Q9HN36 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HN36 - Protein export

UniProt:	Q9HN36	Sequences: MAEDSDGRHDAASEGPPWDGLQSAVRRVGGGESEGGEFTRVDDDEQPSAEASEPELLPEDRHQTATPRDHEAGGPTAATQPTPGGVAAGASSDPDAAGGGIGMDAPESDEEAPLGEHIEEMVTRLGIVVAIAALVSIVVFPVTKPLITWMWNYVLPGGEAIDPRVYQPLELIITQVKVASLAGLVVALPAFVYESYVFMRPGLYRNERRYYLASVPTSLVLSVVGVLFAFFIVLPYTMGYFQSYTEPTADVAFALGTTFNLLLLVMGYLAVVFQIPLFIMLAIMLGVTTREWLESRRLLFWGAFAGIAFTFSAIDPTGIVPVIVAITMVVLFEGTLALLRWTGN	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	344 (280)
Sequences:	225 (147)
Seq/√Len:	8.8

ECOLI - TATC
BACSU - TATCY TATCD
HALSA - Q9HN36 Q9HN37
SULSO - Q97UB0 Q97ZU3

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
127_I	194_E	4.795	0.99
297_R	333_E	4.020	0.98
136_S	183_G	3.490	0.95
230_F	312_S	3.291	0.94
208_R	259_F	3.079	0.91
116_E	223_V	2.705	0.84
66_T	69_D	2.591	0.81
153_Y	230_F	2.574	0.81
74_G	78_A	2.503	0.79
311_F	324_V	2.438	0.77
195_S	214_S	2.432	0.77
223_V	227_L	2.317	0.73
222_S	273_F	2.309	0.73
64_T	67_P	2.303	0.73
143_T	146_L	2.215	0.70
60_D	63_Q	2.206	0.69
62_H	67_P	2.182	0.69
270_A	327_T	2.178	0.68
320_V	335_T	2.161	0.68
62_H	66_T	2.119	0.66
279_I	293_L	2.100	0.65
253_F	312_S	2.081	0.65
64_T	68_R	2.030	0.63
97_A	100_G	2.001	0.62
192_V	310_T	1.957	0.60
170_E	174_T	1.913	0.58
312_S	323_I	1.905	0.58
282_A	312_S	1.798	0.53
85_G	97_A	1.772	0.52
124_R	208_R	1.756	0.51
270_A	309_F	1.744	0.51
312_S	317_T	1.736	0.50
117_H	201_P	1.734	0.50
116_E	137_I	1.703	0.49
267_G	332_F	1.685	0.48
67_P	70_H	1.682	0.48
66_T	73_G	1.677	0.48
282_A	317_T	1.671	0.48
60_D	69_D	1.664	0.47
181_L	300_F	1.663	0.47
61_R	66_T	1.661	0.47
293_L	296_R	1.656	0.47
122_V	222_S	1.643	0.46
299_L	323_I	1.629	0.46
101_I	271_V	1.620	0.45
310_T	313_A	1.607	0.45
229_A	266_M	1.607	0.45
287_V	323_I	1.598	0.44
117_H	331_L	1.575	0.43
61_R	70_H	1.568	0.43
338_L	342_T	1.554	0.43
219_L	342_T	1.538	0.42
127_I	190_A	1.525	0.41
273_F	331_L	1.521	0.41
122_V	317_T	1.505	0.41
148_T	231_F	1.488	0.40
89_G	93_D	1.482	0.40
71_E	308_A	1.477	0.39
139_V	219_L	1.475	0.39
81_P	84_G	1.474	0.39
230_F	271_V	1.472	0.39
258_T	261_L	1.470	0.39
63_Q	75_P	1.458	0.39
63_Q	66_T	1.456	0.39
64_T	78_A	1.456	0.39
118_I	317_T	1.454	0.38
66_T	77_A	1.442	0.38
203_L	207_E	1.435	0.38
63_Q	70_H	1.434	0.38
207_E	331_L	1.427	0.37
166_Y	293_L	1.413	0.37
136_S	180_S	1.407	0.37
82_T	86_V	1.399	0.36
272_V	324_V	1.394	0.36
242_Q	319_I	1.379	0.35
85_G	89_G	1.372	0.35
88_A	94_P	1.366	0.35
170_E	235_P	1.363	0.35
85_G	96_A	1.351	0.34
176_V	320_V	1.350	0.34
75_P	80_Q	1.327	0.33
290_R	339_L	1.319	0.33
163_P	175_Q	1.313	0.33
71_E	101_I	1.310	0.33
85_G	99_G	1.304	0.33
269_L	272_V	1.298	0.32
182_A	219_L	1.272	0.31
77_A	84_G	1.269	0.31
