AUBA - HALSA - GREMLIN Contacts

Home
GREMLIN
- Submit - Monomer
- Submit - Complex
Contacts
Metagenomics
- Contacts
- Structures
Structures
- List
Old Projects
- Complexes (2014)
- PFAM (2013)

AUBA - RNA-binding protein AU-1

UniProt:	Q9HMA9	Sequences: MTRVRVRGIYATALTQLLRNAGLDVVAASPPIRARFPDADLGAAEPHADIRMTPDRQGVGITAHGDDHARAVRAVVADLPRDTFVWPDPVPRGAVFDAAVDHTVGGGAILDLGDDREAYLPFGAVDDHVTDGDTLRVAIRDPAPPWHDDRPTATSTITVSGALASLDRGVDALVAGAATDRAELARATELLDPDIPDNWGVYWEYDGADASLDARGTALDTLAARADRLEATLADADGGDTPGLVAAPDTTLWAWFGRETRCALDDHRRTVAATMPGHHRIKAGSDAASDAVDFAEALGASVDEFPFGAVTDQFGPSVGASIEIQHGKPDGALISLGRGEVTDRSAENARITVEREMTGGGTYDALGVAREAGDTATTRFTEGNWWYPTVYRSEDGERKGTYLNVCTPVEVFPDAVRYVDLHVDVIKHADGAVEIVDREELQDCVADGLVSEELAEKALSVAERVQSAVAE	Download Alignment We filter this alignment to remove sites that have many gaps before running GREMLIN. Date: 2015_01
Length:	471 (456)
Sequences:	100 (67)
Seq/√Len:	3.2

HALSA - AUBA
SULSO - AUBA

GREMLIN Results:

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher coevolution strength.

Residue pairs sorted by coevolution strength:

