Q9HNC8 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HNC8 - Uncharacterized protein

UniProt:	Q9HNC8	Sequences: MRHQMISKGCEQCAEGGKMVLFVYGYCDQRDCFYCPLGENRKNVQQVYANERPVEDDEDIISEAKLMDALGTSITGGEPQEVLDRTCRYLRLLKDEFGEDHHTHLYTGITGGRENMRRLSEAGLDEIRFHPPYELWGDMHGTEWEEILYIAREEGLTPAFEIPGIRAEDEFLEFLDEGAADFCNINEFEMSDGNYERMQEAGYELQEGHMSAVDGSKDAILSEMADHEQVYFCTSVFKDAAQHRSRLKRMARNVRREFDEITDDGTLVYGKTTVGAGRIRELGVPEEYYTVKSDHVEVAWWLLEEMIDDGDIDDGEIVEQYPTYDGQVVERTPLA	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	335 (303)
Sequences:	189 (133)
Seq/√Len:	7.7

HALSA - Q9HNC8
SULSO - Q7LXZ6

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
72_T	101_H	3.959	0.97
157_T	181_D	3.890	0.96
94_K	125_D	3.847	0.96
90_L	124_L	3.577	0.94
7_S	78_E	3.310	0.91
159_A	182_F	2.960	0.85
299_A	303_L	2.919	0.85
10_C	13_C	2.849	0.83
45_Q	97_F	2.830	0.83
217_K	232_F	2.770	0.81
302_L	306_M	2.703	0.80
24_Y	82_V	2.613	0.77
302_L	305_E	2.571	0.76
127_I	180_A	2.560	0.76
116_M	121_E	2.498	0.74
169_D	222_S	2.482	0.73
216_S	238_K	2.350	0.69
185_I	274_V	2.287	0.67
7_S	232_F	2.226	0.64
123_G	179_A	2.101	0.60
59_D	92_L	2.094	0.59
50_N	67_M	2.067	0.58
33_F	203_Y	2.048	0.58
130_H	246_R	2.003	0.56
70_L	116_M	1.993	0.56
158_P	166_R	1.961	0.54
129_F	151_A	1.956	0.54
104_H	186_N	1.940	0.53
34_Y	220_I	1.926	0.53
303_L	306_M	1.902	0.52
148_L	190_M	1.887	0.51
78_E	81_E	1.826	0.49
167_A	231_Y	1.813	0.48
20_V	104_H	1.805	0.48
7_S	129_F	1.797	0.48
65_K	96_E	1.794	0.48
36_P	71_G	1.793	0.47
166_R	171_F	1.790	0.47
116_M	154_E	1.789	0.47
130_H	186_N	1.778	0.47
68_D	253_N	1.749	0.46
31_D	43_N	1.746	0.46
104_H	130_H	1.746	0.46
74_I	162_I	1.740	0.45
144_W	267_L	1.728	0.45
295_H	311_D	1.728	0.45
86_T	245_S	1.724	0.45
25_G	198_M	1.724	0.45
21_L	49_A	1.711	0.44
197_R	200_E	1.705	0.44
122_A	177_E	1.692	0.43
7_S	151_A	1.669	0.43
24_Y	75_T	1.660	0.42
66_L	224_M	1.654	0.42
129_F	148_L	1.646	0.42
20_V	189_E	1.645	0.42
162_I	185_I	1.632	0.41
119_L	123_G	1.574	0.39
279_I	283_G	1.557	0.38
18_K	104_H	1.543	0.38
276_A	309_D	1.527	0.37
116_M	120_S	1.515	0.37
113_R	153_E	1.501	0.36
9_G	18_K	1.500	0.36
91_R	118_R	1.470	0.35
284_V	287_E	1.470	0.35
145_E	160_F	1.455	0.34
7_S	81_E	1.445	0.34
282_L	309_D	1.443	0.34
104_H	189_E	1.437	0.34
290_T	295_H	1.411	0.33
10_C	16_G	1.410	0.33
