Q9HN19 - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

Q9HN19 - Methylaspartate ammonia-lyase

UniProt:	Q9HN19	Sequences: MRIERVTATPGVAGFFFDDQAAITAGADADGMAYAGSPRTDGYERIREPGEALVVEVVLSDGRRVRGDCAAVQYSGAGDRDPLFRAADHRAVVEGAVAEALVGRDAACVADNAAVVESLADERGLHTAVRYGVSQALVAAASAARATTQTRVLADALGTETATEPVPVFGQSGEQRRRGAEAMLLKRVGVLPHGLFNSVEAVGPDGVRLVEYLDWLSERAATLGGDGYRPRFHVDVYGMLGELFGPPYDRAAVTGYVRELRAAAAPYPLQIEGPMDAGSREAQIDAMAELRDGLADAGVAVDIVADEWCDSRADVEAFVDAGAADVVQVKTPDVGGLLESGRAARYCAGTDTRAYVGGTCNETTVSARRCAHVALATDAAQVLAKPGMGFDAGYAAVSNEMRRTLARHRAAVGPGDAA	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	418 (406)
Sequences:	168 (91)
Seq/√Len:	4.5

HALSA - Q9HN19

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
344_A	377_T	4.188	0.90
295_A	325_D	4.119	0.89
105_D	141_A	3.781	0.84
117_E	134_S	3.600	0.81
200_E	204_P	3.430	0.77
275_M	290_L	3.333	0.75
364_T	368_R	3.256	0.73
260_L	269_L	3.223	0.72
312_R	316_E	3.137	0.70
21_A	278_G	3.130	0.70
284_I	317_A	2.907	0.64
106_A	141_A	2.872	0.63
284_I	321_A	2.871	0.63
253_V	275_M	2.854	0.62
322_G	325_D	2.702	0.58
280_R	317_A	2.646	0.56
196_F	202_V	2.625	0.55
134_S	338_L	2.600	0.55
70_A	359_T	2.562	0.53
134_S	336_G	2.538	0.53
170_G	390_F	2.483	0.51
319_V	352_T	2.458	0.50
113_A	117_E	2.447	0.50
153_L	240_L	2.418	0.49
261_R	294_L	2.395	0.48
183_M	347_C	2.367	0.47
319_V	325_D	2.361	0.47
172_S	183_M	2.324	0.46
170_G	188_V	2.309	0.46
356_V	379_A	2.245	0.44
210_V	263_A	2.099	0.39
344_A	379_A	2.097	0.39
191_L	372_H	2.011	0.37
50_G	361_N	1.983	0.36
340_S	356_V	1.954	0.35
331_T	359_T	1.899	0.34
317_A	321_A	1.896	0.33
11_G	52_A	1.889	0.33
278_G	340_S	1.856	0.32
253_V	303_I	1.845	0.32
187_R	225_G	1.844	0.32
4_E	102_V	1.838	0.32
165_P	379_A	1.833	0.32
81_D	309_C	1.830	0.32
55_V	133_V	1.829	0.32
157_L	342_R	1.823	0.32
14_G	395_A	1.810	0.31
365_V	368_R	1.788	0.31
8_A	93_V	1.776	0.30
148_T	151_R	1.744	0.29
295_A	322_G	1.727	0.29
148_T	379_A	1.721	0.29
171_Q	195_L	1.721	0.29
301_V	320_D	1.720	0.29
290_L	303_I	1.674	0.28
81_D	89_H	1.673	0.28
275_M	303_I	1.663	0.27
117_E	247_P	1.658	0.27
240_L	271_I	1.652	0.27
154_A	160_E	1.651	0.27
101_L	137_L	1.634	0.27
162_A	379_A	1.622	0.26
21_A	277_A	1.613	0.26
77_A	83_L	1.596	0.26
16_F	32_M	1.583	0.26
73_Q	176_R	1.569	0.25
179_G	182_A	1.568	0.25
210_V	240_L	1.561	0.25
389_G	392_A	1.555	0.25
53_L	129_V	1.554	0.25
73_Q	195_L	1.548	0.25
325_D	352_T	1.535	0.24
188_V	302_D	1.534	0.24
73_Q	171_Q	1.520	0.24
149_Q	369_R	1.520	0.24
337_L	377_T	1.514	0.24
18_D	47_R	1.514	0.24
254_T	257_V	1.513	0.24