100_G	305_A	1.267	0.31
93_D	97_A	1.262	0.31
60_D	65_A	1.255	0.31
115_G	294_E	1.247	0.30
96_A	305_A	1.246	0.30
80_Q	88_A	1.244	0.30
257_T	342_T	1.241	0.30
85_G	88_A	1.234	0.30
76_T	337_A	1.222	0.30
152_N	307_I	1.214	0.29
297_R	301_W	1.212	0.29
90_A	93_D	1.211	0.29
74_G	77_A	1.210	0.29
289_T	335_T	1.206	0.29
81_P	138_V	1.202	0.29
196_Y	327_T	1.200	0.29
117_H	207_E	1.191	0.28
73_G	77_A	1.189	0.28
90_A	96_A	1.187	0.28
66_T	70_H	1.179	0.28
117_H	258_T	1.174	0.28
77_A	80_Q	1.172	0.28
114_L	131_I	1.164	0.28
76_T	104_D	1.157	0.27
75_P	81_P	1.146	0.27
200_R	267_G	1.142	0.27
198_F	207_E	1.135	0.27
217_T	231_F	1.135	0.27
62_H	68_R	1.126	0.26
73_G	81_P	1.118	0.26
275_I	281_L	1.114	0.26
93_D	96_A	1.108	0.26
278_F	282_A	1.101	0.25
139_V	264_L	1.094	0.25
287_V	311_F	1.091	0.25
187_A	288_T	1.089	0.25
286_G	299_L	1.089	0.25
207_E	273_F	1.087	0.25
219_L	233_V	1.083	0.25
206_N	338_L	1.083	0.25
176_V	310_T	1.081	0.25
63_Q	77_A	1.079	0.25
233_V	269_L	1.079	0.25
293_L	329_V	1.060	0.24
61_R	74_G	1.060	0.24
300_F	335_T	1.053	0.24
77_A	134_L	1.053	0.24
193_Y	197_V	1.051	0.24
300_F	336_L	1.050	0.24
60_D	66_T	1.047	0.24
190_A	194_E	1.046	0.24
87_A	90_A	1.044	0.24
104_D	337_A	1.044	0.24
153_Y	273_F	1.036	0.23
276_P	331_L	1.035	0.23
74_G	83_P	1.034	0.23
233_V	264_L	1.023	0.23
86_V	95_D	1.022	0.23
164_R	312_S	1.019	0.23
203_L	325_A	1.018	0.23
95_D	130_A	1.016	0.23
181_L	219_L	1.014	0.23
143_T	272_V	1.011	0.23
109_D	214_S	1.011	0.23
61_R	67_P	1.005	0.22
60_D	70_H	1.005	0.22
89_G	92_S	1.001	0.22
65_A	223_V	1.001	0.22
311_F	323_I	0.993	0.22
228_F	331_L	0.991	0.22
297_R	320_V	0.986	0.22
208_R	252_A	0.979	0.22
137_I	312_S	0.977	0.22
64_T	70_H	0.975	0.22
197_V	214_S	0.970	0.21
79_T	87_A	0.967	0.21
219_L	338_L	0.954	0.21
64_T	75_P	0.951	0.21
131_I	241_F	0.947	0.21
196_Y	275_I	0.938	0.20
226_V	340_R	0.933	0.20
73_G	224_V	0.931	0.20
311_F	325_A	0.929	0.20
65_A	74_G	0.918	0.20
188_L	219_L	0.918	0.20
120_E	194_E	0.914	0.20
150_M	265_V	0.907	0.20
316_P	333_E	0.902	0.19
139_V	311_F	0.902	0.19
192_V	305_A	0.900	0.19
118_I	306_G	0.899	0.19
132_A	174_T	0.895	0.19
283_I	321_P	0.894	0.19
162_D	174_T	0.888	0.19
79_T	96_A	0.888	0.19
63_Q	73_G	0.887	0.19
91_S	96_A	0.884	0.19
301_W	329_V	0.878	0.19
114_L	233_V	0.876	0.19
120_E	124_R	0.875	0.19
94_P	102_G	0.874	0.19
62_H	65_A	0.873	0.19
83_P	89_G	0.871	0.19
112_A	207_E	0.871	0.19
78_A	134_L	0.870	0.19
281_L	336_L	0.867	0.19
234_L	336_L	0.865	0.19
165_V	269_L	0.862	0.18
96_A	100_G	0.860	0.18
69_D	74_G	0.857	0.18
250_D	256_G	0.857	0.18
166_Y	229_A	0.855	0.18
210_Y	333_E	0.854	0.18
66_T	84_G	0.847	0.18
86_V	90_A	0.847	0.18
296_R	299_L	0.846	0.18
108_S	250_D	0.842	0.18
70_H	73_G	0.842	0.18
