GLME - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

GLME - Glutamate mutase epsilon subunit

UniProt:	Q9HN20	Sequences: MIEDKRLTDTELEAITDRITGDWVSRAAVDFADAVAFHESLPPHKRFAAVLENAEAVLCQPRAGVPRLDEHVELLQHLDEEGGADLLPTTIDSYTRDNAYEKAAEGLARSRETDSSELNGFPAVNHGVEGCREVVRRVDAPVQVRHGTPDARLLAAVTLAGGFQSFEGGPITYNLPYTSAYDLETTIEYWQYVDRLCGAYTERGVTINREPFGPLTGTLVPPSIAIAIVTIEGLLAATQGVRSVTLGYGQVGNLVQDVAAVRAMAAIGAEYLPDSVTVTTVLHQWMGGFPRDEARAHGVIGLAGATAALVEPTKVITKSPQEAVGVPTAESNAAGLRTTDQVLRMLDEQSITLDGVDREQALIERSVRSLLDAVYEAGDGDIARGTVRAFDAGTLDIPFPPSDAAAGDVLPARDDDGRVRLLKFGAVALDDETKRIHRARLDRRADTEGRELSFRMVADDVSAVSDGRLIGRPGDD	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	476 (388)
Sequences:	233 (157)
Seq/√Len:	8.0

HALSA - GLME

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
270_E	368_R	6.394	1.00
215_L	228_I	6.036	1.00
246_L	268_G	5.442	1.00
369_S	430_D	5.389	1.00
224_I	397_I	4.262	0.98
100_Y	125_N	3.560	0.95
266_A	364_E	3.558	0.95
83_G	337_R	3.287	0.92
368_R	397_I	3.102	0.89
201_T	206_T	3.101	0.89
152_R	192_Y	2.956	0.87
284_Q	303_A	2.909	0.86
127_G	161_G	2.894	0.85
211_P	233_G	2.854	0.85
192_Y	195_R	2.760	0.82
104_A	125_N	2.717	0.81
76_Q	138_V	2.583	0.78
224_I	427_V	2.530	0.76
233_G	272_L	2.506	0.76
223_S	421_L	2.388	0.72
388_R	392_A	2.370	0.71
76_Q	80_E	2.240	0.67
183_L	390_F	2.207	0.66
302_L	305_A	2.163	0.64
248_Y	260_A	2.137	0.63
424_F	434_K	2.131	0.63
409_V	427_V	2.129	0.63
233_G	246_L	2.117	0.62
390_F	395_L	2.112	0.62
226_I	263_A	2.095	0.61
51_L	55_E	2.095	0.61
272_L	278_V	2.086	0.61
58_L	86_L	2.049	0.59
226_I	267_I	2.042	0.59
103_A	134_V	2.007	0.58
261_V	282_L	1.955	0.56
243_S	399_F	1.952	0.56
59_C	336_L	1.945	0.55
414_D	420_R	1.915	0.54
243_S	246_L	1.901	0.54
99_A	102_K	1.860	0.52
270_E	397_I	1.853	0.52
154_L	207_I	1.766	0.48
178_T	186_T	1.758	0.48
421_L	437_H	1.747	0.47
79_D	139_D	1.727	0.46
144_V	267_I	1.724	0.46
233_G	268_G	1.694	0.45
152_R	359_E	1.691	0.45
280_T	312_P	1.687	0.45
191_Q	237_A	1.675	0.44
363_I	387_V	1.671	0.44
85_D	337_R	1.660	0.44
65_V	329_A	1.621	0.42
268_G	362_L	1.615	0.42
212_F	390_F	1.606	0.42
124_V	127_G	1.586	0.41
121_F	127_G	1.568	0.40
166_F	193_V	1.555	0.40
90_T	147_G	1.555	0.40
144_V	336_L	1.554	0.39
237_A	276_V	1.546	0.39
271_Y	431_D	1.540	0.39
381_D	407_G	1.533	0.39
285_W	407_G	1.530	0.39
167_E	173_Y	1.516	0.38
68_L	134_V	1.503	0.37
237_A	274_D	1.501	0.37
94_Y	381_D	1.494	0.37
55_E	265_A	1.485	0.37
215_L	239_Q	1.468	0.36
152_R	196_L	1.462	0.36