i	j	Sco	Prob
98_A	110_L	5.317	0.92
18_L	72_V	4.047	0.75
98_A	153_A	4.045	0.75
371_E	399_K	4.038	0.75
291_A	294_F	3.235	0.57
335_S	416_V	3.172	0.55
6_V	187_A	3.126	0.54
281_I	284_G	2.842	0.47
365_A	398_R	2.802	0.46
324_I	380_F	2.799	0.46
218_A	222_L	2.791	0.45
106_G	119_Y	2.717	0.44
98_A	173_L	2.534	0.39
212_L	365_A	2.488	0.38
164_A	215_R	2.438	0.37
438_R	459_L	2.423	0.36
435_I	463_E	2.369	0.35
141_D	464_R	2.260	0.33
267_H	405_V	2.217	0.32
342_T	377_T	2.208	0.31
393_S	397_E	2.186	0.31
435_I	438_R	2.185	0.31
201_V	245_V	2.183	0.31
40_D	343_D	2.154	0.30
11_A	304_E	2.147	0.30
359_G	416_V	2.119	0.29
184_L	187_A	2.093	0.29
27_A	171_D	2.069	0.28
164_A	201_V	2.069	0.28
17_L	84_F	2.066	0.28
294_F	324_I	2.059	0.28
96_F	351_I	1.997	0.27
32_I	36_F	1.983	0.27
171_D	365_A	1.983	0.27
27_A	200_G	1.975	0.26
15_T	32_I	1.966	0.26
28_A	86_W	1.958	0.26
435_I	442_Q	1.954	0.26
81_R	211_S	1.950	0.26
16_Q	40_D	1.927	0.25
150_R	215_R	1.890	0.25
323_E	335_S	1.846	0.24
47_H	61_I	1.827	0.24
4_V	64_H	1.825	0.24
175_A	411_V	1.806	0.23
358_T	370_R	1.772	0.23
84_F	451_S	1.767	0.22
131_D	405_V	1.738	0.22
54_P	442_Q	1.737	0.22
118_A	403_L	1.712	0.21
164_A	200_G	1.705	0.21
20_N	114_D	1.697	0.21
164_A	222_L	1.696	0.21
111_D	451_S	1.687	0.21
4_V	351_I	1.680	0.21
101_D	195_I	1.679	0.21
351_I	438_R	1.627	0.20
164_A	171_D	1.626	0.20
164_A	435_I	1.619	0.20
8_G	13_A	1.604	0.20
104_V	435_I	1.597	0.20
164_A	286_D	1.583	0.19
29_S	363_Y	1.573	0.19
30_P	50_I	1.558	0.19
3_R	465_V	1.552	0.19
49_D	54_P	1.550	0.19
337_G	378_T	1.546	0.19
19_R	465_V	1.545	0.19
125_V	415_A	1.535	0.19
267_H	270_T	1.531	0.19
351_I	427_K	1.530	0.18
104_V	150_R	1.519	0.18
69_A	403_L	1.517	0.18
10_Y	407_T	1.507	0.18
141_D	380_F	1.491	0.18
49_D	72_V	1.485	0.18
203_W	337_G	1.471	0.18
173_L	411_V	1.471	0.18
101_D	198_N	1.471	0.18
215_R	392_R	1.471	0.18
242_P	451_S	1.457	0.17
292_V	363_Y	1.456	0.17
96_F	183_E	1.454	0.17
179_T	298_L	1.451	0.17
77_A	322_I	1.449	0.17
250_T	351_I	1.448	0.17
58_G	277_G	1.443	0.17
186_R	353_V	1.436	0.17
15_T	36_F	1.436	0.17
54_P	106_G	1.424	0.17
84_F	235_D	1.424	0.17
23_L	234_A	1.416	0.17
195_I	335_S	1.406	0.17
134_T	450_V	1.394	0.16
293_D	349_A	1.392	0.16
98_A	452_E	1.383	0.16
194_D	226_A	1.380	0.16
29_S	113_G	1.370	0.16
70_R	234_A	1.369	0.16
27_A	48_A	1.367	0.16
390_V	398_R	1.366	0.16
153_A	446_A	1.363	0.16
19_R	151_P	1.356	0.16
110_L	464_R	1.347	0.16
201_V	249_D	1.343	0.16
8_G	12_T	1.342	0.16
158_T	169_G	1.333	0.16
304_E	347_E	1.326	0.16
98_A	118_A	1.324	0.16
163_L	299_G	1.318	0.15
200_G	465_V	1.305	0.15
334_I	360_G	1.304	0.15
50_I	414_D	1.299	0.15
175_A	179_T	1.287	0.15