13_C	16_G	1.410	0.33
291_V	294_D	1.403	0.33
51_E	239_D	1.403	0.33
128_R	184_N	1.397	0.32
106_Y	128_R	1.397	0.32
106_Y	184_N	1.397	0.32
20_V	130_H	1.384	0.32
104_H	246_R	1.375	0.32
187_E	202_G	1.371	0.31
23_V	298_V	1.368	0.31
262_T	265_G	1.358	0.31
205_L	212_A	1.357	0.31
20_V	186_N	1.353	0.31
119_L	179_A	1.350	0.31
111_G	116_M	1.331	0.30
261_I	296_V	1.329	0.30
269_Y	300_W	1.327	0.30
64_A	305_E	1.322	0.30
104_H	182_F	1.321	0.30
127_I	244_R	1.297	0.29
86_T	103_T	1.296	0.29
36_P	265_G	1.293	0.29
116_M	213_V	1.291	0.29
286_E	308_D	1.277	0.28
71_G	265_G	1.276	0.28
182_F	186_N	1.275	0.28
148_L	164_G	1.274	0.28
160_F	217_K	1.271	0.28
9_G	182_F	1.258	0.28
45_Q	255_R	1.255	0.28
51_E	189_E	1.254	0.28
237_F	247_L	1.254	0.28
113_R	203_Y	1.231	0.27
116_M	150_I	1.229	0.27
45_Q	75_T	1.229	0.27
36_P	189_E	1.227	0.27
9_G	71_G	1.227	0.27
74_I	90_L	1.223	0.27
130_H	189_E	1.222	0.27
104_H	159_A	1.219	0.26
136_W	301_W	1.216	0.26
9_G	13_C	1.210	0.26
124_L	232_F	1.210	0.26
55_E	203_Y	1.202	0.26
22_F	151_A	1.194	0.26
186_N	189_E	1.192	0.26
91_R	177_E	1.187	0.25
160_F	234_T	1.175	0.25
91_R	148_L	1.175	0.25
159_A	186_N	1.174	0.25
48_Y	239_D	1.173	0.25
48_Y	218_D	1.172	0.25
11_E	148_L	1.165	0.25
18_K	159_A	1.151	0.24
165_I	203_Y	1.137	0.24
116_M	151_A	1.134	0.24
19_M	23_V	1.132	0.24
279_I	288_Y	1.131	0.24
186_N	246_R	1.131	0.24
170_E	309_D	1.129	0.24
11_E	17_G	1.116	0.23
70_L	102_H	1.107	0.23
52_R	279_I	1.106	0.23
120_S	178_G	1.102	0.23
249_R	266_T	1.102	0.23
160_F	175_L	1.101	0.23
80_Q	150_I	1.096	0.23
164_G	188_F	1.092	0.23
130_H	182_F	1.092	0.23
60_I	191_S	1.086	0.23
20_V	75_T	1.078	0.22
224_M	230_V	1.077	0.22
56_D	89_Y	1.074	0.22
83_L	305_E	1.072	0.22
33_F	123_G	1.070	0.22
20_V	246_R	1.061	0.22
59_D	249_R	1.057	0.22
189_E	244_R	1.046	0.21
54_V	60_I	1.040	0.21
41_R	247_L	1.034	0.21
120_S	150_I	1.032	0.21
34_Y	249_R	1.026	0.21
136_W	259_D	1.019	0.21
90_L	123_G	1.018	0.21
9_G	159_A	1.008	0.20
25_G	38_G	1.007	0.20
201_A	225_A	1.005	0.20
108_G	151_A	1.003	0.20
168_E	185_I	1.002	0.20
25_G	36_P	1.000	0.20
160_F	287_E	0.997	0.20
191_S	237_F	0.993	0.20
38_G	243_H	0.986	0.20
37_L	193_G	0.985	0.20
112_G	305_E	0.976	0.20
283_G	308_D	0.975	0.20
23_V	137_G	0.969	0.19
130_H	159_A	0.967	0.19
102_H	157_T	0.965	0.19
160_F	203_Y	0.959	0.19
25_G	265_G	0.951	0.19