82_P	304_V	1.510	0.24
18_D	73_Q	1.487	0.23
46_I	125_L	1.479	0.23
320_D	346_Y	1.476	0.23
145_R	155_D	1.474	0.23
202_V	243_L	1.473	0.23
14_G	179_G	1.468	0.23
137_L	243_L	1.462	0.23
291_R	371_A	1.454	0.23
18_D	176_R	1.452	0.23
2_R	129_V	1.451	0.23
117_E	245_G	1.447	0.22
33_A	223_L	1.445	0.22
77_A	374_A	1.436	0.22
9_T	52_A	1.436	0.22
137_L	166_V	1.433	0.22
5_R	102_V	1.431	0.22
291_R	325_D	1.429	0.22
95_G	99_E	1.427	0.22
294_L	322_G	1.423	0.22
18_D	195_L	1.422	0.22
171_Q	197_N	1.421	0.22
381_Q	384_A	1.413	0.22
18_D	171_Q	1.413	0.22
163_T	379_A	1.404	0.22
74_Y	171_Q	1.400	0.21
74_Y	176_R	1.392	0.21
174_E	182_A	1.389	0.21
176_R	195_L	1.368	0.21
74_Y	195_L	1.365	0.21
14_G	336_G	1.363	0.21
46_I	268_P	1.356	0.21
13_A	50_G	1.354	0.21
138_V	310_D	1.351	0.20
171_Q	176_R	1.345	0.20
232_F	267_Y	1.336	0.20
173_G	360_C	1.335	0.20
293_G	297_A	1.334	0.20
372_H	404_T	1.329	0.20
116_V	327_V	1.325	0.20
255_G	297_A	1.321	0.20
159_T	408_H	1.320	0.20
50_G	169_F	1.316	0.20
196_F	243_L	1.307	0.20
216_L	234_V	1.304	0.20
174_E	276_D	1.301	0.19
18_D	74_Y	1.286	0.19
159_T	378_D	1.285	0.19
169_F	361_N	1.279	0.19
268_P	302_D	1.276	0.19
154_A	377_T	1.276	0.19
99_E	315_V	1.272	0.19
57_V	101_L	1.271	0.19
292_D	298_G	1.267	0.19
73_Q	360_C	1.264	0.19
71_A	127_T	1.263	0.19
209_L	216_L	1.263	0.19
257_V	301_V	1.259	0.19
148_T	404_T	1.252	0.19
15_F	359_T	1.251	0.19
47_R	73_Q	1.249	0.18
170_G	394_Y	1.235	0.18
49_P	107_A	1.230	0.18
46_I	250_R	1.225	0.18
194_G	234_V	1.213	0.18
154_A	379_A	1.204	0.18
16_F	316_E	1.195	0.17
171_Q	388_M	1.194	0.17
23_I	34_Y	1.190	0.17
52_A	380_A	1.188	0.17
74_Y	197_N	1.178	0.17
13_A	361_N	1.172	0.17
162_A	166_V	1.171	0.17
105_D	137_L	1.168	0.17
174_E	201_A	1.159	0.17
195_L	360_C	1.157	0.17
232_F	315_V	1.153	0.17
73_Q	197_N	1.151	0.17
47_R	176_R	1.151	0.17
110_A	134_S	1.143	0.17
47_R	74_Y	1.143	0.17
46_I	208_R	1.138	0.16
18_D	360_C	1.133	0.16
190_V	381_Q	1.132	0.16
287_M	305_A	1.128	0.16
3_I	15_F	1.122	0.16
312_R	315_V	1.112	0.16
154_A	158_G	1.111	0.16
98_A	119_L	1.110	0.16
270_Q	302_D	1.106	0.16
73_Q	173_G	1.094	0.16
173_G	195_L	1.089	0.16
137_L	170_G	1.086	0.16
162_A	378_D	1.081	0.16
328_Q	347_C	1.080	0.16
129_V	337_L	1.079	0.16
81_D	84_F	1.078	0.16
336_G	361_N	1.074	0.15
212_Y	308_W	1.073	0.15
18_D	197_N	1.072	0.15
201_A	355_Y	1.068	0.15
47_R	173_G	1.067	0.15
2_R	60_S	1.064	0.15
173_G	215_W	1.063	0.15
369_R	390_F	1.060	0.15
154_A	266_P	1.059	0.15
336_G	395_A	1.059	0.15
154_A	356_V	1.056	0.15
368_R	398_S	1.055	0.15
279_S	282_A	1.046	0.15
261_R	300_A	1.045	0.15