322_I	416_V	1.285	0.15
185_A	358_T	1.280	0.15
271_V	300_A	1.280	0.15
385_W	435_I	1.278	0.15
51_R	54_P	1.273	0.15
187_A	273_A	1.267	0.15
118_A	153_A	1.265	0.15
178_A	260_T	1.264	0.15
67_D	415_A	1.262	0.15
326_H	410_E	1.249	0.15
230_E	442_Q	1.247	0.14
135_L	164_A	1.245	0.14
313_Q	365_A	1.242	0.14
9_I	12_T	1.238	0.14
378_T	385_W	1.238	0.14
45_E	309_A	1.237	0.14
72_V	197_D	1.231	0.14
153_A	442_Q	1.225	0.14
125_V	201_V	1.223	0.14
391_Y	418_Y	1.222	0.14
424_D	437_D	1.222	0.14
404_N	437_D	1.222	0.14
404_N	424_D	1.222	0.14
404_N	418_Y	1.222	0.14
400_G	437_D	1.222	0.14
418_Y	424_D	1.222	0.14
400_G	424_D	1.222	0.14
400_G	418_Y	1.222	0.14
400_G	404_N	1.222	0.14
391_Y	404_N	1.222	0.14
391_Y	437_D	1.222	0.14
391_Y	424_D	1.222	0.14
170_V	211_S	1.222	0.14
418_Y	437_D	1.222	0.14
35_R	404_N	1.222	0.14
35_R	400_G	1.222	0.14
364_D	437_D	1.222	0.14
364_D	391_Y	1.222	0.14
35_R	391_Y	1.222	0.14
364_D	400_G	1.222	0.14
35_R	418_Y	1.222	0.14
364_D	424_D	1.222	0.14
35_R	424_D	1.222	0.14
35_R	364_D	1.222	0.14
391_Y	400_G	1.222	0.14
364_D	418_Y	1.222	0.14
35_R	437_D	1.222	0.14
364_D	404_N	1.222	0.14
290_D	347_E	1.208	0.14
296_E	408_P	1.204	0.14
112_L	126_D	1.201	0.14
29_S	374_D	1.197	0.14
365_A	449_L	1.196	0.14
210_A	423_V	1.195	0.14
282_K	436_V	1.194	0.14
140_R	429_A	1.189	0.14
18_L	217_T	1.188	0.14
82_D	283_A	1.183	0.14
264_L	410_E	1.180	0.14
270_T	394_E	1.179	0.14
151_P	334_I	1.172	0.14
65_G	405_V	1.166	0.13
39_A	89_P	1.162	0.13
231_A	394_E	1.161	0.13
104_V	442_Q	1.158	0.13
121_P	422_H	1.156	0.13
40_D	215_R	1.155	0.13
118_A	452_E	1.154	0.13
389_T	406_C	1.153	0.13
123_G	152_T	1.152	0.13
334_I	393_S	1.149	0.13
251_T	379_R	1.147	0.13
92_R	251_T	1.147	0.13
269_R	345_S	1.146	0.13
125_V	359_G	1.145	0.13
205_Y	232_T	1.144	0.13
103_T	435_I	1.144	0.13
197_D	453_E	1.144	0.13
34_A	217_T	1.143	0.13
254_A	467_S	1.141	0.13
298_L	309_A	1.141	0.13
23_L	416_V	1.137	0.13
357_M	360_G	1.134	0.13
153_A	435_I	1.133	0.13
259_E	419_V	1.133	0.13
302_V	368_V	1.128	0.13
73_R	252_L	1.124	0.13
231_A	343_D	1.122	0.13
238_G	254_A	1.121	0.13
98_A	104_V	1.120	0.13
208_A	411_V	1.111	0.13
63_A	198_N	1.108	0.13
49_D	205_Y	1.104	0.13
67_D	131_D	1.103	0.13
207_G	429_A	1.102	0.13
56_R	294_F	1.098	0.13
77_A	435_I	1.098	0.13
50_I	60_G	1.094	0.13
83_T	339_G	1.092	0.13
19_R	92_R	1.091	0.13
164_A	245_V	1.082	0.13
126_D	248_P	1.081	0.13
84_F	309_A	1.081	0.13
7_R	13_A	1.080	0.12
202_Y	251_T	1.078	0.12
197_D	308_G	1.070	0.12
296_E	374_D	1.070	0.12
140_R	148_D	1.070	0.12
151_P	243_G	1.069	0.12
216_G	267_H	1.068	0.12
175_A	178_A	1.065	0.12
154_T	452_E	1.065	0.12
48_A	263_A	1.061	0.12
47_H	453_E	1.060	0.12