98_N	238_T	1.454	0.36
155_A	166_F	1.453	0.36
269_A	273_P	1.449	0.35
223_S	427_V	1.437	0.35
104_A	108_A	1.434	0.35
97_D	367_V	1.414	0.34
286_M	332_N	1.397	0.34
132_R	162_G	1.387	0.33
244_V	359_E	1.370	0.33
214_P	218_T	1.367	0.32
94_Y	368_R	1.363	0.32
158_T	166_F	1.355	0.32
200_Y	394_T	1.349	0.32
49_A	108_A	1.341	0.32
164_Q	186_T	1.338	0.31
291_R	323_A	1.336	0.31
263_A	392_A	1.327	0.31
172_T	400_P	1.320	0.31
53_N	276_V	1.316	0.31
172_T	264_M	1.315	0.31
272_L	276_V	1.314	0.31
276_V	391_D	1.310	0.30
175_L	183_L	1.304	0.30
227_A	311_E	1.299	0.30
350_S	429_L	1.285	0.30
101_E	132_R	1.282	0.29
378_G	385_G	1.280	0.29
150_D	363_I	1.275	0.29
83_G	336_L	1.274	0.29
100_Y	303_A	1.273	0.29
186_T	369_S	1.270	0.29
90_T	250_Q	1.263	0.29
182_D	436_I	1.259	0.29
408_D	423_K	1.257	0.29
128_V	187_I	1.241	0.28
348_E	363_I	1.238	0.28
250_Q	287_G	1.231	0.28
159_L	253_N	1.230	0.28
56_A	424_F	1.227	0.28
338_T	372_D	1.227	0.28
57_V	405_A	1.224	0.28
216_T	258_V	1.223	0.27
189_Y	237_A	1.220	0.27
234_L	271_Y	1.217	0.27
75_L	147_G	1.216	0.27
123_A	158_T	1.208	0.27
314_K	325_G	1.208	0.27
147_G	250_Q	1.203	0.27
59_C	343_L	1.198	0.27
68_L	130_G	1.194	0.27
237_A	272_L	1.194	0.27
89_T	125_N	1.193	0.27
142_V	357_D	1.192	0.26
276_V	407_G	1.186	0.26
195_R	202_E	1.185	0.26
182_D	372_D	1.185	0.26
173_Y	177_Y	1.185	0.26
388_R	391_D	1.182	0.26
91_I	127_G	1.172	0.26
45_K	134_V	1.171	0.26
65_V	134_V	1.168	0.26
49_A	233_G	1.167	0.26
167_E	177_Y	1.164	0.26
90_T	287_G	1.163	0.26
233_G	415_D	1.157	0.25
167_E	332_N	1.153	0.25
119_N	327_P	1.152	0.25
377_A	394_T	1.148	0.25
303_A	412_A	1.145	0.25
155_A	158_T	1.144	0.25
144_V	158_T	1.139	0.25
142_V	323_A	1.138	0.25
167_E	286_M	1.137	0.25
224_I	303_A	1.137	0.25
147_G	287_G	1.124	0.24
78_L	121_F	1.118	0.24
62_R	177_Y	1.116	0.24
359_E	430_D	1.114	0.24
282_L	306_T	1.110	0.24
226_I	295_R	1.109	0.24
376_E	391_D	1.105	0.24
100_Y	124_V	1.104	0.24
282_L	426_A	1.103	0.24
262_R	350_S	1.101	0.24
384_R	388_R	1.100	0.24
173_Y	332_N	1.096	0.24
195_R	253_N	1.095	0.24
77_H	89_T	1.091	0.23
251_V	319_S	1.091	0.23
78_L	303_A	1.089	0.23
108_A	433_T	1.085	0.23
270_E	430_D	1.084	0.23
173_Y	286_M	1.083	0.23
258_V	309_L	1.079	0.23
198_G	211_P	1.077	0.23
303_A	407_G	1.077	0.23
160_A	233_G	1.069	0.23
268_G	278_V	1.068	0.23
52_E	73_E	1.067	0.23
145_R	177_Y	1.066	0.23
212_F	374_V	1.066	0.23
196_L	350_S	1.065	0.23
144_V	166_F	1.061	0.23
136_R	371_L	1.060	0.22
53_N	387_V	1.048	0.22
304_G	358_R	1.048	0.22