201_A	222_S	0.951	0.19
51_E	246_R	0.934	0.19
48_Y	250_M	0.929	0.18
108_G	227_H	0.926	0.18
47_V	281_E	0.925	0.18
185_I	190_M	0.924	0.18
42_K	144_W	0.923	0.18
30_R	105_L	0.921	0.18
186_N	247_L	0.915	0.18
88_R	112_G	0.912	0.18
108_G	129_F	0.905	0.18
63_E	130_H	0.902	0.18
75_T	104_H	0.901	0.18
190_M	240_A	0.900	0.18
94_K	97_F	0.895	0.18
99_E	146_E	0.895	0.18
65_K	181_D	0.886	0.17
41_R	50_N	0.879	0.17
151_A	154_E	0.878	0.17
95_D	296_V	0.877	0.17
117_R	213_V	0.877	0.17
101_H	234_T	0.877	0.17
25_G	159_A	0.873	0.17
108_G	311_D	0.870	0.17
276_A	279_I	0.869	0.17
34_Y	71_G	0.864	0.17
33_F	124_L	0.864	0.17
78_E	110_T	0.856	0.17
218_D	228_E	0.853	0.17
71_G	189_E	0.845	0.16
224_M	227_H	0.844	0.16
117_R	219_A	0.844	0.16
80_Q	105_L	0.844	0.16
38_G	41_R	0.841	0.16
17_G	249_R	0.839	0.16
124_L	190_M	0.836	0.16
111_G	164_G	0.835	0.16
288_Y	302_L	0.831	0.16
105_L	165_I	0.831	0.16
92_L	213_V	0.828	0.16
19_M	49_A	0.825	0.16
291_V	296_V	0.824	0.16
22_F	275_G	0.821	0.16
80_Q	148_L	0.820	0.16
68_D	92_L	0.816	0.16
72_T	111_G	0.816	0.16
212_A	264_D	0.816	0.16
59_D	103_T	0.812	0.16
262_T	267_L	0.809	0.16
158_P	171_F	0.809	0.16
230_V	248_K	0.807	0.16
102_H	122_A	0.806	0.16
80_Q	154_E	0.802	0.16
9_G	25_G	0.800	0.16
189_E	246_R	0.799	0.15
124_L	162_I	0.798	0.15
17_G	103_T	0.797	0.15
170_E	177_E	0.793	0.15
182_F	246_R	0.789	0.15
237_F	274_V	0.785	0.15
74_I	86_T	0.784	0.15
67_M	250_M	0.770	0.15
150_I	174_F	0.765	0.15
301_W	305_E	0.764	0.15
25_G	186_N	0.761	0.15
143_E	308_D	0.760	0.15
20_V	51_E	0.759	0.15
79_P	216_S	0.759	0.15
20_V	159_A	0.758	0.15
185_I	272_T	0.757	0.15
21_L	71_G	0.756	0.15
186_N	235_S	0.755	0.15
36_P	239_D	0.752	0.15
124_L	165_I	0.748	0.14
192_D	241_A	0.748	0.14
123_G	216_S	0.744	0.14
295_H	306_M	0.744	0.14
95_D	134_E	0.737	0.14
150_I	232_F	0.734	0.14
34_Y	159_A	0.734	0.14
87_C	113_R	0.731	0.14
5_M	179_A	0.730	0.14
295_H	302_L	0.728	0.14
8_K	108_G	0.727	0.14
91_R	254_V	0.727	0.14
62_S	263_D	0.726	0.14
58_E	91_R	0.726	0.14
87_C	278_R	0.725	0.14
93_L	103_T	0.724	0.14
51_E	104_H	0.719	0.14
25_G	34_Y	0.718	0.14
19_M	47_V	0.715	0.14
41_R	98_G	0.714	0.14
18_K	186_N	0.713	0.14
20_V	25_G	0.710	0.14
251_A	261_I	0.705	0.14
230_V	311_D	0.700	0.14
27_C	163_P	0.698	0.13
27_C	161_E	0.698	0.13
27_C	126_E	0.698	0.13
27_C	233_C	0.698	0.13