161_G	201_V	1.060	0.12
98_A	185_A	1.058	0.12
18_L	285_S	1.058	0.12
180_D	450_V	1.056	0.12
178_A	187_A	1.056	0.12
3_R	158_T	1.051	0.12
123_G	248_P	1.050	0.12
264_L	271_V	1.047	0.12
85_V	229_L	1.045	0.12
435_I	459_L	1.045	0.12
351_I	446_A	1.043	0.12
97_D	248_P	1.043	0.12
230_E	463_E	1.041	0.12
50_I	340_E	1.040	0.12
277_G	376_A	1.039	0.12
245_V	446_A	1.037	0.12
71_A	229_L	1.031	0.12
25_V	405_V	1.028	0.12
98_A	463_E	1.028	0.12
167_D	429_A	1.026	0.12
157_I	287_A	1.024	0.12
135_L	215_R	1.023	0.12
393_S	399_K	1.020	0.12
6_V	240_D	1.020	0.12
131_D	340_E	1.019	0.12
22_G	365_A	1.018	0.12
27_A	379_R	1.017	0.12
135_L	179_T	1.015	0.12
289_S	462_A	1.014	0.12
17_L	114_D	1.014	0.12
89_P	452_E	1.009	0.12
6_V	377_T	1.008	0.12
85_V	463_E	1.007	0.12
20_N	234_A	1.006	0.12
19_R	50_I	1.006	0.12
324_I	465_V	1.003	0.12
153_A	438_R	1.002	0.12
266_D	397_E	1.002	0.12
94_A	357_M	0.999	0.12
292_V	417_R	0.997	0.12
30_P	185_A	0.995	0.12
93_G	319_G	0.995	0.12
49_D	204_E	0.995	0.12
103_T	370_R	0.993	0.12
5_R	203_W	0.993	0.12
457_K	464_R	0.990	0.12
20_N	164_A	0.989	0.12
347_E	415_A	0.988	0.11
199_W	427_K	0.985	0.11
375_T	405_V	0.979	0.11
244_L	380_F	0.974	0.11
62_T	248_P	0.973	0.11
27_A	192_D	0.969	0.11
99_A	122_F	0.964	0.11
356_E	427_K	0.964	0.11
62_T	125_V	0.963	0.11
155_S	215_R	0.963	0.11
213_D	442_Q	0.960	0.11
59_V	434_E	0.959	0.11
111_D	242_P	0.957	0.11
148_D	203_W	0.955	0.11
161_G	270_T	0.955	0.11
377_T	390_V	0.947	0.11
12_T	404_N	0.945	0.11
12_T	424_D	0.945	0.11
12_T	391_Y	0.945	0.11
12_T	437_D	0.945	0.11
12_T	364_D	0.945	0.11
12_T	35_R	0.945	0.11
12_T	400_G	0.945	0.11
12_T	418_Y	0.945	0.11
157_I	238_G	0.945	0.11
185_A	398_R	0.944	0.11
46_P	212_L	0.944	0.11
374_D	408_P	0.943	0.11
23_L	335_S	0.935	0.11
263_A	369_A	0.934	0.11
354_E	450_V	0.933	0.11
3_R	156_T	0.933	0.11
98_A	272_A	0.927	0.11
200_G	330_D	0.925	0.11
79_L	84_F	0.923	0.11
183_E	207_G	0.923	0.11
256_F	277_G	0.921	0.11
30_P	60_G	0.919	0.11
33_R	434_E	0.919	0.11
147_H	449_L	0.915	0.11
435_I	466_Q	0.908	0.11
102_H	466_Q	0.904	0.11
322_I	353_V	0.902	0.11
20_N	224_A	0.899	0.11
22_G	44_A	0.899	0.11
323_E	338_R	0.898	0.11
371_E	393_S	0.897	0.11
216_G	405_V	0.895	0.11
363_Y	374_D	0.895	0.11
369_A	426_I	0.892	0.11
266_D	318_V	0.885	0.10
119_Y	295_A	0.882	0.10
283_A	376_A	0.882	0.10
347_E	456_E	0.880	0.10
23_L	351_I	0.870	0.10
312_D	358_T	0.868	0.10
174_V	205_Y	0.868	0.10
135_L	381_T	0.866	0.10
337_G	376_A	0.866	0.10
106_G	312_D	0.864	0.10
316_P	386_W	0.864	0.10
60_G	150_R	0.862	0.10
19_R	168_R	0.860	0.10
10_Y	15_T	0.858	0.10
281_I	318_V	0.857	0.10
10_Y	374_D	0.856	0.10
182_A	426_I	0.856	0.10