63_A	214_P	1.046	0.22
223_S	376_E	1.039	0.22
136_R	253_N	1.035	0.22
391_D	435_R	1.035	0.22
171_I	390_F	1.034	0.22
249_G	314_K	1.033	0.22
194_D	197_C	1.030	0.22
184_E	378_G	1.028	0.22
336_L	343_L	1.027	0.22
107_L	203_R	1.014	0.21
135_V	326_V	1.011	0.21
86_L	186_T	1.007	0.21
150_D	237_A	1.005	0.21
82_G	91_I	1.004	0.21
91_I	397_I	1.002	0.21
129_E	261_V	1.000	0.21
149_P	209_R	0.997	0.21
160_A	258_V	0.997	0.21
156_A	408_D	0.996	0.21
47_F	165_S	0.995	0.21
75_L	250_Q	0.993	0.21
230_T	310_V	0.993	0.21
271_Y	399_F	0.988	0.20
239_Q	412_A	0.984	0.20
72_V	137_R	0.982	0.20
241_V	406_A	0.974	0.20
345_M	378_G	0.970	0.20
138_V	338_T	0.966	0.20
136_R	223_S	0.965	0.20
108_A	233_G	0.963	0.20
259_A	361_A	0.960	0.20
172_T	336_L	0.958	0.20
271_Y	364_E	0.957	0.20
166_F	402_S	0.954	0.20
216_T	394_T	0.954	0.20
298_G	338_T	0.954	0.20
242_R	275_S	0.952	0.20
146_H	176_P	0.950	0.20
160_A	391_D	0.949	0.19
65_V	166_F	0.949	0.19
213_G	332_N	0.942	0.19
91_I	153_L	0.937	0.19
268_G	429_L	0.936	0.19
164_Q	413_R	0.932	0.19
367_V	419_V	0.930	0.19
83_G	333_A	0.930	0.19
90_T	177_Y	0.924	0.19
153_L	361_A	0.918	0.19
100_Y	224_I	0.915	0.19
161_G	206_T	0.906	0.18
127_G	284_Q	0.906	0.18
263_A	390_F	0.905	0.18
204_G	215_L	0.903	0.18
150_D	320_P	0.901	0.18
64_G	327_P	0.899	0.18
48_A	55_E	0.897	0.18
265_A	433_T	0.896	0.18
373_A	394_T	0.894	0.18
154_L	238_T	0.888	0.18
191_Q	426_A	0.887	0.18
183_L	394_T	0.886	0.18
161_G	363_I	0.885	0.18
150_D	241_V	0.884	0.18
59_C	340_D	0.884	0.18
62_R	173_Y	0.884	0.18
368_R	382_I	0.882	0.18
202_E	388_R	0.879	0.18
154_L	163_F	0.876	0.18
266_A	360_Q	0.874	0.18
142_V	438_R	0.872	0.18
167_E	176_P	0.872	0.18
136_R	409_V	0.870	0.18
91_I	123_A	0.869	0.17
66_P	298_G	0.867	0.17
128_V	196_L	0.866	0.17
306_T	310_V	0.865	0.17
153_L	156_A	0.863	0.17
100_Y	284_Q	0.862	0.17
392_A	426_A	0.861	0.17
54_A	293_E	0.859	0.17
231_I	374_V	0.858	0.17
145_R	173_Y	0.855	0.17
264_M	377_A	0.855	0.17
144_V	159_L	0.854	0.17
282_L	310_V	0.850	0.17
177_Y	327_P	0.849	0.17
181_Y	185_T	0.845	0.17
62_R	167_E	0.844	0.17
56_A	129_E	0.840	0.17
159_L	178_T	0.839	0.17
116_S	282_L	0.838	0.17
93_S	237_A	0.837	0.17
124_V	153_L	0.837	0.17
81_E	337_R	0.836	0.17
134_V	354_D	0.833	0.17
246_L	419_V	0.832	0.17
348_E	420_R	0.831	0.17
97_D	149_P	0.830	0.17
301_G	415_D	0.820	0.16
145_R	167_E	0.819	0.16
170_P	225_A	0.815	0.16
127_G	152_R	0.814	0.16
104_A	185_T	0.812	0.16
64_G	177_Y	0.812	0.16
173_Y	176_P	0.812	0.16
197_C	406_A	0.811	0.16