127_T	130_R	1.044	0.15
18_D	173_G	1.040	0.15
173_G	176_R	1.028	0.15
106_A	394_Y	1.025	0.15
216_L	256_Y	1.025	0.15
20_Q	47_R	1.020	0.15
32_M	148_T	1.009	0.14
176_R	360_C	1.008	0.14
176_R	197_N	1.006	0.14
27_A	34_Y	1.006	0.14
169_F	355_Y	0.993	0.14
142_S	392_A	0.993	0.14
270_Q	381_Q	0.993	0.14
51_E	86_A	0.993	0.14
108_C	327_V	0.991	0.14
116_V	129_V	0.988	0.14
344_A	356_V	0.987	0.14
116_V	329_V	0.984	0.14
98_A	291_R	0.984	0.14
171_Q	360_C	0.984	0.14
71_A	169_F	0.983	0.14
182_A	360_C	0.982	0.14
291_R	319_V	0.980	0.14
46_I	96_A	0.978	0.14
263_A	290_L	0.977	0.14
267_Y	325_D	0.977	0.14
124_G	303_I	0.975	0.14
176_R	388_M	0.973	0.14
175_Q	178_R	0.970	0.14
2_R	315_V	0.964	0.14
195_L	388_M	0.963	0.14
137_L	278_G	0.961	0.14
6_V	57_V	0.954	0.14
149_Q	372_H	0.948	0.14
11_G	328_Q	0.947	0.14
118_S	152_V	0.944	0.13
46_I	155_D	0.940	0.13
263_A	275_M	0.939	0.13
74_Y	360_C	0.937	0.13
231_R	270_Q	0.936	0.13
159_T	315_V	0.933	0.13
55_V	394_Y	0.933	0.13
169_F	273_G	0.930	0.13
130_R	336_G	0.929	0.13
109_V	138_V	0.929	0.13
47_R	397_V	0.928	0.13
220_A	232_F	0.928	0.13
123_R	207_V	0.927	0.13
356_V	410_A	0.926	0.13
197_N	388_M	0.926	0.13
174_E	179_G	0.925	0.13
18_D	388_M	0.923	0.13
47_R	360_C	0.923	0.13
47_R	197_N	0.922	0.13
215_W	360_C	0.918	0.13
39_R	61_D	0.914	0.13
23_I	26_G	0.913	0.13
210_V	259_E	0.913	0.13
47_R	171_Q	0.910	0.13
24_T	234_V	0.909	0.13
106_A	112_N	0.908	0.13
47_R	195_L	0.907	0.13
79_D	138_V	0.907	0.13
150_T	356_V	0.902	0.13
362_E	385_K	0.901	0.13
148_T	165_P	0.901	0.13
154_A	163_T	0.901	0.13
46_I	245_G	0.900	0.13
41_D	377_T	0.896	0.13
74_Y	173_G	0.896	0.13
378_D	408_H	0.895	0.13
52_A	124_G	0.895	0.13
226_D	300_A	0.891	0.13
305_A	328_Q	0.887	0.13
48_E	239_M	0.885	0.13
97_V	289_E	0.881	0.13
352_T	373_V	0.880	0.13
74_Y	388_M	0.878	0.13
53_L	77_A	0.877	0.13
134_S	141_A	0.875	0.12
257_V	325_D	0.872	0.12
165_P	267_Y	0.872	0.12
240_L	291_R	0.871	0.12
39_R	55_V	0.871	0.12
163_T	408_H	0.869	0.12
65_V	342_R	0.868	0.12
159_T	340_S	0.868	0.12
334_V	401_M	0.866	0.12
257_V	290_L	0.866	0.12
79_D	310_D	0.865	0.12
375_L	404_T	0.863	0.12
5_R	234_V	0.862	0.12
150_T	375_L	0.862	0.12
258_R	297_A	0.859	0.12
289_E	329_V	0.854	0.12
355_Y	360_C	0.853	0.12
169_F	201_A	0.851	0.12
75_S	127_T	0.851	0.12
213_L	271_I	0.847	0.12
271_I	353_R	0.847	0.12
96_A	125_L	0.844	0.12
73_Q	388_M	0.834	0.12
15_F	174_E	0.834	0.12
179_G	215_W	0.832	0.12
163_T	329_V	0.831	0.12
31_G	34_Y	0.830	0.12
49_P	199_V	0.830	0.12
211_E	214_D	0.828	0.12
292_D	303_I	0.827	0.12
225_G	250_R	0.826	0.12