158_T	171_D	0.856	0.10
50_I	416_V	0.855	0.10
98_A	435_I	0.855	0.10
58_G	256_F	0.852	0.10
282_K	374_D	0.851	0.10
21_A	368_V	0.851	0.10
175_A	208_A	0.851	0.10
249_D	369_A	0.849	0.10
135_L	429_A	0.849	0.10
458_A	462_A	0.846	0.10
168_R	333_L	0.846	0.10
445_V	455_A	0.845	0.10
215_R	442_Q	0.843	0.10
153_A	363_Y	0.843	0.10
110_L	156_T	0.843	0.10
130_T	215_R	0.842	0.10
267_H	308_G	0.841	0.10
88_D	311_T	0.840	0.10
17_L	244_L	0.838	0.10
78_D	122_F	0.838	0.10
240_D	377_T	0.837	0.10
171_D	200_G	0.837	0.10
334_I	372_A	0.836	0.10
18_L	55_D	0.832	0.10
179_T	291_A	0.831	0.10
218_A	261_R	0.827	0.10
62_T	175_A	0.826	0.10
54_P	119_Y	0.826	0.10
103_T	438_R	0.822	0.10
159_V	233_L	0.820	0.10
7_R	12_T	0.818	0.10
201_V	222_L	0.817	0.10
401_T	436_V	0.817	0.10
310_V	447_D	0.815	0.10
46_P	171_D	0.813	0.10
409_V	419_V	0.812	0.10
106_G	333_L	0.811	0.10
254_A	350_R	0.810	0.10
196_P	199_W	0.809	0.10
6_V	71_A	0.808	0.10
161_G	405_V	0.807	0.10
330_D	385_W	0.807	0.10
292_V	385_W	0.806	0.10
354_E	396_G	0.805	0.10
117_E	150_R	0.804	0.10
217_T	309_A	0.803	0.10
4_V	157_I	0.803	0.10
99_A	114_D	0.801	0.10
248_P	273_A	0.801	0.10
416_V	465_V	0.801	0.10
70_R	222_L	0.800	0.10
98_A	442_Q	0.799	0.10
240_D	347_E	0.799	0.10
78_D	466_Q	0.798	0.10
209_D	330_D	0.798	0.10
79_L	405_V	0.796	0.10
15_T	58_G	0.796	0.10
165_S	457_K	0.794	0.10
427_K	465_V	0.794	0.10
16_Q	20_N	0.790	0.10
326_H	448_G	0.790	0.10
155_S	300_A	0.788	0.10
308_G	351_I	0.784	0.10
124_A	281_I	0.783	0.10
106_G	311_T	0.779	0.09
251_T	365_A	0.779	0.09
61_I	158_T	0.778	0.09
71_A	214_A	0.777	0.09
61_I	106_G	0.777	0.09
361_G	402_Y	0.774	0.09
26_V	368_V	0.767	0.09
192_D	211_S	0.767	0.09
158_T	435_I	0.766	0.09
172_A	284_G	0.764	0.09
153_A	459_L	0.764	0.09
286_D	451_S	0.762	0.09
407_T	441_L	0.762	0.09
411_V	463_E	0.758	0.09
72_V	465_V	0.753	0.09
282_K	337_G	0.752	0.09
50_I	301_S	0.751	0.09
251_T	465_V	0.751	0.09
298_L	367_G	0.750	0.09
63_A	403_L	0.750	0.09
229_L	465_V	0.750	0.09
231_A	267_H	0.747	0.09
262_C	403_L	0.747	0.09
15_T	31_P	0.744	0.09
70_R	304_E	0.740	0.09
84_F	439_E	0.736	0.09
218_A	225_R	0.735	0.09
201_V	220_D	0.734	0.09
245_V	317_S	0.734	0.09
46_P	286_D	0.727	0.09
442_Q	463_E	0.726	0.09
23_L	99_A	0.720	0.09
44_A	359_G	0.720	0.09
44_A	223_A	0.719	0.09
74_A	220_D	0.718	0.09
92_R	291_A	0.718	0.09
321_S	354_E	0.717	0.09
326_H	418_Y	0.715	0.09
326_H	424_D	0.715	0.09
326_H	404_N	0.715	0.09
326_H	437_D	0.715	0.09
326_H	400_G	0.715	0.09
326_H	364_D	0.715	0.09
326_H	391_Y	0.715	0.09
35_R	326_H	0.715	0.09
357_M	365_A	0.710	0.09
76_V	238_G	0.710	0.09
220_D	266_D	0.710	0.09
182_A	190_L	0.709	0.09
18_L	95_V	0.708	0.09