32_C	76_G	0.698	0.13
126_E	163_P	0.698	0.13
126_E	161_E	0.698	0.13
32_C	77_G	0.698	0.13
32_C	126_E	0.698	0.13
32_C	163_P	0.698	0.13
32_C	233_C	0.698	0.13
126_E	233_C	0.698	0.13
163_P	233_C	0.698	0.13
76_G	163_P	0.698	0.13
76_G	161_E	0.698	0.13
76_G	126_E	0.698	0.13
77_G	126_E	0.698	0.13
32_C	161_E	0.698	0.13
161_E	233_C	0.698	0.13
77_G	161_E	0.698	0.13
76_G	233_C	0.698	0.13
27_C	76_G	0.698	0.13
77_G	233_C	0.698	0.13
77_G	163_P	0.698	0.13
27_C	32_C	0.698	0.13
27_C	77_G	0.698	0.13
146_E	254_V	0.697	0.13
69_A	104_H	0.697	0.13
50_N	246_R	0.695	0.13
25_G	71_G	0.694	0.13
18_K	189_E	0.692	0.13
252_R	306_M	0.686	0.13
20_V	182_F	0.685	0.13
235_S	303_L	0.681	0.13
122_A	190_M	0.679	0.13
120_S	214_D	0.678	0.13
73_S	250_M	0.678	0.13
25_G	104_H	0.677	0.13
36_P	130_H	0.676	0.13
122_A	216_S	0.675	0.13
72_T	155_G	0.673	0.13
117_R	177_E	0.672	0.13
56_D	201_A	0.667	0.13
231_Y	241_A	0.666	0.13
292_K	306_M	0.664	0.13
124_L	127_I	0.664	0.13
113_R	169_D	0.663	0.13
113_R	197_R	0.662	0.13
108_G	232_F	0.661	0.13
152_R	237_F	0.660	0.13
295_H	312_I	0.657	0.13
73_S	243_H	0.656	0.13
104_H	239_D	0.656	0.13
57_D	88_R	0.655	0.13
14_A	237_F	0.651	0.13
12_Q	24_Y	0.651	0.13
78_E	183_C	0.645	0.13
42_K	247_L	0.644	0.13
36_P	104_H	0.644	0.13
297_E	307_I	0.642	0.12
113_R	117_R	0.641	0.12
157_T	180_A	0.637	0.12
280_R	289_Y	0.637	0.12
154_E	162_I	0.634	0.12
89_Y	183_C	0.630	0.12
54_V	92_L	0.630	0.12
145_E	170_E	0.629	0.12
25_G	246_R	0.626	0.12
110_T	269_Y	0.625	0.12
71_G	249_R	0.621	0.12
56_D	83_L	0.621	0.12
67_M	268_V	0.620	0.12
63_E	246_R	0.619	0.12
289_Y	296_V	0.618	0.12
84_D	276_A	0.615	0.12
190_M	216_S	0.615	0.12
208_G	236_V	0.614	0.12
221_L	232_F	0.610	0.12
20_V	94_K	0.610	0.12
41_R	104_H	0.609	0.12
73_S	189_E	0.606	0.12
34_Y	265_G	0.602	0.12
129_F	185_I	0.601	0.12
80_Q	84_D	0.600	0.12
24_Y	270_G	0.600	0.12
108_G	221_L	0.599	0.12
101_H	215_G	0.599	0.12
232_F	292_K	0.598	0.12
114_E	178_G	0.597	0.12
104_H	235_S	0.595	0.12
72_T	93_L	0.595	0.12
19_M	92_L	0.595	0.12
7_S	271_K	0.594	0.12
166_R	175_L	0.593	0.12
20_V	265_G	0.591	0.12
34_Y	104_H	0.586	0.12
203_Y	252_R	0.584	0.11
189_E	270_G	0.583	0.11
137_G	225_A	0.583	0.11
267_L	271_K	0.582	0.11
18_K	182_F	0.582	0.11
18_K	130_H	0.580	0.11
99_E	112_G	0.580	0.11
31_D	267_L	0.579	0.11