360_C	388_M	0.826	0.12
71_A	195_L	0.825	0.12
180_A	216_L	0.822	0.12
344_A	378_D	0.819	0.12
12_V	394_Y	0.814	0.12
133_V	394_Y	0.813	0.12
160_E	408_H	0.812	0.12
348_A	380_A	0.812	0.12
47_R	215_W	0.812	0.12
42_G	283_Q	0.811	0.12
20_Q	173_G	0.810	0.12
53_L	93_V	0.806	0.12
267_Y	340_S	0.804	0.12
165_P	398_S	0.802	0.12
190_V	323_A	0.801	0.12
177_R	261_R	0.797	0.11
209_L	212_Y	0.794	0.11
73_Q	384_A	0.792	0.11
14_G	369_R	0.791	0.11
297_A	300_A	0.789	0.11
5_R	410_A	0.788	0.11
172_S	195_L	0.786	0.11
250_R	293_G	0.786	0.11
173_G	197_N	0.782	0.11
20_Q	360_C	0.782	0.11
173_G	179_G	0.781	0.11
50_G	336_G	0.780	0.11
77_A	304_V	0.780	0.11
73_Q	215_W	0.780	0.11
23_I	31_G	0.777	0.11
64_R	213_L	0.777	0.11
31_G	36_G	0.777	0.11
71_A	273_G	0.775	0.11
388_M	397_V	0.775	0.11
276_D	397_V	0.774	0.11
109_V	310_D	0.772	0.11
344_A	408_H	0.771	0.11
20_Q	176_R	0.768	0.11
57_V	137_L	0.767	0.11
356_V	377_T	0.765	0.11
112_N	365_V	0.764	0.11
83_L	309_C	0.763	0.11
360_C	384_A	0.763	0.11
360_C	397_V	0.762	0.11
102_V	121_D	0.760	0.11
97_V	133_V	0.758	0.11
50_G	126_H	0.756	0.11
73_Q	169_F	0.754	0.11
87_A	265_A	0.754	0.11
45_R	240_L	0.754	0.11
5_R	98_A	0.754	0.11
294_L	352_T	0.753	0.11
8_A	13_A	0.751	0.11
290_L	381_Q	0.748	0.11
127_T	273_G	0.747	0.11
160_E	356_V	0.746	0.11
126_H	401_M	0.746	0.11
71_A	171_Q	0.746	0.11
20_Q	397_V	0.746	0.11
126_H	361_N	0.745	0.11
20_Q	276_D	0.744	0.11
101_L	106_A	0.742	0.11
133_V	271_I	0.741	0.11
133_V	151_R	0.739	0.11
78_G	331_T	0.739	0.11
51_E	381_Q	0.739	0.11
73_Q	276_D	0.738	0.11
213_L	345_R	0.737	0.11
114_A	369_R	0.736	0.11
171_Q	384_A	0.735	0.11
96_A	200_E	0.733	0.11
147_T	152_V	0.733	0.11
205_D	298_G	0.731	0.11
8_A	406_A	0.731	0.11
8_A	324_A	0.730	0.11
370_C	374_A	0.729	0.11
13_A	338_L	0.727	0.11
370_C	379_A	0.723	0.11
17_F	51_E	0.723	0.11
55_V	78_G	0.722	0.11
12_V	187_R	0.721	0.11
11_G	329_V	0.720	0.11
174_E	177_R	0.716	0.11
243_L	390_F	0.713	0.10
217_S	270_Q	0.713	0.10
136_A	228_Y	0.713	0.10
73_Q	174_E	0.713	0.10
189_G	226_D	0.712	0.10
120_A	380_A	0.708	0.10
97_V	316_E	0.707	0.10
55_V	331_T	0.705	0.10
13_A	169_F	0.704	0.10
189_G	245_G	0.703	0.10
354_A	360_C	0.702	0.10
20_Q	73_Q	0.702	0.10
117_E	133_V	0.699	0.10
174_E	195_L	0.699	0.10
133_V	172_S	0.699	0.10
179_G	390_F	0.697	0.10
193_H	237_Y	0.697	0.10
145_R	285_D	0.697	0.10
290_L	301_V	0.697	0.10
47_R	388_M	0.695	0.10
196_F	341_G	0.693	0.10
268_P	373_V	0.692	0.10
341_G	379_A	0.690	0.10
368_R	410_A	0.689	0.10
172_S	176_R	0.684	0.10
220_A	313_A	0.684	0.10
179_G	360_C	0.683	0.10