155_S	390_V	0.705	0.09
67_D	334_I	0.704	0.09
49_D	403_L	0.703	0.09
288_A	314_F	0.703	0.09
321_S	467_S	0.702	0.09
186_R	366_L	0.701	0.09
67_D	241_T	0.700	0.09
167_D	398_R	0.697	0.09
118_A	408_P	0.696	0.09
184_L	248_P	0.695	0.09
246_A	295_A	0.694	0.09
273_A	285_S	0.693	0.09
164_A	390_V	0.691	0.09
221_T	244_L	0.689	0.09
268_R	420_D	0.688	0.09
265_D	355_R	0.688	0.09
274_T	278_H	0.688	0.09
278_H	373_G	0.688	0.09
278_H	420_D	0.688	0.09
265_D	373_G	0.688	0.09
279_H	355_R	0.688	0.09
279_H	373_G	0.688	0.09
279_H	420_D	0.688	0.09
278_H	355_R	0.688	0.09
274_T	279_H	0.688	0.09
268_R	373_G	0.688	0.09
265_D	420_D	0.688	0.09
268_R	278_H	0.688	0.09
268_R	274_T	0.688	0.09
265_D	268_R	0.688	0.09
268_R	355_R	0.688	0.09
265_D	274_T	0.688	0.09
265_D	278_H	0.688	0.09
265_D	279_H	0.688	0.09
274_T	420_D	0.688	0.09
274_T	355_R	0.688	0.09
355_R	373_G	0.688	0.09
355_R	420_D	0.688	0.09
373_G	420_D	0.688	0.09
268_R	279_H	0.688	0.09
274_T	373_G	0.688	0.09
203_W	282_K	0.687	0.09
3_R	405_V	0.687	0.09
4_V	40_D	0.686	0.09
18_L	405_V	0.685	0.09
79_L	158_T	0.684	0.09
217_T	333_L	0.683	0.09
208_A	285_S	0.681	0.09
240_D	369_A	0.680	0.09
350_R	415_A	0.677	0.09
149_D	220_D	0.674	0.09
235_D	242_P	0.673	0.09
59_V	183_E	0.671	0.09
47_H	250_T	0.670	0.09
182_A	187_A	0.670	0.09
104_V	463_E	0.670	0.09
368_V	429_A	0.670	0.09
34_A	202_Y	0.668	0.09
28_A	225_R	0.667	0.09
330_D	456_E	0.666	0.09
239_G	245_V	0.665	0.09
315_G	431_G	0.664	0.09
19_R	46_P	0.663	0.08
30_P	192_D	0.662	0.08
45_E	175_A	0.661	0.08
228_R	351_I	0.660	0.08
393_S	416_V	0.658	0.08
421_L	454_L	0.658	0.08
183_E	186_R	0.657	0.08
187_A	190_L	0.657	0.08
24_D	60_G	0.655	0.08
158_T	439_E	0.653	0.08
23_L	465_V	0.652	0.08
79_L	169_G	0.652	0.08
366_L	426_I	0.650	0.08
155_S	164_A	0.649	0.08
215_R	303_D	0.649	0.08
256_F	315_G	0.648	0.08
129_V	375_T	0.646	0.08
103_T	117_E	0.645	0.08
205_Y	375_T	0.643	0.08
457_K	466_Q	0.641	0.08
72_V	427_K	0.641	0.08
311_T	460_S	0.640	0.08
137_V	296_E	0.639	0.08
59_V	256_F	0.638	0.08
5_R	451_S	0.637	0.08
276_P	354_E	0.636	0.08
96_F	202_Y	0.636	0.08
294_F	380_F	0.635	0.08
153_A	467_S	0.635	0.08
61_I	228_R	0.634	0.08
124_A	248_P	0.633	0.08
138_A	257_G	0.630	0.08
124_A	460_S	0.629	0.08
27_A	63_A	0.628	0.08
438_R	463_E	0.628	0.08
19_R	450_V	0.627	0.08
74_A	241_T	0.626	0.08
57_Q	255_W	0.626	0.08
169_G	405_V	0.626	0.08
135_L	411_V	0.625	0.08
245_V	249_D	0.624	0.08
271_V	465_V	0.622	0.08
398_R	429_A	0.620	0.08
6_V	14_L	0.619	0.08
73_R	427_K	0.619	0.08
98_A	357_M	0.618	0.08
106_G	266_D	0.618	0.08
162_A	211_S	0.618	0.08
59_V	75_V	0.614	0.08
230_E	435_I	0.613	0.08
110_L	463_E	0.613	0.08
169_G	213_D	0.612	0.08
