327_M	358_K	0.572	0.12
53_V	130_H	0.571	0.12
151_D	235_A	0.571	0.12
90_G	101_F	0.570	0.12
73_D	235_A	0.570	0.12
357_E	361_I	0.569	0.12
229_T	368_S	0.568	0.12
178_P	183_Q	0.568	0.12
197_A	233_A	0.568	0.12
18_P	28_P	0.568	0.12
340_T	348_S	0.567	0.12
50_D	367_I	0.567	0.12
366_L	370_P	0.565	0.12
306_D	323_N	0.564	0.12
255_L	288_E	0.562	0.12
130_H	352_E	0.562	0.12
326_R	360_R	0.560	0.12
187_V	208_A	0.559	0.12
326_R	359_L	0.559	0.12
82_R	85_T	0.559	0.12
323_N	359_L	0.553	0.12
34_T	74_G	0.553	0.12
273_T	285_D	0.552	0.12
25_G	28_P	0.551	0.12
101_F	330_S	0.550	0.12
55_V	215_F	0.550	0.12
80_F	123_R	0.548	0.12
69_Y	340_T	0.546	0.12
230_T	237_V	0.545	0.12
227_P	253_L	0.545	0.12
333_V	353_D	0.543	0.12
230_T	293_G	0.541	0.12
200_W	214_V	0.539	0.12
317_E	345_Q	0.538	0.12
179_P	345_Q	0.538	0.12
19_V	25_G	0.536	0.12
80_F	172_Q	0.535	0.12
69_Y	345_Q	0.534	0.12
330_S	345_Q	0.533	0.12
14_L	22_G	0.533	0.12
118_V	182_Y	0.532	0.12
314_E	330_S	0.532	0.12
119_T	124_A	0.531	0.12
333_V	343_V	0.531	0.12
237_V	241_A	0.531	0.12
197_A	226_I	0.528	0.12
16_A	242_G	0.525	0.12
334_E	356_V	0.524	0.12
229_T	240_A	0.524	0.12
71_L	222_S	0.524	0.12
64_N	197_A	0.522	0.11
193_V	332_I	0.520	0.11
71_L	280_P	0.520	0.11
236_V	288_E	0.520	0.11
14_L	19_V	0.518	0.11
32_A	39_A	0.518	0.11
140_L	368_S	0.518	0.11
107_G	299_E	0.516	0.11
353_D	356_V	0.515	0.11
58_T	281_A	0.515	0.11
176_V	289_P	0.514	0.11
63_W	71_L	0.514	0.11
327_M	346_V	0.513	0.11
137_V	140_L	0.511	0.11
241_A	248_Y	0.509	0.11
316_V	363_R	0.508	0.11
277_G	294_D	0.507	0.11
104_A	169_R	0.506	0.11
23_G	35_T	0.506	0.11
284_A	289_P	0.505	0.11
59_G	148_A	0.505	0.11
174_L	202_G	0.504	0.11
111_R	285_D	0.504	0.11
182_Y	366_L	0.503	0.11
239_G	281_A	0.503	0.11
109_S	117_S	0.503	0.11
245_A	248_Y	0.502	0.11
309_L	345_Q	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1qgpA	1	0.1835	96.7	0.946	Contact Map
2mlgA	1	0.1912	96.4	0.948	Contact Map
1q1hA	1	0.2067	96.2	0.949	Contact Map
2lnbA	1	0.2067	96.2	0.949	Contact Map
1p6rA	1	0.2016	96	0.949	Contact Map
4kmfA	1	0.1602	96	0.95	Contact Map
1qbjA	1	0.1602	95.9	0.95	Contact Map
2g9wA	2	0.2067	95.5	0.951	Contact Map
1xmkA	1	0.2016	95.4	0.952	Contact Map
1tbxA	3	0.199	95.3	0.952	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0107 seconds.