313_T	397_I	0.811	0.16
231_I	385_G	0.809	0.16
244_V	426_A	0.806	0.16
133_E	136_R	0.803	0.16
431_D	435_R	0.802	0.16
121_F	139_D	0.800	0.16
310_V	313_T	0.800	0.16
338_T	358_R	0.798	0.16
93_S	186_T	0.796	0.16
156_A	253_N	0.796	0.16
177_Y	332_N	0.796	0.16
222_P	390_F	0.795	0.16
304_G	342_V	0.790	0.16
289_F	359_E	0.790	0.16
273_P	374_V	0.788	0.16
186_T	212_F	0.788	0.16
144_V	163_F	0.786	0.16
268_G	316_I	0.786	0.16
160_A	276_V	0.785	0.16
151_A	224_I	0.785	0.16
74_L	314_K	0.781	0.16
73_E	271_Y	0.781	0.16
129_E	160_A	0.780	0.15
47_F	381_D	0.780	0.15
273_P	423_K	0.779	0.15
374_V	411_P	0.777	0.15
333_A	337_R	0.776	0.15
163_F	207_I	0.775	0.15
368_R	388_R	0.775	0.15
315_V	339_T	0.772	0.15
74_L	283_H	0.770	0.15
422_L	427_V	0.770	0.15
69_D	423_K	0.768	0.15
121_F	207_I	0.767	0.15
163_F	381_D	0.767	0.15
347_D	395_L	0.765	0.15
144_V	377_A	0.764	0.15
263_A	434_K	0.760	0.15
431_D	434_K	0.760	0.15
99_A	129_E	0.759	0.15
135_V	166_F	0.757	0.15
321_Q	405_A	0.757	0.15
268_G	363_I	0.756	0.15
107_L	155_A	0.754	0.15
202_E	420_R	0.754	0.15
98_N	178_T	0.751	0.15
198_G	359_E	0.745	0.15
233_G	403_D	0.744	0.15
177_Y	213_G	0.743	0.15
317_T	428_A	0.743	0.15
136_R	344_R	0.742	0.15
73_E	244_V	0.741	0.15
166_F	406_A	0.740	0.15
338_T	394_T	0.740	0.15
90_T	316_I	0.739	0.15
208_N	214_P	0.739	0.15
374_V	389_A	0.738	0.15
78_L	207_I	0.737	0.15
384_R	391_D	0.735	0.15
62_R	145_R	0.735	0.15
47_F	328_T	0.734	0.15
233_G	352_T	0.733	0.15
65_V	135_V	0.733	0.15
258_V	391_D	0.731	0.14
261_V	310_V	0.729	0.14
58_L	77_H	0.724	0.14
294_A	413_R	0.720	0.14
53_N	294_A	0.719	0.14
66_P	321_Q	0.719	0.14
367_V	374_V	0.718	0.14
202_E	394_T	0.716	0.14
116_S	399_F	0.716	0.14
292_D	295_R	0.716	0.14
196_L	408_D	0.715	0.14
190_W	210_E	0.713	0.14
169_G	210_E	0.713	0.14
168_G	190_W	0.713	0.14
169_G	190_W	0.713	0.14
168_G	210_E	0.713	0.14
295_R	367_V	0.713	0.14
227_A	389_A	0.712	0.14
177_Y	286_M	0.711	0.14
98_N	154_L	0.710	0.14
268_G	319_S	0.709	0.14
185_T	229_V	0.707	0.14
243_S	251_V	0.706	0.14
172_T	225_A	0.703	0.14
150_D	191_Q	0.701	0.14
158_T	220_V	0.700	0.14
243_S	418_R	0.699	0.14
422_L	430_D	0.699	0.14
191_Q	239_Q	0.698	0.14
355_G	371_L	0.698	0.14
264_M	400_P	0.696	0.14
366_S	428_A	0.696	0.14
369_S	433_T	0.694	0.14
52_E	105_E	0.693	0.14
238_T	381_D	0.692	0.14
127_G	310_V	0.691	0.14
80_E	274_D	0.688	0.14
132_R	196_L	0.685	0.14
67_R	123_A	0.685	0.14
396_D	425_G	0.685	0.14
255_V	354_D	0.684	0.14
277_T	399_F	0.684	0.14
65_V	298_G	0.683	0.14