160_S	241_T	0.612	0.08
145_P	256_F	0.608	0.08
187_A	205_Y	0.608	0.08
23_L	317_S	0.605	0.08
86_W	367_G	0.605	0.08
176_G	249_D	0.605	0.08
157_I	240_D	0.602	0.08
118_A	345_S	0.599	0.08
222_L	414_D	0.598	0.08
48_A	74_A	0.597	0.08
426_I	457_K	0.595	0.08
28_A	388_P	0.594	0.08
80_P	183_E	0.593	0.08
154_T	290_D	0.593	0.08
213_D	390_V	0.592	0.08
100_V	112_L	0.592	0.08
176_G	179_T	0.590	0.08
6_V	229_L	0.588	0.08
375_T	411_V	0.585	0.08
172_A	200_G	0.584	0.08
191_L	203_W	0.584	0.08
174_V	245_V	0.581	0.08
135_L	153_A	0.581	0.08
175_A	405_V	0.580	0.08
98_A	301_S	0.576	0.08
362_T	365_A	0.576	0.08
175_A	187_A	0.576	0.08
96_F	248_P	0.574	0.08
88_D	414_D	0.573	0.08
102_H	463_E	0.572	0.08
36_F	440_E	0.572	0.08
190_L	256_F	0.572	0.08
45_E	390_V	0.570	0.08
30_P	442_Q	0.570	0.08
70_R	241_T	0.570	0.08
27_A	46_P	0.569	0.08
107_G	136_R	0.566	0.08
114_D	362_T	0.565	0.08
3_R	169_G	0.562	0.08
4_V	426_I	0.560	0.08
120_L	282_K	0.559	0.08
246_A	405_V	0.559	0.08
161_G	210_A	0.559	0.08
138_A	315_G	0.558	0.08
50_I	254_A	0.558	0.08
25_V	460_S	0.557	0.08
311_T	390_V	0.555	0.08
328_K	440_E	0.554	0.08
173_L	188_T	0.553	0.08
294_F	463_E	0.552	0.08
113_G	271_V	0.551	0.08
196_P	294_F	0.549	0.08
382_E	413_P	0.548	0.08
154_T	428_H	0.548	0.08
11_A	17_L	0.547	0.08
267_H	375_T	0.546	0.08
39_A	370_R	0.544	0.08
58_G	376_A	0.543	0.08
414_D	451_S	0.542	0.08
87_P	248_P	0.541	0.08
287_A	365_A	0.539	0.08
224_A	245_V	0.536	0.08
133_D	191_L	0.534	0.08
135_L	168_R	0.534	0.08
71_A	139_I	0.534	0.08
33_R	303_D	0.534	0.08
27_A	92_R	0.533	0.08
381_T	384_N	0.532	0.08
23_L	159_V	0.531	0.07
195_I	232_T	0.531	0.07
61_I	360_G	0.530	0.07
204_E	247_A	0.529	0.07
32_I	264_L	0.529	0.07
49_D	446_A	0.529	0.07
20_N	239_G	0.528	0.07
98_A	397_E	0.526	0.07
104_V	152_T	0.524	0.07
256_F	339_G	0.523	0.07
17_L	294_F	0.522	0.07
106_G	358_T	0.521	0.07
27_A	42_G	0.520	0.07
343_D	453_E	0.520	0.07
24_D	129_V	0.519	0.07
229_L	242_P	0.519	0.07
19_R	294_F	0.518	0.07
27_A	30_P	0.518	0.07
188_T	451_S	0.517	0.07
267_H	395_D	0.516	0.07
119_Y	442_Q	0.516	0.07
46_P	294_F	0.515	0.07
4_V	30_P	0.515	0.07
114_D	405_V	0.515	0.07
229_L	368_V	0.515	0.07
118_A	199_W	0.514	0.07
21_A	219_L	0.512	0.07
98_A	459_L	0.511	0.07
54_P	358_T	0.511	0.07
61_I	467_S	0.511	0.07
50_I	155_S	0.510	0.07
58_G	108_A	0.509	0.07
283_A	378_T	0.508	0.07
129_V	135_L	0.507	0.07
61_I	79_L	0.507	0.07
159_V	321_S	0.506	0.07
363_Y	441_L	0.505	0.07
225_R	365_A	0.505	0.07
240_D	243_G	0.504	0.07
3_R	164_A	0.504	0.07
117_E	427_K	0.503	0.07
71_A	302_V	0.503	0.07
19_R	39_A	0.502	0.07
336_L	374_D	0.501	0.07
11_A	81_R	0.500	0.07
327_G	389_T	0.500	0.07