133_A	287_V	0.839	0.18
99_G	247_P	0.836	0.18
71_E	82_T	0.836	0.18
68_R	73_G	0.833	0.18
140_F	166_Y	0.833	0.18
196_Y	270_A	0.829	0.18
181_L	237_T	0.828	0.18
275_I	336_L	0.827	0.18
80_Q	83_P	0.825	0.18
66_T	338_L	0.824	0.17
187_A	230_F	0.818	0.17
323_I	338_L	0.812	0.17
230_F	286_G	0.812	0.17
157_G	243_S	0.810	0.17
111_E	178_V	0.808	0.17
90_A	100_G	0.805	0.17
167_Q	179_A	0.804	0.17
82_T	92_S	0.803	0.17
263_L	330_V	0.801	0.17
67_P	85_G	0.797	0.17
63_Q	67_P	0.795	0.17
265_V	311_F	0.794	0.17
73_G	80_Q	0.794	0.17
98_G	133_A	0.794	0.17
90_A	239_G	0.794	0.17
89_G	97_A	0.793	0.17
296_R	339_L	0.790	0.17
101_I	123_T	0.790	0.17
61_R	65_A	0.788	0.17
92_S	99_G	0.788	0.17
106_P	109_D	0.786	0.17
203_L	273_F	0.785	0.17
167_Q	254_A	0.780	0.16
185_V	289_T	0.777	0.16
188_L	259_F	0.775	0.16
251_V	324_V	0.770	0.16
253_F	339_L	0.767	0.16
286_G	323_I	0.767	0.16
86_V	97_A	0.767	0.16
96_A	101_I	0.764	0.16
191_F	278_F	0.761	0.16
245_T	325_A	0.759	0.16
201_P	207_E	0.759	0.16
117_H	273_F	0.757	0.16
154_V	168_P	0.755	0.16
168_P	208_R	0.754	0.16
132_A	266_M	0.754	0.16
83_P	337_A	0.754	0.16
150_M	245_T	0.754	0.16
316_P	331_L	0.753	0.16
204_Y	316_P	0.752	0.16
164_R	304_F	0.747	0.16
231_F	291_E	0.744	0.16
198_F	201_P	0.738	0.15
86_V	89_G	0.735	0.15
336_L	339_L	0.732	0.15
102_G	133_A	0.731	0.15
104_D	110_E	0.728	0.15
207_E	215_V	0.724	0.15
207_E	316_P	0.723	0.15
264_L	286_G	0.721	0.15
234_L	253_F	0.715	0.15
131_I	153_Y	0.707	0.15
179_A	229_A	0.706	0.15
228_F	233_V	0.705	0.15
121_M	208_R	0.705	0.15
112_A	193_Y	0.705	0.15
224_V	308_A	0.705	0.15
88_A	93_D	0.704	0.15
224_V	227_L	0.700	0.15
237_T	261_L	0.699	0.15
78_A	183_G	0.699	0.15
330_V	338_L	0.698	0.15
280_M	333_E	0.698	0.15
135_V	219_L	0.692	0.14
112_A	120_E	0.686	0.14
188_L	280_M	0.685	0.14
75_P	79_T	0.684	0.14
74_G	79_T	0.683	0.14
231_F	273_F	0.681	0.14
92_S	97_A	0.681	0.14
66_T	81_P	0.681	0.14
70_H	130_A	0.678	0.14
91_S	94_P	0.677	0.14
274_Q	316_P	0.677	0.14
124_R	202_G	0.675	0.14
211_Y	319_I	0.675	0.14
129_V	239_G	0.671	0.14
288_T	335_T	0.670	0.14
66_T	76_T	0.665	0.14
77_A	81_P	0.662	0.14
201_P	331_L	0.661	0.14
153_Y	317_T	0.661	0.14
163_P	267_G	0.660	0.14
152_N	248_T	0.659	0.14
85_G	98_G	0.658	0.14
78_A	209_R	0.658	0.14
230_F	273_F	0.655	0.14
109_D	113_P	0.654	0.14
180_S	271_V	0.653	0.14
158_G	161_I	0.652	0.14
88_A	97_A	0.650	0.14
91_S	104_D	0.650	0.14
60_D	80_Q	0.649	0.14
268_Y	311_F	0.646	0.13
131_I	310_T	0.646	0.13
173_I	230_F	0.643	0.13
149_W	158_G	0.641	0.13
162_D	287_V	0.640	0.13
274_Q	322_V	0.639	0.13
174_T	194_E	0.638	0.13
86_V	92_S	0.634	0.13
61_R	78_A	0.633	0.13
117_H	198_F	0.631	0.13
99_G	116_E	0.629	0.13
263_L	287_V	0.628	0.13
194_E	251_V	0.627	0.13
141_P	202_G	0.627	0.13