75_T	125_D	0.578	0.11
162_I	165_I	0.577	0.11
38_G	186_N	0.576	0.11
287_E	290_T	0.571	0.11
120_S	156_L	0.571	0.11
25_G	182_F	0.569	0.11
56_D	95_D	0.569	0.11
292_K	295_H	0.569	0.11
69_A	72_T	0.567	0.11
221_L	228_E	0.567	0.11
16_G	75_T	0.563	0.11
32_C	35_C	0.562	0.11
35_C	233_C	0.562	0.11
35_C	161_E	0.562	0.11
35_C	163_P	0.562	0.11
35_C	77_G	0.562	0.11
35_C	126_E	0.562	0.11
35_C	76_G	0.562	0.11
27_C	35_C	0.562	0.11
135_L	279_I	0.562	0.11
152_R	181_D	0.561	0.11
189_E	265_G	0.558	0.11
237_F	248_K	0.558	0.11
34_Y	130_H	0.556	0.11
71_G	220_I	0.556	0.11
104_H	247_L	0.555	0.11
169_D	223_E	0.555	0.11
69_A	156_L	0.554	0.11
152_R	259_D	0.552	0.11
62_S	199_Q	0.552	0.11
276_A	302_L	0.551	0.11
119_L	124_L	0.550	0.11
41_R	130_H	0.549	0.11
60_I	247_L	0.549	0.11
43_N	202_G	0.548	0.11
116_M	311_D	0.548	0.11
296_V	299_A	0.546	0.11
293_S	308_D	0.544	0.11
121_E	179_A	0.544	0.11
99_E	171_F	0.543	0.11
71_G	104_H	0.543	0.11
182_F	247_L	0.542	0.11
61_I	91_R	0.538	0.11
122_A	176_D	0.537	0.11
13_C	242_Q	0.534	0.11
10_C	242_Q	0.534	0.11
70_L	266_T	0.534	0.11
5_M	87_C	0.532	0.11
111_G	117_R	0.531	0.11
74_I	304_E	0.530	0.11
158_P	179_A	0.528	0.11
75_T	244_R	0.528	0.11
63_E	119_L	0.527	0.11
7_S	300_W	0.527	0.11
159_A	246_R	0.526	0.11
234_T	245_S	0.526	0.11
53_P	177_E	0.526	0.11
38_G	210_M	0.526	0.11
261_I	265_G	0.524	0.11
78_E	162_I	0.523	0.11
75_T	215_G	0.522	0.11
186_N	191_S	0.521	0.11
84_D	113_R	0.521	0.11
20_V	239_D	0.518	0.10
291_V	305_E	0.513	0.10
23_V	41_R	0.512	0.10
201_A	264_D	0.512	0.10
97_F	215_G	0.512	0.10
72_T	301_W	0.510	0.10
151_A	234_T	0.509	0.10
36_P	186_N	0.508	0.10
279_I	282_L	0.508	0.10
75_T	94_K	0.507	0.10
119_L	165_I	0.506	0.10
267_L	289_Y	0.506	0.10
91_R	146_E	0.505	0.10
25_G	189_E	0.504	0.10
41_R	159_A	0.502	0.10
24_Y	189_E	0.502	0.10
24_Y	244_R	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3c8fA	1	0.6507	99.7	0.862	Contact Map
2a5hA	4	0.8567	99.6	0.871	Contact Map
2yx0A	1	0.7164	99.6	0.874	Contact Map
4u0oB	1	0.6776	99.5	0.877	Contact Map
1tv8A	2	0.8478	99.5	0.881	Contact Map
2z2uA	1	0.6149	99.4	0.885	Contact Map
3iixA	1	0.7881	99.4	0.886	Contact Map
3t7vA	1	0.8328	99.4	0.889	Contact Map
4k36A	1	0.7463	99.3	0.891	Contact Map
4m7tA	1	0.6687	99.3	0.893	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0102 seconds.