Legend: The i and j are positions as given in the UniProt sequence. Only predictions with Prob ≥ 0.7 are listed. For all 3L/2 predictions, click on one of the links below.

Sco = ((raw_sco - min_sco)/(avg_sco - min_sco))/2 + 0.5
Prob = P(contact | Sco, seq80/√len)
seq80 = effective number of sequences, after reducing redundancy to 80% identity

Text file of predictions (all 3L/2 predictions)
Generate restraints for ROSETTA Structure Modeling
Upload PDB model overlay contacts on the model

HHsearch Results:

Legend: GREMLIN results (Prob ≥ 0.7) overlaid on top PDB hits. The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on the top 10 (or top 20 if e-value < 1E-20) HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment prob. Inter oligomeric contacts in the pdb are in shades of red.

PDB	Chains	Cov	%	HHΔ
3exmA	1	0.3333	100	0.834	Contact Map
4oxpA	1	0.3333	99.9	0.887	Contact Map
2p12A	2	0.31	99.8	0.895	Contact Map
2bx2L	3	0.7367	99.7	0.905	Contact Map
3cw2C	1	0.5053	98.1	0.952	Contact Map
4nngA	1	0.31	97.2	0.96	Contact Map
2k52A	1	0.1486	96.2	0.965	Contact Map
4toiA	2	0.2866	95.9	0.965	Contact Map
2khjA	1	0.1699	95.8	0.966	Contact Map
2khiA	1	0.1805	95.7	0.966	Contact Map

Sequence Conservation (Image Generated using WebLogo v3)

Legend: Color is used to show Hydrophobicity (Blue: Hydrophilic, Green: Neutral and Black: Hydrophobic). Amount of gaps is represented by width.

Page generated in 0.0124 seconds.