319_V	324_A	0.682	0.10
180_A	360_C	0.682	0.10
195_L	384_A	0.680	0.10
327_V	375_L	0.679	0.10
371_A	374_A	0.679	0.10
116_V	134_S	0.676	0.10
312_R	344_A	0.673	0.10
196_F	396_A	0.673	0.10
6_V	194_G	0.673	0.10
108_C	111_D	0.672	0.10
62_G	113_A	0.672	0.10
20_Q	355_Y	0.672	0.10
246_P	373_V	0.670	0.10
78_G	182_A	0.668	0.10
254_T	293_G	0.667	0.10
181_E	353_R	0.666	0.10
62_G	263_A	0.666	0.10
224_G	246_P	0.666	0.10
220_A	341_G	0.666	0.10
66_R	134_S	0.664	0.10
129_V	316_E	0.664	0.10
78_G	388_M	0.663	0.10
48_E	202_V	0.662	0.10
344_A	371_A	0.661	0.10
224_G	377_T	0.661	0.10
213_L	264_A	0.660	0.10
112_N	141_A	0.659	0.10
195_L	215_W	0.659	0.10
182_A	215_W	0.658	0.10
126_H	169_F	0.655	0.10
153_L	340_S	0.655	0.10
319_V	322_G	0.655	0.10
52_A	98_A	0.655	0.10
171_Q	174_E	0.652	0.10
73_Q	172_S	0.649	0.10
120_A	250_R	0.648	0.10
281_E	373_V	0.647	0.10
334_V	339_E	0.645	0.10
126_H	130_R	0.645	0.10
154_A	312_R	0.645	0.10
5_R	151_R	0.644	0.10
28_D	121_D	0.640	0.10
3_I	331_T	0.640	0.10
6_V	152_V	0.639	0.10
57_V	64_R	0.638	0.10
64_R	118_S	0.635	0.10
166_V	319_V	0.634	0.10
384_A	388_M	0.634	0.10
114_A	327_V	0.633	0.10
224_G	298_G	0.633	0.10
177_R	215_W	0.632	0.10
194_G	288_A	0.631	0.10
27_A	31_G	0.629	0.10
16_F	185_L	0.628	0.10
50_G	244_F	0.626	0.10
14_G	149_Q	0.626	0.10
9_T	56_E	0.625	0.09
334_V	342_R	0.624	0.09
176_R	215_W	0.624	0.09
185_L	275_M	0.623	0.09
262_A	295_A	0.622	0.09
270_Q	353_R	0.621	0.09
144_A	207_V	0.620	0.09
349_G	352_T	0.615	0.09
173_G	182_A	0.614	0.09
55_V	70_A	0.613	0.09
147_T	155_D	0.613	0.09
332_P	366_S	0.611	0.09
35_A	405_L	0.610	0.09
150_T	189_G	0.610	0.09
106_A	144_A	0.608	0.09
259_E	262_A	0.607	0.09
240_L	253_V	0.606	0.09
201_A	276_D	0.605	0.09
262_A	325_D	0.605	0.09
17_F	75_S	0.605	0.09
182_A	195_L	0.604	0.09
244_F	256_Y	0.603	0.09
126_H	309_C	0.603	0.09
202_V	240_L	0.601	0.09
53_L	125_L	0.601	0.09
78_G	397_V	0.601	0.09
71_A	176_R	0.599	0.09
232_F	402_R	0.596	0.09
217_S	368_R	0.594	0.09
200_E	394_Y	0.593	0.09
71_A	201_A	0.593	0.09
71_A	74_Y	0.592	0.09
74_Y	276_D	0.591	0.09
9_T	58_V	0.590	0.09
65_V	139_A	0.589	0.09
8_A	61_D	0.588	0.09
118_S	134_S	0.586	0.09
151_R	220_A	0.583	0.09
151_R	369_R	0.580	0.09
250_R	356_V	0.580	0.09
276_D	360_C	0.580	0.09
303_I	373_V	0.578	0.09
18_D	397_V	0.578	0.09
49_P	183_M	0.578	0.09
155_D	213_L	0.578	0.09
89_H	273_G	0.577	0.09
208_R	370_C	0.577	0.09
49_P	347_C	0.577	0.09
149_Q	179_G	0.577	0.09
43_Y	142_S	0.576	0.09
209_L	320_D	0.576	0.09
146_A	282_A	0.576	0.09
371_A	377_T	0.576	0.09
203_G	206_G	0.574	0.09
156_A	184_L	0.572	0.09