160_A	234_L	0.682	0.14
301_G	342_V	0.680	0.13
127_G	160_A	0.680	0.13
154_L	411_P	0.680	0.13
173_Y	260_A	0.679	0.13
150_D	228_I	0.679	0.13
233_G	357_D	0.678	0.13
303_A	314_K	0.678	0.13
146_H	167_E	0.677	0.13
104_A	406_A	0.677	0.13
126_H	157_V	0.676	0.13
227_A	337_R	0.674	0.13
126_H	391_D	0.672	0.13
270_E	323_A	0.671	0.13
131_C	247_G	0.670	0.13
63_A	218_T	0.670	0.13
193_V	427_V	0.669	0.13
93_S	276_V	0.669	0.13
268_G	323_A	0.667	0.13
121_F	320_P	0.667	0.13
87_L	236_A	0.667	0.13
78_L	411_P	0.667	0.13
127_G	157_V	0.667	0.13
283_H	314_K	0.666	0.13
295_R	317_T	0.666	0.13
213_G	286_M	0.666	0.13
241_V	368_R	0.663	0.13
282_L	433_T	0.662	0.13
363_I	388_R	0.660	0.13
320_P	323_A	0.659	0.13
276_V	377_A	0.659	0.13
367_V	375_Y	0.654	0.13
82_G	293_E	0.654	0.13
80_E	363_I	0.652	0.13
250_Q	316_I	0.652	0.13
90_T	173_Y	0.650	0.13
61_P	64_G	0.649	0.13
252_G	413_R	0.648	0.13
78_L	261_V	0.647	0.13
188_E	191_Q	0.645	0.13
384_R	420_R	0.645	0.13
90_T	167_E	0.644	0.13
148_T	209_R	0.644	0.13
56_A	347_D	0.643	0.13
108_A	185_T	0.643	0.13
63_A	88_P	0.642	0.13
140_A	343_L	0.642	0.13
311_E	410_L	0.640	0.13
65_V	413_R	0.639	0.13
155_A	159_L	0.638	0.13
84_A	337_R	0.637	0.13
73_E	329_A	0.637	0.13
397_I	422_L	0.634	0.13
382_I	415_D	0.634	0.13
234_L	388_R	0.632	0.13
233_G	382_I	0.631	0.13
54_A	196_L	0.631	0.13
246_L	362_L	0.630	0.13
268_G	324_V	0.630	0.13
97_D	419_V	0.629	0.13
79_D	277_T	0.628	0.13
184_E	276_V	0.628	0.13
173_Y	327_P	0.627	0.12
280_T	313_T	0.627	0.12
125_N	200_Y	0.624	0.12
64_G	173_Y	0.624	0.12
163_F	341_Q	0.623	0.12
368_R	421_L	0.620	0.12
149_P	252_G	0.618	0.12
164_Q	359_E	0.618	0.12
172_T	244_V	0.617	0.12
146_H	173_Y	0.617	0.12
356_V	374_V	0.615	0.12
81_E	215_L	0.613	0.12
54_A	253_N	0.613	0.12
153_L	407_G	0.611	0.12
80_E	84_A	0.610	0.12
44_H	48_A	0.609	0.12
148_T	154_L	0.608	0.12
147_G	176_P	0.607	0.12
105_E	114_D	0.607	0.12
70_E	102_K	0.607	0.12
382_I	421_L	0.607	0.12
134_V	374_V	0.607	0.12
167_E	327_P	0.606	0.12
309_L	362_L	0.606	0.12
155_A	246_L	0.605	0.12
226_I	243_S	0.605	0.12
67_R	321_Q	0.605	0.12
107_L	193_V	0.603	0.12
212_F	265_A	0.603	0.12
62_R	90_T	0.602	0.12
128_V	330_E	0.601	0.12
164_Q	237_A	0.601	0.12
172_T	229_V	0.600	0.12
114_D	241_V	0.598	0.12
156_A	414_D	0.597	0.12
271_Y	372_D	0.594	0.12
91_I	154_L	0.593	0.12
317_T	335_G	0.591	0.12
163_F	166_F	0.590	0.12
330_E	397_I	0.590	0.12
239_Q	337_R	0.589	0.12
293_E	304_G	0.588	0.12
253_N	413_R	0.588	0.12
185_T	244_V	0.587	0.12
129_E	377_A	0.587	0.12