73_G	76_T	0.625	0.13
67_P	73_G	0.621	0.13
207_E	274_Q	0.621	0.13
79_T	104_D	0.617	0.13
67_P	83_P	0.617	0.13
138_V	329_V	0.615	0.13
242_Q	259_F	0.612	0.13
223_V	308_A	0.612	0.13
61_R	69_D	0.610	0.13
114_L	212_L	0.608	0.13
76_T	99_G	0.608	0.13
224_V	326_I	0.603	0.13
95_D	330_V	0.601	0.13
189_P	225_G	0.601	0.13
88_A	138_V	0.599	0.13
133_A	208_R	0.597	0.13
123_T	134_L	0.596	0.13
296_R	336_L	0.596	0.13
174_T	245_T	0.593	0.12
291_E	308_A	0.592	0.12
126_G	281_L	0.587	0.12
60_D	256_G	0.586	0.12
78_A	91_S	0.585	0.12
235_P	332_F	0.585	0.12
155_L	161_I	0.585	0.12
220_V	264_L	0.584	0.12
88_A	330_V	0.584	0.12
62_H	99_G	0.583	0.12
153_Y	312_S	0.582	0.12
207_E	282_A	0.581	0.12
224_V	337_A	0.579	0.12
242_Q	245_T	0.578	0.12
203_L	231_F	0.578	0.12
282_A	320_V	0.575	0.12
214_S	298_L	0.574	0.12
180_S	217_T	0.571	0.12
76_T	89_G	0.565	0.12
260_N	339_L	0.564	0.12
143_T	308_A	0.563	0.12
140_F	170_E	0.562	0.12
164_R	185_V	0.560	0.12
197_V	239_G	0.559	0.12
240_Y	255_L	0.557	0.12
113_P	116_E	0.556	0.12
135_V	139_V	0.556	0.12
182_A	326_I	0.555	0.12
68_R	84_G	0.552	0.12
151_W	203_L	0.551	0.12
249_A	268_Y	0.550	0.12
233_V	251_V	0.549	0.12
263_L	273_F	0.547	0.12
242_Q	251_V	0.547	0.12
274_Q	331_L	0.544	0.12
141_P	325_A	0.542	0.12
96_A	330_V	0.542	0.12
146_L	266_M	0.541	0.12
61_R	68_R	0.540	0.12
85_G	91_S	0.534	0.11
154_V	254_A	0.533	0.11
149_W	197_V	0.533	0.11
316_P	328_M	0.532	0.11
327_T	335_T	0.532	0.11
64_T	91_S	0.530	0.11
66_T	71_E	0.530	0.11
187_A	190_A	0.529	0.11
121_M	325_A	0.528	0.11
270_A	335_T	0.527	0.11
177_K	208_R	0.526	0.11
171_L	180_S	0.526	0.11
73_G	78_A	0.525	0.11
168_P	339_L	0.523	0.11
80_Q	94_P	0.521	0.11
118_I	274_Q	0.520	0.11
281_L	324_V	0.518	0.11
65_A	73_G	0.517	0.11
118_I	300_F	0.516	0.11
84_G	134_L	0.515	0.11
305_A	330_V	0.515	0.11
248_T	271_V	0.515	0.11
65_A	69_D	0.515	0.11
63_Q	69_D	0.514	0.11
148_T	210_Y	0.514	0.11
236_Y	310_T	0.513	0.11
198_F	331_L	0.512	0.11
194_E	243_S	0.510	0.11
121_M	222_S	0.510	0.11
302_G	305_A	0.508	0.11
169_L	289_T	0.507	0.11
69_D	84_G	0.507	0.11
255_L	277_L	0.506	0.11
179_A	253_F	0.504	0.11
174_T	229_A	0.504	0.11
70_H	87_A	0.502	0.11
71_E	75_P	0.502	0.11
173_I	238_M	0.500	0.11
199_M	305_A	0.500	0.11

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
4httA	1	0.6483	100	0.402	Contact Map
4b4aA	1	0.6483	100	0.422	Contact Map
5a63B	1	0.3169	63	0.962	Contact Map
4ea3A	2	0.7965	51.8	0.965	Contact Map
4yayA	1	0.8779	50.6	0.965	Contact Map
4fp9B	2	0.1047	42.3	0.967	Contact Map
4p02A	1	0.1337	21.1	0.971	Contact Map
2rh1A	1	0.6017	16.8	0.973	Contact Map
4pj3A	1	0.0465	13.5	0.974	Contact Map
2zjrS	1	0.093	13.2	0.974	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0098 seconds.