356_V	373_V	0.572	0.09
173_G	276_D	0.571	0.09
71_A	256_Y	0.568	0.09
16_F	116_V	0.566	0.09
74_Y	384_A	0.566	0.09
197_N	201_A	0.565	0.09
345_R	351_D	0.563	0.09
189_G	404_T	0.562	0.09
151_R	240_L	0.562	0.09
157_L	338_L	0.562	0.09
12_V	172_S	0.562	0.09
213_L	353_R	0.560	0.09
28_D	313_A	0.560	0.09
152_V	296_D	0.559	0.09
36_G	79_D	0.557	0.09
154_A	402_R	0.557	0.09
196_F	397_V	0.556	0.09
70_A	86_A	0.556	0.09
194_G	380_A	0.554	0.09
232_F	351_D	0.553	0.09
57_V	259_E	0.553	0.09
245_G	250_R	0.552	0.09
194_G	286_A	0.551	0.09
105_D	208_R	0.550	0.09
382_V	398_S	0.547	0.09
55_V	106_A	0.545	0.09
337_L	364_T	0.545	0.09
197_N	360_C	0.545	0.09
179_G	381_Q	0.544	0.09
7_T	58_V	0.544	0.09
250_R	352_T	0.544	0.09
26_G	31_G	0.543	0.09
63_R	213_L	0.543	0.09
98_A	382_V	0.542	0.09
298_G	352_T	0.541	0.09
129_V	327_V	0.541	0.09
102_V	410_A	0.541	0.09
173_G	355_Y	0.540	0.09
74_Y	215_W	0.539	0.09
165_P	378_D	0.538	0.09
126_H	244_F	0.538	0.09
182_A	354_A	0.538	0.09
64_R	407_R	0.538	0.09
110_A	352_T	0.538	0.09
147_T	281_E	0.537	0.09
64_R	405_L	0.535	0.09
74_Y	172_S	0.534	0.09
14_G	290_L	0.533	0.09
61_D	243_L	0.530	0.09
69_C	86_A	0.528	0.09
377_T	408_H	0.528	0.09
18_D	174_E	0.527	0.09
157_L	395_A	0.526	0.08
265_A	322_G	0.524	0.08
61_D	261_R	0.524	0.08
277_A	286_A	0.524	0.08
373_V	404_T	0.524	0.08
148_T	319_V	0.523	0.08
171_Q	215_W	0.523	0.08
97_V	267_Y	0.523	0.08
176_R	276_D	0.522	0.08
41_D	364_T	0.522	0.08
148_T	232_F	0.521	0.08
173_G	388_M	0.519	0.08
332_P	383_L	0.516	0.08
11_G	42_G	0.516	0.08
154_A	404_T	0.515	0.08
174_E	360_C	0.515	0.08
346_Y	361_N	0.514	0.08
165_P	368_R	0.514	0.08
31_G	79_D	0.514	0.08
8_A	284_I	0.513	0.08
127_T	331_T	0.513	0.08
21_A	25_A	0.512	0.08
183_M	188_V	0.512	0.08
332_P	362_E	0.510	0.08
46_I	405_L	0.510	0.08
81_D	127_T	0.510	0.08
196_F	223_L	0.509	0.08
83_L	91_A	0.508	0.08
312_R	342_R	0.507	0.08
279_S	375_L	0.506	0.08
168_V	184_L	0.505	0.08
18_D	215_W	0.505	0.08
113_A	134_S	0.505	0.08
191_L	283_Q	0.505	0.08
16_F	231_R	0.505	0.08
10_P	129_V	0.503	0.08
224_G	375_L	0.500	0.08

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
1kkoA	2	0.9761	100	0.599	Contact Map
1kczA	2	0.9809	100	0.614	Contact Map
3otrA	2	0.8684	100	0.846	Contact Map
4mksA	3	0.8182	100	0.848	Contact Map
2pa6A	5	0.8517	100	0.849	Contact Map
3uj2A	3	0.8636	100	0.849	Contact Map
3tqpA	2	0.8349	100	0.85	Contact Map
2fymA	3	0.866	100	0.85	Contact Map
2akzA	2	0.8589	100	0.851	Contact Map
4ropA	3	0.8541	100	0.852	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0115 seconds.