341_Q	365_R	0.583	0.12
101_E	378_G	0.582	0.12
263_A	307_A	0.580	0.12
103_A	261_V	0.577	0.12
251_V	317_T	0.577	0.12
304_G	339_T	0.577	0.12
64_G	167_E	0.575	0.12
224_I	284_Q	0.573	0.12
217_G	287_G	0.572	0.12
90_T	149_P	0.572	0.12
154_L	181_Y	0.572	0.12
80_E	254_L	0.571	0.12
69_D	409_V	0.570	0.11
99_A	276_V	0.569	0.11
269_A	277_T	0.569	0.11
293_E	297_H	0.567	0.11
91_I	246_L	0.567	0.11
294_A	350_S	0.564	0.11
289_F	304_G	0.564	0.11
172_T	317_T	0.563	0.11
253_N	414_D	0.562	0.11
398_P	425_G	0.562	0.11
187_I	217_G	0.562	0.11
289_F	323_A	0.558	0.11
80_E	126_H	0.557	0.11
52_E	297_H	0.557	0.11
202_E	380_G	0.554	0.11
108_A	224_I	0.551	0.11
161_G	412_A	0.550	0.11
153_L	284_Q	0.550	0.11
51_L	342_V	0.550	0.11
86_L	373_A	0.550	0.11
334_A	345_M	0.549	0.11
181_Y	320_P	0.548	0.11
90_T	145_R	0.546	0.11
79_D	297_H	0.546	0.11
325_G	331_S	0.546	0.11
341_Q	399_F	0.545	0.11
82_G	337_R	0.544	0.11
125_N	192_Y	0.543	0.11
188_E	205_V	0.543	0.11
159_L	193_V	0.542	0.11
409_V	430_D	0.540	0.11
415_D	430_D	0.539	0.11
142_V	161_G	0.538	0.11
292_D	337_R	0.536	0.11
158_T	267_I	0.534	0.11
73_E	351_I	0.534	0.11
98_N	299_V	0.534	0.11
121_F	138_V	0.533	0.11
50_V	93_S	0.532	0.11
100_Y	117_E	0.532	0.11
88_P	214_P	0.531	0.11
142_V	421_L	0.531	0.11
294_A	304_G	0.530	0.11
237_A	289_F	0.530	0.11
130_G	368_R	0.529	0.11
134_V	258_V	0.529	0.11
107_L	116_S	0.529	0.11
56_A	266_A	0.527	0.11
181_Y	238_T	0.527	0.11
268_G	422_L	0.526	0.11
191_Q	430_D	0.522	0.11
124_V	388_R	0.521	0.11
62_R	327_P	0.521	0.11
371_L	387_V	0.519	0.11
200_Y	349_Q	0.519	0.11
194_D	209_R	0.519	0.11
217_G	400_P	0.519	0.11
60_Q	222_P	0.519	0.11
304_G	424_F	0.518	0.11
153_L	195_R	0.515	0.11
178_T	409_V	0.515	0.11
84_A	93_S	0.514	0.11
72_V	414_D	0.510	0.11
319_S	327_P	0.510	0.11
90_T	94_Y	0.509	0.11
284_Q	312_P	0.506	0.10
122_P	322_E	0.506	0.10
96_R	322_E	0.506	0.10
120_G	322_E	0.506	0.10
139_D	263_A	0.505	0.10
123_A	152_R	0.504	0.10
49_A	105_E	0.501	0.10
249_G	325_G	0.500	0.10

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1ccwB	2	0.9958	100	0.185	Contact Map
4xc8A	2	0.8739	96	0.968	Contact Map
2xijA	2	0.916	94.2	0.972	Contact Map
1reqB	1	0.8866	93.5	0.972	Contact Map
4r3uA	2	0.937	93.1	0.973	Contact Map
1reqA	1	0.9265	90.9	0.974	Contact Map
1aj0A	1	0.5	88.5	0.976	Contact Map
3kp1A	2	0.9055	87.3	0.976	Contact Map
2y5sA	2	0.4937	84	0.977	Contact Map
4hb7A	2	0.4559	76.9	0.979	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0112 seconds.